一起气单胞菌引起感染性腹泻疫情的病原学鉴定

目的 对一起感染性腹泻疫情的未知种型气单胞菌进行病原学鉴定. 方法 采集本起疫情腹泻患儿粪便标本用碱胨水增菌后接种于麦康凯平板,对可疑菌落进行系统生化鉴定;对鉴定为气单胞菌的菌株提取核酸,进行rpoB基因扩增及测序分析,所得序列在GenBank中进行同源性搜索并构建分子系统树,鉴定致感染性腹泻的气单胞菌基因种.结果 6份腹泻患儿粪便标本经培养后分离鉴定出4株气单胞菌,对rpoB基因测序后进行同源性搜索及系统发生分析,分离株气单胞菌为豚鼠气单胞菌. 结论 引起本次感染性腹泻疫情的病原菌为豚鼠气单胞菌.

莱姆病

莱姆病(Lyme Disease)亦称莱姆疏螺旋体病(Lyme Borreliosis),是由若干不同基因种的伯氏疏螺旋体(Borrelia burgdorferi sensu lato)引起的人兽共患病.主要传播媒介为蓖麻硬蜱复合体(Ixodes ricinus Complex)的几种硬蜱.其中有北美的肩板硬蜱(I.scalpularis)和太平洋硬蜱(I.pacificus),欧洲的蓖麻硬蜱(I.ricinus)以及亚洲的全沟硬蜱(I.persulcatus).1977年Steere首次全面的描述了本病的临床表现.1982年Burgdorfer及其同事首次从蜱的中肠发现和分离出莱姆病螺旋体.1984年Johnson根据其基因和表型特征,认为该螺旋体是一个新种,命名为伯格多弗疏螺旋体(Borrelia burgdorferi).莱姆病几乎在世界各地都存在,特别是在北半球分布广泛.

如何看待病毒性肝炎的基因诊断

基因诊断是以检测感染者体内病毒核酸的有无,或含量多少来进行病原学诊断的一种方法,它可用在各种感染性疾病的诊断中,尤其在病毒性肝炎的诊断方面得到广泛应用.病毒性肝炎基因诊断包括病毒基因种类、含量、基因分型、亚型和变异及准种等的诊断.由于甲型肝炎和戊型肝炎无慢性化,且有较好的血清学诊断指标,故一般不需进行基因诊断.至于庚型肝炎病毒和经输血感染的病毒(TTV),因至今尚未明确其对人类的致病性,这两种病的基因诊断在临床上也较少应用,目前主要用于基础和实验研究.为此,仅对基因诊断在慢性乙型肝炎和丙型肝炎中的应用加以切磋.

气单胞菌感染的研究进展

现代分子遗传学的发展,把以往被归类为弧菌科的气单胞菌属划为一个独立的科,即气单胞菌科[1].到目前已扩展到包括嗜水气单胞菌、豚鼠气单胞菌、温和气单胞菌、维隆气单胞菌、杀鲑气单胞菌、中间气单胞菌、嗜矿泉气单胞菌、简氏气单胞菌、鳗鱼气单胞菌、舒氏气单胞菌、尺骨气单胞菌、气单胞菌群501、异常嗜糖气单胞菌和庖氏气单胞菌共14个气单胞菌表型种和16个基因种.

莱姆病的临床分析(附11例报告)

莱姆病是由伯氏疏螺旋体引起、由蜱叮咬传播的自然疫源性疾病,在世界很多地区均有该病发病报道.患者临床表现的特点与致病螺旋体的基因种有关,在不同地区,致病的伯氏疏螺旋体的基因种存在差异,因此不同地区莱姆病患者的临床表现也有差别.

011 近段和远段Dukes B级结肠癌有不同的基因种类和临床结局

贵州省2011年黑线姬鼠钩端螺旋体分离株16S rRNA基因序列分析及基因种鉴定

目的 了解贵州省钩端螺旋体病(简称钩体)病原学特征,分析2011年贵州省钩体病疫区黑线姬鼠钩体分离株16S RNA基因序列并对其进行基因种鉴定,为贵州省钩体病的有效预防和控制提供科学依据.方法 应用PCR扩增几乎全长的钩体16S rRNA基因片段,并将扩增产物进行双向序列测定,从NCBI数据库下载钩体17个基因种代表菌株及伊尼利螺旋体和短小螺旋体16S rRNA基因序列,采用生物信息软件比较分离株和各基因种代表株间的核苷酸序列,分析其亲缘进化关系,确定分离株基因种.结果 通过PCR扩增和基因测序技术获得4株钩体分离株16S rRNA基因核苷酸序列(1492 bp),4株钩体分离株的核苷酸同源性为100%,与17个钩体基因种中的问号钩体(L.interrogans)基因种黄疸出血群代表菌株的同源性高(99.9%),系统进化树分析显示,钩体分离株与17个基因种代表菌株及伊尼利螺旋体和短小螺旋体形成致病性、非致病性、未知致病性和其它分支,贵州4株分离株分属于致病性基因种分支,其中与致病性钩体8个基因种中的问号钩体基因种亲缘关系近.结论 贵州省2011年钩体病疫区黑线姬鼠钩体分离株均属致病性钩体的L.interrogans 基因种,该基因种菌株可能为当地流行菌株,该结果 将为贵州省钩体病的预防和控制提供科学依据.

江西省致病性钩端螺旋体血清学和分子流行病学研究

目的 对2013年以来江西省致病性钩端螺旋体进行血清学、基因分型分析,以了解江西省钩端螺旋体血清学和分子流行病学特征.方法 对27株钩端螺旋体进行暗视野显微镜凝集试验确定血清群.PCR扩增16S rRNA基因、测序,确定基因种.利用MLST(multilocus sequence typing)研究进行基因分型分析,并应用BioNumerics (Version5.10)软件进行聚类分析.结果 血清群鉴定:27株菌株隶属于4个血清群,其中黄疸出血群为主要优势血清群,占59.26％,其次依次是爪哇群25.92％、澳洲群7.41％和巴达维亚群7.41％.基因种鉴定:27株菌株隶属于L.interrogans和L.borgpetersenii 2个致病性基因种,L.interrogans为江西省主要优势型别,占77.78％.MLST研究显示27株菌株隶属于5个ST型别,其中ST1为主要基因型,占59.26％.BioNumerics软件分析:27株菌株分为5个Clusters对应于5个ST型,MLST基因型别具有明显的地域性特征,而年代间变化不明显.结论 黄疸出血群为江西省主要流行血清群,L.interrogan为主要致病基因种,ST1为主要基因型,充分了解江西省钩体病血清学和分子流行病学特征将对钩体病防控和疫苗制备有一定的指导意义.

贵州省3株钩端螺旋体分离株PFGE分型与基因种鉴定

目的 应用脉冲场电泳(PFGE)分型技术和16S rRNA基因测序分析技术分别对贵州省3株动物宿主钩端螺旋体分离菌株进行分子分型和基因种鉴定,了解贵州省钩端螺旋体的分子流行病学特征.方法 应用DNA限制性内切酶Not I对钩端螺旋体染色体DNA酶切后,用PFGE将DNA片段分离,采用BionumericsV4.0将3株钩体菌株PFGE图谱与中国15群15型参考菌株进行聚类分析;同时,应用PCR扩增几乎全长的钩体16S rRNA基因片段,并将扩增产物进行双向序列测定,并与GenBank数据库已注册的核酸序列进行同源性比对、确定基因种、分析亲缘进化关系.结果 来自贵州省的3株动物宿主分离钩体菌株PFGE带型命名为LepNot I 002和LepNot I 003,经聚类分析,3株菌株与黄疸出血群黄疸出血型赖株的相似性大于95%.16S rRNA基因测序和分析表明,3株贵州分离钩体菌株之间的同源性为100%,与致病性钩体问号钩端螺旋体种(L.interrogans)不同血清型参考菌株的同源性达100%.结论 3株贵州动物分离钩体菌株经PFGE分型鉴定与黄疸出血群赖型赖株的相似性大于95%,经16S rRNA基因测序分析鉴定为L.interrogans种,上述两种方法对贵州省钩体分离菌株的鉴定结果一致,有助于贵州省钩端螺旋体病的主动监测、暴发调查和传染源追踪.

5s-23sRAN基因间隔区RELP分析对莱姆病病例尿标本的检测

作者对来自牡丹江市林业医院和海林林场的34份尿液标本进行了5s-23srRNA基因间隔区RFLP分析，并将PCR检测和血清学检测的结果　进行比较。结果　表明：8个病人PCR检测结果　阳性，7个病人感染了B.garinii(第二基因种)、1个病人感染了B.afzelii(第三基因种)，同当地媒介生物中的优势基因种相同；血清学和PCR检测在对病人进行诊断时有互相弥补的作用。5s-23srRNA基因间隔区RFLP分析方法　有望在研究临床表现和基因种的关系及流行病学调查中得到广泛应用。

PCR在莱姆病实验室诊断中的应用及其影响因素

病原学诊断目前仍是莱姆病确切的诊断方法，主要有病原体分离法和PCR。病原体分离培养法操作复杂、周期长，且多数标本的分离培养率低，从而限制其应用价值；PCR具有灵敏、特异、快速、所需样本量少的特点，在一定程度上弥补了分离培养法的不足；同时可利用PCR产物对病人所感染的菌株进行基因种的鉴定，使在没有分离培养到菌株的情况下研究临床表现和基因种的关系成为可能，因此PCR得到广泛应用。1 目前用于莱姆病实验室诊断的两大类PCR方法 标准PCR和套式PCR。套式PCR中为解决因污染而造成的假阳性问题，又出现了单管套式PCR。 标准PCR是常规的单轮扩增PCR。由于莱姆病和其它细菌性或病毒性疾病相比，病人标本中的病原体数量少，模板在提取过程中有部分的损失和标本中抑制物的存在，导致其灵敏度不够满意，为此多采取Southern杂交法等灵敏的方法进行产物检测。

从胆汁中培养出布氏枸橼酸杆菌1例

枸橼酸杆菌是人和动物肠道的正常菌群,可引起机会感染.近年来分子生物学研究证明,枸橼酸杆菌属至少含有11个基因种(DNA杂交群)各基因种现均已命名,并已有从各类标本检出的报道.2002年10月20日我院从1例慢性结石性胆囊炎病人胆汁中检出1株布氏枸橼酸杆菌(C.braakii)特此报道.

枸橼酸盐杆菌性腹泻的临床特点

近4年来,我们从141例住院肠炎患儿粪便中检出枸橼酸盐杆菌(占同期住院肠炎患儿的7%),并鉴定出该菌的4个基因种,证实其毒力具有致病性.现报告如下.

柠檬酸杆菌的分类近况

近年来分子生物学研究证明,柠檬酸杆菌属至少含有11个基因种(DNA杂交群),各基因种现均已命名,并已有从各类标本检出的报道.本文仅就其分类、命名及种的生化鉴定综述如下:

4株气单胞菌临床分离株基于gyrB和rpoB基因序列的分子鉴定

目的：对4株气单胞菌临床分离株进行菌种的分子鉴定，为气单胞菌的种型鉴定提供病原学依据。方法对4株系统生化鉴定为气单胞菌的菌株，提取核酸作为模板，分别使用gyrB、rpoB基因进行扩增及产物测序，将所得序列在GenBank中进行同源性搜索，与GenBank中已经公布的同源性较高的气单胞菌序列比较构建系统发育树并进行分析。结果4株气单胞菌gyrB基因序列经同源性搜索，与多株嗜水气单胞菌和豚鼠气单胞菌同源性为99%，rpoB基因序列则与多株豚鼠气胞菌同源性为99%～100%，对gyrB基因和rpoB基因序列分别进行系统发育树分析显示，4株气单胞菌菌株在gyrB基因系统发育树中与多株嗜水气单胞菌和豚鼠气单胞菌聚为一簇，而在rpoB基因系统发育树中与多株豚鼠气单胞菌聚在同一分枝内。结论4株气单胞菌经rpoB基因测序分析明确鉴定为豚鼠气单胞菌，gyrB基因测序分析不能有效鉴定其种型。

洋葱伯克霍尔德复合体分型方法的研究进展

对洋葱伯克霍尔德复合体(BCC)的分类学以及近年来基因分型方法的主要进展进行综述.洋葱伯克霍尔德复合体目前被分为至少9种,它们是:B.cepacia(基因型 Ⅰ),B.multivorans(基因型 Ⅱ),B.cenocepacia(基因型 Ⅲ),B.stabilis(基因型 Ⅳ),B.vietnamiensis(基因型 V),B.dolosa(基因型 Ⅵ),B.ambifaria(基因型 Ⅶ),B.anthina(基因型 Ⅷ)和B.pyrrocinia(基因型 Ⅸ).recA基因的PCR-RFLP及种特异引物、16S rDNA的PCR-RFLP和种特异引物、MLST、RAPD及PFGE的基因分型等方法近来被用于洋葱伯克霍尔德复合体的基因分型和流行病学调查.