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幽门螺杆菌的基因分型技术及其应用
幽门螺杆菌(Hp)可以在人群中广泛传播,并会引发一系列的胃肠道疾病甚至胃癌.不同基因型的Hp感染可能会引发不同类型的疾病,而基因分型技术是研究这类问题的重要方法.本文主要介绍了多位点序列分型、脉冲场凝胶电泳、随机扩增多态DNA、扩增片段长度多态性和全基因组测序这五种基因分型技术,通过综述这几种技术在Hp基因分型中的应用进展,比较它们之间的优缺点,为今后研究Hp的致病机制、传播机制以及流行病学调查提供方法学依据.
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耐亚胺培南铜绿假单胞菌产金属β-内酰胺酶的检测及其耐药性分析
目的检测铜绿假单胞菌产金属β-内酰胺酶并分析其耐药性.方法采用E-test方法进行抗菌药物敏感试验,产金属β-内酰胺酶菌株进行脉冲场凝胶电泳分析.结果105株铜绿假单胞菌对9种抗菌药物的敏感率分别为:哌拉西林/他唑巴坦75.19%、头孢他啶64.0%、阿米卡星44.5%、环丙沙星64.32%、头孢哌酮/舒巴坦70.12%、亚胺培南79.1%、氨曲南58.32%、哌拉西林47.62%、头孢吡肟51.43%.22株耐头孢他啶和亚胺培南铜绿假单胞菌的产金属β-内酰胺酶率为31.8%.7株产金属β-内酰胺酶菌株经脉冲场凝胶电泳分析有4个克隆株.结论产金属β-内酰胺酶是铜绿假单胞菌对碳青酶烯类抗生素及头孢菌素耐药的机制之一,准确的实验室检测不仅可以帮助临床合理使用抗生素并可减少耐药性的传播.
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安徽省2008-2010年宋内氏志贺菌分子流行病学分析
目的 对安徽省2008-2010年宋内氏志贺氏菌进行分子流行病学分析,为安徽省的菌痢检测和监测搭建分子平台.方法 应用纸片扩散(kirby-bauer,K-B)法进行药物敏感试验；应用聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)方法对20株宋内氏志贺氏菌进行基因分析；运用脉冲场凝胶电泳(pulsed-field gel electrophoresis,PFGE)技术进行亲缘性分析.结果 20株宋内氏志贺菌对氟哌酸(ciprofloxacin,CIP)和先锋必(cefoperazone,CPZ)为敏感,敏感率达100％；多重PCR结果显示除志贺毒素l(shigatoxinl,SETl)为阴性外,其余三种基因:侵袭性质粒H抗原(invasion plasmid antigen H,ipaH)、志贺肠毒素2(shiga toxin 2,SET2)、志贺菌增殖和侵袭相关的毒力基因(invasion associated locus,ial)皆为阳性；20株菌用Xba Ⅰ酶切后经PFGE电泳后可分为6个主要型别.结论 安徽省受试20株宋内氏志贺菌多重耐药现象严重且基因型高度一致；菌型呈多种型别并存的趋势,说明安徽省宋内氏菌的来源属于多克隆系.
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北京市40株肠炎沙门菌多重耐药和分子分型研究
目的 分析2009-2010年北京市肠炎沙门菌多重耐药和脉冲场凝胶电泳(pulsed-field gel electrophoresis,PFGE)分子分型.方法 对2009-2010年北京市肠道门诊监测系统分离到的40株肠炎沙门菌进行生化鉴定、血清分型并运用纸片法进行药敏检测,并采用PFGE进行分子分型.结果 发现40株肠炎沙门菌中,32株多重耐药菌株,其中4～5种抗生素耐药27株(84.38％),10种抗生素耐药1株(3.13％)；可分为14个PFGE带型,其中4个PFGE型的菌株数超过1株.结论 北京市肠炎沙门菌分离株多重耐药性比较严重,PFGE分子型别较多,且存在差异明显的多个克隆系,但同一PFGE型菌株的多重耐药谱较为接近.
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脉冲场凝胶电泳在沙门菌食物中毒溯源中的应用研究
目的 用脉冲场凝胶电泳(PFGE)方法,追踪某次沙门菌食物中毒的来源,确定中毒食品,快速控制传染源.方法 对食物中毒中分离的肠炎沙门菌用XbaI酶切总DNA,用脉冲场凝胶电泳(PFGE)法进行分子分型,用BioNumerics软件对PFGE分型图谱进行电子化数据分析,绘出聚类分析图.结果 脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型方法对患者样本分离的242株肠炎沙门菌进行分子分型,型别基本一致,表明是同一批食物中毒;从三文治等蛋糕制品中分离的9株菌株与患者分离株图谱完全一致,表明此次食物中毒的源头为某蛋糕厂生产的三文治等食品.结论 脉冲场凝胶电泳技术适用于菌株的同源性的分析和传染源的追踪.
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医院感染金黄色葡萄球菌的分型
目的用脉冲场凝胶电泳(PFGE)和药敏试验对医院感染金黄色葡萄球菌(SA)进行分型,并了解其分子流行病学特征.方法从华西医院2000年4～11月住院患者中分离SA,收集临床资料,用PFGE对医院感染株分型,并检测其对12种抗菌药物的体外敏感性.结果在31例发生医院感染的患者中,分离出34株SA.菌株经PFGE分为24型,经药敏试验分为17型.SA感染散布于各病房,在ICU、肿瘤科、神经外科、皮肤科病房有小型传播,其聚集性发生更多见于甲氧西林耐药金黄色葡萄球菌(MRSA).SA的PFGE分型与其药敏无对应关系.结论华西医院2000年4～11月SA医院感染以多克隆散发为主,聚集性发生多见于MRSA.PFGE是一种理想的SA分型方法.
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152株沙门菌临床分离株的耐药性及同源性分析
目的研究本地区沙门菌临床分离株的的耐药状况、分子流行病学特征及对头孢菌素类药物的耐药机制。方法采用琼脂稀释法测定临床常用抗菌药物对沙门菌的低抑菌浓度(MIC)值,使用 PCR 法和DNA测序法检测头孢菌素耐药基因,脉冲场凝胶电泳(PFGE)法对沙门菌进行同源性分析。结果本地区肠炎沙门菌为主要血清型,占59.9%(91/152)。所有被测菌株均对亚胺培南敏感,对萘啶酸的耐药率高(86.2%),其次是氨苄西林(59.9%)、氯霉素(36.2%)和四环素(34.9%)。46.1%(70/152)的沙门菌对3种及以上抗菌药物耐药,其中鼠伤寒沙门菌的多重耐药率比肠炎沙门菌高(85.2%>31.9%)。对头孢菌素耐药的14株沙门菌进行PCR扩增并测序均为blaCTX-M型,其中7株为blaCTX-M-55,4株为blaCTX-M-14,2株blaCTX-M-3和1株 blaCTX-M-15。91株肠炎沙门菌分成23个PFGE型,27株鼠伤寒沙门菌分成15个 PFGE 型。PFGE 型别存在多个克隆系。结论本地区沙门菌多重耐药现象严重,产 blaCTX-M型超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)是沙门菌对头孢菌素耐药的重要机制。本研究中沙门菌的 ESBLs 基因以 blaCTX-M-55型为主。沙门菌 PFGE 型别多样,存在明显的遗传多样性。
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一起副溶血性弧菌食物中毒的病原学分析及分子分型溯源研究
目的 对1起食物中毒事件分离的副溶血性弧菌进行病原学检测及分子分型溯源研究.方法 按照《食品安全国家标准食品微生物学检验副溶血性弧菌检验》GB 4789.7-2013对事件中病例的粪便/肛拭子、可疑食物等10份样本进行副溶血性弧菌的分离和鉴定.利用荧光PCR对分离出的副溶血性弧菌特异的ToxR基因进行检测,并采用多重荧光PCR对其进行不耐热性溶血毒素(tlh)、耐热直接溶血素(tdh)毒力基因和耐热相关溶血素(trh)毒力基因进行检测;采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术进行电泳获得指纹图谱,并经BioNumerics软件对其进行聚类分析.结果 从4例病例的粪便/肛拭子和2份可疑食物样本中共分离出6株副溶血性弧菌,含5种血清型,分别为O1∶KUT、O1∶KUT、O3∶K6、O4∶KUT、OUT∶ KⅢ、O3∶KUT.6株副溶血性弧菌均扩增出副溶血性弧菌特异的ToxR基因.所有菌株tlh基因均为阳性,分离自病例的粪便/肛拭子的4株菌株tdh毒力基因均为阳性;分离自可疑食物的2株菌株中有1株为tdh毒力基因阳性,另1株为阴性;所有分离菌株trh毒力基因均为阴性.聚类分析显示,菌株间相似系数为62.3％～100.0％.分离自可疑食物的菌株与病例的菌株带型不一致,为不同菌株,分离自病例的同一血清型的菌株同源,不同血清型为不同克隆.结论 这是1起由携带tdh毒力基因的O1、03、04等多种血清型的不同克隆副溶血性弧菌混合感染引起的食物中毒事件.
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广东省2009-2013年沙门菌对环丙沙星耐药特征分析
目的 了解广东省2009-2013年腹泻病例分离沙门菌对环丙沙星的耐药状况.方法 采用纸片扩散法测定广东省通过全球沙门菌加强监测系统(ESS)收集的腹泻病例分离沙门菌对环丙沙星的耐药性,对耐药和中度敏感菌株的病例进行描述性流行病学分析,并对耐药菌株的脉冲场凝胶电泳(PFGE)进行分型.结果 广东省2009-2013年间通过ESS监测系统共分离到沙门菌2 939株,其中耐环丙沙星菌253株(8.61％),中度敏感菌665株(22.63％).7岁以下携带耐药菌株的病例占总携带耐药菌株的病例的73.52％(186/253),携带中度敏感菌株的病例则为总携带中度敏感菌株的病例的76.84％(511/665).2009-2012年环丙沙星耐药率呈升高趋势(P＜0.01).东莞、佛山、广州、中山及珠海地区分离到的耐药菌株占全省的86.96％ (220/253).253株耐药菌株涵盖34种血清型,鼠伤寒沙门菌、I4,5,12:i:-、肠炎沙门菌、斯坦利沙门菌、德尔卑沙门菌为主要血清型.PFGE结果显示同一血清型中有部分相同的克隆系,呈现高多态性.结论 广东省沙门菌对环丙沙星总体耐药率低,2009-2012年间逐步升高.耐药菌株PFGE型别多样,呈现遗传多态性.
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东莞市不同来源副溶血性弧菌的病原学特征分析
目的 了解东莞市不同来源的副溶血性弧菌的病原学特征,为疾病防控提供实验依据.方法 实验菌株来源为2012-2013年分别从东莞市食品监测、食物中毒患者及散发病例中分离的43株副溶血性弧菌.根据GB 4789.7-2013对43株副溶血菌株进行生化鉴定及血清学分析;运用K-B纸片法对菌株进行12种抗生素药敏试验;应用实时荧光PCR扩增法检测菌株的tdh、trh基因;并经限制性内切酶NotⅠ酶切后进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型.结果 43株副溶血菌株中,食物中毒患者、散发病例分离株血清型主要为O3∶K6,占所有病例分离株的83.3％(15/18),25株食品分离株血清型呈多样化分布,无优势血清型;43株副溶血性弧菌对氨苄西林(敏感率为0.0％,0/43)和头孢噻吩(敏感率为20.9％,9/43)敏感率低,对环丙沙星、磺胺复合、亚胺培南完全敏感(敏感率为100.0％,43/43);毒力基因结果显示,病例分离株均只携带tdh基因,食品分离株均不携带tdh、trh基因;PFGE分子分型结果显示,腹泻散发病例、食物中毒患者分离株带型相对集中,食品分离株带型相对分散,相同血清型的菌株同源性较高,不同食物中毒患者分离株PFGE带型一致.结论 食品分离株种类繁多且致病性较低,病例分离株同源性较高且致病性较高.
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2006-2012年深圳市南山区食物中毒病例分离副溶血性弧菌O3∶K6的病原学特征研究
目的 对2006-2012年深圳市南山区从食物中毒病例分离的副溶血性弧菌O3∶K6血清型进行病原学特征分析.方法 收集深圳市南山区2006-2012年食物中毒腹泻病例分离的副溶血性弧菌O3∶K6血清型,采用多重PCR方法检测其毒力基因tdh和trh,采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)进行分子分型,并采用K-B法进行药敏试验.结果 共收集到2006-2012年食物中毒腹泻病例分离的44株副溶血性弧菌O3∶K6,全部携带tdh基因,不携带trh基因.PFGE显示,44株菌可分为2个克隆群,克隆群1(C1)有19株菌,每株菌有17 ～ 20个条带,克隆群2(C2)有25株菌,每株菌有17 ～ 18个条带,C1和C2在200、190和100 Kb 3个条带处有差异,其他条带基本相同.药敏结果显示,44株副溶血性弧菌O3∶K6对头孢他啶、头孢吡肟、庆大霉素、左氧氟沙星、四环素、氯霉素和复方新诺明100.00％敏感,对氨苄青霉素、卡那霉素、链霉素的耐药率分别为72.73％(32/44)、18.18％ (8/44)、18.18％(8/44),中度敏感率分别为9.09％(4/44)、65.91％ (29/44)、65.91％(29/44).结论 该地区从食物中毒腹泻病例分离的副溶血性弧菌O3∶K6主要的克隆群为C1和C2,携带tdh基因,不携带trh基因.
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肺炎克雷伯菌25株的PFGE基因分型和药敏表型的比较分析
目的:探讨肺炎克雷伯菌耐药表型和基因组型之间的关系.方法:临床菌株用VITEK仪器鉴定,以双纸片协同试验(DDST)筛选出产超广谱β-内酰胺酶肺炎克雷伯菌(ESBL-KP)11株和不产超广谱β-内酰胺酶肺炎(WESBL-KP)14株;用XbaⅠ酶对各试验菌株进行限制性酶切,脉冲场凝胶电泳(PFGE)分离酶切片段,FingerprintingⅡ指纹图谱分析软件分析PFGE图谱.结果:菌株间AST结果相差较大,并可在较短时间内发生耐药变迁;筛选出产ESBLs 11株,占实验菌株的44%;PFGE图谱分析,将肺炎克雷伯菌分为6群,相似性系数为52.63%～78.24%,还有1株不能分型.结论:在用于ESBLs-KP治疗时,碳青霉烯类抗生素是首选应用的抗生素;PFGE图谱分析,产ESBLs菌株和不产ESBLs分在各个群中,没有发现特异的ESBLs条带,但在同一群中,产ESBLs的菌株常为同一亚群,不产ESBLs的菌株常为另一亚群;肺炎克雷伯菌的耐药表型和PFGE的基因分型可以表现为一致,也可以表现不同.
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肺炎克雷伯菌25株PFGE基因分型和药敏表型的比较
目的:探讨肺炎克雷伯菌耐药表型和基因组型之间的关系.方法:临床菌株用 VITEK60仪器鉴定,以双纸片协同试验( DDST)筛选出产超广谱β内酰胺酶肺炎克雷伯菌( ESBLs-KP) 11株和不产超广谱β内酰胺酶肺炎克雷伯菌( NESBLs-KP) 14株;用 XbaⅠ酶对各试验菌株进行限制性酶切,脉冲场凝胶电泳( PFGE)分离酶切片段, FingerprintingⅡ指纹图谱分析软件分析 PFGE图谱.结果:菌株间 AST结果相差较大,并可在较短时间内发生耐药变迁;筛选出产 ESBLs 11株,占实验菌株的 44%; PFGE图谱分析,将肺炎克雷伯菌分为 6群 ,相似性系数为 52.63%～ 78.24% ,还有 1株不能分型.结论:在用于 ESBLs-KP治疗时,碳青霉烯类抗生素是首选应用的抗生素; PFGE图谱分析,产 ESBLs菌株和不产 ESBLs分在各个群中,没有发现特异的 ESBLs条带 ,但在同一群中,产 ESBLs的菌株常为同一亚群,不产 ESBLs的菌株常为另一亚群;肺炎克雷伯菌的耐药表型和 PFGE的基因分型可以表现为一致,也可以表现不同.
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多重耐药铜绿假单胞菌分子流行病学的研究
目的 探讨广东省中医院72株多重耐药铜绿假单胞菌分子流行病学情况.方法 采用纸片扩散法检测72株多重耐药铜绿假单胞菌对12种抗菌药物的敏感性,并用脉冲场凝胶电泳进行分子分型和同源性分析.结果 72株多重耐药铜绿假单胞菌均对3类或3类以上抗菌药物同时耐药,脉冲场凝胶电泳图谱可分成17基因型(A～Q),其中A型40株.结论 本地区虽未发生暴发流行,但仍存在流行优势克隆株,应积极配合医院感染管理部门进行耐药性监测,防止医院感染和暴发流行.
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PVL阴性MRSA的基因多态性研究
目的 对杀白细胞毒素(PVL)阴性耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)进行基因多态性研究,了解我院MRSA流行分布,为医院感染控制提供实验支持.方法 2006年2月至2007年8月我院临床分离的71株金黄色葡萄球菌;采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术,葡萄球菌盒式染色体mec(SCCmec)分型完成其中16株MRSA的基因多态性分析.结果 PFGE分型:共有7组(A、B、C、D、G、I、J),其中A型1株、B型1株、C型8株,且均为C2亚型;D型、G型、1型、J型分别为3株、1株、1株、1株;SCCmec分型:以SCCmec Ⅱ、SCCmecⅢ为主,各占50.0%(8/16).结论 通过对我院MRSA进行基因多态性分型研究,了解了我院流行的MRSA基因特征,为该菌的感染控制提供分子流行病学依据.
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细菌分子生物学分型技术进展
耐药细菌尤其是多耐药、超级耐药细菌的出现,以及由细菌造成的医院感染和暴发流行的发生,不仅严重威胁着人类健康,也造成了医疗资源的浪费,是当今医学界面临的严重挑战.
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新生儿血培养中凝固酶阴性葡萄球菌的脉冲电场凝胶电泳分型
目的 通过对凝固酶阴性葡萄球菌(CNS)菌株进行分型以示CNS菌种间及菌种内的异质性和亲缘性,协助新生儿败血症的诊断.方法 将本院新生儿病房2001年11月至2003年3月血培养为CNS的患儿列入本研究.对入选的CNS茵株用脉冲电场凝胶电泳方法分离菌株.结果 共有80例患儿入选,其中9例患儿分离出≥2株CNS茵株.血培养为CNS的临床分离菌株共有90株.在临床诊断的27例(33.8%)败血症中,表皮葡萄球茵18例(66.7%),溶血葡萄球茵7例(25.9%),人葡萄球菌2例(7.4%).脉冲电场凝胶电泳对90株入选菌株共分为50型,其中表皮葡萄球茵37型,溶血葡萄球茵10型,人葡萄球菌2型,华纳葡萄球菌1型.在临床分离的90株CNS菌株中,共有6组图形完全一致,属于同一菌株.其中两组(4株CNS菌株)分别来自2例患儿不同时期的血培养结果,故脉冲电场凝胶电泳可以协助临床明确诊断败血症.结论 脉冲电场凝胶电泳是一种敏感性高的CNS茵株分型方法,可协助临床诊断败血症.
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安徽省2007～2008年志贺氏菌流行株菌型分布及脉冲场分子分型
目的 了解安徽省志贺氏菌的流行菌型,并建立脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型方法,为菌痢防控提供理论基础.方法 对22株志贺氏菌进行血清分型、药物敏感试验和PFGE试验.结果 22株志贺氏菌血清分型:B群19株,占总数86.5%;C群1株,占总数的4.5%;D群2株,占总数的9.0%.成功建立了菌痢的PFGE分子分型方法,并将我省22株流行株分为若干带型.试验结果进一步作聚类分析.结论 安徽省菌痢流行株以福氏为主;安徽省PFGE分子分型方法和初步带型数据库对提高细菌检测水平有一定意义.
