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结直肠肿瘤中APC基因突变研究进展
APC基因为结直肠腺瘤性息肉的易感基因,定位于人体5号染色体5q21上.APC基因不仅与家族性腺瘤性息肉病(FAP)有关,而且同部分散发性结直肠肿瘤也有关.本文对APC基因突变类型、功能、基因型-表型相关性、检测及临床应用作一扼要介绍.
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肺癌患者血浆中APC基因启动子甲基化定量检测研究
背景与目的:APC基因编码的蛋白参与信号转导途径,大量研究证实APC启动子区的高甲基化在肿瘤的发生发展中起重要作用.本研究建立血浆APC基因实时荧光定量甲基化特异性基因扩增(methylation-specific PCR,MSP)检测方法,并对临床肺癌患者血浆进行检测,以确定该方法在肺癌诊断中的应用价值.方法:将APC基因启动子甲基化阳性肺癌细胞株NCI-H460细胞用有限稀释法获取单个集落形成的细胞,以经典的酚-氯仿法提取细胞DNA.并用MSP对APC基因甲基化进行验证.紫外分光光度计定量并以10倍稀释的浓度梯度依次投入到200μL健康人血浆中,得到模拟肺癌患者血浆,利用磁珠核酸提取方法从模拟肺癌及肺癌患者、肺部良性疾病患者和健康对照者血浆中提取DNA,对血浆DNA模板进行亚硫酸氢盐化学修饰;以模拟血浆样品作为标准品,采用外标准曲线法对各种血浆样品中APC甲基化进行定量分析.结果:所建立的实时荧光定量MSP检测方法的线性范围为1.5×102～1.5×105拷贝/mL,用该方法检测甲基化肿瘤细胞的DNA其低检测限为1.5×102拷贝/mL.78例肺癌患者有40例组织中检测出APC基因甲基化阳性,其中的19例(47.5%)肺癌患者血浆中APC基因启动子甲基化阳性,APC甲基化浓度为1.67×102～6.78×103拷贝/mL,中位浓度为1.60×103拷贝/mL.38例组织阴性的肺癌患者、31例肺部良性疾病患者和23例健康者的血浆APC基因启动子甲基化均为阴性.结论:实时荧光定量MSP检测血浆APC基因甲基化在肺癌诊断方面具有潜在应用价值.
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子宫内膜样腺癌APC基因表达和甲基化的初步研究
背景与目的:子宫内膜癌是女性生殖系统常见的恶性肿瘤之一.在我国,近年来其发病率亦显著上升.APC基因是一种抑癌基因,在很多组织中都有表达,其表达与卵巢癌有一定的关系.本实验探讨APC基因的甲基化和表达与子宫内膜样腺癌的发生发展的关系.方法:运用甲基化特异性PCR、BT-PCR、免疫组化方法检测了30例正常的增生期子宫内膜组织、30例不典型增生的子宫内膜组织、60例子宫内膜样腺癌组织中APC基因的甲基化情况以及mRNA和蛋白的表达情况.结果:子宫内膜样腺癌组织中APC基因的甲基化率(65.0%)、mRNA表达率(33.3%)及APC蛋白表达率(30.0%)与不典型增生子宫内膜组织(33.3%、63.3%、50.0%)及正常子宫内膜(23.3%、73.3%、66.7%)相比,差异均具有显著性(P<0.05);而不典型增生子宫内膜组织和正常子宫内膜组织中,APC的甲基化率、mRNA表达率及APC蛋白表达率差异无统计学意义(P>0.05).在这3种组织中,APC基因的甲基化和mRNA的失表达呈正相关关系.结论:APC的甲基化和表达与子宫内膜样腺癌的发生发展相关.
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乳腺癌APC基因甲基化状况及其蛋白表达
背景与目的:结肠腺瘤性息肉病基因(adenomatous polyposis coli,APC)蛋白表达产物是Wnt信号转导途径重要组成部分,该基因失活使β-catenin蛋白降解障碍,从而使Tcf/Lef激活,引起基因异常转录,终产生癌变.启动子区甲基化是导致抑癌基因转录失活的重要机制.本研究探讨乳腺癌APC基因启动子1A区甲基化状态与其蛋白表达的关系,并分析APC基因异常甲基化与乳腺癌临床病理特征的关系.方法:应用甲基化特异性PCR和免疫组织化学方法检测76例乳腺癌及相应癌旁乳腺组织中APC基因启动子1A区甲基化状态以及蛋白表达.结果:癌旁乳腺组织中均未发现APC基因启动子1A区甲基化,乳腺癌组织中APC基因启动子1A区甲基化率为36.8%.癌旁乳腺组织中APC蛋白阳性率为100%,乳腺癌中APC蛋白阳性率为52.4%.乳腺癌组织中APG基因甲基化与APC蛋白表达呈负相关(r=-0.351,P＜0.05),与TNM分期呈正相关(r=0.335,P＜0.05).结论:乳腺癌发展过程中APC基因启动子1A区出现异常甲基化,是导致该蛋白表达缺失的主要原因,是导致该基因失活的重要机制之一.
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乳腺癌患者外周血清中APC基因启动子甲基化异常的检测及其意义
背景与目的:检测肿瘤患者外周血中肿瘤相关标志物是当前肿瘤研究的热点之一,恶性肿瘤患者外周血中存在游离的肿瘤相关DNA已引起肿瘤学界的极大关注,人们曾在多种肿瘤患者血清中发现与原发肿瘤相同的DNA变异.本研究以APC(adenomatous polyposis coli)基因启动子甲基化作为肿瘤标志物,探讨乳腺癌患者外周血清中游离的肿瘤相关DNA与肿瘤组织及临床病理参数的相关性.方法:采用甲基化特异性PCR(methylation specific-PCR,MSP)方法,分别检测84例乳腺癌组织、癌旁正常腺体组织及外周血清中游离DNA APC基因启动子甲基化状况.结果:84例乳腺癌组织APC基因启动子甲基化频率为45.2%(38/84),相应外周血清中同样DNA变异阳性检出率为31.0%(26/84).外周血清中DNA甲基化变异与肿瘤组织的甲基化状况显著相关(r=0.977,P=0.002).检测外周血清中APC基因甲基化的敏感性为68.4%,特异性为97.8%.肿瘤组织及外周血清中游离DNA甲基化异常与临床分期、病理类型、肿块大小及受体状况无相关性(P＞0.05).肿瘤组织未检测到甲基化患者的血清中及健康人血清中均未检测到该基因甲基化变异.结论:乳腺癌患者外周血清中肿瘤相关DNA甲基化与肿瘤组织中相同基因的变异显著相关.
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APC基因单核苷酸多态性与汉族儿童孤独障碍的关联研究
目的：探讨腺瘤性结肠息肉病基因（adenomatous polyposis coli，APC）单核苷酸多态性（single nucle-otide polymorphisms，SNPs）与中国汉族儿童孤独障碍的关系。方法采用Illumina HumanHap CNV370-Duo芯片对278个孤独障碍核心家系（患者及其父母）、157例孤独障碍患者和435名正常对照进行全基因组SNP分型。从中选取APC基因内4个SNPs（rs2431512、rs454886、rs2546110、rs411356）的分型数据，采用病例-对照关联分析及传递不平衡检验（transmission disequilibrium test，TDT）分析等位基因与孤独障碍的关系。结果成功检测4个SNPs的基因型，4个位点的小等位基因频率（minor allele frequency，MAF）＞5%，均符合Hardy-Weinberg平衡检验。孤独障碍组和对照组之间，4个SNPs的等位基因和基因型频率差异均无统计学意义（Ρ＞0.05），4个SNPs构成的单体型AAGA频率差异在未经过置换检验校正前有统计学意义（Ρ=0.041），校正后的差异无统计学意义（Ρ=0.188）。TDT分析表明，4个多态位点的等位基因及单体型的传递不平衡均无统计学意义（Ρ＞0.05）。结论本研究未发现APC基因的4个位点（rs2431512、rs454886、rs2546110、rs411356）与汉族儿童孤独障碍存在关联。
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结直肠腺瘤性息肉APC基因突变的DNA测序分析
目的:探索广西地区结直肠腺瘤性息肉组织中腺瘤性息肉病(Adenomatous? polyposis coli,APC)基因的突变类型.方法:应用聚合酶链反应(Polymerase chain reaction,PCR)方法扩增APC基因的相应片段,以制备DNA测序的模板,然后用DNA自动测序仪进行测序.结果:共检出5种APC基因突变类型,即,密码子1322(GGA＞TAA)、密码子1379(GAG＞TAG)、密码子1396(-TT)、密码子1414(-G)和密码子1429(CAA＞TAA).结论:这5种突变中有3种为无义突变,其余2种为移码突变,从而使终止密码提前出现,APC蛋白的生物合成提前终止,由此产生无功能的截短APC蛋白.
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PCR-SSCP方法检测散发性结直肠癌APC基因MCR区段突变
目的 检测散发性结直肠癌APC基因MCR区段突变情况.方法 应用常规酚、氯仿法提取48例散发性结直肠癌组织及相应正常黏膜组织的DNA,聚合酶链反应(PCR)扩增、单链构象多态性(SSCP)电泳和DNA直接测序,检测APC基因第15外显子MCR区段的突变情况.结果 48例结直肠癌中有11例发生APC基因突变,APC基因第15外显子MCR区段突变发生在codon 1 311～1 556之间,突变类型有碱基置换突变(G＞T、C＞T)、移码突变(-A、-C、-T、+A、+CGTT、-TGTGAGCG),48例中有1例发生2个密码子突变.结论 散发性结直肠癌APC基因MCR区段突变率为22.9%(11/48),以体细胞突变为主, APC基因MCR区段突变主要集中在codon 1 311～1 556.
关键词： 聚合酶链反应-单链构象多态性 结直肠癌 APC基因 MCR区段 基因突变 -
p16、DAPK和APC基因甲基化在肺癌早期诊断中的价值
目的 检测肺癌患者外周血中p16、死亡相关蛋白激酶(DAPK)和结肠腺瘤样息肉蛋白(APC)基因启动子异常甲基化情况并分析其在肺癌早期诊断中的意义.方法 收集79例原发性肺癌患者(肺癌组)、40例肺良性病变患者(对照组)的外周血标本,应用甲基化特异性PCR(MSP)法检测两组p16、DAPK和APC基因启动子的甲基化情况,并分析3个基因与肺癌患者的各项临床特征的关联情况.结果 肺癌组血清中p16、DAPK和APC的甲基化率分别为51.9％ (41/79)、50.6％ (40/79)、35.4％ (28/79),对照组中分别为2.5％ (1/40)、5.0％ (2/40)、2.5％ (1/40),两组比较差异均有统计学意义(P均＜0.05).p16、DAPK和APC基因甲基化单项鉴别肺癌的灵敏度分别为51.9％ (41/79)、50.6％ (40/79)、35.4％ (28/79).3种基因甲基化联合鉴别肺癌的灵敏度为73.4％ (58/79),高于单项指标.3个基因的甲基化与肺癌患者性别、年龄、吸烟史、组织学类型、肿瘤分期和淋巴结转移等多项临床资料均无相关性(P＞0.05).结论 外周血p16、DAPK和APC基因启动子甲基化与肺癌有关,联合检测p16、DAPK和APC基因甲基化可提高肺癌诊断的准确性.
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APC、P16基因甲基化与肝细胞癌关系的Meta分析
目的 应用Meta分析的方法评价APC基因和P16基因甲基化与肝细胞癌(HCC)的关系.方法 检索1978~2011年在Medline、Pubmed等数据库及1994~2011年在中国知网和万方数据库收录的所有有关P16、APC基因甲基化与HCC病例对照研究文献,按纳入与排除标准筛选文献,并用RevMan 5.0软件进行统计分析.结果 纳入国内外标准的16篇数据合并结果显示,APC基因甲基化病例组488例,对照组HCC患者肿瘤组织434例,其中HCC癌旁组织390例,非肿瘤肝病患者组织21例,健康人组织23例;HCC组与癌旁组织组合并的有效率的比值比(OR)=5.91,95%CI为4.20%~8.31%;HCC肿瘤组与正常组织组OR=35.19,95%CI:6.00%~206.33%.P16甲基化病例组HCC患者肿瘤组织400例,对照组共437例,其中HCC癌旁组织398例,非肿瘤肝病患者组织21例,健康人组织18例.HCC组与癌旁组织组的OR=5.69,95%CI:3.96%~8.19%,HCC肿瘤组与正常组织组OR=12.18,95%CI:2.56%~58.03%.结论 APC、P16基因的高甲基化导致了该基因的失活,与HCC的发生和发展有密切关系.
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胃粘膜肠化生组织中p53、APC、K-ras基因突变的研究
目的:探讨p53、APC及K-ras基因突变在不同类型肠化生癌变中的作用.方法:用PCR-SSCP及PCR-RFLP技术检测了47例肠化生组织中p53基因5-8外显子及APC基因15-6外显子、K-ras基因第12位点突变.结果:47例肠化生组织中p53突变14例,占29.8%,APC及K-ras基因突变各3例,分别占6.8%.肠化生中Ⅰ、Ⅱ型肠化33例,Ⅲ型肠化14例(其中3例与Ⅱ型肠化并存),Ⅲ型肠化中p53突变率为57.1%(8/14),显著高于Ⅰ、Ⅱ型肠化(18.2%,6/33,P<0.05),而APC, K-ras基因在Ⅲ型肠化中的突变率(均为14.3%)虽也高于Ⅰ、Ⅱ型肠化(均为3.0%),但统计学检验无显著意义(P>0.05).1例Ⅲ型肠化同时检出p53及K-ras突变.结论:不同类型肠化生其分子改变机制有所不同,p53基因与Ⅲ型肠化生的发生及癌变可能密切相关,并可能成为胃癌早期诊断的分子标志.
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利用生物信息学技术分析APC基因同义突变SNP在家族性腺瘤性息肉病发病机制的研究
目的 利用生物信息学技术分析APC基因同义突变SNP(sSNP)在家族性腺瘤性息肉病(FAP)中的发病机制.方法 选取云南省遗传性大肠癌组织标本库中的5个FAP患者的组织标本进行APC基因突变比对分析,将筛选得到的sSNP进行生物信息学预测,包括蛋白编码、剪接调节、转录调节、翻译后调节,并对RNA二级结构影响分析方面的预测.结果 筛选得到5个可能对APC蛋白产生影响的sSNP,生物信息学预测提示这些sSNP在mRNA水平影响剪接增强子(ESE)从而引起APC外显子异常剪切,使APC蛋白截短而导致FAP.RNA二级结构分析发现这些sSNP对RNA稳定、与其他RNA或蛋白的相互作用等产生功能性影响.结论 利用生物信息学预测手段,APC基因的某些sSNP引起的突变效应可以解释部分APC阴性FAP的病因.
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APC的结构与功能的研究进展
近年来,随着对肿瘤的深入研究,抑癌基因(APC)的研究也受到了很高的关注.APC是一种多功能抑癌基因,它不仅参与Wnt信号途径,调节β-连环蛋白(β-catenin)的降解,同时也调节细胞骨架运动,调控细胞的周期,影响细胞的迁移与分裂等,APC基因的突变使其调节功能的紊乱与结肠癌的发生与发展密切相关.本文就APC的结构和功能与肿瘤的发生的关系作一综述.
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家族性腺瘤性息肉病家系中一种新的APC基因的胚系突变
目的 研究1个家族性腺瘤性息肉病家系的腺瘤样息肉病基因(adenomatous polyposis coli,APC)的胚系突变.方法 经结肠镜、组织病理学检查和家族史的调查,确定了1例家族性腺瘤性息肉病(familial adenomatous polyposis,FAP)患者.应用多重连接依赖性探针扩增(multiplex ligation-dependent probe amplification,MLPA)、变性高效液相色谱(denaturing high-performance liquid chromatography,DHPLC)和测序等技术对这一家系的成员进行系统的APC全基因筛查.结果 在此家系中发现一个新的APC基因的胚系突变c.1999 C＞T(Q667X),这一突变造成了APC基因终止密码子的形成,从而形成有功能障碍的截短蛋白.临床上,此突变可引起严重的FAP症状,早发结直肠腺瘤和腺癌.结论 Q667X胚系突变是引起该家系临床表型的原因,受累成员可考虑大肠预防性切除手术.
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一个家族性腺瘤性息肉病家系同时出现的APC和MLH1基因突变
目的 探讨一个家族性腺瘤性息肉病(familial adenomatous polyposis,FAP)家系APC和MLH1基因的突变情况.方法 通过临床表现、家族史及组织病理学等诊断1例FAP女性患者.患者两年后出现子宫内膜上皮内瘤变(endometrial intraepithelial neoplasia,EIN),而后者是Ⅱ型Lynch综合征的病变之一.提取患者及其家系成员的外周血DNA,采用Sanger测序的方法筛查APC和MLH1基因突变.结果 该家系同时存在APC基因第7外显子的杂合性突变c.637C＞T(p.R213X)和MLH1基因第12外显子的杂合性突变c.1153C＞T(p.R385C).两种突变同时出现的情况既往未见报道.前者突变造成终止密码子提前出现,后者突变了造成氨基酸的改变.结论 同时出现的APC基因c.637C＞T (p.R213X)和MLH1基因c.1153C＞T(p.R385C)突变是该家系的致病性突变,其出现临床表现的年龄较晚,且严重程度存在差异.对于FAP患者,应询问其家族史并对APC基因进行突变筛查,同时关注其是否存在肠外病变.对于出现子宫内膜病变的患者,可进行MMR基因的筛查,以确定是否同时存在Lynch综合征.
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家族性腺瘤息肉病家系APC基因c.3925_3929缺失突变分析
目的 分析家族性腺瘤息肉病(familial adenomatous polyposis,FAP)家系结肠腺瘤息肉病(adenomatous polyposis coli,APC)基因的突变特点.方法 提取13个FAP家系成员外周血DNA,采用多重连接探针扩增(multiplex ligation-dependent probe amplification,MLPA)以及PCR扩增,之后直接测序对APC基因进行检测,将测序及MLPA结果与APC基因的野生序列进行比对,寻找各家系成员APC基因的致病性突变.结果 共有5个家系筛查出基因突变,分别为c.3184_3187 del CAAA、c.5432C＞T、c.3925_3928 del AAAA及两个c.3925_3929 del AAAAG.小片段缺失突变多处于AAAAG串联重复序列中.结论 处于APC基因AAAAG串联重复序列中的c.3925_3929可能为APC基因的突变热点区域,该位点以碱基缺失居多,尤其是密码子1309的5个碱基缺失.
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一个家族性腺瘤性息肉病家系的APC基因突变分析
目的 对1个家族性腺瘤性息肉病(familial adenomatous polyposis,FAP)家系的腺瘤性息肉病(adenomatons polyposis coli,APC)基因进行突变分析.方法 通过临床表现、家族史、大肠息肉数、组织病理学等,临床诊断1例FAP患者.提取先证者外周血DNA,进行APC基因所有外显子的PCR扩增及序列分析,发现突变位点后,对先证者的家庭成员进行相应突变位点检测,并对相应PCR产物进行酶切验证,同时用酶切方法对100名无血缘关系的正常对照进行检测.结果 该家系发现一新的无义突变:c.2891T＞G(L964X),该突变国际上未见报道.这一突变造成终止密码子提前出现,在100名无血缘关系的正常人中均未发现此突变.结论 c.2891T＞G(L964X)为该家系的致病性突变.本研究采用测序技术和酶切方法相结合,确保了诊断的准确性.
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家族性腺瘤性息肉病易感基因突变类型与临床表型关系的研究进展
家族性腺瘤性息肉病是常见的遗传性结直肠癌之一,其临床表型与患者APC基因的突变位点有关.本文对APC基因检测为阴性但有明确临床表现的患者可能携带的其他基因调控位点,包括MUTYH基因、AXIN基因和表观遗传学改变等进行了概述.随着精准医学理念的推广,有效地结合家族性腺瘤性息肉病患者基因型与表型的对应关系,提供个体化的治疗方案及随访策略将具有积极的临床意义.本文对近年来家族性腺瘤性息肉病APC基因突变与表型相关性方面的新研究进展进行了综述.
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5个家族性腺瘤样息肉病家系APC基因突变研究
目的 探讨结肠腺瘤病(adenomatous polyposis coli,APC)基因在5个云南省家族性腺瘤样息肉病(Familial adenomatous polyposis,FAP)家系的突变情况.方法 对昆明医科大学第一附属医院住院病例进行统计,查找FAP家系,绘制家系图谱.抽取该家系成员外周静脉血提取DNA,利用PCR方法扩增APC基因,应用DNA自动测序仪进行测序.结果 5个家系(2个白族家系,2个彝族家系,1个汉族家系)中,只有汉族家系查出APC基因1196S＞SX(1196号氨基酸由丝氨酸变为了终止密码子)的突变.其余家系均未查出APC基因的无义突变.结论 通过对5个FAP家系进行APC基因测序,发现云南省少数民族家系APC基因的突变率不高,APC基因突变存在民族差异.
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APC基因在宫颈癌及其癌前病变中的表达及相关性
目的:探讨APC基因在HPV16感染的宫颈癌及其癌前病变中的表达情况及相关性.方法:将接受手术的33例宫颈癌患者和28例宫颈上皮内瘤变(CINⅢ)患者分为宫颈癌组和CINⅢ组,同期手术的31例子宫肌瘤或子宫腺肌症患者作为对照组;3组患者术前均行宫颈细胞凯普导流杂交人乳头瘤病毒DNA(HPV DNA)检测HPV16,计算HPV16 DNA阳性表达率;RT-PCR及免疫组化方法检测APC mRNA及APC蛋白的表达,分析宫颈癌及CINⅢ组中HPV16 DNA阳性率与APC mRNA及蛋白表达的相关性.结果:宫颈癌组与CIN Ⅲ组的HPV16 DNA阳性率明显高于对照组,差异有统计学意义(P＜0.05);宫颈癌组APC mRNA及蛋白的阳性表达率低于照组,差异有统计学意义(P ＜0.05);CINⅢ组APC mRNA表达率与对照组差异无统计学意义(P＞0.05);宫颈癌及CINⅢ组中HPV16 DNA阳性率与APC mRNA及蛋白的表达呈负相关性(r=-0.573,-0.616;r=-0.573,-0.654;P＜0.05).结论:APC基因与HPV16可能共同参与了宫颈由正常至CIN进而发展为宫鳞癌的恶性转变过程.
