首页 > 文献资料
-
猪源脑心肌炎病毒GXLC株全基因组序列测定与分析
对猪源脑心肌炎病毒(EMCV)GXLC株进行全基因组克隆、测序和分析.采用RT-PCR技术分段扩增基因组可读框(ORF),应用3'-RACE和5'-RACE技术扩增3'-UTR和5'-UTR,分别对扩增片段进行克隆和测序.经拼接后获得GXLC株全基因组序列,共7725个核苷酸.与NCBI GenBank登录的国内外参考毒株进行同源性比较及系统进化分析结果表明,GXLC株与GXIO601、GXO602、BJC3、HB1等国内分离株以及CBNU、K3、K11、BEL2887A、EMCV-R、PV21等国外分离株同源性达99%以上;基于全基因组、结构蛋白及非结构蛋白基因序列绘制的系统进化树拓扑结构图相近,所有EMCV分离株可分成两个群:Ⅰ群和Ⅱ群,Ⅰ群可细分为Ⅰa亚群和Ⅰb亚群,其中猪源EMCV属于Ⅰa或Ⅰb亚群、鼠源EMCV属于Ⅰa亚群、野猪源EMCV属于Ⅱ群,GXLC株与其它中国分离株均属于Ⅰa亚群.
-
山东省脑膜炎和脑炎病例中埃可病毒6型的基因特征分析
为分析山东省脑膜炎和脑炎病例中埃可病毒6型(Echovirus 6,E6)的基因特征,本研究对山东省2007～2012年间采集的脑膜炎和脑炎病例脑脊液标本进行了病毒分离,阳性分离物采用血清学和分子生物学方法鉴定型别,与国内外其他E6进行同源性分析,并构建VP1完整编码区系统进化树.本研究共分离到6株E6病毒,同源性分析显示:这6株分离株之间核苷酸和氨基酸同源性分别为78.6％～99.8％和95.5％～100.0％,与原型株(D'Amori)核苷酸和氨基酸同源性分别为为76.9％～78.4％和92.3％～95.1％.系统进化树分析显示:山东省E6分离株可分为A、B、C和D4个基因簇,这6株分离株属于A、B、D3个簇.山东省E6分离株之间存在较大的遗传差异,E6在山东的循环存在不同的传播链.
-
2005～2008年深圳地区肠道病毒71型基因特征研究
对2005～2008年深圳地区肠道病毒71型进行基因特征研究.用肠道病毒71型特异性引物进行RT-PCR,并扩增EV71的VP1基因,所得的核苷酸序列与肠道病毒71型A、B、C基因型代表株的核苷酸序列比较,并且用DNASTAR、.BioEdit和Mega 3.1软件进行系统进化分析.结果表明17株病毒与C4a亚群代表株接近,VP1区核苷酸同源性在95.3%～99.4%之间,1株病毒与C4b亚群代表株较接近,核苷酸同源性在93.0%～95.6%之间;18株病毒与A、B基因型代表株比较差异较大,VP1区核苷酸同源性为81.8%～86.0%,18株病毒之间的VP1核苷酸同源性为92.5%～100%.深圳地区EV71的流行株均属于C4基因型,但以C4a亚群为主,还存在CAb亚群.
关键词： 肠道病毒71型 C4a/C4 b亚群 系统进化分析 -
XJ-160病毒为辛德毕斯病毒新亚型
XJ-160病毒是我国首次分离的辛德毕斯病毒,在对其全基因组核苷酸序列测定的基础上,对病毒基因组序列、病毒同源性和病毒系统进化等进行了较为详细的分析,结果表明:XJ-160病毒具有典型的甲病毒属辛德毕斯病毒的序列特征.该病毒nsp3蛋白基因中有11处缺失及两处插入(4517～5485),涉及90个核苷酸.核苷酸序列的系统进化分析表明,XJ-160病毒属于辛德毕斯病毒欧洲/非洲亚组.病毒全基因组核苷酸序列进化分析显示,XJ-160病毒是一株新的甲病毒或辛德毕斯病毒的新亚型.
-
2010～2012年华中地区猪流行性腹泻病毒分子特征和遗传进化分析
2010年底开始,猪流行性腹泻(Porcine epidemic diarrhea,PED)在中国境内出现严重暴发.为探讨该病突然再次暴发的原因,对2010年10月至2012年6月于华中地区11个地市收集的12株猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)S、M和ORF3基因进行RT-PCR扩增、克隆及测序,并对其序列变化、遗传进化关系、抗原位点、糖基化位点和多肽极性进行分析.结果显示,12株PEDV流行毒株S、M和ORF3基因部分核苷酸及氨基酸的改变使其关键序列明显不同于以往毒株,其中有11株流行毒株的S基因比现用疫苗毒株CV777多9个核苷酸,而且在其S1区N'端存在大量的氨基酸突变.遗传进化分析显示,12株PEDV华中地区毒株与2007～2009年韩国毒株、2007～2008年泰国毒株、2009～2010年越南毒株、2011年日本毒株及2010～2012年中国其它地区流行毒株亲缘关系均较密切,而与欧洲株(CV 777、Br1/87)、中国现用疫苗株(CV777)及2003～2007年中国分离株(LJB/03、JS-2004-2、DX、QH、LZC)亲缘关系均较远.与现用疫苗株(CV777)相比,流行毒株S蛋白的抗原位点、糖基化位点和跨膜螺旋均有明显改变,提示PEDV在近年呈现快速变异和进化的趋势,因而可能需要选择更有效的疫苗株来控制PEDV的暴发.
-
深圳地区2001～2004年肠道病毒71型部分VP1区基因分析
肠道病毒71型(Enterovirus type 71,EV71)自1974年Schmidt第[1]人首次报道从美国加利福尼亚暴发的表现为中枢神经系统症状的患者标本中分离到后,世界上许多国家相继报道了EV71在不同地区的流行.
-
云南省登革3型病毒全基因组序列特征研究
为阐明云南省2013年和2016年登革3型病毒(DENV-3)流行株的全基因组分子进化特征及流行病学特点.采用C6/36细胞培养法从登革热患者血清中分离病毒,用RT-PCR法扩增新分离DENV-3的全基因组序列,采用ClastalX1.83和MEGA6等生物信息学软件进行核苷酸和氨基酸同源性及系统进化分析.结果从云南省本地登革热患者血清中分离到10株DENV-3,其中西双版纳州2013年5株(简称版纳分离株),德宏州瑞丽市2016年5株(简称瑞丽分离株).经RT-PCR和序列测定,获得这10株DENV-3的全基因组序列(10 707 nt),其开放读码框(95～10 265)编码3 389个氨基酸.基于全基因组或各种结构蛋白和非结构蛋白基因的系统进化分析表明,版纳分离株均为基因Ⅱ型(genotype-Ⅱ),瑞丽分离株均为基因Ⅰ型(genotype-Ⅰ),并各自高度聚集为同一进化群并与东南亚流行株具有较近亲缘关系.版纳分离株间和瑞丽分离株间的全基因组核苷酸(氨基酸)同源性分别为99.75％～99.91％(99.40％～99.91％)和99.21％～99.68％(98.78％～99.57％),并与DENV-3原型株(H87)的核苷酸(氨基酸)同源性分别为94.21％～94.34％(97.88％～98.14％)和93.81％～93.98％ (97.12％～97.67％).与H87株比较,本次云南分离株结构蛋白和非结构蛋白分别存在26和63个氨基酸位点的改变.本研究证实,云南省西双版纳州2013年流行的DENV-3为基因Ⅱ型,瑞丽市2016年流行的DENV 3为基因Ⅰ型,它们的传播来源分别为老挝和缅甸北部边境地区.本次云南DENV-3分离株与H87株间存在明显差异,但决定病毒抗原性和毒力的关键位点未见明显变化.
关键词： 登革3型病毒(DENV-3) 全基因组 系统进化分析 同源性分析 氨基酸位点分析 -
福建一例HAstV-5型星状病毒的全基因组测序与重组分析
为了探究一例福建省检出的HAstV-5型星状病毒2013/Fuzhou/85毒株基因组分子结构特点,本研究采用PCR分段扩增、测序、拼接的方法,获得2013/Fuzhou/85毒株基因组序列全长6 803bp:5'端和3'端均有85bp非编码区;中间3个开放阅读框:ORF1a长2 802bp(86～2 887nt),编码非结构蛋白丝氨酸蛋白酶;ORF1b长1 548bp(2 827～4 374nt),编码非结构蛋白RNA聚合酶;ORF2长2 352bp(4 367～6 718nt),编码结构蛋白衣壳蛋白前体.目前,GenBank中仅有两株HAstV-5型星状病毒全基因组序列:中国辽宁毒株(JQ403108)和巴西哥亚尼亚毒株(DQ028633),2013/Fuzhou/85毒株和中国辽宁毒株核苷酸相似度高,达94.4％.对该HAstV-5型星状病毒3个开放阅读框分别构建系统进化树,发现ORF1a与HAstV-1 (JF327666)相似度高,ORF1b和ORF2与HAstV-5 (JQ403108)相似度高,提示其有可能存在重组,用Simplot软件进行重组分析,重组位点位于2 741bp,在ORF1a和ORF1b重叠区的上游.本研究中对2013/Fuzhou/85毒株的全基因组测序和重组分析,可以为星状病毒的重组和遗传进化规律研究提供参考.
关键词： 星状病毒(AstV) 全基因组 系统进化分析 重组 -
2014～2017年环鄱阳湖地区H3亚型禽流感病毒流行情况和系统进化分析
为研究环鄱阳湖地区禽流感病毒(AIVs)的流行情况,本研究于2014～2017年在环鄱阳湖地区家禽相关环境中开展AIVs监测,通过病毒分离和二代测序共获得211株H3亚型AIVs,占所有流感毒株的11.9％.其中包括97株H3N2(46.0％),22株H3N8(10.4％),11株H3N6(5.2％),5株H3N3(2.4％),2株H3N1(0.9％)以及74株H3与其他亚型的混合毒株(35.1％).病毒来源以活禽市场为主(94.3％).2017年5月,在环鄱阳湖地区首次分离到H3N1亚型禽流感病毒,也是2003年以后再次在中国分离到该亚型AIVs.对病毒HA和NA基因进化分析显示环鄱阳湖地区有多个分支的H3亚型AIVs共同流行,除16株H3N8的NA基因聚集在北美谱系,其他的病毒均属于欧亚谱系.HA裂解位点氨基酸序列提示病毒属于低致病性禽流感病毒(LPAIVs),但是PB1片段编码全长的PB1-F2蛋白,并且有10株病毒发生N66S突变,提示病毒对哺乳动物宿主致病性增加.另外,两株病毒M2蛋白S31N突变,提示病毒对金刚烷胺类药物产生耐药性.本研究为H3亚型禽流感病毒的风险评估提供了科学依据,需要持续加强监测,为各亚型禽流感病毒的预测预警和风险评估提供依据.
-
中国首次检出的H12N2亚型禽流感病毒的基因组特征和系统进化分析
本实验室自2011年开始在鄱阳湖周边地区开展家禽养殖户和活禽市场环境中的禽流感病毒监测,在2011～2016年的监测过程中,通过病毒分离和深度测序,发现了一株H12N2亚型禽流感病毒,这是在中国首次检出该亚型病毒.该标本来自一份鸭粪便标本,采集自江西省余干县的一个家禽养殖场.病毒的8个片段分别与来自鸭或者野禽中的病毒为接近.对病毒的全基因组系统进化分析表明,该病毒属于欧亚谱系.HA蛋白裂解位点序列为PQAQDR/GLF,属于低致病性禽流感病毒,受体结合位点分析表明病毒对α-2,3唾液酸受体亲和力较好.病毒NA的茎部没有氨基酸的缺失,但是PB1蛋白的L13P和L473V可以增强病毒聚合酶在哺乳动物中复制的能力和病毒对于哺乳动物的毒性.M1蛋白N30D突变和T215A突变提示会增加流感病毒对于哺乳动物的致病性.本次从家禽养殖场环境中检出野鸟相关的禽流感病毒进一步说明了在该地区进行禽流感病毒监测的重要性,以及在家禽-野鸟界面加强生物安全措施的必要性,需要持续进行监测,为禽流感病毒的暴发提供预警,为人感染禽流感病毒提供风险评估的依据.
-
云南省瑞丽市2016年登革病毒包膜蛋白基因进化特征分析
为阐明云南省德宏州瑞丽市2016年登革病毒(Dengue virus,DENV)流行株包膜蛋白(Envelope protein,E)基因进化特征及其血清型、基因型和流行病学特点.采集登革热患者急性期血清标本,用RT-PCR法检测DENV核酸,用C6/36细胞培养法分离病毒,并进行DENV C/PrM和E基因核苷酸序列测定,用MEGA6.0软件邻接法(Neighbor-Joining)进行E基因系统进化分析.结果从瑞丽市2016年登革热患者血清中分离到25株DENV(本地感染病例15株和缅甸输入性病例10株),并获得这25株病毒的E基因核苷酸序列,系统进化分析表明,14株为DENV血清型1型(DENV-1)的基因Ⅰ型,2株为DENV-2亚洲基因Ⅰ型,5株为DENV 3基因1型,4株为DENV 4基因Ⅰ型.这些新分离株与2013～2015年瑞丽市(11 DENV-1、4 DENV-2和2 DENV-4)和临沧市(2 DENV-1)相同血清型DENV代表株的基因型和进化群相一致,而与西双版纳州2013年DENV-3基因Ⅱ型和2015年DENV-2全球基因型不同.所有瑞丽市DENV流行株均与缅甸等东南亚国家流行株具有较近的亲缘关系.这4种血清型DENV广泛分布于中缅两侧边境地区.本研究证实,2016年我国瑞丽市存在着4种血清型DENV的流行,其中DENV-1、DENV-2和DENV-4与2013～2015年瑞丽市同血清型流行株的基因型及其进化群相同,DENV-3为2016年首次出现本地流行.所有血清型病毒的传播来源均为缅甸北部边境地区,应加强中缅两侧边境地区登革热联防联控工作.
关键词： 登革病毒(DENV) 包膜蛋白 基因 系统进化分析 -
基因10型Ⅰ类新城疫病毒的生物学与基因组学特征
2013年在新城疫病毒(NDV)的流行病学调查中,从白鹭泄殖腔棉拭子分离到1株Ⅰ类新城疫病毒,命名为SD18/13.为了进一步了解该毒株的生物学特性与基因组学特性,进行了全基因测序、交叉血凝中和试验及动物实验.结果发现分离株SD18/13基因组全长为15 198bp,F蛋白裂解位点的氨基酸组成为112-ER-QER/L-117,具有典型的低致病性新城疫病毒的分子特征.F基因的系统进化显示该毒株与法国分离株teal/France/100011/2010同源性高,属于基因10型Ⅰ类新城疫病毒.交叉HI试验结果显示该毒株与疫苗株Lasota的抗原同源性为61％,与基因3型Ⅰ类新城疫病毒的抗原同源性为77％～86％.致病性实验发现,该病毒可以在SPF鸡体内较好地复制,在肝脏、腺胃、肠道、脾脏等器官均检出病毒,攻毒后48h各器官的病毒含量达到高峰,以肠道的病毒载量高,但致病性较弱,在14d观察期内攻毒鸡无明显的临床症状;病理组织学检查发现脾脏淋巴细胞轻微坏死,肾脏充血淤血,肠道粘膜上皮细胞脱落,固有层淋巴细胞浸润增生,气管粘膜固有层轻微出血.SD18/13是我国首次检出的基因10型Ⅰ类新城疫病毒,关于其来源和分布有待于进一步监测和研究.
关键词： 新城疫病毒(NDV) 全基因组序列 系统进化分析 Ⅰ类 -
两株西藏CV-B3的全基因组特征及溯源分析
肠道病毒是一种常见的引起婴幼儿急性传染病的病毒,它引起的疾病包括急性弛缓性麻痹、手足口病、无菌性脑膜炎和心肌炎等,甚至死亡.柯萨奇病毒B组3型(CV-B3)是引起急性心肌炎常见的病原体之一,并且也经常引起无菌性脑膜炎的暴发.本研究对在西藏自治区分离的两株CV-B3进行全基因组序列测定和分析,结果表明与原型株相比,核苷酸相似性仅为80.6％.通过系统进化分析,中国大陆流行的CV-B3可以分为三个传播链(lineage1～3),从20世纪lineage1便开始在中国传播,现在倾向于消失,目前lineage2和lineage3替代lineage1成为主要的传播链,现在在中国大陆地区传播.本研究的两株CV-B3也被发现可能与江苏省的一株CV-B5(2009-148-4株)在P3编码区发生了重组,且大似然进化树的拓扑结构的改变也印证这一重组事件的可能性.频繁的重组活动为肠道病毒的进化提供了原始的基因材料,这也成为肠道病毒频繁暴发的原因之一.本研究分析了西藏两株CV-B3的全基因组序列特征,阐明了CV-B3在中国大陆的传播模式,为CV-B3的防控工作提供了基础资料.
关键词： 柯萨奇病毒B组3型(CV-B3) 系统进化分析 重组 溯源分析 -
甲型流感病毒H5N1的系统进化分析简评
编者按:美国加州大学Robert G.Wallace,Richard H.Lathrop和Walter M.Fitch等人在2007年3月7日电子版(13日正式出版)的PNAS上发表文章,题目是:甲型流感病毒H5N1的系统进化地理学统计分析学(A statistical phylogeography of influenza A H5N1).
-
云南省新分离蚊浓核病毒的分子特征研究
对云南省新分离的14株浓核病毒进行基因序列测定和分析,以了解浓核病毒基因组结构及特性.用浓核病毒基因组扩增引物(DNV3F,DNV3R),RT-PCR扩增片段,PCR产物直接测序,拼接后获得基因序列.通过Clustal X(1.8)、DNAStar、GeneDoc (3.2) 等生物学软件进行核苷酸序列及氨基酸序列分析和病毒的系统进化分析.结果表明,2007年7～8月,在云南省西部中缅边境地区采获蚊虫4属29种54 673只,分离到14株浓核病毒,其中来自三带喙库蚊Culex tritaeniorhynchus 10株,中华按蚊Anopheles sinensis、伪杂鳞库蚊Culex pseudovishnui、环带库蚊Culex annulus和致倦库蚊Culex pipiens quinquefasciatus各1株.新分离株与我国其他省市的分离株核苷酸同源性很高,在99.9%～100%之间;氨基酸同源性在99.7%～100%之间.基于NS1和NS2基因进行进化分析显示,云南新分离的14株浓核病毒与以往中国分离株进化关系接近.
-
三种库蚊核糖体DNA第二内转录间隔区(ITS2)序列测定与系统进化分析
对广东省野外采集的库蚊属中2个亚属中的3种库蚊,褐尾库蚊Culex fuscanus(Lutzia、路蚊亚属)、二带喙库蚊Cx.bitaeniorhynchus和致倦库蚊Cx.pipiens quinquefasciatus(Culex、库蚊亚属)进行核糖体DNA第二内转录间隔区(ITS2)序列测定,并与GenBank中已知库蚊属中路蚊亚属、库蚊亚属、新库蚊亚属和黑蚊亚属的11种和伊蚊属1种蚊虫的ITS2进行序列分析.结果表明:褐尾库蚊与同亚属的非洲蚊种(Culex tigripes)亲缘关系近,基因同源性为65.27%;库蚊亚属的二带喙库蚊与伪杂鳞库蚊基因同源性为75.87%;致倦库蚊与尖音库蚊复合组内淡色库蚊的基因同源性97.13%.在所选库蚊中,黑蚊亚属与伊蚊接近,其次是新库蚊亚属和路蚊亚属的蚊虫.在库蚊属4个亚属中,路蚊亚属与库蚊亚属有更近的亲缘关系,这也印证了库蚊亚属某些幼虫与路蚊亚属幼虫具有相似习性的遗传基础.系统进化关系分析结果与经典分类学分类系统接近一致,但库蚊亚属的进化可能更具多样性.
-
云南省西南边境登革2型病毒全基因组序列特征研究
为阐明云南省西南边境地区登革2型病毒(DENV-2)流行株的全基因组序列特征及流行病学特点,采用C6/36 细胞培养法分离病毒,用RT-PCR法扩增新分离DENV-2的全基因组序列,采用ClastalX1.83和MEGA6等生物信息学软件进行核苷酸同源性及系统进化分析.结果从登革热患者血清中分离到10株DENV-2,其中德宏州瑞丽市6株(2013年3株和2015年3株),西双版纳州景洪市2015年4株.经RT-PCR和序列测定,获得这10株DENV-2的全基因组序列.基于结构蛋白和非结构蛋白基因的系统进化和同源性分析表明,这10株病毒中5株为亚洲基因Ⅰ型(Asian Ⅰ Genotype,AG-Ⅰ),5株为全球基因型(Cosmopolitan genotype,CG).其中2013和2015年瑞丽流行株均为AG-Ⅰ,景洪市2015年流行株均属CG,它们均与东南亚相同基因型流行株具有较高的同源性和较近的亲缘关系.云南株与DENV-2原型株(New Guinea-C)的E和NS5基因核苷酸同源性分别为93.38%~93.77%和92.80%~94.74%.所有云南株和东南亚参考株与New Guinea-C株在结构蛋白或非结构蛋白的氨基酸位点均存在一定程度的改变.本研究证实,云南省西南边境地区存在DENV-2两种基因型流行,瑞丽和景洪流行株分别为AG-Ⅰ和CG,但它们的输入来源均为相邻东南亚国家.云南株与DENV-2原型株New Guinea-C株间存在明显差异,但决定病毒抗原、致病性和毒力的关键位点未发现明显变化.
-
云南省蚊媒病毒分离物的初步鉴定
本研究对前期从云南蚊虫获得的病毒分离物作进一步鉴定，以明确其分类地位。采用甲病毒通用引物进行RT－PCR检测，在5株病毒分离物扩增出目的基因片段。新分离株4株来自三带喙库蚊，1株来自中华按蚊。它们可使白蚊伊蚊细胞（C6／36）、猴肾细胞（Vero）及金黄地鼠肾细胞（BHK－21）发生规律性细胞病变。核苷酸序列分析显示5株病毒与盖塔病毒（ Getah virus， GETV）同源性高，与GETV中国云南YN0540株、河北株 HB0234、海南株 M1及南韩株、 LEIV MPR 株、鹭山病毒的同源性为96．4％～99．2％，5株病毒之间的同源性为98．4％～100％。系统进化分析结果显示，新分离株与上述GETV处于同一进化分支。以上结果证实5株病毒分离物为盖塔病毒。
-
2014-2016年天津市致病毒性脑炎人类肠道病毒基因特征分析
目的 了解天津市引起病毒性脑炎的人类肠道病毒(HEV)构成及其基因特征. 方法 收集2014-2016年天津市病毒性脑炎患者脑脊液和血清标本,通过细胞培养法分离病毒,采用RT-PCR分段扩增HEV VP1区全长序列并测序,进行同源性分析和基于VP1完整编码区的系统进化分析. 结果 从82份HEV阳性标本中分离到13株HEV-B病毒,分离率15.85％,其中8株CV-B5型,2株E-6型,CV-B3型、E-18型、E-30型各1株.系统进化分析,天津市8株CV-B5与国内流行株C基因型亲缘关系较近,且分为两个不同的分支;HEV-B其它血清型均与国内流行株亲缘关系较近. 结论 天津市致病毒性脑炎HEV病原谱呈多样性特点,其中CV-B5为优势病原体,属于C基因型,且可能存在两条不同的传播链.
关键词： 病毒性脑炎 人类肠道病毒(HEV) 病毒分离 VP1基因 系统进化分析 -
2013-2017年天津市柯萨奇病毒A6型分离株基因特征分析
目的 分析天津市引起手足口病(hand,foot,and mouth disease,HFMD)的柯萨奇病毒A6型(Coxsackievirus A6,CV-A6) VP1区基因特征. 方法 收集2013-2017年分离自天津市HFMD患者的CV-A6毒株,采用RT-PCR扩增VP1区基因全长序列并测序,使用DNAStar 5.01软件进行同源性分析,使用MEGA 5.05软件进行基于VP1完整编码区的系统进化分析. 结果 38株CV-A6分离株之间的核苷酸及氨基酸同源性分别为87.4％～100.0％和93.3％～100.0％;系统进化分析显示,38株CV-A6均为D基因型,其中2013年2株为D2基因亚型,其余36株均为D3基因亚型.D3亚型又可分为D3a和D3b 2个进化分支,其中32株属于D3a分支,4株属于D3b分支. 结论 2013-2017年天津市致手足口病CV-A6流行株主要为D2和D3基因亚型,D3基因亚型又包括D3a和D3b两个进化分支,并以D3a进化分支为主,且呈隔年高发态势.
