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萍乡地区TT病毒感染的分子流行病学调查
为了解本地区TTV在不同人群的感染状况,我们对342名不同人群进行了TTV感染的分子流行病学调查,现将结果报告如下.
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虫媒病毒性脑炎M-RT-PCR诊断方法的建立及应用
目的建立常见嗜神经性虫媒病毒(arboviruses)分子生物学诊断方法及分子流行病学调查模型.方法通过生物信息学方法筛选3对常见嗜神经性虫媒病毒特异基因扩增引物, 建立多重逆转录聚合酶链式反应(multiplex reverse transcription-PCR, M-RT-PCR)体系.考察了体系的特异性、敏感性和广谱性并使用建立的M-RT-PCR体系对我国新分离的3株病毒进行鉴定.结果 M-RT-PCR体系针对黄病毒及甲病毒敏感性达到100PFU,针对加利福尼亚脑炎病毒组达到1000PFU.利用M-RT-PCR体系证实3株新分离嗜神经性虫媒病毒株中2株为蜱传脑炎病毒远东型,另1株为日本脑炎病毒Ⅰ型.结论建立了针对嗜神经性虫媒病毒的分子生物学鉴定方法,该方法能够准确分析黄病毒属嗜神经性虫媒病毒(日本脑炎病毒、蜱传脑炎病毒和西尼罗病毒)的基因型、地理来源、进化及亲缘关系等,能够鉴定并区分甲病毒属不同病毒(东方马脑炎病毒、西方马脑炎病毒和委内瑞拉马脑炎病毒),能够鉴定加利福尼亚脑炎病毒组病毒.
关键词: 虫媒病毒性脑炎 多重逆转录聚合酶链式反应 分子流行病学调查 -
四川省2014年HIV-1分子流行病学调查
目的 了解四川省艾滋病病毒Ⅰ型(HIV-1)流行毒株的亚型、人群和地域分布.方法 通过抽样调查的方法,采集2014年7-9月新报告的、未经抗病毒治疗的HIV-1感染者的血样400份,采用巢式聚合酶链反应(Nested PCR)扩增HIV-1 pol和gag基因区,对获得的核酸序列进行系统进化分析.比较不同亚型毒株感染者首次随访的CD4+T淋巴细胞(简称CD4细胞)水平.结果 四川省HIV-1流行毒株的亚型有:CRF07_BC(58.22%)、CRF01_AE(29.50%)、CRF08 BC(4.96%)、CRF85 BC (3.39%)、B(2.09%)、C(0.78%)、CRF02_AG(0.52%),以及CRF07_BC/CRF0 1_AE重组型(0.52%).毒株分布显示出明显的地域特征.CRF01_AE感染者的基线CD4细胞水平更低.结论 以C亚型为骨架的BC重组亚型,在四川省表现出明显的流行优势.提示应结合流行毒株有针对性地提供艾滋病防治工作建议.
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深圳市发现艾滋病病毒新亚种
本报通讯员、广东深圳市卫生局(518020)袁立新报道 该市卫生防疫站在一项分子流行病学调查中发现,同一患者体内同时存在两种不同亚型的艾滋病病毒(HIV)株.经北京等地的权威部门鉴定确认,其中HIV-1 C亚型在深圳地区属首次发现,使该地区流行的HIV病毒株达到4个亚型,即HIV-1 B、C、E、B'.
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一起腺病毒感染暴发的分子流行病学调查
目的调查某军校一起腺病毒疫情暴发情况.方法采用现场流行病学调查、临床检查和实验室检测等方法确定疫情性质和病原学.结果在8 d内发生126例以发热、呼吸道症状为主的病人.血清腺病毒特异性IgM测定68例病人阳性率为76.5%,100名无症状者阳性率为37.0%,两者间差异非常显著(P<0.01);7名病人咽拭子脱落上皮细胞免疫荧光试验检测腺病毒抗原,有3例阳性;以1例病人咽拭子标本腺病毒PCR产物测序,发现此株病毒是腺病毒5型.病人经对症处理后痊愈,疫情得到迅速控制.结论基本可以判断这是一起由腺病毒5型感染引起的暴发,传播途径可能是气溶胶导致的呼吸道传播.
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耐甲氧西林金黄色葡萄球菌RAPD分型研究
随机扩增DNA的多态性分型技术是继质粒分析、脉冲场凝胶电泳等分子生物学分型方法之后,近年来发展起来的又一基因分型技术,建立后的短短几年,它已在医院感染的病原菌分子流行病学调查、病原菌的基因多态性分析中发挥了巨大的作用[1].为此,我们对本院临床分离的MRSA进行RAPD基因分型研究,以探讨其在流行病学的意义.
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结核分枝杆菌快速检测中的新技术
结核分枝杆菌体外培养生长缓慢的特性和耐多药性给传统的实验室检测和药物敏感试验带来很多麻烦,从而给结核病的诊断和治疗增加困难。随着现代实验技术的发展,分子生物学技术、色谱技术以及计算机等技术在该菌中的研究和应用已显示出极大的优势,不仅能够快速鉴定到其种和株的水平,还能够提供快速的药敏试验的结果和考核抗结核治疗的效果,并可进行耐药基因的分析及分子流行病学调查,为人类终控制并战胜结核病提供了有效的手段。
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1998深圳市秋冬季婴幼儿轮状病毒的感染状况及分子流行病学调查
轮状病毒在全世界分布广泛,是引起婴幼儿腹泻的重要病原,在腹泻病的病毒病因中,它占整个腹泻病的1/4,无论在发达或发展中国家,A组(婴幼儿)轮状病毒引起的腹泻都有较高的发病率,是婴幼儿发病和致死的重要病因。因此,对婴幼儿腹泻及时明确病因,对治疗、预防和流行病学研究都有重要意义。本文对深圳市1998年53例腹泻婴幼儿类便标本中轮状病毒感染状况进行分析。现报道如下。1 材料与方法1.1 标本收集 1998年10月至次年1月份,在深圳市人民医院采集急性胃肠炎患儿粪便标本53份,保存于-20℃备用。1.2 HRV-RNA提取基本上按Clarke等[1]报道的方法进行。1.3 PAGE及银染色取HRV-RNA20ul及样品缓冲液10μl混匀后,加样15μI,在垂直板不连续电泳系统上进行电泳,恒定电流20mA,电泳约4h,并用Herring〔2〕法对电泳后的凝胶进行镀银染色。1.4 金标法试剂来源为福建三明市蓝波生物技术研究所生产的金标免疫斑点试剂盒,操作按说明书进行。结果判定:板孔中央出现红色圆斑(不论强弱)为阳性,不出现红色圆斑为阴性。2 结果2.1 PAGE和金标法检测HRV的结果用PAGE检测的53份标本中,阳性23例,阳性率为43.4%;金标法检测结果,阳性率为39.6%,两种方法检测均呈阳性的20例,均呈阴性29例,两者的符合率为92.5%,经统计学显著性检验,x2=0.25,P>0.05,提示两种方法的检测结果无显著性差异(见表1)。
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分子生物学方法在登革热研究中的新进展
登革病毒(Dengue virus,DV)是一种可引起登革热、登革出血热、登革休克综合征(DF/DHF/DSS)的蚊媒病毒,主要流行于热带和亚热带国家和地区.在我国则主要在华南地区和台湾省流行,是一个较严重的公共卫生问题.登革病毒属黄病毒科,血清学上可分为DVⅠ~Ⅳ四种血清型,其基因组为单股正链RNA,大小约11kb,基因组结构较为简单.目前,越来越多的分子生物学方法被应用在登革病毒的研究中,本文从临床鉴别诊断、分子流行病学调查、免疫机制方面论述登革病毒研究中的新进展.
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2012年陕西省不同地区B型流感的快速诊断及分子流行病学调查
目的 对2012年陕西省连续发生的两起B型流感暴发疫情进行实验室诊断,分析暴发疫情分离株的HA基因、NA基因的基因特征和变异特点.方法 对两起暴发疫情流感样病例标本进行real-time PCR核酸检测,用MDCK细胞培养流感病毒,提取病毒核酸,用RT-PCR扩增病毒HA基因和NA基因,测定核苷酸序列,用DNAman、Mega软件分析结果.结果 两起流感暴发疫情均由B型流感病毒Victoria系引起.其HA基因与2010年-2011年北半球疫苗株相比,无核苷酸的丢失、插入、糖基化位点的改变,氨基酸的同源性分别为99.15%、98.97%.其NA基因与2010年-2011年北半球疫苗株相比,无核苷酸的丢失、插入、糖基化位点的改变,氨基酸的同源性均为96.35%.两起暴发疫情之间的HA氨基酸序列、NA氨基酸序列的同源性分别为99.83%、99.79%.结论 引起两起暴发疫情的流感病毒为同一流行株,未发现耐药株,对神经氨酸酶抑制剂依然敏感.
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胆石症或胆囊切除与结肠癌相关性的流行病学研究进展
胆石症或胆囊切除后是否增加结肠癌的危险性,它们之间有否因果关系、平行关系、临界关系,或者是毫无关系,虽已研究了20年[1],迄今尚存争议.本文分析了二者相关的理论基础,综述了近几年来国内外文献报道,并提出分子流行病学调查将是今后的发展方向.
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核酸脉冲电泳场技术在霍乱分子流行病学调查中的应用
目的:对深圳市某-霍乱疫点进行流行病学调查和传染来源追踪.方法:采用病原学方法和核酸脉冲电泳场技术,分析霍乱阳性菌株的酶切图谱,并比较图谱的差异.结果: 同一疫点的5株霍乱阳性菌株均表现为DNA片段大小一致和数量相同的电脉图谱.结论:5株菌株为同一克隆的流行株.核酸脉冲电泳场分析技术适用于分析菌株的同源性和传染来源追踪.
关键词: 霍乱 核酸脉冲电泳场分析技术 分子流行病学调查 -
广州地区GBS阳性孕妇GBS致病菌株的基因分型及分子流行病学调查
目的:研究探讨广州市 GBS阳性孕妇 GBS致病菌株的基因分型及其各种基因型的流行分布情况,为 GBS致病菌株的快速分子诊断及其流行病学监测提供一定的理论依据和方法。方法在广州市采用多阶段分层整体抽样的方法从2015年01月~12月就诊的 GBS阳性孕妇的生殖道中收集的标本,药敏质控标准菌株:肺炎链球菌(ATCC49619)及金黄色葡萄球菌(ATCC25923),采取菌株培养、鉴定、DNA提取、PCR试验、基因检测等方法,通过相关软件进行相关数据分析,分析 GBS致病菌株的基因分型及分子流行病学状况。结果共收集分泌物标本2812份,经菌株鉴定分离出178株GBS致病菌株,其检出率为6.33%。GBS致病菌株对利奈唑烷、万古霉素、青霉素、呋喃妥因等抗菌药物耐药率均为0,对氨苄青霉素、环丙沙星、莫西沙星及左旋氧氟沙星部分耐药,其耐药率分别为1.1%,16.9%18.0%及22.5%,而 GBS致病菌株对红霉素、克林霉素等抗菌药物均出现了较高的耐药率,其耐药率分别为50.6%,47.8%(其中红霉素诱导克林霉素耐药有20例,占23.5%)和73.0%。65株 GBS检测出mreA基因,56株 GBS检测出 ermB基因,36株 GBS检测出 mefA基因,28株 GBS检测出mefE基因,5株GBS检测出ermA基因,ermC基因未被检测出。其中携带5种耐药基因的有3株(1.69%),携带4种耐药基因的有15株(8.43%),携带3种耐药基因的有19株(10.67%),携带2种耐药基因的有25株(14.04%),携带1种耐药基因的有5株(2.81%),不携带耐药基因的有1株(0.56%)。五种耐药基因的核苷酸序列,其同源性均为100%,无基因突变发生。结论 GBS致病株耐药基因主要是 mreA,ermA,ermB,mrfA,mefE,且其核苷酸序列同源性为100%,临床上需加强耐药基因分子水平检测,指导临床更加合理科学的用药。
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HIV基因分型以及耐药性的研究进展
人类免疫缺陷症病毒( HIV)是艾滋病的主要致病因子,无论是无症状HIV感染者还是有症状的艾滋病患者,都有持续的HIV复制[1]。体内的HIV病毒每天进行着107~108次病毒复制,约产生1010新的病毒颗粒。 HIV基因组由将近1万个核苷组成,由于HIV酶缺乏纠错能力,每天至少有104~105子代HIV出现单位点突变。检测结果证实,在尚未开始抗病毒治疗的感染者体内已存在耐药变异。美国和西欧新研究报道,10.7%~27.6%的新感染者为HIV-1耐药株感染,耐药变异是导致临床抗病毒治疗失败的主要原因[2]。全国流行病学调查结果显示,中国是HIV-1基因亚型多的国家之一[3]。 HIV-1基因亚型分析在HIV-1的分子流行病学调查、诊断、临床和药物治疗及其疫苗研制等方向均有重要作用[4]。
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我国不同传播途径为主的地区HIV亚型流行趋势
HIV分子流行病学是分析艾滋病起源和传播的重要方法和工具[1],随着分子生物学技术的不断完善,我国已开展二次全国HIV分子流行病学调查,1996-1998年调查显示,我国HIV的主要流行毒株为B ′、C和CRF01 AE,主要感染人群为静脉注射吸毒者、性病患者和既往献浆人群[2].2001-2002年调查显示,我国主要流行毒株依次为BC重组毒株(包含CRF07_BC、CRF08_BC和其他重组毒株)、B′和CRF01_AE[3].同时也发现我国是HIV亚型种类多的国家之一.由于不同亚型毒株的生物学特征与传播途径在不同人群、地区呈现的进化特征存在差异,HIV不同亚型在我国呈现不平衡分布.因此,对HIV进行基因亚型、流行重组型分析,可以揭示HIV病毒亚型分布特征和基因变异情况及优势流行株,可以更精确提供艾滋病病毒感染者的感染来源,对我国艾滋病疫情的预防控制、临床诊断和治疗具有重要的研究意义.本文将对我国不同传播途径为主的地区HIV亚型的研究进行综述.