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中国汉族人群HLA-DR和HLA-DQ基因频率及连锁单倍型特点研究
本研究旨在探讨中国汉族人群中人类白细胞抗原(HLA)DR和DQ基因连锁不平衡的分布规律,提高HLA配型的准确性.采用PCR-SSP基因分型方法,对1799例汉族受检者的DR和DQ基因进行了分型,对其基因的连锁不平衡进行了研究.结果发现,在1799例受检者中有29种不同于西方人种的新连锁组合,其中DR13-DQ5出现频数高,达11次;DR11-DQ9出现8次,DR8-DQ8出现7次；DR9-DQ8和DR12-DQ6及DR14-DQ4各出现6次.所有29种新单倍型的连锁不平衡参数均为负,其连锁单倍型的发生频率低于理论频率,显示新发现的连锁不平衡单倍型都比较罕见,在人群中的分布频率较低.结论:本研究丰富了经典HLA-DR/DQ连锁组合,指出了该种组合分布的民族相关性,对提高HLA配型实验的准确性和工作效率具有重要意义.
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中国汉族人群β-珠蛋白基因BP1蛋白结合区多态性分析
本研究旨在对中国汉族人群β-珠蛋白基因BP1蛋白结合区序列进行分析,获取β-珠蛋白基因BP1蛋白结合区的多态性信息,为探讨BP1蛋白结合区多态性与β-珠蛋白表达的相关性奠定基础.收集110例健康中国汉族人群的外周血,并抽提基因组DNA,通过聚合酶链反应扩增B-珠蛋白基因BPI蛋白结合区序列,经DNA测序确定BP1蛋白结合区的多态性序列.结果显示:在中国汉族人群的β-珠蛋白基因BP1蛋白结合区共发现2个多态性位点,它们分别是- 551位点C/T、- 530位点(AC)n(AT)xTy.在-551位点存在C和T碱基,其频率分别为60.4％和39.6％,而- 530位点(AC)n(AT)xTy多态性序列存在(AC)2(AT) 9T5、(AC)2 (AT) 8T5、(AC)2(AT)7T7、(AC)3(AT)7T5、(AC)2(AT)8T9、(AC)3(AT)8T5、(AC)2 (AT)10 T3、( AC)2 (AT)11 T3和(AC)2(AT)7T5共9种单倍型,它们在人群中的频率分别为33.2％、29.1％、24.1％、5.4％、3.2％、1.8％、1.4％、0.9％和0.9％.结论:在中国汉族人群B-珠蛋白基因BP1蛋白结合区内,- 530位点(AC)n(AT)xTy多态性信息丰富,其中( AC)2 (AT) 9T5、( AC)2 (AT) 8T5和(AC)2 (AT) 7T7是三种常见单倍型.(AC)3(AT)8T5是一种新类型多态性序列.这些(AC)n(AT)xTy多态性与β-珠蛋白表达的相关性有待深入研究.
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中国鲁南地区汉族人群HLA-A,B,DRB1高分辨等位基因多态性分析
本研究旨在分析中国鲁南地区汉族人群HLA-A、B、DRB1等位基因的高分辨多态性分布特征.采用PCR-SBT对中国鲁南地区688名无血缘关系的汉族健康人群进行HLA-A、B、DRB1位点高分辨基因分型,并对分型结果做统计学分析.结果表明:688例样本A、B、DRB1座位分别检出31、63、39个等位基因,其中频率大于0.05的常见等位基因为A *24∶02、A*30∶01、A*11∶01、A*02∶01、A*33∶03、A*02∶06、B*13∶02、B*44∶03、B*51∶01、B*46∶01、B*15∶01、B*58∶01、DRB1*07∶01、DRB2*15∶01、DRB1 *09∶01和DRB1*08∶03.上述A、B、DRB1位点常见等位基因累计基因频率分别为0.7223、0.4432、0.5453.常见的A*-B*-DRB1*单倍型是A*30∶01-B*13∶02-DRB1*07∶01 (0.1151),常见的两位点连锁单倍型分别是A*30∶01-B* 13∶02(0.1303)、A*30∶01-DRB1*07∶01(0.1157)和B*13∶02-DRB1 *07∶01(0.1307).结论:获得了中国鲁南汉族人群HLA-A、B、DRB1高分辨等位基因和单倍型分布特征,为评估该地区患者找到HLA匹配供者的机率,为合理选择移植供者及移植免疫、HLA与疾病相关性研究提供了参考数据.
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中国汉族人群UGT1A1基因非翻译区序列分析
目的:对中国汉族人群尿苷二磷酸葡糖醛酸基转移酶1 A1 (uridine diphosphate glucuronosyltransferase 1A1,UGT1A1)基因的5'和3'-非翻译区序列进行分析,寻找非翻译区的多态性变异.方法:收集220例健康汉族个体的外周血,并抽提基因组DNA,通过聚合酶链反应扩增UGT1A1基因的5 '和3'-非翻译区,通过测序确定DNA序列.结果:在中国汉族人群中UGT1A1基因的5'非翻译区存在2个多态性位点:-64 (G/C)和TATAA盒区A(TA)6TAA/A(TA)7TAA;-64位G频率为98.4％,C频率为1.6％.TATAA盒中A(TA) 6TAA频率为93.4％,A(TA)7TAA频率为6.6％.3 '非翻译区也存在2个多态性位点:1813C/T和1941C/G,所有个体在1813和1941位点均呈纯合性,且1813C和1941C呈遗传共分离(单倍型频率为73.6％),1813T和1941G(单倍型频率为26.4％)呈遗传共分离.结论:中国汉族人群UGT1A1基因的3'-非翻译区1813和1941纯合多态性位点呈遗传共分离可能是基因组自然选择的结果,其机制有待进一步研究.
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白介素-1受体相关蛋白酶-4基因多态性与脓毒症的易感性
目的 探讨IRAK4(interleukin-1 receptor-associated kinase 4,IRAK4)基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)与中国汉族人群严重脓毒症易感性和预后的相关性.方法 收集2006年2月至2009年12月复旦大学附属中山医院急诊科收治的192例严重脓毒症患者进行研究.排除既往患有自身免疫性疾病、正在应用免疫抑制剂、AIDS和肿瘤患者.另外选择年龄和性别匹配的192名健康个体作为对照.本研究获得复旦大学附属中山医院伦理委员会同意.严重脓毒症患者根据30 d是否存活分为存活组和死亡组,存活组124例,死亡组68例.利用Hapmap中国人群数据库选择标签SNPs(tagSNPs),利用Primer 3软件设计引物；采用DNA抽提试剂盒提取外周血DNA,PCR-直接测序法进行SNPs分型.基因型频率和等位基因频率在各组之间的比较采用x2检验.结果 IRAK4基因7个tagSNPs等位基因频率分布在研究样本中均符合Hardy-Weinberg平衡.研究发现位于IRAK4基因外显子的SNP rs4251545(G/A)等位基因和基因型频率在严重脓毒症组和健康对照组之间差异具有统计学意义(等位基因P=0.015,基因型P=0.035),携带等位基因A的个体比携带等位基因G的个体更易患严重脓毒症(OR=1.69,95％ CI:1.10～2.58);7个tagSNPs的等位基因和基因型频率在死亡组和存活组中差异无统计学意义.结论IRAK4基因变异与中国汉族人群严重脓毒症易感性有关.
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中国汉族人群血管内皮细胞生长因子基因的单核苷酸多态性研究
目的探讨中国汉族人群血管内皮细胞生长因子(VEGF)基因的单核苷酸多态性(SNPs)分布规律.方法应用等位基因特异性扩增技术,对252名中国汉族正常人的VEGF基因SNPs进行检测,并与文献报道的欧洲白人数据进行比较.结果 VEGF基因启动子区的多态位点C2578A的基因型频率分布中,CC为48.8%、CA为 46.0%、AA为5.2%;C等位基因频率为71.8%,A等位基因频率为28.2%.与欧洲白人相比较,各基因型和等位基因分布存在非常显著性差异(P<0.01).结论中国汉族人群VEGF基因SNPs与欧洲白人显著不同,中国人低VEGF表达的2578A/A纯合子明显少于欧洲白人.
关键词： 血管内皮细胞生长因子 单核苷酸多态性 中国汉族人群 -
Kir6.2基因E23K多态性与冠心病的相关研究
武汉大学中南医院检验科郑芳教授等在中国汉族人群Kir6.2基因E23K多态性与冠心病的相关性研究中发现Kit6.2基因的变异与冠心病之间存在一定的相关性,影响冠心病的早期诊断和治疗.
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中国汉族人群食管癌遗传易感基因多态性的研究进展
食管鳞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)是我国常见的恶性肿瘤之一,其易感基因的遗传多态性是影响个体食管癌易感性的重要因素.中国汉族人群食管癌遗传易感基因主要包括代谢酶相关基因、DNA切除修复相关基因、相关的抑癌基因、癌基因和细胞因子基因等.本文主要对近年研究的中国汉族人群食管鳞癌易感相关的抑癌基因、癌基因及细胞因子等进行总结和分析.结果表明上述ESCC遗传易感基因的多态基因型在中国汉族人群中具有明显的地域分布,这为食管癌的区域诊断、监测及早期筛查提供了重要的理论基础.
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POC5基因罕见突变位点在中国汉族人群特发性脊柱侧凸患者中的分布研究
背景:特发性脊柱侧凸(idiopathic scoliosis,IS)是一种脊柱三维畸形,其特点是脊柱侧方弯曲的度数>10°并伴有椎体的旋转畸形且已除外目前已知的所有致病原因.编码中心粒蛋白体-5(proteome of centrioles 5,POC5)的POC5基因是在高加索人群IS患者中发现的第一个致病性基因,而在中国汉族人群IS患者中尚无关于该基因的罕见变异报道.目的:检测中国汉族人群IS患者中POC5基因的突变情况.方法:选取2010年10月至2017年10月在我院就诊的121例中国汉族人群IS患者作为实验组,选取50名健康中国汉族人作为对照组,使用Sanger测序法,对他们血液样本中的DNA进行POC5基因测序.结果:在2例中国汉族IS患者中发现位于POC5基因第10外显子(NM_001099271)上的错义突变,分别是c.C1139T(p.S380F)及c.A1132T(p.I378L),而在50名健康人群中并未发现有POC5基因突变位点.结论:POC5基因第10外显子可能是中国汉族人群及高加索人群中,IS相关突变位点的热点区域.POC5突变在IS中的分子生物学发病机制,需要进一步的细胞功能及动物模型等研究进行验证.
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CYP2C9-1075A＞C及VKORC1-1639G＞A基因多态性在服用华法林汉族人群中分布特性及其与药动学-药效学相关性
目的 研究CYP2C9-1075A＞C及VKORC1-1639G＞A基因多态性在服用华法林汉族人群中分布特性及其与药动学-药效学相关性.方法 PCR-SSP法及基因测序技术检测CYP2C9-1075A＞C及VKORC1-1639G＞A基因型,UPLC-MS测定血药浓度,以国际标准化比值评价药效学.结果 313例服用华法林患者中检测到CYP2C9 * 3 AC 34例,CYP2C9 * 2AC 1例,基因突变率分别为10.86％和0.32％.CYP2C9*2和CYP2C9*3等位基因频率分别为2.86％和97.14％.VKORC1-1639 G＞A AA 261例,GA 51例,基因突变率分别83.39％和16.29％.313例服用华法林患者血药浓度为(0.51±0.18)(0.21 ～2.51) mg·L-1,国际标准化比值为1.63±0.60(0.91 ～3.62).基因多态性与药动学-药效学相关性研究为未显示具有统计学意义的差异.结论 研究汉族人群CYP2C9-1075A＞C及VKORC1-1639G＞A基因多态性的分布特点,对制订安全有效的华法林给药方案具有重要的临床意义.
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中国汉族人群hGSTA1基因C-69T多态性分析
目的研究中国汉族人群中人谷胱甘肽S-转移酶(hGSTA1)C-69T基因多态性的分布.方法140例血样本来自中国25个省份的汉族人口,用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性方法检测hGSTA1-69位点的变异.结果中国汉族人群GSTA1基因-69位点的野生型纯合子(CC)基因型的分布频率为75.0%,突变型纯合子(TT)基因型为0.7%,杂合子(CT)基因型为24.3%;C及T两种等位基因的频率分别为87.1%及12.9%.结论中国汉族人群GSTA1基因呈多态性分布,其等位基因和基因型频率不同于其他种族.
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中国汉族癌症患者紫杉醇相关外周感觉神经病变的单核苷酸基因多态性
目的 在中国汉族人群中研究与2/3级紫杉醇介导的外周感觉神经病变(PSN)相关的单核苷酸基因多态性(SNP)位点及临床特点.方法 以2014年5月至2016年12月在北京协和医院接受紫杉醇方案化疗的216例患者为研究对象,提取外周血DNA,选取8个候选SNP位点,采用SequenomMassARRARYiPLEX平台测定基因型.依据美国国家癌症研究院-不良反应常见术语评定标准,由受训的临床医生完成患者随访及PSN分级.结果 共有209例患者终纳入分析.在候选SNP位点中,仅rs4141404∶A＞C(LIMK2)与2/3级PSN显著相关(OR:4.32,95％CI:2.37 ～7.89,P＜0.0001).多因素Logistic回归分析结果显示,rs4141404∶A ＞C (LIMK2)多态性及既往使用铂类制剂(OR:2.70,95％ CI:1.32～5.51,P=0.007)与2/3级PSN发生风险相关.结论 rs4141404∶A ＞C (LIMK2)多态性可能是中国汉族人群发生紫杉醇介导的2/3级PSN的风险因素.
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TOX和SMAD3基因多态性与中国汉族人群2型糖尿病患者微血管病变的易感性相关
目的:初步探讨TOX和SMAD3基因多态性与中国汉族人群2型糖尿病患者微血管病变(包括糖尿病肾病和糖尿病视网膜病变)的易感性.方法:选取久居天津、彼此之间无血缘关系的汉族2型糖尿病患者1 090名,其中包括糖尿病肾病患者615人,糖尿病视网膜病变患者377人；同时罹患糖尿病肾病和视网膜病变者157人,糖尿病病程超过10年但无微血管病变者165人.对14个候选基因的23个单核苷酸多态性(SNPs)位点进行基因分型,以PLINK软件进行二分变量的关联分析.结果:TOX基因的SNP位点rs1526167(P=0.001)和SMAD3基因的SNP位点rs12102171 (P=0.024)均与2型糖尿病患者的微血管病变相关.结论:TOX和SMAD3基因多态性与中国汉族人群2型糖尿病患者微血管病变的易感性相关,提示糖尿病微血管病变的遗传背景与糖尿病的遗传背景不同.
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β2糖蛋白Ⅰ在247位点Val/Leu多态性与中国汉族系统性红斑狼疮患者血栓并发症的相关性研究
目的 探讨β2糖蛋白Ⅰ(β2GPⅠ)基因多态性与系统性红斑狼疮(SLE)患者血栓并发症的相关关系;明确β2GPⅠ基因多态性与抗β2GPⅠ抗体浓度的相关性.方法 选择90例首次因诊断SLE收住宁波市第一医院风湿科的住院患者,同时选择宁波市中心血站健康献血员90名作为健康对照组,采用序列特异性引物聚合酶链反应技术(PCR-SSP)检测β2GPⅠ基因多态性,并通过测序确认基因多态性检测的有效性;选用酶联免疫吸附法(ELISA)检测SLE患者组样本抗β2GPⅠ抗体的浓度;基因型频率和等位基因频率的差异采用x2检验.结果 SLE有血栓并发症患者、无血栓并发症患者、健康人群的β2GPⅠ 247位基因型频率分别为VV 56％,VL 38％,LL 6％; VV 9％,VL 70％,LL 20％; VV 9％,VL 67％,LL 24％.等位基因频率分别为:V 75％,L 25％;V 45％,L 55％;V 42％,L 58％.有血栓表现的SLE患者与没有血栓症状的SLE患者相比β2GPⅠ 247位点V/V基因型和V等位基因频率明显偏高(x2=15.568,P=0.001;,x2=9.730,P=0.003),而没有血栓表现的SLE患者与健康对照组相比差异无统计学意义(P＞0.05);β2GPI基因多态性与抗β2GPⅠ抗体浓度有明显的关联性[比值比(OR)=7.143,P=0.001],抗β2GPⅠ抗体阳性患者中β2GPⅠ 247位点V/V基因型频率明显高于阴性患者(x2=12.321,P=0.001),同时也高于健康对照组(x2=14.079,P=0.001),但抗β2GPⅠ抗体阴性患者与健康对照组之间差异无统计学意义(P＞0.05).结论 β2GPⅠ在247位V/V基因型对抗β2GPⅠ抗体的产生有强的相关性,并且β2GPⅠ的V/V基因型在SLE血栓患者中频率明显升高.
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细胞间黏附分子-1基因多态性与类风湿关节炎的关系
类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)是滑膜组织中以滑膜细胞增生和炎症细胞的聚集为特征的慢性自身免疫性疾病,易感基因的研究有助于弄清RA的发病机制,并将可能成为RA的诊断、治疗和判断预后的一个有效指标.免疫球蛋白超家族中的细胞间黏附分子-1(ICAM-1)在炎症细胞的聚集和渗透中起着重要作用.有关研究显示ICAM-1基因多态性与多种免疫性疾病的发生相关,包括多发性硬化、炎性肠病、白塞病等[1-3].本研究旨在探讨中国汉族人群ICAM-1基因多态性与RA的相关性,从而为RA的发病倾向性提供理论依据.
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信号传导和转录活化因子3基因单核苷酸多态性与中国汉族人类风湿关节炎的相关性
背景：信号传导和转录活化因子3(signal transducer and activator of transcription-3，STAT3)是一条重要的细胞因子信号传导通路，在炎症性疾病中发挥重要作用。STAT3基因的多态性是否与中国汉族人群类风湿关节炎相关还不明确。目的：探讨STAT3基因单核苷酸多态性与中国汉族人群类风湿关节炎易感性之间的关系。方法：在HapMap中国汉族人群数据库中，选择STAT3基因标签单核甘酸多态性。以228例类风湿关节炎患者和228例正常对照为研究对象，使用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱法对STAT3基因4个标签单核甘酸多态性(rs12601982、rs2293152、rs8078731和rs9912773)进行基因分型。结果与结论：类风湿关节炎组和对照组rs9912773的GG基因型分布频率分别为18.9%、10.5%，CC基因型分别为35.5%、38.2%，CG基因型分别为45.6%和51.3%，两组间基因型频率分布差异有显著性意义(P <0.05)。提示中国汉族人群STAT3基因rs9912773位点多态性可能与类风湿关节炎易感性相关。
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辛伐他汀治疗中国汉族人群糖尿病肾病疗效的Meta分析
目的：系统地综合评价辛伐他汀治疗中国汉族人群糖尿病肾病（ DN）的疗效。方法通过电子文献数据库检索相关文献。固定效应模型或随机效应模型用于异质性检验后效应值的合并。效应指标选用标准化均数差（ SMD）及其95％CI。应用漏斗图法检测发表偏倚。结果22篇文献共计1397例DN患者，包括实验组729例，对照组668例。经异质性检验后，选用随机效应模型计算合并效应值。尿蛋白排泄率（ UAER）、24 h尿蛋白量（UAE）、C 反应蛋白（CRP）和血肌酐（Scr）的合并 SMD值及其95％CI分别为-1.10（-1.66，-0.55）、-1.46（-1.87，-1.05）、-1.10（-1.95，-0.25）和-0.62（-0.90，-0.34）（P＜0.05）。结论与常规治疗相比，辛伐他汀治疗中国汉族人群DN有更好的疗效。
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GALNT2 rs4846914多态性位点在中国汉族人群分布及其对血脂的影响
目的 研究多肽N-乙酰半乳糖胺基转移酶2(N-acetylgalactosaminyltransferase 2,GALNT2)基因rs4846914位点在中国汉族人群中的分布频率,分析该位点对血脂水平和血脂异常的影响.方法 采用横断面调查方法,收集2397例(其中男性1511例,女性886例)汉族人群样本.采用MALDI-TOF MS技术检测rs4846914位点基因分型,采用多重线性回归法分析基因型对4项血脂指标影响程度的大小,二分类Logistic回归法分析基因型对血脂异常发病风险的大小,以P＜0.05为有统计学意义.结果 GALNT2 rs4846914位点A等位基因在中国汉族人群中的频率为20.4％.AA基因型人群的高密度脂蛋白胆固醇(high-density lipoprotein cholesterol,HDL-C)水平显著高于GG基因型(P=0.034),女性人群AA基因型的总胆固醇(total cholesterol,TC)水平也显著高于GG型(P=0.019).在男性人群,AA基因型的低HDL-C血症发病风险是GG基因型的0.478倍.(P=0.045,OR=0.478,95％ CI:0.233-0.983).结论 中国汉族人群rs4846914位点以G等位基因为主,明显不同于西方人群以A等位基因为主的特点.中国汉族人群中,该位点AA基因型可增加血浆HDL-C水平,并减少男性低HDL-C血症发生.
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中国汉族人群IL-10-592A＞C基因多态性与乙肝病毒易感性相关的Meta分析
目的 应用Meta分析对IL-10-592A＞C位点基因多态性与乙肝病毒易感性在中国汉族人群中是否相关进行综合评价.方法 制定检索策略,运用Medline、Embase、中国知网、万方、维普等中英文数据库查找相关文献.对入选文献进行Hardy-Weinberg遗传平衡性检验.选用固定效应模型或随机效应模型计算合并效应值OR.应用Begg's和Egger's检验对发表偏倚进行定量检测.应用Review Manger 5.2和Stata 11.0软件进行Meta分析.结果 终有18篇文献符合条件纳入本研究,包括441 3例乙肝患者和3080例健康对照个体.IL-10-592A ＞C位点在等位基因、显性遗传模型和隐性遗传模型下的合并OR值及95％ CI分别为1.14(1.06,1.23)、1.17(1.06,1.30)和1.08(0.94,1.23),所对应的P值分别为0.001,0.003和0.280.入选文献不存在发表偏倚.结论 IL-10-592A ＞C位点基因多态性与乙肝病毒易感性在中国汉族人群中可能存在相关性,该位点C等位基因可能会增加中国汉族人群乙肝病毒的感染风险.但是,本研究的结论还需要更大样本量的关联研究或更新的Meta分析研究来验证.
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华法林相关基因SNPs在心脏瓣膜置换汉族患者中的分布调查
目的:探索心脏瓣膜置换的汉族患者中华法林相关基因SNPs的分布.方法:入选2012年至2013年上海市在中山医院行心脏瓣膜置换手术后,需长期服用华法林进行抗凝治疗的汉族患者110例,通过阅读文献筛选得到华法林相关基因及相应SNPs位点(CYP2C9 rs1799853 C/T、CYP2C9rs1057910 A/C、VKORC1 rs9923231 G/A、VKORC1 rs9934438 C/T、CYP4F2 rs2108622 C/T、GGCX rs12714145 A/G、EPHX1 rs1877724 C/T、EPHX1 rs2292566 A/G、EPHX1 rs4653436 A/G).使用直接测序法检测SNPs,采用Hardy-Weinberg遗传平衡检验验证群体代表性.结果:CYP2C9基因rs1799853、rs1057910等位基因频率分别为0.45％、5.00％;VKORC1基因rs9923231、rs9934438等位基因频率均为91.36％；CYP4F2基因rs2108622等位基因频率为28.64％;GGCX基因rs12714145等位基因频率为33.18％;EPHX1基因rs1877724、rs2292566和rs4653436等位基因频率分别为30.00％、24.55％、26.36％.结论:探索华法林相关基因CYP2C9、VKORC1、CYP4F2、GGCX、EPHX1的9个SNPs的频率在行心脏瓣膜置换术的患者人群中的分布,对建立和实施华法林个体化治疗具有重要意义.
