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兔晶状体蛋白质组的双向电泳和质谱鉴定研究
目的探讨双向电泳和质谱鉴定在晶状体蛋白质组特性研究中的价值,为白内障的防治提供新的有效途径.方法采用固相pH梯度(IPG)等电聚焦双向凝胶电泳方法对兔龄为3个月的新西兰兔透明晶状体蛋白质进行分离,使用ImageMaster 2D Elite 3.01图像分析软件分析电泳图像,使用基质辅助激光解吸附飞行时间质谱仪对主要的高丰度晶状体蛋白质进行鉴定. 结果双向电泳图谱显示,在250 μg兔晶状体中蛋白质分布在等电点(PI)为pH值 5～9、相对分子质量为14 000～94 000的区域内;而高丰度晶状体蛋白质的相对分子质量为14 000～40 000.图像分析软件定量检出180个蛋白质斑点的近似PI、相对分子质量及蛋白质相对含量,质谱鉴定得到其中16个高丰度晶状体蛋白质的种类.结论双向电泳和质谱鉴定可有效分离和分析晶状体蛋白质组的特性,为分析白内障形成过程中蛋白质的表达改变提供了新的方法和途径,为白内障的防治带来了新的前景.
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偏头痛患者脑脊液的蛋白质组学研究
目的 分析偏头痛患者脑脊液蛋白质谱,筛选并鉴定与偏头痛密切相关的生物标志物.方法 实验设两组,偏头痛组(n=25):包括有先兆偏头痛5例,无先兆偏头痛20例.对照组(n=20):眩晕或周围神经病患者20例.收集两组患者的脑脊液,先用丙酮沉淀法提取脑脊液中的蛋白质,之后用固相pH梯度双向凝胶电泳(2D-PAGE)寻找在两组中差异表达的蛋白质点.再用液相色谱串联质谱(LC/MS-MS)技术对差异蛋白质点进行鉴定,后采用Western blotting对显著差异蛋白进行半定量,验证质谱结果.结果 偏头痛组脑脊液2D-PAGE图谱与对照组存在差异,成功筛选并鉴定出9种10个差异蛋白质点,其中表达下调的为转甲状腺素蛋白(TTR)、色素框同源物6(CBX6)、凝集素前体(AGRN)、序列相似家族3成员C前体(FAM3C)、神经元正五聚蛋白受体(NPR)、皮离蛋白2(DCD)、白蛋白(ALB);表达上调的为连接桥粒斑珠蛋白(JUP)和H2A组蛋白家族,成员J(H2AFJ).Western blotting证实,偏头痛组脑脊液NPR水平(0.3351±0.0275)与对照组(0.8854±0.0957)相比有所降低(P<0.01).结论 鉴定出的9种差异蛋白有可能成为诊断偏头痛的特异性标志物.
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PTPN11第3内含子基因多态性与胃癌的相关性研究
目的 研究中国汉族人群中蛋白酪氨酸磷酸酶非受体型11(PTPN11)第3内含子基因的rs2301756位点多态性与胃癌发生的相关性,并探讨基质辅助激光解吸电离-飞行时间质谱技术(MALDI-TOF-MS)检测此多态性的可行性与准确性.方法 采用MALDI-TOF-MS对中国汉族的247例胃癌、212例非癌患者以及160例脐带血的PTPN11基因第3内含子rs2301756多态性位点进行基因分型,并用PCR产物直接测序技术对该位点的20例样本进行分型,以验证MAIDI-TOF-MS技术的准确性.应用组织涂片镜检、幽门螺杆菌(H.pylori)培养、快速尿素酶、ELISA和胶体金法等5种方法来检测受试者的H.pylori感染情况.结果 20例样本PTPN11第3内含子基因rs2301756位点MALDI-TOF-MS技术分型结果与测序结果完全相符,两种方法的基因型分型结果具有很好的一致性.胃癌组和非癌对照组H.pylori(+)者分别为182例(73.68%)和160(75.47%).H.pylori感染率在两组间无明显差异(P＞0.05).胃癌组和非癌对照组PTPN11基因在该位点的基因型频率分布符合遗传平衡状态.将G/A型和A/A型合并后与G/G型相比,带有A等位基因的个体不能影响胃癌的发生风险.根据年龄、性别、H.pylori感染对胃癌的易感性进行的分层分析发现,PTPN11基因该位点SNP与年龄、性别和H.pylori感染状态无关.结论 中国汉族人群PTPN11基因第3内含子rs2301756位点SNP与胃癌发病风险无关.
关键词： 受体蛋白质酪氨酸激酶类 胃肿瘤 多态性 单核苷酸 光谱法 质量 基质辅助激光解吸电离 -
微波辐射致睾丸早期损伤的蛋白质组学研究
目的 探讨微波辐射早期睾丸蛋白质表达谱的改变及其意义.方法 24只雄性Wistar大鼠随机分为对照组(n=6)和辐射组(n=18).辐射组接受30mW/cm~2微波辐射,并分别于辐射后6、24、72h处死6只大鼠;对照组不接受辐射,于72h时间点处死.观察两组大鼠睾丸组织的病理学改变;采用双向凝胶电泳(2-DE)-基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MAIDI-TOF-MS)-生物信息学分析比较蛋白质组学技术检测辐射72h后睾丸组织蛋白质表达谱的改变.结果 微波辐射后72h内,辐射组大鼠睾丸出现不同程度的损伤性改变,主要表现为生精细胞变性、坏死和脱落,精子减少或缺失,生精小管腔内红细胞和血浆蛋白积聚,间质水肿,血管淤血.对照组、辐射组(辐射后72h)睾丸组织蛋白质点分别为1 379±166、1 509±243个,匹配的蛋白质点为1 178±102、1 217±135个,匹配率为85.4%、80.6%.对两组进行匹配分析,发现差异表达的蛋白质点共136个,其中28个在辐射组上调,108个在辐射组下调.对其中的26个差异蛋白质点的鉴定结果显示,蛋白功能涉及细胞骨架、能量代谢、分子伴侣、离子结合运输、应激、信号转导等.结论 微波辐射可导致睾丸组织一系列蛋白表达发生改变,这些蛋白可能参与了生精细胞损伤的病理生理过程.
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生物组织的基质辅助激光解吸电离质谱成像新进展
基质辅助激光解吸电离质谱成像技术分析组织切片已成为临床质谱学的一个新领域.该技术通过研究生物组织产生的"二维离子密度图像",可以快速评估完整组织中蛋白质、药物及其代谢产物的空间分布.利用质谱成像技术研究阿尔茨海默病、神经胶质瘤、肺癌和前列腺癌等组织取得一定进展,本文对质谱成像原理、方法学及相关应用进行了综述.
关键词： 光谱法 质量 基质辅助激光解吸电离 质谱成像 组织切片 -
MALDI-TOF质谱技术鉴定龋病患者唾液中的变异链球菌
目的:利用基质辅助激光解吸电离时间飞行质谱(matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS)鉴定龋病患者唾液中的变异链球菌,为探寻快速、准确鉴定变异链球菌的方法提供依据.方法:研究对象为北京大学口腔医院牙体牙髓科就诊的90名龋病患者,收集受试者的唾液样本,处理后进行MALDI-TOF MS检测,结果导入BioExplorer 1.0软件与标准库比对,分值≥25者鉴定为变异链球菌,<25者鉴定为非变异链球菌.后将质谱和16S rDNA测序结果进行比对,计算灵敏度和一致率.结果:MALDI-TOF MS鉴定变异链球菌的灵敏度为96.0%,与16S rDNA测序结果的一致率为98.7%.结论:MALDI-TOF MS是一种高通量、快速且操作简便的方法,鉴定变异链球菌的灵敏度和一致率都很高,具有较高的临床应用价值.
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用激光捕获显微切割联合蛋白质芯片筛选肺鳞癌和腺癌组织差异蛋白
目的 应用激光捕获显微切割(LCM)联合表面增强激光解吸离子化飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS)蛋白质芯片及支持向量机(SVM)方法筛选肺鳞癌和腺癌差异表达蛋白质,探讨二者在蛋白水平的差异,为筛选肺癌分型标志物提供依据.方法 将6例新鲜肺鳞癌及7例腺癌组织标本用LCM选择性获取1.4×105个同质鳞癌细胞和1.2×105个同质腺癌细胞.经PBS Ⅱ+型SELDI-TOF-MS分析仪(IMAC芯片)分析鳞癌及腺癌细胞蛋白质表达谱,比对差异峰;应用SVM筛选并验证候选标志蛋白的判别效能.结果 比较鳞癌和腺癌细胞的SELDI谱图,共筛选出87个蛋白峰.将差异明显的10个蛋白峰作为候选标志蛋白.与腺癌相比,4种蛋白(相对分子质量分别为2505、4004、4847及11 412)在鳞癌中呈高表达;与鳞癌相比,6种蛋白(相对分子质量分别为3333、3592、3848、5036、5191及5211)在腺癌中呈高表达.其中相对分子质量为4847的蛋白在鳞癌和腺癌中表达差异有统计学意义.用SVM建立分类预测模型并评价各模型效能,筛选出一个由3种蛋白质(相对分子质量分别为4847、11 412和3592)组成的分型标志蛋白组合模式,其敏感度和特异度均为100%.结论 肺鳞癌和腺癌在蛋白水平存在差异;LCM联合SELDI蛋白质芯片技术有可能筛选出敏感性高、特异性强的肺癌分型标志蛋白组合模式.
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基于支持向量机的血清蛋白质指纹图谱模型在甲状腺癌诊断中的应用研究
目的检测甲状腺癌患者血清蛋白质,筛选特异的蛋白质标记物,构建用于甲状腺癌早期诊断的血清蛋白质指纹图谱模型.方法应用表面增强激光解吸电离主飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS)技术测定81例血清标本(其中甲状腺癌40例,甲状腺腺瘤9例,健康人32例)的蛋白质质谱,用随机抽取的66例标本(甲状腺癌32例,甲状腺腺瘤9例,健康人25例)作为训练组,应用支持向量机进行训练和交叉验证,建立甲状腺癌诊断模型.结果区分甲状腺癌和正常人的诊断模型经留一法交叉检验该模型敏感性87.5%,特异性80%,用15例未知血清经盲法测试其敏感性为100%,特异性为86%;区分甲状腺癌和甲状腺腺瘤的诊断模型经留一法交叉检验敏感性为96.8%,特异性为89%.区分乳头状甲状腺癌和其他病理类型的甲状腺癌的诊断模型对乳头状甲状腺癌的判别率为97%,对其他病理类型的甲状腺癌的判别率为71%.结论表面增强激光解吸电离主飞行时间质谱技术结合支持向量机建立甲状腺癌血清蛋白质指纹图谱模型为早期筛查及诊断甲状腺癌提供了一种特异性强、敏感性高的新方法,值得进一步研究和应用.
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基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱仪鉴定临床分离菌的应用评估
目的 使用布鲁克基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱仪对临床分离的病原菌进行鉴定并评价其准确性.方法 收集福建医科大学附属第一医院2015年11月至2016年12月分离得到的21270株病原菌,分别以布鲁克质谱仪以及VITEK-Ⅱ/API表型鉴定系统进行鉴定,并以分子生物学结果为金标准,验证鉴定结果的准确性.结果 对临床常见病原菌,质谱系统的检出率>95％、表型系统的检出率>90％,具有较高的一致性.对43株厌氧菌,质谱有90.7％能鉴定到种,97.7％被鉴定到属.表型系统有65.1％被鉴定到种,69.8％被鉴定到属,差异有统计学意义(χ2=6.76,P<0.01);1558株真菌中,丝孢酵母和念珠菌的检出率差异均无统计学意义(均P>0.05),质谱对78株丝状真菌鉴定的准确率为76％;18株放线菌、诺卡菌、分枝杆菌和军团菌都能被鉴定到属.结论 蛋白质谱鉴定技术操作简单、灵敏度高,能够对临床分离的常见病原菌、厌氧菌、真菌等提供快速、准确的鉴定.
关键词： 光谱法 质量 基质辅助激光解吸电离 细菌 生物学鉴定法 -
急性髓系白血病M2a骨髓细胞蛋白质组学分析及其预后意义
目的 应用蛋白质组技术探讨首次持续完全缓解(CCR1)时间相差显著的急性髓系白血病(AML-M2a)患者诱导治疗前及其复发患者的白血病细胞蛋白质差异表达与预后的关系.方法 将提取的17例AML-M2a患者首次诱导缓解前的骨髓单个核细胞按正规化疗后CDR1时间分组,大于12个月为A组(11例),小于6个月者为B组(6例),B组患者有3例在复发时的骨髓单个核细胞为C组.运用双向电泳技术对A、B、C3组白血病细胞蛋白质进行分离,对部分差异蛋白利用基质辅助激光解吸电离飞行时间质量光谱法(matrix-assisted laser desorption-ionization time-of-flight mass spectrometry,MALDI-TOF-MS)进行鉴定.结果 A组与B组比较,质谱鉴定了6个差异蛋白质,分别为微管蛋白特定分子伴侣B、髓过氧化物酶、转胶蛋白2CH结构域、谷胱苷肽S-转移酶、锌酯蛋白、3-磷酸甘油醛脱氢酶;C组为3例自身对照比较,质谱鉴定了3个差异蛋白质,分别为NAD(P)H、HES1、假定蛋白.结论 AML-M2a患者诱导缓解治疗前的白血病细胞差异蛋白质表达水平与其预后有关,白血病复发时骨髓细胞蛋白质有变化.
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苦杏仁甙对博莱霉素诱导的大鼠肺纤维化血清蛋白标志物的影响
目的 观察苦杏仁甙对博莱霉素诱导的肺纤维化大鼠血清生物标志物的影响.方法 将72只Wistar大鼠随机分为对照组、博莱霉素组和苦杏仁甙组,每组24只.分别观察7、14、28 d.博莱霉素组和苦杏仁甙组气管内一次性注入博莱霉素5 mg/kg,对照组气管内注入等体积生理盐水,同时苦杏仁甙组大鼠每天腹腔注射苦杏仁苷15 mg/kg.取肺组织制作石蜡切片,天狼猩红染色法结合偏振光显微镜观察肺组织I、Ⅲ型胶原的表达.表面增强激光解吸附离子化飞行时间质谱(SELDI-TOF MS)结合弱阳离子蛋白芯片检测各组大鼠混合血清差异蛋白的表达.结果 肺组织石蜡切片天狼猩红染色显示肺纤维化动物模犁肺组织存在持续纤维化反应.模型建立7、14、28 d后,3组均检测到4种差异表达的蛋白,其质荷比分别为3530.7,7043.5,8332.6和9068.0.与对照组比较,博莱霉素模型组7和28 d时质荷比为3530.7的血清蛋白标志物峰强度比值在>2,在7、14、28 d时质荷比为7043.5,8332.6和9068.0的血清蛋白标志物峰强度比值均>2,有明显差异.与博莱霉素组比较,苦杏仁甙组质荷比为7043.5(7 d),质荷比为8332.6(28 d)和9068.0(14 d)的血清蛋白标志物峰强度比值均>2,有明显差异.结论 苦杏仁甙可抑制博莱霉素诱导的大鼠血清蛋白标志物峰强度的增加.
关键词： 博莱霉素 苦杏仁甙 光谱法 质量 基质辅助激光解吸电离 -
液体芯片飞行质谱技术与人工神经网络模型在矽尘接触人群诊断中的应用
目的 筛选矽尘接触人群诊断相关血清差异蛋白并建立诊断矽尘接触人群的人工神经网络模型.方法 应用液体芯片飞行时间质谱技术检测I期矽肺组25例,非接触正常对照组、矽尘接触组及O+期组每组30例,共115例样本的血清蛋白质质谱,结合人工神经网络建立矽尘接触人群诊断模型.结果 筛选出2021,2554,5066,8600四个差异蛋白质峰,建立矽尘接触人群诊断模型.其区分矽尘接触人群与正常对照组的特异性为100%,敏感性为90%.准确率为92.3%;该模型对研究样本中接尘组、O+期组和I期矽肺组的样本识别率分别为100%、93%和96%.结论 成功建立了矽尘接触人群诊断模型,该模型在矽尘接触人群的诊断中具有较高的识别率.
关键词： 矽肺 光谱法 质量 基质辅助激光解吸电离 神经网络(计算机) -
应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术建立急性早幼粒细胞白血病微小残留病诊断模型
目的 比较初诊、完全缓解期急性早幼粒细胞白血病(APL)患者和健康对照者血清中表达有显著差异的蛋白峰,寻找APL及其微小残留病(MRD)的标志蛋白,建立APL MRD诊断模型.方法收集36例初诊APL患者、29例CR期APL患者和32名健康人对照外周血标本,经铜螯合磁珠纯化蛋白后,利用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)技术进行蛋白质谱检测,采用Flex Analysis 3.0及ClinProTooLs 2.2软件进行分析,构建分类模型并筛选差异蛋白.结果 在质荷比(m/z)1000~10 000范围内,初诊APL患者与健康对照比较有34种血清蛋白质谱峰强度差异有统计学意义(P<0.001),初诊与CR期比较有7种血清蛋白质谱峰强度差异有统计学意义(P<0.001),结果提示m/z为4642、7764和9289质谱峰可以作为APL MRD的标志蛋白峰.利用m/z为4642和9289标志蛋白峰建立APL MRD诊断模型并进行外部盲法验证,8例患者中有6例可以正确诊断.结论 MALDI-TOF MS技术可用于APL患者MRD的动态监测.m/z 4642和9289多肽可能为较好的蛋白标志物.
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飞行时间质谱技术在卵巢癌诊治中的研究进展
基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry,MALDI-TOF-MS)作为一种新的质谱技术成功检测出许多与疾病相关的新型生物标记物,尤其在肿瘤的诊治方面,其可以快速检测出癌症患者体内特异的蛋白表达,辅助制定个体化的治疗方案,预测治疗效果以及复发的可能性.近年来,国内外学者开展了多项MALDI-TOF-MS在卵巢癌差异蛋白检测、化疗耐药相关分子检测方面的研究.综述MALDI-TOF-MS技术的起源与现状,及其对卵巢癌诊断治疗的研究进展,所面临的挑战和应用前景,为卵巢癌的防治、诊断及治疗等提供新的思路和方法.
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应用蛋白指纹质谱技术筛选子宫腺肌病患者血清特异性标记物
目的:应用蛋白质指纹图谱技术筛选子宫腺肌病患者血清中特异表达蛋白,并建立多标记物诊断模型.方法:应用表面增强激光解吸电离飞行质谱(SELDI-TOF-MS)技术检测子宫腺肌病患者和健康人(对照组)血清中的差异表达蛋白,并绘制蛋白指纹图谱,利用多标记物诊断模型对建模组及盲筛组分别进行检测.结果:在子宫腺肌病患者和对照组之间共找到12个差异蛋白峰(P＜0.05),利用质核比为2 748和5 759的蛋白质峰建立子宫腺肌病的诊断模型,其敏感度为100％,特异度为80％,经盲法验证,该模型诊断的敏感度和特异度分别为86％和100％.结论:利用SELDI-TOF-MS技术筛选并建立的多蛋白标记物的诊断模型具有较高的敏感度和特异度,为初步诊断子宫腺肌病提供了方向.
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创伤性脑损伤大鼠海马蛋白质差异表达研究
目的 应用蛋白质组学方法分析研究大鼠创伤性脑损伤后海马组织差异表达蛋白质,为筛选脑损伤早期诊断的生物学标志物提供理论依据.方法 采用双向凝胶电泳分离总蛋白,硝酸银染色,PDQuest 7.0图像分析软件分析获得的差异蛋白质点,基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)对检测到的差异蛋白质点进行鉴定,获得肽质量指纹图谱,查阅蛋白质数据库得到所需蛋白质相关信息,分析大鼠创伤性脑损伤后4 h、8 h、12 h、24 h和48 h海马组织中差异表达蛋白质,每组样品电泳重复3次,每帧图谱检测到1800余个蛋白质点;选择2个背景清晰、重复性及分辨力良好、在各组表达差异明显并呈现时序性变化的蛋白质点进行质谱分析.结果 经双向凝胶电泳分离共获得18帧图,每组3帧,其中对照组及损伤后12 h组蛋白质图谱显示分离效果良好,蛋白质点清晰,点染色程度较深,数目较多.横纹和纵纹较少,图谱平均匹配率>80%.采用PDQuest 7.0图像分析软件对蛋白质图谱进行定量分析证实,相对分子质量为58.00×103的差异蛋白质为葡萄糖调节蛋白(葡萄糖调节蛋白58),在损伤后4 h、8 h和12 h表达水平上调;相对分子质量为28.40×103的差异蛋白质为蛋白酶体α亚单位3型.在损伤后4 h、8 h、12 h、24 h和48 h表达水平均上调.结论 葡萄糖调节蛋白58和蛋白酶体α亚单位3型可能与创伤性脑损伤的发生、发展密切相关,此为探讨脑损伤的发病机制提供了重要线索.
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胶原诱导性关节炎大鼠滑膜病变的蛋白质组学研究
目的 探讨胶原诱导性关节炎(CIA)大鼠滑膜病变的蛋白质组学研究,为类风湿关节炎(RA)的发病及治疗提供新的线索.方法 30只采用皮下注射牛Ⅱ型胶原与完全弗氏佐剂诱导的SD大鼠CIA诱导性关节炎(CIA)模型,应用双向凝胶电泳(2DE)技术分离正常组、CIA模型组大鼠关节滑膜的总蛋白后,经胶体考染显色、图像分析、识别差异表达的蛋白质点,应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)得到相应的肽质量指纹图谱(PMF),然后搜索数据库鉴定部分差异蛋白质点,运用western blotting方法验证差异表达蛋白质.结果 建立了正常组、CIA模型组大鼠滑膜的双向凝胶电泳图谱,平均点数为(1020±40)个蛋白质点,平均匹配率为(93.2±2.1)%;发现并鉴定了两组滑膜差异表达大于2倍的蛋白质点35个,这些与滑膜病变相关的差异表达蛋白质的功能涉及物质代谢、能量产生、物质转运、抗氧化、信号转导及细胞骨架蛋白,随即用western blotting方法验证差异蛋白质annexin Ⅰ、aldolase A在正常组和CIA模型组中的表达,其结果也显示了类似的表达差异.结论 建立了正常组、CIA模型组大鼠关节滑膜的双向凝胶电泳图谱,鉴定了35个与CIA滑膜病变相关的差异表达的蛋白质,这些差异蛋白质可能以不同的方式参与了病变过程,为揭示CIA滑膜病变的机制及RA的发病机制提供了新的线索,而且annexin Ⅰ、aldolase A的验证结果与蛋白质组结果的一致性表明,Annexin Ⅰ、aldolase A可能与CIA的关节滑膜病变有关.
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人椎间盘纤维环软骨细胞外基质小分子蛋白的双向电泳和质谱鉴定研究
目的初步研究双向电泳和质谱鉴定在人椎间盘纤维软骨的蛋白质组特性研究中的价值和作用,为进一步研究椎间盘疾病的治疗寻找有效途径.方法取人的正常椎间盘的纤维环组织,针对细胞外基质的小分子蛋白进行蛋白萃取,通过固相pH梯度(IPG)等电聚焦和梯度聚丙烯酰胺双向电泳分别分离纤维环的蛋白质,分析电泳图像,使用基质辅助激光解吸附飞行时间质谱仪(MALDI)对蛋白质点进行分析鉴定.结果双向电泳显示,纤维环中的胶原结合蛋白在pH 3～10,相对分子质量在22 000～250 000范围内能够被很好地分离,对各蛋白质点进行质谱仪鉴定,确定了其中的17种蛋白质.结论双向电泳可有效地分离椎间盘纤维环组织中的细胞外基质小分子的胶原结合蛋白质,通过质谱仪鉴定可以确定其组成成分,为进一步研究椎间盘病变中胶原结合蛋白的改变及作用打下基础.
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应用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱法研究原发性胆汁性肝硬化的血清多肽谱
目的 应用弱阳离子交换磁珠提取多肽结合基质辅助激光解析电离飞行时间质谱系统( MALDI - TOF - MS)分析原发性胆汁性肝硬化(PBC)患者的血清多肽谱,寻找具有潜在意义的血清标志物.方法 收集105例血清样本,包括55例PBC患者、25例其他肝病患者和25例正常对照者血清样本,经弱阳离子交换磁珠纯化,MALDI - TOF - MS分析及ClinProTools生物信息学方法研究其血清多肽表达谱.结果 在质荷比(m/z)1000～10000Da的范围内3组间共检测到158个血清多肽峰,其中83个有统计学意义(P＜0.001),在PBC中表达上调的多肽有31个,表达下调的多肽有52个.组合m/z 1062.47、5356.13、4268.63、846.18、1945.31和6649.53Da 6个峰建立多肽诊断指纹图谱模型,该模型盲样验证的准确率在PBC组、正常对照组和其他肝病组分别为100％、81.8％和72.7％.结论 可以利用MALDI - TOF - MS技术和ClinProTools软件来筛选PBC血清标志物,其在PBC诊断方面具有一定的价值.
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应用SELDI-TOF-MS技术初步建立结直肠癌Ⅰ期分类树模型
目的:分析结直肠癌Ⅰ期患者血清蛋白质组学变化,初步建立结直肠癌Ⅰ期分类树模型.方法:应用表面增强激光解析离子化飞行时间质谱仪(surface-enhanced laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry,SELDI-TOF-MS)和固相金属螯合(immobilized metal affinity capture,IMAC30-Cu2+)蛋白芯片检测血清样本得到质谱图,应用Biomarker Wizard 软件对结直肠散发性中分化腺癌Ⅰ期31例和非癌组35例(其中健康志愿者16例,结直肠良性疾病患者19例)进行蛋白峰值鉴定和聚类.应用Biomarker Pattern 软件分析得到分类树模型,在测试模式下行双盲验证.另外,应用电化学发光免疫测定法检测样本癌胚抗原(carcinoembryonic antigen,CEA)的表达.结果:软件识别了61个质峰,由质荷比为2 787、3 777、3 816、3 852、5 065、5 828、5 855和4 172等8个蛋白构成的分类树模型可以有效鉴别结直肠癌Ⅰ期与非癌组样本,在学习模式下敏感度、特异度分别是 93.55%和91.43%,在测试模式下敏感度、特异度和阳性预测值分别是70.97%、 82.86%和78.57%,明显优于CEA的检测,差异有统计学意义(P＜0.05).结论:SELDI-TOF-MS检测得到的血清蛋白组分类树模型可以准确鉴别结直肠癌Ⅰ期与非癌组,对结直肠癌Ⅰ期的筛查有重要的意义.
