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烟台地区结核分枝杆菌三种耐药基因突变与耐药相关性的研究
作为一线抗结核药物,异烟肼( INH)、利福平(RFP)、链霉素(SM)在结核病的防治、治疗方面起着重要作用.但是近年来耐药结核分枝杆菌(DR-TB)在逐渐增加,成为结核病防治工作中迫切需要解决的问题.
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应用PCR-寡核苷酸探针快速检测结核分支杆菌耐药基因突变
目的:结核分支杆菌耐药是结核病治疗中的棘手问题,由于传统的药敏试验方法烦琐而费时,因此,本研究通过快速检测结核分支杆菌耐药基因突变,以期建立一种敏感、特异、简便、快速的分子药敏试验方法,指导临床化疗.
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4例接受抗病毒治疗的艾滋病患者HIV-1核苷类反转录酶抑制剂类耐药基因突变的选择动力学研究
目的 阐明接受抗病毒治疗的艾滋病患者核苷类反转录酶抑制剂(nueleoside reversetranscriptase inhibitor,NRTI)类耐药基因突变分子进化特征.方法 从中国中部农村某抗病毒治疗艾滋病病例研究队列中选择4例服药依从性较好,治疗初期为野生型毒株,在治疗过程中逐渐产生NRTI类耐药基因突变的患者为研究对象,对每位患者的4～5次随访血浆样本的反转录酶(RT)基因进行克隆测序分析,观察每个克隆的基因型耐药性特征.结果 共检测855个克隆,平均每份血液样本47.5个±22.8个克隆,得到4例患者历次克隆序列中带各种NRTI类耐药基因突变的构成图谱:某些患者随治疗时间延长逐渐表现为典型的TAMS-1型突变模式,如L210W、T215Y、M41L突变,并且随治疗时间延长,优势种所携带的突变数目有累加趋势;某些患者表现为较明显的TAMs-2型突变,如K70R、D67N、K219Q等突变;其中,某些患者的克隆同时含有T215Y(TAMs-1型)和K70R、D67N(TAMs-2型)突变.结论 总结出4例患者HIV-1 NRTI类耐药基因突变的选择动力学特征.4例患者表现出不同的NRTI类耐药基因突变演变途径:TAMs-1型、TAMs-2型以及TAMs-1/TAMs-2融合型,该类突变表现出逐级累加的趋势,先筛选出来的耐药突变往往能够成为后的优势种.
关键词： 核苷类反转录酶抑制剂 耐药基因突变 分子进化规律 -
PCR-探针熔解分析法检测结核分枝杆菌氟喹诺酮耐药基因突变的临床应用评价
目的 评价PCR-探针熔解分析法(PMAA)检测结核分枝杆菌(MTS)氟喹诺酮(FQ)药物耐药性的临床应用价值.方法 采用常规比例法和PCR-PMAA对509株MTB临床分离株进行FQ药物敏感性试验.对69株比例法和(或)PCR-PMAA法检测耐药以及440株两法检测均敏感的MTB菌株中抽取的55株菌株,进行FQ药物耐药相关基因gyrA和gyrB PCR-DNA测序.结果 以常规比例法为标准,PCR-PMAA检测FQ药物耐药性的敏感性、特异性、阳性和阴性预测值、符合率及约登指数分别为97.01%、99.55%、97.01%、99.55%、99.21%及0.97.比例法和(或)PCR-PMAA检测耐药的69株中,经DNA测序证实44株gyrA 94位密码子GAC→Aac(D→N)或CAC(H)或GGC(G)或GCC(A)突变;4株gyrA 91位密码子TCG→CCG(S→P)突变;19株gyrA 90位密码子GCG→GTG(A→V)或AAG(K)突变;1株gyrB 500位GAC→AAC(D→N)突变;1株在测序范围未见突变.55株两法检测均敏感样品DNA测序结果证实,gyrA和gyrB基因均未见耐药相关的基因位点突变.结论 PCR-PMAA法能高效检出MTB FQ药物耐药相关基因突变,用于检测MTB FQ药物耐药性敏感性高,特异性强,方法简便、快速、价廉,具有良好的临床应用前景.
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单核苷酸多态性及其检测方法
人类基因组测序计划的完成,标志着人类已步入后基因组时代[1],该时代以基因组中个体遗传差异的研究为重点.而个体遗传差异常见形式为单核苷酸多态性( SNP),正是这些SNP的变异造成人类在身材、体形、肤色、对疾病的易感性、疾病表型和对药物治疗反应等诸多方面或多或少的差异.在众多导致人类疾病的基因突变、病原亚型及耐药基因突变中,单碱基突变占相当大的比例,其检测方法的探索一直是基因诊断研究中的重要课题,特别对已知突变的检测,将是进行基础研究和临床基因诊断的重要手段之一[2].
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高水平耐环丙沙星淋病奈瑟菌gyrA和parC基因突变研究
国外对以环丙沙星为代表的喹诺酮类药物的耐药菌株研究发现,淋病奈瑟菌(淋菌)除了在低水平耐药株的基因突变位点较为稳定外,在不同国家和地区,高水平耐药株突变位点和突变方式差异巨大,研究各个地区的耐药基因突变情况,可以设计针对本地区的耐药基因探针和采用其他方法,对本地区耐药菌株作出快速诊断.
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上海地区耐多药结核菌突变特点
快速诊断并阻断耐多药结核茵的传播对控制耐多药结核病疫情具有非常重要的意义.结核分枝杆菌生长缓慢,传统的基于固体培养的药物敏感试验非常耗时,新的基于耐药突变的分子诊断方法将是快速诊断的发展趋势.结核分枝杆菌耐药与基因组上特定基因的点突变有关.目前WHO审核通过了2个基于检测突变的快速诊断产品,但由于不同地区耐药突变特点不同,其在不同地区检测的敏感性和特异性有很大差异.我们观察了上海地区耐多药结核分枝杆菌耐药基因突变特点,筛选出一套高敏感耐药突变位点用于耐药结核病的快速诊断.
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温州地区未治疗AIDS病人的HIV毒株耐药基因变异研究
目的 对温州地区未治疗艾滋病(AIDS)病人体内艾滋病病毒(HIV)毒株耐药基因的突变情况进行调查分析,了解该地区AIDS病人的本底耐药情况.方法 对50例未接受抗病毒治疗的AIDS病人HIVpol区的蛋白酶(PR)全长和部分反转录酶(RT)基因进行扩增、脱氧核糖核酸(DNA)测序、亚型鉴定,并与国际HIV耐药数据库比对分析.结果 共获得38份有效序列,根据pol区亚型分析发现,CRF01_AE占36.8％(14例),CRF07_BC重组占36.8％(14例),C亚型占18.4％(7例),B亚型占7.89％(3例).未检出针对蛋白酶抑制剂(PIs)、核苷类反转录酶抑制剂(NRTIs)的耐药病例.针对非核苷类反转录酶抑制剂(NNRTIs)检出3例耐药病例,突变类型分别为V179D、E138A和K103N.同时,2015年温州HIV耐药毒株的传播水平＜5％,处于低传播水平.结论 对于未经抗病毒治疗组,耐药基因型以CRF01 AE重组、BC重组为主,HIV耐药毒株在温州仍处于低度传播水平,发现一个重要耐药基因突变位点是K103N.
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温州地区HIV/AIDS病人抗病毒治疗后耐药基因变异研究
目的 通过调查分析温州地区已接受抗病毒治疗病人体内艾滋病病毒(HIV)毒株的耐药基因的突变发生率,为采取相应防治措施提供可靠的依据,同时指导抗病毒药物的使用.方法 收集温州的11个县市区在2010-2015年接受抗病毒治疗的HIV感染者/艾滋病(AIDS)病人625例,病毒载量大于1 000拷贝/mL的70例,进行HIV蛋白酶(PR)全长和部分反转录酶(RT)基因的扩增、脱氧核糖核酸(DNA)测序、亚型鉴定,并与国际HIV耐药数据库比对分析.结果 在68例获得有效序列患者中,其中亚型分布显示,CRF01_AE占52.94％(36/68),B亚型占17.65％(12/68),BC重组占25.00％(17/68),C亚型占4.41％(3/68).抗病毒治疗患者对蛋白酶抑制剂(PI)、核苷类反转录酶抑制剂(NRTI)和非核苷类反转录酶抑制剂(NNRTI)的耐药率,分别为0.48％(3/625),7.84％(49/625)和8.32％(52/625),总耐药率为8.80％(55/625).NRTI主要突变位点为M184V,NNRTI主要突变位点为Y181C.结论 通过对抗病毒治疗病人调查发现,温州总体耐药率处于较低水平.M184V、Y181C突变位点检出率高,耐药的严重程度依次为NNRTIs＞NRTIs＞PIs.应结合实际,科学合理用药.
关键词： 艾滋病病毒感染者/艾滋病病人 抗病毒治疗 耐药基因突变 -
广西边境地区抗病毒治疗HIV-1感染者的基因型耐药分析
目的 了解2013年广西边境地区已接受高效抗反转录病毒治疗(HAART)的病人中,艾滋病病毒(HIV)的耐药情况.方法 对防城港市、崇左市、南宁市2013年已接受HAART＞1年的病人进行问卷调查,并检测HIV-1病毒载量,对病毒载量＞1000拷贝/mL的样本进行自建耐药检测,登录美国斯坦福大学HIV耐药数据库,分析基因耐药结果.结果 共1659例病人纳入研究分析,124例病毒载量结果大于1000拷贝/mL,其中100例样本核酸扩增阳性,59例出现不同程度的耐药突变;发现对核苷类反转录酶抑制剂(NRTIs)和非核苷类反转录酶抑制剂(NNRTIs)的主要耐药突变位点,分别为M184I/V、K103N/S、Y181C/I/V和G190A/E,发现2例有蛋白酶类抑制剂(PIs)耐药突变.54例病人出现了耐药,其中41.0％(41/100)对NRTIs耐药,49.0％(49/100)对NNRTIs耐药,2.0％(2/100)对PIs低度耐药;32.0％(32/100)对NNRTIs和NRTIs双重耐药,1.0％(1/100)可能对三类药物耐药.HIV-1毒株在调查人群总耐药发生比例为3.3％(54/1659).结论 广西边境地区2013年已接受HAART人群中,HIV耐药株发生率较低,但耐药基因突变较为复杂,出现较多对NNRTIs和NRTIs双重耐药,以及可能对NRTIs、NNRTIs和PIs多重耐药,应采取科学合理治疗.
关键词： 艾滋病病毒1型 高效抗反转录病毒治疗 耐药基因突变 -
HIV-1的耐药基因突变
人免疫缺陷病毒(HIV)耐药,是影响艾滋病抗病毒治疗效果的主要因素.随着抗病毒治疗的发展及新型靶点抗病毒药物的临床应用,已确定了200多个各种类型HIV耐药相关的基因突变,它们对于耐药及病毒的生物学特性产生不同程度的影响.该文对HIV的耐药基因突变,及其对耐药的作用和对复制适应性的影响进行了综述,并分析了今后耐药性研究应关注的重点.
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应用PCR-SSCP法分析矽肺结核分支杆菌耐药基因突变规律
为了解北京地区矽肺结核的耐药基因突变情况,我们采用PCR-SSCP和BACTEC技术,建立了结核分支杆菌耐药基因的检测方法,分析96例临床矽肺结核病人的结核分支杆菌耐药基因突变的规律,报告如下.
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基因芯片技术在慢性HBV感染者病毒基因分型和耐药基因检测中的应用及临床意义
目的 采用基因芯片检测徐州地区慢性HBV感染者病毒基因分型和耐药基因,并研究其应用价值及临床意义.方法 收集徐州市传染病医院2015年5月—2017年7月在徐州市传染病医院肝炎科就诊的34例临床确诊为慢性HBV感染且有抗病毒药物应用史且治疗效果不佳患者的临床资料和患者的血清样本,采用基因芯片技术对样本进行乙肝病毒基因分型和耐药突变的检测,将检测结果 结合患者的临床资料进行分析,判断其应用价值及意义并指导临床用药.结果34例患者检出HBV DNA阳性为32例,阴性2例,阳性患者中HBV-C型患者26例,HBV-B型患者3例,HBV-B合并HBV-C患者3例;LAM+Ldt耐药4例,为2例C型、1例B型、1例B、C合并型;LAM+Ldt+ADV 3例,均为HBV-C型患者;LAM+Ldt+ETV耐药患者5例,均为HBV-C型;总计12例耐药患者中含有rtL180M和rtM204I/V突变有8例,rtA181V/T突变有3例,1例为rtM204I/V+rtT184A/I/L/S/F/G突变,4例除rtL180M和rtM204I/V突变还出现rtS203G/I,还有1例rtL180M和rtS202G/I突变.结论 采用基因芯片检测乙型肝炎患者的基因分型和耐药基因,具有重要的应用价值,对指导临床抗病毒治疗具有十分重要的意义.
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临床细菌耐药的现状与研究进展
激素、免疫抑制剂与各种侵入性诊疗手段的使用,各种新的基础疾病和慢性消耗性疾病的出现与增加,各种恶性肿瘤患者的放射治疗和化学治疗等,导致患者机体免疫功能低下,开放性创面增加,从而增加了各种感染性疾病发生的概率,与此同时,随着抗生素的广泛使用以至滥用,造成患者的机体菌群失调、抵抗力下降,其选择压力更导致了致病菌的耐药基因突变以及多重耐药株的过多与反复出现,从而令临床近年来对感染性疾病的控制又增添了新的难点,也使临床的抗感染治疗更加困难.为了减缓致病菌不断增长的耐药性以及对临床治疗所造成的压力,同时,为临床合理使用抗生素提供科学性的建议,本文就病原菌的耐药现状及其产生机制等问题进行了阐述.
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杭州地区结核分枝杆菌利福平耐药基因突变特征分析
在全球范围内,结核分枝杆菌耐药率不断上升,高耐药率和耐多药菌株不断出现和传播,对化疗疗效及结核病流行产生很大影响.利福平(RFP)作为一种主要的抗结核药物,若对其耐药常常导致化疗失败,因此快速检测RFP耐药菌株对了解细菌耐药性具有较大意义.
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NGS检测乙型肝炎病毒耐药基因突变情况及其临床意义
目的 检测乙型肝炎患者的HBV YMDD突变情况,探究下一代测序技术(next generation sequencing,NGS)检测HBV耐药基因突变的可行性及患者性别与其YMDD突变的相关性,并为临床用药提供参考. 方法 运用NGS测序技术对收集的100例临床样本进行HBV YMDD突变的检测,并与临床检测金标准Sanger测序法的测序结果进行比对. 结果 运用NGS检测100例HBV样本,其中YMDD野生型88例,HBV YMDD耐药基因突变12例,与Sanger测序法的测序结果完全相符.结论 本研究结果显示,NGS技术可用于HBV耐药基因突变检测,患者性别与HBV耐药突变无明显相关性.
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结核分枝杆菌复合群耐药基因突变检测试剂相关审评要点
果，可有效弥补传统药敏试验周期长的缺陷［6‐8］。迄今为止，国内外已有多种结核分枝杆菌复合群耐药基因突变检测试剂获准上市。为了规范和指导此类试剂的注册申报，下面总结了此类试剂申报中两项重要的技术性文件（企业参考品和分析性能评估资料）的审评要点。
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Sanger测序法在乙型肝炎患者耐药突变检测中的应用
目的 分析Sanger测序在乙型肝炎病毒(HBV)耐药和基因型检测中的应用,并进一步探讨替比夫定(LdT)、阿德福韦(ADV)、拉米夫定(LAM)、恩曲他滨(FTC)、替诺福韦(TDF)以及恩替卡韦(ETV)6种核苷酸药物耐药发生的情况,为临床用药提供参考.方法 收集中日友好医院215例HBV-DNA拷贝数大于103的乙型肝炎患者血清,提取血清中的HBV-DNA,采用聚合酶链式反应(PCR)方法进行扩增,并对PCR产物进行Sanger测序,使用STANFORD软件分析比对测序结果.并采用SPSS17.0软件进行统计学处理.结果 本研究中,共有40例(18.6％,40/215)患者检测到发生耐药基因突变,其中具有对应参考价值的为21例(9.77％,21/215).这215例患者中相关药物耐药突变发生率从高至低依次是LdT(9.77％,21/215)、FTC(7.44％,16/215),ETV(6.98％,15/215),LdT(6.05％,13/215),ADV(0.93％,2/215);未检出与TDF耐药相关突变.215例患者中C基因型发生率明显高于B基因型(P<0.01),C基因型与B基因型基因突变情况差异无统计学意义(P>0.05).结论 该研究提示Sanger测序可以较全面地分析乙型肝炎耐药基因突变情况;并且该研究也提示LAM药物作为慢性乙型肝炎(CHB)治疗首选药物的高耐药发生性.
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拉米夫定治疗后乙肝病毒耐药基因突变检测及其临床意义
目的 检测服用拉米夫定治疗后乙型肝炎病毒发生基因突变的情况,分析其临床意义.方法 选取2009年1月～2011年6月在某院收治的128例乙型肝炎患者,随机均分为观察组和对照组,观察组患者给予拉米夫定治疗,对照组给予除拉米夫定以外的其他综合治疗,应用实时荧光定量聚合酶链反应(FQ-PCR)检测所有研究对象的乙型肝炎病毒(HBV-DNA)耐药基因180位点和204位点突变的情况.结果 观察组患者基因突变各模式的阳性率均高于对照组,比较差异有统计学意义(P＜0.05).观察组患者基因突变阳性率与服药时间成正比,用药时间越长发生突变阳性率越高(P＜0.05).结论 长时间服用拉米夫定可引起乙型肝炎病毒发生基因突变,而且基因突变阳性率与服药时间成正比,用药时间越长发生突变阳性率越高.通过YMDD变异株的检测,可为临床诊治提供依据,指导临床正确用药.
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四川省凉山州布拖县HIV-1耐药基因检测情况分析
目的 了解凉山州布拖县艾滋病毒-I型(HIV-1)耐药基因突变情况,优化抗病毒治疗(ART)方案,提高治疗效果.方法 采用反转录式聚合酶链反应(RT-PCR)方法,检测2008、2010、2012年三年ART后病毒学失败患者的HIV-1耐药基因型.结果 截至2012年12月凉山州布拖县累计治疗艾滋病(AIDS)患者1 755人,检测HIV-1病毒载量(VL)1 324次人,HIV-1 VL＜50拷贝/ml者为25.4％ (336/1 324),VL51～1 000拷贝/ml者为16.3％(216/1 324),VL＞1 000拷贝/ml为58.3％ (772/1 324),三年有218例进行了耐药基因突变检测,获得可用序列148例,其中未检出耐药突变者为42.6％ (63/148),发生耐药突变者为57.4％ (85/148).非苷类反转录酶抑制剂(NNRTI),蛋白酶抑制剂(PI)和核苷和核苷酸类反转录酶抑制剂(NRTI)相关的耐药基因突变率分别为33.8％(50/148)、33.1％ (49/148)、10.8％ (16/148).NNRTI相关的耐药基因突变位点前3位依次是K103N/KN (47.1％)、Y181C/CY (10.3％)、Y188FY/C/L/CY (10.3％)、G190AG/A(8.8％);PI相关的耐药基因突变位点前3位的是T71V/AT/AV (67.2％)、L10IL (20.0％)、L33IL(3.6％);NRTI相关的耐药基因突变位点前3位依次是M184V(33.3％)、T69N/S/AT (19.0％)、D67N(9.5％)、G333E(9.5％).结论 凉山州布拖县抗病毒治疗后病毒学失败患者中,以NNRTI耐药多,其次为NRTI,PI较少,但PI是以次要位点(T7 1V/AT/AV)耐药突变较NRTI多.
