首页 > 文献资料
-
ERIC结构功能及ERIC-PCR技术的应用
传统的微生物分类鉴定是基于微生物的表型特征如生长、营养、生理生化、血清型、噬菌体分型等,然而由于微生物对内外环境变化很敏感以及表型容易变异,因此往往导致错误的分类结果.随着分子生物学的发展,一些基于对微生物遗传物质进行分类鉴定的分子生物学方法取得很大的进展如PFGE、RAPD-PCR、REA、RFLP、ERIC-PCR等.这些方法克服了传统方法的缺陷,在微生物的分类鉴定中发挥越来越大的作用.ERIC是主要存在于肠道细菌基因间的重复序列,可以形成稳定的茎环结构,定位于基因组内可转录的非编码区域或者与转录有关的区域.ERIC-PCR技术是利用ERIC核心的高度保守序列设计引物进行PCR,因此通过该技术扩增基因组DNA,构建DNA指纹图谱,建立快速检测的分子分型平台,能广泛用于微生物分类鉴定、环境微生物动态分析等方面的研究.
-
青岛两所医院鲍曼不动杆菌碳青霉烯酶基因及同源性分析
目的：了解青岛市两所医院鲍曼不动杆菌（AB ）耐药情况、分布特征，碳青霉烯酶基因携带情况。方法收集两所医院临床分离的145株（A院78株，B院67株）AB进行药敏试验，采用聚合酶链反应（PCR）扩增碳青霉烯酶基因，肠杆菌科基因间一致重复序列（ERIC）-PCR对菌株进行同源性分析。结果 A 院AB对临床常用的16种抗菌药物普遍耐药，对头孢哌酮／舒巴坦耐药率低（3．85％），其次是米诺环素（16．67％），对其他抗菌药物耐药率均＞73％。B院AB对常用的23种抗菌药物普遍耐药，对米诺环素和替加环素均不耐药，对阿米卡星和左氧氟沙星的耐药率分别为23．88％、38．81％，对其他抗菌药物的耐药率均＞64％。两院所有菌株均携带OXA-51基因，A、B两院碳青霉烯耐药组OXA-23基因的携带率分别为86．76％（59／68），56．67％（34／60），差异有统计学意义（χ2＝14．53，P＜0．001）；A 院3株菌携带OXA-58基因，B 院未检出OXA-58基因。145菌株共分为8个基因型，其中A型71株和E型37株，为主要流行株；A院主要流行A型（46．15％）和E型（41．03％），B院主要流行A型（52．24％）和C型（17．91％）。结论两所医院临床分离的AB耐药情况严重，且存在医院流行，OXA型酶OXA-23、OXA-51基因在介导AB对碳青霉烯类药物耐药中发挥重要作用。
-
鲍曼不动杆菌PER型超广谱β-内酰胺酶耐药基因研究
目的 探讨某院产PER型超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)鲍曼不动杆菌分子流行病学特点及耐药机制.方法 选取该院2009年1-5月临床分离的非重复鲍曼不动杆菌129株,采用K-B纸片扩散法进行药敏试验,聚合酶链反应(PCR)扩增PER基因并测序,肠杆菌科基因间重复一致序列(ERIC)-PCR进行同源性分析.结果 78株鲍曼不动杆菌携带PER-1型基因,阳性率60.47％(78/129).PER-1阳性鲍曼不动杆菌对亚胺培南、美罗培南、氨苄西林/舒巴坦、米诺环素和头孢哌酮/舒巴坦的耐药率分别为46.15％、44.87％、38.46％、10.26％和8.97％,对其余10种抗菌药物的耐药率均＞60％;PER-1阳性菌株对头孢他啶、头孢噻肟、头孢吡肟、环丙沙星和左氧氟沙星的耐药率明显高于PER-1阴性菌株(均P＜0.05).78株PER-1阳性菌株包括7型,分别为A型(1株)、B型(1株)、C型(55株)、D型(18株)、E型(1株)、F型(1株)、G型(1株),C和D型为主要克隆型.结论 C和D型PER-1阳性鲍曼不动杆菌为该院主要的流行株.产PER-1型ESBLs鲍曼不动杆菌呈多重耐药,米诺环素、头孢哌酮/舒巴坦可作为该院鲍曼不动杆菌感染治疗的佳选药.
-
肠杆菌基因间重复一致序列-聚合酶链反应技术在大肠埃希菌基因分型中的应用研究
目的应用ERIC-PCR技术对致尿路感染大肠埃希菌进行基因分型.方法收集大肠埃希菌致尿路感染患者标本24例,以ERIC序列为引物结合位点,PCR扩增致病大肠埃希菌基因组.结果24例菌株中23例得到阳性扩增,ERIC-PCR绘制的基因组指纹图条带清晰可辨且有一定的复杂度.结论ERIC-PC技术可用于大肠埃希菌的基因分型,能够有效地鉴别不同的菌株.
-
泛耐药鲍曼不动杆菌整合子Ⅰ和ISCR1结构及基因分型研究
目的 研究从临床分离的鲍曼不动杆菌的整合子Ⅰ和ISCR1的分布及结构情况,并对其进行基因分型.方法 分离自临床的57株鲍曼不动杆菌,PCR检测整合酶Ⅰ、整合子Ⅰ、ISCR1以及ISCR1可变区,PCR产物进行限制性片段长度多态性(RFLP)分型并进行测序分析可变区携带的耐药基因盒,ERIC-PCR进行基因分型.结果 49株整合酶Ⅰ阳性,其中47株整合子Ⅰ扩增阳性,RFLP分为2型,测序结果为aacA4-catB8-aadA1和drf17-aadA5.3株ISCR1以及ISCR1可变区扩增均阳性,可变区经RFLP分为1型,测序结果为orf513-qnrA1 -amp R-qackdeltal,ISCR1阳性菌整合子Ⅰ均阳性,经ERIC-PCR检测将57株鲍曼不动杆菌分为27个基因型.结论 Ⅰ类整合子广泛存在于鲍曼不动杆菌中,ISCRI携带率较低,氨基糖苷类、甲氧苄啶类和β-内酰胺类耐药基因盒较常见,ERIC-PCR可用于临床鲍曼不动杆菌的分子流行病学研究.
-
嗜麦芽窄食单胞菌整合子I和ISCR1研究及ERIC-PCR基因分型
目的 了解临床分离嗜麦芽窄食单胞菌的整合子I和ISCR1的分布情况及其基因型.方法 分离临床85株嗜麦芽窄食单胞菌,用WHONET5.4分析菌株药敏情况,采用ERIC-PCR方法 进行基因分型.采用PCR检测整合酶I、整合子I、ISCR1以及ISCR1携带的耐药基因.结果 嗜麦芽窄食单胞菌对亚胺培南、氨曲南、庆大霉素、阿米卡星高度耐药,整合子I阳性菌株和整合子I阴性菌株对复方新诺明耐药性差异有统计学意义.85株嗜麦芽窄食单胞菌12株整合酶阳性,11株整合子I阳性,2株ISCRI和ISCRI携带的耐药基因阳性,ERIC-PCR分为75个基因型.结论 整合子I在嗜麦芽窄食假单胞菌中介导复方新诺明耐药性方面有重要作用,ERIC-PCR是研究临床分离嗜麦芽窄食假单胞基因分型的有效方法 之一.
-
临床分离133株肺炎克雷伯菌耐药机制和基因分型研究
目的 研究临床分离肺炎克雷伯菌的耐药机制及基因多态性.方法 用WHONET5.4分析菌株药敏情况.PCR检测菌株Ⅰ类整合酶、ISCR和ESBLs基因;ERIC-PCR检测基因型,SPSS分析其多态性.结果 除亚胺培南和美洛培南,产ESBLs菌的耐药率明显高于不产ESBLs菌(P<0.005).对Ⅰ类整合酶、ISCR、blaTEM、blaSHV、blaCTX-M,88株产ESBLs株的阳性率分别为59.1%、43.2%、69.3%、4.5%、45.5%;45株不产ESBLs株的阳性率分别为40.0%、15.6%、22.2%、4.4%、6.7%.根据指纹图谱把133株肺炎克雷伯菌分为126种,经SPSS系统聚类分析,归为20个大类.结论 南方医院产ESBLs肺炎克雷伯菌主要是CTX-M基因型,整合子和ISCR可以共存;ERIC-PCR是一种效果较好的基因分型方法,该院肺炎克雷伯菌呈散发存在.
-
洋葱伯克霍尔德菌整合子Ⅰ和ISCR1分布及ERIC-PCR分型
目的 研究临床分离洋葱伯克霍尔德菌的整合子Ⅰ和ISCR1的分布情况,并对其进行基因分型.方法 分离临床70株洋葱伯克霍尔德菌,用WHONET5.4分析菌株药敏情况,ERIC-PCR进行基因分型.PCR检测整合酶Ⅰ、整合子Ⅰ、ISCR1以及ISCR1携带的耐药基因.结果 洋葱伯克霍尔德菌对氨曲南、庆大霉素、阿米卡星高度耐药,对复方新诺明、米诺环素、哌拉西林/他唑巴坦、美洛培南的敏感率较高.70株洋葱伯克霍尔德菌分为15个基因型,14株整合酶阳性,9株整合子Ⅰ阳性,4株ISCR1阳性,2株ISCR1和ISCR1携带的耐药基因阳性.结论 整合子Ⅰ和ISCR1在洋葱伯克霍尔德菌的携带率低,ERIC-PCR可用于临床分离洋葱伯克霍尔德菌的基因分型.
-
多重耐药鲍曼不动杆菌整合子和ISCR1结构及基因分型研究
目的 探讨临床分离多重耐药鲍曼不动杆菌整合子I和ISCR1的结构,并进行基因分型.方法 分离临床80株多重耐药鲍曼不动杆菌,PCR检测整合酶I、整合子I、ISCR1以及ISCR1携带的耐药基因,ERIC-PCR进行基因分型.结果 多重耐药鲍曼不动杆菌80株整合酶阳性,50株整合子I阳性,37株ISCR1携带的耐药基因阳性,ERIC-PCR分为22个类型.结论 整合子I和ISCR1在鲍曼不动杆菌介导多重耐药方面有重要作用,ERIC-PCR是研究临床分离多重耐药鲍曼不动杆菌基因分型的有效方法之一.
关键词： 多重耐药鲍曼不动杆菌 整合子 ISCR1 ERIC-PCR -
耐碳青霉烯鲍曼不动杆菌耐药机制及分子流行病学研究
目的:阐明耐碳青霉烯鲍曼不动杆菌(CRAB)主要耐药机制和分子流行病学特征.方法:PCR方法检测常见碳青霉烯酶基因,PCR-RELP分型及基因测序检测整合子Ⅰ和ISCR1,ERIC-PCR及聚类分析研究克隆相关性.结果:碳青霉烯酶基因NDM、IMP、VIM、OXA-23-like、OXA-24-like、OXA-5 1-like、OXA-58-like检出率分别为4.1％、22.9％、26.0％、67.7％、63.5％、46.8％、65.6％.整合子Ⅰ可变区分为12个耐药基因盒排列类型,A6和A12首次在鲍曼不动杆菌中发现;ISCR1可变区分为6个类型.将耐药机制、ERIC-PCR及聚类分析结合临床资料综合分析,CRAB感染患者均为散发,粪便中CRAB不是临床感染来源.结论:CRAB主要耐药机制是产碳青霉烯酶及整合子Ⅰ、ISCR1携带率高,ERIC-PCR基因分型结合耐药机制研究适用于分子流行病学调查.
关键词： 耐碳青霉烯鲍曼不动杆菌 碳青霉烯酶 整合子 ISCR ERIC-PCR -
泛耐药鲍曼不动杆菌耐药机制和传播机制研究
目的:了解我院泛耐药鲍曼不动杆菌的耐药机制和传播机制.方法:利用PCR、RFLP分型和测序技术对临床分离的77株泛耐药鲍曼不动杆菌进行整合子Ⅰ、ISCR1和常见碳青霉烯酶基因研究,并利用ERIC-PCR研究其传播机制.结果:77株菌中58株(75％)整合酶Ⅰ阳性,50株(65％)整合子Ⅰ阳性；48株(62％) ISCR1阳性,45株(58％) ISCR1携带qnrA1和ampR耐药基因盒；8株检出复杂性整合子Ⅰ;1株检出NDM-1基因,62株(80％)检出OXA-23-1ike基因,4株(5％)检出OXA-58-1ike,OXA-51-like基因100％携带,未检出KPC和OXA-24-1ike基因.ERIC-PCR聚类分析60％的相似水平上被聚为16个类群.结论:整合子Ⅰ、ISCR1和OXA类酶在鲍曼不动杆菌介导多重耐药方面有重要作用,ERIC-PCR是进行泛耐药鲍曼不动杆菌同源性分析的有效方法.
-
嗜麦芽寡养单胞菌ERIC基因分型方法的应用及意义评估
目的:探讨嗜麦芽寡养单胞菌基因分型情况,并结合临床资料对分型方法及意义进行评估.方法:应用重复序列PCR(ERlC-PCR)析方法进行分型,以细菌耐药鉴定系统及改良K-B法进行药敏试验.结果:23株嗜麦芽寡养单胞菌对亚胺培南、氨曲南、头孢噻肟、阿米卡星高度耐药.但对头孢哌酮/舒巴坦、左氧诺氟沙星、复方新诺明敏感率较高.ERIC将嗜麦芽寡养单胞菌分为5型,其中A型10株、B型7株、C型3株、D型2株、E型1株.结论:ERIC-PCR能有效地对嗜麦芽寡养单胞菌进行分型.临床上嗜麦芽寡养单胞菌耐药程度严重,有多种基因型并存,与耐药程度有相关性.
-
乙型肝炎病毒不同感染状态下的肠道菌群结构
目的:分析乙型肝炎病毒在不同的感染状态下与肠道菌群的关联.方法:选取84例25~40岁的病例,进行ALT、AST、乙肝抗原抗体定性检测,根据检测结果对照2015年版《慢性乙型肝炎防治指南》分为4个组,分别是:注射疫苗保护抗体阳性组,即抗体保护组48例,乙肝康复组14例,慢性乙肝病毒感染组,即感染组9例,注射疫苗保护抗体阴性组,即抗体阴性组13例.收集粪便样本,提取粪便总DNA,经过肠道细菌基因间重复序列-PCR(ERIC-PCR)扩增及凝胶电泳分离,利用genetool软件对电泳结果进行分析.统计分析条带数目、主带位置在各组的差别.结果:抗体阴性组及乙肝感染组的条带数目显著少于抗体保护组及乙肝康复组,抗体保护组及乙肝康复组的主带位置相对分散,乙肝康复组主带位置多数在282 bp以上,显著大于另外三组.抗体阴性组及乙肝感染组的主带相对集中在60~70 bp范围内.结论:抗体阴性组及乙肝感染组的肠道菌群结构较为单一,菌群丰度下降,扩增产物高于200 bp的肠道细菌较为缺乏.
-
结核分枝杆菌ERIC-PCR分型技术的建立
目的 建立结核分枝杆茵ERIC-PCR分子生物学分型技术,并应用于临床分离酋株的流行病学调查.方法 以肠杆菌科基因间重复序列(Enterbacterial repetitive intergenic consensus,ERIC)为引物,对临床分离的结核分枝杆菌DNA进行PCR扩增,扩增产物经琼脂糖凝胶电泳后得到指纹图并进行分析.结果 122株临床分离株产生42种不同的指纹图,密切接触者指纹图相同或相似,指纹图谱与患者年龄、菌株的耐药性及耐药种类有关.结论 ERIC-PCR是结核分枝杆茼分子流行病学调查的有效技术.
-
医院感染的耐亚胺培南铜绿假单胞菌临床流行特点
目的 分析医院感染的耐亚胺培南铜绿假单胞菌的体外药敏情况和其多重耐药菌株的基因多态性,以掌握医院铜绿假单胞茼(PAE)感染和流行情况.方法 调查分析广东省人民医院2007年医院感染的PAE,筛选出耐亚胺培南菌株并分析其临床分布和对常用抗生素的耐药性;同时用ERIC-PCR方法对其多重耐药株进行基因多态性分析.结果 耐亚胺培南PAE为75株.主要来自年老的呼吸系统疾病患者,对常用抗生素耐药率高;其中22株多重耐药株基因分型为10个流行型别.结论 医院感染耐亚胺培南铜绿假单胞菌临床分布广泛,且多重耐药PAE引起的医院感染主要呈散在多克隆流行,是临床PAE感染难以控制的潜在因素.
-
无锡市第三人民医院烧伤科病房环境细菌与烧伤病员创面细菌的同源性分析
目的 对烧伤科病房环境细菌和烧伤病员创面细菌进行同源性分析,以判断是否存在耐药菌株的克隆性播散,为制定积极有效的消毒灭菌措施和控制感染传播提供依据.方法 医院烧伤科病房于2012年8月28日搬迁,对搬迁前后新病房水池、病床护栏、床柜台面、心电监护仪按键及输液泵按键进行自2012年8月28日-9月5日为期5个采集日的采样、菌落计数并做细菌鉴定,同时也对病员创面进行5个采集日的同步骤操作.利用ERIC-PCR对采集的主要类型细菌进行同源性分析.结果 在5个采集日内,烧伤科病房环境物体表面检出细菌数呈递增趋势,分离所得的20株鲍曼不动杆菌中18株的同源性为99.5％～ 100.0％,13株金黄色葡萄球菌中11株的同源性为100.0％.结论 病房环境和病员创面的检出细菌间同源性很高,存在一定的交叉感染途径,有可能会造成院内感染的流行.
-
广州市58株单增李斯特菌菌株特征分析
目的 了解广州市动物源性食品中单增李斯特菌菌株优势血清型、携带毒力基因和分子分型情况.方法 对广州地区365份动物源性食品中的单增李斯特菌分离鉴定,并进行血清分型,毒力基因鉴定和肠道细菌基因间重复序列扩增(Emc-PCR).结果 单增李斯特菌阳性率为15.89％ (58/365),其中生畜肉类检出率高,为25.38％ (33/130);血清型分析将58株单增李斯特菌分为4种血清型,分别为1/2b、1/2a、1/2c和4b,优势的血清型为1/2b(44.80％)和1/2a(32.80％);10株缺失毒力基因actA;ERIC-PCR扩增出9～18条100～8000bp之间的条带,将58株单增李斯特菌在相似系数为0.8处分为6个群19个类型.结论 广州市动物源性食品中单增李斯特菌菌株污染严重,优势血清型是与人或动物感染有关的致病血清型(1/2b和1/2a),大部分毒力基因均存在,ERIC-PCR结果显示分子型别呈多样性,应加强防控.
-
多重耐药铜绿假单胞菌同源性分析及Ⅰ型整合子研究
目的 研究临床分离的多重耐药铜绿假单胞菌的同源性,分析整合子在多重耐药铜绿假单胞菌中的分布情况及所携带耐药基因盒的信息.方法 收集广东省3家三甲医院临床分离的多重耐药铜绿假单胞菌,采用ERIC-PCR法分析菌株的同源性;PCR扩增整合子及其可变区并测序分析.结果 80株多重耐药铜绿假单胞菌分为19个型别,主要的型别为S型(n=24)、P型(n=18)和R型(n=6);Ⅰ类整合子的检出率为43.75％(35/80),所检出的整合子可变区有8种类型,分别为aacA4、aadA4a、aac(6')-Ⅱ-aadA13-cmlA 8-oxa-10a、aadB-PSE-1、aadB-cmlA1、aacA 4-aadA2、aadA 6-orfD和aacA 4-catB8-aadA1.结论 某医院存在两个克隆群的多重耐药铜绿假单胞菌的院内传播和扩散.Ⅰ类整合子是介导铜绿假单胞菌多重耐药性的因素之一.
-
广州地区产IMP-9金属酶铜绿假单胞菌的再调查
目的 调查广州地区部分医院2007年10月到2008年11月的铜绿假单胞菌泛耐株,筛榆出其中产IMP-9金属酶的菌株并分析其同源性,对比2005-2007年初广州地区多家医院曾出现的产IMP-9金属酶铜绿假单胞菌的克隆株,分析近期广州地区是否还有该流行株的存在.方法 Q-PCR筛选产IMP-9金属酶的铜绿假单胞菌,ERIC-PCR对产酶株进行同源性分析.结果 从2007年10月到2008年11月收集广州7家大型医院的269株铜绿假单胞菌泛耐株,共检测出携带IMP-9金属酶的铜绿假单胞菌10株,均来自同一医院.ERIC-PCR检测,10株均为同一基因型的克隆株,但与前期曾出现的产IMP-9金属酶克隆株无同源性.结论 产IMP-9金属酶铜绿假单胞菌的院内克隆传播仍然存在,而医院间的传播在本次调查中没有发现.因此,仍需继续加强对铜绿假单胞菌定植患者的监控和加强院内感染的管理控制.
-
耐碳青霉烯类鲍曼不动杆菌基因检测及同源性分析
目的：临床分离出的耐碳青霉烯类鲍曼不动杆菌（CRAB）耐药基因检测及同源性分析。方法收集中山市中医院2012年7月～2013年12月临床分离40株CRAB，用 PCR法对碳青霉烯类基因进行扩增、序列分析；应用 ERIC-PCR研究其传播机制。结果40株 CRAB所有菌株且被检测到含有 OXA-51-like基因为40株（100％），OXA-23-like基因为38株（95％），未检出 NDM，VIM，IPM，OXA-24-like及 OXA-58-like基因；ERIC-PCR聚类分析相似大于0.8，可认为是同一克隆群；这40株菌在相似水平被聚为33个类群（克隆株）。结论临床分离的 CRAB主要携带碳青霉烯酶基因型为OXA-23-like，OXA-51-like和 ERIC-PCR是进行鲍曼不动杆菌同源性分析的有效方法。
关键词： 耐碳青霉烯类鲍曼不动杆菌 碳青霉烯酶 PCR ERIC-PCR
