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一例由阪崎肠杆菌感染引起腹泻患儿的溯源分析
目的 对1例反复腹泻的4月龄婴儿进行病原学检测和溯源分析,为临床治疗和预防由此引起的食源性疾病提供依据.方法 根据流行病学调查资料,采集患儿粪便样本4次,食用奶粉、米粉及饮食相关器皿及环境样本进行肠道病原菌分离培养,对检出的病原菌进行药敏试验和脉冲场凝胶电泳(pulsed-field gel electrophoresis,PFGE)分子分型,根据药敏结果指导临床用药.结果 前3次采集的患儿粪便和患儿家中放置奶瓶的桌面涂抹样中均检出阪崎肠杆菌,4株分离株PFGE型别一致,患儿经敏感性治疗康复.结论 阪崎肠杆菌可通过环境污染感染致病,快速准确的诊断及敏感性治疗能及时治愈阪崎肠杆菌感染.
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一起鼠伤寒沙门菌暴发疫情快速诊断和溯源分析
2013年6月四川省眉山市发生一起以发热、乏力、头痛、腹泻为主要症状的暴发疫情.为快速诊断致病因子,查找污染来源,控制疫情,结合流行病学调查,采集患者、食堂员工相关样本和食堂留样食品进行检测分析,从6份病例样本检出鼠伤寒沙门菌,2份食品样本检出鼠伤寒沙门菌;来自患者和食品的鼠伤寒沙门菌菌株经Xba Ⅰ酶切后脉冲场凝胶电泳图谱完全一致,快速准确诊断疫情,为及时有效的控制疫情发展提供技术支持.
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一起肠炎沙门菌引起的食物中毒检测及菌株同源性分析
目的 检测食物中毒样品中致病菌,分析其同源性,为追踪污染源、明确病因诊断提供帮助,为控制和减少食物中毒提供依据.方法 荧光定量PCR快速筛检致病菌,参照GB 4789.4-2010《食品安全国家标准食品卫生微生物检验沙门氏菌检验》分离致病菌,全自动细菌鉴定仪鉴定致病菌,脉冲场凝胶电泳(PFGE)分析同源性.结果 从21份病人和从业人员粪便样品中检出8株肠炎沙门菌,9份食品样品中检出2份肠炎沙门菌,检出率分别为25.00％和6.25％;食堂用水及井水检测均未检出肠炎沙门菌等致病菌.荧光定量PCR法阳性率结果与GB 4789.4-2010方法一致.PFGE分型显示10株肠炎沙门菌的DNA条带图谱完全一致,相似性100％,聚类分析为同一型,表明菌株来自同一克隆系.结论 采用荧光定量PCR筛检能提示食物中毒样品中病原菌是否存在的信息,通过GB 4789.4-2010方法仔细寻找到目标菌,两法联合使用能快速、准确地检测出引起食物中毒的致病菌.运用PFGE对致病菌进行溯源,分析其亲缘关系,能追踪到菌株来源,有利于防止食物中毒的发生.
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全基因组测序在食源性疾病监控和暴发调查中的应用
全基因组测序(WGS)分型在微生物的遗传与变异特征分析、菌株进化和暴发溯源调查中已经显示出了其极大的应用价值和发展潜力.本文简要概述了WGS的基本原理,介绍了基于全基因组的单核苷酸多态性分型和基于全基因组多位点序列分型两种主要的测序数据解读和分析方式,比较了WGS与脉冲场凝胶电泳技术、多位点序列分型等常见分子分型手段的主要特点,列举了典型的WGS应用于食源性疾病监控和暴发识别的案例,后对WGS分型在食源性疾病监控和暴发调查领域的发展前景进行了展望.
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浙江省1998年H3N2流感流行的溯源研究
目的 对1998年浙江省的H3N2流感流行进行溯源研究.方法 采用RT-PCR扩增浙江省1998年3株H3N2流感流行代表株的全基因组序列,并与GenBank上1995-1998年世界其他地区H3N2流感流行株进行比较;同时,采用交叉血凝抑制实验,计算各毒株间的抗原比.结果 HA基因进化树表明,1998年浙江省H3N2优势流行株A/Zhejiang/11/98、A/Zhejiang/18/98与1995-1996年世界各地以及1997年我国大陆的H3N2流行株间存在显著差异,在进化树上虽与A/Sydney/5/97同属一簇,但和美国纽约以及中国香港1997年后期流行株更为接近.在HA1、NA和MP基因上,A/Zhejiang/18/98与香港1997年后期流行株同源性高,而在PA、HA和NS基因上,与纽约流行株的遗传距离也小于A/Sydney/5/97.A/Zhejiang/18/98与香港或纽约株在HA1区仅存在1～3个位点的氨基酸残基不同,而与A/Sydney/5/97存在7个位点的氨基酸残基差异,其中3个位点于抗原决定簇区.各毒株间的交叉血凝抑制实验表明A/Zhejiang/18/98与A/Sydney/5/97的抗原比已达2.0,提示二者在抗原性上存在一定差异.此外,1997-1998年H3N2各地流感流行的起始时间序列,也显示了该次流感传播的可能途径.结论 浙江省1998年H3N2流感的流行很可能是由1997年底H3N2新型流感变异株经纽约和香港输入中国大陆所导致.
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两株西藏CV-B3的全基因组特征及溯源分析
肠道病毒是一种常见的引起婴幼儿急性传染病的病毒,它引起的疾病包括急性弛缓性麻痹、手足口病、无菌性脑膜炎和心肌炎等,甚至死亡.柯萨奇病毒B组3型(CV-B3)是引起急性心肌炎常见的病原体之一,并且也经常引起无菌性脑膜炎的暴发.本研究对在西藏自治区分离的两株CV-B3进行全基因组序列测定和分析,结果表明与原型株相比,核苷酸相似性仅为80.6％.通过系统进化分析,中国大陆流行的CV-B3可以分为三个传播链(lineage1～3),从20世纪lineage1便开始在中国传播,现在倾向于消失,目前lineage2和lineage3替代lineage1成为主要的传播链,现在在中国大陆地区传播.本研究的两株CV-B3也被发现可能与江苏省的一株CV-B5(2009-148-4株)在P3编码区发生了重组,且大似然进化树的拓扑结构的改变也印证这一重组事件的可能性.频繁的重组活动为肠道病毒的进化提供了原始的基因材料,这也成为肠道病毒频繁暴发的原因之一.本研究分析了西藏两株CV-B3的全基因组序列特征,阐明了CV-B3在中国大陆的传播模式,为CV-B3的防控工作提供了基础资料.
关键词： 柯萨奇病毒B组3型(CV-B3) 系统进化分析 重组 溯源分析 -
广东省1例输血性恶性疟病例的实验室检测和溯源调查
2017年10月,广东省疾病预防控制中心报告了1例无流行病学史、近期有输血史的恶性疟病例.收集患者的临床资料,并开展流行病学溯源调查,采集患者和供血者血样进行疟疾快速试验(RDT检测)、血涂片镜检和巢式PCR检测,并对阳性血样进行分子溯源和裂殖子表面蛋白基因分型.结果表明,患者与其中1位供血者在RDT检测和PCR检测中,均为恶性疟原虫阳性.两者血样核糖体小亚基(SSU) rRNA基因序列同源性为100％,且均为恶性疟原虫K1型,确定该患者的恶性疟确因输入该供血者的血液而感染.
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药品微生物检测实验室环境菌库的建立
目的 建立药品微生物检测实验室环境菌库.方法 从药品微生物检测实验室环境中不同部位、设备材料及活动人员进行连续7个月采样收集获得248株细菌和6株霉菌,对收集的细菌采用全自动微生物生化鉴定仪(Vitek2 Compact)进行鉴定,对生化鉴定无确切结果的90株细菌及6株霉菌均采用3500 MicroSeq基因测序分析系统进行细菌16S rDNA和霉菌LSU rDNA测序鉴定,同时也对某次采样收集的6株金黄色葡萄球菌采用Diversilab系统进行同源性分析.结果 通过整理和分析收集获得的254株菌的鉴定结果,初步建立了药品微生物检测实验室环境菌库.结论 为今后开展污染水平的风险评估和不良事件调查提供技术平台,同时也为制药企业开展建立环境微生物信息库和微生物污染溯源提供技术指导.
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16S rRNA/ITS基因序列分析与微生物分类鉴定及其在药品微生物质量控制中的应用
经典的微生物鉴定有赖于微生物的纯培养,其在一些难培养、生长缓慢或需要特殊营养的微生物鉴定方面有明显的局限性.全自动细菌鉴定及药敏分析系统和基质辅助激光解离飞行时间质谱对微生物鉴定属表型鉴定.严重依赖仪器生产厂商提供的数据库,对类型多样的环境微生物的鉴定分型有明显缺陷.基于遗传物质的分子生物学签定技术为微生物的准确鉴定及分型提供了新的思路.16S rRNA/ITS遗传信息具有相对稳定性和易变异的双重特点,不依赖于微生物的营养及生长状态,在微生物的鉴定、分型中得到广泛应用.微生物是影响药品质量的重要因素,而药品微生物控制是药品质量控制的重要方面.本文对16S rRNA/ITS序列与微生物鉴定、分型及其在药品微生物质量控制领域中的应用进行综述,为相关工作提供参考.
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重复经颅磁刺激联合运动训练对脑活动影响的溯源分析
重复经颅磁刺激(repetitive transcranial magnetic stimulation , rTMS)联合运动训练可以提高手部运动功能.本研究旨在探讨rTMS联合运动训练对脑皮层活动的影响作用.募集19名健康受试者,随机分为rTMS联合运动训练组和运动训练组,分别进行为期14 d的1 Hz rTMS联合运动训练和运动训练,利用标准低分辨率电磁断层成像(standardized low resolution electromagnetic tomography analysis , sLoreta)对实验前后采集的静息态脑电信号进行溯源分析.结果表明,rTMS联合运动训练可调制皮层活动从高频向低频偏移,且θ频段皮层活动增加明显,表现在多个脑区,表明rTMS联合运动训练可能加强了皮层间的协调活动.另外,相比于运动训练,rTMS联合运动训练仅增强了顶叶皮层活动,而额叶皮层活动未发生显著改变,提示rT-MS联合运动训练可能降低了对运动认知脑区的调动,提高了运动认知的效率.本研究加深了对rTMS联合运动训练的脑调控作用理解,有望为脑卒中患者的运动康复提供帮助和指导.
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一起鼠伤寒沙门菌食物中毒疫情的溯源分析
目的 通过流行病学调查、现场卫生学调查及实验室检测分析结果,分析一起食物中毒事件的原因,查找污染来源,分析调查处置过程,为预防控制疫情提供科学依据,同时积累应急处置经验.方法 在流行病学调查和现场卫生学调查的基础上,采集患者可疑样本进行病原分离培养,对可疑菌落进行生化鉴定和血清学分型,并运用脉冲场凝胶电泳(PFGE)对检出病原菌菌株进行分子分型,运用BioNumerics 6.6软件UPGMA方法进行聚类分析.结果 从3例患者样本中分离出鼠伤寒沙门菌,菌株经XbaⅠ酶切后,PFGE图谱完全一致.结论 该起疫情是由于进食被鼠伤寒沙门菌污染的皮蛋感染所致的食源性疾病暴发疫情.
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1例单核细胞增生李斯特菌感染患者的病因食品溯源分析
目的 对1例单核细胞增生李斯特菌感染病例的病因食品进行调查和溯源分析.方法 在病例个案调查基础上,采集病例家庭及周边超市、农贸市场、路边快餐等处的食品类样品进行菌株分离,并运用脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术进行分子分型,利用聚类结果对菌株同源性进行分析.结果 从病例血液中分离到1株菌株;在33份食品类样品中,单核细胞增生李斯特菌阳性样品7份,共分离到9株菌株;所有10株菌株分为9个PFGE型别,其中只有从某超市采集的某品牌三黄鸡中分离的菌株与病例菌株具有100％同源性,且该型别与山东省往年分离菌株的一个较大聚类型别GX6A16.SD0008完全一致.结论 病例感染跟没有正确食用被单核细胞增生李斯特菌污染的某品牌三黄鸡有直接关系,且这种型别菌株在山东省持续存在,特别是肉制品,应对其致病风险引起注意.
关键词： 单核细胞增生李斯特菌 脉冲场凝胶电泳 溯源分析 -
一起由恶臭假单胞菌引起的酸奶中毒溯源分析
2006年9月,昆明市某幼儿园发生一起饮用酸奶引起的食物中毒事件,经昆明市疾病预防控制中心调查证实,其病原菌为恶臭假单胞菌.
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深圳市新分离两株基孔肯雅热病毒的分子遗传学分析
目的 对2010～2012年深圳市报告的两起输入性基孔肯雅热病原体进行分子遗传学分析.方法 利用C6/36细胞从病人血清中分离基孔肯雅病毒(Chikungunya virus,CHIKV),对分离得到的CHIKV进行全基因组测序和构建系统发生树,结合流行病学资料对其分子遗传特征进行分析.结果 成功分离得到两株CHIKV,分别命名为SZ_20101028和SZ 20120702,SZ_20101028全基因组长为12377bp,SZ_20120823全基因组长为11893bp;构建系统发生树分析,结果表明,SZ_20101028是印度洋亚型,ECSA型的后裔.SZ_20120702为Asian亚型.结论 SZ_20101028与近10年来在印度洋岛屿爆发流行新亚型且与2010年由输入性引发起东莞疫情爆发的毒株亲源性高,为99％;而SZ_20120702为Asian亚型,不是近年来爆发流行株.
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一起侵袭性大肠埃希菌食物中毒事件的溯源分析
目的 调查一起以发热、腹痛、腹泻为主要症状的食物中毒事件的病因,查找传染源.方法 开展病例个案调查和现场勘察,并采集病例、食堂厨师粪便样本进行实验室检测.结果 从病例粪便和厨师肛拭子样本中均检出侵袭性大肠埃希菌(血清型为O136∶K78),且其PFGE带型一样,菌株间呈高度同源.结论 这是一起由侵袭性大肠埃希菌感染造成的食源性疾病暴发.建议规范和落实学校餐饮卫生监管,注意食品生熟分开,防止交叉污染,做好从事食品加工和餐饮服务行业人员的健康体检,无症状带菌者对人群的威胁应引起重视,防止食源性疾病暴发的发生.
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输血传播恶性疟疾实验室检测和溯源分析——附报告1例
目的 通过对有输血史的恶性疟疾感染者进行检测和溯源分析,确定其传染源和传播方式.方法 对患者和为其输血的8名献血者血样进行疟疾快速检测、血涂片镜检和Real-time PCR检测,并对阳性血样进行分子溯源和基因分型.结果患者与1名非洲返乡献血者在疟疾快速诊断试剂检测、血涂片镜检和Real-time PCR 3项检测中,均显示为恶性疟阳性.两者血样SSU rRNA基因序列两两比对后同源性为100％,PfEMP-1基因分型显示受血者和献血者血样均为恶性疟原虫K1型和MD20型混合感染.确定该患者的恶性疟确因输入非洲返乡献血者的血液而感染.讨论 由于我国未将疟疾筛查列入献血前检测,因此境外返乡人员在疟疾潜伏期或复发期内参加献血易引起输血传播疟疾.采供血机构需仔细征询既往病史和外出史,并加强宣教,将经血传播的疾病控制在源头.
