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嘉兴市2011-2012年乙型流感监测与HA1序列分析
[目的] 了解2011-2012年嘉兴市乙型流感的流行状况及病毒序列特性、变异特点和WHO推荐流感疫苗株对人体的保护情况. [方法] 将采集的流感样病例的咽拭子标本用MDCK细胞培养分离流感病毒,用标准血清及荧光定量RT-PCR方法鉴定.随机选取6株乙型流感病毒株进行HA1基因核苷酸序列测定,并进行特性分析. [结果] 2011-2012年嘉兴市乙型流感病毒Victoria系和Yamagata系同时存在.随机抽取4株Victoria系和2株Yamagata系毒株,在糖基化位点上没有变化.4株Victoria系毒株核苷酸同源性为98.6％ ～99.7％,氨基酸同源性为98.8％～100.0％,其中2株与2009-2012年疫苗株相比,在L58P、N129S、I146V、N171D发生了氨基酸的替换.2株Yamagata系毒株核苷酸和氨基酸同源性为99.4％,与2012-2013年疫苗株极为接近. [结论] 嘉兴市流行的Victoria系乙型流感病毒与2009-2012年疫苗代表株同源性较高,当年度的流感疫苗株对本市Victoria系乙型流感病毒流行的防治有一定保护作用.但本地同时也还活跃着Yamagata系的乙型流感病毒,当年度的流感疫苗株对Yamagata系乙型流感病毒不能提供佳保护.
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内蒙古自治区第一株甲型H1N1流行性感冒病毒的血凝素基因与神经氨酸酶基因的特性
2009年3月开始在墨西哥和美国等地暴发了由甲型H1N1流行性感冒(流感)病毒引起的甲型H1N1流感,该疫情在短期内迅速蔓延至全球[1-4].甲型H1N1流感病毒属正黏病毒科甲型流感病毒属,基因组约为13.6 kb,由大小不等的8个独立片段组成[ 5].本研究对1例甲型H1N1流感患者咽拭子样本进行病毒核酸检测和病毒分离培养,并分析所得病毒的血凝素基因(HA)和神经氨酸酶基因(NA)的特性.
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贵州省首例人感染高致病性禽流感H7N9突变株血凝素分子特征与溯源分析
目的 了解贵州省人感染H7N9禽流感病毒血凝素(hemagglutinin,HA)基因的分子特征、溯源和疾病风险,为高致病性禽流感H7N9病毒的预防和控制提供依据.方法 采用实时PCR对5株高致病性禽流感H7N9毒株标本(1株人感染鼻咽拭子标本,4株活禽市场环境标本)进行核酸的提取、HA基因的扩增和测序,运用生物信息学软件对H7N9禽流感病毒HA基因的同源性、遗传进化、受体结合关键位点、致病相关位点和糖基化位点变异情况进行分析.结果 贵州省威宁县人感染H7N9禽流感病毒HA基因与当地活禽市场环境中H7N9禽流感病毒核苷酸和氨基酸同源性分别为99.8%和99.6%,而4株活禽市场环境中的H7N9禽流感病毒核苷酸和氨基酸同源性分别为100.0%和100.0%.与2017年广西人感染的A/Guangxi/5/2017毒株同源性高,分别为99.7%~99.9%和99.4%~99.8%;与2016年底广东环境中分离的毒株A/Environment/Guangdong/C16283222/2016同源性为99.0%~99.2%和98.9%~99.2%,而与WHO推荐的A/Shanghai/2/2013和A/Anhui/1/2013候选疫苗株的同源性为96.8%~97.0%和95.8%~96.2%.与广西毒株A/Guangxi/5/2017遗传进化距离近.5株毒株HA蛋白裂解位点突变为PEVPKRKRTAR↓GLF,为高致病性禽流感突变株;受体结合关键位点均发生了G186V的突变,均未发生Q226L突变,5株毒株均发生的新突变为A363S,仅感染人的毒株发生的突变是R56K和I297V;5个潜在糖基化位点中仅421NWT和493NNT发生位置后移的变异.结论 贵州省威宁县5株H7N9禽流感病毒均为高致病性禽流感突变株,候选疫苗株匹配保护效果可能已经降低,HA蛋白裂解位点、G186V和新的突变位点的变异可能增强了H7N9禽流感病毒对人体的易感性和致病性.
关键词： 高致病性禽流感H7N9突变株 血凝素基因 分子特征 溯源 -
2009年新型甲型H1N1流感病毒血凝素基因进化分析
目的:探讨2009年新型甲(A)型H1N1流感病毒血凝素(HA)基因与世界各地不同年代分离的A/H1N1代表株HA基因的进化关系.方法:从NCBI数据库下载2009年新型A/H1N1亚型流感病毒的HA基因序列以及以往流行的人、猪和禽的A/H1N1亚型流感病毒参考序列,采用Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 4.0(MEGA4.0)软件进行序列比对和构建系统进化树,并分别比较2009年新型甲型H1N1流感病毒 HA 基因与北美地区、欧洲地区、亚洲地区A/H1N1流感病毒HA基因编码蛋白的氨基酸序列.结果:不同时期人A/H1N1亚型流感病毒代表株HA基因进化分析显示:2009年新型A/H1N1流感病毒HA基因与1976～2007年北美地区分离的7株人A/H1N1亚型流感病毒具有较高的同源性,与欧洲和亚洲地区的同源性较低.不同种属间A/H1N1亚型流感病毒HA基因进化分析显示:2009年新型A/H1N1流感病毒HA基因与1998和2007年北美地区分离的A/H1N1猪流感病毒的HA基因进化关系较近,与欧洲及亚洲地区分离的A/H1N1猪流感病毒及A/H1N1禽流感病毒进化关系较远.氨基酸比对结果显示2009年新型A/H1N1流感病毒HA基因的重要抗原位点与北美地区分离的A/H1N1猪流感病毒相近,与欧洲和亚洲地区分离的A/H1N1猪流感病毒及人类流感病毒疫苗株相比变化较大.结论:2009年新型甲型H1N1流感病毒HA基因可能是北美地区甲型H1N1猪流感病毒长期进化并与该地区人A/H1N1流感病毒部分基因片段重排的结果,对人H1N1甲型流感病毒疫苗可能并不敏感.
关键词： H1N1甲型流感病毒 血凝素基因 进化 基因重排 -
浙江省流行性感冒病毒监测与HA1基因分析
目的 了解浙江省流感病毒变异情况和WHO推荐流感疫苗株对我省人体的保护情况.方法 对浙江省近两年分离到的甲3型流感病毒进行核酸提取、病毒血凝素HA1基因核苷酸序列测定,与WHO推荐疫苗株进行对比.结果 近两年分离到的甲3型流感病毒株HA1区域的核苷酸序列长度均为987bp,未发现核苷酸的丢失和插入,相应的点突变率为0.8～1.3%,推导的氨基酸序列长度均为329个.2003年分离的毒株与同期WHO推荐使用的疫苗株A/Moscow/10/99相比,核苷酸同源性只有95.6%～95.9%,氨基酸总变异达20个,发生在抗原决定簇A、B区的有6个位点.2004年分离的毒株与同期WHO推荐使用的疫苗株A/fujtan/411/2002(A/Kumamoto/102/2002,A Wyoming/3/2003)相比,核苷酸同源性达98.6%～99.1%,仅发生3～6个氨基酸的变异,基因进化树上,我省2003、2004年分离的毒株都属于同一类性状的毒株,与2004年WHO推荐疫苗株接近,远离2003年推荐疫苗株.结论 我省甲3型流感病毒的抗原性已发生漂移.2003年WHO推荐使用的流感疫苗株对我省甲3型流感的预防效果不够理想,2004年推荐使用的疫苗株对我省甲3型流感的预防效果较好.
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福州市2010年甲型H1N1流感病毒分离株血凝素基因分子进化分析
目的 了解福州市2010年甲型H1N1流感病毒HA基因的突变和分子进化.方法 采用RT-PCR技术扩增流感病毒A/Fuzhou/2/2010(H1N1)血凝素HA基因,测定核苷酸序列,用Clus-talX 1.83软件进行序列比对,用Bi0edit软件的ClustaW程序进行序列同源性分析,用Mega 5.0软件以邻位相连算法(NJ)构建系统进化树.结果 福州市2010年甲型H1N1流感分离株A/Fuzhou/2/2010(H1N1)与福州市2009年首例甲型H1N1流感病毒株HA基因同源性为98.9%,与疫苗参考株A/California/07/2009 HA基因同源性为98.5%;HA1区段有11个位点发生改变.结论 福州市2010年甲型H1N1流感病毒血凝素虽然个别氨基酸位点发生了突变,但在抗原决定簇位点的氨基酸并没有发生变化,未出现具有显著意义的抗原漂移.
关键词： 甲型H1N1流感病毒 血凝素基因 同源性 福州市 -
一株从死亡黑天鹅中分离出H5N1亚型流感病毒株血凝素基因特性的研究
目的了解从黑天鹅分离H5N1亚型流感病毒株血凝素基因特性.方法用RT-PCR扩增目的基因,用PGBM-TVecTor(美国Promeqa公司)4℃过夜连接重组质检转入dH5α细菌,筛选阳性菌落,酶切鉴定.送六合通公司自动测序,然后进行进化树分析,并推导出基因树序列.结果从黑天鹅分离出H5N1毒株血凝素的重链区与轻链区连接肽的序列为R-E-R-R-R-K-R,即含一串碱性氨基酸,共有8个潜在的糖基化位点,其中6个位于重链区的第9、10、23、165、193和296位点上;其余2个位于轻链区的第154和213位点上.其HA基因进化树与无论从家禽还是从人中分离的均有差异.结论从黑天鹅中分离的H5N1亚型流感病毒为对禽是高致病性的,他的HA基因不同于从人和家禽中分离出的H5N1毒株.
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福建省人感染H5N1禽流感病毒血凝素基因测定和分析
目的 了解我省人感染高致病性禽流感H5N1亚型病毒血凝素基因的特点以及和其他毒株序列间的关系.方法 从采集自两例福建省感染者的标本中扩增H5N1禽流感病毒血凝素基因并作序列测定,获得的序列同其他H5N1禽流感病毒的血凝素基因进行比较并作进化分析.结果 获得福建省的两例感染者中的H5N1禽流感病毒血凝素基因,并推导出该基因的氨基酸序列.结果 表明,两株病毒的血凝素基因在蛋白酶水解位点均含有多个连续的碱性氨基酸,符合高致病性禽流感病毒的特征.经Blast程序检索发现,我省两例感染者与国内其他省份的感染者携带的病毒血凝素基因具有很高的相似性,提示国内的H5N1禽流感病毒感染者的病毒来源可能有一定的关系.结论 通过对两例福建省感染者标本中的H5N1禽流感病毒血凝素基因进行序列测定,了解病毒基因的部分特点.通过序列比较分析为分子流行病学调查提供线索,但还需对其他基因序列以及病毒的致病性等生物学特征作进一步分析.
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H9N2亚型禽流感病毒纤突蛋白基因的分析
目的克隆禽流感病毒A/Chicken/Guangxi/KMⅢ/99(H9N2)纤突蛋白血凝素基因和神经氨酸酶基因,并与同一亚型不同毒株的病毒进行比较.方法本研究以自行设计的引物,一次性成功地扩增出KMⅢ毒株HA和NA全长基因cDNA,并将它们克隆和测序.以获得的核苷酸序列和氨基酸序列与其它毒株的HA蛋白和NA蛋白比较.结果 HA基因由1683bp组成,编码560个氨基酸;NA全基因为1407bp、编码469个氨基酸残基;HA1羧基端的氨基酸组成是:R-S-S-R,符合低致病力毒株的分子特征.它们的氨基酸组成虽有差异,但与血凝素和神经氨酸酶功能关系密切的氨基酸残基却高度保守.联机检索表明,KMⅢ的HA基因cDNA与其它H9N2亚型 HA基因大同源性在82%～96%之间.NA基因 cDNA与其它H9N2亚型NA基因的大同源性在88%～97%之间.结论我们首次克隆和测序了KMⅢ毒株的HA基因和NA基因,并对它们进行了分析.
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禽流感病毒血凝素基因研究进展
血凝素在禽流感病毒感染细胞过程中起到了关键作用,对血凝素基因的相关研究一直是禽流感研究的重点和热点.文章从禽流感病毒简介,血凝素基因的结构特点,血凝素基因编码的蛋白质结构与功能,血凝素裂解位点的研究情况等方面进行了综述.可以为禽流感的预防和治疗提供参考.
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2014-2016年广东省肇庆市人感染H7N9禽流感病毒基因组特征分析
目的 了解广东省肇庆市2014-2016年人感染H7N9禽流感病毒基因进化特征.方法 对肇庆市17例H7N9患者咽拭核酸直接进行8节段基因序列扩增与测定,用BioEdit5.0、MEGA6.0进行同源性和重要氨基酸位点分析,采用Neighbor-Joining法构建进化树,参比序列从GenBank下载.结果 7份H7N9病例标本获得8节段全基因序列,HA与A/chicken/Dongguan/695/2014 (H7N9)相似度高,NA与A/ chicken/Dongguan/1075/2014 (H7N9)相似度高;内部基因与2013-2014年广东东莞、深圳禽源H7N9及H9N2相似度较高.HA和NA基因与广东省东莞、广州、深圳等地市的H7N9序列同处于珠三角进化分支,与安徽、浙江、江苏等长三角分支的序列相似性低.HA蛋白受体结合位点发生G186V、Q226L变异,裂解位点序列均为PEIPKGR↓ GLF,含有2个碱性氨基酸;M2蛋白上发现耐药位点S31N,PB2蛋白上发现E627K突变,NA蛋白上未发现耐神经氨酸酶的位点变异.结论 肇庆市人感染H7N9病毒株可能来源于2013 2014年广东省珠三角地区禽源H7N9和H9N2,G186V、Q226L和E627K位点变异增强了对人的易感性.
关键词： 人感染H7N9禽流感病毒 血凝素基因 神经氨酸酶基因 序列分析 -
湖州市乙型流感病毒HA1基因分析
目的:了解湖州市乙型流感病毒的基因变异情况和WHO推荐流感疫苗株对湖州市人体的保护情况.方法:采集类流感样本进行流感病毒的分离和鉴定,并对分离到的乙型流感病毒进行核酸的提取,采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒基因后进行病毒血凝素HA1.基因核苷酸序列测定,用DNAMAN和MegAlign生物软件对测序结果进行分析处理,并与WHO推荐疫苗株基因进行比对.结果:分离到的毒株为Victoria系的乙型流感病毒,未发现核苷酸的丢失和插入,糖基化位点没有太大改变.毒株HAl区域的核苷酸序列长度为1015 bp,推导的氨基酸序列长度为339个,相比Yamagata系毒株在163位上都多1个天冬酰胺(N).结论:2010年WHO推荐乙型流感疫苗株与湖州市的流行株为同一谱系毒株,预防保护效果较好.
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浙江省乙型流感病毒HA1基因分析
目的:了解浙江省近几年乙型流感病毒的基因变异情况和WHO推荐流感疫苗株对浙江省人体的保护情况.方法:采集浙江省类流感样本进行流感病毒的分离和鉴定,并对分离到的乙型流感病毒进行核酸的提取,采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒基因后进行病毒血凝素HA1基因核苷酸序列测定,用DNAMAN和BioEdit生物软件对测序结果进行分析处理,并与WHO推荐疫苗株基因进行比对.结果:分离到Yamagata系和Victoria系两个进化系的乙型流感病毒,两系毒株均未发现核苷酸的丢失和插入,糖基化位点没有太大改变.毒株之间核苷酸的同源性为95.25%,氨基酸的同源性为95.28%.Yamagata系毒株HA1区域核苷酸序列长度为1038 bp,推导的氨基酸序列长度为346个,氨基酸变异替换数在6～8之间;Victoria系毒株HA1区域的核苷酸序列长度为1041 bp,推导的氨基酸序列长度为347个,氨基酸变异替换数在2～8之间,相比Yamagata系毒株在163位上都多1个天冬酰胺(N).基因进化树上可见明显的Yamagata系和Victoria系两个分支.结论:浙江省人群交替流行着Yamagata系和Victoria系两个抗原性不同的进化系的乙型流感病毒,病毒的基因发生了变异,抗原已发生漂移.2001、2006两年WHO推荐乙型流感疫苗株与我省当年流行株为不同谱系毒株,预防保护效果不够理想,其余年份为同一谱系毒株,预防保护效果较好.
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宁波市麻疹病毒血凝素基因的序列分析
目的:探讨现阶段在宁波市流行的麻疹野病毒的基因型别和特征.方法:在2004年和2005年医院住院麻疹病人中采集含漱液分离麻疹病毒,获得8株麻疹野病毒.通过RT-PCR方法扩增其中两株麻疹病毒血凝素(H)基因全序列并对其进行序列测定和分析.比较这两株麻疹病毒和Genbank中麻疹病毒的各基因型代表株的同源性.结果:两株宁波麻疹毒株ningbo04-2和ningbo05-2的H基因之间核苷酸同源性为97.7%,与H1基因型代表株China93-7之间核苷酸同源性分别为98.3%,97.7%.与它们在核苷酸水平上同源性高的毒株分别是zhejiang05-2,china94-7,其同源性分别达到99.7%,99.4%.ningbo04-2在氨基酸240位由丝氨酸(S)突变成天冬酰胺(N),造成一个潜在的N型糖基化位点丢失.结论:宁波市麻疹流行株属于H1型,至少存在H1a,H1b两组.
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多重逆转录聚合酶链反应和半巢式多重聚合酶链反应快速检出含漱液中的乙型流感病毒
目的建立特异敏感的快速检测含漱液中的流感病毒的分子生物学方法.方法用多重逆转录聚合酶链反应和半巢式多重聚合酶链反应扩增甲1、甲3和乙型流感病毒HA基因的HA1片段,得到各病毒与特异性大小的扩增产物的对应关系.用同样的方法扩增含漱液中流感病毒的HA基因的HA1片段.根据这对应关系检测含漱液中的流感病毒.结果以流感病毒的HA基因为模板设计的三对引物,用多重逆转录聚合酶链反应能特异性地扩增出942bp、1117bp和751bp的核酸片段,它们分别和甲1、甲3和乙型流感病毒有稳定对应关系.用多重逆转录聚合酶链反应和半巢式多重聚合酶链反应扩增含漱液中流感病毒HA基因的HA1片段,根据扩增产物的大小检出含漱液中的乙型流感病毒.结论多重逆转录聚合酶链反应和半巢式多重聚合酶链反应能特异敏感地检出含漱液中的乙型流感病毒.
关键词： 含漱液 乙型流感病毒 血凝素基因 多重逆转录聚合酶链反应 半巢式多重聚合酶链反应 -
江西省2007年麻疹病毒分离株血凝素基因序列分析
目的:研究江西省2007年麻疹病毒流行株的基因特性,为江西省的麻疹防治策略提供科学依据.方法:采用RT-PCR方法,对2007年麻疹暴发疫情分离到的麻疹病毒扩增血凝素(hemagglutin,H)基因,并对扩增出的核苷酸序列进行测定和分析.结果:2007年江西省3株麻疹病毒分离株均为麻疹H1基因型,属于我国麻疹病毒的优势株.各株分离株之间H基因氨基酸的同源性为99.0%～99.7%;与中国疫苗株沪191株的H基因氨基酸序列比较,其同源性为97.6%～98.2%.结论:江西省2007年麻疹病毒分离株为H1基因型.
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东莞市2008年-2009年H1N1流感病毒血凝素HA1基因分析
目的:了解2008年- 2009年东莞市H1N1流感病毒血凝素HA1基因的特征及变化.方法:采用RT - PCR、基因测序等技术得到标本HA1基因的核酸序列,利用生物信息软件对核酸及氨基酸的特征及变化情况进行分析.结果:两年间有16个氨基酸位点发生变异,6个发生在抗原决定簇,Ca区2个,Sb区4个.受体结合位点有4个变异,130环1个,190螺旋3个.潜在糖基化位点及二硫键比较稳定,2年间没有发生变化.结论:2008年- 2009年两年间H1N1流感病毒血凝素HA1基因氨基酸替换速率较高.
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2013年-2014年宁夏甲型H1N1流行性感冒病毒血凝素基因变异状况及序列分析
目的 了解2013年-2014年宁夏甲型H1N1流行性感冒(流感)病毒的检测情况和血凝素(HA)基因变异情况.方法 对全区流感监测哨点医院采集的流感样病例(ILI)标本,采用real-time RT-PCR方法进行核酸检测;对核酸检测阳性标本进行病毒分离.对甲型H1N1毒株提取病毒RNA,通过RT-PCR反应扩增HA1并测序,测定的序列利用生物信息软件进行分析.结果 宁夏流感网络实验室共检测ILI标本6 122份,核酸检测阳性数917份,其中甲型H1N1498份,占54.31％,分离甲型H1N1毒株126株;变异氨基酸多数位于HA蛋白表面,其中部分位于抗原决定簇.关键位点第222位没有变化.结论 2013年-2014年宁夏地区流行的流感毒株主要为甲型H1N1,遗传进化分析表明甲型H1N1病毒发生了一定程度的变异,造成2013年-2014年在宁夏地区的再次流行.
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2013年-2014年新余市甲型H3N2流感病毒HA1基因特性分析
目的 了解新余市流行的H3N2亚型流感病毒的HA1基因变异特征与规律、进化趋势和当前疫苗对其的预防效果.方法 选取新余市2013年-2014年通过狗肾传代细胞(MDCK)培养分离到的甲型H3N2流感毒株12株,提取病毒RNA,反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增HA1基因片段,用DNAStar 5.0、Mega 6.0生物软件对序列进行处理和特性分析.结果 2013年-2014年新余市甲型H3N2出现活跃,共分离出132株.分析12株毒株的HA1基因,与疫苗株A/Perth/16/2009(H3 N2)的核苷酸同源性为97.2％ ～97.5％,氨基酸替换数为14个～17个,涉及B区、E区2个抗原决定簇.与疫苗株A/Victoria/361/2011(H3N2)比较,核苷酸同源性为98.5％ ～ 98.9％,氨基酸替换数为9个～12个,除A/JiangxiYushui/137/2014和A/JiangxiYushui/1142/2014外,均发生了144位A区和158位B区抗原决定簇区的变异.毒株间同源性为99％ ～ 100％.结论 2013年-2014年新余市流行的甲型H3N2流感病毒的抗原性和基因特性发生了改变,近期的2株疫苗株对其的保护效果均较差,有必要更换疫苗株.
关键词： 甲型H3N2流感病毒 血凝素基因 序列分析 -
新余市2013年-2014年B型Yamagata系流感病毒HA1基因特性分析
目的 了解2013年-2014年新余市Yamagata系乙型流感病毒的序列特性和变异特点,分析WHO推荐流感疫苗株对人体的保护情况.方法 选取新余市2013年-2014年通过狗肾传代细胞(MDCK)培养分离到的Yamagata系乙型流感毒株9株,提取病毒RNA,反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)扩增HA1基因片段,对序列进行处理和特性分析.结果 2013年-2014年的乙型流感病毒均为B型Yamagata系.9株流感毒株HA1区与疫苗推荐株B/Wisconsin/01/2010的核苷酸同源性为97.8％～ 99.4％,氨基酸替换数为3个～4个,其中8株均在3个相同的氨基酸位点发生变异;与代表株B/Yamagata/16/1988的核苷酸同源性为94.4％～96.2％.B/JiangxiYushui/1221/2014与疫苗株B/Massa-chusetts/02/2012的核苷酸同源性为99.3％,氨基酸替换数为3个.结论 新余市2013年-2014年B型Yamagata系流感病毒都发生了抗原性变化,WHO推荐的2011年-2012年疫苗对88.89％的B型Yamagata系流感仍有预防效果,当年度的疫苗株能很好地预防另外11.11％流感的流行.
