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异源双链泳动分析法在研究HIV基因变异中的应用
异源双链泳动分析法(heteroduplex mobility assay,HMA)是当前HIV基因分析中较简便的一种方法.它可在较短时间内对大量的HIV样品进行分型和初步的基因分析,了解追踪在不同时间不同地区和不同人群中流行的病毒亚型以及病毒在单个个体内的基因变异水平,为HIV的诊断、预防和治疗提供科学依据.
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Life Technologies生命科学领域的开拓者——访Life Technologies大中华区基因分析事业部总监Dale H.Patterson博士
Life Technologies是一家致力于改善人类生存环境的全球性生物技术公司.Life Technologies推出的业界领先的Applied Biosystems、Ion Torrent,以及Invitrogen、Gibco、Ambion、Molecular Probes 等品牌,其先进产品备受全球生命科学实验室青睐.食品安全领域也是Life Technologies关注的领域之一,从样品制备、快速检测,到鉴定和分型的仪器设备,试剂和软件分析等,Life Technologies可以提供丰富完善的整体解决方案,并得到了全球市场的认可与支持.
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无创性产前诊断研究现状及进展
全世界每年约有500万缺陷儿出生,给家庭和社会带来巨大的精神和经济负担.因此,广泛开展产前筛查与诊断,及早发现严重致残或致死性异常并终止妊娠是防治出生缺陷的重要措施.传统的产前诊断是通过侵入性方法获取胎儿组织,如羊水、绒毛、脐血后提取DNA,对其进行基因分析,获得产前诊断结果,判断胎儿预后.随着新技术的应用,特别是分子生物学技术和医学遗传学的发展,产前诊断技术不断地朝着早期、快速、准确、无创伤的方向发展,使得越来越多的出生缺陷能够在胚胎发育的较早期,安全、准确地诊断出来.
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吉林市结核分枝杆菌基因分型成簇性分析
目的:采用可变数目串联重复序列(VNTR)基因分型技术鉴定吉林市辖区307例痰培养呈结核菌阳性感染者,评价此技术的价值.方法:选取吉林市辖区的307例痰培养阳性的结核菌株严格按照标准操作.首先鉴定样本是否为人型结核分枝杆菌,随后进一步对该菌株进行9位点VNTR基因型的分析鉴定.结果:301株MTB结核杆菌中,北京基因型267株,占MTB的88.7%(267/301),显示吉林地区结核杆菌基因分型以北京基因型为主导.结论:9位点的VNTR分型技术具有很好的分辨率,适用于开展结核分枝杆菌分子流行病学研究.
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两例以抽搐为首发症状的低血糖患儿家系基因型及临床表型分析
目的 认识低血糖所诱发的抽搐发作,并对其基因型及临床表型分析,加深对高胰岛素血症的认识.方法 收集2012年和2014年分别在河南省人民医院儿科神经门诊以抽搐症状就诊的2例患儿,经抗癫痫药物(AEDs)治疗1年余效果不佳,分别进行家系全外显子检测.结果 1例患儿发现ABCC8基因突变,突变位置位于11号染色体,核酸变化:c.4607C>T(exon38),氨基酸改变:p.A1536V,rs745918247,该遗传方式可为常染色体显性遗传,也可为常染色体隐形遗传,患儿父母亲在该位点均为野生型,该基因突变与家族性高胰岛素低血糖1型/胰岛细胞增生症相关联.另1例患儿检测结果为GLUD1基因突变,突变位置位于10号染色体,核酸变化:c.1498G>A(exon12),氨基酸改变:p.A500T,该遗传方式为常染色体显性遗传,父母亲在该位点均为野生型,该基因突变与家族性高胰岛素低血糖6型/胰岛细胞增生症相关联.此2个基因突变位点目前国内外尚未见相关报道,为新发突变.结论 上述2个基因位点突变可能是导致低血糖抽搐的根本原因,也是AEDs控制不佳的好解释.
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168例地中海贫血的基因诊断
地中海贫血(mediterranean anemia,简称"地贫")是我国南方常见、危害严重的遗传性疾病之一.地贫是珠蛋白基因突变导致珠蛋白链合成缺陷所引起的一种遗传性溶血性贫血病,可分为α地贫和β地贫,目前对此病尚无根治方法.地贫基因分析有助于了解该病的分子病理机制,对早期诊断、临床治疗、遗传咨询和婚育指导有重要意义[1].
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北京地区2007-2008年G9型轮状病毒VP4、VP6、NSP4和NSP5基因分析
本研究室在2007-2008年收集的临床标本中再次发现北京地区儿童中有G9型轮状病毒的感染,并已对其进行了VP7基因分析和VP4基因巢式PCR分型~([1,2]).为进一步了解北京G9型轮状病毒的重要蛋白基因的进化,本研究室对2例从社区感染患儿中发现的北京G9型VP4、VP6、NSP4和NSP5基因进行测序及进化分析,结果简报如下.
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基因芯片技术及其在食品检测中的应用
1996年,Schena等[1]首次制出世界上第一块基因芯片,并证实了基因芯片的实用价值和应用潜力;基因芯片一出现即引起科研学术界的广泛关注,并日益成为遗传作图、DNA测序、基因表达、突变检测、基因诊断等基因分析重要的技术平台.
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脂肪酸代谢异常是二甲基亚硝胺诱导的大鼠肝纤维化发病机制之一
目的:二甲基亚硝胺(DMN)诱导的大鼠肝纤维化模型是经典的动物模型,其病理变化与人类肝纤维化发生相类似.普遍观点认为,DMN化学刺激导致肝细胞的损伤,是诱导肝纤维化发生的直接原因,然而其具体的发病机制并不清楚.糖脂代谢异常是脂肪性肝病发生的主要原因之一.糖脂代谢紊乱是否也在DMN诱导肝纤维化模型中占有重要地位,至今尚不清楚.本研究采用全基因芯片技术与生物信息技术相结合方式,研究糖脂代谢异常与DMN诱导肝纤维化之间关系.方法:雄性Wistar大鼠每周前3天连续腹腔注射10 mg·kg-1 DMN,持续4周,正常组大鼠给予等量生理盐水.造模2周末,正常组和模型组各5只大鼠做动态观察;造模4周末,剩余大鼠被全部处死,收集肝脏标本.进行肝组织全基因芯片分析,将结果导入生物信息分析软件IPA进行分析.结果:2周模型组与正常组之间、4周模型组与正常组之间共有55个共同差异基因(logRatio>2).共同差异基因构成的分子网络,主要参与了9条信号通路,它们与炎症、免疫、肝纤维化、脂代谢和血管新生有密切关系.在造模2周(肝纤维化形成期)时,以脂肪酸代谢异常为主要表现;在造模4周(肝硬化形成期)时,以细胞增殖为主要表现.结论:脂肪酸代谢紊乱可能是DMN诱导肝纤维大鼠发病机制之一.
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河南郑州市男男同性恋HIV-1感染者gag区基因亚型分析
为了解河南郑州市男男同性恋人群HIV-1流行株的亚型分布情况,运用反转录及套式PCR方法从40例已经被确认为HIV-1阳性的MSM的全血样本中扩增gag全长基因并进行序列测定,应用BioEdit软件对序列进行校对编辑,利用MEGA3.1软件构件系统进化树,同时使用美国Los Alamos国家实验室HIV核酸序列库和美国NCBI提供的在线分析工具进行比对分析,确定基因亚型.结果成功获得24条gag基因序列,亚型分析结果显示,共存在B、CRF01-AE和CRF07-BC三种亚型,其中B亚型8例(33.33%),CRF01-AE亚型10例(41.67%),CRF07-BC亚型6例(25%).小样本量的流行病学调查显示,河南郑州市同性恋人群中主要存在B,CRF01-AE和CRF07-BC三种亚型,CRF01-AE已成为河南郑州市MSM人群中HIV主要流行亚型,河南地区重组型毒株逐渐占优势,流行情况更加复杂.
关键词: 同性恋 男性 获得性免疫缺陷综合征 基因分析 -
15例儿童型脊肌萎缩症的基因分析
脊肌萎缩症(spinal muscular atrophy,SMA)是一种较常见的常染色体隐性遗传病,由于脊髓前角运动神经细胞退行性变,导致患者进行性骨骼肌无力和肌萎缩.根据发病年龄和病情轻重,临床上将SMA分为4型,Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ型称为儿童型SMA,Ⅳ型为成人型SMA[1].小儿时期起病的SMA是要儿期常见的致死性遗传病.
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河北省2004~2008年乙型流行性感冒病毒监测与血凝素蛋白基因序列分析
目的 了解河北省2004~2008年乙型流行性感冒(流感)病毒抗原性的变异及种系分布.方法 采用狗肾传代细胞分离流感病毒,经血清学鉴定后提取病毒核糖核酸,经逆转录-聚合酶链反应扩增目的 基因后,进行乙型流感病毒的血凝素重链(Heamagglutiningl HA1)基因片段的核苷酸序列测定.结果 2004年10月~2008年3月,共分离到乙型流感病毒131株.其中48株为维多利亚(Victoria)系,83株为山形(Yamagata)系.2004~2005年流行期为Yamagata系毒株,2005~2006年流行期为Victoria系毒株,2006~2008年2个流行期都有Yamagata和Victoria系的毒株出现.HA1基因片段核苷酸序列测定结果显示,两个系列的毒株都有小的变异.但Yamagata系毒株变异更明显.2008年分离到的Yamagata系乙型流感病毒与2005年毒株相比已经有8个氨基酸被替代,同源性只有97.4%~98.0%.结论 2004~2008年Victoria系乙型流感病毒的抗原性未发生明显的变异,但Yamaga-ta系乙型流感病毒的基因发生变异,使抗原性发生漂移,是2007~2008年流行期引起乙型流感爆发的主要因素.
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登革4型病毒Ban18原株及其减毒株的分子特征研究
目的 从分子水平上探讨登革4型病毒Ban18-30减毒株的毒力相关位点和减毒机制.方法 Ban18原株及Ban18-30减毒株在Vero细胞中培养增殖,收集病毒液,经RNA抽提后RT-PCR扩增C、prM、E、NS1和3′、5′端核苷酸片段并测序,比较分析结果,研究两株病毒的分子特征. 结果 RT-PCR成功扩增出目的 片段,对两株病毒部分基因测定序列后进行对比分析,两株病毒间在C111位和E155位各有1个氨基酸残基发生变化,在3′UTR的219位发生核苷酸改变. 结论 从分子水平证明两株病毒确为DEN-4型病毒,某些基因位点的变化与Ban18-30株病毒毒力减弱有关,其中E155位的突变可能关系大.
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c-kit基因分析在胃肠间质瘤病理诊断和靶向药物治疗中的应用
胃肠间质瘤(gastrointestinal stromal tumors,GIST)是消化道常见的间叶性肿瘤.c-kit基因的过表达被视为是诊断GIST非常重要的指标之一.c-kit基因过表达是由于c-kit基因发生获得性功能突变,属于激活型或致瘤性突变,引起c-kit基因蛋白自动磷酸化,进而激活下游信号转导蛋白发生磷酸化,对细胞增殖、凋亡和黏附发挥调节作用.由于c-kit基因表达存在非GIST现象,表达水平与基因突变也存在不一致性,c-kit基因突变异常在CIST病理诊断和靶向药物治疗中的意义,已成为国内外病理学家关注的热点之一.本文就近年有关GIST的c-kit基因分析进展简述如下.
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儿童原发性免疫缺陷病五例临床分析
原发性免疫缺陷病(primary immunodeficiency disease,PID)是一类以单基因遗传为主的免疫缺陷疾病.国外流行病学研究认为,具有临床表现的PID发病率为1/20 000~1/5000活产婴[1].由于PID的临床表型极为复杂,确诊有赖于免疫学筛查和基因分析,故我国目前仅有极少部分PID患儿得到确诊,而早期诊断是提高PID患儿生存率和生活质量的关键.本文就近3年来确诊的5例PID患儿临床资料进行分析总结,以期为基层临床儿科医师提供参考.
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拓扑异构酶基因突变在脲原体对喹诺酮耐药中的作用
脲原体是引起泌尿生殖系感染性疾病的重要病原之一,包括2个生物群,14个血清型,其中血清型1、3、6、14属于生物Ⅰ群,其余10个血清型属于生物Ⅱ群.后来,Femández Molina等[1]对脲原体进行基因分析,又把其分为2个基因群Ureaplasma parvum(微小脲原体,Up)和Ureaplasma urealyticlun(解脲脲原体,Uu),分别与生物á和Ⅱ群完全吻合.
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实时荧光定量聚合酶链反应技术开始用于临床常规基因诊断
聚合酶链反应(PCR)技术问世20年来,已经成为致病基因分析的重要手段.但是,多年来PCR一直很难直接用于临床疾病的常规诊断,其原因主要是PCR常规实验中存在的污染问题难以解决.常规PCR是将样品和实验反应剂加入小试管进行基因扩增,PCR后汲取反应产物行琼脂糖或聚丙烯酰胺电泳,用PCR产物是否出现特异性条带来判断样本中有无疾病中发生变异的基因片段.尽管这种方法简便易行,但很难避免试管中的PCR产物飞散于实验室,污染下一次检测的结果,导致出现假阳性,影响疾病诊断.长期进行PCR的许多实验室都有污染造成试验失败的经验和教训.常规PCR的另一缺陷是PCR产物不易定量.
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低密度脂蛋白受体基因Ava Ⅱ位点多态性与胆石病关系的研究
目的:研究低密度脂蛋白受体基因AvaⅡ位点多态性和胆石病之间的关系.方法:通过病例对照研究设计,采用PCR-RFLP技术对106例胆石病患者和105例对照进行基因分析,并结合血脂成分进行比较.结果:胆石病组和对照组A vaⅡ酶切位点三种基因型构成差异有显著性,A+等位基因频率构成胆石病组为0.396,对照组为0.267,差异显著A+A+基因型者,胆石病组TC水平显著高于对照组、LDL水平高于对照组,接近统计学显著性(P=0.067).结论:提示A+等位基因可能是胆石病发生的易感基因,A+等位基因变异可能影响机体脂质代谢,导致血总胆固醇和低密度脂蛋白胆固醇水平升高,进而影响胆石病的发生.
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自噬及其在急性胰腺炎中的作用
自噬(autophagy)是一种溶酶体参与的、复杂的分解细胞内蛋白和亚细胞结构的过程.通常,细胞处于"饥饿"或其他应激的情况下,通过降解细胞内蛋白和细胞器为细胞的基本代谢提供能量.基因分析发现,调控自噬过程的基因在进化中高度保守,从酵母、果蝇到脊椎动物和人都可以找到参与自噬的同源基因;并且这些基因在胚胎发育和肿瘤发生中发挥作用.形态上,自噬以细胞内形成空泡样结构为特点,将蛋白、亚细胞结构包裹,或直接与溶酶体结合而降解.近来的研究表明,自噬功能的异常与许多疾病的发生与发展有关.
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一个假肥大型肌营养不良症伴心脏扩大家系的遗传学及临床研究
背景假肥大型进行性肌营养不良是由抗肌萎缩蛋白基因突所致的一种X连锁隐性遗传神经肌肉疾病,又称为杜氏或贝克肌营养不良(Duchenne's or Becker's muscular dystrophy; DMD or BMD),是以缓慢进行性加重的对称性肌无力和肌萎缩为特点的遗传性肌肉病变,其中DMD病情严重,预后差;BMD病情进展相对缓慢,可累及心脏.目的 总结假肥大型肌营养不良症伴心脏扩大患者的临床特征并进行基因分析和系统治疗,为临床诊治提供借鉴.方法:对先证者和家系成员进行临床观察、血清酶、肌电图、心电图、心脏彩色超声检查及心脏核磁检查,采用直接测序的方法进行抗肌萎缩蛋白基因突变的检测,尚需对100例无血缘关系的健康人群进行该位点的基因扩增测序,以排除所发现的突变为未知人群多态位点的可能.对确诊患者根据病情进行对症治疗并对其进行随访.结果 先证者符合BMD诊断,基因检测结果提示先证者携带dystrophin基因突变(c.4998_5000Del GCA,p.1667del).家系成员中检测出3例患者携带以上突变,携带者均表现为四肢近端肌肉萎缩、无力,双腓肠肌假性肥大,血清肌酶水平显著增高,心脏受累,先证者接受心脏移植术,恢复良好.结论 本研究通过基因检测为先证者明确诊断,并对家系成员进行基因筛查,心脏移植术是治疗BMD晚期患者的可行有效的方法.