首页 > 文献资料
-
我国羊种布鲁氏菌rpoB基因遗传多态性分析
目的 调查中国羊种布鲁氏菌rpoB基因的多态性.方法 利用AMOS-PCR对分离菌株进行种型鉴定;根据布鲁氏菌rpoB基因的4个多态性位点设计特异性引物,对299株羊种布鲁氏菌流行株(羊1型菌38株、羊2型菌19株、羊3型菌242株)的rpoB基因的4个多态性位点进行扩增,并将PCR产物测序结果与羊种布鲁氏菌标准菌株的扩增结果进行比对.结果 羊种布鲁氏菌的rpoB基因检测发现,有169株为rpoB-2变异型、103株为rpoB-2型、24株为新的rpoB基因型(rpoB-4型)及3株为rpoB-1型.结论 我国羊种布鲁氏菌rpoB基因具有较高的多态性,可作为羊种布鲁氏菌的分子流行病学调查靶基因,我国羊种菌rpoB基因型和生物型无相关性.
-
结核分枝杆菌利福平耐药基因突变的研究
目的 评价检测rpoB基因突变在结核分枝杆菌耐利福平(RFP)耐药性测定中的应用价值.方法 采用DNA序列分析法和聚合酶链反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)法对91株结核分枝杆菌临床分离株(其中药物敏感株35株,耐RFP或含耐RFP耐多药株56株)rpoB基因核心区域的突变情况进行检测.结果 以结核分枝杆菌H37RV为对照,所有35株药物敏感株的rpoB基因均无突变,用DNA序列分析方法检测56株耐药株中53株发生突变,敏感性为94.6%(53/56),其中常见的突变位点是531位丝氨酸和526位组氨酸.PCR-SSCP检测56株耐RFP分离株中,52株rpoB基因SSCP图谱异常,其敏感性为92.9%(52/56).结论 DNA序列分析对判断结核分枝杆菌耐利福平非常有价值.PCR-SSCP可初步筛选结核分枝杆菌RFP耐药性.
-
山西省人源羊种布鲁氏菌的MLVA-2 B及rpoB基因分型研究
目的：采用多位点可变数目串联重复序列分析( MLVA-2B)方法及rpoB基因分型方法对山西省分离的布鲁氏菌进行基因型分析。方法2014—2015年在山西省布鲁菌病(简称布病)监测点采集已确诊的布病患者血液进行血培养,对培养出的布鲁氏菌进行传统的生物分型鉴定。选取MLVA panel 2的8个位点进行分型,并对分型结果进行聚类分析。同时采用PCR方法对分离菌株rpoB基因4个相关突变位点进行扩增,PCR 产物测序结果与标准菌16M 进行比对。结果采用MLVA panel 2B分型方法对41株羊3型布氏菌进行聚类分析,所有菌株可分为5个群,31个基因型,基因型相似度在64.78%~100%。 rpoB基因检测发现39株为 rpoB-2型(629-GTG/985-GTC/1309-CTA,95.12%),2株为rpoB-2 variant型(629-GTG/1309-CTA,4.88%)。结论 MLVA基因分型对追溯传染源,分析布病的流行和暴发有重要意义。 MLVA panel 2B位点变异度更高,提示用panel 2B的5个位点对分析研究同一生物型菌株的变异情况更简便和高效。应用rpoB基因多态性分析发现,我省的菌株有39株为rpoB-2型,还有2株为新发现的rpoB-2突变型。同时发现了rpoB基因分型与MLVA分型方法可能存在相关性。
-
克雷伯菌16S rDNA和rpoB基因系统进化及序列特征分析
目的 比较分析克雷伯菌属的种之间16S rDNA和rpoB系统进化发育关系和序列进化特征.方法 选取经生化鉴定的克雷伯菌18株,提取菌株染色体作为模板,分别使用16S rDNA和rpoB通用引物扩增并测序16S rDNA和rpoB序列.与GenBank中目前已公布的8种克雷伯属菌株16S rDNA和rpoB序列各8条、除克雷伯菌外其他肠道菌株的16S rDNA和rpoB序列各9条一起,共计各35条16SrDNA和rpoB序列,在MEGA 4.0中建立进化树并进行分群分析,使用DNAStar/MegAlign程序比较分析8种克雷伯菌的种间16S rDNA和rpoB序列变异碱基位点,并做分歧度分析.结果 在所有受试的16SrDNA和rpoB的各35条序列中,16S rDNA和rpoB进化发育树都将克雷伯菌区分为3个群:分离的18株克雷伯菌中,15株肺炎亚种与GenBank中除产酸克雷伯菌和运动克雷伯菌外的其余6种克雷伯菌聚为一群(Ⅰ),其余3株克雷伯菌(FX246、FX280和FX286),经生化鉴定为产酸克雷伯菌,与GenBank中产酸克雷伯菌(DQ835530)聚为一群(Ⅱ);而GenBank中的运动克雷伯菌单独聚为一群(Ⅲ);进一步的分析,在rpoB进化发育树中,无沦足Ⅰ群和Ⅱ群,还足Ⅰ群内的两个亚群,rpoB进化发育树的结点处自引导值都明显高于16S rDNA进化发育树;而且rpoB对产酸克雷伯菌的分群优于16S rDNA.对克雷伯菌的序列分析发现,16S rDNA序列存在41个碱基变异位点,有4个易变区,rpoB序列存在63个碱基变异位点,有1个易变区;克雷伯菌16S rDNA和rpoB的相似性分别为95.9%～100%和90.2%～100%.进一步的克雷伯菌种间序列分歧值分析,rpoB分歧值(0～10.6)高于16S rDNA(0～4.0).结论 克雷伯菌rpoB比16S rDNA具有更高的分歧度,在克雷伯菌属内种的分子分类和鉴定中,rpoB比16S rDNA基因更具优越性.
-
耐利福平结核分枝杆菌 rpoA、rpoB、rpoC和rpoZ突变的研究
目的：了解结核分枝杆菌rpoA、rpoB、rpoC和rpoZ突变特征及其与利福平耐药的关系。方法对140株临床分离结核分枝杆菌进行利福平敏感性试验，并对耐利福平株分别进行rpoB耐药决定区及rpoA、rpoB、rpoC及rpoZ全基因测序。结果140株结核分枝杆菌中57株对利福平耐药。57株耐利福平结核分枝杆菌中，52株（91.2%）存在突变，其中50株为rpoB基因突变，2株为rpoC突变。在rpoB 765、1001、1156位及rpoC 51位发现新的突变位点。结论结核分枝杆菌对利福平耐药主要与rpoB和rpoC基因突变有关。
-
脓肿分支杆菌耐利福平情况及rpoB基因序列的研究
目的研究脓肿分支杆菌对利福平的耐受程度,并观察不同耐药性的细菌是否存在rpoB基因的突变和突变的性质.方法用生化法和聚合酶链反应-限制片段长度多态性(PCR-RFLP)法鉴定15株脓肿分支杆菌菌种,测定这些临床菌株及标准株ATCC19977对利福平的低抑菌浓度(MIC),并用PCR方法扩增rpoB的部分序列,直接测序分析.结果 15株脓肿分支杆菌有1株敏感,其余14株与标准株均有较高的MIC;各菌株rpoB基因突变集结区和第146位密码子的核苷酸序列虽有不同,但其编码的氨基酸序列在所有菌株中均相同,而且与结核分支杆菌标准株同一部位的氨基酸序列也完全一致.结论脓肿分支杆菌对利福平具有较高的耐受性,其耐药机制并不是由于这些部位的rpoB基因的变异所致.
-
应用基因阵列法快速检测结核分枝杆菌rpoB基因突变
目的研制一种新型的基因阵列,用于结核分枝杆菌耐利福平分离株rpoB基因突变的快速检测.方法根据结核分枝杆菌rpoB基因序列设计寡核苷酸探针并制作基因阵列,用生物素标记的引物扩增结核分枝杆菌rpoB基因突变热点的目的片断,与基因阵列杂交,同时以聚合酶链反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)技术及DNA测序法为对照.结果 111株结核分枝杆菌临床分离株经PCR-SSCP分析,41株RFP敏感株SSCP图谱与结核分枝杆菌标准株相同;70株耐RFP菌株中,63株(90%)SSCP图谱与结核分枝杆菌标准株不同,其余7株SSCP图谱与结核分枝杆菌标准株相同.基因阵列检测结果41株RFP敏感株杂交图谱与标准株完全相同,70株耐RFP临床分离株中,63株检测到rpoB基因突变,检出率为90%;其中37株(53%)531位丝氨酸(Ser)置换,15株(21%)526位组氨酸(His)置换,11株(16%)其他位置的氨基酸置换.基因阵列检测结果与PCR-SSCP及测序结果一致.结论用基因阵列法可简便、快速、准确地检测出大多数结核分枝杆菌耐利福平分离株的rpoB基因突变.
-
天津市耐异烟肼或利福平的结核分枝杆菌相关基因突变特征
目前已知多个基因突变与MTB对异烟肼和利福平的耐药有关,但是不同的基因密码子突变率存在地区差异.为此,我们检测了天津市结核病患者异烟肼耐药株katG和inhA启动子以及利福平耐药株rpoB的突变情况,探讨其耐药相关基因的突变特征及基因突变与耐药表型的相关性.
-
煤工尘肺结核病耐药性的研究
目的了解煤工尘肺结核患者所染结核杆菌对异烟肼、利福平及链霉素耐药情况和基因突变情况,以便探寻更有效的药物治疗方法.方法从96份尘肺结核患者痰标本中分离出结核杆菌,测定异烟肼、利福平及链霉素的耐药情况,并用聚合酶链反应-单链构象多态性分析法(PCR-SSCP)扩增出KatG、rpoB及rpsL片段,再将这些片段的8%的非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳图与标准株的电泳图进行对照分析.结果常规药敏试验检测出各种耐药株共67株,其中链霉素、利福平和异烟肼的耐药株构成比分别为80.5%(54/67)、58.2%(39/67)和50.7%(34/67);经PCR-SSCP法分析,66株(98.5%)rpsL泳动异常,47株(70.1%)出现rpoB泳动异常,42株(62.7%)KatG泳动异常.结论大部分尘肺结核患者的结核杆菌耐药分离株有基因突变,其突变率高于常规药敏试验结果.
-
吉林省耐多药结核分枝杆菌rpoB及katG基因突变特征分析
目的 分析吉林省耐多药结核分枝杆菌临床分离株rpoB、katG基因突变特点,为建立本省快速耐多药检测方法提供参考.方法 对吉林省耐多药结核分枝杆菌菌株扩增rpoB、katG基因测序后比对分析.结果 耐多药结核分枝杆菌rpoB、katG基因的突变率分别为83.53%和70.6%,突变类型包括点突变、联合突变和缺失.在rpoB基因中,82.30%突变发生在RRDR区域,常见突变位点为rpoB531、rpoB526、rpoB516.KatG基因突变率为70.6%,常见突变位点为katG315,占所有突变的68.55%.结论 吉林省耐多药结核分枝杆菌常见突变位点为rpoB531、rpoB526、rpoB516和katG315.
-
海珠区集中空调冷却塔水嗜肺军团菌及rpoB基因分型分析
目的 了解广州市海珠区公共场所集中空调冷却塔水的嗜肺军团菌污染状况.方法 随机抽样采集36家公共场所集中空调冷却塔水85份,通过血清学凝集试验、实时荧光PCR技术对嗜肺军团菌菌株进行鉴定及rpoB基因测序分型分析.结果 采集集中空调冷却塔水85份,分离得到嗜肺军团菌23株,阳性率27.1％,血清型别多样,以LP1和LP6型为主,分别占检出株数的34.8％(8/23)和26.1％(6/23),以rpoB基因序列分型得到种属鉴定结果.结论 广州市海珠区集中空调系统嗜肺军团菌污染较严重,血清型别多样化,rpoB基因分型具有地区特异性.
-
沙眼衣原体临床株对利福平的体外敏感性及rpoB基因耐药突变检测
目的 检测沙眼衣原体临床株对利福平的体外敏感性,探讨rpoB基因突变与临床耐药的关系.方法 采用微量细胞培养法确定利福平对52株沙眼衣原体临床株的低抑菌浓度.扩增所有临床株以及标准株rpoB基因,然后进行单链构象多态性分析.并随机选取两株临床株进行测序.结果 52株临床菌株中未检出耐药株,利福平的低抑菌浓度是0.004 ～ 0.030 mg/L.SSCP和测序均未发现rpoB耐药突变.结论 利福平治疗沙眼衣原体失败患者未检测到rpoB基因突变,利福平治疗失败与多种因素有关.
-
皮肤龟分枝杆菌感染的分子生物学鉴定
目的 用分子生物学方法鉴定龟分枝杆菌皮肤感染临床分离株.方法 从1女性老年糖尿病患者右小腿化脓性感染灶,取创面分泌物沙堡琼脂培养基28℃培养4d,连续两次培养出光滑、湿润、不产色白色菌落.菌落涂片革兰染色为阳性杆菌,抗酸染色阳性.多次真菌镜检、培养阴性.皮损组织病理:皮下组织慢性化脓性感染,大量炎性细胞浸润,局部小脓肿形成;抗酸染色弱阳性杆菌,过碘酸雪夫(PAS)染色阴性.根据该菌株生长特征、生化反应,初步考虑为龟分枝杆菌,使用16S-rRNA、rpoB、hsp65等分子生物学方法鉴定.结果 16 S-rRNA引物测序结果于GenBank中做Blast比对,与龟分枝杆菌(Mycobacterium chelonae)AB548610.1同源性达100％,rpoB引物和hsp65引物测序结果做Blast比对与龟分枝杆菌同源性均为99％.结论 该分离菌株为龟分枝杆菌.
-
210株结核分枝杆菌利福平耐药基因 rpoB突变特征研究
目的 了解结核分枝杆菌利福平耐药株rpoB基因突变特点.方法 对结核分枝杆菌临床分离株包括rpoB基因利福平耐药决定区(RRDR)81个碱基在内的286bp的片段进行PCR-SSCP分析,并对经检测显示有突变的结核分枝杆菌的rpoB基因此扩增区域进行序列测定.结果 共对210株结核分枝杆菌临床分离菌株进行了研究,其中利福平耐药株110株,非利福平耐药株40株,敏感株60株.PCR-SSCP检测显示110株利福平耐药株中有75株有突变存在,经测序分析,77.3%(58/75)的菌株发生rpoB基因的单位点突变,主要集中在456位60.3%(35/58)和451位25.9%(15/58);22.7%(25/110)的菌株发生了联合突变.此外,经PCR-SSCP检测,40株非利福平耐药株中有3株发生突变,60株敏感株中有2株发生突变.经直接测序分析突变涉及位点为436位、451位和460位.结论 结核分枝杆菌利福平耐药的主要原因是rpoB基因耐药决定区发生突变,其中456位丝氨酸和451位组氨酸是常见的突变位点.
-
结核分枝杆菌katG、rpoB、rpsL耐药基因快速检测方法的建立
目的:建立一套应用multi-PCR-SSCP(multiple-Polymerase Chain Reaction-Single Strand Cinformation Polymorphism)快速检测结核分枝杆菌耐药基因突变的方法,评价该方法的临床应用价值.方法:分别用常规PCR和multi-PCR-SSCP检测58株结核分枝杆菌临床分离株katG、rpoB、rpsL基因突变并与常规药敏试验检测结果进行对比.结果:经常规药敏试验检测,58株结核分枝杆菌临床分离株中有41株耐药,其中,耐异烟肼(INH)35株;耐利福平(RFP)31株;耐链霉素(SM)31株.单基因PCR-SSCP与multi-PCR-SSCP分析结果一致,检出katG,rpoB、rpsL基因的突变率分别为65.7%(23/35)、84%(26/31)、71%(22/31),17株药物敏感株中有1株rpoB基因SSCP电泳条带与结核杆菌标准株结果有差异. 结论:multi-PCR-SSCP方法敏感、特异,可快速检测结核分枝杆菌katG、rpoB、rpsL耐药基因的突变,将该方法与药敏试验联合应用可互相弥补,成为临床指导用药的好方法.
-
合肥地区结核分枝杆菌利福平耐药基因rpoB突变特征研究
目的:了解合肥地区结核分枝杆菌利福平(RFP)耐药株rpoB基因突变特点.方法:应用PCR -直接测序法对合肥地区肺结核病人痰液中分离的90株结核分枝杆菌的rpoB基因629 bp(包括rpoB基因利福平耐药决定区(RRDR)的81 bp)序列进行测定分析.结果:90株结核分枝杆菌中69株对RFP耐药,21株对RFP敏感；69株耐利福平临床分离株中53株发生rpoB基因突变,突变率为76.8％；突变发生在531位丝氨酸的31株,发生率为44.9％,发生在526位组氨酸的8株,发生率为11.6％；还有6株发生了联合突变,发生率为8.7％.21株敏感株中1株rpoB基因发生突变,突变位点是533位亮氨酸.结论:合肥地区结核分枝杆菌利福平耐约基因rpoB基因的RRDR发生了突变,其中531位丝氨酸和526位组氨酸是常见的突变位点.
-
河南省耐多药结核分枝杆菌利福平耐药基因rpoB的突变特征
目的:分析河南省耐多药(MDR)结核分枝杆菌利福平耐药相关基因rpoB的突变特征.方法:收集150株MDR结核分枝杆菌,应用PCR扩增利福平耐药相关基因rpoB编码区全长并测序,以结核分枝杆菌H37Rv标准株DNA序列为参比序列,分析菌株的突变特征.结果:MDR菌株rpoB基因编码区存在突变者占97.2%(140/144),突变在利福平耐药决定区(RRDR)内者占96.5%(139/144),RRDR内和RRDR外同时存在突变者占99.3%(139/140);突变热点依次为rpoB531、rpoB526和rpoB516.发现未被记录的15个突变位点和4个突变类型,其中rpoB1284位点突变可能是多态性位点,与利福平耐药无关.结论:检测河南地区结核分枝杆菌rpoB基因RRDR内位点的突变可预测MDR结核分枝杆菌的耐药性.
-
rpoB基因突变与结核分枝杆菌利福平耐药相关性研究
目的 探讨临床患者痰标本中分离的结核分枝杆菌rpoB基因突变与利福平耐药之间的关系. 方法 对115株结核分枝杆菌应用L-J药敏培养法,检测对利福平、异烟肼、乙胺丁醇、链霉素、氧氟沙星的耐药情况；根据rpoB基因序列设计包含利福平耐药决定区(RRDR)的扩增引物,PCR法进行扩增,运用生物信息学方法对耐药决定区扩增产物序列进行比对分析,对耐药株与非耐药株基因突变率进行统计学分析. 结果 115株结核分枝杆菌经比例法药敏试验,RIF耐药株53株,占所有菌株的46.09％；53株RIF耐药株中39株rpoB基因存在不同位点的变异,突变率为73.58％,突变位点包括531、526、522、516、513、511,主要的突变位点集中在531位,引起氨基酸呈Ser531Gln、Ser531Leu、Ser531Trp 3种形式改变；RIF敏感株62株,其中有2株检测到rpoB基因的突变,敏感株与耐药株突变率经McNemar统计检验,差异有统计学意义(P＜0.05). 结论 岳阳地区rpoB基因变异与利福平耐药呈高度相关,rpoB基因主要的突变位点位于531位和526位.
-
细菌对利福平耐药机制研究进展
利福霉素为袢霉素类家族成员,可用于治疗多种感染,如结核病、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌感染、艰难梭菌引起的艰难梭菌相关性腹泻(Clos-tridiumdifficile-associated diarrhea,CDAD)、衣原体的持续感染[1]、旅行者腹泻[2]等.然而,利福霉素广泛用于临床感染治疗的同时,细菌耐药问题却使该杀菌"利器"变得"钝化".结核分枝杆菌极易对利福平(rifampin,RIF)耐药,约有3 .6% 新增结核病和20.2% 复治结核病为耐多药结核病[3].CDAD是成人医院获得性腹泻的主要原因[4],利福霉素类中利福昔明因其口服不易被吸收,用于治疗复发性CDAD[5],然而艰难梭菌对利福霉素耐药率高达11% [6].如何在正常发挥药物抗菌作用的同时减少细菌耐药的产生,关系临床抗感染治疗的成败.本文在介绍RIF抗菌机制的基础上,对细菌耐RIF的机制予以综述,为临床开发新的细菌转录抑制剂类药物提供帮助,以便更加有效的治疗感染.
-
广西百色地区结核分枝杆菌利福平和异烟肼耐药基因特征
目的：分析百色地区结核分枝杆菌利福平耐药相关基因rpoB及异烟肼耐药相关基因KatG、inhA的突变特征。方法：收集128例结核病患者痰液标本，分离培养结核分枝杆菌并检测利福平及异烟肼耐药性，提取耐药菌株DNA，分析耐药相关基因突变特征。结果：耐利福平菌株rpoB基因突变率为75％（27／36），531位点突变率为59．3％（16／27）。耐异烟肼菌株KatG、inhA基因突变率为44．1％（15／34），其中315位点突变率为66．7％（10／15），出现2个新的突变位点279（4／15）和427（1／15）。 inhA 5位点突变率为13．3％（2／15），inhA 16位点突变率为6．7％（2／15），3株为KatG和inhA联合突变。结论：百色地区耐多药结核分枝杆菌耐药性产生与rpoB、katG和inhA基因突变相关，检测本地区结核分枝杆菌耐多药相关基因突变为进一步研究耐药机制及耐药结核病的快速检测提供依据。
