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医学基因组学与临床病理应用学习班简介
随着临床肿瘤个体化诊疗及国际基因组学和转录组学的飞速发展,基因转化医学领域在肿瘤治疗方面显示出明确的疗效并对临床病理学提出了迫切的要求.美、英、法分别于2006年依托临床病理平台启动了癌症基因组(TCGA)计划,美国临床肿瘤学会大会(ASCO)连续两年把基因转化医学作为临床肿瘤治疗的会议主题.
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偏头痛临床标志物研究现状
目前在偏头痛潜在标志物研究方面已经取得很多进展,比如小样本研究提示降钙素基因相关肽可用于预测治疗反应,单基因突变位点检测可用于家族性偏瘫性偏头痛的诊断;由于偏头痛病因及发病机制仍不完全清楚,可用于临床鉴别诊断、病情评估、治疗反应监测、预后分析的标志物仍然缺乏;将来可利用二代测序技术和基因芯片技术筛选出特异性和敏感性俱佳的临床标志物,用于偏头痛患者的个体化诊疗.
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系统生物学在腹膜纤维化研究中的应用
腹膜纤维化(peritoneal fibrosis,PF)有复杂的发病机制,涉及内部和外部因素的相互作用.目前,我们还没有足够的敏感和特异性的试验来检测早期的腹膜纤维化,预测纤维化的进展并监测治疗反应.系统生物学在过去10年因为开发了新的实验方法和计算工具得到了不断的发展,它整合了基因组学,转录组学,蛋白质组学,代谢组学的实验方法,完全有能力测量健康与疾病状态,药物治疗前后,不同类型细胞之间的变化和相互作用.
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代谢组学在口腔医学研究中的应用进展
在生命科学的研究发展历程中,基因和蛋白质一直是学者为关注的对象,并由此诞生了基因组学和蛋白质组学两大重要的学科分支。随着科学研究方式方法的进步发展,在后基因组时代,为了从宏观层面上更准确地把握生命体的代谢活动所蕴含的信息,明确基因或蛋白质的变化在生命体代谢产物中的具体表现,一种新的组学--代谢组学应运而生。它是继基因组学、转录组学和蛋白质组学之后,基于对基因组学和蛋白组学的补充而新近发展起来的一门学科,是系统生物学的又一重要组成部分[1],也是组学研究领域的热点之一,并被视为组学研究的“终点”。目前代谢组学在药学、毒理学、营养学、疾病诊断、基因功能、环境科学等各个领域都有广泛应用,并已显示出其强大的优势。本文就代谢组学近几年来在口腔医学研究领域中的应用进行综述。
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RNA-Seq技术及其在胃肠肿瘤研究中的应用现状
转录组是特定的细胞或组织在特定的时间或状态下转录出来的RNA集合,转录组研究能够从整体水平研究基因功能以及基因结构,并能很好的显示处于表达状态的基因数量和活跃程度.作为转录组学新一代高通量测序技术之一,RNA-Seq技术能够更为快速、准确地为人们提供更多的生物体转录信息,在生物医学研究中已经得到广泛应用.随着全球胃肠肿瘤发病率的逐年提高,RNA-Seq技术在胃肠肿瘤研究领域进行全转录组测序分析的应用越来越多,并取得了一些新的进展.本文将就RNA-Seq技术原理、优势及其在胃肠肿瘤研究中的具体应用进行论述.
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代谢组学在消化系统疾病中的应用
随着系统生物医学思维模式的建立,现代医学的研究正由微观、实体的探索向宏观、系统的角度转变.代跗组学是继基因组学、转录组学、蛋白质组学后系统生物学的另一重要研究内容,是一种新的整体性的分析技术,用于研究牛命体所有代谢物及中间体种类、数量及其变化规律的科学.
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代谢组学在骨肉瘤方面的研究进展
代谢组学(metabonomics/metabolomice)是近年来继蛋白质组学、基因组学、转录组学后又一迅速发展的学科[1].蛋白质组学和基因组学具有累加性和补偿性,其有效的微小变化可在代谢物上得到放大,故而代谢组学是研究的终方向.通过研究机体的代谢组变化,能更简易、精确地反映机体状态.
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生物信息学技术及其在肾脏病研究中的应用
高通量组学技术的快速发展获得了海量不同类型的生物分子数据.生物信息学技术的快速发展则帮助我们可以深入解读如此庞大的数据,理解生命或疾病发生过程中潜在的分子机制.高通量组学技术与生物信息学技术已经在肾脏病研究中得到了广泛应用,帮助我们更好地理解肾脏病发生的遗传基础和背后的生物学过程.随着高通量组学技术和生物信息学技术的快速发展,多种组学数据的整合生物信息学分析将为肾脏病的病理过程、早期诊断及治疗决策研究提供帮助.本文中,主要讨论生物信息学技术与高通量组学技术应用的进展,并以多种肾脏病研究为例介绍了相关方法的应用.
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"组学"在辐射损伤研究中的应用
从20世纪末至今,生物医学研究取得惊人进展,特点之一就是各种"组学"(-omics)及其相关技术的出现.基因组学、蛋白质组学、转录组学、代谢组学,及新提出的生理组学,使我们对生命的认识从分子-细胞-器官-生物体逐渐建立起一个完整体系,它标志着一个"大科学"时代的到来.迄今为止以"组学"命名的百余种学科,都是在以上几个层面演绎发展而来.
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基于靶向鞘脂组学和转录组学的雷公藤多苷片对迟发型超敏反应模型的量-效/毒机制初探
雷公藤多苷片具有良好的免疫抑制活性,但其肝肾组织毒性显著,并且作用机制尚不明晰.本研究整合靶向鞘脂组学和转录组学技术,研究给予迟发型超敏反应模型Balb/c小鼠不同剂量的雷公藤多苷片后肝肾组织和血浆中鞘脂水平及其合成代谢酶mRNA表达水平的变化,从鞘脂代谢角度揭示其药效和毒性作用机制.结果发现低剂量的雷公藤多苷片可引起血浆中神经酰胺总量显著降低、长链鞘脂和饱和鞘脂比例在肝肾组织中显著降低在血浆中显著升高,这可能与其药效机制相关;而高剂量的雷公藤多苷片可引起神经酰胺总量和Ⅰ-磷酸-神经酰胺(C18∶0)水平显著升高,长链鞘脂比例显著升高,饱和鞘脂比例在肝肾组织中显著降低、在血浆中显著升高,这与其毒性作用机制相关.此外,雷公藤多苷片能导致肝肾组织中多种鞘脂代谢酶的转录水平发生明显变化,与鞘脂水平变化对应,其所产生药效和毒性作用与其调控关键酶表达水平有关.总之,雷公藤多苷片的药效和毒性作用机制与鞘脂代谢密切相关,发现的多种潜在鞘脂生物标志物为其药效和毒性作用的评价提供了有价值的信息.
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抗结核病新药作用分子机制研究进展
结核菌耐药现象越来越严重,开发治疗结核病的新药非常紧迫.全球药物研发的一个明显趋势是整合分子生物学及功能基因组方法学,结核病治疗药物的研发也如此.本文综述结核病新药分子靶标的鉴定、分子作用机理与耐药机理以及几种前景较好抗结核新药的药物学特征,并重点概括其应用及研究的新成果.这将有助于结核病新药研发.
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基于生物组学(-omics)的免疫功能基因的发现
目的 从基因组学、蛋白质组学和转录组学角度,对目前基于生物组学(-omics)发现免疫学新功能基因的方法进行综述.方法 参阅近年来国内外有关综述进行总结,并对现有常用方法进行比较和评价.结果 现有一些成型的实验方法用于免疫功能基因的发现,经典的实验方法不断得到改进,新的实验手段也取得显著的成果.结论 生物信息学方法占主流地位,但以实验为基础的差减杂交和杂交核酶技术也显示出其优势.
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生物信息学在医学研究中的应用进展
随着高通量技术的出现及其在疾病基因组、蛋白组学研究中的应用,生物信息学在解读基因组、转录组及蛋白质组学分析产生的海量数据中发挥着越来越重要的作用.生物信息学在致病基因寻找、药物有效靶点筛选等医学研究各领域的发展日益深入.现就生物信息学在基础医学、临床医学及药物开发研究中的应用进展进行综述.
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转录组在肿瘤中的应用及进展
转录组(RNA-Seq)是新一代测序技术,利用高通量测序技术对组织或细胞中所有RNA反转录而成的cDNA文库进行测序,从整体水平研究基因的功能及其结构,揭示特定生物学过程以及疾病发生过程中的分子机制,而癌症疗效评估的关键在于肿瘤的复发率和对放化疗的敏感性.新一代测序系统有望识别导致肿瘤的形成和对治疗产生抵抗的相关靶基因,对进一步指导临床治疗和诊断具有重要的理论及实践意义.
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医学发展的未来:从基因组学到整合医学
综观20世纪生命科学发展,从宏观向微观、由表型到机制的探求是其重要特征.以还原论为基础的经典结构生物学、分子生物学与细胞生物学的研究极大地增进了人们对生命本质的理解.人类基因组计划(HGP)完成后,生命科学研究进入到"功能基因组学"研究时代,转录组学、蛋白质组学、代谢组学开始迅速发展,生命科学的研究方法不再局限于以还原论为指导的微观拆分,开始注重宏观整合研究的方法,生命科学也升华到对定性现象的归纳与对定量规律的探求这两者相互结合、共同发展的更高层次.
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毒理学发展的新方向——系统毒理学
伴随着系统生物学和高通量分子检测技术的发展,系统毒理学渐显端倪.系统毒理学是指通过整合分子、细胞、组织等不同研究层次的高通量信息,系统研究外源性化学物和环境应激等与机体的相互作用的一门学科.该文综述了系统毒理学的诞生背景、研究策略、研究技术及其主要应用,如研究毒物作用分子机制等.尽管还有不足之处,系统毒理学的发展和应用有望对人类的环境与健康研究,如阐明污染物的健康损害机制等,产生推动作用.
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运用生物组学技术进行再生医学研究的方法及进展
由于疾病、损伤造成的组织和器官缺损以及移植手术所需供体组织和器官的缺乏,人们越来越希望能通过建立身体自身的再生能力来恢复或重建正常的身体机能,于是再生医学迅速兴起并成为研究热点.组织、器官的再生是一个涉及多层次结构并需要多种因素相互作用的复杂过程,因而基于生物分子群组的生物组学技术在再生医学研究中较传统生物分子技术具有明显优势,已成为再生医学研究的重要工具.通过回顾总结近年运用生物组学技术进行再生医学研究的方法及成果,分析了运用生物组学进行再生医学研究的优势并提出展望.
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从组学探讨中医证候本质的研究概况
证候是中医学独有的概念,中医证的研究,尤其是客观化、标准化的研究自上世纪50年代以来一直备受关注.晚近兴起的组学是一门新型学科,是生命科学活跃的领域之一,它所具有的多层次、多靶点的研究特点及其整体性、动态性、时空性和复杂性与中医证候有着某种程度的趋同.借助组学研究的兴起,可以为中医证的研究开辟出一条新的路径.现将近年来所开展的相关研究综述如下.
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结核杆菌转录组学研究进展
自1998年结核分枝杆菌H37Rv菌株的全基因组测序完成以后,结核杆菌转录组学的研究就变得异常活跃,特别是随着高通量的基因芯片技术应用于结核菌转录组学的研究,结核杆菌转录组学的进展更加迅猛.结核杆菌转录组学研究经历了由体外分离株到巨噬细胞吞噬体内结核杆菌,从结核杆菌在体外的表达到在宿主体内表达,而宿主由以小鼠为模型到以人体为模型的研究过程.由于以动物为模型的便利性,当前结核杆菌转录组学研究以基因突变小鼠为模型或药物作用后的小鼠结核感染模型为主.这些研究为抗结核药物研究和临床诊断提供必要的基础信息.本文对结核杆菌的转录组学研究作一综述.
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脑卒中的代谢类生物标志物研究进展
近年来,分析多种生物分子的“组学”技术受到广泛关注[1-9],组学作为一些种类个体的系统集合,如构成生物体所有蛋白质的组合即蛋白组学和构成生物体所有代谢物的组合即代谢组学和已经成为还原现象本质的重要方法。目前研究较为成熟的有转录组学、蛋白质组学和随之延伸出的代谢组学及多肽组学等。其中,代谢组学作为研究细胞和生物体代谢中间体和终产物的新学科,是快速发展的系统生物学学科,在诸多生物医学研究中越来越受关注[10]。代谢组学以细胞、组织或生物体等生物体系为研究对象,观察其受刺激或扰动后的代谢产物变化或其随时间的变化,为除基因组学和蛋白质组学以外提供有用定量信息的检测工具[10]。该技术已经广泛地运用于心血管病[11]、糖尿病[12]、肾脏变[13]及肿瘤等[3,14]疾病的研究中,并在多种疾病的诊断以及病理生理机制的研究中取得了重要进展。其中,有关脑卒中的代谢组学研究发现,发病过程中多种代谢物的浓度发生了显著变化,包括与糖代谢、氨基酸代谢及脂类代谢等有关的内源性小分子物质。本文将对近年来国内外代谢组学与脑卒中的相关标志物研究作一归纳。