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快速鉴定幽门螺杆菌与宿主基因型的方法学研究
目的 探索采用焦磷酸测序技术进行幽门螺杆菌(Hp)鉴定与耐药以及宿主胃癌易感相关基因多态性分析的可行性,为临床提供一种快速的分析手段和诊疗依据.方法 提取60例胃黏膜活检标本DNA(Hp阳性、阴性各30例),PCR扩增Hp 16S rDNA,23S rDNA以及人白细胞介素1B(IL-1B)基因特异性片段,对3个片段间时进行焦磷酸测序分析.结果 30例Hp阳性标本16S rDNA测序结果一致,均为5′-CGCGCAATCAGCGT-CAGTAATG-3′,该序列可作为标志性序列米鉴定Hp;对Hp阳性标本23S rDNA 2142及2143位点的多态性分析发现2142A→G突变,该突变通常会导致Hp对克拉霉素的耐药;对60例标本IL-1B基因-31和-511位点的多态性检测表明,-31位点有两种基因型,其中A/G基因型占80.0%,G/G 20.0%;-511位点有3种基因型,其中T/C基因型占60.0%,T/T基因型占26.7%,C/C基因型占13.3%.结论 运用焦磷酸测序技术进行Hp鉴定、耐药性分析以及宿主胃癌易感性分析,具有准确、快速、操作方便、通量高等优势;除了胃黏膜活检标本,该方法亦可应用于其他标本如粪便、唾液、胃液等的Hp检测,同时可推广至其他菌种的鉴定和耐药分析,在弥补甚至替代传统的病原菌检测方面具有广阔的应用前景.
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建立PCR-高分辨熔解分析法检测急性髓系白血病IDH1基因突变
可溶性异柠檬酸脱氢酶1(IDH1)基因在细胞氧化损伤反应中发挥着重要的调控作用[1].2008年Parsons等[2]首先报道胶质瘤患者中12%IDH1转录本第395位碱基由鸟嘌呤突变为腺嘌呤(c.395G→A),导致该酶精氨酸被组氨酸所替代(R132H).其后发现IDH1基因突变还可见于星形细胞瘤、少突神经胶质瘤、急性髓系白血病(AML)、骨髓增生异常综合征、骨髓增殖性肿瘤等[3].高分辨率熔解(HRM)分析是近年来发展起来的一种新型的突变扫描和基因分型的遗传学分析方法.美国Idaho公司的LightScanner是以HRM技术为基础的分析仪,它采用新型饱和双链DNA结合饱和荧光染料LC Green,通过分析PCR扩增产物解链过程中熔解曲线的变化来检测单碱基突变、小片段插入或缺失[4],具有灵敏度高、特异性好、成本低廉、高通量检测的优点,已越来越多地被用于单核苷酸多态性分析(SNP)和基因突变扫描.
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环介导恒温扩增技术研究进展
环介导恒温扩增技术(LAMP)是2000年由日本学者开发的一种新型核酸体外扩增技术.LAMP不仅广泛应用于细菌、病毒、寄生虫等病原微生物检测,而且可以进行单核苷酸多态性分析.LAMP具有灵敏度高、特异性好、可定量分析、反应时间短、操作简单等优点,特别适合在基层实验室推广应用.随着LAMP技术的不断进展,其在标本前处理、引物设计、产物的特异性可视化检测方面也日臻完善.
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急性髓系白血病预后相关因素研究进展
急性髓系白血病(AML)是一种具有显著异质性的血液系统恶性克隆性疾病.细胞遗传学改变很大程度上影响了患者的治疗和预后.随着生物学和计算机技术的不断发展,越来越多的预后相关因素被确认:如KIT、FLT3、NPM1和CEBPA等基因突变:微阵列技术也确认了一些与预后相关的独特的基因表达特征;microRNA的表达、单核苷酸多态性分析和DNA甲基化特征也发现了一些重要的AML预后亚型.这些新的预后相关因素的发现不仅对AML的危险度分层、预后判断、治疗指导具有重要作用,同时结合蛋白质图谱也确定了一些新的信号通路和治疗靶点,为实现个体化治疗提供了依据.在此本文将阐述一些新的与AML预后相关的基因改变.
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亲权鉴定方法概述
本文主要对目前亲权鉴定所采用的常染色体短串联重复序列、单核苷酸多态性分析、性染色体短联重复序列以及线粒体测序等几种技术进行比较,总结特点和优缺点,便于实际工作中借鉴应用.
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等臂双着丝粒Ph染色体在慢性粒细胞白血病急淋变中的遗传学分析
目的 研究等臂双着丝粒Ph染色体在慢性粒细胞白血病急淋变(lymphoid blast crisis of chronic myeloid leukemia,CML-BLC)中的遗传学及临床特征.方法 对2例CML-BLC患者采用24 h骨髓培养法制备染色体标本,R显带核型分析,单核苷酸多态性分析(single nucleotide polymorphism,SNP)基因拷贝数变化.用荧光原位杂交(florescence in situ hybridization,FISH)技术验证SNP结果.用多重连接依赖探针扩增(multiplex ligation-dependent probe amplication,MLPA)检测急性淋巴细胞白血病相关基因如CDKN2A/2B和PAX5等的缺失或扩增.结果 SNP证实例1的衍生9号有缺失及扩增,与FISH结果相符合.例1和例2的FISH分析可见BCR/ABL融合信号在等臂Ph染色体上,距离远近不同,排列方式为脚对脚(例2)和头对头(例1).结论 CML-BLC中等臂双Ph染色体预示对格列卫治疗抵抗,而用达沙替尼治疗有效.
