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DNA甲基化与膀胱癌研究进展
DNA甲基化(DNA methylation)是在DNA序列不变的情况下,控制基因表达,维护染色体的完整性和调节DNA重组及某些特定基因组区域的转录活性,是恶性肿瘤普遍存在的分子生物学改变.肿瘤相关基因启动子CpG岛甲基化状态异常广泛见于肿瘤,有望作为临床肿瘤诊断的分子标记[1].膀胱癌是泌尿系常见的恶性肿瘤,而膀胱癌与DNA甲基化关系近年来已成为膀胱癌研究热点之一.
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肿瘤表遗传学(十二)
第十二讲 肿瘤研究中表遗传学与遗传学及其存在的问题和前景(1)在本讲座的后一讲里,对在个别讲座很难阐述的综合性问题,如肿瘤表遗传学研究中遗传学和表遗传学的关系以及目前存在的问题和应用前景等将作进一步的说明.1 传统遗传学和表遗传学是遗传学的一体两面2003年Watson在纪念DNA双螺旋结构发现50周年时,回答"科学美国人"关于遗传学今后还可以有什么重大发现的问题时说,"我想,主要问题是染色质,是什么决定了染色体上某一段DNA是有功能的,因为它是被组蛋白掩藏着?并可能遗传超出DNA序列的某种成分,这正是现在遗传学真正令人兴奋之处.[1 ]"这一段简短的回答,透露出这一位遗传学大师的重要学术观点:传统遗传学是需要发展的,研究染色质水平调控基因表达的、超出DNA序列的可遗传机制,是现代遗传学的发展方向,而这些正是表遗传学所要研究的;同时也回答了表遗传学不同于遗传学的研究范畴.
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肿瘤表遗传学(三)
第三讲 表遗传学机制(一)DNA甲基化1 概述在传统遗传学发展的100多年间,阐明了性状在世代间的遗传规律,并证明遗传信息贮存于DNA序列之中,人类基因组的测序将这一方向的研究推向极致,然而仍不能很好说明两个生物学的核心问题:一是如何从单一细胞的受精卵分化形成由多种细胞类型组成的、复杂的有机体;
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铜绿假单胞菌氨基糖苷类药物修饰酶基因研究
目的 调查铜绿假单胞菌对常用抗生素的耐药特性及氨基糖苷类药物修饰酶基因表达.方法 用PhoenixTM-100系统鉴定细菌和药敏试验.用琼脂扩散法检测20株多重耐药铜绿假单胞菌对阿米卡星、庆大霉素、妥布霉素和奈替米星4种药物的敏感性.采用聚合酶链反应(PCR)扩增4种氨基糖苷类药物修饰酶基因,并使用DNA测序加以证实.结果 190株铜绿假单胞菌对氯霉素、四环素、复方磺胺耐药率高,均为98.9%;对亚胺培南、美洛培南的耐药率分别为15.3%和6.8%.从20株菌中检出aac(6')-Ⅰ、aac(6')-Ⅱ和ant(2")-Ⅰ3种修饰酶基因,阳性率分别为10%、60%和65%,未发现ant(3")-Ⅰ基因.20株菌对阿米卡星、庆大霉素、妥布霉素和奈替米星的耐药率分别为35.0%、90.0%、70.0%、60.0%.结论 本地区铜绿假单胞菌对氨基糖苷类药物的耐药与修饰酶基因的传播表达有关.
关键词： 铜绿假单胞菌 氨基糖苷类药物修饰酶基因 DNA序列 -
用DNA序列分析我国5种并殖吸虫的分类地位
目的采用分子生物学技术分析河口并殖吸虫、白水河并殖吸虫、勐腊并殖吸虫、曼谷并殖吸虫及象山并殖吸虫的分类地位.方法用明胶、乙基苯基聚乙二醇(NP40)、聚山梨酸200法抽提基因组DNA,用特异引物,PCR扩增ITS2和部分COⅠ基因的目的基因.PCR扩增产物纯化后直接测序分析其同源性,构建种系发生树.结果与结论DNA序分析结果表明,这4种并殖吸虫在并殖吸虫在并殖吸虫属中彼止比较接近,分类地位位于卫氏并殖吸虫与斯氏并殖吸虫之间.河口并殖吸虫与斯氏并殖吸虫在进化及亲缘关系上非常接近.
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T细胞淋巴瘤6号染色体微卫星DNA的杂合性缺失研究
目的:对T细胞淋巴瘤(T-cell lymphoma,TCL)6号染色体上6个微卫星多态标志物进行等位基因杂合性缺失(loss of heterozygosity,LOH)分析,以明确该区域是否存在与人类TCL发生发展相关的抑癌基因.方法:选取6号染色体上6个微卫星多态标志D6S251、D6S275、D6S287、D6S267、D6S262、D6S264,采用石蜡组织基因组DNA抽提、PCR扩增,变性聚丙烯酰胺凝胶垂直电泳、银染法分别检测了42例TCL中肿瘤组织与相应正常组织基因组DNA的LOH状况.结果:42例TCL中13例(13/42,30.95%)至少在1个位点出现LOH,以D6D262高(10.3%),其次为D6S287(10.0%)和D6s267(7.3%).而不同临床病理分型的TCL其LOH发生差异无统计学意义(P＞0.05).结论:在6号染色体上的6个微卫星标志中D6S287、D6S262和D6S267周围的6q21-6q23压域发生杂合性缺失率较高,位于6q21区编码Cyclin C的基因可能是此区与TCL发生发展相关的候选抑癌基因;尤其是6q21-6q22.1区域可能存在与TCL相关的抑癌基因,可能与TCL的发生发展有关.
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耐氟菌株及其亲代菌株ATP酶基因的DNA测序
目的对变型链球菌耐氟菌株及其亲代菌株的胞膜ATP酶基因进行DNA序列分析.方法分别制备变链菌株Ingbritt及其耐氟菌株Ingbritt-FR的菌悬液(OD600nm=1.0),经溶菌酶、Lysis消化.按已知ATP酶基因引物设计、扩增ATP酶各片段.将ATP酶基因连接至PUCm-T克隆载体,转化后经限制性内切酶酶切鉴定为阳性克隆.采用DG1G1E检测ATP酶基因, DNA测序试剂盒分析DNA序列.结果耐氟菌株与其亲代菌株的核苷酸序列无显著差别.结论 ATP酶基因改变不是变链菌株耐氟突变的机制.
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组蛋白甲基化修饰在乳腺癌中的研究进展
乳腺癌是一种多因素、多阶段、多基因变异积累的复杂病变.表观遗传变异(epigenefic variation)在乳腺癌的发生发展中占有重要的地位,与癌基因的激活、抑癌基因的失活有关.表观遗传变异指不改变基因DNA序列,通过DNA甲基化、组蛋白修饰、染色质重塑和非编码RNA调控等方式调控基因表达,使基因功能发生可遗传的变化,终导致基因表型改变.
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儿童上呼吸道感染者的生殖支原体套式PCR检测与DNA测序研究
目的生殖支原体(Mg)是从人体分离到的第12种支原体,并认为与男女性泌尿生殖道的炎性相关.1988年,国外学者曾从4例肺炎患者的咽部分离到Mg.我们检测了20例正常儿童和60例上呼吸道感染儿童的咽试子标本中的Mg16SrRNA基因.目的在于探讨Mg与儿童上呼吸道感染的关系.方法本文采用灵敏、特异的套式PCR检测技术,并对1例阳性标本和Mg(G-37T)典型株作了DNA测序分析.结果 60例儿童上呼吸道感染者中有13例Mg阳性,其中1例经DNA测序与Mg(G-37T)典型株完全一致.结论 Mg可能是儿童上呼吸道感染的病因之一.
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小肠结肠炎耶尔森菌耐热性肠毒素B基因(ystB)初步研究
目的研究小肠结肠炎耶尔森菌的耐热性肠毒素B基因(ystB)的分布特征.方法通过聚合酶链反应(PCR)、DNA探针杂交方法与序列分析检测致病性和非致病性小肠结肠炎耶尔森菌携带ystB基因的情况.结果 98株非致病性小肠结肠炎耶尔森菌中52株携带ystB基因,占53.06%.全部48株致病性小肠结肠炎耶尔森菌均不携带该基因.结论 ystB基因仅存在于部分生物1A型非致病性小肠结肠炎耶尔森菌,而不存在于致病性菌株中.
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分支杆菌临床分离株的16S rRNA基因序列分析
目的建立分支杆菌的16SrDNA序列分析的方法,采用该方法鉴定临床结核分支杆菌分离株.方法用PCR从重庆某医院的肺部感染病人的痰标本中分得的29株分支杆菌菌株中扩增16S rRNA 基因(16S rDNA)的5′端片段(～500bp),并测定所得到片段的DNA序列.用DNA分析软件将所获得的序列与GenBank的分支杆菌序列相比较,计算种间相似性,并用序列构建分支杆菌菌株的系统发育树,对分离株进行分类与鉴定.结果有14株的16S rDNA序列分别与已知结核分支杆菌复合群(Mycobacteria tuberculosis complex, MTC)、戈登分支杆菌、新金色分支杆菌、氯酚红分支杆菌、龟分支杆菌或脓肿分支杆菌的序列完全相同.依据完全一致的序列可以准确鉴定这些临床分离株为相应的种;部分分离株的16S rDNA在GenBank序列检索中无完全一致的匹配序列.用临床分离株的16S rDNA序列与已知的分支杆菌16S rDNA序列构建的系统发育树,结果提示某些菌株可能是与已知分支杆菌密切相关的新种或是它们的亚种.结论 16S rDNA序列分析鉴定分支杆菌是一种快速、可靠、成本较低的方法;重庆地区非结核分支杆菌感染的种类与其它地区的报告有明显不同.
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分支杆菌临床分离株的16S-23S rRNA基因转录间隔区的序列分析
目的建立鉴定分支杆菌分离株的16S-23S rDNA 转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列分析的方法,用该方法对临床分离株进行鉴定.方法对从重庆某医院分离的29株分支杆菌菌株分别进行了PCR扩增,得到它们的16S-23S rDNA ITS片段,并测定所得到片段的DNA序列.用DNA分析软件将所获得的序列与GenBank的分支杆菌序列相比较,计算种间相似性,并用序列构建分支杆菌菌株的系统发育树,对分离株进行鉴定.结果在ITS序列分析中,有10株的序列分别与结核分支杆菌复合群(Mycobacterium tuberc ulosis complex, MTC)、戈登分支杆菌,脓肿分支杆菌的序列完全一致. 依据完全一致的序列可以准确鉴定这些临床分离株为相应的种;4株16S rDNA序列分析不能准确鉴定的分离株中其中3株(M4、M5、M12)鉴定为戈登分支杆菌,1株(M23)鉴定为脓肿分支杆菌.部分分离株的的ITS序列在GenBank序列检索中无完全一致的匹配序列,这些不同的序列之间的相似程度为27.1%～99.2%.用临床分离株的ITS序列与其相似的已知分支杆菌的ITS序列构建的系统发育树,菌株分群与16S rDNA序列构建的系统发育树的分群基本一致.结论分支杆菌的16S-23S rDNA ITS序列比16S rDNA序列有更大的多样性,该序列分析可作为16S rDNA序列分析鉴定分支杆菌的一种补充.
关键词： 分支杆菌 菌株鉴定 PCR 16S-23S rRNA DNA序列 -
从西藏微小牛蜱检出类查菲埃立克体和边缘无形体16S rDNA
目的鉴定微小牛蜱(Boophilus microplus)所携带的埃立克体病原体.方法依据蜱传埃立克体16S rDNA序列设计引物,建立埃立克体属特异性套式PCR检测微小牛蜱DNA样本(每份DNA由2个蜱提取);克隆DNA样本中的埃立克体16S rDNA的5′末端片段并测定其序列.结果西藏某地的43份蜱DNA样本中有16份(37%)经套式PCR扩得阳性片段,而四川某地的27份蜱DNA样本扩增结果均为阴性.测定16S rDNA的5′末端片段(～450bp)的序列,发现两种序列,一种与边缘无形体16S rDNA完全一致,另一种与查菲埃立克体16S rDNA相关,但它们之间有7个碱基(～1.6%)的不同.结论西藏某地的微小牛蜱中携带有类查菲埃立克体和边缘无形体,该类查菲埃立克体可能是一个埃立克体新种.
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端粒酶与肿瘤关系的研究进展
端粒是染色体末端膨大的粒状结构,由简单重复的端粒DNA序列和结合蛋白组成.人端粒DNA重复序列为TTTAGGG,长度5～20 kb.
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核基质结合区结合蛋白质1研究进展
在真核生物的细胞核中,存在一种主要由非组蛋白的纤维蛋白和大分子量的RNA组成的三维网架体系,这就是核基质.结合在核基质上的特异DNA序列称为核基质结合区(MAR),MAR常常作为边界元件出现在转录单位的两侧以及像增强子这样的调节序列附近,大小在200 bp到几个kb之间,通常为500 bp左右[1].MAR是真核生物基因组的DNA序列中能特异地和核基质紧密结合的区域.
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不对称熔解曲线PCR法和DNA测序法检测HBV A1762T/G1764A结果分析
目的：以DNA测序法为标准，探讨不对称PCR熔解曲线法检测乙型肝炎病毒A1762T/G1764A基因变异的敏感性和特异性。方法：选取45例HBV阳性且经PCR熔解曲线法显示A1762T/G1764A变异的乙型肝炎患者血清，另选10例未发生HBV A1762T/G1764A变异的慢乙肝患者血清，用DNA测序法进行比较，分析两者检测结果。结果：55例测序样本中有51例两法结果完全一致,总符合率92.7%，另4例结果是：不对称PCR熔解曲线法检测显示为不完全变异型,而测序法则显示为完全变异型。结论：两法的相符率高，PCR熔解曲线法对A1762T/G1764A变异的检测是一简单易行较实用的方法，适用于临床基层开展。
关键词： 溶解曲线PCR A1762T/G1764A DNA序列 -
湖北省甲3型流行性感冒病毒株HA1基因特性分析
目的探讨湖北省流感病毒分离株的变异、进化发展过程,比较这些毒株之间的遗传进化亲缘关系,探讨湖北省流感病毒血凝素基因变异规律,为湖北省流感防治提供理论基础.方法对省内1983～2002年分离到的8株H3N2亚型流感病毒HA1区基因进行序列测定,并用生物信息学研究方法,分析比较各年代病毒分离株的进化关系.结果随着时间的变化,湖北省内流感病毒HA1基因间核甘酸替换数增加,随之抗原决定簇A和B的氨基酸有改变.结论分析1983～2002年8株流感病毒株,根据其HA1基因序列,按年代特征划分为两个谱系.其中一个谱系是1985年及其以前分离的毒株.上个世纪90年代后分离的毒株为一个谱系,90年代及2002年的毒株在进化树上和80年代处于不同分支.
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人乙型肝炎病毒前表面抗原preS基因的克隆与序列分析
从杭州、兰州两地各一例乙型肝炎病毒(HBV)表面抗原阳性血清中提取病毒DNA,采取PCR技术扩增出前表面抗原(preS)基因片段,重组到质粒载体上,对该基因进行了全序列测定[GenBank 索取号 CpreS-HZ:AF 325674;preS-LZ:AF 325675].克隆的HBV preS基因杭州分离物(preS-HZ)和兰州分离物(preS-LZ)全长522个核苷酸,编码174个氨基酸.preS-HZ与已发表的HBV adr亚型上海分离物[8]、北京分离物[9]、日本分离物[5]、HBV adw亚型[10]和ayw亚型[11]preS基因的核苷酸序列同源性分别为96.7%、96.2%、97.3%、88.7%和84.1%,氨基酸序列同源性分别为96.0%、94.9%、97.1%、85.1%和85.4%;preS-LZ与相应序列的核苷酸序列同源性分别为96.4%、96.2%、96.9%、88.7%、83.7%,氨基酸序列同源性分别为94.9%、94.9%、96.0%、85.1%、84.1%.分子进化分析(DNASTAR,1999)表明,克隆的两例HBV preS基因属于adr亚型.preS-LZ与preS-HZ之间有两个核苷酸变异(对应两个氨基酸变异),相对于以上报道的序列二者含有四个特异的氨基酸突变位点.在免疫保护区内二者具有较好的保守性,可用于表达乙肝重组亚单位疫苗.
关键词： 乙型肝炎病毒(HBV) 前表面抗原(preS) DNA序列 -
WASP基因突变所致Wiskott-Aldrich综合征1例并文献复习
目的:分析1例Wiskott-Aldrich综合征患儿的临床特征、基因突变及蛋白表达.方法:总结患几的临床特征,提取患儿外周血基因组DNA,针对WASP基因所有编码外显子及外显子和内含子交界处进行PCR扩增测序,并采用流式细胞术(FCW)检测WASP表达.结果:本例患儿具有典型的WAS表型,并伴有自身抗体ANA阳性,临床评分为3分.患儿为WASP基因第8外显子剪接位点突变:c.777+ 1G＞A,编码蛋白质终止于aa246;FCW检测WASP表达阴性.结论:本例男性Wiskott-Aldrich综合征患儿具有典型的WAS表型与自身抗体阳性的临床特点,其发病是由少见的WASP基因剪接位点突变所致.
关键词： Wiskott-Aldrich综合征 基因 突变 DNA序列 -
荧光原位杂交技术(FISH)在泌尿系统肿瘤领域的应用
一、荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization,FISH)技术概述1969年,Gall和Pardue等首次将同位素探针用于原位杂交实验,获得成功.1987年,染色体原位抑制杂交法的创建,使FISH技术得以迅速发展.随后,Cremer等用生物素和汞或氨基乙酰荧光素等非放射性物质标记探针,创立了双色FISH技术.1990年,Nederlof等用3种荧光素成功探测出了3种以上的靶位DNA序列,从而宣告了多色FISH技术的问世.
