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  • 基因芯片在筛选宫颈癌相关基因中的应用研究

    作者:刘开江;李庭芳;袁建林;陈锐;韩志勇;李遥

    目的:通过研究宫颈癌组织和正常宫颈组织中差异表达的基因,筛选出与宫颈癌相关的基因群,并进一步研究其表达和初步功能.方法:以含2 048条人类全长基因的cDNA基因表达谱芯片,检测3例宫颈癌标本和正常宫颈标本的基因表达谱,计算机分析比较两种组织中差异表达的基因.结果:3例宫颈癌差异表达基因分别有197条、429条和665条,共同差异表达的基因有64条.结论:宫颈癌同其他肿瘤一样,是多种基因结构和功能改变的结果,有关宫颈癌特异性相关基因及其作用有待进一步研究.

  • microRNA657与新疆维吾尔族高脂血症相关性研究

    作者:杜宪;焦谊;龙梅;王丽凤;毛新民;米娜瓦尔·胡加艾;武云;朱曼丽;李琳琳;王烨

    目的:探讨微小RNA657(microRNA657)与新疆维吾尔族高脂血症的相关关系。方法选择维吾尔族高脂血症组与血脂正常组抗凝全血样本各14例,留取血样检测甘油三酯、胆固醇等指标,采用Real-Time PCR检测差异表达的 microRNA。结果与维吾尔族血脂正常组相比,维吾尔族高脂血症组抗凝全血中microRNA657的表达量下降,分别为(26.64±07.3)、(08.83±03.2),差异具有统计学意义(P <00.5);高脂血症组患者的年龄、空腹血糖(FPG)、甘油三酯(TG)水平均高于血脂正常组,高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)水平均低于血脂正常组,差异有统计学意义(P <00.5);偏相关性分析发现microRNA657的表达量与舒张压和收缩压呈负相关。结论维吾尔族高血脂人群抗凝全血中 microRNA657的表达量显著降低,提示microRNA657表达量的降低可能与维吾尔族高脂血症相关。

  • 维吾尔族结直肠癌miRNA基因表达与疾病预后关系的研究

    作者:黎永军;田德安

    目的:探讨维吾尔族结直肠癌组织中差异性表达的miRNA及其与结直肠癌预后的关系.方法:收集手术切除的维吾尔族结直肠癌患者结直肠癌组织和维吾尔族正常结直肠黏膜组织标本,应用AFFX miRNA表达谱芯片实验初步筛查癌及正常组织中miRNA的差异表达,并采用实时定量PCR技术验证芯片检测结果,分析差异性表达的miRNA与维吾尔族结直肠癌临床病理学关系.结果:30种miRNA在维吾尔族结直肠癌患者切除癌组织与接受痔痛手术患者的结直肠正常黏膜组织相比存在显著差异表达(P<0.05).18个表达上调的miRNAs分别为hsa-miR-31,hsa-miR-196b,hsa-miR-105,hsa-miR-224,hsa-miR-27b,hsa-miR-106a,hsa-miR-486-5p,hsa-miR-483-6p,hsa-miR-663b,hsa-miR-574-3p,hsa-miR-584,hsa-miR-378,hsa-miR-141,hsa-miR-18a,hsa-miR-19a,hsa-miR-452,hsa-miR-622和hsa-miR-768-5p,12个表达下调的分别是hsa-miR-215,hsa-miR-4298,hsa-miR-1246,hsa-miR-139-5p,hsa-miR-34a,hsa-miR-3201,hsa-miR-363,hsa-miR-133b,hsa-miR-133a,hsa-miR-378a-3p,hsa-miR-1825和hsa-miR-30a,其中以hsa-miR-196b,hsa-miR-31和hsa-miR-106a在结直肠癌组织中表达升高具有显著性.实时荧光定量PCR检测结果与miRN A芯片检查的结果基本吻合,证实miRNA芯片结果真实可靠.结论:成功筛选出维吾尔族结直肠癌组织中差异性表达的miRNA;hsa-miR-196b,hsa-miR-31和hsa-miR-106a的高表达与维吾尔族结直肠癌的转移有关,并提示疾病的预后不良.

  • 基因芯片及其在肿瘤研究中的应用

    作者:陈云昭;常彬;李锋

    基因芯片技术是将成千上万个寡核苷酸序列或cDNA序列规律的排列在1~2cm2的支持物上,然后将荧光标记的样本DNA/mRNA与芯片杂交,并用计算机对杂交信号作出检测从而研究基因表达谱.目前,基因芯片在肿瘤诊断中的应用主要包括肿瘤的分子学分类,预测肿瘤对某些化疗或激素治疗的敏感性,肿瘤的分期,发现新的治疗靶点等方面.本文还对基因芯片的应用前景作一简要介绍.

  • 全基因组寡核苷酸表达谱筛选哈萨克族食管癌相关靶基因

    作者:卢晓梅;彭辉;刘赞;宋曼殳;王星;阿尔孜古丽·吐尔逊;伊力亚尔·夏合丁;温浩

    目的 筛选哈萨克族食管癌与正常食管黏膜的差异表达基因.方法 新鲜标本取自哈萨克族食管鳞癌患者.采用RNA保护技术保护组织标本,分离癌组织、正常食管黏膜组织标本,提取RNA,线性扩增获得足量cRNA,利用基因芯片分别检测癌组织和正常食管黏膜组织基因表达谱,并利用生物信息学方法对检测结果进行分析.结果 癌组织和正常食管黏膜组织比较差异10倍以上共有170个基因,其中表达上调(信号比的对数值>3)有39个,表达下调(信号比的对数值<-3)有131个.表达异常的基因与细胞周期调节、细胞凋亡、细胞骨架、细胞外基质、细胞内信号传递、蛋白质的翻译合成及免疫功能等相关.结论 利用全基因组寡核苷酸芯片可准确、高效地筛选出哈萨克族食管癌相关的候选靶基因170个,这些基因与哈萨克族食管癌的发生、发展有关.

  • 不同发育阶段表皮细胞微小RNA的差异表达谱分析

    作者:宋志芳;刘德伍;李津

    目的 探讨人表皮中具有未分化特性的表皮干细胞和角质形成细胞之间微小RNA(micro-RNA,miRNA)表达谱的差异. 方法 (1)采用酶消化法和Ⅳ型胶原快速贴壁相结合的方法获得人原代表皮干细胞及角质形成细胞.倒置显微镜下观察培养细胞的生长状况,免疫细胞化学染色法行β1整合素、角蛋白1(keratin 1,CK1)、CK10、CK19单克隆抗体检测鉴定.(2)Trizol 一步法分别提取表皮干细胞和角质形成细胞总RNA,甲醛变性胶电泳质检.mirVanaTM miRNA分离试剂盒对其进行纯化,使用miRNA标记和杂交试剂盒进行荧光标记及芯片杂交,利用FeatureExtraction(V 10.7)软件对杂交图片进行分析,GeneSpring(GX 10.0)软件进行数据归一化及差异分析,同时应用RT-PCR法验证miRNA芯片结果的可靠性.(3)预测差异表达的miRNA的靶基因. 结果 (1)快速黏附于Ⅳ型胶原的细胞群培养3d能形成明显克隆,免疫细胞化学染色显示β1整合素及CK19呈阳性表达,为表皮干细胞;不能快速黏附于Ⅳ型胶原的细胞群培养3d无明显克隆形成,CK1及CK10呈阳性表达,为已分化角质形成细胞.(2)筛选出表皮干细胞中表达上调的miRNA 31个,表达下调的miRNA 153个.其中显著上调的miRNA有hsa-miRNA-125b-3p、hsa-miRNA-197-5p、hsa-miRNA-376a-3p等;显著下调的miRNA有hsa-miRNA-203、hsa-miRNA-29b-3p、hsa-miRNA-34a-3p等.其中上调的hsa-miRNA-197-5p和下调的hsa-miRNA-29b-3p的RT-PCR验证结果与芯片检测结果具有较好的一致性.(3)部分miRNA靶基因预测提示miRNA与细胞增殖分化、凋亡衰老等生物学特性有关. 结论 人表皮干细胞与角质形成细胞的miRNA表达存在明显差异,可能与两者不同的增殖分化能力等生物学特性有关.

  • 不同骨密度人群外周血单核细胞的基因表达谱分析

    作者:赵和平;蒋文艳;王冀邯;于燕

    目的:探讨不同骨密度人群外周血单核细胞基因表达谱的变化。方法运用 R 语言对公共数据平台 NC-BI 下的基因芯片数据集 GSE7158进行差异基因表达分析、DAVID(the database for annotation,visualization and integrated discovery)注释工具对差异基因进行功能注释、Medcalc 统计软件进行受试者工作特征(receiver operator characteristic, ROC)曲线分析。结果与高骨密度组相比,低骨密度组外周血单核细胞中61个基因表达改变(倍数大于1.5,P <0.05),且多数基因呈上调模式。表达差异基因分别参与了71个生物学过程(biological process,BP)条目、4个细胞组分(cellular component,CC)条目、6个分子功能( molecular function,MF)条目以及1个 KEGG 通路。基因 CXCL10、IFI44L、IGKV4-1作为生物标志物鉴别两组样本具有较好的特异性、敏感度及准确性,且 CXCL10&IGKV4-1基因联合检测能够增加鉴别诊断的准确性。结论运用高通量组学与相关数据库结合有助于全面的解析病理状态下生物样本中的组学改变,为后续骨质疏松症研究提供系统的分子学机制基础。

  • 胶原诱导性关节炎大鼠肝细胞基因表达的变化

    作者:李莉;申秀萍;景小龙;郭传敏;刘静

    目的 通过研究胶原诱导性关节炎大鼠肝组织基因表达谱,探讨类风湿性关节炎的发病机制.方法 采用dChip(Dec.2009 version)分析软件lower bound fold change方法分析表达差异1.5倍以上基因,芯片类型为GeneChip Rat Genome 230,基因库为Affymetrix Gene,参考GenBank基因库,功能通路参考KEGG数据库.用大鼠全基因表达谱芯片研究胶原诱导性关节炎及正常大鼠肝组织基因表达谱,比较模型大鼠及正常大鼠肝组织基因表达的差异.结果 结果显示,胶原诱导性关节炎大鼠差异表达基因有1 009个,其中上调基因480个,下调基因529个.差异表达基凶主要涉及生物过程调控、刺激反应、细胞通信、细胞周期的负调控、免疫反应、应激反应、血管生成、内皮细胞分化等功能.涉及的代谢及信号通路主要有细胞凋亡通路、钙调节通路、TGF-β 通路、凝血功能通路、炎症反应通路等通路.模型组差异表达上调的基因主要有Aldhla7、Bad、Gdf10、Ccar2、Slcla3、Illb、I17、Vegfb、IgG-2a等,差异表达下调的基因主要有Ugt2b、Mx2、Usp 18、Comt、Zfp354a、Oasla、Glp2、Irf7等.结论 胶原诱导性关节炎是一个涉及多基因表达异常的全身免疫性疾病,筛选到的差异表达基因初步反映了类风湿关节炎的发病机制,为类风湿关节炎的防治提供重要线索.

  • 严重烧伤患者早期血清微小RNA差异表达及其信号通路分析

    作者:王姗;阮琼芳;谢卫国;陈斓;蒋梅君;阮晶晶;叶子青

    目的 探讨严重烧伤患者早期血清微小RNA的差异表达及其信号通路. 方法 选择武汉大学同仁医院暨武汉市第三医院2015年7月收治的符合入选标准的3例严重烧伤患者,另选择3名健康成年志愿者.于烧伤患者伤后24 ~ 48 h,烧伤患者和健康志愿者各取静脉全血6 mL并分为烧伤组和健康对照组.2 mL全血用于检测白细胞计数、中性粒细胞含量.4 mL全血分离血清,一半血清用于检测血糖、总蛋白及白蛋白含量;一半血清采用Trizol法提取总RNA,利用微小RNA芯片技术筛选2组间差异表达比值大于或等于1.500的微小RNA,对差异表达微小RNA进行聚类分析、京都基因和基因组百科全书(KEGG)信号通路功能富集分析.对数据行t检验. 结果 (1)烧伤组全血白细胞计数、中性粒细胞及血清血糖含量均显著高于健康对照组(£值为4.27~ 7.83,P<0.05或P <0.01),烧伤组血清总蛋白和白蛋白含量均显著低于健康对照组(t值分别为-12.80、-12.36,P值均小于0.01).(2)与健康对照组比较,烧伤组血清差异表达比值大于1.500的微小RNA共48个,其中表达上调的共22个,表达下调的共26个.烧伤组血清微小RNA表达谱与健康对照组不同.(3) KEGG信号通路功能富集分析显示,与健康对照组比较,烧伤组血清差异表达的微小RNA参与肿瘤转录失调信号通路、肿瘤蛋白聚糖信号通路、长时程增强作用信号通路、肿瘤相关微小RNA信号通路、柠檬酸循环信号通路、TNF信号通路、黏着斑信号通路、内吞作用信号通路、胰岛素分泌信号通路、雌激素信号通路. 结论 严重烧伤患者血清微小RNA表达谱与健康人不同,其差异表达的微小RNA可能参与严重烧伤早期能量代谢、炎症反应、血糖调节等重要的病理生理过程.

  • 电烧伤和热力烧伤患者血清微小RNA表达谱分析

    作者:阮琼芳;蒋梅君;叶子青;赵超莉;谢卫国

    目的 探讨电烧伤患者、热力烧伤患者和健康人血清中微小RNA的差异表达及其意义.方法 选择笔者单位2015年6-8月收治的符合入选标准的电烧伤患者、热力烧伤患者各3例,另选择3名健康成年志愿者,取全血分离血清并分为电烧伤组、热力烧伤组、正常对照组.Trizol法提取血清总RNA,利用微小RNA芯片技术筛选3组间差异表达(差异表达比值大于或等于2.000、小于或等于0.500)的微小RNA,对差异表达的微小RNA进行聚类和韦恩图分析,对差异表达明显的微小RNA(差异表达比值大于或等于5.000、小于或等于0.500)行京都基因和基因组百科全书(KEGG)信号通路功能富集分析.结果 3组血清间差异表达微小RNA共220个.电烧伤组和热力烧伤组血清微小RNA表达谱与正常对照组不同.与正常对照组比较,电烧伤组血清有59个差异表达改变倍数大于2.000倍的微小RNA,其中50个表达上调,9个表达下调;热力烧伤组血清有40个差异表达改变倍数大于2.000倍的微小RNA,其中21个表达上调,19个表达下调.与热力烧伤组比较,电烧伤组血清有167个差异表达改变倍数大于2.000倍的微小RNA.与正常对照组比较,热力烧伤组血清特异表达微小RNA 17个,电烧伤组血清特异表达微小RNA 26个.KEGG信号通路功能富集分析显示,与正常对照组比较,电烧伤组血清差异表达明显的微小RNA参与胰岛素分泌信号通路、致心律失常型右心室心肌病信号通路、肥厚型心肌病信号通路、谷氨酸能突触信号通路、钙离子信号通路、环磷酸腺苷信号通路、甘油磷酸酯代谢途径、嘧啶代谢途径、血清素激活突触信号通路等;热力烧伤组血清差异表达明显的微小RNA参与肿瘤转录失调信号通路、肿瘤蛋白聚糖和肿瘤相关微小RNA信号通路、长时程增强效应信号通路、柠檬酸循环信号通路、TNF信号通路、黏着斑信号通路、内吞作用信号通路、胰岛素分泌信号通路、p53信号通路、雌激素信号通路等.结论 电烧伤和热力烧伤血清的微小RNA表达谱与健康人血清的不同,其差异表达的微小RNA的靶基因富集的信号通路与电烧伤和热力烧伤伤后病理变化和临床表现相关.

  • 重组人粒细胞巨噬细胞集落刺激因子对糖尿病大鼠创面愈合及微小RNA表达的影响

    作者:刘移峰;刘德伍;郭光华;毛远桂;汪显林

    目的 探讨重组人粒细胞巨噬细胞集落刺激因子(rhGM-CSF)凝胶对糖尿病大鼠创面愈合及创面组织中微小RNA表达的影响. 方法 取18只雄性清洁级SD大鼠建立糖尿病模型.4周后取稳定成模的16只糖尿病大鼠,于背部两侧制作4个全层皮肤缺损创面,共64个创面.采用配对设计以脊柱两侧对称的创面配对,采用盲法(用红蓝两色标识rhGM-CSF或凝胶基质)及随机数字表法分为2组,每组32个创面;A组采用红色标签药剂、B组采用蓝色标签药剂.2组大鼠均每日涂抹药膏1次,厚度为3 mm,至伤后14d.伤后3、7、14d,大体观察各组创面愈合情况;计算伤后3、7d创面愈合率.伤后3、7、14d,每组分别采集2、4、8个创面标本行HE染色观察组织病理学改变,免疫组织化学染色检测创面CD31和增殖细胞核抗原(PCNA)表达(数据以吸光度值表示).伤后7d每组另采集6个创面组织样本行芯片检测,筛选差异表达明显的微小RNA,经实时荧光定量RT-PCR验证后行京都基因和基因组百科全书(KEGG)信号通路功能富集分析.对数据行配对样本t检验或两样本t检验. 结果 (1)伤后3d,2组创面面积均明显缩小,肉芽组织增生明显.伤后7d,2组创面均进一步缩小,创腔基本被肉芽组织填平;A组创面缩小更明显,肉芽组织量多.伤后14d,A组创面基本愈合;B组部分创面仍存在少许创腔及结痂.伤后3、7d,A组创面愈合率分别为(41±5)%和(75±4)%,明显高于B组的(31±9)%和(71±4)%(t值分别为10.13、8.06,P值均小于0.001).(2)伤后3d,2组创面表皮细胞、内皮细胞、Fb均排列稀疏,炎性细胞大量浸润.其中A组创面上述表现优于B组.伤后7d,A组创面表皮细胞、内皮细胞、Fb排列渐致密,炎性细胞浸润稍多于B组.伤后14 d,A组表皮完全覆盖创面,B组部分创面仍有炎性浸润.(3)伤后3、7、14 d,A组创面CD31和PCNA阳性表达(0.275 ±0.018、0.345±0.034、0.305±0.023,0.406±0.063、0.223±0.011、0.045±0.022)均较B组(0.222±0.020、0.229 ±0.018、0.197 ±0.015,0.324 ±0.039、0.162±0.012、0.018 ±0.020)明显(t值为2.281~9.652,P<0.05或P<0.01).(4)微小RNA芯片检测筛选,与B组比较,A组创面组织中上调的微小RNA有18个、下调的有13个.(5)实时荧光定量RT-PCR的验证结果与芯片检测结果较一致.(6)KEGG信号通路功能富集分析显示31个差异表达明显的微小RNA中有4个参与MAPK信号途径,3个参与Wnt信号途径,1个参与TGF-β信号途径,3个参与表皮生长因子受体信号途径,2个参与细胞周期途径,5个参与轴突导向信号途径,6个参与黏着斑途径,3个参与肌动蛋白细胞骨架途径,1个参与细胞外基质受体途径,3个参与黏着连接途径,1个参与细胞黏附分子途径.经揭肓,A组采用红色标签药剂为rhGM-CSF凝胶、B组采用蓝色标签药剂为凝胶基质. 结论 rhGM-CSF凝胶可促进糖尿病大鼠创面愈合,引起皮肤组织中微小RNA明显差异性表达,这可能是其促进创面愈合在基因转录后水平上的靶点.

  • 纳米银对胚胎细胞基因表达谱的影响和毒性机制

    作者:王志杰;邵安良;付海洋;段晓杰;徐丽明

    目的:利用基因芯片技术考察纳米银对大鼠胚胎细胞基因表达谱的影响,分析其毒性作用的分子机制.方法:胚胎细胞在20 μg·mL-纳米银/细胞培养液混悬液内暴露48 h,提取细胞RNA,利用基因芯片技术对受试细胞的基因表达谱和未经纳米银处理的对照组细胞进行对比分析,考察受试细胞的基因表达谱变化.结果:纳米银引起了胚胎细胞总差异表达基因数为355个,其中上调基因132个,下调基因223个;显著地激活了免疫系统相关的自然杀伤细胞介导的毒性、B细胞受体信号通路等生物学反应;抑制了蛋白质氨基酸磷酸化生物学过程;诱导了分泌型白细胞肽酶抑制因子和基质金属蛋白酶3(MMP3)等基因表达的显著增高.结论:纳米银通过激活免疫系统相关的信号通路引起了胚胎细胞广泛的生物学反应;胚胎细胞通过上调分泌型白细胞肽酶抑制因子等来抵御纳米银所引起的刺激和损伤;纳米银抑制了蛋白质氨基酸磷酸化生物学过程,诱导了胚胎细胞MMP3的显著高表达,从而可能造成细胞各种生物学功能的障碍和细胞基质的严重破坏.胚胎细胞不同于癌化细胞株或其他不死化细胞,更接近人体正常细胞的功能和特性.这些新的毒性机制的发现对正确地理解纳米银对正常人体的潜在毒性风险有着非常重要的意义;同时有助于更好地理解纳米银的生殖毒性风险.

  • 脂多糖对子宫内膜细胞的炎症相关基因表达的影响

    作者:秦莉花;王若光;李晟;李春梅;谭运福

    目的:探讨脂多糖(lipoppolysacchride,LPS)作用于人子宫内膜细胞引起的炎症相关基因表达谱的改变,为防治子宫异常出血提供靶基因.方法:收集增生期人正常子宫内膜3例进行传代培养,将收获的人子宫内膜细胞分LPS组与空白对照组,LPS组培养液中加入50 μg/ml的LPS培养24h,应用基因芯片技术通过计算机扫描分析对照组和LPS组基因表达谱的差异情况.结果:与对照组比,LPS组出现表达差异的基因涉及很多方面的相关基因,其中与炎症相关的基因有IL-1β、IL-8等.结论:这些与炎症相关的基因可能与LPS诱导子宫异常出血有关.

  • 三氧化二砷诱导NB4细胞的基因表达谱改变

    作者:王怀宇;刘陕西;张梅

    目的:研究三氧化二砷在诱导急性早幼粒细胞白血病细胞株NB4分化过程中基因表达谱的改变.方法:通过逆转录方法将经过及未经过三氧化二砷处理的NB4细胞mRNA制备成两种探针,应用Cy3和Cy5两种荧光染料分别标记这两种探针,随后与包含1003条待研究人类基因的表达谱基因芯片杂交,通过扫描和计算机软件分析,寻找经三氧化二砷作用后表达有差异的基因.结果:NB4细胞在三氧化二砷(0.5 μmol/L)作用后3条基因上调,18条基因下调.1条参与蛋白酶体降解途径的基因显著上调,多条与细胞信号传导、RNA加工及蛋白质合成相关基因下调.结论:PSMB6及ITGB1基因的表达改变可能与NB4细胞的凋亡和/或分化有密切关系.

  • 60Coγ亚致死量辐射致小鼠外周血中microRNA表达改变的研究

    作者:李刚强;朱瑞;周海亚;焦成文

    目的 探讨60Co γ射线亚致死量辐射对小鼠外周血microRNA(miRNA)的影响及意义.方法 无特定病原体(specific pathogen free,SPF)级C57BU6J小鼠接受2Gy全身照射后,分别于照射后6、24和72 h进行外周血白细胞计数,同时用Agilent miRNA芯片技术筛选小鼠外周血差异表达的miRNA.结果 照射后6h差异表达miRNA共16个,其中13个上调,3个下调;照射后24h差异表达miRNA共36个,其中13个上调,23个下调;照射后72 h差异表达miRNA共30个,其中13个上调,17个下调.且与未照射组比较差异表达miRNA有统计学意义(P<0.05).筛选15个miRNA组成的表达谱,对辐射损伤时间的判断有很好的效果,准确率在90%以上.2Gy照射后,24 h和72 h外周血白细胞总数与未照射组比较,差异有统计学意义(P<0.05).miRNA表达量化方面优于血液中白细胞的变化.结论 外周血miRNA差异表达与辐射损伤有关,为探索早期辐射损伤后的辅助诊断指标提供了一定参考.

  • HIV转录激活复制过程中差异表达LncRNA和mRNA筛选及初步分析

    作者:邵冰;邵弘;杜娟;宋波;台志艳;林元龙;迟宗;杨颜泽;王福祥

    目的 探讨长链非编码LncRNA和mRNA在人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus,HIV)转录激活过程中的表达情况.方法 从公共数据平台Gene Expression Omnibus (GEO)下载HIV相关LncRNA+ mRNA基因芯片数据集GSE74818.对其中感染时间在18 h和30 h的芯片探针进行重新分析,筛选出HIV从整合到基因组中到转录形成成熟病毒这一过程中差异表达的LncRNA和mRNA.采用R软件Limma包分析LncRNA和mRNA基因表达谱.结果 从经过归一化、过滤和去除重复探针后筛选出1 366个差异表达基因,其中LncRNA 297个,mRNA 1 069个.LncRNA中表达上调的有188个,表达下调的有109个.mRNA表达上调的有530个,有539个表达下调.对差异表达的mRNA进行GO基因富集分析发现,在生物学过程中:主要富集在核小体、染色质组装、核小体组织、负性正性基因表达调控、表观遗传、染色质沉默等条目中;在细胞组分过程中:主要富集在核染色质、蛋白-DNA复合物、核小体、DNA包装复合物等条目中;在分子功能过程中:主要富集在蛋白异二聚体激活、核小体DNA结合条目中.KEGG pathway富集分析结果显示:差异表达的mRNA主要富集在系统性红斑狼疮、类固醇生物合成、酒精中毒、病毒致肿瘤、P53信号通路等中.结论 HIV从整合到基因组到形成成熟病毒这一过程中存在Ln-cRNA和mRNA的差异表达,差异表达的RNA主要涉及到基因的转录调控过程和免疫通路调控过程.

  • 三阴性乳腺癌治疗的新研究进展

    作者:邢雷;任国胜

    1概述乳腺癌是一种异质性肿瘤,在组织形态、免疫表型、生物学行为及治疗反应上存在着极大的差异.Perou等[1]通过cD-NA微阵列技术分析乳腺癌基因表达,发现2类ER阳性亚型:导管A型( luminal A)和导管B型(luminal B)乳腺癌,临床预后好;而3类ER阴性亚型:HER-2过度表达型(HER-2 Over-expression)、基底样型(basal-like,BBC)和正常型(normal-like)乳腺癌,对治疗反应和预后存在显著差异.三阴性乳腺癌(triple-negative breast cancer,TNBC)约占所有乳腺癌的12.5%~ 15%,根据临床和组织学特征还可分为basal-like (75%)和non-basal-like( 25%)2种亚型.Bertucci等[2]通过基因表达谱发现TNBC和BBC并不完全相同,大约71%的TNBC为BBC,而只有77%的BBC为TNBC.TNBC往往生长迅速,预后差,转移和复发率较其他类型乳腺癌高,患者常出现肺、肝、脑等器官转移.目前针对乳腺癌的治疗包括手术治疗、辅助化疗、放疗、内分泌治疗和靶向治疗,TNBC对HER-2靶向治疗和内分泌治疗不敏感,并缺乏其他有效的靶向治疗药物,对化疗敏感,但未能有效提高患者的生存率,值得研究和关注.

  • 学术活动预告

    作者:

    由生殖医学分会举办的“中华医学会第八次生殖医学年会”(项目编号:医会学术[2014]-S05-01-56)将于2014年9月在云南省昆明市召开,会期3天。会议的主要内容为:①继续进行未成熟卵的培养,用于未经促超排卵刺激PCO患者,降低OHSS发生风险;②进行卵的含核胞质移植研究,发展第四代试管婴儿技术;③为提高获少量胚胎患者的妊娠率,探索早期胚胎分割和透明带包装技术;④提高卵子冷冻技术,建立卵子库,用于卵巢功能衰竭的患者受卵的工作;⑤研究睾丸、附睾内精子冷冻问题,解决无精子症患者再次取精失败的问题;⑥辅助生育领域中的一些微创操作,如异位妊娠穿刺治疗、减胎术、注水腹腔镜技术的应用等;⑦通过干细胞体外扩增建立胚胎干细胞库用于定向诱导分化研究走向治疗性克隆;⑧研究PR、ER基因多态性与自然流产、IVF-ET结局和过度刺激综合征的关系;⑨应用基因芯片技术和连锁分析进行PCOS家系的基因表达谱研究和主致病基因的定位;⑩联合国际权威的PCOS研究中心共同建立计算机数据库,构建PCOS的数学模型,寻找PCOS致病的关键环节,发展有效的治疗手段;11开展卵巢冷冻、解冻相关研究,为癌症患者提供生育力保存措施;12开展女性生育力预测研究;13培训基层医务人员。联系人:巴妮娜/冯少玲,联系电话:010-82265080,010-851581250。

  • 风湿性二尖瓣狭窄患者外周血细胞因子的基因表达谱

    作者:王萍;蒋立虹;陈智豫;李亚雄;孟明耀;任永富;侯宗柳

    目的 利用基因芯片技术,比较风湿性二尖瓣狭窄病人和健康人外周血细胞因子基因表达的差异,从整体上认识风湿性二尖瓣狭窄的心脏瓣膜病的细胞因子表达状况.方法 单纯性二尖瓣狭窄的病人3人,以健康人5人作为对照,应用Trizol法分别提取他们的外周血总RNA,逆转录合成cDNA,用Cy5、Cy3分别标记病人、对照组的cDNA,混合后在细胞因子表达谱芯片上杂交.结果 经对原始数据的标准化和SAM芯片数据软件的应用,获得CXCR4,RGS2和IRAK1 3种显著性差异表达的细胞因子基因,均为表达上调的细胞因子基因,并对各自的作用进行归纳、分析.结论 获得风湿性二尖瓣狭窄外周血细胞因子的基因表达图谱,并证实了风湿性二尖瓣狭窄的心脏瓣膜病是炎症反应和抗炎反应相互作用的结果,为进一步临床研究该病与细胞因子的关系提供一定的方向.

  • 弥漫大B细胞淋巴瘤的分类及预后研究进展

    作者:王芳

    弥漫大B细胞淋巴瘤(DLBCL)在临床表现、病理形态和遗传学特征方面具有高度异质性.从形态学角度,2008年WHO分类将DLBCL定义为弥漫生长的大B细胞淋巴瘤,其细胞核等大或大于正常巨噬细胞核.近几年,研究着重于将临床特征、形态学、免疫组织化学甚至基因表达谱融合到DLBCL的分类中,通过基因表达谱来对DLBCL进行分类.文章从DLBCL基因表达谱分类、免疫组织化学分型及其对预后的作用等方面进行综述.

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