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以家庭为基础的关联检验在遗传流行病学中的应用
简述以家庭为基础的关联检验(FBAT)分析遗传标记等位基因与疾病表型之间关联的方法 在遗传流行病学研究中的应用.介绍FBAT的设计原理、基本步骤、应用原则,并结合实例说明如何利用相应的软件有效分析核心家庭数据.分析表明,相对于其他传统的遗传分析方法 ,FBAT可以充分利用双亲基因型、受累子代基因型及其表型的家系数据,同时还以其他性状,如环境暴露数据作为协变量,进行双等位基因或多等位基因与疾病表型的关联分析,其设计优势为可消除病例和不相关对照之间由于种族差异产生的虚假关联,有效控制由于群体分层引起的偏倚,较其他方法 有更高的检验效率.适用于核心家庭或家系资料的遗传分析,是目前为数不多的进行疾病与遗传标志物关联检验的家系遗传分析方法之一.
关键词： 遗传流行病学 以家庭为基础的关联检验 疾病表型或性状 遗传标志物 -
全基因组关联研究与复杂疾病风险预测的现状与展望
人类基因组计划(human genome project,HGP)的完成预示着生命科学研究进入了基因组时代,在利用基因组学方法 进行流行病学研究的过程中产生了基因组流行病学.在人群中研究与疾病发生发展或健康相关的遗传变异,即遗传标志物(genetic marker)用于疾病的预防和治疗、促进健康,是基因组流行病学的主要研究内容.
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C反应蛋白基因多态性和单倍型与血清水平及相关疾病的研究进展
C反应蛋白(CRP)是一个在人类感染急性期应答中关键的组成部分,已有大量研究显示,CRP与心血管疾病、代谢综合征及其导致的多种疾病相关,高敏C反应蛋白(hs-CRP)在心血管疾病患者体内明显升高,同时亦可作为代谢综合征的独立危险因素.检测hs-CRP水平已成为临床预测疾病的重要手段.而CRP水平与很多因素相关,如先天的遗传因素与后天的组织损伤或感染等,其中遗传因素所占比例可达到40％[1],因此在分子水平上,筛选CRP遗传标志物,对于探讨影响血浆CRP浓度变化,以及对于CRP所引起的相关疾病致病机制的研究尤为重要.
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上消化道癌与血型的相关性分析
目的 探讨遗传标志物血型与上消化道癌发病的关系.方法 选择在山西省肿瘤医院住院手术治疗,并经病理确诊的食管癌、贲门癌及胃癌患者为病例组;健康对照组是以病例组为指示对象,选择同居住地、同性别、同职业,年龄相差不超过5岁的健康人群,作1对1配比.另以山西健康人群血型分布作第二对照组,进行上消化道癌与血型的关联性分析,获得相对风险率(RR)、病因分数(EF)和预防分数(PF).结果 上消化道癌患者血型分布与山西健康人群及健康对照组差异均有统计学意义(均P＜0.05);食管癌、贲门癌及胃癌患者血型分布与山西健康人群差异无统计学意义(P＞0.05);与山西健康人群比较,上消化道癌发病与A型及AB型血呈正相关(RR＞1,P＜0.01),与B型及O型血呈负相关(RR＜1,P＜0.05).但在病例对照相关分析中发现,与A型及AB型血虽相关(RR＞1),但差异无统计学意义(P＞0.05),与O型血相关(RR＜1)的差异有统计学意义(P＜0.01);以山西健康人群为对照,其中食管癌发病与A型及AB型血呈正相关(RR＞1),且与A型血差异有统计学意义(P＜0.05);与B型血及O型血呈负相关(RR＜1),且与O型血差异均有统计学意义(P＜0.05);贲门癌发病与A型及AB型血呈正相关(RR＞1),且与A型血差异有统计学意义(P＜0.05);与B型血及O型血呈负相关(RR＜1),且差异均无统计学意义(P＞0.05);胃癌发病与A型、B型及AB型血呈正相关(RR＞1),且差异均无统计学意义(P＞0.05);与O型血呈负相关(RR＜1),且差异无统计学意义(P＞0.05);以健康对照组为对照,食管癌发病与A型、B型及AB型血呈正相关(RR＞1),且差异均无统计学意义(P＞0.05);与O型血呈负相关(RR＜1),且与O型血差异均有统计学意义(P＜0.05);贲门癌发病与A型及AB型血呈正相关(RR＞1),且与A型血差异有统计学意义(P＜0.05);与B型血及O型血呈负相关(RR＜1),且差异均无统计学意义(P＞0.05);胃癌发病与A型、B型及AB型血呈正相关(RR＞1),且差异均无统计学意义(P＞0.05);与O型血呈负相关(RR＜1),且差异有统计学意义(P＞0.05);归结为EF及PF可见,上消化道癌及食管癌、贲门癌、胃癌发病与A型血呈正相关,是病因因素,占2％～6％;B型及AB型血是否为病因因素有待扩大样本进一步证实.上消化道癌及食管癌、贲门癌、胃癌与O型血呈负相关,是预防因素,占2％～18％.结论 上消化道癌及食管癌、贲门癌、胃癌发病与A型血呈正相关,是发病因素,与O型血呈负相关,是预防因素.
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雌激素受体基因多态性与骨密度关系的研究
骨质疏松是一种以骨量减少、骨强度减弱、骨折危险性增加的骨代谢性疾病,经对孪生子女和家族性调查表明,骨密度变异的75%～85%受遗传因素控制[1],有较强烈的遗传倾向.1994年Morrison等[2]首先提出了维生素D受体等位基因能预测骨密度的概念,其研究结果在骨质疏松研究领域引起普遍关注.目前,还发现了其他与骨密度有关的遗传标志物,如雌激素受体等位基因[3,4]、胶原Ⅰ型基因[5]等.我们采用聚合酶链反应(PCR)和限制性片段长度多态性(RFLP)酶切技术,测定雌激素受体(ER)基因型,研究ER基因型在正常人群中的分布及其基因多态性与骨密度的关系.
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核磷蛋白与恶性血液病
核磷蛋白(nucleophosmin,NPM)又名B23、NO38、Numatrin,是一种多功能的核仁磷酸化蛋白,广泛表达于各组织细胞,穿梭于胞核与胞质参与核糖体的装配、前rRNA的加工剪切、DNA复制、中心体复制、细胞分裂等生命活动.近年来,对于其生物学功能的研究颇受关注.自从Stein首先报道了NPM-ALK基因是CD30+(ki-1)间变性大细胞淋巴瘤(ALCL)的典型特征后,NPM作为分子遗传标志物与疾病诊断、预后的关系越来越引起研究者的关注.1994年,Morris和Shiota克隆出NPM-ALK融合基因后,人们发现NPM变异对于肿瘤尤其是恶性血液病的发生、发展和预后起着重要的作用.
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心室强回声在产前诊断中的意义
超声遗传标志物阳性提示胎儿染色体异常风险增加,但其也可能只是一种正常的变异.临床医师在进行咨询时多有困惑,也给孕妇及其家属带来诸多精神负担.本文围绕其中具争议的标志物之一——心室强回声( echogenic intracardiac focus,EIF),讨论其在染色体异常胎儿中的风险评估价值、与胎儿异常的关联性及临床咨询思路,以期更好地发挥超声在产前诊断中的作用,减少孕妇及家属的心理负担.
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徐州地区73株大肠杆菌O157∶H7的遗传多样性分析
目的 了解不同来源大肠杆菌O157∶H7菌株遗传标志物的分布频率.方法 对1999年徐州地区O157∶H7暴发疫情中分离到的73株O157∶H7菌株,用PCR方法对stx1和stx2阳性菌株分别进行亚型分型;对stx2阳性菌株检测q933和q21基因;用RT-PCR进行tir等位基因检测.结果 73株菌中除1株tir(255A)和tir (255T)均为阴性外,其余菌株均携带tir(255T)基因;10株携带stx1,亚型分型检测显示均为stx1a;全部分离株均为stx2阳性,其中携带stx 2a 13株(17.81％),携带stx2c 60株(82.19％).食品中未检出stx2a;病人分离株中stx2a检出率高于动物分离株,差异有统计学意义(P＜0.01),食品、动物分离株中stx2c检出率(100.00％、87.30％)较高.13株(17.81％)菌株为单q933阳性,60株(82.19％)为单q21阳性.食品中未检出q933,病人分离株中检出率高于动物分离株(P＜0.01);q21在病人分离株中未检出,食品、动物分离株检出率较高(100.00％、87.30％).结论 不同来源的O157∶H7分离菌株的遗传标志存在多样性,这可能有助于从外环境来源菌株中识别具有潜在人类疾病风险的基因型.
关键词： 大肠杆菌O157∶H7 志贺毒素 基因亚型 遗传标志物 -
表观遗传标志物在前列腺癌中当前及未来的应用情况
前列腺癌在西方国家是男性常见的恶性肿瘤。从全球范围来讲，它是男性肿瘤的第2常见病及肿瘤致死的第6大原因［1］。前列腺癌的发生与家族史、种族、肥胖、饮食习惯及其他环境因素有关，然而80岁的男性前列腺癌的估计发生率约为80%，其确定性的危险因素是年龄。在当今老龄化社会，前列腺癌已成为全球性的健康问题，并造成了严重的经济负担。
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2型糖尿病高危人群筛查研究进展
近30年来，随着经济发展和生活方式的改变，中国糖尿病患病率从1980年的0．67％猛增至2010年的11．6％，且流行特点以2型糖尿病（T2DM ）为主（超过90％）［1］，因此 T2DM已经成为中国面对的主要公共卫生问题之一。多项随机对照研究表明，在T2DM 高危人群中，生活方式或药物干预可以阻止或延缓T2DM 的发生［1‐2］。因此如何准确有效地识别高危人群是控制 T2DM 患病率的首要问题。到目前为止，已经报道多种方法来筛查 T2DM 高危人群，包括目前广泛使用的空腹血浆葡萄糖（FPG ）检测和口服葡萄糖耐量试验（OG‐T T ）［1，3］，以及结合公认危险因素和血液生物标志物而构建的T 2D M风险预测模型或风险评分工具等［4‐6］。本文将对识别T 2D M高危人群的方法的发展、应用及评价作一综述。
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风湿热/风心病遗传标志物D8/17抗原的研究进展
D8/17抗原是风湿热/风心病(RF/RHD)病人B淋巴细胞膜表面存在的标志性抗原,在心肌、骨骼肌和血管平滑肌等组织中亦有分布,并具有种族差异性.在多个国家大量的临床实践中证实,D8/17抗原在RF/RHD病人阳性率为80%～100%,而在正常人群中阳性率为10%～21%;且D8/17抗原在风湿活动期含量增加,活动控制后则含量下降.D8/17抗原在小舞蹈病及与链球菌感染相关的抽搐症、强迫综合征、孤独症等有高达80%～90%的阳性率.D8/17抗原本身的特征尚不清楚.本文详细阐述了其临床应用状况、特征、遗传方式,并提出了新的研究设想.
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广西壮族群体HLA与疾病相关性的研究进展
HLA(human leukocyte antigen, HLA)位于人类第6号染色体短臂6p21.3区域,具有高度的遗传多态性,不同地域和种族多态性差异较大,作为个体组织细胞的遗传标志物,在抗原识别、递呈、免疫应答与调控等方面起着非常重要的作用.
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探索分子标志物作为一个潜在的武器在胃癌中的作用
胃癌是一个全球性的健康问题,对于胃癌患者分期从Ⅱ-Ⅳ的复发率为25％-40％.不幸的是,大多数胃癌患者发现的时候已经是癌症晚期,仅有有限的治疗方法作为实践依据.目前治疗胃癌的方法主要包括:早期胃癌的内镜治疗,中晚期胃癌胃大部切除术及胃癌术后辅助放化疗.胃癌近期研究已证实,它是一种错综复杂的疾病.许多分子学特征逐渐在胃癌中表现出来.新发现的胃癌分子通路的个体化治疗和可预见结果向众人打开了大门.分子标志物可作为有用的工具在临床工作中协助诊治胃癌患者,它可以评估治疗疗效及探寻新的治疗方式.我们难以预测不同类型的肿瘤细胞对化疗药物的生理效应.分子标志物在抗癌疗法中逐渐被应用主要由于它们具有特异性.我们关注的焦点是公认的分子标志物能否指导内科医生在临床诊疗工作中实现价值.
