石蒜属叶绿体trnL-F序列的变异与系统聚类分析

目的:分析比较石蒜属和近缘属植物中国水仙trnL基因的部分序列和trnL-trnF间隔区的完整序列,为石蒜属物种鉴别和种间亲缘关系分析提供分子佐证.方法:采用PCR产物直接双向测序法,用Clustal X 1.81,MEGA 2.0软件进行序列分析,采用大简约法(maximum parsimony,MP)构建系统发育树.结果:所测物种的序列全长在905～1 036 bp,经排序后,两端切平,得到886 bp的整齐序列,所测物种的核苷酸变异位点14个,信息位点10个,主要在trnL内含子区,这些位点可用于区分石蒜属物种;4个碱基"ATAT"缺失/插入是区别石蒜属与其近缘植物水仙的显著特征.重建的系统发育树表明:供试的石蒜属物种聚成3类,除稻草石蒜、忽地笑、香石蒜的系统位置有所不同之外,与经典分类结果基本相符.水仙属2个种形成1个单系类群,表明属间trnL-F序列差异明显.结论:分子系统树支持安徽石蒜是长筒石蒜的变种或杂交种观点,换锦花可能是玫瑰石蒜、红蓝石蒜的杂交母本.石蒜属种间trnL-F序列存在一定变异,是物种鉴别的有效分子标记.

后基因组时代中医证候组学研究的思考

人类基因组工作草图完成后，研究便进入更为艰巨和复杂的后基因组时代，其主要工作是阐明一些已知基因的功能，并进行基因组序列变异研究，这必将为自然科学各学科的发展提供新的机遇，同时也将促进各学科的进一步渗透和整合，出现新的科学发展格局。中医药学又一次面临一个大好机遇的选择，若能很好地吸取当代科技精华，在其所能提供的技术平台上融合中医药的独特研究思路，将促进中医药学的发展，特别是对中医药重大问题，如对证候组学研究的突破产生影响，在WHO生物医学家们认同“个体化的具体治疗”是临床试验的高层次的时候，运用基因组学研究证候与复方，探索辨证治疗疾病与改善亚健康状态的科学原理则可能是中医学科发展的方向之一。

丙型肝炎病毒复制子的研究

0引言丙型肝炎病毒(hepatitis C virus,HCV)的感染是急、慢性肝病的主要致病因素之一,他的感染通常是亚临床的,或只出现轻微的症状,但大约80%的患者难以清除病毒,发展为慢性感染,从而更易演变为肝硬化和肝细胞肝癌,目前世界范围都大约有1.7亿人口感染了HCV[1],由于其高流行性、隐匿的病程和持续感染的诊断不足使得其成为严重的医学和社会经济学问题.病毒基因组约在10a以前就被鉴定出来,并且引起了对HCV基因结构、病毒蛋白结构和生化特征的研究.但由于HCV基因组表现出显著的序列变异,尤其是在E2包膜蛋白编码区的高变区,并且在全球范围内,HCV的基因型多达30个[2].

胰岛素受体基因多态性与缺血性脑血管病的关系

本研究拟在分析脑梗死患者胰岛素受体（INSR）基因突变热区第17、20外显子序列变异的基础上，探讨该基因在脑血管病发病中的作用。 1．资料与方法：缺血性脑卒中患者149例，其中动脉粥样硬化(AS)性血栓性脑梗死(ACI)68例，男46例，女22例，年龄（66.6±9.5）岁；腔隙性脑梗死(LI)81例，男51例，女30例，年龄（66.4±9.8）岁。同时选择年龄、性别匹配的健康体检者62例作为正常对照者（HC），男40例，女22例，年龄（65.3±7.3）岁。对3组间分别以χ2 检验性别（χ2 =0.27，P＞0.05）、以F检验年龄（F=2.52，P＞0.05）差异未见显著性。以苯酚-氯仿法抽提白细胞基因组DNA；根据Seino等［1］对INSR基因研究，PCR扩增第17、20外显子序列；以8%非变性聚丙酰胺凝胶（Acr∶Bis为49∶1）电泳对扩增产物进行单链构像多态性（SSCP）分析。血糖(Glu)、甘油三酯(TG)、胆固醇(TC)、低密度脂蛋白(LDL)、高密度脂蛋白(HDL)、载脂蛋白(Apo)B和ApoA-Ⅰ等由医院检验科测定。

液质联用(LC/MS)技术在单克隆抗体(曲妥珠单抗)结构表征上的应用

目的:应用LC/MS(液质联用)和LC/MSE方法(液相色谱/非数据依赖二级质谱数据采集方法,等频率切换高与低碰撞能量进行质谱数据扫描)对单克隆抗体(曲妥珠单抗,人源化单克隆免疫球蛋白IgGl)的结构进行深度表征.方法:先用LC/MS对曲妥珠单抗完整蛋白及其亚基(轻链和重链)的相对分子质量进行测定;然后用多种酶(胰蛋白酶和AspN)酶解蛋白并用LC/MSE肽图分析法对曲妥珠单抗的氨基酸全序列进行解析和确定,同时对可能发生的翻译后修饰(PTMs)进行定性和定量分析.再通过PNGase F酶来释放抗体上的糖链并应用LC/FLR/MS(液相色谱荧光检测与质谱联用)方法对其糖基化修饰进行结构分析及确认.结果:对曲妥珠单抗的完整蛋白及其亚基(轻链和重链)的相对分子质量测定得到良好的质量准确度,由此可判定特定蛋白修饰在轻链和重链上的分布.通过对曲妥珠单抗酶解后的氨基酸全序列确认,可对其翻译后修饰以及可能的错误氨基酸序列进行解析.该抗体肽图分析的氨基酸序列覆盖率是100％.糖基化分析是通过对游离的N-链接寡糖进行2-AB荧光标记后再用LC/FLR/MS(液相色谱荧光检测与质谱联用)方法来进行的.联合使用这些分析方法,能够有效地对不同批号和不同工艺的抗体药物进行常规质量检测和深度表征,控制药物质量,为患者提供安全可靠的生物治疗药品.结论:结合液质联用(LC/MS和LC/MSE)技术,通过完整蛋白相对分子质量的测量,肽图分析测定氨基酸序列以及翻译后修饰的定性和定量分析,结合游离N-链接寡糖的分析表征,对单克隆抗体曲妥珠单抗进行了全面的结构表征,并建立了一套单克隆抗体结构表征的平台化方案.

多发性骨髓瘤白血病及淋巴瘤中全基因组关联分析计量和热点研究

全基因组关联研究（genome-wide association study， GWAS）是利用高通量基因芯片技术，对人类全基因组范围内常见遗传变异--单核苷酸多态性（single nucleotide poly－morphism，SNP）和拷贝数变异（copy number variation，CNV）进行总体关联分析的研究方法［1］。它基于DNA是可遗传的且和临近的等位基因从上一代传递给下一代这一理论。国际人类基因组测序完成，单体型图谱工程的完成和经济高效的高通量基因分型技术的开展，使得全基因组范围内筛检与疾病相关的序列变异成为可能，它可以在病例和对照中比较全基因组范围内所有变异的等位基因频率，从中发现与疾病相关联的序列变异［2，3］。GWAS研究设计类型有单个阶段研究、2个阶段研究和多阶段研究设计［2］，其统计分析的基本原则是减少系统偏倚和加大研究强度，譬如进行强有力的SNP设定分析。

上海地区汉族正常人及类风湿关节炎病人HLA-DPB1基因多态性分析

人类MHC-II类DP抗原是由α链和β链组成的异二聚体糖蛋白,其中β链具有高度多态性.α链和β链分别由第6号染色体上的DPA1和DPB1基因编码,DPB1基因第2个外显子核苷酸序列变异大[1],并可以反映各等位基因的多态性差异.近年研究注意到,某些DP等位基因(如DPB1*0401)与白种人类风湿关节炎(RA)等自身免疫性疾病相关[2].王福庆等曾对汉族正常人DP基因作了调查[3],但对汉族类风湿关节炎病人DP基因的研究尚少见报道.本文拟对RA病人DPB1基因进行比较研究,探索中国汉族正常人及类风湿关节炎病人HLA-DPB1基因多态性,了解RA发病的分子机制.

基因测序在人类疾病中的应用

应用测序技术能够获得关于疾病人群和普通人群的大量遗传变异信息,合理有效地利用这些遗传信息将会极大地促进人类健康事业的发展,而对序列变异致病性的不正确判定则会给患者带来严重的后果.鉴于测序技术对医学的潜在巨大影响,本文将对测序技术在临床医学中的应用以及序列变异致病性的判定原则,作一简要概述.

029 脑膜炎球菌PorA外膜蛋白序列变异对六价PorA外膜囊疫苗效力的影响

对恶性疟原虫FCC1/HN分离株AMA-1序列变异的见解

恶性疟原虫FCC1/HN分离株(FCC1/HN)是1977年6月由北京生物制品研究所在海南省昌江县采集并建立体外培养,现已被我国多个研究室体外传代培养、广泛使用.本文通过FCC1/HN裂殖子顶端膜抗原(AMA-1)序列变异,讨论其存在的不同克隆问题.

采用新一代测序技术分析头颈部鳞状细胞癌的分子异质性

依据与高危亚型人类乳头状瘤病毒(HPV16、18)的相关性,头颈部鳞状细胞癌( HNSCC)被分为两种不同的临床亚型组。近年来,在某种程度上由于与 HPV 感染有关的HNSCC在逐渐增加,且其在预后和分子组织学方面的差异引起学者们的注意,然而,如何分类这些肿瘤,其潜在的作用机制和详尽的基因组织学仍然未被阐明。为了阐明伴和不伴HPV感染的HNSCC致癌途径,我们采用定向的新一代测序技术检测50个癌相关基因的单核苷酸多态性( SNPs),在伴和不伴HPV感染的HNSCC组织标本中,发现其中25个基因(25/50)可以检测到SNPs；在这25个基因中又有5个基因无论有无HPV感染,其变异模式是相似的。基因从酪氨酸蛋白激酶受体和其相关通路中,较大数量的序列变异优先出现在 HPV +的标本中。在基因相关肿瘤抑制功能方面,SNPs普遍存在HPV-的HNSCC标本中。这些观察结果可能帮助我们阐明两种临床上不同亚型HNSCC的具体分子发病机制。无论是HPV+,还是HPV-的HNSCC,SNPs的过度表现可能成为靶向治疗HNSCC的潜在变异序列。

GRA24基因在不同地理位置和宿主来源的刚地弓形虫株间的序列变异

目的 检验来自不同地理位置和宿主,且归属于不同基因型的刚地弓形虫的GRA24基因的序列变异情况,评价GRA24基因能否作为研究弓形虫种群遗传学的理想标记.方法 对所检刚地弓形虫的GRA24基因进行了序列比对,并使用了大简约法,大似然法以及贝叶斯法对所检验的虫株进行了系统进化分析.结果 所检的虫株GRA24基因的有两种长度:6 240 bp和6 264 bp.所检GRA24基因的A+T含量为40.82％～53.52％.序列比对显示有173个核酸变异位点(0.05％～0.2％),其中有133变异位点个在9个内含子上,40个变异位点在8个外显子上;使用的3种方法构建的GRA24基因系统进化树的结果一致,GRA24基因不能将3种典型基因型的弓形虫虫株区分开.结论 GRA24基因的序列变异率较低,所以GRA24基因并不是一个研究弓形虫种群遗传学的理想标记.

MIC5基因在13株不同基因型的刚地弓形虫中的序列变异

目的 检验13株来自不同宿主和地理位置,且归属于不同型的刚地弓形虫的MIC5基因的序列变异情况,评价MIC5能否作为研究种群遗传学的理想标记.方法 对13株刚地弓形虫的MIC5基因进行了序列比对,并使用了大简约法,大似然法以及贝叶斯法对所检验的虫株进行了系统进化分析.结果 所有的虫株其MIC5基因的长度都为1 975 bp.序列比对显示有52个核酸变异位点(0-1.3％),其中有38变异位点个在3个内含子上,14个变异位点在4个外显子上.所检基因的A+T含量为:51.70％-51.95％.结论 MIC5基因的序列变异率较低,所以MIC5基因并不是一个研究种群遗传学的理想标记.

SIRT1基因启动子与急性心肌梗死的关系

目的:探讨SIRT1基因启动子基因变异与心肌梗死的关系.方法:选择符合标准的急性心肌梗死(AMI)患者327例为AMI组,及健康对照者327例为对照组.搜集临床资料,采血并留取白细胞提取基因组DNA.PCR法扩增SIRT1基因启动子序列,测序后分析各组SIRT1基因启动子序列变化情况.结果:6个单核苷酸多态性(SNPs)和14个DNA序列变异被确定,其在人群中的突变率约为3.06％.5个异常杂合变异体(g.69643743Ins、g.69643840Ins、g.69643903G＞C、g.69644235G＞C及g.69644353G＞T)和1个SNP(g.69643707A＞C,rs35706870)在AMI组被发现,但对照组无异常.其余的SNPs和序列变异在AMI组与对照组中均被发现,其频率相似.结论:在心肌梗死患者中被确定的基因变异可能导致SIRT1基因启动子转录活性及功能的改变,从而成为心肌梗死发病的一个危险因素.

H3N2亚型人流感病毒神经氨酸酶基因特性研究

目的 了解H3N2亚型人流感病毒神经氨酸酶(NA)基因变异规律 方法 采用狗肾传代细胞法对流感病毒进行分离培养,提取病毒RNA,逆转录-聚合酶链式反应,扩增NA基因后进行核苷酸序列测定.测序结果与WHO全球流感疫苗株序列进行氨基酸序列同源比对,并采用MEGA 4.0构建系统进化树,计算遗传距离.结果 NA氨基酸序列的系统进化树表明,南宁市2007年H3N2亚型人流感病毒株被分为4个分枝,其中大部分病毒株位于分枝Ⅰ和分枝Ⅱ中.氨基酸序列比对表明,NA没有发生氨基酸的缺失与插入,总体上比较保守,NA的酶活性中心、二硫键和糖基化位点基本保持不变.NA不同抗原决定簇变异频率不同,L370S变异出现在多数病毒株中.非结构功能位点也发生了不同程度的变异情况,其中K249E变异是导致分枝Ⅱ出现的主要因素.结论 NA基因的这些特性为流感的防控以及NA抑制剂药物的应用提供了一定的参考依据.

中国部分地区献血者中乙型肝炎病毒的基因序列变异特征

目的 了解我国献血者HBV基因MHR区、PreS区、逆转录酶区及PreC/BCP区序列变异特征;分析HBV序列变异与HBV基因型、亚型、献血者人口地理特征及献血者HBV血清学特征的关系.方法 从昆明、洛阳、柳州、绵阳、乌鲁木齐5家血液中心(或中心血站)2008～2010年HBsAg确证阳性献血者标本中,随机抽取245份:用巢式PCR法扩增PreS/S区、S区、PreC/BCP区并双向测序,用Clustal Ⅹ将测序结果与标准株序列比对分析是否存在重要位点突变;将测序结果翻译成氯基酸后与标准株的氨基酸序列比对分析是否存在S区和逆转录酶编码区突变.用SPSS 11.0统计软件比较序列变异的地理分布、人口特征分布、基因型和亚型分布以及其与献血者HBV病毒学特征和血清学特征的关系.结果 献血者HBV基因MHR区突变率为17.1％ (39/228),B基因型中MHR区的突变率高于C基因型(23.1％ vs4.0％).PreS区突变率为14.0％(28/200),包括PreS区缺失以及T31C和T53C突变;PreS区发生缺失者占2.5％(5/200),且所有D基因型标本中均未发现D基因型特有的Pres区33个核苷酸的缺失;C型PreS区突变率高于B型(26.0％vs和5.2％),C2亚型高于B2亚型(42.5％ vs 3.8％).PreC/BCP区突变率为29.8％(68/228),C型中A1762T/G1764A联合突变率高于B型(34.0％ vs 4.48％),B型中G1896A突变发生率高于C型(26.9％vs8.0％),PreC/BCP区变异标本的HBeAg阳性率明显低于无该区突变标本(11.8％ vs 26.7％,P＜0.05).逆转录酶区突变率为7.0％ (14/200),其突变位点突变位点主要与阿德福韦酯和拉米夫定耐药有关,未发现典型的YMDD拉米夫定突变.结论 我国献血者HBV基因MHR区突变尽管低于其他国家的比例,但在HBV基因各重要区域中的序列变异率仍为高;献血者HBV基因与肝细胞癌相关的突变主要位于PreC/BCP区,在PreS区的较少;C基因型中PreS区突变率和A1762T/G1764A联合突变率高于B型,B基因型中G1896A突变率高于C型;献血者感染的HBV存在逆转录酶区耐药突变.

同个体中HCV高变区1序列变异的研究

HCV高变区1(hypervariable region one,HVR1)基因变异可能与病毒逃避宿主免疫选择作用有关,是病毒在体内持续存在及HCV感染易慢性化的重要原因之一[1].近年来研究发现,HVR1基因可能对HCV的免疫预防有重要作用[2,3].为此,我们选择了长期、多次进行血液透析的HCV感染者作为研究对象,动态观察了HVR1的序列变异.以研究其变异极其规律有重要意义.

肉毒神经毒素序列变异的研究进展

肉毒神经毒素是引起肉毒中毒的强烈毒素.肉毒梭状芽胞杆菌产生7种血清型的神经毒素(A～G).随着分子生物学技术和计算机技术的发展和应用,对肉毒神经毒素的基因和蛋白序列变异的研究已经相当深入.基于这些变异,在各血清型中尚可被划分为不同的亚型.众多证据表明肉毒神经毒素亚型的变异可以影响单克隆抗体的亲和力和对毒素的中和能力.领会并应用这一理论对于肉毒神经毒素免疫学检测、临床治疗和疫苗研发是十分重要的.