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运用低密度表达谱芯片检测原发胶质母细胞瘤中相关基因表达
我们应用选取目前胶质瘤相关基因调节通路中的95个基因制成的低密度表达谱芯片(MFC)通过高通量实时定量逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)技术对胶质母细胞瘤中的基因表达进行分析,以期进一步阐明胶质母细胞瘤的发病机制,并希望能找到一种更简单、有效的能高通量检测肿瘤组织基因表达的方法.
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筛选瘢痕疙瘩差异表达基因表达谱芯片的构建
我们通过构建以8 400条人类基因的多聚酶链反应(PCR)产物为靶基因的基因微阵列芯片,筛选瘢痕疙瘩和正常皮肤中差异表达的基因,探讨这些基因与瘢痕疙瘩生物学特性的内在联系.
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新基因FLJ39061在淋巴瘤中的表达及其功能分析
目的 研究淋巴瘤与反应性增生淋巴结的基因表达差异,并对淋巴瘤高表达基因FLJ39061进行初步分析.方法 将淋巴瘤淋巴结标本和反应性增生淋巴结标本液氮速冻切片,使用激光显微切割技术分离淋巴细胞,提取淋巴细胞中的mRNA与表达谱芯片杂交,通过信号扫描、处理后获得两者的表达差异基因.用生物信息学方法对一条有显著性差异的新基因FLJ39061进行初步分析.结果 表达谱芯片发现了152条差异表达基因.对淋巴瘤相关基因FLJ39061的性质进行了有效的预测,基本明确了该基因编码蛋白为一核蛋白,很可能是人MAP激酶激活的蛋白激酶2的前体或异构体.结论 FLJ39061可能作为激酶磷酸化底物调节细胞代谢,与淋巴瘤发生有关,可作为治疗靶点做进一步的功能研究.
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动脉粥样硬化斑块稳定期和易损期小鼠主动脉基因启动子区DNA甲基化及基因表达差异
目的：研究动脉粥样硬化（ As）小鼠斑块稳定期和易损期主动脉基因启动子区DNA甲基化及基因表达差异。方法：以高脂喂养的ApoE－／－小鼠为As模型，喂养3个月和6个月，复制斑块稳定期和易损期的As模型，用正常喂养的C57小鼠对照，采用小鼠启动子区DNA甲基化芯片联合表达谱芯片筛选。结果：与正常C57小鼠相比，高脂喂养3个月组（简称3月组）小鼠DNA甲基化启动子区芯片筛选出差异基因4739个，高脂喂养6个月组（简称6月组）小鼠芯片筛选12568个。3月组小鼠基因芯片筛选出差异基因2615个，6月组2450个。其中3月组负相关表达基因44个，6月组166个。通过生物信息学软件分析，验证得到3月组DNA甲基化差异基因2个，6月组4个。结论：在小鼠主动脉As斑块易损期 DNA甲基化的调控作用表现得更为显著。 IRS－1等6个候选基因可能是As斑块从稳定期到易损期转变过程中关键的靶基因， PI3K－AKT通路和HIF－1通路可能是As斑块从稳定期到易损期转变过程中调控甲基化差异基因的重要信号通路。
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脑膜瘤病理级别基因诊断芯片数学模型的建立
目的根据脑膜瘤基因表达谱,寻找脑膜瘤病理分级(WHO 2000标准)的分子生物学依据,并建立脑膜瘤病理级别基因诊断芯片的数学模型.方法利用cDNA芯片技术建立24例脑膜瘤基因表达谱数据库,应用生物信息学分析软件GeneMaths 2.0对脑膜瘤基因表达谱数据进行"非监督"样本聚类分析(Hierarchical聚类),将聚类结果与脑膜瘤样本的病理级别进行相关性分析;应用SAS9.0软件,用"贝叶斯判别法"建立脑膜瘤病理级别诊断的判别函数方程;对于脑膜瘤基因表达谱的数据可靠性,应用点杂交(Dot Blot)实验进行了验证.结果脑膜瘤基因表达谱样本聚类结果与其样本的病理级别存在高度相关性;筛选出5条基因,建立了3个判别函数方程,根据它们的表达情况可以较准确的判断脑膜瘤的病理级别.结论脑膜瘤目前的病理分级标准有分子生物学基础;根据脑膜瘤基因表达谱可建立判断脑膜瘤病理分级的诊断芯片数学模型.
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归芪聪志汤对血管性痴呆模型大鼠行为学和海马组织基因表达谱的影响
目的 研究归芪聪志汤对血管性痴呆(Vascular dementia,VD)大鼠模型海马基因表达谱的影响及部分筛选基因表达的影响.方法 从120只SPF级Wistar雌性大鼠中随机选取10只作为假手术组,其余均采用改良后的两血管阻断法改良法制备血管性痴呆大鼠模型,经水迷宫筛选出合格造模大鼠35只,随机区组分为假手术组,模型组,阳性对照组,归芪聪志汤高、 中、 低剂量组.归芪聪志汤连续灌胃4周后处死大鼠取材海马组织.Morris水迷宫检测造模后及治疗后行为学变化.全基因组表达谱芯片检测归芪聪志汤中剂量组与模型组海马组织之间差异表达的基因;RT-qPCR检测紧密连接蛋白-1,2,3,14,22(claudin-1,claudin-2,claudin-3,claudin-14,claudin-22),细胞黏附分子(ICAM),血管紧张素转化酶(ACE)的mRNA表达量.结果 Morris水迷宫检测显示:模型鼠逃避潜伏期明显延长,跨原平台次数明显减少(P<0.01).治疗28 d后模型组逃避潜伏期明显延长,跨原平台次数明显减少(P<0.05);与模型组相比,各治疗组大鼠逃逸潜伏期均缩短,跨原平台次数均增多(P<0.01),其中归芪聪志汤中剂量组、阳性药物对照组大鼠学习记忆能力改善情况优于归芪聪志汤高、低剂量组(P<0.05).基因芯片和RT-qPCR检测结果显示:与假手术组比较,模型组claudin-1,claudin-2,claudin-3,claudin-22,ICAM,ACE基因表达量均升高(P<0.05,P<0.01),claudin-14、CDH3基因表达量均下降(P<0.05,P<0.01);与模型组比较,各治疗组claudin-1,claudin-2,claudin-3,claudin-22,ICAM,ACE基因表达量均下降,claudin-14,CDH3基因表达量均升高,其中,归芪聪志汤中剂量组、阳性药物对照组优于归芪聪志汤高、低剂量组(P<0.05).结论 归芪聪志汤能下调VD模型大鼠海马组织claudin-1,claudin-2,claudin-3,claudin-22,ICAM,ACE的表达,并升高claudin-14,CDH3的表达,从而发挥抗VD作用.
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孕哺期暴露NP对子代大鼠脑组织基因表达谱的影响
目的 通过表达谱基因芯片,筛选与神经毒性相关的差异表达基因及通路.方法 建立孕期和哺乳期暴露NP的仔鼠模型,提取暴露组和对照组出生21 d仔鼠脑组织mRNA,采用Roche Nimblegen公司生产的12 × 135位点的包含大鼠26,419个基因的表达谱基因芯片,检测脑基因的表达,扫描仪进行扫描及处理数据.结果 暴露组与对照组共有1 254个差异表达基因,其中619个基因上调,635个基因下调.GO(Gene Ontology)分析差异表达基因涉及的主要功能包括:分子功能包括结合活性、金属离子结合活性、催化活性、核酸结合活性;参与的主要生物学过程有细胞大分子代谢过程,细胞氮化合物代谢过程、核苷酸及核酸代谢过程、蛋白质代谢过程;所涉及细胞成分包括胞外区、细胞器、高尔基体部分、细胞质、中间纤维等.结论 NP干扰神经系统的发育可能与差异表达基因涉及的分子功能、参与的主要生物学过程和所涉及细胞成分改变有关.
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基因芯片与中医药抗肿瘤治疗的探讨
目的:探讨基因芯片与中医抗肿瘤治疗的可能性.方法:用肿瘤表达谱芯片研究中药土贝母作用后的胃腺癌细胞株RF21的基因表达变化.结论:加药组与对照组有多条基因变化,涉及细胞凋亡、抑制血管生成、免疫抑制、影响细胞骨架诸多方面.结论:可应用基因芯片进行中医抗肿瘤研究.
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氧化损伤诱导的人晶状体上皮细胞系基因表达谱的差异和表型改变
目的：探讨人晶状体上皮细胞( hulan lens epithelial cells, HLEC)氧化刺激后基因表达谱的差异以及相应的表型改变。
方法：培养人晶状体上皮细胞系HLE-B3并给予H2 O2刺激。24 h后,提取细胞总RNA进行基因表达谱芯片检测,并采用生物信息学数据库DAVID对氧化刺激组相比对照组显著上调的基因进行Gene Ontology ( GO )功能富集分析。 RT-qPCR对上调的基因进行验证。通过MTT和流式细胞仪检测细胞凋亡水平。
结果：表达谱芯片结果显示,氧化刺激造成HLEC中367个基因上调,GO分析表明这些基因富集于310个功能类别中,主要包括p53信号通路、细胞凋亡通路、细胞程序性死亡通路等。 RT-qPCR结果证实,6个主要参与促凋亡或抗凋亡调节的基因,包括 BCL2 A1、TP53 I3、FAS、ZMAT3、DDB2和BCL2 L1,在氧化刺激后表达水平明显上升。 MTT实验和流式细胞仪检测结果显示,H2 O2刺激后HLEC凋亡逐渐上升,是细胞氧化损伤的主要表现。
结论：氧化刺激可同时诱导HLEC中促凋亡基因和抗凋亡基因表达水平上调,但终仍然导致了细胞凋亡。 -
痉挛型脑瘫双生子差异表达基因筛选及功能分析
目的 利用基因表达谱芯片筛选出痉挛型脑瘫双生子患儿差异表达基因.方法 选择痉挛型脑瘫一正常双生子两对作为研究对象,其中两例痉挛型脑瘫作为对照组,两正常儿童做为空白组.分别抽取各组受检者外周静脉血5 mL,用TRIzol法提取总RNA后采用Human Genome Array表达谱芯片筛选差异表达基因,利用DAVID生物软件对差异表达基因进行GO富集和KEGG通路分析.结果 筛选出13个特异性差异表达基因,这些基因主要参与了免疫、细胞分化、肌肉张力及蛋白翻译合成等调节.结论 痉挛型脑瘫双生子存在差异表达的基因,这些基因可能是痉挛型脑瘫表型发生发展的关键病机之一.
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基于表达谱芯片技术的肾阳虚证研究
目的 研究肾阳虚证的差异基因表达谱.方法 利用Agilent4 * 44K表达谱芯片对4例肾阳虚证患者组和4例平和体质组进行差异基因表达谱的筛选,通过生物信息学对差异基因进行功能分析.结果 肾阳虚证患者和平和体质组之间筛选出了642个显著性差异基因,其中一些基因(C13orf18和BMX等)在既往研究中已经被发现过.GO和Pathway分析发现这些差异基因的功能主要集中在糖代谢、酶活性功能和免疫代谢通路上.结论 表达谱芯片可以从整体基因水平上对肾阳虚证的发病机理进行研究,为疾病的诊断和治疗提供思路.
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脑损伤昏迷大鼠中脑神经组织microRNA表达谱的变化特征
目的 检测急性脑损伤昏迷大鼠中脑神经组织中microRNA表达谱的变化特征.方法采用正中液压脑损伤致伤体系,对大鼠进行中等力度致伤,伤后1 h取大鼠中脑组织,经RNA抽提检测后,利用表达谱芯片进行检测,扫描杂交结果并对荧光强度进行标准化后行统计分析. 结果 芯片杂交结果表明,损伤昏迷大鼠中脑节段脑组织中,33种microRNA表达上调,38种microRNA表达下降. 结论 损伤昏迷大鼠中脑神经组织中microRNA的表达谱出现特征性变化,可能为损伤昏迷的致伤机制,也可能是昏迷保护的神经生物学途径.
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子宫肌瘤发病相关基因表达研究
目的:筛选子宫肌瘤发病相关基因.方法:分别提取10对子宫肌瘤及肌层组织Mrna,用Cy5-Dctp和Cy3-Dctp逆转录标记Cdna探针,然后与含14 000条Cdna的表达谱芯片进行杂交,洗片.将所得芯片进行扫描、聚类分析,获得差异基因表达信息.结果:共得到39条表达差异基因,5条表达上调,34条表达下调.表达下调的基因主要与细胞周期、增殖与凋亡、DNA合成与转录及细胞信号转导相关.结论:子宫肌瘤的发生与发展可能与这些基因的表达失调相关.
