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耐多药结核分枝杆菌二线药物耐药相关基因的分析
目的 分析临床分离的耐多药结核分枝杆菌的3种二线抗结核药物[卷曲霉素(CAP)、卡那霉素(KAN)和氧氟沙星(OFX)]耐药相关基因的分子特征,及其与不同Spoligotyping基因型的相关性.方法 对临床分离的128株耐多药结核分枝杆菌进行Spoligotyping分型,并对其5个基因区域(tlyA、eis、rrs、gyrA和gryB)进行聚合酶链反应测序和分析.结果 在60.0％(6/10株)的CAP耐药和0.8％(1/118株)的CAP敏感菌株中存在rrs-A1401G突变;在84.6％(11/13株)KAN耐药菌株在rrs基因或eis启动区存在突变,其中有53.8％(7/13株)存在rrs-A1401G突变,23.1％(3/13株)存在eis-C(-10)A突变,7.7％(1/13株)存在eis-G(-14)T突变,3.5％(4/115株)的KAN敏感菌株存在eis-C(-12)T突变.在83.3％(53/60株)的OFX耐药菌株中存在gryA基因突变,常见的突变发生在第94位密码子(37/60株,61.7％),其次为第90位密码子(12/60株,20.0％).还有5.0％(3/60株)的菌株存在gryB基因突变.共有84.4％(108/128株)的菌株被鉴定为北京基因型,没有发现菌株的基因型与耐药相关突变位点间存在关联性.使用核酸测序检测CAP、KAN和OFX耐药的敏感度和特异度分别是60.0％和99.4％、84.6％和99.4％、90.0％和100.0％.结论 耐多药菌株中常见的基因突变位点是:rrs-1401、eis-10,以及gvA-94、-90和-91.这些结果为结核分枝杆菌相关药物耐药性的快速检测提供了良好的基础.
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2015-2017年浙江省衢州市H3N2亚型流感病毒血凝素基因分子进化特征分析
目的 了解浙江省衢州市2015-2017年H3N2亚型流感病毒血凝素(HA)基因分子进化特征,为流感防控提供科学依据.方法 选取衢州市2015-2017年分离到的H3N2亚型流感病毒18株,通过RT-PCR扩增病毒HA基因片段并测序,采用生物信息学软件分析其分子进化特征.结果 18株H3N2亚型流感病毒HA基因的核苷酸和氨基酸同源性分别为97.36％～100.00％和96.76％～100.00％,与同年度疫苗株HA基因的核苷酸平均遗传距离分别为0.008 2、0.007 1和0.011 2,氨基酸平均遗传距离分别为0.009 2、0.003 1和0.010 0.分离株的HA基因分支从3C.3a转变为3C.2a支系,其HA氨基酸序列与同年度疫苗株比较,变异位点共涉及HA蛋白的5个抗原表位(A、B、C、D和E区),2个受体结合位点(T131K、T135N/K),6个潜在糖基化位点(122NES、126NWT、133NGT、135NSS、144NSS、158NYT).结论 2015-2017年衢州市H3N2亚型流感病毒可能出现了抗原漂移,当前疫苗株A/HongKong/4801/2014的免疫效果需重新评估.
关键词： H3N2亚型流感病毒 血凝素 序列分析 抗原漂移 分子特征 -
一株死亡患者分离的致死创伤弧菌菌株的耐药表型与分子特征
目的 对培养分离的创伤弧菌菌株(2014-DJH)进行耐药表型与分子特征分析.方法 采用全自动微生物鉴定及药敏分析系统进行生化鉴定和耐药分析;采用PCR方法检测vvhA基因和pilF基因,及vcg和16S rRNA基因分型;应用多位点序列分析进行分子分型.结果 分离菌株2014-DJH经生化鉴定为革兰阴性的生物1型创伤弧菌;对大多数常用抗生素都敏感,对妥布霉素中度敏感;PCR检测vvhA和pilF阳性,为vcgC-16S rRNA B(CB)基因型;菌株的多位点序列型为glp 5、gyrB3、mdh 32、metG 68、purM 21、dtdS 39、lysA 115、pntA 4、yrC 42、tnaA 75.结论 菌株2014-DJH为新ST型菌株,命名为ST 289,注册号为id-389.基因分型结果表明该菌具有较强的致病能力,加强创伤弧菌感染的监测与预警具有重要的意义.
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一起羊种布鲁氏菌病暴发的流行病学和分子特征研究
目的 调查研究一起羊养殖场中发生的人畜共患羊种布鲁氏菌病(布病)暴发疫情的流行病学和分子特征.方法 血清学实验采用试管凝集试验检测布病抗体,采用纸片法检测菌株的药物敏感性,采用多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)和多位点序列分析(MLST)分析菌株的分子特征.结果 工作人员布鲁氏菌抗体阳性率为7/18,饲养羊的阳性率为5/8.2名工作人员血液分离培养出羊种布鲁氏菌(菌株编号:CQ-18和CQ-11),3只羊的血液分离培养出羊种布鲁氏菌(菌株编号:CQ-154、CQ-159和CQ-237).药敏实验结果:5株菌对环丙沙星、左氧氟沙星、强力霉素、头孢曲松、诺氟沙星、米诺霉素、莫西沙星、氧氟沙星、利福平和链霉素敏感,CQ-154和CQ-237菌株对复方新诺明敏感,CQ-159、CQ-18和CQ-11菌株对复方新诺明耐药,5株菌均对阿奇霉素和克拉霉素耐药.MLVA分析发现,CQ-154菌株在BRU16位点少了一个串联重复序列,菌株CQ-18在BRU04位点增加了一个串联重复序列,MLST分析5株菌株ST型为8型.结论 布鲁氏菌长期在动物体内存在,是人畜感染布病无法根治的一个关键问题.在我国首次发现对复方新诺明耐药的羊种布鲁氏菌菌株.
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子宫内膜与卵巢原发双癌的分子机制研究进展
女性生殖道原发双癌约占所有妇科肿瘤的1％～2％,其中常见的是子宫内膜与卵巢原发双癌(SEOC).原发双癌约占所有卵巢癌的10％,约占所有子宫内膜癌的5％.相对于单发肿瘤,双癌发病时肿瘤期别较早、病理分级较低,预后较好,因此,临床上对于原发早期双癌的治疗原则也有别与于单发的卵巢或子宫内膜转移癌.但目前原发的诊断标准及与转移癌的鉴别诊断标准尚存在诸多争议.本文旨在探讨SEOC的临床及分子生物学、分子遗传学特点,进而为临床诊疗提供更确切的理论依据.
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中国南方3省173例HIV/MTB双重感染病例分子流行特征研究
目的 开展人类免疫缺陷病毒/人结核分枝杆菌(HIV/MTB)双重感染病例分子分型及变异重组和流行特征研究,分析其传染源、变异性及其在人群中的传播特点和地区分布特征,为HIV/MTB双重感染病例的管理与临床精准治疗提供理论依据.方法 对2014-2015年采集到的江西、广东、云南3省部分HIV/MTB双重感染173例患者115份确证的HIV阳性样本和105份鉴定的MTB菌株,分别用巢氏PCR方法和24位点MIRU-VNTR基因分型方法进行基因分型.结果 流行病学个案调查资料结果显示,HIV/MTB双重感染病例以男性为主,年龄以中青年(18～59岁)为主,职业以农民、无业、务工/商人为主,传播途径以性传播和肺部感染为主,其感染顺序为先感染HIV后感染MTB占95％.分子分型结果显示,HIV/MTB双重感染病例样本中115份HIV阳性样本成功扩增分型85份,共发现8种HIV亚型/重组型:HIV/MTB双重感染病例中105份MTB样本成功扩增分型100份,结核分枝杆菌分为5个基因群(Ⅰ群、Ⅱ群、Ⅲ群、Ⅳ群、V群),共95个基因型.结论 我国南方3省HIV/MTB双重感染病例中HIV主要流行亚型为CRF01_AE和CRF07_BC重组型;MTB主要流行株以Ⅰ群和Ⅱ群为主,与单纯感染HIV和单纯感染MTB的流行株类型一致.HIV与MTB主要流行亚型之间是否存在相互易感还有待于进一步研究.
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深圳口岸出入境人员HIV感染情况及其分子特征
目的 为了揭示深圳口岸出入境人员艾滋病病毒(HIV)感染者的流行病学特征以及HIV亚型的分布情况.方法 以1991-2008年深圳国际旅行卫生保健中心HIV确证实验室检测的113例HIV感染者为研究对象,分析了深圳口岸出入境人员艾滋病的流行特征;并对HIV感染者的HIV-1抗体阳性血浆进行HIV基因型分析.结果 HIV感染者以境外人员为主,男性高于女性,感染人员以商人和驾驶员为主,感染群体以青壮年为主,两性接触是主要传播途径,感染者来自26个国家和地区.本研究共获得67份gag基因和68份pol基因序列,共发现9种HIV-1亚型和重组亚型,包括A1,B,C,D和G亚型以及CRF01 AE,CRF02-AG,CRF07_BC和CRF08-BC重组亚型.结论 深圳口岸出人境人员HIV的感染和流行呈多样化,我国国境卫生检疫在防控艾滋病传播中已发挥了重要作用.
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GⅡ.17型诺如病毒流行及进化特征的研究进展
人诺如病毒(Human Norovirus,HNoV)是单链正股RNA病毒,属于杯状病毒科诺如病毒属,是引起非细菌性急性胃肠炎的主要病原.近几十年来,GⅡ.4基因型诺如病毒是全球主要的流行基因型,而GⅡ.17基因型很少报道.2013年以来,GⅡ.17基因型诺如病毒引起的感染增多,并在我国及日本等亚洲国家和地区引起暴发流行.研究显示此次GⅡ.17基因型诺如病毒的暴发流行是因其基因进化形成新的变异株导致,变异株在衣壳区P2结构域发生的突变导致其抗原性及组织血型抗原结合特性发生了重要变化.本文主要通过回顾GⅡ.17基因型诺如病毒的相关研究文献,对其流行及进化特征进行了综述.
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台州市食源性单核细胞增生李斯特菌分子特征研究
目的 了解台州市食品中分离的单核细胞增生李斯特菌的血清型、毒力基因以及基因分型情况,建立食源性单核细胞增生李斯特菌的分子特征本底信息,为食源性疾病的防治提供技术支持.方法 对近几年从食品中分离的37株单核细胞增生李斯特菌进行多重PCR血清分型、9种毒力基因(prfA、inlA、inlB、iap、flaA、hlyA、plcB、mpl和actA)PCR检测、PFGE基因分型,用BioNumerics 6.6软件对分型数据进行聚类分析.结果 37株食源性单核细胞增生李斯特菌的血清型以1/2a或3a型别为主;所有菌株均检出4种以上毒力基因,有15株菌携带所有9种毒力基因;37株菌经ApaⅠ酶切PFGE分型后,共得到22种带型,每种带型包含1～5株不等,相似度区间为67％～100％.结论 台州市食源性单核细胞增生李斯特菌存在致病流行风险,建立的指纹图谱数据库可为食源性疾病的防治提供技术支持.
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一起幼儿园"痢疾"爆发有关肠侵袭性大肠埃希菌的鉴定
肠侵袭性大肠埃希菌(enteroinvasive Escherichiacoli,EIEC)的生化特性、毒力基因特征和致病性等生物学特性酷似志贺菌,可导致散发或爆发性胃肠炎.其致病特点是侵袭结肠上皮组织,导致感染部位的大肠黏膜出现炎症性反应,引发类似痢疾的临床症状.2003年5月杭州地区某县幼儿园爆发了一起因水源污染引起的园内儿童群体性痢疾样腹泻.我们对从腹泻儿童粪便标本中分离到的10株疑似痢疾志贺菌菌株进行了生化特性、血清型、侵袭性及分子特征等的研究,后鉴定为血清型不明的肠侵袭性大肠埃希菌,现报告如下.
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浙江省2008-2009年三起诺如病毒胃肠炎暴发的病原分子特征分析
目的 分析浙江省3起病毒性胃肠炎暴发疫情的诺如病毒分子特征.方法 收集监测期间病毒性胃肠炎暴发疫情患者的粪便标本,采用荧光定量RT-PCR方法检测诺如病毒,并选择部分阳性标本扩增部分多聚酶区(RdRp)和衣壳蛋白区,同时采用3′RACE(rapidamplification of cDNA 3′ends)扩增诺如病毒基因组3′末端,获得完整的开放读码框架(ORF)2和ORF3序列.结果 3起暴发疫情共检测标本62份,诺如病毒阳性41份,其中诺如病毒Ⅰ(G Ⅰ)基因组阳性27例,Ⅱ基因组(GⅡ)阳性9例,G Ⅰ+GⅡ阳性5例.结果 显示,引起浙江省2008-2009年3起病毒性胃肠炎暴发疫情的诺如病毒具有病毒基因型的多样性,包括G Ⅰ.8、GⅡ.b、GⅠ.2与GⅠ.6重组株、GⅠ.8和GⅡ-b混合感染.结论 诺如病毒是浙江省病毒性腹泻暴发疫情的重要病原体,呈现出病毒基因型的多样性,并在省内首次检测到诺如病毒的重组和混合感染毒株.
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广东省2007-2016年人源沙门菌流行现状及病原学特征
目的 了解广东省人源沙门菌1,4,[5],12:i:-的流行现状、耐药性与分子特征.方法 对2007-2016年广东省沙门菌腹泻病例监测检出的人源沙门菌1,4,[5],12:i:-进行药物敏感试验、PCR检测和PFGE分型.结果 2007-2016年广东省共检出人源沙门菌1,4,[5],12:i:-2 960株,检出率逐年增多,至2015年成为广东省人源沙门菌中主要的血清型.病例中男女性别比为1.58∶1,发病年龄以婴幼儿为主.沙门菌1,4,[5],12:i:-除对亚胺培南100％敏感外,对其他17种抗生素均有不同程度的耐药.2011-2016年对头孢他啶、头孢噻肟和环丙沙星的耐药率呈上升趋势.多重耐药现象严重,具有ASSuT多重耐药的有70.62％(435/616),具有ACSuGSTTm多重耐药的有27.11％(167/616).第Ⅱ相鞭毛蛋白不表达主要(75.53％)是缺失fljA、fljB和hin基因,但保留了iroB、STM2740、STM2757基因,共有8种不同的缺失方式.2 347株菌有934种PFGE谱型别,表现出较大的指纹图谱多态性,主要的优势PFGE谱型为JPXX01.GD0226型(97株菌,4.13％).168株沙门菌1,4,[5],12:i:-的PFGE图谱与鼠伤寒沙门菌PFGE图谱一致.结论 沙门菌1,4,[5],12:i:-已成为广东省人源沙门菌中主要的血清型,且多重耐药现象严重,第Ⅱ相鞭毛蛋白不表达主要由缺失fljAgjB和hin基因引起,其PFGE型别多样,呈遗传多态性.
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浙江省HIV-1 CRF01_AE流行株的分子特征分析
目的 分析艾滋病病毒1型(HIV-1)CRF01_AE重组毒株在浙江省的分子流行特征.方法 提取234例HIV-1感染者基因组DNA用巢式聚合酶链反应(nPCR)方法扩增gag部分基因片段,测定序列以后分析核苷酸和氨基酸序列.结果 在扩增阳性并成功测序的192个序列中HIV-1CRF01 AE有81个,占42%,是浙江省HIV主要的流行毒株之一.系统进化树中存在3个bootstrap值＞60的分支簇,其中MIX组包括47个序列,内部基因离散率为2.4%±0.7%,与参考株CM240的基因离散率为3.4%±0.5%;SEX组包括7个样本,组内基因离散率为3.0%±1.2%,与参考株的基因离散率为3.9%±1.0%;MSM组包括12个样本,组内基因离散率为2.8%±1.1%,与参考株的基因离散率为4.9%±0.6%,三者差别有统计学意义.特征性氨基酸分析表明MIX组、SEX组、MSN组共享序列与国际参考株共享序列之间分别存在2个、4个和8个位点的差异.结论 浙江省内HIV-1 CRF01 AE流行株中主要存在三个进化簇,其中两个簇与广西来源株密切相关.CRF01_AE毒株在浙江省内主要以异性性途径和注射吸毒形式传播.
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贵州省2014-2017年H7N9禽流感病毒HA和NA基因特征分析
目的 分析2014-2017年贵州省H7N9禽流感病毒HA和NA基因的分子特征和感染风险.方法 对2014-2017年贵州省获取的18例确诊人感染H7N9病例和6份环境样本分离的H7N9病毒株的HA和NA基因进行扩增,运用生物信息学软件解析其变异和遗传进化.结果 2014-2015年贵州省2株毒株与WHO推荐的A/Shanghai/2/2013和A/Anhui/1/2013疫苗株HA和NA基因的同源性高,分别为98.8％ ～ 99.2％和99.2％;2016年2株和2017年14株与A/Hunan/02650/2016疫苗株同源性高,分别为98.2％～ 99.3％和97.6％～ 98.8％;2017年其余6株与A/Guangdong/17SF003/2016疫苗株同源性高,为99.1％～99.4％和98.9％～99.3％.所有毒株均属于长江三角洲分支,但主要聚集为3个次分支.2017年贵州省西部有6株毒株(含2例人感染病例毒株)裂解位点存在插入突变为PEVPKRKRTAR ↓ GLF,具备高致病性禽流感病毒的分子特征;受体结合关键位点存在A134V、G186V和Q226L突变,NA蛋白颈区“QISNT”均缺失,毒株A/Guizhou-Danzhai/18980/2017发生耐药突变R294K,9株毒株NA蛋白糖基化位点发生NCS42NCT突变.结论 2014-2017年贵州省H7N9禽流感病毒HA和NA基因存在遗传差异,关键位点的变异增强了病毒对人体的易感性和毒力,部分毒株发生耐药突变,其感染与致病风险增加.
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中国滇西北地区分离流行性乙型脑炎病毒的分子特征研究
目的 对中国滇西北地区分离的流行性乙型脑炎(乙脑)病毒进行分子特征研究,了解与云南省内其他地区病毒株的差异.方法 用RT-PCR的方法扩增滇西北地区分离的13株乙脑病毒PrM、E片段和3'非编码区,对扩增产物进行序列测定.用Clustal 1.8X、DNASTAR、GENEDOC等生物学软件进行核苷酸序列和系统进化分析.结果 基于PrM和E基因核苷酸序列的系统进化显示,滇西北分离的13株乙脑病毒中有12株属于基因Ⅰ型,1株为基因Ⅲ型;12株基因Ⅰ型乙脑病毒与云南省其他地区分离的病毒株处于不同分支;和云南省其他地区分离株之间E基因核苷酸序列差异度为0.2%～13.9%;3'非编码区存在两种核苷酸缺失情况,基因Ⅰ型毒株在终止密码子后出现3处缺失,而基因Ⅲ型毒株只有1处缺失.结论 滇西北地区乙脑病毒分离株以基因Ⅰ型为主,E基因核苷酸序列与云南省其他地区分离株差异不明显;基因Ⅰ型毒株在3'非编码区存在3处缺失,而基因Ⅲ型毒株则只有1处缺失.
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结核分枝杆菌W-北京家族菌株研究进展
近年来许多对结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis, M.TB)的研究特别提到"W菌株"、"北京菌株"、"北京基因型菌株"或"W-北京家族菌株".这些菌株传播广泛,有时引起大范围的结核病(tuberculosis,TB)爆发,在某些情况下又与多耐药性(multidrug resistance,MDR)有联系,从而引起人们的极大关注.这种遗传上高度保守的M.TB菌株家族是包括中国在内的广大地区的优势菌株,是结核病控制工作中值得研究的问题.本文综述该菌株家族的分子特征、传播证据及对其分布优势的解释.
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山梨醇发酵产志贺毒素大肠埃希菌O157∶H-的特征与检测
山梨醇发酵产志贺毒素大肠埃希菌O157∶H-(sorbitol-fermenting Shiga toxin-producing Escherichia coli O157∶H-,简称SF STEC O157∶H-)已成为欧洲大陆感染性腹泻的主要原因[1,2].本文综述SF STEC O157∶H-菌株的致病性、感染流行病学、表型和分子特征以及适宜的微生物学诊断技术.
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川芎活血化瘀和行气止痛作用的计算机模拟研究
目的:从分子层面研究川芎活血化瘀与行气止痛的作用特征,为其临床应用提供实验依据.方法:利用配体聚类和化学空间研究川芎所含化合物的物理化学性质;利用分子对接和生物网络研究川芎活血化瘀与行气止痛的作用特征.结果:川芎中的化合物分为10类,在化学空间具有很好的分散性;所建的网络模型中,活血化瘀与行气止痛作用网络的特征分布存在部分的相似之处,其网络中每个化合物的平均靶点数分别为2.67和2.22,而且,网络中化合物的总数为30,反映川芎的多成分-多靶点作用.结论:计算机模拟直观显示了川芎活血化瘀与行气止痛的作用特征异同点,从分子层面揭示川芎的多靶点作用,为其具有不同功效提供解释.
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基于计算机模拟研究治疗骨性关节炎祛风湿和活血化瘀中药的分子特征
目的:研究治疗骨性关节炎的祛风湿和活血化瘀中药分子特征,为其配伍提供实验依据.方法:利用分子相似性、描述符计算、主成分分析等计算方法描述祛风湿和活血化瘀中药分子的特征.结果:祛风湿和活血化瘀中药的分子在结构特征和物理化学性质上存在相似之处,在化学空间上也有相同的区域.结论:祛风湿和活血化瘀中药在骨性关节炎临床上配伍使用存在潜在的协同作用,在一定程度上揭示两者配伍的合理性.
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凝胶渗透色谱-多角度激光散射联用技术研究红芪多糖中4个组分分子特征
目的:测定红芪多糖3(HPS-3)中4个组分的绝对分子量,相对分子质量分布,均方根旋转半径(Rg),多分散系数(Mw/Mn)等分子特征参数,以均方根旋转半径(Rg)对重均分子量(Mw)作图,计算4个组分在溶液状态的构象.方法:采用凝胶渗透色潜-多角度激光散射(GPC-MALLS)联用技术,流动相为含0.02％ NaN3的0.1 mol·L-1NaNO3溶液,UltrahydrogelTM 1000,500色谱柱串联.结果:HPS-3的4个组分中,HPS-3-C的Mw大(1.986 × 105 g·mo1-1)；其次为HPS-3-B(1.113× 105g·mol-1)和HPS-3 -D(8.457×104g·mol-1)；HPS-3-A的Mw小(1.223×104 g·mol-1),而Rg大(55.5 nm).HPS-3-D相对分子质量分布范围广,Mw/Mn 2.543.在流动相中,HPS-3-A为球型构象,HPS-3-C为无规则线团构象,HPS-3-B和HPS-3-D则均为高枝化度结构.结论:为进一步研究HPS-3中4个组分分子特征与其生物活性的关系提供必要依据.
