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MSX2基因与上皮间质化在肿瘤浸润转移的研究进展
同源(异型)框基因Msx(Msx)属于同源(异型)框基因Hox(homeobox)家族成员,Hox基因是一类高度保守的DNA序列,其共同特点是具有180个核苷酸长度的同源区,编码由印个氨基酸折叠成的3个α-螺旋结构~([1]),该结构被称为同源异型域(HD).
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人类乳头状病毒(HPV)的检测及其临床应用
人类乳突状病毒 (HPV) 的感染普遍流行于世界各地,经由病毒 DNA序列比对,可鉴定出超过 200 种以上的HPV亚型.HPV 病毒能引起人类及动物的感染,主要感染宿主的上皮细胞和组织内层.
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浅谈数学建模教育与生物医学人才培养
数学建模教育是全面培养具有创新能力的新世纪建设人才的有效手段.通过引入DNA序列结构的数学建模模型,说明数学建模的思想在培养21世纪的新型生物医学人才中的重要作用.
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MALDI-TOF-MS技术对HBV耐药基因突变检测的价值
目的:探讨MALDI-TOF-MS技术对乙型肝炎病毒(HBV)耐药基因突变检测的价值.方法:依据HBV、HCV基因组多态性及基因突变现有研究结果,选择靶区域,筛选突变位点,MassARRAY Assay Design软件设计iPLEX引物,按iPLEX反应的操作说明进行PCR扩增、SAP反应、引物延伸、脱盐、点样,MALDI-TOF-MS采集、分析iPLEX反应物的数据,判读基因变异位点.收集本院抗病毒药物单药或多药耐药患者血清30份,将MALDI-TOF-MS技术判读基因变异位点进行DNA测序,将结果与MALDI-TOF-MS检测结果进行对比.结果:利用MALDI-TOF-MS技术一次性可检测30份血清样本的HBV基因突变,在30份样本中,5份检测结果不一致,其中2份是MALDI-TOF-MS技术未检测到的基因突变点,1份是2个检测位点不一致.结论:MALDI-TOF-MS技术具有灵敏度高、准确度高及分辨率高等特点,为生命科学等领域提供了一种强有力的分析测试手段.
关键词： 肝炎病毒 乙型 MALDI-TOF-MS技术 DNA序列 基因突变 -
广东省主要并殖吸虫DNA序列分析
目的 确定广东省主要并殖吸虫虫种.方法 采用形态学特征观察和分子生物学DNA测序相结合的研究方法 ,鉴定广东省主要并殖吸虫虫种.采集卫氏并殖吸虫、三平正并殖吸虫和斯氏并殖吸虫自然疫源地山溪中溪蟹并检获三种并殖吸虫囊蚴,分别人工感染家犬或家猫,饲养60~120 d后,剖杀检获成虫分别制成玻片大体标本.结果 三种不同并殖吸虫疫源地蟹体检获的囊蚴鉴定为卫氏并殖吸虫、三平正并殖吸虫和斯氏并殖吸虫.三种吸虫成虫样本的COI基因与ITS2基因进行PCR,扩增产物进行测序并分别与GenBank中检索的AY618799.1号基因、AF159594.1号基因、AY140693.1号基因、AY618733.1号基因、AF159602.1号基因和AB713404.1号基因序列比对,同源性分别在99%~100%之间.结论 广东省主要并殖吸虫为卫氏并殖吸虫、斯氏并殖吸虫和三平正并殖吸虫.三种并殖吸虫的COI基因与ITS2基因序列与GenBank中检获的基因序列同源性分别在99%~100%之间,三种并殖吸虫与GenBank中检获虫种无明显差异性.
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生物信息学及在寄生虫学上的应用
人类基因组计划及模式生物基因组研究产生了大量的基因组信息,对如此巨大且具有高度复杂性的生物数据的管理和分析产生了生物信息学这门新的学科.生物信息学的主要研究对象是DNA及RNA序列和蛋白质序列.本文重点介绍了生物信息学的概念、研究对象、研究内容、研究方法及其在寄生虫学上的应用.
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拷贝数变异——肾脏病分子遗传学研究的新思路
分析人类基因组序列,可以惊人地发现个体间DNA序列存在高度相似性:世界上任意两个健康人其DNA序列差异小于1%[1].因此通过研究构成个体间差异的那极少一部分基因组,我们就能够进一步认识表型变异以及疾病易感性.
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DNA甲基化修饰与肾脏疾病
表观遗传学(epigenetics)是研究不涉及DNA序列改变的基因表达和调控的可遗传修饰,即探索从基因演绎为表型的过程和机制的一门新兴学科.DNA的甲基化是调节基因表达的一种表观遗传方式[1].DNA甲基化因其与人类发育和肿瘤的密切关系,已经成为表观遗传学的重要研究内容.所谓DNA甲基化是指在DNA甲基转移酶(DNMT)作用下,将s-腺苷甲硫氨酸(s-adenosylmethionine,SAM)的甲基基团共价结合到CpG二核苷酸的胞嘧啶5'碳位上的过程.
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蛛网膜下腔出血后脑血管痉挛与内皮一氧化氮合酶基因的多态相关研究
目的 探讨蛛网膜下腔出血后发生脑血管痉挛的风险是否与内皮一氧化氮合酶基因的多态有关.方法 选择3组蛛网膜下腔出血患者:动脉瘤性蛛网膜下腔出血发生脑血管痉挛组(n=98)、外伤性蛛网膜下腔出血发生脑血管痉挛组(n=96)和动脉瘤性或者外伤性蛛网膜下腔出血但未发生腩血管痉挛组(n=195).病例组194例和对照组195例中的100例的亲代也被检查且采用传递不平衡分析,一种基于家族的研究设计以便检验相关性.结果 检查了内皮一氧化氮合酶基因的4种多态,在病例对照比较中有两种多态与蛛网膜下腔出血后发生脑血管痉挛有关:在启动子的-786位点上一个T变成C的替换和在内含子4内的a缺失或b的插入.对于前者,C等位基因纯合体比另外两种基因型诱发脑血管痉挛的风险更高(优势比2.8,95%CI:1.4 to 5.6).对于后者的多态,携带a缺失的个体比不携带的个体患病风险更高(优势比2.3,95%CI:1.3 to 4.0).两种多态作为单倍型一起以家系为基础的研究采用传递不平衡分析进行分析.C或者a缺失单倍型从杂合体亲代传递到成为有蛛网膜下腔出血且脑血管痉挛比期望的频率更高(P=0.005).结论 内皮一氧化氮合酶的DNA序列的差异与蛛网膜下腔出血后脑血管痉挛的发生有相关性.
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基因诊断中DNA序列的快速检测法
目的：探讨一种DNA测序方法在临床中的应用。方法：用纯化试剂盒对PCR产物进行纯化，然后用310自动测序仪测定DNA序列。结果：准确测定了一长度为106 bp的DNA序列。结论：本方法不但有快速、简便和准确的特点，尤其还对短片段的DNA更显优势，很适合于临床基因诊断中的测序。
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海南岛恙虫病立克次体研究
目的:阐明海南岛恙虫病立克次体的存在及其分布.方法:①恙虫病立克次体血清学调查用微量免疫荧光检测法(mIFA).②恙虫病立克次体分离用小鼠接种法和L929细胞培养法,恙虫病立克次体鉴定用特异性抗体mIFA.③应用聚合酶链反应(PCR、NPCR)技术检测恙虫病立克次体特异性DNA.④DNA序列.结果:①35份不明原因发热患者血清中,10/35(28.57%)份血清呈IgG抗体阳性反应(滴度≥1:80).收集自海南岛的东、西、南、北、中部地区的561份人群血清恙虫病立克次体IgG抗体阳性率为13.55%(76/561).其中东部地区阳性率为8.69%(10/115),南部为7.22%(7/97),西部为28.83%(32/111),北部为11.76%(12/102),中部为11.03%(15/136).②小白鼠接种分离法从疑似立克次体病患者血液中分离出3株恙虫病立克次体,L929细胞培养法从20份不明原因发热患者血液中分离出3株恙虫病立克次体.③应用PCR技术从9例疑似立克次体感染患者血液中检出4例恙虫病立克次体特异性DNA.用NPCR法从17组野鼠脾脏标本中检出3组恙虫病立克次体特异性DNA.④DNA序列已经分析清楚.结论:海南岛确有恙虫病存在,该岛的中、西部感染率较高,南、北部较低.海南岛恙虫病立克次体DNA序列已分析清楚.
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贝氏柯克斯体sucB基因的序列分析
目的通过sucB基因序列比较,了解贝氏柯克斯体分离株的一些遗传特征.方法对16株贝氏柯克斯体分离株的sucB基因进行扩增、测序和分析.结果 sucB基因1137bp序列中,仅发现3个位置的碱基突变,引起3个氨基酸的改变.从3个碱基突变可大致将这些分离株分为两大群.结论 sucB基因在贝氏柯克斯体是一个很保守的酶基因.群的划分似与分离株的质粒型有很大的相关性,而与疾病形式和分离株的地理分布相关性较少.
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贝氏柯克斯体中国分离株com1基因的序列分析
目的通过com1基因序列比较,了解贝氏柯克斯体中国分离株的一些遗传特征.方法对贝氏柯克斯体中国分离株的com1基因进行扩增、测序和分析,将我们的结果与国外研究结果进行比较.结果在7个中国分离株中,可检测到3种不同的com1基因序列.除质粒型相同的分离株表现出类似的com1基因序列外,质粒型为QpRS的中国分离株可被单独划分成一个新的基因组.结论本研究结果显示,根据com1基因序列进行的贝氏柯克斯体株基因分组与分离株所含质粒型有很大的相关性,而与以前报道的疾病形式和分离株的地理分布无关.
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卫氏并殖吸虫二、三倍体型种群发育的研究
卫氏并殖吸虫二倍体型与三倍体型在形态学、生物学、遗传学、自然感染及生物化学等方面均有明显差别.区别两型的方法很多,比如通过自然感染方式、同工酶谱、氨基酸、形态、染色体、DNA序列等进行区别.为此,我们对两型的区别方法综述如下.
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男性性病病人穿通支原体nPCR检测
目的:探讨扬州地区男性性病病人穿通支原体(Mpe)感染状况及Mpe与STD感染的关系.方法:应用套式PCR(nPCR)对扬州地区的76例男性STD者的尿道拭子进行Uu、Mh、Mpn、Mg、Mf、Mpe、Mpi等七种支原体联合检测,并对Mpe阳性标本作了DNA测序分析.结果:76例男性STD患者中有2例Mpe阳性,阳性率为2.6%.其中1例经DNA测序与Mpe(GTU54T株)标准株完全一致.结论:Mpe是HIV感染的协同因子和AIDS发病的诱发因素,在STD患者尿道拭子标本检出Mpe值得关注.
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DNA序列数值映射方法的研究
DNA序列的数值映射是用数学方法、物理方法和数字信号处理方法分析生物分子序列首先要解决的问题.本文分析了现有8种DNA序列数值映射方法的特点和适应性.在此基础上,提出了一种基于DNA序列中碱基出现概率的数值映射方法.大多数蛋白编码序列具有3 - 碱基周期特性(周期-3性质).借助于具有周期 - 3性质的DNA序列的频谱分析,比较了8种数值映射方法的优劣,并证实了新方法的有效性.计算机仿真结果表明,基于复域的映射方法无论从携带原有生物分子序列的信息量,还是数值映射后所得功率谱的效果均优于其它7种映射方法,而DNA序列新数值映射方法能够获得与复域法几乎相同的识别率.
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A放散型血型分子遗传结构的研究
目的研究A放散型血型的分子生物学特性.方法对5例血清学定为Ael或AelB的个体,采用4对特异性引物进行PCR扩增后,对其ABO基因的第6、7外显子进行序列测定.且对其中1例表型为AelB样本的ABO基因转录结构进行序列分析.结果 1例表型为Ael的样本含已报道的Ael01基因,1例表型为Ael的样本含Ael05基因,2例表型为AelB和1例表型为Ael的样本未测出任何A等位基因,而是含有261G缺乏的O01或O02基因.结论 A放散型血型分子结构呈多样性,含261G缺失的O等位基因的样本有弱A抗原表达的机理有待说明.
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DNA测序在冠心病患者PAI-1基因单倍型分析中的应用
目的探讨一种简便易行的DNA测序方法检测纤溶酶原激活物抑制物-1(plasminogen activator inhibitor-1, PAI-1)基因单倍型,并分析各种单倍型与冠状动脉粥样硬化性心脏病(coronary artery disease, CAD)的关系.方法用变性高效液相色谱分析法测定位于 PAI-1基因调节区的两个多态性位点的基因型和频率分布,共检测了93例CAD患者和145名健康对照者,对两个位点均为杂合基因型的样本进行一次性序列测定,其原理基于 PAI-1基因调节区内-6754G5G位点的一个G碱基插入/缺失多态性,此位点之后产生一个碱基错位,从此位点向另一个位点方向进行测序时,在测序图上,-844G/A多态性位点出现特征性波形变化,从而判断出其实际单倍型.结果两位点均为纯合型携带者中有G-4G和A-5G单倍型,而杂合型携带者的单倍体型只有A-4G和G-5G单倍型.各种单倍型在CAD与对照组间差异无显著性.结论这种方法可以直接检测两个大约300个碱基对距离两个位点组成的单倍型,其中一个位点是插入/缺失多态性;方法简单,结果直观、准确可行. PAI-1基因-675 4G/5G和-844 G/A多态性位点组成的单倍体型与CAD不具有相关性.
关键词： DNA序列 单倍型 冠状动脉粥样硬化性心脏病 -
P120连环蛋白及其相关转录因子kaiso与肿瘤的关系
转录因子kaiso是新近发现的BTB-POZ蛋白家族的重要成员,是Armadillo连环蛋白及细胞辅助黏附因子P120连环蛋白(P120-catenin,P120ctn)的特异性绑定伙伴,已经被证实具有转录抑制功能.P120ctn可解除kaiso介导的转录抑制作用,并且P120ctn在肿瘤中的亚细胞定位影响着kaiso蛋白的活性.Kaiso不像其他典型的POZ蛋白,其拥有双重的DNA序列识别,并且kaiso的细胞质和细胞核定位依赖于肿瘤组织的微环境.对于P120ctn来说,基于它在细胞内的定位不同,它发挥了不同的作用,比如钙粘蛋白依赖性的细胞间的粘附,肌动蛋白细胞骨架的再塑造和位于细胞核内时对kaiso活性的影响.本文就核内P120ctn和其伙伴转录因子kaiso以及他们在肿瘤基因表达调控中的角色予以综述.
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登革2型病毒NGC株感染白纹伊蚊C6/36细胞中浓核病毒DNA的扩增和序列测定
目的:探索白纹伊蚊C6/36细胞对登革2型病毒(Dengue Type 2 virus,DEN2)不敏感的原因.方法:根据Genbank提供的DEN2新几内亚株(NGC株)NS1基因序列设计引物,设立病毒对照组、病毒DNA酶(DNase)处理组和细胞对照组,通过提取核酸、逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)、限制性内切酶(Hind Ⅲ)酶切、1.5%琼脂糖凝胶电泳检测RT-PCR及其酶切产物,并对其扩增产物进行序列测定,用软件比对与白纹伊蚊C6/36细胞浓核病毒(Densonucleosis virus,DNV)基因的同源性.结果:经RT-PCR,细胞和病毒组均出现约1 300 bp的条带,不能被Hind Ⅲ酶切,而病毒DNase处理组未能扩增出此条带;经GenBank比对,该片段序列与白纹伊蚊C6/36细胞DNV部分序列的同源性达95%以上.结论:C6/36细胞对DEN2不敏感的原因是由于伊蚊C6/36 DNV的污染.
