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藏花素对膀胱移行细胞癌T24细胞基因表达谱的影响
目的:应用基因表达谱芯片研究藏花素(crocin)对膀胱移行细胞癌T24细胞基因表达谱的影响.方法:MTT法测定藏花素对T24细胞的生长抑制率,选出藏花素佳作用时间和浓度,运用高通量的基因表达谱芯片检测藏花素作用T24细胞前后基因表达谱的变化,筛选差异表达基因.RT-PCR和免疫细胞化学验证上调基因p21WAF1和下调基因cyclinD1.结果:MTT实验结果显示3 mmol·L-1藏花素作用T24细胞48 h的抑制率与对照组相比有显著意义(P<0.05).基因芯片检测发现3 mmol·L-1藏花素作用T24细胞48 h引起该细胞系基因表达谱广泛地改变,其中表达差异2倍以上的基因共836个,这些差异表达基因的功能涉及多个方面,为明显的是与细胞生长调节相关的细胞周期调节基因、细胞凋亡调控基因、DNA复制相关基因等类型.RT-PCR检测其中的细胞周期调节相关基因p21WAF1和cyclinD1,结果与基因芯片相符.同时免疫细胞化学结果从蛋白表达水平上佐证p21WAF1和cyclinD1变化与芯片结果一致.结论:藏花素可以诱导T24细胞基因表达谱广泛的改变,并可能通过调控细胞周期相关基因的表达来抑制T24细胞的增殖.
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小檗碱干预食管癌细胞基因表达及剪切作用研究
目的 观察小檗碱对食管癌细胞生长影响,探讨其作用机制.方法 于37℃,5％CO2培养箱常规培养食管癌细胞株EC-9706和ECa-109,设对照组、小檗碱组(12.5、25、50、100、200mg/L),MTT法检测小檗碱对细胞生长的抑制作用;Trizol法抽提总RNA,基因表达谱芯片检测细胞基因表达,RT-qPCR检测部分差异基因及包含内含子的β-tubulin和Actin表达片段.结果 小檗碱可抑制管癌细胞株EC-9706和ECa-109生长,IC50值分别为12.33、49.63mg/L;小檗碱干预后得到差异基因1 782个,下调基因数占差异基因比率为78.84％.这些基因主要参与剪切子、癌通路、核糖体等信号通路.与对照组比较,小檗碱组SF3B3、SNRPD1、NCBP1mRNA表达降低(P＜0.01),包含内含子的β-tubulin和Actin mRNA表达片段增加(P＜0.01).结论 小檗碱可抑制食管癌细胞生长,干预多个肿瘤相关基因表达,可通过干预剪切体相关基因影响RNA成熟.
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基因表达谱芯片对乌三颗粒抗Lewis肺癌相关靶基因的分析研究
目的:在基因组水平上探讨乌三颗粒抗肿瘤的分子生物学机制.方法:抽提经乌三颗粒治疗的Lewis肺癌组织和未经治疗的对照组瘤组织总RNA并纯化mRNA,分别逆转录并进行荧光标记,制作成cDNA探针,与小鼠MGEC-20S型基因芯片杂交,筛选出两组间差异表达基因.结果:两组间存在差异性表达基因45条,与对照组比较,中药组与恶性肿瘤浸润、转移相关的基因表达下调,与促进细胞凋亡的相关基因表达上调.结论:基因芯片技术能高通量分析中药乌三颗粒防治Lewis肺癌的相关靶基因,为进一步揭示中药抗肿瘤机制提供了新的思路和前沿性生物技术手段.
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应用基因表达谱芯片分析初步探讨全真一气汤抑制COPD大鼠肺损伤的作用机制
目的:通过对COPD大鼠基因表达谱芯片的分析,探讨全真一气汤抑制COPD大鼠肺损伤的作用机制.方法:用气管注入内毒素LPS+烟熏法制造COPD大鼠模型,分为模型组9只、中药组9只,中药组予中药全真一气汤浓缩液灌胃治疗,60d后随机各组取3只大鼠取材,应用大鼠基因表达谱芯片分析两组大鼠肺组织基因差异,并利用IPA整合分析系统分析差异基因与copd的关系.结果:全真一气汤干预的中药组大鼠IL-8信号通路被显著抑制,Z-score为-2.333,其中下调基因PIK3R3(FC=-2.1091385,logFC=-1.0766538)、HMOX1(FC=-2.1376743,logFC=-1.096042)、GNAS(FC=-2.4846587,logFC=-1.3130478)、PLD3(FC=-2.4485795,logFC=-1.2919451)、ITGAM(FC=-2.500478,logFC=-1.322204)、CXCR1(FC=-2.5748348,logFC=-1.3644799)、LASP1(FC=-2.2364473,logFC=-1.1612087)、CR2(FC=-4.4339395,logFC=-2.1485891).结论:全真一气汤可能通过调控IL-8信号通路中相关基因表达,从而抑制了COPD大鼠的肺损伤,为中医中药治疗慢性肺部疾病提供理论依据.
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轴突成束和延伸蛋白ζ-1基因在1型和2型星形胶质细胞中的表达
目的 探讨轴突成束和延伸蛋白ζ-1(FEZ1)基因在1型和2型星形胶质细胞(T1A、T2A)中的表达差异,及其在新生SD大鼠中枢神经系统中的表达. 方法培养、分离、纯化T1A和T2A,提取总RNA,分别以Cy3-dCTP和cy5-dCTP标记T1A和T2A的mRNA,进行基因表达谱芯片检测分析.选取其中与轴突延伸相关的FEZ1基因,应用半定量RT-PCR法研究FEZ1在新生大鼠中枢神经系统多个部位的表达. 结果 T1A和T2A中差异表达基因138条,其中60条在T1A中高表达,78条在T2A中高表达.FEZ1基因在T2A中高表达.RT-PCR结果显示,FEZ1在新生大鼠中枢神经系统大脑皮层、嗅球和脊髓组织中均有表达. 结论 T1A和T2A中存在多个差异表达基因,其中与轴突延伸相关的FEZ1基因表达明显差异,提示T1A和T2A可能在诱导轴突生长方面有不同功能;FEZ1基因与中枢神经系统的发育和再生相关.
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人骨髓瘤细胞株基因表达谱经沙利度胺诱导的变化
本研究通过检测沙利度胺(thalidomide,TLD)作用于多发性骨髓瘤细胞株RPMI-8226后基因表达谱的改变,探索TLD抗骨髓瘤作用的分子机制.通过逆转录PCR,将TLD处理前后的人骨髓瘤细胞株RPMI-8226的mRNA分别制备成2种探针,应用Cy3和Cy5荧光染料分别标记,随后与包含1 152条待研究的人类基因表达谱基因芯片杂交,通过扫描和计算机软件分析,寻找经TLD作用后表达有差异的基因,并分析这些差异表达基因的功能.结果表明,100 μmol/L TLD作用于RPMl8226细胞72小时后,筛选出22个差异表达基因,其中4个基因下调,分别为rpB2、scya3、mmpl和igbpl基因,18个基因表达上调,其中主要为wars、tubb4q、ubelI、txrtrdl和fyb基因等5个基因表达明显上调.研究显示:①TLD能使编码色氨酸-tRNA合成酶的wars基因表达上调,同时使编码基质金属蛋白酶1的mmpl表述下调,这2个基因的变化可能与TLD抑制血管生成的作用有关;②TLD能使编码巨噬细胞炎症反应蛋白1a(MIP-1a)的scya3和编码免疫球蛋白结合蛋白1的igbpl表达下调,其表达下降可能参与了TLD抑制细胞增殖的过程;③TLD能诱导编码微管蛋白β4的tubb4q、编码泛索激活酶E1相关蛋白的ubell 和编码硫氧还蛋白还原酶1(TRl)的txnrdl表达上调,这些基因的表达变化与TLD的促凋亡作用有关;④TLD能使编码酪氨酸激酶Fyn结合蛋白(Fyb)的fyb表达上调,该基因的表达上调与TLD杀伤骨髓瘤细胞的作用有关.结论:22个差异表达基因通过不同的作用环节和途径发挥抗骨髓瘤功能,它们分别涉及到蛋白质的合成和降解、细胞信号转导、细胞骨架运动、免疫调节、细胞代谢、抑癌基因的调控、细胞凋亡等方面,直接或间接与TLD的分子作用机制有关.
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基因表达谱芯片在B细胞淋巴瘤分子分型、预后和治疗中的研究进展及应用前景
早期的淋巴瘤分类倚重于形态学或临床表现.近年来新技术的出现,特别是高通量的DNA技术,DNA芯片和基因表达谱在淋巴瘤中的研究取得了一系列成果,发现了不同淋巴瘤特征性的基因表达图谱,以及不同亚型淋巴瘤有不同的致癌途径及其与预后相关的表达谱,并初次尝试了淋巴瘤分子分型~([1])和分子病理诊断,为预后相关因子的建立及进一步指导临床治疗方案和个体化靶向治疗提供了科学依据.
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应用基因表达谱芯片筛选IgA肾病患者肾穿组织相关基因
已有学者发现在IgA肾病的发生发展中,遗传因素发挥着重要作用[1].基因芯片技术已被广泛应用于多种疾病相关基因的筛选[2].为全面了解IgA肾病相关基因的表达情况,我们应用基因芯片检测IgA肾病和正常肾组织基因的差异表达,寻找差异表达基因与IgA肾病之间可能的内在联系.为进一步探讨IgA肾病的发病机制及临床诊断提供理论依据.
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应用基因表达谱芯片筛选胃腺癌相关基因
目的:利用基因芯片技术筛选胃腺癌组织和癌旁正常组织间的差异表达基因.方法:分别抽取胃腺癌组织和癌旁正常组织的总RNA.采用逆转录的方法,制成cDNA链,并以两种荧光Cy5和Cy3标记后作为探针,与含有14 784条人类14KcDNA基因表达谱芯片进行杂交.以Agilent荧光扫描仪扫描芯片上两种荧光信号,并用计算机处理和分析.结果:在14 784条基因中,4例胃腺癌组织和癌旁正常组织共同差异表达基因29条,其中上调基因10条,下调基因19条,上调的基因中有2条功能信息不明.结论:胃腺癌发生过程中有多基因的参与,胃腺癌与癌旁正常组织共同差异表达的29条基因可能与胃癌的发生、发展有关.
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E2F-1基因过表达对胃癌细胞动力学影响机制
目的:了解E2F-1过表达对胃癌细胞MGC-803增殖、生长和细胞周期的影响,并探讨E2F-1对胃癌细胞动力学影响的分子机制.方法:对稳定转染E2F-1的胃癌MGC-803/E2F-1细胞(实验组)、转染空载体的MGC-803/EV(阴性对照组)及未转染的MGC-803细胞进行MTT法检测,绘制生长曲线和计算细胞增殖率; 流式细胞仪检测各组细胞周期分布.提取各组细胞的总RNA,逆转录成cDNA,用荧光探针与含有21 522条人类基因表达谱芯片进行杂交.采用LuxScan 10K/A双通道激光扫描仪扫描芯片上两种荧光信号,应用LuxScan 3.0图像分析软件对芯片图像进行处理和分析.结果:与两个对照组相比,胃癌MGC-803/E2F-1细胞的生长受到明显抑制,增殖率下降(26.61%±5.19% vs 93.4%±10.29%,100%±0.00%,均P <0.05); 细胞周期阻滞在G0/G1期.在检测的21 522条基因中,与细胞增殖、生长和细胞周期相关的差异性表达基因有20条,上调基因9条,下调基因11条.结论:E2F-1基因过表达抑制胃癌细胞的增殖和生长,细胞周期停滞在G0/G1期,其分子机制可能与筛选出来的20条差异表达基因有直接的关系.
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雌孕激素受体基因及其相关基因在卵巢癌组织中的表达
目的应用基因芯片技术筛查卵巢癌雌孕激素受体基因及其相关基因表达.方法制备含有雌孕激素受体及其相关基因表达谱芯片,分别提取人正常卵巢组织及卵巢癌组织的mRNA ,通过逆转录PCR方法, 将33P- dATP分别标记两种组织的cDNA纯化后与表达谱芯片进行杂交及扫描,用ImaGene 3.0软件分析信号的强度和比值,筛选雌孕激素受体相关基因.对雌孕激素受体基因信号绝对值按早、晚期求均值及标准差筛选受体基因.结果筛选出4条雌孕激素受体基因、受体相关基因12条.结论通过基因芯片技术方法,初步筛出了卵巢癌雌孕激素受体基因及其相关基因.
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慢性髓细胞白血病相关蛋白CMLAP的基因克隆化研究
目的了解慢性髓细胞白血病(CML)基因表达谱的规律,并对在CML中特异性高表达的一个新基因进行克隆、分析与鉴定.方法应用基因表达谱芯片技术,比较CML患者和正常人外周血单个核细胞(PBMC)基因的表达差异.检索核苷酸序列数据库(GenBank)和蛋白质一级结构序列数据库(SwissProt),对差异表达的基因进行生物信息学分析,与已知功能基因序列进行同源性比较.根据基因起始密码子的Kozak规则和终止密码子下游保守的多聚腺苷酸信号序列,确定新基因序列,据此设计并合成该基因序列的特异性引物,提取CML PBMC的总RNA,以RT-PCR技术扩增获得该新基因的全长序列,并对克隆的基因及其编码产物的序列进行分析.结果在CML患者PBMC中克隆一个新的基因,经测序证实,其编码序列全长为1 872个核苷酸(nt),编码产物由624个氨基酸残基(aa)组成,命名为CMLAP.在GenBank中注册,注册号为AY762229.结论基因表达谱芯片技术与生物信息学技术相结合,发现并鉴定、克隆了在CML中高表达的新基因CMLAP,为进一步研究CML发生发展的分子生物学机制奠定基础.
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应用基因表达谱芯片筛选丙型肝炎病毒核心蛋白反式调节基因
应用基因表达谱芯片技术对HCV核心蛋白表达质粒pcDNA3.1(一)-core转染的HepG2细胞和空载体处理的相同细胞差异表达的mRNA进行检测.基因表达谱芯片所检测的1 152条目的基因均为GenBank中登录的基因,HCV核心表达质粒转染的细胞有95条差异表达基因,其中45条基因表达增强,50条基因表达降低.这些核心蛋白反式调节基因与细胞增殖、分化、凋亡、信号转导及免疫调节密切相关.本实验结果为进一步阐明HCV核心蛋白致病(癌)的分子生物学机制提供了理论依据.
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应用基因表达谱芯片技术研究膦甲酸钠处Jurkat细胞后的差异表达基因
目的筛选膦甲酸钠处理人T淋巴细胞系Jurkat细胞后的差异表达基因.方法应用基因表达谱芯片技术对膦甲酸钠处理的Jurkat细胞和以生理盐水处理的相同细胞的mRNA进行检测.结果 Jurkat细胞经膦甲酸钠处理后,所检测的1 152条目的基因中,有94条产生差异表达,其中38条基因表达增强,6条基因表达降低.结论应用基因表达谱芯片成功筛选了膦甲酸钠处理淋巴细胞后差异表达基因,为进一步阐明膦甲酸钠的免疫调节机制及深入了解膦甲酸钠用于治疗病毒性肝炎的药理作用机制提供依据.
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肝炎病毒蛋白反式激活作用的研究策略
具有反式激活作用的肝炎病毒蛋白有多种,目前研究主要集中在HBV的羧基末端截短型表面抗原中蛋白(MHBst)、HBxAg,以及HCV的核心蛋白、非结构蛋白3(NS3)、非结构蛋白5A(NS5A)等.研究肝炎病毒蛋白反式激活作用的分子生物学技术包括抑制性消减杂交(SSH)、基因表达谱芯片技术等.肝炎病毒蛋白在极少数情况下通过与启动子DNA结合影响肝细胞的基因表达谱,但更主要的是通过影响细胞信号转导的途径,包括NF-κB、STAT3、MAPK、Nur77、PI3K等.关于肝炎病毒蛋白对肝细胞基因表达谱的影响及其机制的研究,对于阐明肝炎病毒感染引起的慢性肝病的分子生物学机制具有重要意义.
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膀胱癌相关基因的筛选及初步验证
目的 筛选膀胱癌相关基因并分析其与膀胱癌患者临床指标之间的关联,以鉴定膀胱癌相关功能基因.方法 利用基因表达谱芯片对比分析膀胱癌患者癌及癌旁组织,筛选差异表达基因,选取表达水平差异较大的基因,利用实时定量PCR技术,在34例膀胱癌患者中检测其表达水平,分析差异基因与膀胱癌患者多种临床指标之间的关联.结果 利用基因表达谱芯片初步筛选出多个差异表达基因(6526个),进一步选取其中12个差异较大的基因,在多样本中的验证结果表明,其中4个基因:CEACAM5、LY6D、MYH11及CNN1的表达水平与芯片检测结果一致.随后将这4个基因表达水平与临床指标(年龄、性别、吸烟史和肿瘤侵袭程度)进行关联性分析,结果显示肌层浸润性膀胱癌与非肌层浸润性膀胱癌CEACAM5、MYH11及CNN1的表达水平有统计学差异,而LY6D则无统计学差异.这4个基因表达水平与其他临床指标无明显关联.结论 CEACAM5、LY6D、MYH11及CNN1表达水平与膀胱癌相关,其中CEACAM5、MYH11及CNN1可能参与了膀胱癌肿瘤侵袭过程.
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肝细胞黏附分子对膀胱移行癌细胞基因表达谱的影响
目的 利用Affymetrix基因表达谱芯片探讨肝细胞黏附分子(hepaCAM)对膀胱移行癌细胞基因表达谱的影响及作用的分子机制.方法 运用Affymetrix Human plus 2.0全基因组芯片检测膀胱移行癌细胞株EJ细胞腺病毒-绿色荧光蛋白-hepaCAM感染组与腺病毒-绿色荧光蛋白感染组的基因表达谱,用SAM法进行差异基因分析、DAVID软件进行基因本体论分析及wikiPathway分析,并用RT-PCR和Western blot验证芯片结果.结果 hepaCAM能引起EJ细胞系基因表达谱的广泛变化,表达差异超过2倍以上的基因共2469个,其中上调基因1602个、下调基因867个.这些差异表达的基因功能主要涉及细胞周期、细胞增殖调节等方面.用RT-PCR对差异基因DNA修复蛋白,肝脏激酶B1和细胞周期蛋白D1进行验证,结果与基因芯片相符;进一步在3细胞株中用Western blot佐证DNA修复蛋白、肝脏激酶B1变化与芯片结果一致.结论 hepaCAM能够诱导EJ细胞基因表达谱的广泛变化,在基因水平通过多条通路作用于膀胱癌细胞.
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绿原酸抑制结肠癌HCT116细胞的机制研究
目的 探讨绿原酸对结肠癌HCT116细胞抑制作用的机制.方法 以绿原酸处理HCT116细胞,未处理组为对照组,通过基因表达谱芯片筛选出处理前后的差异表达基因,应用Real-time PCR技术对胰岛素样生长因子结合蛋白3(IGFBP3)、肺腺癌转移相关转录本1 (MALAT1)、雄性性别决定基因相关高迁移率族盒基因(SOX4)、N-myc下游调节基因1(NDRG1)4个基因进行验证,Western blotting法检测上调基因中NDRG1的蛋白表达水平.结果 基因表达谱芯片检测表明,经绿原酸处理后的结肠癌细胞中表达上调的基因为161个(差异倍数大于2),表达下调的基因为64个(差异倍数小于0.5).这些基因主要涉及细胞信号转导、生物过程、细胞组分等功能.Real-time PCR检测证实IGFBP3、NDRG1基因经绿原酸处理后表达明显上调(P＜0.05).Western blotting检测表明,经绿原酸处理后NDRG1基因的蛋白表达水平上调.结论 基因表达谱芯片结合Real-time PCR技术筛选出绿原酸处理后的差异表达基因,为揭示绿原酸抑制结肠癌细胞的作用机制提供依据.
关键词： 绿原酸 结肠癌 HCT116细胞 基因表达谱芯片 N-myc下游调节基因1 -
基因表达谱芯片在原核生物研究中的应用
基因表达谱芯片技术作为一种高通量分析方法,已成为"后基因组时代"中进行序列分析的重要工具之一.本文简述了基因表达谱芯片技术在原核生物适应环境、致病性和与宿主间相互作用等方面的应用;同时对其在应用中的缺陷和应用前景进行了简要的概述.
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金龙蛇颗粒对原位移植人MKN-45胃癌组织基因表达谱的影响
目的:利用基因表达谱芯片研究金龙蛇颗粒对MKN-45胃癌的分子机制.方法:抽提经金龙蛇颗粒治疗的裸鼠原位移植人MKN-45胃癌组织和生理盐水阴性对照的瘤组织总RNA并纯化mRNA,分别逆转录并进行荧光标记,制作成cDNA探针,与包含4096个人类基因的cDNA表达谱芯片进行杂交,筛选出两组间差异表达基因.结果:在mRNA水平上,筛选出包括与DNA结合、转录和转录因子、蛋白翻译、细胞周期等相关表达差异的基因共341条,其中44条(比值＞2)表达上调(占12.9%),297条(比值＜0.5)表达下调(占87.1%).结论:金龙蛇颗粒可引起MKN-45胃癌组织一系列基因表达的改变,金龙蛇颗粒抗胃癌的基因途径可能是多环节、多层次的结果.
关键词： 金龙蛇颗粒 基因表达谱芯片 人MKN-45胃癌细胞系 胃肿瘤 中医药
