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2016年杭州地区肠道病毒71型VP1基因序列测定及进化分析
目的 通过测定和分析肠道病毒71型毒株VP1区序列,掌握了EV71的流行情况及种系进化关系,为手足口病毒所致疾病的预防和治疗提供支持和依据.方法 利用RT-PCR的方法扩增EV71病毒VP1区核苷酸序列,测序后利用DNASTAR和Primer Premier 5.0进行序列比对分析,并用Mega 3.1软件建立检测样本VP1区序列与GenBank上EV71基因型参考毒株基因序列的系统发育树.结果 随机选取的21株EV71分离株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为95.6％～100％和99.2％ ～ 100％;通过系统进化树分析显示,21株EV71均属于C4a基因亚型.结论 2016年杭州地区EV71毒株的基因亚型与当前国内外某些地区的分型结果一致,故它们有望成为疫苗候选株并作进一步研究.
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黄梅县手足口病临床分离株的基因型分析
目的:了解手足口病暴发高峰时段临床患者的咽拭子标本中分离出的人肠道病毒71型(EV71)和柯萨奇病毒A16型(CA16)的基因型,为手足口病的防治提供依据.方法:将手足口病高峰时期收集的咽拭子标本109份进行病毒分离鉴定,对分离到的4株EV71型病毒株的227 bp VP3-VP1基因序列和3株CA16株的736 bp VP1-2A基因序列进行基因测序,并进行系统进化分析.结果:检测到的4株EV71分离毒株均属C4a亚群,3株CA16分离毒株均属于B1b亚群.结论:2013年黄梅县手足口病暴发高峰时段的EV71流行株为C4a亚群,CA16流行株为B1b亚群.
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中国湖北地区汉坦病毒M片断基因变异的研究
目的:了解中国湖北地区汉坦病毒的遗传学特征.方法:采集2000～2001年肾综合征出血热(HFRS)患者的血液标本,通过逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增汉坦病毒M片断基因.22例IgM阳性患者中,从 5例患者的血凝块中扩增得到特异性PCR产物.结果:对550bp和403bp扩增产物进行的系统进化分析揭示汉坦病毒至少存在3个不同分支.W613株和W1141株与原型株HTN76-118,CUMC-B11(韩国),cl-l和cl-2(日本)同一分支;W1219株和H8205同一分支;另外两株与A9和HV114同一分支.结论:首次发现湖北地区人类汉坦病毒株与韩国和日本的HTN型具有高度序列同源性.
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2014年广州市4株1型登革病毒的分子流行病学分析
目的 探讨2014年广州4株1型登革病毒分离株基因型及来源.方法 4株2014年广州市1型登革病毒分离株提取RNA,逆转录PCR扩增包膜蛋白基因并测序,对其进行系统进化分析,结合流行病学资料进行生物信息学分析.结果 4株2014年1型登革病毒分离株分别来自不同的基因亚型,即基因Ⅰ型(1株)和基因V型(3株),同广州或广东其他地区2013年分离株高度相似,初由东南亚或印度输入我国.结论 广州市2014年1型登革病毒为由商贸旅游由外地输入到广东地区,并已逐渐本地化,须进一步从蚊媒中证实.
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2012～2013年广州市人感染恙虫病东方体基因型分析
目的 了解广州市人感染恙虫病东方体基因型的分布及特点.方法 收集2012～2013年广州市恙虫病临床诊断病人全血,测定型特异性抗原基因部分序列,并进行基因序列同源性及系统进化分析.结果 133份标本中检测到40份阳性,其中Karp型21株,Kato型10株,Gilliam型5株,TA763型3株,未知型别1株.同源性分析显示其传播来源可能与台湾、日本、泰国等有关.结论 广州市恙虫病东方体流行型别具多样性,来源复杂,开展更多分子流行病学研究将有助于其防控.
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2014年深圳市登革热流行特征分析
目的 了解深圳市2014年登革热的流行特征,为今后登革热的防控提供科学指导.方法 对深圳市2014年登革热疫情资料进行统计学分析,并用C6/36细胞分离培养出登革病毒,荧光定量PCR进行检测和分型分析,对感染者用酶联免疫吸附实验检测IgM和IgG抗体,扩增E基因序列并测序,做系统进化分析.结果 2014年登革热核酸检测阳性者共332人,其中登革热特异性IgM阳性者162人,IgG阳性者54人;能明确血清型的270份,四个血清型的比例分别为DENV1 87.41％(236/270),DENV2 8.89％(24/270),DENV3 0.37％ (1/270),DENV4 2.22％(6/270);发病的地区分布较为分散,10个区除大鹏新区外9个区均有病例发生,西北部地区较多,发病高峰主要在10月;病例男女性别比为1.496:1,20～39岁年龄组病人多;对DENV1的系统发育分析显示,在深圳市传播的主要是两种基因型(基因型Ⅰ和基因型Ⅴ),其E基因的进化分析表明主要流行株与东南亚地区比较接近.结论 2014年深圳市总共报告452例登革热病例,达到历年高峰,主要是DENV1流行,推测主要流行株由东南亚国家输入并引起本地流行.
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2009年肠道病毒71型广州分离株的全基因组序列分析
目的 分析2009年肠道病毒71型广州分离株GZHY09的全基因组序列,并与GenBank中的序列进行分析比对.方法 从GenBank上选不同地区的EV71全基因组序列,设计相互重叠的覆盖病毒整个基因组序列的12对引物,采用RT.PCR扩增出12个基因片段,通过测序获得全基因组序列,并参考国内外各EV71基因型的分离毒株,用MEGA4软件进行进化树分析,用DNAStar软件中的MegAlign进行同源性分析.结果 12个重叠基因片段序列拼接获得EV71全基因组序列,共7404个核苷酸,同源性分析结果表明在VP1区,GZHY09株与中国大陆的Anhui08、Zhejiang08、Shenzhen08的核苷酸序列同源性比较高,其中以Anhui08高(97.7%).结论 GZHY09属EV71病毒的C4亚型.与近年我国大陆地区流行的EV71株在进化上属于同一基闪型,与Anhui08、Zhejiang08、Shenzhen08具有高度的同源性.
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2014年广东省登革热大流行的病原体来源及分子进化特点
【目的】分离培养与鉴定2014年广东省登革热暴发流行的病原体，从分子进化方向分析其来源和遗传进化特点，为登革热的监测和防控提供科学依据。【方法】在2014年登革热暴发流行期间，采集广东省不同地区登革热患者的血清标本，从中分离培养登革病毒并进行型别鉴定。采用RT-PCR和测序技术获取病毒的E基因和全基因组序列，并对其进行系统进化分析、贝叶斯进化分析和遗传变异分析。【结果】分离培养与鉴定了40株登革病毒1型（DENV-1）病毒，获得了这40株分离株的完整E基因序列和其中6株分离株的全基因组序列。E基因进化分析结果显示，40株分离株中有16株为基因Ⅰ型，24株为基因Ⅴ型。16株基因Ⅰ型毒株中有14株与2013年广州市和2013年新加坡流行的毒株高度同源，核苷酸相似度为99.6%~99.9%，另2株基因Ⅰ型毒株则与2013年马来西亚流行的毒株亲缘关系近，核苷酸相似度为99.7%。24株基因Ⅴ型毒株均与2009年孟加拉、广州市和2013年不丹流行的毒株同源性高，核苷酸相似度为99.0%~99.9%。对6株病毒全基因组进化分析结果显示，其中5株病毒与2013年广州市和中山市流行的毒株高度同源，核苷酸相似度为99.6%~99.8%，另一株病毒则与2002年的缅甸流行株亲缘关系近，核苷酸相似度为98.8%。对E基因的遗传变异分析结果显示，与2013年广东省的流行代表株比较，2014年广东省分离株有5个氨基酸位点发生了变异，其中3个（S88V，E203G，T275R）位于EⅡ区的毒力位点区域，1个（S305P）位于EⅢ区的毒力位点区域。【结论】2014年广东省登革热的病原体主要为DENV-1，且至少有2种基因型同时在流行；其可能来源于2013年广东省流行的毒株，也可能来源于新加坡、马来西亚、缅甸等东南亚国家的毒株，其中2013年广东省流行的毒株可能是重要来源之一，提示须加强对本地毒株及传播媒介的监测和研究，以便了解登革热是否在广东省本地化的问题；在流行过程中，病毒有些氨基酸位点已发生变异，其中有4个变异位点位于登革病毒的毒力位点区域，提示有必要对这些变异的生物学意义开展进一步研究。
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B型流感病毒广州株的分离及血凝素基因进化分析
目的 了解B型流感病毒广州分离株的分子流行病学背景和中国大陆地区该病毒的流行情况.方法 从疑似流感患儿身上取样,经荧光定量RT-PCR检测证实为B型流感病毒;应用RT-PCR方法扩增出该株病毒的HA片段,将该片段克隆到T克隆载体测序后进行序列分析;从Genbank中提取中国内地不同时间的HA基因序列和国际代表株序列,应用系统发育分析软件建立HA基因的系统发育树并进行进化分析.结果 软件分析表明广州株HA片段长1 882 bp,编码584个氨基酸,新分离的B型流感病毒广州株在分类上属于Yamagata系;从20世纪80年代末期开始,中国内地流行的B型流感病毒分别属于Victoria系或者Yamagata系,20世纪90年代和21世纪初同时存在Victoria系和Yamagata系的流行.结论 广州地区2007年存在B型流感病毒Yamagata系的流行,中国大陆地区20世纪90年代和21世纪初Victoria系和Yamagata系B型流感病毒的流行比例相当,时间规律不明显.
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分子流行病学能否帮助将HIV的传播扼杀在萌芽状态
本文介绍了当前全球艾滋病现状和终止艾滋病流行的目标、存在的挑战和所做的努力;并综述了国内外分子流行病学在预防和控制艾滋病流行方面的研究进展;着重按照大规模疫情地区、小规模疫情地区和广泛流行地区分别陈述了分子流行病学在艾滋病疫情评估中的作用.本文列举的大量近的参考文献将有助于读者进一步理解分子流行病学在遏制艾滋病流行中所发挥的作用.
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武汉地区戊型肝炎病毒开放读码框3的基因序列分析
目的 对武汉地区戊型肝炎病毒(HEV)开放读码框(ORF)3基因序列进行分析,并确定病毒基因型. 方法 收集103份抗-HEV IgM阳性血清,采用逆转录-巢式聚合酶链反应扩增HEV RNA两个基因片段(5020 ～ 5392nt和5347 ～ 5956 nt,EF570133)；对PCR产物进行测序,并用ContigExpress将测序结果拼接(含有ORF3基因),对ORF3基因序列进行分析.结果 103份抗-HEV IgM阳性血清中HEV RNA两个基因片段均扩增出来的样本为18份,18株HEV ORF3基因全长均为345 bp,编码114个氨基酸.各毒株间的核苷酸同源性为92.5％ ～ 99.4％,与基因Ⅰ型、Ⅱ型、Ⅲ型、Ⅳ型HEV的核苷酸同源性分别为83.5％ ～ 86.7％、83.2％ ～ 85.2％、84.6％ ～ 87.2％、92.0％ ～ 96.5％;系统进化分析表明该18株HEV均为基因Ⅳ型. 结论 武汉地区HEV主要为基因Ⅳ型,ORF3基因序列可用于同源进化分析.
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2007-2008年北京地区CAl6VPl区系统进化分析
目的 了解2007-2008年北京地区柯萨奇病毒A组16型(Coxsaekievirus A16,CA16)流行情况及其种系进化规律和基因分型.方法 收集北京地区2007-2008年133例手足13病病例临床标本,从中筛选CAl6毒株,扩增部分毒株VP1区并进行序列测定和分析.结果 共筛选得到39例45份CA16阳性标本,测定其中16株病毒的VP1区核苷酸序列.其同源性为91.43%～98.65%,氨基酸ILd源性为97.98%～100%.该16株病毒与GenBank中选取的24株CA16参考株的核苷酸同源性为78.13%～98.65%,氨基酸同源性为89.9%～100%.16株北京分离株中的9株与近年多数中国大陆分离株形成进化树上亲缘关系较近的一群,其余7株与我国台湾及周边国家的一系列分离株亲缘关系较近.结论 CA16为北京地区手足口病的主要致病原之一,本地区毒株同源性较高,同GenBank中24株CA16参比毒株序列进行系统进化分析显示其属于B基因群,16株北京分离株在系统进化树七有分别归属于两支的趋势.
关键词： 柯萨奇病毒A组16型 手足口病 系统进化分析 -
河南省2010年肠道病毒71型VP1基因特征分析
目的 对河南省2010年手足口病监测标本进行病原分离及VP1基因测序,了解分离病毒的基因特征及分子流行病学特点.方法 将2010年收集的手足口病患者粪便标本和肛拭子标本840份进行病毒分离鉴定并对34株病毒分离株测定肠道病毒71型VP1全序,利用生物信息学软件对序列分析,构建序列系统进化树.结果 测序获得34株来自河南省11个地市的VP1全长序列,分离株间的VP1区核苷酸相似性为96.3％～100％,系统进化分析显示属于C4基因型的C4a亚群,所有分离株均处于同一进化分支,轻重症间无明显差别.在2003～2009年的河南省和其他7省亦发现有C4a亚群存在.结论 2010年河南EV71分离株为C4基因型的C4a亚群,河南省2008年以来的分离株与2004年以来的中国大陆优势株流行趋势完全一致.
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镇江地区儿童群体博卡病毒感染情况及基因组遗传特征
目的 了解镇江地区呼吸道和胃肠道疾病患儿博卡病毒(HBoV)流行状况,并通过对代表毒株的全基因组测序了解博卡病毒遗传特征.方法 收集2010年1月～2011年12月期间镇江地区156份呼吸道疾病患儿鼻咽分泌物样品和310份急性胃肠炎患儿粪便样品,采用PCR方法检测HBoV基因;选取3株镇江地区HBoV代表毒株,测序获取全基因组序列,采用CLUSTAL和MEGA4.0等软件进行序列同源性及系统发育分析.结果 HBoV在鼻咽分泌物样品中的检出率为2.56％,在粪便样品检出率为3.55％;HBoV基因序列均与GenBank中提交的HBoV-1型毒株高度同源(＞95％),且与上海地区的7株HBoV-1和重庆地区的3株HBoV-1同源性高;系统进化分析结果显示,3株HBoV-1代表株聚类在三个不同的类群中,其中ZJ92与来自中国香港的HBoV毒株HK24及上海的HBoV毒株SH8遗传关系近,ZJ42与来自泰国的毒株CU25遗传关系近,而ZJ68与来自上海的R3080522001和SH1亲缘关系近.结论 HBoV-1为镇江地区HBoV主要流行基因型;系统进化分析显示镇江地区的HBoV-1毒株与重庆和上海的毒株有共同的分子起源.
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中东呼吸综合征冠状病毒的传播与防护
1中东呼吸综合征冠状病毒的传播
自发现中东呼吸综合征冠状病毒( MERS-CoV)以来,研究人员对其传播源进行多方面的调查及研究。初,推测这种病毒可能来源于蝙蝠,因为蝙蝠体内携带有多种类型的冠状病毒。遗传及系统进化分析结果也显示 MERS-CoV 在亲缘关系上更接近于亚洲、欧洲、南非、加纳等蝙蝠体内的冠状病毒,尤其是和扁颅蝠冠状病毒HKU4和伏翼蝙蝠冠状病毒HKU5为接近[1]。从沙特的一只蝙蝠粪便内检测到病毒 RNA RdRp基因的一段包含190个核苷酸序列和附近患者体内分离到的 MERS-CoV 序列完全相同。但该研究样本数太少,而且蝙蝠与人类的接触十分有限,因此专家推测,在蝙蝠和人之间可能还有另一中间宿主作为连接放大器,能使病毒在其体内大量扩增,使之更易于传播给人。研究人员对中东地区的其他动物也进行了研究。 Reusken[2]等在来自阿曼的全部50头单峰骆驼(100%)和西班牙加那利群岛105头骆驼中的15头(14%)的血清样本中检测到抗MERS-CoV刺突蛋白的特异性抗体,但在骆驼的血液及粪便中并没有检测到病毒的核酸,而在当地养殖的绵羊、山羊、牛及北欧单驼峰的血清样本中未检出抗 MERS-CoV 刺突蛋白的特异性抗体。 Hemida等[3]对沙特阿拉伯两个区的单峰驼及其他家畜的研究也获得相似的结果,大部分单峰驼血清内抗体阳性,绵羊、山羊、牛及鸡的血清内抗体阴性。2014年Hemida等研究了在骆驼体内分离到的MERS-CoV,发现且全基因组序列和人体内分离到的病毒序列具有99.9%的相似性,只在S蛋白基因的受体结合域( RBD)之外发现6个核苷酸突变,但并不影响和细胞表面受体结合。 Hemida等还在骆驼的鼻拭子样品及粪便内检测到病毒,且鼻拭子样品内的病毒检测率更高[4]。初步研究还发现,骆驼体内的MERS-CoV预存抗体并不能有效保护动物免受感染。从沙特全国范围内采集的200多头单峰驼血液样本中,也发现74%的样本显示血清抗体阳性。进一步的病毒核酸检测发现,病毒主要存在于骆驼的呼吸道中,部分粪便样品中也能检测到病毒核酸。对1992~2010年间采集的骆驼血液样本的分析表明,这种病毒在骆驼中存在的历史至少可追溯到1992年,但骆驼没有表现出任何感染症状[5]。 -
云南新分离2株基因Ⅰ型流行性乙型脑炎病毒的全基因组序列分析
目的 对云南省新分离的2株流行性乙型脑炎(乙脑)病毒进行全基因组序列测定和分析,了解当地乙脑病毒基因组结构及分型特征.方法 设计乙脑病毒全基因组扩增引物,RT-PCR扩增片段,PCR产物直接测序,拼接后获得全基因组序列.通过Clustal X(1.8)、DNASTAR、GENEDOC(3.2)等生物学软件进行核苷酸序列及氨基酸序列分析和病毒的系统进化分析.结果 从2007年云南省捕获的三带喙库蚊中分离到2株乙脑病毒(TC07018、TC07172),并对病毒株的全基因组序列进行了分子生物学研究,结果 提示TC07018、TC07172株与JEVMie40株的核苷酸同源性高,为98.4％和98.7％,与JKT6468株核苷酸同源性低,为83.6％和83.5％.2个分离株与JEVMie40、SH17M-07和HEN0701株氨基酸同源性高,均为99.6％,与JKT6468株氨基酸同源性低,为95.5％和95.4％.2个新分离株与我国现在常用的疫苗株SA14-14-2相比较,核苷酸同源性为88.7％和88.6％,氨基酸同源性为97.1％.基于全基因序列,从基因库中选择了36株乙脑病毒与分离株进行进化分析,2个新分离株与KV1899和HEN0701的进化关系接近,都属于基因Ⅰ型.结论 新分离的2株乙脑病毒属于基因Ⅰ型,此为滇西地区首次分离该型病毒.这2株病毒与国内外基因Ⅰ型乙脑病毒流行株间存在一定差异,但根据抗原和毒力位点分析表明,乙脑SA14-14-2疫苗株能保护该型病毒.
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2010年湖北恩施地区和武汉地区肠道病毒71型VP1基因特征分析
目的 了解湖北恩施地区和武汉地区手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病原体肠道病毒71型(EV-A71) VP1的基因特征.方法 收集2010年来自于恩施地区和武汉地区的78例HFMD患儿的咽拭子标本.通过标本接种病毒易感Vero细胞,对产生明显细胞病变效应的阳性标本进行初筛.利用PCR法对初筛阳性标本进行进一步鉴定,对阳性毒株VP1基因序列进行扩增,将其构建到pMD18-T载体上,后对VP1全长序列进行测序.通过构建系统进化树分析2010年湖北恩施地区和武汉地区EV-A71病毒株的基因型,并分析探讨其与2010年中国大陆其他地区EV-A71病毒株之间的进化关系.结果 从78例手足口病标本中分离得到9株EV-A71,进一步对其VP1序列进行系统进化分析发现所有EV-A71分离株均属于C4亚型.2010年恩施地区和武汉地区EV A71病毒株与2010年中国大陆其他地区EV-A71病毒株在同一进化分支.本研究中分离自伴随震颤患者的EV-A71病毒株(wh64 CHN-10)的VP1-240位点氨基酸残基为丙氨酸,而其余分离自轻症手足口病患者的8株EV-A71病毒株的VP1 240位点为苏氨酸.结论 EV-A71是2010-2011年恩施和武汉地区手足口病的重要病原体之一,属于C4基因型,VP1-240位点的氨基酸可能影响EV-A71的毒力.
