首页 > 文献资料
-
对虾白斑综合征病毒胸腺嘧啶核苷酸合成酶基因的系统进化分析
目的为了对对虾白斑综合征病毒(white spot syndrome virus,WSSV)中为保守的胸腺嘧啶核苷酸合成酶(WSV-TS)基因,进行该病毒的系统发育学研究.方法通过GenBankTM数据库和DNAMAN分析系统,对不同生物来源的胸腺嘧啶核苷酸合成酶进行同源性比较并构建了该基因的系统发育进化树.结果 :WSV-TS的氨基酸序列与来自高等生物,特别是同哺乳动物有着很高的同源性,而与多种病毒的同源性较低.结论 WSV-ts基因是WSSV基因组中为保守的基因,其进化树的构建对于理解WSSV的进化地位有重要的帮助.
关键词： 胸腺嘧啶核苷酸合成酶 对虾白斑综合征病毒 同源性分析 系统进化分析 -
人3型副流感病毒兰州分离株LZ22全基因组序列的测定及分析
目的 对人3型副流感病毒(HPIV-3)兰州分离株LZ22进行全基因组序列测定并分析.方法 通过引物步移法和RACE技术测定LZ22株的全基因组核苷酸序列,并分析其基因组结构特点和进化地位.结果 LZ22株的基因组全长15 462个核苷酸,符合副黏病毒科基因组"6碱基原则",按照3'-NP-PP/C-M-F-HN-L-5'的顺序编码6种结构蛋白,基因结构与已知序列HPIV-3分离株相同.与GenBank登录的4株HPIV-3参考株进行同源性比对发现,LZ22株与ZHYMgz01株(中国广州)的同源性高,为99.0%(147个核苷酸变异),与14702株(加拿大)的同源性低,为94.6%(832个核苷酸变异).系统进化分析表明,LZ22株与ZHYMgz01株为同一进化分支,与GP株(日本)进化关系次之,与14702株和JS株(美国)进化关系远.结论 LZ22株病毒基因组具有副黏病毒的遗传特征,核苷酸序列与HPIV-3有高度的同源性.HPIV-3的系统进化可能与地域相关.
-
2017年云南省登革病毒Ⅰ型分离株NS1基因的鉴定及分析
目的 鉴定并分析2017年云南省登革病毒Ⅰ型(dengue virus I,DENV I)分离株的NS1基因.方法 采用病毒RNA提取试剂盒提取登革热(dengue fever,DF)患者血清RNA,RT-PCR法鉴定病毒类型,并扩增DENV I的NS1基因,进行测序.应用BIOEDIT软件比对NS1及DENV I标准株(DQ672562.1)的核苷酸及氨基酸序列,并进行突变分析.应用MEGA 5.1软件中的NJ法(1000 Boot strap replicate)构建NS1基因的系统进化树.结果共分离获得16株DENVI的NS1基因,经比对发现,201703、201704、201708、201709、201713分离株NS1基因第21位碱基由C变为T(无义突变);201705、201706、201712分离株NS1基因第289位碱基由T变为A(有义突变),氨基酸曲L变为M.16株分离株NS1基因其他突变位点均相同,共85处发生碱基突变,其中5个为有义突变.16株分离株与2011-ChinaDonggua (JQ048541.1)、2008-Singapore (GU370049.2)、2014-Taiwan (KU365900.1)、2005-ChinaFujian(DQ193572.1)、2016-Malaysia (KX452065.1)、2007-Indonesia(KC762646.1)、2015-SouthKorea(KP406802.1)、2006-Japan(AB178040.1)、2007-Thailand(HM469966.1)、2013-singapore(KJ806945.2)有较近的亲缘关系.结论 2017年云南省16株分离毒株均为DENV I,可能属于东南亚国家的输入性毒株.
-
浙江省中部及南部地区巴贝虫自然疫源地调查
目的 调查浙江省中部及南部地区巴贝虫动物宿主和传播媒介感染情况,对浙江省确诊的1例人感染巴贝虫的18S rRNA基因序列与GenBank中巴贝虫序列进行比对,了解巴贝虫亲缘关系和进化特征.方法 采集浙江省确诊的病例居住地以及浙江省中部及南部地区的动物宿主抗凝血样和蜱虫,提取DNA,以巴贝虫18SrRNA基因序列引物进行PCR扩增、测序,并对测序序列进行分析比对,确认感染虫种;在GenBank数据库中查询巴贝虫属、种的18S rRNA基因序列信息,以及不同动物宿主、不同地理来源的田鼠巴贝虫种内18S rRNA序列信息,进行BLAST比对分析,并构建系统进化树.结果 采集的261份生物样品中有37份扩增出阳性条带,其中动物宿主抗凝血阳性率为14.2％ (32/225),蜱阳性率为13.9％ (5/36).对部分阳性样品进行测序,获得有效测序序列20份,经序列比对分析,共发现田鼠巴贝虫(Babesia microti)5份,均来自鼠类血样;此外,在鼠、牛等宿主/媒介体内还分别检测到肉孢子虫属(Sarcocystis sp.)4份、肝簇虫属(Hepatozoon sp.)2份,球虫(Coccidia sp.)1份、东方泰勒虫(Theileria orientalis)阳性5份、水牛泰勒虫(Theileria buffeli2份和驽巴贝虫(Babesia caballi)1份.浙江省确诊的人巴贝虫序列与GenBank中不同宿主、地理来源田鼠巴贝虫18S rRNA序列的同源性为98.1％～～99.8％,与日本、中国云南的人源以及福建、浙江杭州、天台、仙居的鼠源田鼠巴贝虫同属一个分支,而我国的CNMM-2株和新疆1647株与美国GI株和德国Jena株的遗传距离较近.结论 在浙江省中部及南部地区的啮齿类小型哺乳动物中发现多份田鼠巴贝虫的自然感染.
-
人类免疫缺陷病毒-1 CRF01 AE 毒株在我国的分子流行特征分析
目的：了解 HIV-1 CRF01 AE 毒株在我国的分子流行特征。方法计算机检索相关数据库并结合文献追溯的方法提取数据，按地区和研究人群分组进行 Meta 分析，计算 HIV-1 CRF01 AE感染者占不同高危人群的比例。从美国洛斯阿拉莫斯国家实验室 HIV 基因数据库（Los Alamos database）中下载中国地区的 CRF01 AE pol 区基因序列，利用 FastTree2．1构建系统进化树进行成簇分析。根据 BEAST V 1．6．2和 Spread 计算贝叶斯因子分析空间地理传播关联。结果 HIV-1 CRF01 AE 毒株在我国6个地区的 MSM 人群中所占比例均＞45．0％；在东部、北部、西南和中南地区的异性性行为人群中所占比例均＞30．0％；在中南地区的静脉药瘾人群中所占比例高，为57．3％（95％CI ：35．1％～79．6％）；而输血传播人群仅在中南地区占有较低的比例，为10．6％（95％CI ：6．2％～14．9％）。系统进化分析表明，该毒株在我国形成7个独立的传播簇，其中簇1、3、5主要流行于异性性行为感染人群中，簇2及簇6主要流行于 MSM 人群中，簇4主要流行于性行为感染人群中。簇1～5均在西南地区流行，中南地区主要流行簇7和簇1，北部地区主要流行簇2和簇6，东部地区主要流行簇2和簇4，东北地区主要流行簇6。贝叶斯因子分析结果显示，该毒株在我国东部、中南部、西南部、北部及东北部的省份之间传播关系错综复杂。结论 CRF01 AE 毒株活跃在我国各个地区的多个高危人群中，不同地区之间的传播关联错综复杂。
-
上海市某医院急性呼吸道感染儿童中人3型副流感病毒的检测及进化树分析
目的 了解3型副流感病毒(HPIV-3)的流行特点,以期为制定防制措施提供科学依据.方法 2009年6月到2010年6月上海交通大学医学院附属新华医院送上海市公共卫生临床中心检测的急性呼吸道感染患儿的鼻咽分泌物标本164份,反转录PCR法检测标本中的HPIV-3.对5份阳性标本的血凝素-神经氨酸酶(HN)基因编码区全长(1 719 bp)进行基因序列测定和进化分析.两组间比较采用精确卡方检验(双侧).结果 164份急性呼吸道感染患儿标本中HPIV阳性数为70份,其中HPIV-3阳性23份,阳性率为32.86％.感染多发生于春、夏季,且多数HPIV-3感染发生在13～36个月的患儿中.基于HN基因建立的系统进化树将5株上海分离株和36株来自不同国家和地区的参考株序列分成3个进化群(A、B和C).5株上海株和5株北京分离株归属于C3a群,上海株之间核苷酸和氨基酸的同源性分别为99.0％～99.5％和99.7％～100.0％.结论 HPIV-3在此次急性呼吸道感染患儿中所占比例较高,株系主要为C3a群,其进化很可能具有区域相关性.
-
2011～2012年武汉地区柯萨奇病毒A16型VP1基因的遗传进化分析
目的 了解武汉地区手足口病(HFMD)患儿柯萨奇病毒A16型(CA16)的基因型及重组特点.方法 收集2011年4月至2012年3月武汉地区1 844例HFMD患儿的咽拭子标本,用实时荧光定量PCR检测CA16核酸,阳性标本进行病毒分离,对分离株进行VP1基因序列测序,选择2株来自重症和1株来自轻症患几的CA16病毒株构建VP1序列系统进化树并分析其全基因组序列的重组特点.结果 1 844例HFMD患儿的咽拭子标本中分离出42株CA16,VP1序列系统进化分析显示,所有分离株均属于B1亚型,其中13株属于B1a亚群,29株属于B1b亚群.重组分析表明,3株CA16分离株均为亲本株CA16 A型毒株FY18/AH/CHN/2008和EV71 A型毒株Hubei-09/HB/CHN/2009型间重组所产生,重组交叉位点为基因组P2区2A和2B基因交界处.结论 武汉地区的CA16分离株均为B1亚型,其中B1b亚群占明显优势,且CA16分离株存在亲本株CA16A型和EV71 A型毒株的型间重组.
-
广州市登革1型病毒基因组测序及系统进化分析
目的:对引起2002年广州登革热的登革1型病毒分离株(71/02GZ)进行全基因组测序和系统进化分析.方法:采用C6/36细胞培养71/02GZ,分别采用RT -PCR,5'RACE和3'RACE扩增基因组中编码区序列、5'和3 '末端非编码区序列,PCR产物克隆到载体并测序,拼接成全基因组序列,分别基于 E基因序列、E/NS1连接区240 nt、基因组中10016nt进行系统进化分析.结果:71/02GZ株基因组全长10735 nt,两端非编码区(NCR)长度分别为94 nt和462 nt.基于E基因序列、E/NS1连接区240 nt、基因组中10016 nt的进化分析结果显示71/02GZ株和2002年广州分离株(GZ01/02,GZ/218/2002),1995 年广东分离株(GD23/95,GD01/95)、1995年广州分离株(GZ01/95)组成一个基因型;而1999年广东分离株(GD05/99),1997年广东分离株(GD14/97)和1980年广州分离株(GZ/80)属于另一个基因型;另外,71/02GZ株同1998年印度尼西亚分离株(98901530 DF DV-1-ID)的同源性高.结论:71/02GZ株可能是印度尼西亚输入的.
-
2015年昆明市柯萨奇病毒A16型VP1区基因特征分析
目的 研究昆明市2015-2016年手足口病患儿肠道病毒分子流行病学及探讨柯萨奇病毒A组16型(coxsackievirus A16,CVA16)VP1基因遗传变异与其时间和空间分布模式的相关性.方法 采集患儿的咽拭子和肛拭子样本,采用逆转录聚合酶链式反应分子鉴定法分别扩增肠道病毒71型和CVA16的VP1基因全长,随机选取2015年9份CVA16阳性样本进行测序并与数据库参考株构建系统进化树.对不同年份来源的CVA16病毒株间遗传距离与分离年份时间进行相关性和回归分析,并分析不同地理群体间的遗传距离与地理距离的相关性(Mantel检测).结果 采样年度中大多数患儿为CVA16感染(咽拭子和肛拭子检出率分别为29.41％和15.69％),其与肠道病毒71型感染的比率分别为2.5 : 1和2.0 : 1.VP1基因系统进化分析显示9株CVA16昆明分离株均属于B基因型B1b亚型,且进一步划分成两个亚簇;种系进化及统计学分析显示VP1基因变异与时间推移和地理距离均具有正相关关系(均有P＜0.05).结论 2015年昆明市9株CVA16分离株为新生成的变异毒株,提示CVA16在昆明存在一定的地域流行特点.
-
天津市男男性行为人群HIV感染者毒株亚型和成簇特点
目的 了解我市男男性行为人群(men who have sex with men,MSM)人免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus,HIV)感染者毒株的亚型分布和成簇特点.方法 收集2013-2017年MSM随访研究中新发现和队列中阳转的未经抗逆转录病毒治疗(antiretroviral therapy,ART)的HIV感染者血浆样本,经RNA提取和扩增,共获得100份pol区序列,进行基因型、耐药突变和分子进化分析,并与人口学和行为学资料相结合分析其成簇特点.结果 HIV感染者流行的亚型依次为CRF01 _AE占60.0％(60/100),CRF07_BC占28.0％(28/100),B亚型占6.0％ (6/100),CRF55_01B亚型占4.0％ (4/100),其他独特型二代重组亚型占2.0％(2/100).传播性耐药(transmitted drug resistance,TDR)流行率为7％ (7/100),其中不同亚型的流行率依次为B亚型3.0％(3/100)、CRF01_AE 2.0％ (2/100)、CRF07_BC 1.0％ (1/100)和CRF55_01B 1.0％ (1/100).耐药突变以NNRTIs突变为主,占4.0％(4/100),其次为NRTIs突变占2.0％ (2/100),PIs突变占1％(1/100).成簇样本占31.0％(31/100),共分布在13个传播簇内,成簇和非成簇的感染者的亚型、户籍和性病史差异均有统计学意义(均有P＜ 0.05).结论 天津市MSM感染者中HIV毒株亚型分布情况日趋复杂,新型重组和耐药毒株不断出现并传播,应引起高度重视.
-
2017年南京市2株肠道病毒71型分离株全基因组序列测定分析
目的 对2017年南京市2株肠道病毒71型分离株进行全基因组序列测定,分析其进化及遗传变异特征,为手足口病疫情的监控与防治提供依据.方法 通过对临床检测EV71阳性的标本进行病毒分离,设计8对特异性引物对病毒全基因组进行PCR分段扩增,经序列测定及拼接获得EV71基因组序列,将其与其他代表毒株序列分别进行核苷酸和氨基酸同源性比对,并进行遗传进化分析.结果 基因组核苷酸同源性分析显示,2株分离株的同源性为94.0％.以EV71 NJ2017iso2作为参照,与2008年安徽流行株Fuyang 17.08-02的同源性高(96.9％),而与原型株BrCr的同源性较低(79.8％).同时基于VP1基因和全基因组序列构建的进化树均可以看出,2株分离株与C4亚型代表株聚为一簇,与国内各地既往的C4流行毒株相比,未发生大的变异.结论 2株EV71分离株均属于C4a型,虽病毒核苷酸序列之间差异显著,但大多为无明显的突变,其相应的氨基酸序列的遗传变化相对稳定.
-
MIC5基因在13株不同基因型的刚地弓形虫中的序列变异
目的 检验13株来自不同宿主和地理位置,且归属于不同型的刚地弓形虫的MIC5基因的序列变异情况,评价MIC5能否作为研究种群遗传学的理想标记.方法 对13株刚地弓形虫的MIC5基因进行了序列比对,并使用了大简约法,大似然法以及贝叶斯法对所检验的虫株进行了系统进化分析.结果 所有的虫株其MIC5基因的长度都为1 975 bp.序列比对显示有52个核酸变异位点(0-1.3％),其中有38变异位点个在3个内含子上,14个变异位点在4个外显子上.所检基因的A+T含量为:51.70％-51.95％.结论 MIC5基因的序列变异率较低,所以MIC5基因并不是一个研究种群遗传学的理想标记.
-
绵羊附红细胞体部分16S rRNA基因序列测定和系统进化分析
从自然感染附红细胞体的石河子和杭州两地的绵羊无菌采集血液,分离附红细胞体并提取基因组,根据已公布的绵羊附红细胞体16S rRNA基因序列设计一对引物,进行PCR扩增.结果 扩增出约1 100bp目的 片段.测序结果 表明:目的 片段长1 080bp、1 079bp(GenBank收录号EU916726、FJ440328),同源性分析表明该序列与参考序列(AF338268)同源性达99.7%,证实该病原是绵羊附红细胞体.将该序列与5种支原体、14种血营养菌及立克次氏体等相应序列进行同源性比对,系统进化树表明,绵羊附红细胞体和其他血营养菌在进化关系上组成一个大的分支,与支原体科,支原体属病原为接近,与立克次氏体科的病原较远.分析结果 与Neimark等提出的观点一致,将这类血营养菌划归支原体科、支原体属.
关键词： 绵羊附红细胞体 16S rRNA基因 PCR 系统进化分析 -
长春地区人与猪戊型肝炎病毒分子流行病学及部分基因序列分析
目的 分析长春地区猪和人群流行的戊型肝炎病毒的系统进化关系.方法 参照文献设计引物,对长春地区猪和人群流行的8株HEV(其中3株来源于人,5株来源于猪)进行RT-PCR,并将RT-PCR产物克隆到p MD18-T载体,筛选阳性重组质粒测序,测序结果采用Clustal X v.1.8进行多重比对分析,并与基因1～4型HEV代表株的核苷酸及氨基酸进行同源性比较,绘制遗传进化树.结果 本研究获得的8株HEV核苷酸同源性在91.2%～99.1%,推导氨基酸同源性在97.4%～100%之间;基因1～4型内各株序列间同源性分别为:87.9%～100%,100%,85.9%～96.6%,84.8%～100%.结论 研究表明获得的长春各株病毒均属基因4型,由进化关系看长春地区猪HEV与人HEV可能由同一毒株进化而来.
-
云南中缅边境登革1型病毒全基因组序列特征研究
目的 阐明云南省中缅边境地区2013-2015年14株登革1型病毒(DENV-1)全基因组序列特征.方法 采用C6/36细胞培养法分离病毒,用RT-PCR法扩增新分离DENV-1的全基因组序列,采用ClastalX1.83和MEGA6等生物信息学软件进行核苷酸和推导氨基酸序列同源性及系统进化分析.结果 从登革热患者血清中分离到14株DENV-1,其中瑞丽市9株,临沧市3株,昆明市2株.经RT-PCR和序列测定,获得这14株DENV-1的全基因组序列(10 735nt),其开放读码框(95-10 271)编码3 392个氨基酸.系统进化和同源性分析表明,13株为基因Ⅰ型(G-Ⅰ),其中瑞丽和临沧本地病例7株,缅甸输入性病例6株;1株为G-Ⅲ(昆明的印度输入性病例).云南13株G-Ⅰ可分为2个进化群,但均与缅甸、泰国等东南亚流行株具有较近的亲缘关系.云南13株G-Ⅰ的E基因的核苷酸和氨基酸同源性分别为97.02％-100％和98.78％-100％,它们与6株东南亚G-Ⅰ参考株的核苷酸和氨基酸同源性分别为96.53％-99.53％和97.33％-100％,与DENV-1原型株US_Ha-waii核苷酸和氨基酸同源性分别为93.76％-94.45％和95.86％-96.91％.所有云南株和东南亚参考株与US_ Hawaii株在结构蛋白或非结构蛋白的氨基酸位点分别存在44和150个位点差异.结论 云南中缅边境地区2013-2015年流行的DENV-1均为G-Ⅰ,并具有基因多样性特点但均为来自缅甸的多个传播来源.
-
云南省登革4型病毒全基因组序列特征研究
目的 阐明云南省2015年5株登革4型病毒(DENV-4)流行株的全基因组序列特征及分子流行病学特点.方法 采用C6/36细胞培养法分离病毒,用RT-PCR法扩增新分离DENV-4的全基因组序列,采用ClastalX1.83和MEGA6等生物信息学软件进行核苷酸和推导氨基酸序列同源性及系统进化分析.结果 从2015年云南省瑞丽市登革热患者血清中分离到5株DENV-4(本地病例2株,来自缅甸腊戍和南坎市输入性病例3株).经RT-PCR和序列测定,获得这5株DENV 4的金基因组序列(10 661 nt),其开放读码框(103-10 264)编码3 386个氯基酸.全基因组或结构蛋白和非结构蛋白基因序列的系统进化和同源性分析表明,云南分离株间高度同源并聚集为一个进化支,并与泰国不同年代DENV-4基因Ⅰ型(G-Ⅰ)流行株具有较近的进化关系和较高的同源性,同属G-Ⅰ.云南株和泰国株均与同基因型的DENV-4原型株(H241,1956年菲律宾)和中国广州1990年B5株亲缘性和同源性都较低.云南株与H241株在结构蛋白或非结构蛋白中分别存在21和45个氨基酸位点差异.结论 首次获得云南省DENV-4分离株的全基因组序列并发现它们与近期东南亚DENV-4 G-Ⅰ流行株亲缘关系较近.首次证实云南省存在DENV-4本地流行,传播来源为相邻缅甸北部边境地区.云南分离株某些氨基酸位点的改变是否与其抗原性和毒力有关尚需进一步研究.
-
云南腾冲县新分离乙型脑炎和盖塔病毒的分子生物学特征
目的 分析云南省腾冲县新分离流行性乙型脑炎病毒(JEV)和盖塔病毒(GETV)的分子生物学特征.方法 2007年7月在中缅边境地区腾冲县采集蚊虫标本,用BHK-21和C6/36细胞分离病毒,阳性分离物用RT-PCR方法进行鉴定,用相关生物学软件进行分子生物学特征分析.结果 从腾冲县采集的4属25种26 702只蚊虫中分离到20株JEV,1株GETV.系统进化分析表明,新分离20株JEV均属于基因Ⅰ型,与邻近省份和东南亚流行株亲缘关系较近;PreM和E基因核苷酸同源性和氨基酸位点分析表明,这20株JEV之间及其与国内外流行株间均存在一定差异,但它们的抗原和毒力位点未发生明显改变.本次分离的GETV的Capsid基因和E2基因与其他国内外分离株的同源性较高.结论 首次证实云南省西部地区存在基因Ⅰ型JEV和GETV流行,这些流行株具有较为稳定的遗传特征和地域特征.
-
中国首次分离的二株基因Ⅰ型流行性乙型脑炎病毒全基因组序列分析
目的 分析中国首次分离的基因Ⅰ型流行性乙型脑炎病毒(JEV)全基因组的基因组特征.方法 设计JEV全基因组扩增引物,RT-PCR扩增片断,PCR产物直接测序,拼接后获得全基因组序列.采用生物学软件进行同源性和系统进化分析.结果 1977和1982年分离自云南蚊虫的M28和BN82215病毒株基因组全长分别为10 969 bp和10 970 bp,5′非编码区均含有96个核苷酸,3′非编码区含有573和574个核苷酸.它们的开放阅读框(ORF)都从97到10 396位,共10 299个核苷酸,编码3 433个氨基酸.M28和BN82215株与来自GenBank的5个基因型JEV株的全基因组核苷酸和氨基酸同源性分别为78.4%～96.3%和91.4%～99.6%,与近几年国内外基因Ⅰ型流行株的同源性高,进化关系接近,都属于基因Ⅰ型.这两株病毒与JEV疫苗株SA14-14-2相比,有56个氨基酸差异,其中E基因有11个氨基酸差异,但都不属抗原关键位点.结论 本研究阐明了中国首次分离的基因Ⅰ型JEV的全基因组分子特征,决定病毒抗原和毒力的E蛋白关键位点无明显变化.证实20世纪70和80年代云南省就有基因Ⅰ型JEV流行.
-
山东省肠道病毒71型分离株SDLY11全基因组序列分析
目的 了解2009年山东省临沂市分离的肠道病毒71型(EV71)分离株SDLY11的基因组序列特征,探讨病毒的神经毒力候选位点.方法 自手足口病患者的粪便标本中分离EV71,采用一步法RT-PCR对病毒株基因组进行全序列扩增,运用DNAstar 和MEGA 4软件进行序列分析.结果 SDLY 11基因组全长为7 405 nt,其中5′非编码区(UTR) 742 nt,3′UTR 84nt,中间为6 579 nt的开放阅读框架(ORF),编码2 193个氨基酸的多聚蛋白.VP1区及全基因组序列系统进化分析表明SDLY 11位于EV71病毒C4亚型的分支,同源性分析显示SDLY 11与安徽阜阳株同源性高.序列比对结果发现,CNS累及HFMD患者病毒株在5′UTR区出现了两处核苷酸位点的突变(T40C、C575T),在VP2区第144位出现了氨基酸的突变(T144S).结论 SDLY 11分离株属EV71病毒C4亚型.5′UTR区的两处突变(T40C、C575T)及VP2区的一处突变(T144S)可能与病毒的致神经毒力作用有关.
-
黑龙江口岸地区鼠类动物中汉坦病毒感染情况调查
目的 了解黑龙江省中俄边境11个口岸鼠类宿主动物携带汉坦病毒(Hantavirus,HV)状况及其分子流行病学特征.方法 采用夹夜法和鼠笼法捕获鼠类,应用巢式PCR方法对鼠肺样本进行检测,对阳性样本测序并分型,获得序列用MEGA6进行分析.结果 此次调查共捕获鼠类动物346只,经鉴定隶属3科9属11种.检测出汉坦病毒核酸阳性样本17份,平均带毒率为4.90％,包括汉滩型病毒(Hantaan virus,HNTV)6例,汉城型病毒(Seoul virus,SEOV) 11例,首次在黑龙江口岸东方田鼠中检测到1例SEO型HV.进化分析表明,6株HNT型HV均与HNT型HV原型株76-118亲缘性较远(86.82％～88.43％),分别与HNT型HV株BAO14、HXZ244同源性高;11株SEO型HV分别与SEO型HV株Gongzhuling97、北京株BjHD01、越南株HaiPhong3-11同源性高.结论 黑龙江中俄边境口岸宿主动物感染汉坦病毒至少2个类型,相对较高的感染率提示着中俄边境地区开展肾综合征出血热监测和防控的迫切性.
