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β-植物油对母乳或婴儿配方奶粉喂养婴儿的作用
脂肪是母乳或婴儿配方奶粉的主要成分,母乳或婴儿配方奶粉喂养婴儿的能量约50%来自乳中的脂肪.脂肪又称甘油三酯或三酰甘油,由一分子甘油和三分子脂肪酸结合而成,分子构象见图1.在人乳或婴儿配方奶粉中,软脂酸(palmitic acid)都是主要的饱和脂肪酸.
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寡肽药物先导结构的发现与优化
本文综述了(1)以纤维蛋白β链降解产物ARPAK及γ链与GPⅡb/Ⅲa结合的关键序列RGD为基础发展新先导结构,例如对ARPAK优化导致的优秀溶栓寡肽GRPAK和QRPAK以及RGD序列对血栓的靶向性认识导致的杂交肽;(2)针对ARPAK、 GRPAK及QRPAK的药代动力学性质导致的酶稳定性高的环肽以及酶稳定性高且可紫外监测的含咔啉羧酸伪肽先导结构;(3)依据ARPAK在体内的代谢产物发现的超短肽先导结构RPAK和PAK;(4)计算机辅助的构象分析;(5)相关寡肽先导结构的前瞻性研究.
关键词： 寡肽类 纤维蛋白纤维蛋白原降解物 分子结构 分子构象 -
分子影像学的研究进展
分子影像学是运用影像学手段显示组织水平、细胞和亚细胞水平的特定分子,反映活体状态下分子水平变化,对其生物学行为在影像方面进行定性和定量研究的科学[1,2].
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髓样分化蛋白-2与脂多糖结合的模拟小肽的分子设计
目的:利用生物信息学原理,设计针对髓样分化蛋白-2的与脂多糖结合的模拟小肽,为研制具有抗炎效应的髓样分化蛋白-2拮抗多肽奠定基础.方法:实验于2004-01/12在第三军医大学野战外科研究所第一研究室完成.采用Goldkey核酸和蛋白质分析软件及核酸和蛋白质数据光盘、PC/Gene软件系统;EMBL提供的PRS服务器、NCBI提供的BLAST服务器及Superfamily等互联网服务器,分析髓样分化蛋白-2的氨基酸序列,预测髓样分化蛋白-2的新功能,寻找髓样分化蛋白-2与脂多糖结合的关键位点.结果:①髓样分化蛋白-2的氨基酸序列功能位点信息:在96～141位氨基酸具有多达5个的功能位点.②髓样分化蛋白-2的Superfamily超家族预测:K128和K132是与脂多糖结合域的关键氨基酸,以K128-K132为中心的肽段呈现较强的亲水性,即NH2-FSKGKYKCV-COOH.结论:如果人工合成髓样分化蛋白-2与脂多糖结合域的关键序列,即"髓样分化蛋白-2模拟小肽",并以此段多肽为靶,采用噬菌体随机肽库筛选,可望得到天然髓样分化蛋白-2的拮抗多肽.
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喜树碱药效构象及分子内氢键对抗肿瘤活性的影响
喜树碱类抗肿瘤药物是临床广泛使用的DNA拓扑异构酶Ⅰ(topoisomerase Ⅰ,TopoⅠ)的特异性抑制剂。为从原子水平阐明喜树碱的作用模式，设计结构新颖、活性更高、毒性更低的TopoⅠ抑制剂，本研究采用ab initio方法RHF/3-21G对喜树碱分子构象空间进行了系统研究，并与半经验量化AM1、PM3方法比较，所得构象均采用密度泛函方法B3LYP/6-31G(d)计算单点能，并进行频率检查验证。结果发现，A型构象可形成分子内氢键，较B型构象能量更低，为喜树碱药效构象。喜树碱E环形成分子内氢键，能量约为29.31 kJ/mol，这是该分子发挥药效的结构基础，同时使得它易于受溶剂水影响而裂解，生成无活性的羧酸盐形式。本研究还表明，喜树碱与TopoⅠ-DNA复合物作用，需破坏分子内氢键，能量补偿较大，提示设计更为高效的TopoⅠ抑制剂具有可能性。
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喜树碱构象的量子化学研究及其与晶体结构的比较
喜树碱类抗肿瘤药物是临床广泛使用的经典的作用于DNA拓扑异构酶Ⅰ的特异性抑制剂.已有的喜树碱构象研究结果彼此并不一致,而采用可靠方法进行构象研究是阐明该药物作用模式的关键一环.本文在分子动力学搜寻喜树碱构象空间的基础上,采用量子化学的半经验AM1、PM3方法和ab initio的RHF/3-21G、RHF/6-31G方法对近似晶体结构构象的分子力学构象进行了系统优化.所得构象均采用密度泛函方法B3LYP/6-31G(d)进行单点能计算,并和喜树碱碘乙酸酯的晶体结构进行了比较.结果表明,ab initio方法得到的构象更接近晶体结构构象,而半经验方法得到的构象接近初始的分子力学构象.abinitio方法研究表明喜树碱E环内酯部分形成分子内氢键,使E环内酯键反应性提高,可与TopoI-DNA共价复合物形成较好的相互作用,同时又使喜树碱易受溶剂水的影响而开环失去活性.
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有机化学软件介绍
计算机在化学领域的应用日益增多,早是化学信息数据库的建立,使数据检索和查阅方便快捷;通过分子模拟进行分子结构与性质的预测、分子光谱的模拟、分子构象态研究使计算机应用智能化;计算机辅助分子设计和计算机辅助合成路线设计将计算机在化学中的应有推上了新台阶.
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构象型B细胞抗原表位的研究方法及进展
识别保护性B细胞抗原表位从而引发中和抗体产生和体液免疫,是特异性免疫反应的物质基础,因此,研究可被中和抗体识别的保护性B细胞抗原表位对促进基础免疫学发展、感染诊断、相关疫苗特别是多肽疫苗的研发、药物靶点筛选等具有积极意义.虽然此类表位多为构象型,研究难度较大,但随着免疫学和生物信息学技术的发展,已出现许多有效思路与方法.此文综述目前构象型B细胞抗原表位的研究方法及进展.
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肺炎克雷伯菌DNA旋转酶A亚单位喹诺酮耐药决定区变异型与底物分子对接分析
目的 了解2种肺炎克雷伯菌DNA旋转酶A亚单位喹诺酮耐药决定区变异型与各种底物的结合能力.方法 参照野生型作同源建模获得2种肺炎克雷伯菌DNA旋转酶A亚单位变异型(Ⅰ型和FH型)立体结构,ArgusLab 4.1软件中的DOCK模块做DNA旋转酶A亚单位野生型和2种变异型与7种喹诺酮类药物分子对接,计算酶与底物结合自由能值(△G),并计算DNA旋转酶A亚单位氨基酸残基与环丙沙星相互作用原子对数量及距离.结果 肺炎克雷伯菌DNA旋转酶A亚单位变异型Ⅰ型、FH型与吡哌酸、环丙沙星、加替沙星结合自由能值分别为-26.607 50、-29.530 39、-29.493 09 kJ/mol,-26.696 44、-28.972 83、-29.590 50 kJ/mol;野生型分别为-27.188 82、-30.872 00、-30.244 04 kJ/mol,即吡哌酸、环丙沙星、加替沙星与2种变异型结合力下降,呈现耐药.Ⅰ型、FH型与左氧氟沙星结合自由能值为-29.013 81、-29.497 57 kJ/mol,野生型为-28.016 20 kJ/mol.Ⅰ型、FH型与萘啶酸、诺氟沙星、氧氟沙星结合自由能值有升有降.DNA旋转酶A亚单位野生型、Ⅰ型、FH型与环丙沙星相互作用形成原子对距离在5×10-10 m以内的分别有16对、2对和4对；形成原子对距离在4×10-10 m以内的只有8对,均为野生型.结论 肺炎克雷伯菌DNA旋转酶A亚单位2种变异型与环丙沙星结合力下降是耐药的形成因素.
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卡培他滨核磁共振现象研究
目的 研究卡培他滨在不同溶剂、不同温度下的核磁共振现象.方法 分别测定卡培他滨在不同极性的氘代溶剂(CDCI3、CD3OD和DMSO-d6)及不同温度(283、293、303、323、333 K)时的氢谱和碳谱.结果 卡培他滨在不同溶剂、不同温度下的NMR谱,特别是碳谱上,脱氧核苷和胞嘧啶环上的碳信号有明显差异.结论 卡培他滨在以CD3OD为溶剂,在较低温度时,其主要为单一构象结构,碳信号基本为一组信号.在此条件下测定其相应1D和2D谱,对其质子和碳信号进行了完整归属.
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HLA空间构象的模拟比较
通过对两对骨髓移植后发生移植物抗宿主病(GVHD)的供受体有差异的HLA Ⅰ类抗原的结构模拟和比较,发现差异HLA抗原在空间构象上存在明显差异,并表现在分子表面上,这种蛋白质分子表面空间构象上的差异是移植后GVHD的引发因素.研究结果提示移植供受体差异HLA蛋白质的模拟比较可以用于预测GVHD的发生.
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葡萄球菌蛋白A胶体金分子结构特点及作为原子力显微术标记物的可行性
目的 分析葡萄球菌蛋白A胶体金(SPA-CG)分子的特征性构象特点,探讨其作为原子力显微镜观测原位标记物的可行性.方法 应用原子力显微镜扫描生理状态下分布在云母表面的葡萄球菌蛋白A胶体金分子,并进行结构分析及理论计算.结果 极少数平卧的SPA-CG呈中部球形隆起,两端长短不一的弯曲棒状肽链环抱球形隆起的独特结构,形成反"C"字形结构,球形隆起直径为单个胶体金直径的3～4倍;极少数SPA-CG呈逗号样;绝大多数SPA-CG呈一侧面稍凹的椭球形结构,结构稳定、均一,长径为(40.88±1.58)nm,宽径为(20.82±0.68)nm,高度(Z轴)为(10.51±0.28)nm.结论 单个胶体金标记的葡萄球菌蛋白A分子具有独特、稳定、均一的特征性构象,可作为原子力显微术观测的原位标记物.
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盐酸林可霉素多晶型分子构象对其红外光谱行为的影响
目的研究盐酸林可霉素两种晶型晶体结构中不同分子构象及氢键对其中、近红外光谱行为的影响.方法单晶X-射线衍射法、红外吸收光谱法、近红外光谱法.结果盐酸林可霉素两种晶型分属不同晶系,它们在晶格中的分子构象与分子内、分子间氢键均不同,从而造成它们中、近红外光谱行为的显著差异.结论可用中、近红外光谱法鉴别盐酸林可霉素两种晶型并可实现工业结晶中的离线和原位监控.
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眼玻璃体淀粉样变性的研究现状
淀粉样变性是一组由淀粉样蛋白沉积引起,涉及多系统的代谢性疾病,早是由Virchow在100多年前首次定义的.其病因和发病机制不清,它是由于分子构象异常所导致难溶性的淀粉样物质在细胞外的异常沉积而致病.现常见的淀粉样变性可分为以下4种类型[1]:①AL型淀粉样变性(系统性淀粉样变性);②AA型淀粉样变性(继发性淀粉样变性);③淀粉样β2-M淀粉样变性;④遗传性淀粉变性.淀粉样物质在眼部除了沉积在玻璃体,还可沉积在眼睑、泪腺、角膜、眼眶内组织、睫状神经节、睫状神经等眼球及眼附属组织.
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关于医学符号的使用
除英语语法规定和专有名词、缩写词之外，一般应为小写。斜体多见于代表变量的字母如 x 、y等。统计学符号如 P 、F 、t 、s 等，量符号如体积V、压力 p 等，表示旋光性、分子构象、取代基等的化学符号如 l 、d 、o 、trans 、p 、Z 等，生物学中属及属以下拉丁文学名（如寄生虫、微生物及中草药等的拉丁文学名）应使用斜体。其余情况一般为正体，如缩写、单位符号、化学元素符号等。
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关于医学符号的使用
除英语语法规定和专有名词、缩写词之外，一般应为小写。斜体多见于代表变量的字母如 x 、y等。统计学符号如 P 、F 、t 、s 等，量符号如体积V、压力 p 等，表示旋光性、分子构象、取代基等的化学符号如 l 、d 、o 、trans 、p 、Z 等，生物学中属及属以下拉丁文学名（如寄生虫、微生物及中草药等的拉丁文学名）应使用斜体。其余情况一般为正体，如缩写、单位符号、化学元素符号等。
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关于医学符号的使用
除英语语法规定和专有名词、缩写词之外，一般应为小写。斜体多见于代表变量的字母如 x 、y等。统计学符号如 P 、F 、t 、s 等，量符号如体积V、压力 p 等，表示旋光性、分子构象、取代基等的化学符号如 l 、d 、o 、trans 、p 、Z 等，生物学中属及属以下拉丁文学名（如寄生虫、微生物及中草药等的拉丁文学名）应使用斜体。其余情况一般为正体，如缩写、单位符号、化学元素符号等。
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葡萄球菌蛋白A胶体金分子三维构象的原子力显微镜分析
目的确定葡萄球菌蛋白A胶体金分子特征性构象. 方法应用原子力显微镜扫描生理状态下分布在云母表面的葡萄球菌蛋白A胶体金分子,并进行理论计算. 结果葡萄球菌蛋白A胶体金分子为57.00 nm×33.00 nm×21.61 nm 椭圆球形"左轮手枪状"复合物. 结论原子力显微镜可以在生理状态下直观测定生物大分子纳米尺度结构.葡萄球菌蛋白A胶体金分子的特征性结构可以作为神经细胞膜表面N-甲基-D-天冬氨酸受体(NMDAR)原子力显微镜观测的原位标记物.
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漫反射FT-IR和单晶XRD法研究盐酸林可霉素多晶型
目的:研究盐酸林可霉素2种晶型晶体结构中不同分子构象对其漫反射红外光谱行为的影响.方法:单晶X射线衍射法、傅立叶变换漫反射红外光谱法.结果:盐酸林可霉素2种晶型分属不同晶系及空间群.它们在晶胞中的分子内、分子间氢键与分子构象不同,从而造成其漫反射红外光谱行为的显著差别.结论:可用傅立叶变换红外漫反射光谱法鉴别盐酸林可霉素2种晶型.
关键词： 盐酸林可霉素 多晶型 分子构象 单晶X射线衍射法 漫反射傅立叶变换红外光谱法 -
雌激素受体和选择性雌激素受体调节剂相互作用的分子模拟
目的:研究一类高活性消旋化的雌激素受体调节剂与其受体间的相互作用机制.方法:分子力学优化的方法获得这类刚性的raloxifene类似物的活性构象,受体与配基间的相互作用能用分子对接程序计算.结果:化合物的R和S构型均可进入雌激素受体的结合腔.其羟基直接与受体氨基酸形成氢键,其酚环相当于雌激素的A环.活性好的配基带有两个羟基,并且模拟雌激素A环为含16位羟基的酚环的S构型化合物.结论:消旋化对该类化合物的活性影响不大.羟基对于化合物在活性口袋中的取向及与受体的结合有着重要意义.``
