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REP、RAPD和PFGE方法在志贺菌分子分型中的应用评价
目的：探讨REP、RAPD和PFGE方法在志贺菌分子分型中的应用效果。方法以细菌基因组重复序列（REP）、随机扩增多态性分析（RAPD）、脉冲场凝胶电泳（PFGE），分别对60株志贺菌分子进行分型，并对3种方法加以评估。结果 REP、RAPD和PFGE的分子分型结果显示，采用REP方法，有A、B两型；采用RAPD方法，有A、B、C、D、E、F六型；采用PFGE方法，共有3个亚型，其中，51株可分为A、B、C、D、E五型，其余6株宋内志贺菌为1单独型。结论在3种分子分型方法中，REP对高菌株分辨率差，在区域内菌株分型方面，不具优势；RAPD分辨率高、分型精准，但需花费较长时间；PFGE明显优于前二者，分型效果更为细致，三者之间的差异性显著，但PFGE操作更简便，用时更少，价格更低，而且对于细菌性痢疾暴发事件，有较好的病学调查效果。
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川产羌活种质遗传多样性的RAPD分析
目的 考察羌活Notopterygium incisum的遗传特征,探讨不同产地且有形态变异的羌活种质资源的遗传多样性、遗传分化及与环境因子的相关性.方法 用RAPD方法选择15个随机引物对四川西部4个居群33株个体叶片DNA进行扩增,从个体间遗传关系及居群问遗传分化方面对羌活的遗传结构进行分析.结果 RAPD共检测到185条谱带,其中128个位点为多态位点,多态性百分率为69.19%,Nei's基因多样性为0.223 7,Shannon's信息指数为0.337 5;壤塘和九龙居群聚为一类,理县和泸定居群聚为一类;茎秆颜色花纹性状与遗传差异间未表现明显相关性,不同性状的羌活个体仍主要按居群,即产地来源聚类;羌活居群内和居群间的变异分别占总变异的74.67%和25.33%;羌活居群间的遗传距离与地理距离间没有明显相关性(r=-0.110 5,P=0.585 5),羌活4个居群遗传多样性大小与年均温负相关,未达到显著水平(r=-0.771,P=0.229);与年均降雨量正相关,但相关不显著(r=0.291,P=0.709).结论 本研究表明羌活遗传多样性水平较高;羌活的遗传变异主要分布在居群内,但居群间已形成一定的遗传分化;壤塘和九龙羌活个体间的遗传距离较小,各自遗传背景较为相似.产地差异对遗传变异的影响大于因其茎秆颜色花纹不同所造成的影响.
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不同居群美花石斛种质资源的RAPD分析
目的 分析不同居群美花石斛种质资源的遗传多样性、濒危现状以及亲缘关系.方法 利用RAPD分子标记技术和方法对不同居群美花石斛进行检测;通过计算遗传相似系数建立其聚类分析图.结果 从117个随机引物中,共筛选出8个有效引物,对8个美花石斛居群进行RAPD-PCR扩增,共扩增出287个条带,平均每个引物的扩增条带为35.88个;287个条带共占据78个位点,其中11个位点是8个居群的共有位点,67个为多态位点,多态性比率达85.95%;8个居群的相似性系数在0.149～0.517.结论 美花石斛遗传多样性水平低于铁皮石斛种内遗传多样性水平;美花石斛的濒危原因与人为过度采收、种子自然萌发力弱和遗传多样性水平较低有一定的关系;美花石斛8个居群比较自然地向3个方向演化发展,并形成3个分支;美花石斛系统演化规律与其地理分布的相关性有待于进一步研究.
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黄连药材DNA提取及RAPD反应体系的优化
目的 探索黄连药材DNA的提取并对其RAPD反应体系进行优化.方法 采用目前较为流行的苯酚法、CTAB法、高盐低pH值法,通过电泳、紫外分光光度仪检测及RAPD扩增效果确定黄连药材基因组DNA提取的佳方法.结果 CTAB法为黄连药材基因组DNA提取的佳方法,建立了适合黄连药材的RAPD反应体系:25μL体系中内含1×PCR buffer、2 mmol/L Mg2+、100～150 μmol/L dNTP、20 ng引物、40 ng模板、1 U Taq酶.结论 CTAB法及黄连药材的RAPD反应体系可以用于黄连药材的RAPD分析.
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红花RAPD和AFLP分子标记技术多态性效率比较
目的 探讨RAPD和AFLP这两种分子标记技术应用于红花不同品系多态性效率的比较.方法 以河南无刺大红袍和若羌有刺白两个红花品系为材料,应用100条RAPD引物、64对AFLP引物,对两品系进行多态性筛选,初步确定反映品系间差异的引物.结果 筛选到RAPD特异性引物共5条,分别为AA52726、AA52729、AA52739、AA52766、AA52785,在两品系间扩增到稳定的差异片段;筛选到AFLP特异性引物共7对,分别为AF26356、AF26372、AF26385、AF26311、AF26396、AF26327、AF26343,在两品系间扩增到稳定的差异片段.结果 表明,平均每条RAPD引物可以扩增出红花基因组片段数目4～10条,多态性选出率为0.20%;平均每对AFLP引物可以扩增出红花基因组片段数目为50～80条,多态性选出率为0.31%.就每条(对)引物平均可以扩增出多态性条带的数目而言,RAPD引物为1～2条,AFLP引物组合则4～5条,AFLP的检测效率明显高于RAPD.结论 在红花的分子标记研究中,AFLP较RAPD为更有效的分子标记.
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吴茱萸RAPD体系构建及道地性遗传背景研究
目的 建立吴茱萸的RAPD分子标记技术并对吴茱萸的道地性遗传背景进行探讨.方法 应用试剂盒法提取吴茱萸基因组DNA;筛选RAPD引物;对全国3个省市5个吴茱萸产区采取的48份样品进行RAPD分子标记,应用NTSYS-PC软件进行聚类分析.结果 获得了吴茱萸的RAPD分子标记方法;通过对RAPD扩增结果进行聚类分析,发现不同品种吴茱萸差异较大,浏阳地区的吴茱萸和其他石虎品种在相似度系数为0.68时聚集为两个类群;而同一品种的石虎遗传背景差异明显,在相似度系数为0.78时,铜仁、浏阳、建德、温州的样品各自聚集在相同地域的族群.结论 吴茱萸遗传背景差异明显,RAPD技术是一种可用于吴茱萸道地性遗传背景分析的有效手段.
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柴胡药材干根DNA提取及RAPD分析
目的 探索一种适用于柴胡药材干根DNA提取的方法,为实现以分子标记方法辨别柴胡药材奠定基础.方法 比较研究了分别用CTAB法、SDS法和高盐低pH法等3种方法提取柴胡样品基因组DNA.柴胡药材干根经过PVP以及TNE缓冲液进行不同的预处理,以CTAB法抽提DNA.以EcoR I/Mse I双酶切琼脂糖凝胶电泳及RAPD扩增检测提取DNA的质量.采用NTSYS-pc软件计算Jaccard遗传相似系数,以非加权配对算术平均数法(UPGMA)建立聚类图.结果 常规DNA提取方法提取药材干根DNA溶液经4℃放置后,黏稠并褐变,严重影响酶切和RAPD扩增.样品预处理优化条件是研磨时加入3%PVP,TNE缓冲液于0℃浸提2次,每次30min.以该优化的预处理方法处理6个柴胡药材干根样品,提取DNA条带清晰,酶切完全,RAPD扩增图谱清晰稳定,共获得有效扩增条带28条,其中多态性条带为20条,占71.43%.聚类分析表明,6个栽培品中,原产地为山西灵丘外地引种(LQWY)和甘肃陇西(LX)、山西灵丘(LQ)和山西方山(FSH)的亲缘关系较近,陕西商洛(SHL)和其他5个栽培品的亲缘关系较远.结论 柴胡药材干根经过预处理后,可采用常规的DNA提取方法抽提DNA,所提DNA适合于酶切、RAPD等分子标记分析.
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山茱萸不同栽培品种的RAPD分析
目的分析山茱萸不同栽培品种之间的遗传关系,为山茱萸品种选育提供依据.方法采用改良后的CTAB法从山茱萸叶片中提取总DNA,进行RAPD分析;采用SPSS10.0软件计算DICE遗传相似性系数,Between-groups linkage方法聚类,构建亲缘关系树系图.结果共筛选出22个10个碱基随机引物用于PCR扩增,12个样品获得了133条带,其中多态性条带75条,占56.39%.聚类分析结果表明:纺锤形果型自成一类,短梨形果型与短圆柱形果型聚为一类,其余几种较长大的果型聚为一类,反映了栽培过程中人为选择的后果.结论实验结果与山茱萸栽培品种的生物特性和区域分布基本一致;RAPD分析可作为对山茱萸品种选育的辅助手段.
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玉竹及其掺伪品的RAPD鉴定
目的 探索鉴别玉竹及其掺伪品热河黄精、黄精等药用植物的方法.方法 采用显微鉴定和RAPD技术进行药材鉴别.结果 通过所选引物进行PCR扩增,可以获得特异性的谱带,将玉竹及其主要掺伪品热河黄精、黄精区分开.结论 建立的该分析方法可用作区分玉竹及其掺伪品的依据.
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利用RAPD分析13种石斛属植物的遗传多样性和亲缘关系
目的通过对13种石斛属植物进行遗传多样性和亲缘关系分析,为更好地开发利用石斛资源奠定基础.方法随机扩增多态性DNA(RAPD)技术分析遗传多样性,UPGMA类平均法进行聚类分析.结果利用筛选出的10个随机引物对供试材料DNA进行随机扩增,共得到188条带,其中多态性带有180条,多态性百分率为95.74%.采用UPGMA类平均法对扩增出的谱带进行遗传聚类分析,得出反映各种间亲缘关系的树状图.在遗传距离(D)=0.63处,可将供试材料分为3类,RAPD对基因组的分析结果与传统分类学的结果差异不大.结论该标记技术对石斛属植物的遗传多样性和分类研究是可行的.
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RAPD法在金线莲的鉴别研究中的应用
目的金线莲母(金线莲)与金线莲公(无线金线莲)是否为同一种植物Anoectochilus roxburghii 历来有争议,为了准确鉴别这两种植物并搞清楚二者之间遗传变异.方法本文运用RAPD技术,对同一采集地的具有不同叶面特征的金线莲进行了DNA指纹鉴定.结果两者的DNA指纹图谱具有部分共同的位点,但又有各自的特征性位点.结论二者具有较大的遗传变异.
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金华佛手遗传多态性的RAPD分析与品种的分子鉴定
目的通过对佛手RAPD反应的优化,分析其遗传多态性,并对3个品种作出了分子水平上的鉴定.方法RAPD反应在以下条件下进行:10～100 ng/μL模板DNA,3.0～5.0 mmol/L MgCl 2,200 μmol/IdNTP,0.2μmol/L 10-mer Primer,lunit Taq P01ymerase/25 μL反应体积.结果从38个引物中挑出12个有效稳定的引物.用距离系数UPGMA法聚类分析产生了树状图.根据RAPD分析及形态学观察,品种白花青皮与白花白皮的亲缘关系较近.不同的品种RAPD反应有各自独特的扩增带型.结论本方法简单、高效,适宜用于中药佛手的遗传多态性和品种分子鉴定.
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国产姜黄属药用植物RAPD分析与分类鉴定
运用RAPD技术刻划了国产姜黄属药用植物的遗传背景差异,并结合经典分类和异地栽培观察和聚类分析,初步澄清了姜黄属植物的一些分类学争议,从DNA分子水平上为姜黄属植物分类与中药鉴定提供了参考依据.
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RAPD法结合TLC鉴别中药牛蒡子及其混淆品
对中药牛蒡子 Arctium lappa L.及其5种常见混淆品--毛头牛蒡 Arctium tomentosum Mill.、大翅蓟 O nopord um acanthium L.、水飞蓟 Silybum marianum Gaertn.、云木香 Aucklandia lappa Decne. 和紫穗槐 Amorpha fruticosa L. 的果实进行了 TLC 法和 RAPD 法鉴别.以 TLC 法鉴别出其中的大翅蓟、水飞蓟和紫穗槐,余者以RAPD法作出鉴别,并对PCR技术和TLC法在中药鉴定中的应用进行了初步探讨.
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胡萝卜与狭叶柴胡不对称体细胞杂种的分子鉴定
目的对经同工酶初步确认的4个胡萝卜与狭叶柴胡体细胞杂种进一步从分子水平上证实他们的杂种性质.方法随机扩增多态性DNA(RAPD)分析和5S rDNA间隔序列差异.结果 4个克隆均含有双亲特征谱带及新带.结论从分子水平上证实了他们的杂种性质.为进一步分析杂种中柴胡药效成分的含量及筛选出高药效成分含量的细胞系奠定基础.
关键词： 狭叶柴胡 胡萝卜 体细胞杂种 5S rDNA间隔序列差异分析 RAPD -
四川麦冬自然居群间RAPD分析
目的研究百合科植物麦冬Ophtopogon japonicus及其同属植物沿阶草O.bodinieri四川所产10个居群间的遗传多样性.方法以40个10碱基随机引物进行RAPD分析.结果11个有效引物扩增获得51 5条DNA带,通过聚类分析,构建DNA分子系统树图,确定了麦冬及沿阶草的居群及种间亲缘关系.结论(1)供试样品间遗传差异明显.具有丰富的遗传多样性,但是其遗传差异与地理分布联系并不紧密,而与形态差异联系较紧;(2)麦冬与沿阶草之间存在着较大的遗传差异,亲缘关系较远.
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同种不同产地牛蒡子DNA指纹图谱特征研究
目的探讨同种不同产地牛蒡子DNA指纹图谱特征.方法采用RAPD技术对全国四大商品区的中药牛蒡子生品和其中两个商品区的制品进行了DNA指纹图谱特征研究.结果四大商品区的生品牛蒡子DNA指纹图谱一致,制品牛蒡子的DNA指纹图谱与生品的有较大差异.结论 DNA指纹图谱用于鉴定同种药材的生品结果可靠.
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珍稀中草药金线莲的RAPD研究
为了鉴别金线莲的品种,探索同属植物之间的亲缘关系及同种植物不同产地的遗传变异,并制定正品金线莲的DNA指纹图谱,采用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对兰科开唇兰属植物花叶开唇兰Anoectochilus roxburghii(Wal l.).Lindl.、台湾开唇兰A.formosanus Hay.进行了鉴定,结果选择的7个引物对3个品种共扩增出98个位点,其中3个引物为高特异性引物.结论RAPD术不仅能鉴别种间差异,而且能揭示同种不同产地植物的遗传变异.
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柴胡属5种植物RAPD分析与分类鉴定
目的探讨正品柴胡与同属近似种包括柴胡Bupleurum chinense、狭叶柴胡B.scorzonerifolium、竹叶柴胡B.marginatum、小叶黑柴胡B.smithii var.parvifolium、大叶柴胡B.longiradiatum 5种柴胡属植物鉴定的分子证据.方法CTAB法提取柴胡属原植物总DNA,以随机引物进行非特异扩增.结果用随机引物OPA-1(5'-CAGGCCCTTC-3'),OPD-8(5'-GTGTGCCCCA-3')和OPD-11(5'-AGCGCCATTG-3')能有效地鉴定这5种柴胡属植物.结论RAPD法可准确鉴定正品柴胡及其近似种.
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丹参主要居群的遗传关系及药材道地性的初步研究
目的研究丹参主要居群的遗传关系及药材的道地性问题.方法选择丹参主要产地样本44个(包括9个居群样本),进行RAPD分析,得到的扩增条带用NTSYS-pc和AMOVA软件进行数据处理.结果(1)从100多个引物中选择出11个多态性强和重复性好的引物,扩增得到129条带;(2)不同居群内多态位点比率为20.9%～55.0%;(3)用UPGMA法得到所有样本的聚类图,可分为6个主要分支组和3个组外个体,其中四川中江居群的5个样本聚为一组,并与其他样本遗传距离较大;(4)按产地分组,遗传差异的80.44%存在于居群内,8.29%来自于组内居群间,11.27%的遗传差异来自于组间.结论(1)丹参居群内遗传多样性十分丰富;(2)山东和河南的栽培居群栽培种源来自于当地野生居群,尚没有进行人工选择,丹参酮ⅡA等成分的减少的原因主要是栽培条件不理想;(3)地区间居群的遗传分化不均衡,四川中江和河北承德居群与其他居群距离较远;(4)丹参的道地性的确定应当依据现代的优质药材评价系统,山东和河南产的丹参也可认为是丹参的道地药材.
