LncRNA在缺血性心脏病中的研究进展

缺血性心脏病发病率及病死率位居全球首位.因此,寻求新的诊断思路及治疗靶点成为心血管疾病研究领域的首要任务.长链非编码RNA(long noncoding RNA,LncRNA)是一类没有完整开放阅读框、不能编码蛋白质的、长度超过200个核苷酸的非编码转录RNA.新近研究表明,LncRNA可通过基因印记,X染色体失活等机制影响基因的表达,参与机体内多种重要的病理、生理过程.本文将对LncRNA在心血管系统发育、疾病调控机制及其作为一种新型生物学标记在缺血性心脏病诊断和预后中的相关研究做以下综述.

lncRNA与miRNA相互调控作用及与心血管疾病的关系

近期研究表明,有大量基因序列通过ncRNA形式对生命活动进行调控,ncRNA不但参与细胞的增殖、分化和衰老,在癌症、神经退行性疾病和心血管等疾病中亦发挥重要作用.近年来有关miRNA和lncRNA在心血管疾病的病理及治疗方面的作用成为热点,而lncRNA和miRNA之间互相存在一定调控作用,但具体作用机制仍未明确,本文综述了有关lncRNA和miRNA之间相互关系的研究进展、研究方法及其在心血管疾病的作用.

LncRNA在造血以及血液系统疾病中的作用及意义

NEAT1在肾癌中的表达及其临床意义研究

目的:研究长链非编码RNA NEAT1在肾癌组织及其癌旁组织中的表达水平差异,分析其表达水平与患者临床特征之间的关系,并探究其有何相对应的临床意义.方法:提取35对标本的总RNA,经逆转录、实时荧光定量PCR(qRT-PCR)来检测NEAT1的表达量,并使用统计学分析NEAT1的表达差异与其临床特征之间的具体相关性.结果:NEAT1在30例(85.71％))肾癌标本中表达下调,统计学分析表明NEAT1在肾癌组织表达明显下调(P＜0.05).NEAT1在肾癌中表达量与患者的性别、年龄、癌组织类型、TNM分期、AJCC分期无明显相关性(P＞0.05).结论:NEAT1在肾癌组织中表达明显下降,提示其可能与肾癌的发生发展有一定关系.

宫颈癌细胞中ΔNp63α对白血病抑制因子表达水平的影响及其机制

目的 探讨△Np63α对白血病抑制因子表达水平的影响及其机制.方法 通过稳定转染构建稳定过表达△Np63α的SiHa细胞株(SiHa/△Np63α);通过瞬时转染沉默ME-180细胞中△Np63α的表达水平;并通过Western blot检测两组细胞中△Np63α、LIF、STAT3的蛋白水平,通过qRT-PCR检测两组细胞中△Np63α、LIF、STAT3、LncRNA ENST00000447565的转录水平.结果 (1)△Np63α过表达的SiHa细胞中,LIF的mRNA及蛋白水平均明显下调,其调控的下游基因STAT3的mRNA表达水平也显著下降;(2) △Np63α过表达的SiHa细胞中,LncRNA ENST00000447565的转录水平显著下调,该LncRNA与LIF基因均在22号染色体q12.2,且基因组位置接近;(3) △Np63α沉默的ME-180细胞中,LIF的表达量明显上调.结论 △Np63α可以抑制LIF及下游基因STAT3的表达水平,其机制可能与△Np63α对LncRNA ENST00000447565的表达抑制有关.

基于芯片重注释技术构建口腔鳞状细胞癌预后相关 的lncRNA风险评分模型

目的:利用芯片重注释技术,构建预测口腔鳞状细胞癌(oral squamous cell carcinoma,OSCC)的lncRNA风险评分(lncRNA-RS)模型.方法:下载GEO数据库中的GSE42743数据集作为训练集(n=74),TCGA中的头颈部肿瘤队列作为测试集(n=78).利用生物信息学方法对训练集中的基因探针进行重注释,并通过单因素和多因素Cox回归分析建立OSCC预后相关的lncRNA-RS模型.然后,采用生存曲线和多因素Cox回归分析评价lncRNA-RS模型对预后的预测作用.后,运用KEGG通路分析探究模型中lncRNA可能的作用机制.结果:单因素Cox回归分析共发现5个与OSCC预后显著相关的lncRNA(P<0.001).基于这5个lncRNA进一步构建OSCC预后相关的lncRNA-RS模型,并根据lncRNA-RS将患者分为高风险组(n=37)和低风险组(n=37).生存曲线分析表明,低风险组患者的总生存期在训练集(P<0.001)和测试集(P=0.022)中均优于高风险组.多因素Cox回归分析表明,ln-cRNA-RS在训练集(HR:9.860,95％CI:4.289～22.667,P<0.001)和测试集(HR:2.259,95％CI:1.171～4.357,P=0.015)中均为影响OSCC预后的独立因素.KEGG富集分析表明,这些lncRNA主要参与调节代谢相关通路、钙信号通路、mTOR信号通路和AMPK信号通路等.结论:本研究基于5个lncRNA构建了lncRNA-RS模型,可作为一种潜在的OSCC预后标志物组合.

长链非编码RNA在儿科疾病中的研究进展

转录本长度超过200个碱基的非编码RNA称为长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA).lncRNA可通过复制、转录、转录后修饰、翻译等途径,对蛋白质编码基因的表达进行调控,其异常表达会导致机体出现各种疾病.研究发现lncRNA与儿科的相关疾病密切相关.本文主要结合lncRNA的功能特点及其近年来在儿科相关疾病中的研究进展进行综述.

lncRNA在钙化性主动脉瓣疾病中的作用研究新进展

钙化性主动脉瓣疾病是老年人群中常见的一种心脏瓣膜疾病,目前尚无有效药物逆转或预防其发病过程.钙化性主动脉瓣疾病致病过程高度类似于骨代谢和骨发育,但其具体致病机制尚不完全清楚.lncRNA是一种长度大于200个核苷酸的非编码RNA,具有重要的生物学功能.诸多研究表明lncRNA在钙化性主动脉瓣疾病中有表达差异,并通过不同机制参与钙化性主动脉疾病的发生.本文将综述近年来lncRNA与钙化性主动脉瓣疾病的重要进展,为进一步理解钙化性主动脉瓣疾病发生发展的分子机制提供依据.

放射性直肠纤维化组织中lncRNA差异性表达研究

目的 探讨长链非编码RNA(lncRNA)在放射性直肠纤维化(RIRF)组织中的表达变化.方法 采用高通量基因芯片检测长程放疗后的直肠组织中lncRNA与未行放疗的正常直肠组织中的表达差异,分析lncRNA的表达变化与RIRF的关系.结果 放疗后直肠纤维化组织较正常直肠组织中表达量相差2倍以上的lncRNAs共1622个,其中1038个上调,584个下调,表达量相差10倍以上lncRNAs共76个,其中54个上调,22个下调.生物信息学技术显示多个差异性表达的lncRNAs参与调节纤维化信号通路相关细胞因子,如FGF2、TGF-β1等.结论 lncRNA可能通过调控纤维化信号通路的细胞因子参与RIRF的发生,有望成为RIRF基因治疗的潜在靶点.

非编码RNA与胰腺癌

非编码RNA能够调控基因表达、参与表观遗传修饰,细胞分化、增殖、凋亡等多种生命活动.非编码RNA在癌症发生、癌细胞浸润和远端转移等过程中也扮演着重要角色.通过介导基因组超甲基化、转录水平调控、转座序列调控、维持基因组印迹以及DNA损伤修复,调控胰腺癌细胞的生长和凋亡.深入了解非编码RNA在胰腺癌发生发展过程中的分子生物学机制,对非编码RNA在胰腺癌诊断、治疗和预后有重要的理论和应用价值.

GeXP多重分析技术检测肝癌组织长链非编码RNA表达的实验研究

目的 运用多重基因表达遗传分析系统(genomelab gene expression profiler,GeXP),创建一种能同时检测肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)组织长链非编码RNA(long non-codingRNA,LncRNA)表达的一种多重逆转录-聚合酶链反应(reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR)检测方法,为HCC的诊断及预后提供一定的方法学基础.方法 检索并筛选Pubmed数据库中近10年发表的与HCC有关报道的8种LncRNAs,并分别设计特异性引物.首先验证引物及多重反应体系的特异性及灵敏性,经过系统优化后建立一种多重RT-PCR检测方法.另检测23对HCC肿瘤组织和癌旁非肿瘤组织标本,并用实时定量PCR技术(quantitative real-time PCR,qPCR)来验证检测体系并进行结果统计. 结果 优化后的GeXP多重检测体系,特异性及灵敏性良好.另在23对HCC肿瘤组织及癌旁组织中检测到了这8种LncRNAs的差异表达:与癌旁组织相比,HCC组织中LncRNA NEAT1、H19、MALAT1、HOTAIR、DANCR、UCA1、BCAR4的表达显著下降(P均＜0.05);肝癌组织中LncRNA GAS5的表达显著上升(P＜0.05).qPCR方法验证与GeXP方法结果一致.结论 应用GeXP多重分析技术成功建立了一种于单管中同时检测HCC组织8种LncRNAs表达的检测方法,该方法有效、快捷、灵敏、特异,对HCC的诊断及预后具有启示作用并奠定了一定的方法学基础.

成骨不全14种长链非编码RNA差异表达分析

目的：研究14种长链非编码RNA（Long non-coding RNA, lncRNA）在成骨不全骨组织中的表达。方法采用先天性骻关节脱位患者骨组织作为对照，应用RT-qPCR分析成骨不全骨组织中14种lncRNA(ATB、EBIC、HEIH、hLACR1、HOTAIR、PVT1、LET、Loc285194、SRHC、LSINCTS 、Nbla10727、Nbla12061、PRNCR1与UC.388)的表达，使用REST-2009软件进行数据统计分析。结果与对照组相比，14种lncRNA中仅PRNCR1表达下调并具有显著性差异；ATB、EBIC、HOTAIR、PVT1、LET、Loc285194、SRHC等7种lncRNA表达差异均小于2倍，LSINCTS表达下调，HEIH、hLACR1、Nbla10727、Nbla12061与UC.388等5种lncRNA表达上调，但均无统计学意义。结论 PRNCR1在成骨不全骨组织中低表达，其在成骨不全疾病的功能尚有待于进一步研究。

长链非编码RNA调控自噬在急性心肌梗死后造影剂所致肾损伤中的发生机制

提要:急性ST段抬高型心肌梗死(ST-segment elevation myocardial infarction,STEMI)患者行急诊经皮冠状动脉介入(percutaneous coronary intervention,PCI)治疗后造影剂所致急性肾损伤(contrast induced-acute kidney inju?ry,CI-AKI)发生率高,且增加近期和远期不良心肾事件.肾小管上皮细胞的自噬在急性肾损伤的发生中起着重要作用,生物信息学分析包括gene ontology(GO)富集、通路分析发现,Lgmn与哺乳动物参与自噬的特异性基因becclin-1基因可以富集在一起,两者之间具有功能相似性,尚不明确长链非编码RNA(long noncoding RNA,LncRNA)是否通过Lgmn调控自噬而影响CI-AKI发生,本文对LncRNA参与自噬调控在急性心肌梗死后造影剂所致肾损伤中的发生机制进行综述.

长链非编码RNA MIAT在肾透明细胞癌中的表达情况和预后意义

目的 探讨长链非编码RNA MIAT在肾透明细胞癌中的表达情况及与患者临床指标的相关性,分析其作为肾透明细胞癌分子标记物的可能性.方法 通过荧光定量PCR方法 检测MIAT在40例肾透明细胞癌组织和40例癌旁正常组织中的表达情况,同时结合TCGA数据库分析MIAT表达水平与肾透明细胞癌患者临床指标和预后的关系.结果 MIAT在肾透明细胞癌组织中的表达明显高于癌旁正常组织,在肾癌细胞系中的表达明显高于正常肾小管上皮细胞,差异均具有统计学意义(P<0.05).TCGA数据库资料分析表明,MIAT表达水平与肾癌患者T分期(P<0.001)、M分期呈正相关(P<0.05).Kaplan-Meier生存分析表明,高表达MIAT的肾癌患者总体生存时间明显低于低表达MIAT的肾癌患者(Log-rank P<0.05).结论 MIAT在肾透明细胞癌组织和肾癌细胞系中高表达,有可能成为肾透明细胞癌的分子标记物.

In recent years, it has become increasingly apparent that noncoding RNAs (ncRNA) are of crucial importance for human cancer. The functional relevance of ncRNAs is particularly evident for microRNAs (miRNAs) and long noncoding RNAs (lncRNAs). miRNAs are endogenously expressed small RNA sequences that act as post-transcriptional regulators of gene expression and have been extensively studied for their roles in cancers, whereas lncRNAs are emerging as important players in the cancer paradigm in recent years. These noncoding genes are often aberrantly expressed in a variety of human cancers. However, the biological functions of most ncRNAs remain largely unknown. Recently, evidence has begun to accumulate describing how ncRNAs are dysregulated in cancer and cancer stem cells, a subset of cancer cells harboring self-renewal and differentiation capacities. These studies provide insight into the functional roles that ncRNAs play in tumor initiation, progression, and resistance to therapies, and they suggest ncRNAs as attractive therapeutic targets and potential y useful diagnostic tools.

长链非编码RNA MALAT1促进皮肤鳞癌的发生和发展

目的 探索长链非编码RNA MALAT1在皮肤鳞癌发生发展中的作用,为皮肤鳞癌的临床治疗提供基础理论依据.方法收集55例皮肤鳞癌样本和10例正常皮肤组织样本,采用qRT-PCR与原位杂交方法检测MALAT1在皮肤鳞癌组织和正常组织中的表达情况.在皮肤鳞癌细胞株A431中,采用siRNAs(siNC,siMALAT1-1,siMALAT1-2)和Lipofectamine2000进行细胞转染来敲减基因,采用Transwell实验,细胞划痕实验,CCK增殖实验检测皮肤鳞癌细胞的迁移侵袭能力,运动能力和增殖能力.采用qRT-PCR方法检测A431中MALAT1与上皮间质转化(EMT)样转化相关因子(E-cadherin,Vimentin,β-catenin)的变化;明确其关系.结果 相比正常组织,皮肤鳞癌组织的不同分化水平上(高分化,中分化,低分化),MALAT1的表达率均升高(P<0.001).在皮肤鳞癌细胞A431中,转染MALAT1 siRNAs下调其表达后,与对照相比,其增殖能力(P<0.001),迁移能力(P<0.01),侵袭能力(P<0.01),细胞划痕运动能力均下降(P<0.01).且EMT相关因子中上皮表型标志物E-cadherin,β-catenin的表达升高(P<0.01),间质表型分子vimentin表达降低(P<0.01).结论 长链非编码RNA MALAT1在皮肤鳞癌的发生发展中起促进作用,可以为皮肤鳞癌的临床治疗提供基础理论依据.

肝癌遗传关联研究中LncRNA H19遗传变异的生物信息学分析

目的 研究lncRNA H19遗传变异与肝癌易感性的关联,利用生物信息学的方法在实验前期筛选出H19中有潜在功能的SNPs.方法 运用1000 Genomes Project和Ensembl等数据库确定H19 SNPs名录,利用Allele frequency calculator选取MAF值大于0.05的SNPs;结合文献查阅,运用SNP Function Prediction和F-SNP等功能预测软件筛选有潜在功能的SNPs.结果 5个SNPs在转录调控、蛋白质编码以及剪切调控中可能存在相应生物活性,值得进一步研究.结论 对lncRNA H19的SNPs进行了科学合理的选择,可以更全面深入地探寻H19影响肝癌发生发展的遗传机制.

肾透明细胞癌差异表达基因的筛选及其核心基因相应miRNA和lncRNA预测分析

[目的]筛选肾透明细胞癌(ccRCC)中差异表达基因并其相关miRNA和lncRNA,寻找可作为ccRCC诊断及治疗的生物标志物.[方法]通过从TCGA数据库和GEO数据库筛选ccRCC差异表达基因并取交集,对差异表达基因进行GO功能分析和KEGG通路富集分析,使用MCODE软件筛选出差异表达基因中的核心基因,并利用mirDIP数据库和STARBASE数据库对核心基因上游的miRNA和lncRNA进行预测.[结果]共筛选出427个差异表达基因,这些差异表达基因在GO功能分析上主要与催化活性、受体活性和细胞黏附分子活性等功能相关,KEGG信号通路富集结果则表明其主要与PPAR、Rap1以及细胞因子受体相互作用等信号通路相关.从这些差异表达基因中筛选出11个核心基因,并预测到134个相应miRNA,接着对5个与ccRCC总体生存率相关的miRNA在STARBASE中共预测到6个相应lncRNA.后将lncRNA、miRNA、核心基因以及相应信号通路在CYTOSCAPE中构建出一个互作网络.[结论]利用生物信息学技术将TCGA数据库与GEO数据库结合起来,筛选出ccRCC中差异表达基因,并对其中的核心基因进行miRNA与lncRNA预测分析,为后续找到可用于ccRCC临床诊断的靶标与治疗的靶点提供了有力帮助.

血清LncRNA LIPCAR在冠心病并抑郁的表达及与临床特征的关系

目的 探讨血清长链非编码RNA(long non-coding RNA,LncRNA)LIPCAR在冠心病和冠心病合并抑郁患者血清中的表达水平,分析LncRNA LIPCAR在冠心病并抑郁及与临床特征的关系.方法 选取冠心病并抑郁患者(合并组)、冠心病患者(冠心病组)各40例,选取健康体检者80例作为对照组,均抽取空腹静脉血后离心取血清,提取血清中的总RNA,反转录获得cDNA后通过qRT-PCR方法检测LncRNA LIP-CAR的表达量,分析LncRNA LIPCAR与冠心病、冠心病并抑郁临床特征的关系,分析LncRNA LIPCAR在冠心病并抑郁患者中与临床指标关系,分析LncRNA LIPCAR的表达与Gensini评分、抑郁自评量表(self-rating depression scale,SDS)及汉密尔顿抑郁量表(Hamilton depression scale,HAMD)评分的相关性.结果 3组的LncRNA LIPCAR的表达量组间对比差均有统计学意义(P<0.05),其中合并组的血清LncRNA LIPCAR的表达量显著高于冠心病组和对照组,差异均有统计学意义(P<0.05),合并组急性心肌梗死(acute myocardial in-farction,AMI)、不稳定性心绞痛(unstable angina pectoris,UAP)和稳定性心绞痛(stable angina pectoris,SAP)三种类型患者的LncRNA LIPCAR水平均显著高于冠心病组,差异有统计学意义(P<0.05),其中LncRNA LIP-CAR表达水平与高密度脂蛋白胆固醇(high density lipoprotein cholesterol,HDL-C)呈显著负相关(r=-0.212,P=0.045),与Gensini评分、SDS评分及HAMD评分均呈显著正相关(r=0.372、0.428、0.442,P<0.001).结论 血清LncRNA LIPCAR在冠心病合并抑郁症患者中表达显著升高,其与冠心病及抑郁症的严重程度均呈显著正相关关系.

MEG3和MALAT-1 lncRNA与垂体生长激素腺瘤发展及侵袭的关系

目的 探索MEG3和MALAT-1长链非编码RNA(lncRNA)的表达与垂体生长激素(GH)腺瘤发展和侵袭的关系.方法 应用qRT-PCR检测MEG3和MALAT-1 lncRNA在正常垂体前叶、非侵袭性垂体GH腺瘤、侵袭性垂体GH腺瘤的表达情况,分析其表达差异.结果 MEG3 lncRNA在12例(30.8%)垂体GH腺瘤中表达缺失,在正常垂体前叶无表达缺失.MEG3 lncRNA在侵袭性垂体GH腺瘤(P<0.01)和非侵袭性垂体GH腺瘤(P<0.01)中的表达水平较正常垂体前叶明显降低.MEG3 lncRNA在侵袭性垂体GH腺瘤中的表达水平较非侵袭性垂体GH腺瘤明显降低(P<0.01).MALAT-1 lncRNA在侵袭性垂体GH腺瘤(P<0.01)和非侵袭性垂体GH腺瘤(P<0.01)中的表达水平较正常垂体前叶明显升高.MALAT-1 lncRNA在侵袭性垂体GH腺瘤中的表达水平较非侵袭性垂体GH腺瘤明显升高(P<0.01).结论 MEG3 lncRNA的表达缺失与MALAT-1的高表达可能与垂体GH腺瘤的发展和侵袭密切相关.