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随机扩增多态性DNA技术及其应用
随机扩增多态性DNA技术(RAPD)是在PCR基础上建立起来的遗传分析方法,因其具有简便、经济、快速等优点,显示出潜在的应用前景.本文就影响RAPD分析的因素,以及在实验动物遗传检测和病原生物体检测方面的应用作一介绍.
关键词： 随机扩增多态性DNA 实验动物 病原生物体 检测 -
淋球菌RAPD分型的引物筛选与应用
目的为了研究不同淋球菌菌株的基因多态性,了解不同菌株之间的亲缘关系,选择适当的随机引物.方法以淋球菌基因组DNA为模板,对淋球菌进行RAPD扩增,选择多态性好、重复性好、稳定性强的随机引物,并用S38号引物对不同淋球菌基因组DNA进行指纹图谱区分.结果从Sagon公司50条RAPD随机引物中筛选出8条扩增效果良好的引物,经RAPD扩增出的淋球菌指纹图谱间有明显不同的DNA多态性,可对不同菌株进行聚类分析.结论利用RAPD技术对淋球菌进行随机引物的筛选,可为今后淋球菌的分子流行病学研究奠定基础.
关键词： 淋球菌 基因分型 引物筛选 随机扩增多态性DNA -
耐碳青霉烯类铜绿假单胞菌毒力基因检测及同源性分析
目的 了解临床分离耐碳青霉烯类铜绿假单胞菌(carbapenem-resistant Pseudomonas aeruginosa,CR-PA)毒力基因exoU与exoS携带情况、耐药特征及同源性.方法 收集2016-2017年临床分离CR-PA 54株,PCR扩增exoU和exoS毒力基因,比较exoS+exoU-株和exoS-exoU+株间耐药率差异及其分离患者临床特征,随机扩增多态性DNA (RAPD)分析菌株间亲缘关系.结果 54株CR-PA中,exoS和exoU基因阳性株数分别为38株和13株,其中exoS+exoU-、exoS-exoU+、exoS+exoU+和exoS-exoU-型分别为37株、12株、1株和4株.exoS-exoU+株对庆大霉素和环丙沙星耐药率高于exoS+exoU-株(x2=7.734,P＜0.05;x2=4.274,P＜0.05).30株CR-PA可聚类,exoS+exoU-型株居多(32.4％),集中分布于ICU和神经内科.结论 本院exoS+exoU-型CR-PA临床分离率高.与exoS+exoU-型相比,exoS-exoU+型CR-PA对庆大霉素和环丙沙星的耐药率较高.
关键词： 铜绿假单胞菌 碳青霉烯类 exoS exoU 随机扩增多态性DNA -
鲍曼不动杆菌随机扩增多态性DNA法基因分型
目的建立鲍曼不动杆菌(A. baumannii)随机扩增多态性DNA(RAPD)法基因分型图谱.方法以优化的随机引物和反应体系对临床分离的176株鲍曼不动杆菌进行RAPD法基因分型,并按DNA条带数及片段大小绘制指纹图谱.结果176株临床分离鲍曼不动杆菌共得122种RAPD指纹图谱,以第68、58和66型为主要型别,分别为18、15和10株.结论RAPD技术可将临床分离鲍曼不动杆菌分型122种,本院的主要流行基因型为第68、58和66型.
关键词： 鲍曼不动杆菌 随机扩增多态性DNA 基因分型 -
中国大陆不同地区光壳钉螺遗传多样性的RAPD分析
目的用随机扩增多态性技术(RAPD)对中国大陆5省不同地区的光壳钉螺进行分析,研究光壳钉螺群间的遗传多样性.方法提取钉螺头足部的基因组DNA,用随机引物进行扩增,扩增产物经8%的聚丙烯酰胺凝胶电泳,0.6%硝酸银染色,判别结果进行分析.结果9个螺群的平均遗传相似性为0.721 4,平均百分匹配数为0.680 9,聚类结果表明可分为3个分类群,云南大理和四川普格的钉螺为第一分类群,福建福清和江苏东台的钉螺为第二分类群,安徽的4个螺群和江苏宜兴的钉螺为第三分类群.结论在我国各地的光壳钉螺螺群间存在一定的亲缘关系的同时,已发生了较大的遗传变异,聚类结果中螺群的聚类地位和其地理分布基本上一致,但江苏东台光壳螺群的聚类地位有待进一步分析和研究.
关键词： 湖北钉螺 随机扩增多态性DNA 基因组 DNA -
霍山地区4种石斛属植物的遗传多态性分析
利用AP-PCR方法对4种霍山来源的石斛属植物基因组DNA进行了多态性分析,从75种随机引物中筛选出10种扩增条带清晰、稳定的随机引物,通过PCR扩增共获得250条DNA片段,其中呈多态性的片段数为165条,占扩增条带数的66%,显示了霍山来源的石斛植物具有较高的遗传多态性;利用NT-syspc分析软件对不同石斛品种间的平均遗传距离进行了分析,并利用UPGMA聚类分析方法构建它们的亲缘关系聚类图,结果表明4种霍山来源的石斛品种具有较近的亲缘关系,它们之间的平均遗传相似系数为o.63,其中铁皮石斛和铜皮石斛的亲缘关系近,两者间的遗传相似系数为0.78,它们与串珠石斛的遗传相似系数分别为0.6和0.61,与霍山石斛的遗传相似系数分别为0.63和0.58;但是,相对于形态接近的铜皮石斛,铁皮石斛与霍山石斛的亲缘关系更近.
关键词： 石斛属植物 霍山 随机扩增多态性DNA 遗传多态性 -
RAPD标记技术在中领域的应用现状及前景
随着分子生物学的不断发展,分子标记技术在中医药领域中的应用也日益深入.随机扩增多态性DNA (random amplification polymorphism DNA,RAPD) 基于PCR技术,利用随机引物(一般为10bp)在DNA聚合酶等作用下,与DNA双链结合,通过PCR扩增,在电泳分析下,产生的不同式样RAPD图谱,从而反应出基因组的多态性.
关键词： 随机扩增多态性DNA 中药材 分子标记 -
多重耐药鲍曼不动杆菌随机多态性DNA分型与院内感染相关性研究
目的 了解导致院内感染的多重耐药鲍曼不动杆菌(Multi-drug resistance Acinetobacter baumannii,MDRAB)的同源性及院内流行特征,为临床控制MDRAB感染、制定合适的防控措施提供依据.方法 运用随机扩增多态性DNA (Random amplified polymorphic DNA,RAPD)技术对院内感染MDRAB菌株进行基因分型,用聚类分析软件进行同源性分析.结果 72株MDRAB分为7个基因型;A型:22.2%;B型:4.2%;C型:40.3%;D型:2.8%;E型:2.8%;F型:1.4%;G型:26.4%;A、C、G型MDRAB在ICU及神经外科发生3次感染暴发.结论 MDRAB在ICU及神外科病房易发生交叉感染;RAPD是院感暴发及流行病学的较好的研究手段.
关键词： 多重耐药鲍曼不动杆菌 院内感染 随机扩增多态性DNA 同源性分析 感染暴发 -
RAPD图谱为依据的重要致病性暗色丝孢科真菌分子系谱学研究
目的研究人类致病真菌裴氏着色霉、紧密着色霉、疣状瓶霉、皮炎瓶霉、卡氏枝孢霉、甄氏外瓶霉间的分子系谱格局.方法采用数值表相学方法,对上述6种30株重要致病性暗丝孢科真菌的随机扩增多态性DNA指纹图谱进行分析.结果得出其系谱格局为{P.verrucosa[(F.pedrosoi F.compacta)W.dermatitidis][E.jeanselmei C.carrionii]}.W.dermatitidis种内高度同源性,E.jeanselmei种内高度异源性.结论显示F.pedrosoi和F.compacta、E.jeanselmei和C.carrionii,以及Fonsecaea和Wangiella之间有密切关系.
关键词： 暗色丝孢科 真菌 系谱学 随机扩增多态性DNA -
单核细胞增生性李斯特氏菌种、株随机扩增DNA多态性研究
目的分析单核细胞增生性李斯特氏菌种、株基因组DNA多态性,为其分型、鉴定提供理论依据.方法应用随机扩增多态性DNA技术对李斯特氏菌基因组DNA进行扩增,根据DNA指纹图谱分析单核细胞增生性李斯特氏菌种、株的遗传多样性,同时构建相似性系数矩阵和树状图.结果不同序列的随机引物扩增的RAPD图谱的多态性程度不同,其中单一引物P-7与复合引物P-1P-3、P-4P-9扩增产生的指纹图谱对单核细胞增生性李斯特氏菌种、株均具有良好的区分能力.由该3种引物扩增的RAPD图谱计算出的相似性系数矩阵及由此构建的聚类树状图均能得到李斯特氏菌的系统发育关系.结论 RAPD技术可用于李斯特氏菌的快速鉴定.
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铜绿假单胞菌临床分离株基因型分析
目的：分析某院各科室长期持续感染的铜绿假单胞菌（ PA）分离株的基因型，探讨PA的基因变异情况。方法从某院各科室住院患者送检的标本中分离PA，对感染持续时间大于30天的菌株采用随机扩增多态性DNA （ RAPD）基因分型技术获得RAPD指纹图谱，并进行同源性聚类分析，通过相似性系数了解PA之间的亲缘关系；对比PA的RAPD型别，判断是否存在爆发流行及同一患者连续感染的PA基因是否发生变异。结果共收集PA 293株，其中感染持续时间大于30天的菌株117株，扩增出19种基因型条带，分别为A～S型，分型率100％；基因型相似系数范围为0．64～0．93，基因型A和G、基因型B和R、基因型D和E、基因型M和P的相似系数均为0．93，说明它们之间具有高度的同源性。重症医学科及烧伤整形外科各发生一起在不同患者之间检出相同RAPD型别PA菌株的情况，其余患者RAPD型别各不相同。4例患者连续感染的PA指纹图谱发生改变。结论某院各科室长期持续感染的PA分离株存在多种基因型，提示PA在感染过程中可发生基因变异，存在基因多态性。
关键词： 铜绿假单胞菌 基因型 随机扩增多态性DNA 基因分型技术 -
临床分离的醋酸钙鲍曼复合不动杆菌基因分型的研究
目的 检测临床分离的醋酸钙鲍曼复合不动杆菌的基因类型.方法 收集并分离临床来源的100株醋酸钙鲍曼复合不动杆菌,应用简化的随机扩增多态性DNA(RAPD)技术检测醋酸钙鲍曼复合不动杆菌的基因类型,同时应用模糊聚类人工免疫网络算法(AINFCM)对分型指纹图进行图像分割,提取出图谱亮条信息,为临床分离的醋酸钙鲍曼复合不动杆菌的基因图谱比对提供条件.结果 临床分离的100株醋酸钙鲍曼复合不动杆菌中仅2株未得到RAPD指纹图谱,98株共得17种RAPD指纹图谱,以A型和D型为主,分别为37株和22株.结论 本文100株醋酸钙鲍曼复合不动杆菌中初步推断为2株醋酸钙不动杆菌,98株为鲍曼不动杆菌.
关键词： 醋酸钙鲍曼复合不动杆菌 基因分型 随机扩增多态性DNA 人工免疫网络 -
随机扩增多态性DNA监测铜绿假单胞菌医院感染
目的探讨RAPD技术对铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginas,PA)医院感染的现场流行病学应用价值.方法对14 727例次出院患者进行长达1年的PA医院感染现场流行病学监测,通过指纹图比较分析,确证PA医院感染类别及暴发.结果发生PA医院感染83例、156例次;确证8起PA外源性医院感染,17起PA内源性医院感染;以周为观察时限,确证1起PA医院感染暴发、23起PA医院感染散发.结论RAPD技术可从分子水平上确证PA医院感染的类别及暴发,对未来战时PA军事疫情发生的现场流行病学调查,具有重要指导意义.
关键词： 随机扩增多态性DNA 铜绿假单胞菌 医院感染 -
恶性肿瘤患者深部感染主要病原菌的RAPD分析
目的对恶性肿瘤患者深部真菌感染的主要病原菌进行分子生物学水平研究,以探讨该种感染在发生发展过程中病原菌的变化及其与发病的关系.方法用随机扩增多态性DNA分析技术对恶性肿瘤患者深部真菌感染的主要病原菌基因进行分析.结果两条随机引物扩增的患者组和对照组白色念珠菌菌株之间条带的数量和片段大小存在差异,即使带型完全一致的菌株,有些片段的EB显色强度也有区别,但尚无统计学意义.结论恶性肿瘤患者深部真菌感染白色念珠菌的基因在疾病的发生、发展过程中基本稳定.
关键词： 恶性肿瘤 深部真菌感染 白色念珠菌 随机扩增多态性DNA -
MRSA在ICU分布情况调查与随机扩增多态性DNA同源性分析
目的:监测ICU医护人员、住院患者,及环境中MRSA的携带及分布情况,以提出针对性预防与控制措施.方法:对本院ICU的20位医护人员、8例住院患者的手、咽和鼻前庭等部位,及ICU环境中的物体表面和空气同时进行采样,采用免疫富集-显色培养基分离MRSA,应用VITEK 32全自动微生物分析仪进行菌种鉴定和药敏试验;对MRSA进行随机引物扩增多态DNA捡测并进行同源性分析;比较MRSA的耐药谱分型和随机扩增多态性DNA基因分型之间的差异,判断医护人员、住院患者及环境中分离的MRSA的相关性.结果:共栓出31株MRSA,20位医护人员11位检出15株MRSA,8位患者5位检出9株MRSA,分离于同一个体不同部位的重复分离株经随机扩增多态性DNA同源性分析均为同一克隆菌株.52份环境物体表面检出7株MRSA.根据随机扩增多态DNA聚类分析可以将检出的MRSA分为3个类型.结论:医护人员MRSA带菌率较高,部分医务人员、住院患者和环境中分离的MRSA有较高的同源性,ICU存在人与人和人与环境之间的MRSA传播.
关键词： MRSA 免疫富集-多重PCR 随机扩增多态性DNA 感染控制 -
102株单核细胞增生李斯特菌随机扩增多态性DNA基因分型研究
目的:对单核细胞增生李斯特菌进行随机扩增多态性DNA(RAPD)基因分型研究.方法:以优化的随机引物和反应体系对生肉、熟肉、生奶、乳制品、水产品、冷冻食品、生食蔬菜共七大类食品中分离的102株单核细胞增生李斯特菌进行RAPD法基因分型,并按DNA条带数及片段大小绘制指纹图谱.结果:102株单核细胞增生李斯特菌共得26种RAPD指纹图谱,以第12、18、23和10型为主要型别,分别为15、14、8和6株.结论:RAPD技术可将单核细胞增生李斯特菌分型26种,我省食品中分离的单核细胞增生李斯特菌主要基因型为第12、18、23和10型.
关键词： 单核细胞增生李斯特菌 随机扩增多态性DNA 基因分型 -
随机扩增多态性DNA技术(RAPD)在甲型副伤寒沙门菌同源性分析中的应用
目的:采用随机扩增多态性DNA技术(RAPD)探讨绍兴地区散发的甲型副伤寒沙门菌菌株间的同源性.方法:对临床分离的55株甲型副伤寒沙门菌进行RAPD分型,使用NTSYS-2.10e软件进行聚类分析.结果:经聚类分析,相似系数在0.70时,55株甲副可以分为6个类群,其中多的一群内聚集的菌株数达40株;相似系数在0.90时,可以分为17个群,多的一群内聚集的菌株数达13株;相似系数在1.00时,可以得到10个组群,每组内菌株之间的同源性高.结论:利用RAPD技术对甲型副伤寒沙门菌进行基因分型对于确定不同来源的甲型副伤寒沙门菌间的同源性具有重要意义.
关键词： 甲型副伤寒沙门菌 随机扩增多态性DNA 同源性 -
青天葵总DNA的提取与随机扩增多态性DNA反应条件的建立
目的 建立并优化青天葵样品总DNA提取方法及随机扩增多态性DNA(RAPD)反应.方法 采用改进的高盐低pH法提取青天葵鲜叶和药材样品,通过正交设计和均匀设计,改变反应体系和扩增程序优化随机扩增多态性DNA.结果 使用高盐低pH值法可较好地提取新鲜叶片的DNA,药材叶片含杂质较多,但都能用于RAPD.反应体系为:缓冲液2.0 μ1,0.5 μl dNTP(各2.5 mmol·L-1),0.8 μl Mg2+(25 mmol·L-1),0.5 μl引物(20 pmol·μl-1),0.2 μl Taq酶(5U·μ1-1),1 μl DNA(50 ng),1μl BSA(20 mg·ml-1),加双倍蒸馏水至20 μl.扩增程序为:94 ℃预变性3 min;94 ℃变性30 s,40 ℃退火30 s,72 ℃延伸60 s,40个循环;72℃延伸5 min.结论 建立并优化了的青天葵样品总DNA提取方法及RAPD反应体系.
关键词： 青天葵 DNA提取 随机扩增多态性DNA 正交设计 均匀设计 -
随机扩增多态性DNA标记技术及其在药用植物研究中的应用
随机扩增多态性DNA(RAPD)技术是近年来广泛应用的分子标记技术之一,以PCR反应为基础,其特点是快速简便、易操作、成本较低,DNA需要量少、无需放射性分析,也不会污染等.该文简述了RAPD技术的原理及优缺点以及其在药用植物遗传多样性分析、药材鉴别和DNA指纹图谱的构建、亲缘关系及系统学研究、药材的道地性等方面的应用,并展望了其发展前景.
关键词： 随机扩增多态性DNA 遗传多样性 药材鉴别 道地性 -
RAPD在绞股蓝种类鉴别应用上的条件摸索
目的 为采用随机扩增多态性技术鉴别绞股蓝及其易混品乌蔹莓,进行RAPD条件摸索.方法 运用改进CTAB法提取七叶绞股蓝、五叶绞股蓝、乌蔹莓以及烟草基因组DNA,摸索影响RAPD的条件.结果 用改进CTAB法提取所得的DNA质量较好,均能用于RAPD扩增,并摸索出了优RAPD扩增条件.结论 改进的CTAB法适合于这4种植物的DNA提取,摸索得到的RAPD扩增条件可用于绞股蓝种类鉴别及与其易混品乌蔹莓的区别.
关键词： 绞股蓝 基因组DNA 随机扩增多态性DNA 鉴别
