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淋巴瘤细胞10号染色体基因表达的研究
目的 研究淋巴结淋巴瘤细胞不同染色体基因表达情况.方法 将淋巴瘤淋巴结标本液氮速冻,快速冷冻切片,使用激光显微切割技术分离淋巴细胞,提取淋巴细胞中的mRNA与表达谱芯片杂交,通过信号扫描、处理后获得表达基因杂交信号强度.每基因设11～20对探针.杂交信号与错配探针对比,扣除背景值后,使用Wilcoxon符号秩和检验选取与错配杂交信号差异有统计学意义的基因作为分析结果.结果 从快速冷冻保存的淋巴瘤标本中提取了RNA,使用表达谱芯片进行研究,基因表达密度分析显示10号染色体上的基因表达情况与编码基因分布情况有明显差异,10号染色体编码的117条基因在淋巴瘤细胞中表达,且根据胞内定位、基因功能和基因所属的代谢通路3种分类方法对所得基因进行分类分析.结论使用表达谱芯片研究了淋巴瘤细胞不同染色体的基因表达情况,发现10号染色体编码的基因有很大差异.
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新基因 KIAA0372在淋巴瘤中的表达及其生物信息学分析
目的 研究淋巴瘤和反应性增生淋巴结基因表达的差异,并采用生物信息学方法对一条淋巴瘤高表达基因KIAA0372进行初步分析.方法 分别将淋巴瘤淋巴结标本和反应性增生淋巴结标本的mRNA与表达谱芯片杂交,通过信号扫描、处理后获得两者的表达差异基因.并用生物信息学方法对一条无功能研究的新基因KIAA0372进行初步分析,预测它的基因结构、染色体定位、编码蛋白质的理化性质、亚细胞定位、蛋白质功能域等信息.并对多物种中的相似性蛋白进行了系统进化分析.结果 表达谱芯片共发现了152条差异表达基因.对淋巴瘤相关新基因KIAA0372的上述性质进行了有效的预测,基本明确了该基因编码一胞外分泌蛋白,可能作为TGFβ信号通路的一个配基参与淋巴瘤细胞的生成.结论 表达谱芯片技术是一种研究肿瘤基因表达差异的有效的高通量研究方法.新基因KIAA0372是一个有研究价值的新靶点.
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益气养阴方抑制肿瘤转移及对肿瘤相关基因表达谱的影响
背景与目的:探讨益气养阴方抑制肿瘤转移及对肿瘤相关基因表达谱的影响.材料与方法:制备20只小鼠肌肉移植瘤模型,随机分为对照组和实验组,每组10只.对照组小鼠按0.01 nd/g灌胃生理盐水,实验组小鼠按O.01 ml/g灌胃益气养阴方水煎液(每毫升药液含4.3 g原生药材).35 d后处死小鼠,称取移植瘤重量,计算肺转移瘤生长指数.同时提取肿瘤组织总RNA.用RT-PCR逆转录合成eDNA并分别用Cy3-dUTP、CyS-dUTP标记对照组和药物组cDNA.与含有140 000点的小鼠基因表达谱芯片杂交,杂交芯片扫描结果用GenePixPro 3.0软件进行分析统计. 结果:益气养阴方明显降低小鼠肌肉移植瘤重量(与对照组比较,P<0.01),肺转移瘤生长指数也明显少于对照组(与对照组比较,P<0.05),差异基因表达谱分析表明本方对与肿瘤浸润转移、信号转导、细胞增殖、细胞凋亡及与代谢等有关的多个靶位基因进行调节. 结论:益气养阴方具有抑制肿瘤转移的作用.
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卷烟烟气诱发永生化人支气管上皮细胞恶性转化不同阶段的基因表达谱研究
背景与目的:应用基因芯片技术,分析卷烟烟气(cigarette smoke condense,CSC)诱发永生化人支气管上皮细胞BEP2D发生恶性转化不同阶段的基因表达谱变化.材料与方法:用CSC对不同代龄的永生化人支气管上皮细胞BEP2D进行染毒,用软琼脂克隆及流式细胞术对染毒细胞的恶性转化性状进行检测,分离培养已发生恶性转化的软琼脂克隆细胞.分别提取不同代龄染毒细胞的总RNA,选用人类全基因组寡核苷酸芯片Sentrix(R)Human-6 Expression Bead Chip,通过芯片的杂交、清洗及扫描,对染毒细胞的基因表达谱进行分析.结果:用CSC对BEP2D细胞染毒后,从第30代细胞(P30)开始,细胞获得了锚着独立生长特性,流式细胞术分析显示.P40细胞出现多倍体.我们从软琼脂克隆中分离出具有恶性转化特性的细胞C2,与烟气溶剂对照细胞相比,染毒后细胞P10、P20、P30、P40及C2中均表达下调的基因有269个,表达上调的基因有63个,这些基因的改变发生在CSC诱发BEP2D细胞恶性转化的早期阶段.与癌启动相关.CSC染毒后,P10、P20表达没有变化,而在P30、P40及C2中发生表达下调的基因有316个,表达上调的基因有147个,这些基因的改变发生在CSC诱发BEP2D细胞恶性转化的中期,与癌促进相关.结论:从CSC诱发BEP2D细胞恶性转化不同阶段的基因表达谱,筛选出一批与癌症的启动及发展阶段相关的基因,为深入了解吸烟致肺癌的发生、发展机制提供了有价值的信息,同时也为制备吸烟致肺癌相关基因的检测芯片奠定实验基础.
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肺腺癌及其转移淋巴结的基因表达谱研究
背景与目的: 利用基因芯片技术研究肺腺癌组织及其转移淋巴结组织基因表达差异. 材料与方法: 分别抽取 3例肺腺癌组织、转移淋巴结组织的总 RNA,通过逆转录合成 cDNA,以两种荧光 cy5和 cy3标记,制备 cDNA探针,并与含有 1 152个人类全长基因的 cDNA基因芯片进行杂交.以 ScanArray4000荧光扫描仪扫描芯片上两种荧光信号,用计算机处理和分析. 结果: 3例肺腺癌组织和转移淋巴结组织标本中, 8个基因有共同表达差异,其中上调基因 5个,下调基因 3个. 结论: 肺腺癌组织和转移淋巴结组织之间存在着基因表达差异,两者比较共表达差异的 8个基因可能与肺腺癌的发展、转移有关.
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应用基因表达谱芯片研究MNNG诱致小鼠胚胎畸形肢体基因表达的变化
背景与目的:研究N-甲基-N'-硝基-N-甲基亚硝基胍(N-methy-N'-nitro-N-nitrosoguandine,MNNG)诱致小鼠胚胎畸形肢体基因表达的变化,筛选肢体畸形相关基因.材料与方法:应用含有8 192条小鼠基因的cDNA表达谱芯片,对MNNG诱致的孕14 d胎鼠畸形肢体组织及正常肢体组织的基因表达谱进行分析.结果:畸形肢体组织共筛到差异表达基因287条,其中下调214条,上调73条.结论:MNNG诱致的小鼠胚胎肢体短肢、少趾畸形可引起很多基因的表达改变,涉及与凋亡有关的基因、与生长因子或生长因子样物质有关的基因、结构基因及很多功能未知的相关基因,差异表达基因中以下调基因居多,这些结果可为进一步研究肢体短肢、少趾畸形的形成机制提供依据.
关键词： N-甲基-N'-硝基-N-甲基亚硝基胍 肢体畸形 基因表达谱 聚类分析 小鼠 -
胚胎肺和正常肺组织基因表达谱差异
背景与目的:利用基因芯片技术研究胚胎肺和正常肺组织基因表达谱差异,筛选出人肺在发育过程中基因的变化.材料与方法:分别抽取胚胎肺组织和正常肺组织的总RNA并纯化mRNA,用逆转录的方法,将各mRNA的两种荧光cy5和cy3标记的cDNA链做探针,并与含有1 152条人类全长基因芯片上进行杂交.以ScanArray4000荧光扫描仪扫描芯片上两种荧光信号,用计算机处理和分析.结果:胚胎肺和正常肺组织比较差异2倍以上基因共有317条,其中193条表达增加,124条表达降低.结论:胚胎肺和正常肺组织之间存在有基因差异,初步证明人肺组织在发育过程中受环境影响.
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基因芯片在胃癌基因表达谱中的应用
胃癌的产生是一个多因素、多阶段的复杂过程,且涉及大量肿瘤相关基因的结构改变和表达异常.鉴于基因芯片技术快速、准确、高通量检测基因表达谱的优点,现将该技术应用于胃癌发生、发展以及治疗过程中基因表达谱的研究进展作一综述.
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十三种化合物诱导的小鼠原代培养肝细胞基因表达谱的聚类分析
背景与目的:利用基因芯片技术研究13种化合物所诱导的小鼠原代培养肝细胞基因表达谱,通过对基因表达谱的聚类分析,对化合物在基因组反应水平上进行分类的尝试,使化合物的分类与其诱导的基因表达谱联系起来.材料与方法:用30%的致死剂量染毒原代培养的小鼠肝细胞,24 h后提取RNA,用芯片进行检测.结果:聚类分析结果表明,13种化合物分成了三类.结论:用基因表达谱来对化合物进行分类,使其分类结果与毒性作用相联系,进而探讨其作用机制、预测未知毒性化合物的毒性是可行的,是很有价值与希望的研究方向.
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OTS-2.2S基因芯片对人脑挫伤后基因表达差异的初步研究
目的利用基因芯片技术,研究人挫伤脑组织中基因表达差异.方法从脑组织提取mRNA,通过OTS-2.2S基因芯片,研究脑挫伤组织与对照脑组织细胞原癌及抑癌相关基因特异性表达差异.结果发现在挫伤脑组织中,HoJ-1和KIAAOO65基因表达水平显著下降,而p107 mRNA表达水平显著升高.结论在脑挫伤中仅发现3条基因的表达有显著性差异;本研究是对脑损伤后基因表达水平及其法医学意义进行的探索性研究.
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ARP-SRP基因表达谱芯片对脑损伤的初步研究
目的研究脑挫伤后ARP-SRP基因表达谱差异及其法医学意义.方法从脑组织提取mRNA,应用ARP-SRP-1.0S基因芯片,研究脑挫伤组织与对照脑组织细胞凋亡蛋白和应激反应蛋白相关基因特异性表达差异.结果基因芯片杂交结果中,发现人类溶酶体的胃蛋白酶抑制剂不敏感蛋白酶基因(CLN2)表达水平显著下降.结论CLN2基因与一种婴儿致死性神经变性疾病LINCL有关,但CLN2基因在脑损伤中的作用尚有待进一步研究;基因芯片在研究脑损伤后相关基因的改变具有快速、高通量、高敏度等特点.
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生物芯片--基因功能研究新的技术平台
生物芯片(biochip)或(bioarray)是指芯片技术在生物学领域中应用的总称.生物芯片的概念虽然来自于计算机,但其实质上却和计算机有着天壤之别,而唯一相似的地方就是在外型和构造上都具有集成化和微型化的特征.在计算机中,所有信息都是以0和1的形式存储和计算的.而生物体内的遗传信息非常复杂,人的遗传物质基因就有几万个, 这就要求用各种芯片组成"规矩机器人"以便检测、更换或修复有缺陷的基因片段.生物芯片技术是20世纪90年代初半导体技术和生物技术"联姻"的结晶,是通过缩微技术,根据分子间特异性地相互作用的原理,将生命科学领域中不连续的分析过程集成于硅芯片或玻璃芯片表面的微型生物化学分析系统,以实现对细胞、蛋白质、基因及其它生物组分的准确、快速、大信息量的检测.简言之,生物芯片的本质是进行生物信号的平行分析,并有望在未来发展成为生命活动的控制者之一,因此它是当今生物技术中人类基因组、生物芯片、干细胞、生物信息学和神经科学五大平台中的一个重要的技术平台.
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RFDD-PCR技术用于构建证的相关基因表达谱初探--支气管哮喘肾虚证患者外周血mRNA差异显示研究
目的运用RFDD-RCR技术初步筛选支气管哮喘肾虚证的相关基因,以冀探讨构建中医证的相关基因表达谱的研究方法.方法采用限制性酶切片段差异显示技术(RFDD-PCR).收集支气管哮喘肾虚证患者治疗前后外周血,分离纯化其总RNA、合成双链cDNA、TaqI限切酶酶切、在酶切位点两端连上接头、用特异配对于接头的引物进行降落PCR扩增、变性聚丙烯酰胺凝胶电泳、银染、回收差异条带并重扩增、反向斑点杂交、测序、生物信息学分析.结果共找到36条差异条带,其中25条能用斑点杂交验证,选取共性差异条带3条进行测序,结果与基因库比较未发现同源序列.结论3条基因片段可能是与支气管哮喘肾虚证相关的新基因;RFDD-PCR技术为研究与中医证相关的基因差异表达谱提供了一种可行的方法.
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胃癌组织中环状RNA的差异表达谱分析
目的 探讨环状RNA(circRNA)在胃癌组织及对应癌旁组织中表达谱的变化,分析两者之间的差异,筛选差异表达的circRNA,鉴定并进行功能预测.方法 通过高通量circRNA芯片技术筛选胃癌病人癌组织及对应癌旁组织中circRNA表达谱的差异,经过对原始数据进行预处理 、归一化后,筛选出差异表达的circRNA,并使用实时定量PCR(RT-qPCR)技术对其进行验证和生物信息学预测.结果 芯片检测结果显示,胃癌组织样本与其对应的癌旁组织样本之间存在1042条差异表达的circRNA,其中在肿瘤组织中高表达的有475条,低表达的有567条(变化 ≥2倍且P<0.05).对筛选所得的差异表达circRNA的亲本基因进行生物信息学分析,预测了其潜在的生物学功能.RT-qPCR结果显示在上调显著的6个circRNA中,只有hsa_circ_0001666在胃癌细胞系和组织中的表达与芯片结果一致.Arraystar自主研发的miRNA靶标预测软件显示,hsa_circ_000166可能通过结合hsa-miR-450a-1-3p、hsa-miR-661、hsa-miR-493-5p、hsa-miR-208a-5p和hsa-miR-612发挥其miRNA"海绵"的功能.结论 胃癌组织与对应癌旁组织比较,circRNA表达谱发生了显著变化,这些差异表达的circRNA可能与胃癌的发生发展密切相关.
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胶质瘤恶性进展相关基因表达谱中发育与分化基因的分析
背景与目的:新近对神经干细胞为胶质瘤起源细胞的研究非常热门,推测其发生的分子机制有可能是发育与分化相关基因表达异常所致,但确切的分子变化不清.本研究分析胶质瘤恶性进展相关基因谱中发育与分化相关基因表达变化,旨在为寻找胶质瘤发生发展的分子病因提供线索.方法:采用cDNA芯片检测同一患者初发和两次复发的胶质瘤组织与正常脑组织中基因表达的差异,建立胶质瘤恶性进展相关基因表达谱.根据GenBank、GeneCards和Medline上检索的资料分析其中发育与分化基因的变化.结果:三份肿瘤组织和正常脑组织两两相比,确定了差异表达基因280条,其中包括发育与分化基因73条,并对胶质高亲和谷氨酸转运体1(glial high affinity glutamate transporter 1,GLT1)、白细胞介素-1的Ⅰ型受体(IL-1 RI)、表皮生长因子受体-8(epideramal growthfactor receptor-8,EGFR-8)、细胞分裂周期2(Cell division cycle 2,CDC2)、N-myc下游调节基因3(N-myc downstream-regulated gene 3,Ndr3)丝裂原活化蛋白激酶激酶4(mitogen-activated protein kinasekinase 4,MAPKK4),共6条基因作了生物信息学分析.结论:从胶质瘤恶性进展相关基因表达谱中发现表达量显著变化的6条发育与分化基因,为阐明胶质瘤发生的分子病因提供了进一步研究的依据.
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半定量RT-PCR检测胶质瘤细胞分化相关新基因的表达
背景与目的:利用基因芯片和生物信息学手段从大量的基因中筛选肿瘤发生发展过程中重要的调控基因,是目前功能基因组研究的一个重要研究方向.但是小样本量的检测有时会出现一些假阳性和假阴性结果,因此很有必要抽取部分样本的基因进行验证.本文利用半定量RT-PCR检测了从胶质瘤恶性进展和诱导分化两个基因表达谱中利用生物芯片和生物信息学技术筛选出来的7条基因在胶质瘤组织中的表达情况,目的在于,一方面验证以前的基因芯片数据的可靠性;另一方面通过对基因表达水平的半定量,进行横向的对比,希望能够找出这些基因在不同级别胶质瘤中的表达规律,为进一步的功能研究提供依据.方法:按照7条基因的Gen-Bank登录号,检索GenBank得到这些基因的全长cDNA序列,然后设计相应的PCR引物,针对22例恶性胶质瘤病人的肿瘤组织作检测,22例胶质瘤按照WHO分级其中I级3例,Ⅱ级8例,Ⅲ级7例,Ⅳ级4例,后利用SmartView电泳图像分析软件对各个基因在不同组织中的表达进行半定量.结果:这些基因在这些肿瘤中的表达差异是有规律性的,和以前的基因芯片结果基本一致.如X54304(肌球蛋白轻链)、AI264216(胆碱转运因子2)都是随着恶性程度的进展而表达升高,而NM-019896(DNA多聚酶p12亚基)、NM-015962(CGI-35蛋白)、AB037886(NESH蛋白)、D38305(Tob蛋白)、M87507(半胱天冬酶1,Caspasel)都是随着恶性程度的进展而表达降低.结论:我们对于基因芯片和生物信息学技术筛选到的7条基因作半定量RT-PCR分析,证实我们使用的基因芯片是可靠的;同时显示这些基因在胶质瘤的恶性进展过程中都发生了规律性的改变,信息学检索提示其中有些基因可能是肿瘤恶变的重要调控因子.
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应用微阵列初步探讨原发胶质母细胞瘤的基因表达谱
背景与目的:多数肿瘤为多基因病变.微阵列技术适用于多基因平行表达研究.应用微阵列技术探讨原发胶质母细胞瘤的基因表达谱,可能发现与该肿瘤分子病理学相关的新线索.方法:术中收集新鲜原发性胶质母细胞瘤组织10例及1例正常脑组织,提取总RNA,逆转录制备成32P标记的cDNA探针,与Atlas人肿瘤芯片杂交,通过放射自显影获得基因杂交图,应用Atlas ImageTM1.01a综合分析其相互之间差异.结果:与正常 脑组织相比,原发性胶质母细胞瘤标本的差异显示基因平均为71.2±47.3,其中至少在一半以上标本中具有相同表达趋势的基因为50个,分属于不同的基因群.结论:原发性胶质母细胞瘤具有多种异常表达基因,各基因间存在复杂的作用关系并存在功能联系.微阵列应用研究可能提供关于胶质瘤分子病理的新信息.
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组学技术在胶质瘤分子分类方面应用研究进展
胶质瘤传统病理学的分类分级主要基于细胞水平的认识,而缺乏对胶质瘤分子学特征的认识.随着分子生物学的发展,尤其是基因组学和蛋白质组学技术的发展,人们逐渐肯定了髓母细胞瘤起源于小脑颗粒细胞,少枝胶质细胞瘤因按其基因表达谱的差异可进一步进行分类,依据胶质细胞瘤基因或蛋白的表达差异可对胶质细胞瘤进行分级及预后预测,并可对胶质母细胞瘤进行进一步分类.组学技术的发展扩大了检测胶质瘤分子缺陷的数目,推动了胶质瘤分子分类方法的发展.
