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单核苷酸多态性与病毒性肝炎
人类基因组计划的完成推动了科学家们对基因图谱的绘制和研究,SNP是人类基因组中单碱基变异引起的DNA多态性,是遗传学上的第三代分子标记.SNP的诸多优点使其成为基因连锁图谱和关联分析的一个重要工具,同时SNP与多种人类疾病以及患者对药物治疗的反应密切相关,对SNP的检测与分析成为了医药学领域的研究热点.将SNP与人类病毒性肝炎研究结合起来,将会给这类重要的传染病带来新的革命.
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遗传流行病学研究中的几种设计
许多常见慢性疾病(如癌症、心血管疾病等)的病因都是极其复杂的,遗传因素和环境因素都可能和这些疾病有关.识别这些复杂的病因是流行病学和遗传学研究者共同的目标,两门学科的相互渗透形成了遗传流行病学.相对来说,遗传流行病学是一个比较新的研究领域,它将遗传学和流行病学的设计和方法结合起来,以探索遗传因素和环境因素对疾病的单独作用以及它们对疾病的联合作用.其主要任务是评价环境因素与疾病状态的关联;评价疾病的家庭聚集性;通过分离分析判断疾病的遗传模式;从而终通过和遗传标记连锁定位出致病基因.
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适宜于连锁分析文献的Meta分析方法
近年来,随着基因定位研究的普遍开展,许多研究者都对相同的复杂性状做过类似的连锁分析研究,但结果常有很多出入.如何正确的分析和解释这些众多的互不一致的研究结果,正是目前基因定位和克隆研究者普遍面临的一个问题.Meta分析可以比较和综合针对同一科学问题所做的一系列独立研究的结果.但由于连锁分析研究之间常有很多不同之处,如不同的研究中家系的确认方式可能不同、疾病的定义可能不同、所使用的连锁分析统计方法可能不同、检测的遗传标记可能不同等,这使得很难从不同研究文献中提取共同的效应尺度,常规的Meta分析方法也不易直接应用.这里以实例介绍一些有关的方法及技巧.
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可预测卵巢癌患病风险的遗传标记
众所周知,在农村长大的孩子很少得过敏或者哮喘。德国科学家新研究发现,家畜圈舍中狐尾草等饲料作物的成分阿拉伯半乳聚糖具有抗过敏哮喘功能,
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微卫星锚定PCR及其在寄生虫学中的应用
微卫星DNA是新近发现的一种DNA遗传标记,已初步应用于寄生虫学研究中.要扩增出目标微卫星DNA,往往需要根据已知的模板序列来设计一对特异性引物,在目前对寄生虫基因组还知之甚少的情况下,这无疑给研究带来了极大的困难.微卫星锚定PCR不需要事先知道模板的序列,而是利用引物与微卫星DNA序列互补结合(在引物的3′端或5′端锚定一个或几个寡核苷酸分子),进而扩增出微卫星DNA之间的序列,从而揭示物种基因组DNA的差异.微卫星锚定PCR克服了一般PCR、RFLP以及RAPD等方法的某些不足,具有操作简便、DNA用量少、重复性好、特异性高等优点,已被用于分子生物学方面的研究.本文概述了微卫星DNA的概念、结构特点,微卫星锚定PCR的实验原理和方法及其在寄生虫学研究中的实际应用.
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单核苷酸多态性及其在异基因造血干细胞移植中的应用
单核苷酸多态性是继限制性片段长度多态性,短串连重复序列多态性之后的第三代遗传标记,是基因组中变异多的一种,被广泛应用于基因定位、克隆和遗传多样性研究以及法医学亲子鉴定等方面.作为一种稳定的遗传多态性,单核苷酸多态性成为异基因造血干细胞移植中嵌合体检测的新方法.本文就单核苷酸多态性的遗传特性,分析技术,在造血干细胞移植和其它方面的应用进行了综述.
关键词: 单核苷酸多态性 遗传标记 异基因造血干细胞移植 异基因嵌合体 -
中国南方汉族人群D2S1338和D19S433基因座遗传多态性及其应用
为了研究中国南方汉族人群中D2S1338和D19S433基因座遗传多态性,并应用于常规法医学亲子鉴定,采用Chelex-100法提取基因组DNA,IdentifilerTM试剂盒对D2S1338等15个常染色体STR基因座进行复合扩增,扩增产物经ABI3100 DNA测序仪电泳并收集电泳信息,用GeneScan 3.0和Genetype 3.7软件分析受检者的STR基因型,统计分析D2S1338和D19S433基因座的基因频率等基础数据.结果表明:获得了D2S1338、D19S433两个STR基因座各等位基因的基因频率、杂合度(H)、个体识别率(Dp)、多态信息量(PIC)及非父排除率(PE)等基础数据;基因频率经χ2检验,符合Hardy-Weinberg平衡.观察185例认定亲子关系案例计370次减数分裂,未观察到D2S1338、D19S433基因的突变.结论: D2S1338和D19S433基因座在中国南方汉族人群中有较好的基因型分布,多态信息量高,突变率低,适用于作为法医学亲子鉴定、个体识别的遗传标记.
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冠心病患者载脂蛋白基因变异的检测和临床应用研究
载脂蛋白(apo)基因变异(多态性)是冠心病及其质代谢紊乱的重要遗传背景.apoE基因位于人类19号染色体p13~q13(19q13.2)与apoC-Ⅰ/C-Ⅱ基因组密切相邻[1].而Bruns等[2]发现apoA Ⅰ-CⅢ基因簇位于11号染色体,Karathanasis等[3]发现apoA1/C3/A4基因簇的多态性与血脂及动脉粥样硬化有关,apoA5是近来发现的载脂蛋白,被确定与血浆甘油三酯水平密切相关[4-5].apoH基因位于17号染色体,是血浆脂蛋白组成之一,可与富含甘油三酯的脂蛋白共同沉淀,而富含甘油三酯的脂蛋白是动脉粥样硬化的独立标志之一,因而也可能为冠心病遗传标记.作者通过对同一组样本进行多个位点的载脂蛋白基因变异检测,建立了分子实验方法、探讨临床实用性.
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DNA测序确认人类白细胞抗原新等位基因A*0330及二例家系调查分析
人白细胞抗原(HLA)作为人类的1个遗传标记,具有多样性和种族特异性[1].随着中华骨髓库志愿捐献者日益增多,不断有新的等位基因在中国人中被发现[2-6],但同时在同一地区发现数例相同新等位基因并且做家系调查的较少.我们在1例骨髓移植患者常规HLA分型中发现的新等位基因,经DNA测序,2007年5月31日被WHO人白细胞抗原因子委员会命名为HLA-A*0330(ID号:HWS10004714-EF602747).随后在造血干细胞自愿捐献者中又发现1例,经DNA测序确认与首例患者等位基因相同.我们对2个家系进行调查分析,现报告如下.
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上海市汉族多囊肾病基因2单核苷酸多态性的检测
在多囊肾病基因2(PKD2)中存在若干单核苷酸多态性(SNP).PKD2突变可导致常染色体显性多囊肾病(ADPKD).目前在PKD2中已检出数个SNP[1],但筛选的样本均来自高加索人.有学者认为,基因组平均每1 001 bp就有1个SNP[1],PKD2全长68 000 bp,理论上应有60多个SNP,这些遗传标记对于ADPKD发病机制的阐明具有重要意义.本研究检测PKD2中的SNP及其在上海市汉族人群中的频率分布.现报告如下.
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个体化医学的现状、挑战与对策
现代药物基因组学研究证明,人类遗传和基因多态性是药物不良反应及其疗效个体差异的首要原因.个体化医学则是根据个体的遗传结构,选择适合患者的药物种类和剂量,以显著提高药物疗效并减少药物毒性.本文介绍国内外药物基因组学进展,评述个体化医学由科研推向临床应用的各种影响因素,阐明个体化医学实施面临的挑战,展望个体化医学的未来.
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血压的盐敏感性与盐敏感性高血压
近年的研究证明,年龄25岁以上血压正常盐敏感者的远期(27年)累计生存率与高血压患者相当,远低于盐不敏感者(Weinberger MH. Hypertension,2001,37(2):429-432);而高血压盐敏感者的远期(18年)累计无心血管事件发生率和死亡率,盐敏感者远低于盐不敏感者,25%对75% (Morimoto A.Lancet,1997,350:1734). 但有关盐敏感性的判定、发生机制和遗传标记仍是一个有待进一步探讨的问题.
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HapMap是什么?
单核苷酸多态性(SNPs)是引起人类不同个体间序列差异的常见形式,且SNPs是用于关联分析的遗传标记.国际人类基因组单体型图计划(简称HapMap计划)收集了270个祖先分别来自非洲、亚洲和欧洲的四个群体的样本,测序得到了超过1百万个SNPs,平均约3000个碱基一个SNP.HapMap计划的第二阶段旨在增加已测序SNPs的密度至每1000个碱基一个SNP.de Bakker以及Zeggini所在的两个小组利用实验数据和模拟数据发现,利用目前HapMap提供的信息能够筛选出250,000~500,000个SNPs,大约占所有常见多态(次要等位基因频率大于5%)的70~80%.
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老年人骨质疏松的遗传学研究
骨质疏松是一种常见的具有遗传倾向的年龄相关性疾病,其特点表现为骨量的减少、骨组织的超微结构破坏、骨强度减弱及骨折的风险增加.在美国,90%的白种老年女性和70%的白种老年男性所发生的髋骨和脊柱骨折与骨质疏松有关.随着人口预期寿命的延长,骨质疏松已成为老年人群发病率和病死率明显增高的主要公共卫生问题.目前大多数研究表明,骨量的获得和维持虽然受多种因素如遗传、激素、营养、生活方式等的影响,但70%左右的骨密度可以用遗传变异来解释.而且,骨丢失程度及骨转换率的变异也证实与遗传相关.因此,通过对骨质疏松遗传机制的深入研究,有望发现具有预测骨质疏松风险的易感基因,并可作为骨质疏松的遗传标记,使骨质疏松得到早期防治和诊断.
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2型糖尿病患者胰岛素受体底物-2基因G1057D突变频率及意义
胰岛素抵抗(IR)的分子机制,特别是分子靶点及细胞内信号转导机制的研究,成为近年2型糖尿病(T2DM)的研究热点,其中胰岛素受体底物(IRS)备受关注.基因剔除研究显示[1,2],IRS-1纯合突变(IRS-1-/-)鼠仅出现轻度的IR,不发展为糖尿病.IRS-2-/-鼠则出现中、重度IR及T2DM的全部特征,提示IRS-2基因突变可能参与T2DM的发生.人类IRS-2基因定位于13q8.6,IRS-2基因G1057D系编码区的单核苷酸多态性(SNP)使氨基酸序列1057位发生了G→D替代,但该多态性位点的功能学意义,国外报道结果不尽一致.由于基因变异存在种族及地区性差异,故本研究以其为遗传标记,运用PCR-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)分析方法,对辽宁省汉族人群该突变进行检测,同时结合生化及放免指标的变化,明确该突变与T2DM的相关性.
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糖尿病全基因组关联研究告诉我们什么?
全基因组关联研究( genome-wide association study,GWAS)是指在全基因组层面上,利用现代基因芯片技术,通过对大样本人群DNA进行高密度遗传标记的分型检测,从而寻找多基因复杂病如糖尿病、肥胖病等的遗传因素的一种研究方法,能够发现与疾病发生、发展相关的基因变异位点[1-2].在糖尿病领域中,迄今为止,通过GWAS已经定位约50个1型糖尿病易感位点[3]、40余个2型糖尿病易感位点[4],这些遗传标记的发现不仅增加了疾病的早期预测能力,更为糖尿病的发病机制提供了新思路.
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染色体显微切割技术的研究进展及应用(综述)
人类及许多高等动植物的基因序列分析研究,随着高度多态的DNA遗传标记的丰富和应用,取得很大的进步,但基因图中遗传标记分布不均,基因组的遗传图谱和物理图谱分辨率不高,染色体特定区域遗传标记密度不高,无法建立高精度基因图,需要一种新的方法探索新的标记,获得染色体区带特异性的序列标签位点(STS)及表达序列标签(EST)构建克隆连锁群,分阶段有序地完成特异区带全序列分析,染色体显微切割技术在此方面显示出特有的优越性.自八十年代初首次应用以来,显微切割技术通过不断的与其他分子生物学技术相结合,已在人类及动植物的病理研究,文库构建,基因定位,克隆等领域广泛应用,并取得瞩目的成绩.
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长链非编码RNA在肝移植中的应用
肝移植是治疗终末期肝病的一种重要手段,但肝移植疗效评估仍存在许多不足,因此迫切需要发现一种更加有效的新型生物标记物.长链非编码RNA(long noncoding RNA,LncRNA)是人类基因组转录产物中不编码蛋白质的RNA分子,在肝脏疾病、损伤和功能紊乱中起重要作用,同时广泛参与肝移植生理和病理生理过程,其在肝移植领域的潜在生物标记作用也已引起人们关注.本文就LncRNA在肝移植中应用的研究进展作一阐述.
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泛耐药铜绿假单胞菌的遗传学研究
目的 研究泛耐药铜绿假单胞菌的耐药机制及遗传学特征.方法 采用K-B法测定临床分离铜绿假单胞菌对14种抗菌药物的敏感性,随机选出1株泛耐药株,采用PCR法对其进行β-内酰胺酶类药物耐药相关基因(TEM、SHV、CTX-M-1群、CTX-M-2群、CTX-M-9群、OXA-1群、OXA-2群、OXA-10群、PER、GES、VEB、CARB、LCR、BEL、DHA、IMP、VIM、SPM、GIM、SIM和oprD2)和氨基糖苷类耐药基因(含氨基糖苷类修饰酶基因、16S rRNA基因甲基化酶基因)以及质粒遗传标记(traA、traF)、转座子遗传标记(tnpA,tnpU、merA)和整合子遗传标记(int Ⅰ 1)检测,并对相关基因进行序列分析.结果该株铜绿假单胞菌对14种抗菌药物均不敏感.该菌株耐β-内酰胺类基因TEM-1、CARB-3阳性.且伴有oprD2缺失;耐氨基糖苷类基因aac(6')-Ⅱ、ant(2")-Ⅰ阳性;Ⅰ类整合子遗传标记ing Ⅰ 1阳性、转座子遗传标记merA阳性.结论 铜绿假单胞菌耐药严重,临床上需引起重视.
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产β-内酰胺酶肺炎克雷伯菌新型整合酶基因研究
老年患者肺炎克雷伯菌β-内酰胺酶基因和氨基糖苷类药物耐药相关基因已有较多报道[1-2].为进一步了解老年人肺炎克雷伯菌分离株转座子和整合子的存在状况,笔者对20株肺炎克雷伯菌进行了转座子遗传标记(tnp513、tnpU 、tnpA、merA)和整合子遗传标记(int Ⅰ1、int Ⅰ2、intⅠ3)检测.