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DNA测序鉴定HLA新等位基因B*35:03:07
本研究旨在分析鉴定中国人群HLA-B位点一个新等位基因.应用PCR-序列特异性寡核苷酸探针(PCR-SSOP)技术检测到一个与HLA-B* 35:03:01相关的未知基因,应用DNA序列分析技术鉴定并分析该基因与同源性高的HLA等位基因的序列差异.结果表明,先证者HLA -B位点有1个等位基因的核苷酸序列与所有已知基因序列均不相同,与同源性高的HLA-B* 35:03:01相比,第3外显子387位碱基由C→G,并导致相应的105位密码子编码的氨基酸由CCC变为CCG,编码的氨基酸没有改变,仍为苯丙氨酸.结论:被测样本含有HLA-B新等位基因,WHO HLA因子命名委员会将其正式命名为HLA-B* 35:03:07.
关键词： DNA测序 新等位基因 HLA-B*35:03:07 -
HLA新等位基因HLA-B*13∶68的序列分析
目的:分析确认中国人群中HLA-B位点的1个新等位基因.方法:应用PCR-SBT对中华骨髓库供者样本进行HLA分型,对可能的HLA-B新等位基因采用组序列特异性引物(GSSP)进行测序,并与已知同源性高的等位基因进行序列比对,分析二者之间的差异.结果:其中1例样本HLA-B位点与目前已知的HLA-B基因序列均不一致,与其同源性高的HLA-B * 13∶01∶01序列相比,第2外显子137位碱基T＞C,导致第22位密码子由苯丙氨酸(TTT,Phe)变为丝氨酸(TCT,Ser).结论:该基因为HLA-B位点的新等位基因,已被WHO HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B * 13∶68.
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新等位基因HLA-B*40:162测序分析及确认
本研究旨在识别并确认中国人群中HLA-B位点的一个新等位基因.应用PCR-SBT对中华骨髓库供者样本进行HLA分型,对可能的HLA-B新等位基因利用组序列特异性引物(GSSP)及单链测序基因分型技术进行测序,并与已知同源性高的等位基因进行序列比对,分析二者差异.结果发现,有1个样本的HLA-B位点与目前已知的HLA-B基因序列均不一致,与其同源性高的B*40:06:01的差异表现在第2外显子272位碱基由C＞T,导致第67位密码子由丝氨酸变为苯丙氨酸.结论:确认该基因为HLA-B位点的1个新等位基因,已经被WHO HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B* 40:162.
关键词： HLA 新等位基因 HLA-B*40:162 组序列特异性引物 单链测序 -
中国南方汉族人群中一个常见型新等位基因HLA-C*08∶22的基因频率调查和分析
本研究调查南方汉族人群中1个常见型的HLA新等位基因C*08∶22的基因频率.对163份南方汉族无血缘关系个体血样进行常规的HLA-C基因第2、第3和第4外显子测序分型;对所检出的32份带有C*08∶01∶01/08∶22模棱两可结果的样本,进一步增加HLA-C基因的第5和第6外显子测序.在C*08∶22被发现和获得WHOHLA因子命名委员会认可前,对40例被鉴定携带C*08∶01∶01等位基因的无血缘关系供/受者进行HLA-C基因外显子2-6再测序.所有的序列均导入Assign 3.5 SBT软件,分析等位基因型.结果表明,32份无血缘关系个体检出C* 08∶01∶01/08∶22模棱两可结果的样本中,发现3例样本鉴定为C*08∶22,南方汉族无血缘关系个体中C*08∶22的基因频率为0.92％.回顾性分析以往40例携带C*08∶01∶01等位基因的无血缘关系供/受者对发现,其中2对供/受者实际为C*08∶22.结论:C*08∶22在南方汉族中为常见型的HLA等位基因,当测序分型出现C*08∶01∶01/08∶22模棱两可的结果时,不能轻易视为罕见型等位基因而错误地排除.
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人类白细胞抗原新等位基因HLA-A*31∶22的序列分析及确认
目的 序列分析及确认一例中国人群中的人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)新等位基因.方法 应用基于Luminex平台的聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针(PCR-SSOP)基因分型法、PCR产物测序法和组特异性引物测序法,通过软件分析该样本DNA基因序列及与相近HLA等位基因序列的差异.结果 PCR-SSOP结果显示该样本HLA-A基因座的反应格局与已知HLA-A等位基因均不一致；DNA序列分析显示,在所检测的第2～4外显子中,该样本HLA-A基因座序列与所有已知HLA-A等位基因序列均不一致,与同源性高的等位基因A*31∶01∶02的差异只在外显子2区域中产生了nt 245 A—C一个碱基取代,并导致相应的82位密码子由GAG→GCG,编码的氨基酸由谷氨酸(Glu)变为丙氨酸(Ala).结论 该基因为HLA新等位基因,被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-A*31∶22.
关键词： HLA-A*31∶22 新等位基因 序列分析 -
HLA新等位基因HLA-B*08∶57的核苷酸序列分析
对沈阳地区血小板志愿捐献者资料库常规HLA基因检测，发现并认定1例新的HLA等位基因，2010年已被世界卫生组织正式命名为HLA-B*08∶57，现报告如下。
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HLA新等位基因HLA-DRB1*0453的认定
目的 鉴定一个HLA-DRB1*04的新等位基因.方法 从外周血中提取基因组DNA,应用PCR-SSO技术进行中低分辨率的HLA基因分型,PCR产物直接测序技术检测基因序列,通过软件和数据库中的同源等位基因进行序列比对,对先证者进行家系分析.结果 样本HLA-DRB1位点的第2外显子序列与所有已知HLA-DRB1等位基因序列不同,该基因序列与同源性高的等位基因DRB1*0447相比有3个碱基替代,在外显子2区域中的286位碱基发生了C→A替代,导致相应的67密码子由亮氨酸(L)→异亮氨酸(I),344和345位碱基发生了 GT→TG替代,并导致相应的86密码子由甘氨酸(G)→缬氨酸(V).家系分析结果显示,先证者的新等位基因HLA-DRB1*0453遗传自父亲.结论 该等位基因是HLA-DRB1*04新的等位基因,被WHO HLA因子命名委员会正式命名为HLA-DRB1*0453.
关键词： HLA-DRB1*0453 新等位基因 基因分型 序列分析 -
新等位基因HLA-A*240212的认定
目的 发现和认定1个HLA新等位基因.方法 应用PCR-SSO基因分型技术筛选可能的HLA新等位基因,PCR产物测序,确认与同源HLA等位基因序列的差异.结果 发现一个样品的HLA-A位点结果异常.其序列与已知所有HLA-A等位基因序列不一致,与同源性高等位基因A*24020101的差异只是在第2外显子区域中的230位碱基发生了C→T碱基的替换,但并未改变第77密码子编码的氨基酸.结论 该等位基因为HLA-A位点的1个新等位基因,已被WHO HLA因子命名委员会于2006年8月23日正式命名为HLA-A*240212.
关键词： HLA-A*240212 新等位基因 HLA PCR-SSO 测序分型技术 -
HLA-A新等位基因HLA-A*2468的核苷酸序列分析
人类白细胞抗原(HIA)系统是目前所知为复杂的人类遗传多态性系统,其复合体定位于6号染色体的短臂上,包括多个基因座位,每一个座位上有多个等位基因,目前发现的HLA等位基因已超过2799个[1].
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新等位基因HLA-B*54∶26的序列鉴定
目的 鉴定一个中国汉族人群中发现的人类白细胞抗原(human leukocyte antigens,HLA)B位点新等位基因.方法 应用双链直接测序分型技术进行中华骨髓库供者常规HLA分型,发现一例HLA-B位点无全相配结果,采用等位基因分离DNA测序分型方法进行新等位基因序列鉴定.结果 确定一个等位基因为B*15∶05∶01,另一个为HLA-B*54组的一个新基因序列,与同源性高的HLA-B* 54∶01∶01相比,559、560位碱基AC→GA,密码子163 ACG→GAG,编码氨基酸T→E.结论 鉴定为一个HLA-B新等位基因,2012年2月被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*54∶26,GenBank注册号为JN209963.
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基因测序确认二例造血干细胞捐献者新等位基因HLA-DRB1*0114
人类白细胞抗原(HLA)是迄今所知的人类复杂的免疫遗传多态性系统,由于分子生物学技术尤其是DNA测序技术在HLA分型上的应用,新的等位基因不断被发现[1-3].随着中国造血干细胞库捐献者数量的增加,不断地在中国人中发现新等位基因的报道.我们报告2例在对中华骨髓库陕西分库注册的捐献者进行HLA低分辨的过程中发现的一个新等位基因,该等位基因2006年3月被世界卫生组织(WHO)HLA因子命名委员会正式命名为HLA-DRB1*0114.
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DNA测序确认人类白细胞抗原新等位基因A*0330及二例家系调查分析
人白细胞抗原(HLA)作为人类的1个遗传标记,具有多样性和种族特异性[1].随着中华骨髓库志愿捐献者日益增多,不断有新的等位基因在中国人中被发现[2-6],但同时在同一地区发现数例相同新等位基因并且做家系调查的较少.我们在1例骨髓移植患者常规HLA分型中发现的新等位基因,经DNA测序,2007年5月31日被WHO人白细胞抗原因子委员会命名为HLA-A*0330(ID号:HWS10004714-EF602747).随后在造血干细胞自愿捐献者中又发现1例,经DNA测序确认与首例患者等位基因相同.我们对2个家系进行调查分析,现报告如下.
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DNA测序鉴定新等位基因人白细胞抗原-Cw*1521
人白细胞抗原(HLA)系统是人类复杂的遗传多态性系统,迄今已发现3095个等位基因.HLA-Cw属于经典的HLA-Ⅰ类基因,位于HLA-A和HLA-B位点之间,于1970年被发现,目前HLA-Cw位点已经被发现了190多个等位基因[1].我们在常规白血病患者高分辨率分型的样本中发现了1个新的HLA-Cw等位基因,2007年4月被世界卫生组织人白细胞抗原命名委员会正式命名为HLA-Cw*1521.
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新等位基因HLA-A*0323的认定
目的 认定一个人类白细胞抗原(HLA)新等位基因.方法 应用多聚酶链反应-序列特异性寡核苷酸技术(polymerase chain reaction-sequence specific oligonucleotide,PCR-SSO)基因分型发现可能的HLA新等位基因.用PCR直接测序及针对组特异性扩增产物测序.确认与同源HL～等位基因序列的差异.结果 发现一个样本的HLA-A位点结果异常.其核苷酸序列与已知所有HLA-A位点等位基因序列不一致,与同源性高的等位基因A*030103差异是在第2外显子区域的256位碱基发生了C→C的替换,257位碱基发生了A→C的替换.270位碱基发生了T→A的替换,导致相应的62位密码子由CAG→GGG,编码的氨基酸由谷氨酰胺(Gln)→甘氨酸(Gly),导致相应的66位密码子由AAT→AAA.编码的氨基酸由天冬氨酸(Asn)→赖氨酸(Lys).结论 该等位基因为HLA-A位点的一个新等位基因.2006年7月13日被WH0 HLA因子命名委员会正式命名为HLA-A*0323.
关键词： 人 白细胞抗原 新等位基因 多聚酶链反应-序列特异性寡核苷酸技术 序列分析 -
造血干细胞移植配型中HLA分型方法的研究进展
移植物抗宿主病(GVHD)是造成异基因造血干细胞移植(allo-HSCT)和器官移植失败的关键因素之一,而移植前选择供受体HLA合适的配型则是减弱和减轻移植排斥反应的重要措施.随着无关供受体移植数量的逐年增加以及HLA新等位基因的不断发现(已发现1900多个等位基因),势必要求建立一种快速、特异、高分辨、低成本、大规模及智能化的新型HLA分型技术平台,因此,HLA分型技术为适应这一现状而取得了飞速发展.我们对近年出现的几种HLA分型策略作一概述.
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HLA新等位基因HLA-A*11∶230序列分析及确认
目的 对人类白细胞抗原(HLA)-A*11新等位基因核苷酸序列分析及确认. 方法 采用多聚酶链反应-测序(PCR-SBT)在对2015年中国造血干细胞捐献者资料库(CMDP)入库数据进行HLA常规分型中,应用组序列特异性引物(GSSP)单链测序方法针对常规SBT检测中A位点无匹配结果的2例无亲缘关系陕西汉族供者样本进一步进行确证实验,并运用聚合酶链式反应-序列特异性寡核苷酸探针技术(PCR-SSO)进行对照实验. 结果 经确证实验发现2例无亲缘关系供者携带同一HLA-A新等位基因序列,与同源基因HLA-A*11∶01序列相比,均在第2外显子98位置发生A＞G突变,该突变造成氨基酸序列9位由酪氨酸(TAC)变成半胱氨酸(TGC);而2例样本的PCR-SSO结果均显示为HLA-A的常见等位基因组合,未见异常反应格局. 结论 经WHO HLA因子命名委员会正式命名的新等位基因HLA-A*11∶230的发现和鉴定表明,对于常规测序无匹配结果的样本应进一步深入分析,即使以常见等位基因组合为分型结果的SSO方法仍存在HLA新等位基因漏检的可能,需引起注意.
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人类白细胞抗原新等位基因A*2636的确认
背景:目前中华骨髓库主要采用分辨率较高的聚合酶链反应-寡核苷酸探针分型反向杂交荧光微珠法检测人类白细胞抗原HLA-A、B、DRB1,该方法在高分辨率的同时,有些检测结果难以一次性确定,可采用DNA测序技术确认.目的:识别和确认一个人类白细胞抗原新等位基因.设计、时间及地点:以DNA为观察对象的开放性实验.常规初检聚合酶链反应-寡核苷酸探针分型反向杂交荧光微珠法于2007 11在河南省红十字血液中心中华骨髓库河南分库人类白细胞抗原组织配型实验室完成,测序实验于2008-02在戴诺生物技术(北京)有限公司人类白细胞抗原实验室完成.材料:中国造血干细胞捐献者初检结果可疑为新基因的重采血样5 mL.方法:采用聚合酶链反应-寡核苷酸探针分型反向杂交荧光微珠法进行常规人类白细胞抗原分型,发现A位点反应格局异常,提示有2个无法解释的假阳性探针反应(10FP、88FP)和1个假阴性探针反应(56FN)、不能正常判读给出确切结果时,采用DNA测序技术测定人类白细胞抗原A位点外显子2,3,4(Exon2,3,4)的核苷酸序列,并与已知相近等位基因进行序列对比分析.主要观察指标:测序结果与已知人类白细胞抗原等位基因序列的比较分析.结果:聚合酶链反应-寡核苷酸探针分型反向杂交荧光微珠法基因分析结果显示,受检者人类白细胞抗原基因分型为A*02xx,26xx(10 FP、88FP 58FN),B·15(75),55xx,DRB1 08xx,11xx,A位点反应格局异常,提示有2个无法解释假阳性反应(10 FP、88FP),有1个似阴性探针反应(58FN),不能指定为任何人类白细胞抗原A位点等位基因.对本例人类白细胞抗原A基因第2,3,4外显子双向之直接测序结果分析显示:A*02010101,A*260101 292 S/C.分析测序结果峰图,292位置应为C,分析软什提示该基因改变在A*26new一侧.该序列与人类白细胞抗原A*260101进行比对,同源性99%,在第2外显子区域292位碱基发生了G→C,74位的密码了GAC>CAC终导致了氨基酸的改变,即天冬氨酸(Asp)→组氨酸(His).结论:该序列为A位点的一个新等位基因,已在GenBank注册(注册号EU785343),并于2008-04被WHO-HLA因子命名委员会正式命名为A*2636.(HWS10005530).
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HLA新等位基因A~*9217家系调查分析
背景:目前所发现的HLA等位基因是在人类进化过程中,为了适应某种外界环境过程中逐渐产生的,新近产生而不曾被人们发现的为新等位基因,这些新的等位基因产生诱因千变万化,在诱发因素消除之后这些突变是否持续存在,尚需进一步观察.目的:采用DNA测序技术确认聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸分型检测中的可疑结果,确认新的HLA等位基因,分析新等位基因HLA-A~*9217(WHO注册号:WHS10004629)的遗传方式.设计、时间及地点:以DNA为观察对象的开放性试验.其中常规初检聚合酶链反应-寡核苷酸探针分型反向杂交荧光微珠法于2007-11在河南省红十字血液中心中华骨髓库河南分库人类白细胞抗原组织配型实验室完成,测序实验于2008-02在戴诺生物技术(北京)有限公司人类白细胞抗原实验室完成.材料:中华骨髓库志愿捐献者(编号:371xxxxx)及其直系3代亲属血样,受试者共9人在实验室逐个登记,采集静脉血5 mL,EDTA抗凝.方法:用聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸流式荧光微珠HLA分型方法、SBT测序分型方法,对A~*9217携带者家庭成员进行中低分辨,DNA测序高分辨检测分析,血清学方法检测ABO,MN,Rh血型系统,分析新基因的发现及遗传方式.主要观察指标:HLA新等位基因A~*9217携带者A位点外显子3序列对比.结果:通过受检者HLA分型结果和红细胞系统ABO,MN,Rh血型分析,先证者A~*9217应来自父方,但父方并没有检出A~*9217,而是检出了与之序列相近的A~*020301,与A~*9217在处显子3有3处碱基改变391 T>G,414 C>G,418 T >G,A~*9217携带者的2个孩子均检出A~*9217.结论:新基因A~*9217先证者父方产生突变所致,该突变能正常遗传给后代,该基因是否能稳定遗传下去有待进一步观察研究.
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序列分析及确认HLA新等位基因B*55:46
背景:近几年来,随着中华骨髓库的建立和人类白细胞抗原分型技术的不断发展和提高,中国人类白细胞抗原新等位基因不断被发现.目的:探索中国人的人类白细胞抗原新等位基因.方法:应用PCR-序列特异性寡核苷酸探针基因分型技术,对1名27岁男性汉族造血干细胞志愿捐献者进行HLA基因分型,并应用基于测序的方法分析该基因序列及与相近等位基因序列的差异.结果与结论:PCR-序列特异性寡核苷酸探针结果显示该样本 HLA-B 基因座反应格局出现异常提示;基因测序结果表明其B基因座第3外显子序列与所有已知HLA-B等位基因序列均不一致,在所检测的第2、3外显子中,与序列相近的等位基因B*55:02:01的差异只是在第3外显子发生了nt 412 A→G一个核苷酸替代,导致第138位密码子由AAC→GAC,相应的编码的天冬酰胺改变为天冬氨酸.将其序列提交国际基因数据库及 IMGT/HLA 数据库,证实该 HLA 等位基因为国际上首次发现,被世界卫生组织织人类白细胞抗原因子命名委员会正式命名为HLA-B*55:46 (HM989018).
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人类白细胞抗原E基因全长序列测定及两个新等位基因的鉴定
背景:人类白细胞抗原E是非经典的人类白细胞抗原I类分子,目前的多态性分析研究主要针对其第3外显子人类白细胞抗原E*01:01及人类白细胞抗原E*01:03进行区分,然而其全基因序列测定方法及新等位基因报道尚不多见.目的:利用中国深圳地区无偿献血正常个体建立人类白细胞抗原E基因全长序列测序分型方法,鉴定人类白细胞抗原E基因全长序列新的等位基因.方法:提取研究对象外周血DNA,根据IMGT/HLA数据库中公布的人类白细胞抗原E基因序列,在保守区设计全基因扩增及测序引物,利用高保真反应体系对人类白细胞抗原E全长序列进行扩增,随后测序、拼接、序列确认及基因定型.结果与结论:①成功建立了人类白细胞抗原E的全基因扩增及测序分型方法,发现了两个人类白细胞抗原E新等位基因——人类白细胞抗原E*01:01:01:06与人类白细胞抗原E*01:01:01:07,获得了WHO人类白细胞抗原命名因子委员会的命名;②人类白细胞抗原E*01:01:01:06与其接近的等位基因人类白细胞抗原E*01:01:01:01相比,突变位点在5'-启动子区的NT-26(G->T),人类白细胞抗原E*01:01:01:07与其接近的等位基因人类白细胞抗原E*01:01:01:01相比,突变位点在3'-非翻译区的NT3345位(T->C);③结果提示,中国人群中人类白细胞抗原E全基因序列多态性数据有待填补,试验建立的方法为该项研究提供了关键的技术.
