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人鼻咽癌细胞系CNE2分泌蛋白质谱的初步建立
目的:建立鼻咽癌(nasopharyngeal carcinoma,NPC)细胞系CNE2细胞的分泌蛋白质谱.方法:采用无血清培养法培养CNE2细胞,超滤法脱盐并浓缩细胞培养上清制备分泌蛋白质,采用双向凝胶电泳技术(two-dimensional electrophoresis,2-DE)分离蛋白质,应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF-MS)鉴定蛋白质,利用生物信息学资源对所鉴定的蛋白质的功能和亚细胞定位进行分析.结果:建立了CNE2细胞分泌蛋白质的2-DE图谱,鉴定了52种非冗余的CNE2细胞分泌蛋白质,并对52种蛋白质按功能和亚细胞分布进行了初步分类.结论:初步建立CNE2细胞的分泌蛋白质谱,为研究鼻咽癌分泌蛋白质在鼻咽癌发生发展中的作用提供了有意义的资料.
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大鼠心肌缺血预适应延迟相的差异蛋白质的分离及鉴定
目的采用蛋白质组学技术探讨缺血预适应心肌内源性保护的分子机制.方法应用双向凝胶电泳技术分离假手术组和心肌缺血预适应延迟相组大鼠的心肌总蛋白质.结果在假手术组的双向凝胶电泳图谱上展示704±27个蛋白质点,而在心肌缺血预适应延迟相组展示778±35个蛋白质点.经凝胶图像分析找到的差异蛋白质23个,基质辅助激光解析-电离飞行时间质谱对差异蛋白进行鉴定,共鉴定出12个蛋白质.这些蛋白质包括应激反应蛋白、代谢相关蛋白、信号调节蛋白、结构蛋白等.结论这些差异蛋白可能通过其分子伴侣功能、清除自由基、改善能量代谢等发挥心肌缺血预适应延迟相的心肌保护作用.
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心功能衰竭大鼠模型心肌线粒体蛋白的差异表达分析
利用差异蛋白质组的方法识别心功能衰竭大鼠心肌代谢的异常,以期发现新的治疗靶点. 对大鼠行冠状动脉左前降支结扎,术后4周,左心室射血分数达46.4%±10.9%,成功建立心功能衰竭大鼠模型.实验动物分心功能衰竭组(n=8)和对照组(n=8),分别取左心室进行线粒体抽提.利用双向凝胶电泳技术显示差异蛋白的表达谱.再经胶内酶解,行质谱鉴定和蛋白数据库分析.结果发现, 双向电泳显示3个蛋白位点表达有显著差异,其中一条蛋白被证实为乙醛脱氢酶2,它在心功能衰竭心肌中的表达显著下降.在心肌梗死后3、7、14及28天心肌乙醛脱氢酶2 mRNA的表达呈逐渐下降趋势.结果提示,在心功能衰竭大鼠的心肌线粒体中乙醛脱氢酶2表达显著下调,而乙醛脱氢酶与硝酸甘油的转化有关.这为临床心功能衰竭患者使用硝酸甘油提供了很有价值的依据.
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冠心病不稳定型心绞痛血瘀证的蛋白质组学
目的 进行健康人和冠心病不稳定型心绞痛血瘀证患者血浆的双向电泳图谱检测,寻找冠心病不稳定型心绞痛血瘀证血浆差异蛋白,探索冠心病不稳定型心绞痛血瘀证的蛋白质组学特点.方法 采用双向凝胶电泳和基质辅助激光解析,电离飞行时间质谱对6例心绞痛痰瘀互阻证患者、9例心绞痛气虚血瘀证患者和12例健康人血浆进行比较蛋白质组学研究,寻找冠心病不稳定型心绞痛血瘀证血浆差异蛋白.结果 初步发现a1-酸性糖蛋白、结合珠蛋白a1链、a1-抗胰蛋白酶、结合珠蛋白B链、结合珠蛋白a2链在冠心病不稳型心绞痛痰瘀互阻证和气虚血瘀证患者中水平升高,栽脂蛋白AⅣ、栽脂蛋白AI、甲状腺转运蛋白在冠心痛不稳定型心绞痛痰瘀互阻证和气虚血瘀证患者中水平降低.结论 冠心病不稳定型心绞痛血瘀证可能属于一种炎症反应,并且与脂代谢紊乱有关.发现的差异蛋白可能为研究或发现抗冠心病不稳定型心绞痛药物作用的新靶标提供线索.
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蛋白质组学在小儿神经系统疾病中的应用
蛋白质组学研究方法包括双向凝胶电泳、质谱分析、计算机软件分析等.在小儿神经系统疾病研究中通过表达蛋白质组学和相互作用蛋白质组学揭示其发病机制.为小儿神经系统疾病中遗传代谢性疾病的新生儿筛查、肿瘤、感染性疾病和中枢神经系统损伤、脱髓鞘等疾病的研究提供了有力的工具.
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鼻息肉、鼻息肉病及对照鼻黏膜蛋白质双向电泳图谱的建立
目的建立鼻息肉、鼻息肉病及对照鼻黏膜组织蛋白质双向凝胶电泳(2-DE)图谱.方法收集并-80℃冻存鼻息肉、鼻息肉病及鼻黏膜组织样本各3例,双向凝胶电泳分离样本总蛋白、银染凝胶显色,扫描图像,ImageMaster2-DE Elite4.01软件分析.结果鼻息肉、鼻息肉病和鼻黏膜组织同一样本三块凝胶平均蛋白质点数分别为825±78个,891±67个和936±62个;平均匹配点数分别为682±96个,767±83个和821±78个,其平均匹配百分率分别为82.7%、86.1%和87.7%;位置重复性分析,IEF方向平均偏差为1.13±0.16 mm,SDS-PAGE方向平均偏差为1.45±0.21 mm.鼻息肉、鼻息病和鼻黏膜三种组织各3例样品的平均蛋白质点数分别为876±95个,953±84个和1016±79个.三种组织的2-DE平均凝胶图谱:鼻息肉、鼻息肉病和鼻黏膜蛋白质点数分别为1162个、1274和1336个,平均匹配点数为鼻息肉与鼻黏膜之间757个;鼻息肉病与鼻黏膜之间为825个;鼻息肉与鼻息肉病之间为883个.结论本实验建立了图像清晰、分辨率高和重复性好的鼻息肉、鼻息肉病及鼻黏膜组织的固相PH梯度2-DE图谱,有助于进一步识别鉴定三者差异表达的蛋白质.
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鼻咽癌细胞系5-8F和6-10B的差异蛋白质组学研究
目的:比较不同转移潜能的鼻咽癌(nasopharyngeal carcinoma,NPC)细胞系5-8F和6-10B细胞蛋白质组的差异,筛选NPC转移相关蛋白质.方法:应用二维凝胶电泳(two-dimensional gel electrophoresis,2-DE)技术分离具有相同遗传背景、不同转移潜能的鼻咽癌细胞系5-8F和6-10B细胞的蛋白质,图像分析识别差异表达蛋白质点,基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry,MALDI-TOF-MS)鉴定差异表达的蛋白质,Western免疫印迹方法验证部分差异蛋白质在2株细胞中的表达水平.结果:建立了5-8F和6-10B细胞蛋白质的2-DE图谱,识别了65个差异表达的蛋白质点,鉴定了15个非冗余的差异表达蛋白质.Western免疫印迹分析证实了差异蛋白质膜联蛋白A1和14-3-3 protein sigma在5-8F和6-10B细胞中的差异表达水平.结论:15个非冗余的差异表达蛋白质为研究NPC转移机制提供了实验依据.
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痹肿消汤对胶原性关节炎大鼠滑膜双向电泳蛋白质表达的影响
目的:分析痹肿消汤(bizhongxiao decoction,BZXD)对胶原性关节炎大鼠滑膜双向电泳蛋白质表达谱的影响,为阐明痹肿消汤治疗类风湿性关节炎(rheumatoid arthritis,RA)作用机制提供新线索.方法:70只SD大鼠随机分为正常对照组(正常组)、模型对照组(模型组)、痹肿消汤治疗组(BZXD组),采用皮下注射牛Ⅱ型胶原与完全福氏佐剂制成实验性关节炎(collagen-induced arthritis,CIA)模型.应用双向凝胶电泳技术(two-dimensional gel electrophoresis,2-DE)分别分离正常组、模型组、BZXD组大鼠关节滑膜的总蛋白后,胶体考马斯亮蓝染色,扫描2-DE胶获取电子图像,Pdquest图像分析软件比较分析此3组双向凝胶电泳图谱并s识别差异表达的蛋白质.结果:成功复制了CIA大鼠模型;建立了正常组、模型组和BZXD组大鼠滑膜的2-DE图谱,其平均蛋白质点数分别为947±39,994±41,1031±52,其匹配率为92%,91%,94.2%;模型组的3块胶在蛋白质点位置上有较好的重复性,不同胶间蛋白质点在等电聚焦(isoelectric focusing,IEF)方向的偏差是(0.896±0.217)mm,在十二烷基磺酸钠聚丙烯酰胺凝胶电泳(sodiumdo-decylsufate-polyacrylamide gel electrophoresis, SDS-PAGE)方向的偏差为(1.102±0.104)mm. 比较分析模型组和BZXD组大鼠滑膜的2-DE图谱,发现此2组间有328个差异点,BZXD组有174蛋白质点表达上调,147个蛋白质点表达下调,7个蛋白质点只在模型组表达.模型组与正常组之间有193个差异点,123个在模型组表达上调,70个表达下调.结论:建立了CIA大鼠关节滑膜的双向凝胶电泳图谱,识别了328个差异表达的蛋白质,对这些差异蛋白质的鉴定将为痹肿消汤治疗RA的作用机制提供新的实验依据.
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人支气管上皮蛋白质样品制备方法及其癌变各阶段组织2-DE图谱的建立
目的: 改良、优化支气管上皮组织的蛋白质样品制备方法,建立人支气管上皮癌变过程各阶段组织的2-DE图谱,为识别鉴定肺鳞癌癌变相关蛋白质奠定基础.方法:收集、筛选人支气管正常上皮、鳞状化生、不典型增生和上皮浸润癌组织标本.改良的脱氧胆酸-三氯醋酸(deoxycholate-trichloroaetic acid,DOC-TCA)法提纯支气管上皮总蛋白质,应用固相pH梯度双向凝胶电泳分离各阶段组织的总蛋白质,凝胶经银染显色后,用ImageMaster 2D软件分析双向电泳图谱.结果:应用改良的DOC-TCA法提纯的支气管上皮总蛋白质进行双向电泳,可获得分辨率高、重复性好的人支气管上皮组织的双向电泳图谱.正常上皮、鳞状化生、不典型增生和浸润癌4种组织凝胶的蛋白质点数依次为1 190±63,1 227±69,1 272±71,1 326±82.选取同例鳞状上皮化生组织进行3次重复性检测,3块凝胶的平均蛋白质点数为1 216 ±75 ,平均匹配点数为1 082±67,匹配率达 89.3% , 且3块胶在蛋白质点位置上有较好的重复性,不同胶间蛋白质点在IEF方向的偏差为(0.835±0.247) mm ,在SDS-PAGE方向上的偏差为(0.921±0.104) mm.结论:改良的DOC-TCA沉淀法是一种较好的支气管上皮组织蛋白质样品制备法,初步建立了分辨率较高且重复性好的人支气管上皮癌变各阶段组织的双向凝胶电泳图谱.
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鼻咽癌低分化细胞系CNE-2双向凝胶电泳图谱的建立
目的:建立人鼻咽癌低分化细胞系CNE-2双向凝胶电泳图谱,初步分析其蛋白质表达情况.方法:采用双向凝胶电泳(2-DE)分离人鼻咽癌低分化细胞系CNE-2总蛋白,银染显色,Image Master图象分析系统分析,从胶中选取分离较好的蛋白质点,基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)分析获取肽质量指纹图谱(PMF),Mascot软件搜索MSDB和SWISS-PROT数据库鉴定蛋白质.结果:获得重复性和分辨率较好的CNE-2双向凝胶电泳图谱;质谱分析了78个蛋白质点,获取77张肽质量指纹图谱,通过查询数据库鉴定了48个蛋白质.结论:建立了人鼻咽癌低分化细胞系CNE-2双向凝胶电泳图谱,并应用质谱技术鉴定了部分蛋白质点,为人鼻咽癌蛋白质组数据库的建立提供了有意义的数据.
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人结肠上皮蛋白质表达谱的建立
目的:建立人正常结肠上皮的蛋白质表达谱.方法:应用双向凝胶电泳(2-DE)技术分离20例人正常结肠上皮的总蛋白质,应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry ,MALDI-TOF-MS)和电喷雾串联质谱(electrospray ionization tandem mass spectrometry,ESI-Q-TOF)鉴定其表达的蛋白质,利用生物信息学资源对所鉴定蛋白质的功能和亚细胞定位等进行分析.结果:建立了人类正常结肠上皮蛋白质的2-DE参考图谱,2-DE图谱展示了1020±50个蛋白质点,代表162种非冗余蛋白质的204个蛋白质点被鉴定,其中37种蛋白质存在翻译后修饰,并按功能和亚细胞定位对162种蛋白质进行了初步分类,这些数据可从作者的网站(http://www.xyproteomics.org)上进行查询.结论:首次建立了人正常结肠上皮的蛋白质表达谱,为研究结肠上皮的生理功能和病理过程提供了有意义的资料.
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脑梗死肝阳化风证与阴虚风动证蛋白质组学比较研究
目的 建立脑梗死肝阳化风证与阴虚风动证血清双向凝胶电泳图谱,初步分析其差异蛋白质表达情况.方法 双向凝胶电泳(2-DE)分离脑梗死肝阳化风证与阴虚风动证血清标本,考马斯亮兰染色,PD-QUEST图像分析系统分析,从凝胶中选取分离较好的蛋白质点,基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)分析获取肽质量指纹图谱(PMF),Mascot软件搜索SWISS-PROT数据库鉴定蛋白质,对差异蛋白质进行组间对比.结果 获得了分辨率较好的脑梗死肝阳化风证与阴虚风动证双向凝胶电泳图谱,质谱分析了29个差异蛋白质点,获取了87张肽质量指纹图谱,通过查询数据库鉴定了29个蛋白质,其中部分蛋白质与肝阳化风证及阴虚风动证发生发展有关.结论 建立了脑梗死肝阳化风证与阴虚风动证血清双向凝胶电泳图谱,并应用质谱技术鉴定了部分差异蛋白质点,为脑梗死肝阳上亢证与阴虚风动证与正常组血清双向凝胶电泳图谱血清蛋白质组数据库的建立提供了有意义的数据,并认为蛋白质组学能在脑梗死不同证型具有代表意义.
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胃腺癌组织蛋白质双向电泳图谱分析
目的利用蛋白质组学方法建立分辨率高和重复性好的人胃腺癌组织及其正常胃黏膜组织的双向凝胶电泳图谱,并分析其差异表达的蛋白质,以期用于早期诊断.方法采用固相pH梯度(immobilized pH gradient, IPG)双向凝胶电泳(two-dimensional gel electrophoresis, 2-DE)分离人胃腺癌组织及正常胃黏膜组织的总蛋白质,凝胶经银染显色后,Imaging Master 2D图像分析软件进行比较分析、识别差异表达的蛋白质.结果 (1)得到了分辨率较高、重复性较好的人胃腺癌组织和正常胃黏膜组织的双向凝胶电泳图谱,癌组织和正常胃黏膜组织凝胶的平均蛋白质点数分别为1 049±67和1 097±73,平均匹配的点数分别为835±48和953±56,匹配率分别为79.6%和86.7%;同一组织凝胶在蛋白质点位置上有较好的重复性,不同凝胶间蛋白质点在等电聚焦(isoelectric focusing, IEF)方向的偏差是0.873±0.125 mm,在十二烷基磺酸钠聚丙烯酰胺凝胶电泳(sodium dodecylsulfate-polyacrylamide gel electrophoresis, SDS-PAGE)方向上的偏差为1.025±0.213 mm.(2)通过比较分析5例胃腺癌组织及正常胃黏膜组织的双向凝胶电泳图谱,得到平均匹配蛋白质点数为769±45,差异表达蛋白质点数为81,其中17个点仅在癌组织中表达,24个点仅在正常胃黏膜中表达,26个点在癌组织中为高表达,14个点在癌组织中为低表达.结论本研究建立了分辨率高且重复性较好的人胃腺癌组织与正常胃黏膜组织的双向凝胶电泳图谱,发现两者间存在一些差异表达的蛋白质,为进一步筛选胃腺癌特异性的分子标志物打下了坚实的基础.
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高分化胃腺癌组织表达缺失蛋白质分析
目的本研究应用蛋白质组学方法,分析胃癌(gastric carcinoma, GC)中表达缺失蛋白质分子.方法提取胃癌及配对正常胃黏膜组织总蛋白,采用双向电泳获得胃癌与配对正常胃黏膜组织蛋白质表达谱并进行分析,鉴定胃癌表达缺失的蛋白质分子.结果通过比较分析5对高分化胃腺癌及配对正常胃黏膜组织的蛋白表达谱,共发现差异表达蛋白点81个,其中7个蛋白点仅正常胃黏膜组织表达,而在胃癌组织中表达缺失,分别为:细胞周期素依赖性激酶抑制蛋白12(P16)、细胞周期素依赖激酶抑制蛋白1(P21)、抗氧化蛋白2、二硫化蛋白异构酶A2、C-1-四氢叶酸合成酶、Rho-GTPase-激活蛋白4、胰岛素样生长因子结合蛋白2.结论胃癌组织与正常胃黏膜组织之间存在蛋白质表达差异.寻找胃癌组织与正常胃黏膜组织之间表达差异蛋白质,为探讨胃癌发病分子机制提供有用依据.
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胃癌及慢性浅表性胃炎幽门螺杆菌临床株的分离及2-D E图谱的建立
目的 从临床标中分离HP,建立分别来源于胃癌及慢性浅表性胃炎Hp临床株的2-DE图谱,为分析鉴定差异蛋白质奠定基础.方法 胃镜下钳取标本后分离、培养,并应用革兰染色及PCK鉴定所分离菌株.机械匀浆法将细菌破碎后加裂解液提取总蛋白,应用分步抽提法分离细菌蛋白,凝胶经银染显色后,用PDQuest图像分析软件进行凝胶图像分析.结果 所分离菌株均为HP,获得背景清晰,分辨率高,重复性好的胃癌及慢性浅表性胃炎Hp临床株总蛋白2-DE图谱各3块,每张图谱约200个蛋白质点,大多数蛋白质点在位置和丰度上一致.结论 成功建立了胃癌及慢性浅表性胃炎Hp临床株的2-DE图谱,并发现了14个差异表达的蛋白质点.
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蜈蚣提取液治疗肝癌Bel-7404细胞后的差异表达蛋白研究
目的 筛选蜈蚣提取液(ECP)治疗肝癌Bel-7404细胞后的相关差异表达蛋白,探讨其药物治疗机.方法 一步抽提法制备肝癌Bel-7404细胞株治疗组ECP浓度(10 mg/mL)和对照组(RPIM1640完全培基培养)的总蛋白质,双向凝胶电泳建立两组总蛋白的双向凝胶电泳图谱,PDQuest软件对其图谱比较,MALDI-TOF-MS对差异表达的蛋白质进行分析并获取肽质量指纹图谱,数据库搜索鉴定主要差异表达蛋白质.结果 共发现76个差异表达蛋白点(P<0.05).治疗组中41个表达下调,35个表达上调.选择明显的14个蛋白质斑点作质谱分析,其中肽基脯氨酰顺反异构酶A(PPIA)、核纤层蛋白-Bl(Lamin-B1)、黄素还原酶(FRase)、转铁结合蛋白2(Tbp2)、唾液酸合成酶(SAS)、3-磷酸甘油醛脱氢酶(GAPDH),周期素依赖激酶抑制蛋白1(P21)和半乳凝素(Gal-7)在治疗组中表达上调,角蛋白(CK-19)、肌动蛋白(Actin)、转内质网ATP(三磷酸腺苷酶)酶(TER AIPase)、ω-1谷胱甘肽转移酶(GSTOl-1)、抑制蛋白(PFNl)及碱性磷酸酶(ALP)在治疗组中表达下调.结论 ECP能诱导肝癌Bel-7404细胞内某些蛋白异常表达,能多途径抑制肝癌细胞的生长,诱导其凋亡或直接死亡.
关键词： 蜈蚣提取液 肝细胞肝癌 蛋白质组 双向凝胶电泳 基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱 -
结直肠癌患者与正常人血清蛋白质双向凝胶电泳差异分析
目的 利用血清蛋白质组学技术分析结直肠癌患者与正常人血清蛋白质表达谱的差异,寻找结直肠癌相关血清标志物.方法 分别采用pH3～10和pH4～7的IPG干胶条,在优化的实验条件基础之上,利用双向凝胶电泳(2-DE)分离结直肠癌患者和正常人血清蛋白质,硝酸银染色,获取图像后PDQuest软件分析差异表达的血清蛋白质点.结果 采用pH值3～10的胶条分离血清蛋白共有17个,结直肠癌组表达量上调的蛋白质点7个,表达量下调的蛋白质点7个.采用pH值4～7的胶条分离血清蛋白共有13个,结直肠癌组表达量上调的蛋白质点8个,表达量下调的蛋白质点5个.结论 所筛选的差异蛋白质点为进一步结直肠癌相关血清蛋白质的鉴定和其他肿瘤血清蛋白质学研究奠定了良好的基础.
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血清双向凝胶电泳技术的建立和优化
目的 建立起较好及较稳定的的血清双向凝胶电泳技术.方法 对血清双向凝胶电泳中血清标本的收集、保存,血清高丰度蛋白的去除,电泳条件,上样量,IPG干胶条的选择及缓冲液的配制等多种条件和技术方法进行调整和优化.结果 建立了较稳定和较好重复性的血清双向凝胶电泳技术,分辨率得到一定的提高,有效分离的蛋白质点明显增多,许多低丰度蛋白被分离出来.结论 通过不断的摸索和验证,可以建立起较好的血清双向凝胶电泳技术,为进一步的分析、鉴定和寻找与疾病相关的血清蛋白质奠定一定基础.
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人角质形成细胞蛋白质双向电泳技术的建立和优化
目的 建立和优化人角质形成细胞蛋白质组研究样品制备方法和双向电泳技术条件.方法 体外无血清培养人角质形成细胞,以裂解液成分、上样量的选择和等电聚焦参数为侧重点,通过比较分析不同条件下电泳图谱,建立佳双向电泳技术条件.结果 成功建立了人角质形成细胞总蛋白制备方法,优化了人角质形成细胞双相电泳技术,获得了重复性和分辫率都较理想的角质细胞总蛋白质双向电泳图谱.结论 优化后的双相电泳条件为人角质形成细胞蛋白质组学分析奠定基础.
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结肠癌细胞裸鼠成瘤组织双向凝胶电泳图谱的建立与优化
目的 建立吲哚美辛处理与未处理组结肠癌HCT116细胞裸鼠成瘤组织的双向凝胶电泳图谱.方法用双向凝胶电泳技术分离吲哚美辛处理与未处理组的裸鼠瘤组织总蛋白,银染及胶体考马斯亮蓝染色,Image Scanner扫描仪扫描凝胶.结果获得了背景清晰、重复性好的双向凝胶电泳图谱,两种染色凝胶相比,上样量增加的胶体考马斯亮蓝染色凝胶蛋白质点数目及丰度增加.结论双向凝胶电泳图谱的建立与优化为研究吲哚美辛抗结肠癌作用奠定了基础.
