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人类精子RNA的重要性
我们对人类精子分子组成复杂性的理解仍处于初步阶段.这包括随时准备与卵细胞结合的精子基因组及其RNA具有独特的包装和结构.两者凸现了我们对遗传学因素如何有助于一个健康的孩子的出生理解不足.近从人类精液中分离出的RNA可被用来显示转录的男性配子的轮廓.完全可以预期,具有正常生育能力的精子基因指纹特征能被鉴定,由此轮廓产生的背离能被检测.
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基因表达谱芯片技术及其在腺样囊性癌研究中的应用
对基因表达谱芯片技术的概念、检测原理、优点及其在腺样囊性癌中的应用作一介绍.
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胶原诱导性关节炎大鼠淋巴细胞基因表达的变化
研究胶原诱导性关节炎大鼠淋巴细胞基因表达谱,探讨类风湿性关节炎的发病机制.用大鼠全基因表达谱芯片研究胶原诱导性关节炎及正常大鼠淋巴细胞基因表达谱,比较模型大鼠及正常大鼠淋巴细胞基因表达的差异.结果显示,胶原诱导性关节炎大鼠差异表达基因822个,其中上调基因558个,下调基因264个.差异基因主要涉及功能基因为免疫应答及炎症刺激相关基因,涉及的代谢及信号通路主要有细胞凋亡、氧化应激、凝血系统、类花生酸合成、TGF信号通路等.模型组差异表达上调的基因主要有Ccr2、Ccr1、Il1b、Vcan、IgG-2a、Cyr61、Bmp8a、Tgfb1、RGD1564318等,差异表达下调的基因主要有Ifi2711、Oas1a、G1p2、Sgk1、Irf7等.胶原诱导性关节炎是一个涉及多基因表达异常的全身免疫性疾病,筛选到的差异表达基因初步反映了类风湿关节炎的发病机制,为类风湿关节炎的防治提供重要线索.
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中药复方H3C-1对肝癌细胞SMMC-7721基因表达的影响
检测中药复方H3C-1对肝癌细胞SMMC-7721细胞生长,及肝癌相关基因表达的影响.利用MTT比色法检测复方H3C-1对肝癌细胞SMMC-7721细胞增殖方面的影响;利用以肝癌cDNA抑制性消减文库构建的肝癌相关基因微阵列.检测复方H3C-1作用肝癌细胞SMMC-7721 36 h后基因的表达变化.结果显示中药复方H3C-1作用肝癌细胞SMMC-7721后36h.观察到有31个基因表达下凋,1个基因上调.中药复方H3C-1对肝癌肿瘤细胞的作用是通过影响多基因的表达改变实现的;该研究为复方H3C-1的抑癌分子机理提供了重要线索.
关键词： 中药复方 肝癌细胞SMMC-7721 MTT比色法 微阵列 基因表达 -
微阵列数据扰动对错误发现率方法筛选差异表达基因的影响
目的:探讨微阵列数据的扰动对错误发现率(FDR)方法筛选差异表达基因的影响.方法:用计算机模拟仿真的方法,对1 991个结肠癌微阵列基因数据给予不同相对误差限的随机扰动,每个扰动进行1 000次随机模拟:用FDR的ALSU方法对无扰动数据与有扰动数据分别筛选差异表达基因,比较两者之间的重复率;分析数据扰动对每次基因排序位次变化的影响.结果:差异表达基因的单个平均重复率与总体平均重复率都随数据扰动的增加而下降.差异表达越显著的基因,受扰动误差的影响越小;在扰动误差限≤50％时,数据扰动与差异表达基因总体平均重复率呈线性递减趋势,数据扰动误差限每增加1％,总体平均重复率约下降1.85％.扰动误差限越大,基因排序位次的波动越大.结论:数据扰动是导致差异表达基因可重复性差的原因,用计算机模拟的方法可定量探讨数据扰动对差异基因筛选的影响.
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差异基因表达分析法在胃癌中的应用
差异表达基因分析技术cDNA微阵列、基因表达系列分析、差异显示、抑制性消减杂交等可确定并克隆胃癌与正常胃组织差异表达的基因,不仅有助于揭示胃癌的发病机制,而且为临床诊断和治疗提供新的思路.文章就差异表达基因分析技术在胃癌中的应用进行综述.
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miRNA在有无淋巴结转移结肠癌中的表达
[目的]分析miRNA在有无淋巴结转移的结肠癌中的差异表达,筛选出与结肠癌淋巴结转移有关miRNA.[方法]选取6例结肠癌患者的冰冻组织标本,其中3例有淋巴结转移,3例无淋巴结转移.提取肿瘤组织标本的miRNAs,采用微阵列法分析有无淋巴结转移结肠癌的miRNAs表达谱.为验证微阵列表达谱的结果,选择miR- 142-3p做qRT-PCR.[结果]有淋巴结转移结肠癌与无淋巴结转移的结肠癌相比,上调表达的miRNA有4个,为miR-21*,miR-212,miR-33b*和miR-886-3p;下调表达的miRNA有3个,为miR-142-3p,miR-142-5p和miR-362-5p.qRT-PCR结果显示miR-142-3p在有淋巴结转移的结肠癌组织中表达明显下降,与miRNAs微阵列检测结果一致.[结论]有无淋巴结转移的结肠癌具有不同的miRNAs表达谱.
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小鼠支气管肺泡干细胞miRNAs表达谱的鉴定
[目的]检测并验证正常成年小鼠肺内支气管肺泡干细胞(BASCs)的miRNAs表达情况.[方法]流式细胞仪分选小鼠BASCs和其对照细胞(CD45-CD31-Sca-1-CD34-细胞);将分选出的细胞常规提取RNA后,经YM-100(Millipore)微离心过滤柱抽提小于300核苷酸长度的小RNA;微阵列法检测BASCs和其对照细胞的miRNAs表达谱,筛选出差异miRNAs;构建miRNAs特异性TaqMan MGB探针,qRT-PCR法验证所选差异miRNAs在两种细胞的表达.[结果]微阵列法检测显示BASCs和对照细胞有116个miRNAs的表达有显著性差异(P<0.01),其中有56个miRNAs在BASCs高表达,60个miRNAs在BASCs低表达.在这些差异miRNAs中选取了10个与细胞周期、干细胞分化、肿瘤发生相关的miRNAs,通过qRT-PCR法检测其在BASCs和对照细胞中的表达,qRT-PCR的检测结果与miRNAs芯片检测结果一致.[结论]研究通过微阵列法鉴定了小鼠BASCs的miRNAs表达谱,与对照细胞相比,发现116个miRNAs的表达具有显著性差异(56个高表达,60个低表达).
关键词： 干细胞 微小RNA 微阵列 实时定量聚合酶链反应 肺肿瘤 -
复方党参对高原低氧大鼠脑细胞凋亡相关基因表达谱影响的分析
目的研究复方党参对模拟高原低氧条件下大鼠脑神经细胞凋亡基因表达谱的作用,从中药与生物体基因网络相互作用的角度,探讨复方党参的作用机制.方法将Wistar大鼠置于模拟海拔7000m的低压氧舱建立高原低氧大鼠脑细胞凋亡模型,于上舱前7d开始以复方党参液灌胃给药.提取空白对照组、低氧8d对照组、常氧复方党参组及低氧8d复方党参组大鼠脑组织总RNA,经逆转录合成cDNA探针,用[α-32P]标记探针,各自与Atlas cDNA Array膜杂交,经严格的冲洗后用磷屏检cDNA表达水平.获得的基因表达谱数据集采用自组图(SOMs)法分析.结果结果表明在模拟高原低氧条件下,导致神经细胞凋亡的基因(p53、bax、bad、bok、Hsp60)聚为一类(即表达行为相似).而具有抗凋亡功能的基因(bcl-2、bcl-xl、Hsp70、Hsp27、Hsp90、Hsc70、Rad)聚为一类.结论低氧可以启动细胞凋亡的线粒体途径,导致细胞死亡;而复方党参以凋亡相关基因网络中的多种成分为靶点,从不同层次上发挥抑制细胞凋亡的作用.
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乳腺癌miRNAs表达谱的检测
目的 检测人乳腺癌石蜡组织及人乳腺癌细胞株中miRNAs的表达情况,初步筛选人乳腺癌miRNAs表达谱.方法 (1)应用组织微阵列平台,采用原位分子杂交技术对91例人乳腺癌和26例癌旁乳腺组织标本42种miRNA进行检测;(2)培养人乳腺癌细胞株MDA-MB-231和正常乳腺上皮细胞株HBL-100,分别抽提细胞总RNA,分离小分子RNA,荧光标记后与miRNAs微阵列杂交,通过芯片扫描和数据分析,获得人乳腺癌miRNAs表达谱.结果 (1)与癌旁乳腺组织相比,14种miRNAs在乳腺癌组织中的表达发生了显著变化(P<0.05),其中9种表达上调,5种表达下调.(2)利用miRNAs微阵列,筛选获得71种与人乳腺癌相关miRNAs,与正常乳腺上皮细胞相比,34种miRNAs表达上调,37种表达下调.结论 筛选出与乳腺癌相关的差异表达miRNAs,为进一步研究其在乳腺癌中的作用奠定基础.
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微阵列比较基因组杂交技术在肿瘤研究中作用
人类肿瘤的研究重心经历了从单基因水平到染色体、多基因水平的转变.许多人类肿瘤与发育异常疾病一样以基因组DNA拷贝数变化为特点.在癌症中,不利于肿瘤生长的基因(抑癌基因)可能存在于DNA拷贝数减少的区域;而有利于肿瘤发生、发展的基因(癌基因)可能存在于DNA拷贝数增加的区域.1992年,Kallioniemi等[1]首次描述了比较基因组杂交(CGH)技术.其基本原理是:分别用不同的荧光标记体系标记来自待检组织和正常组织的全基因组DNA,并且在Cot-1 DNA参与的情况下和正常人中期染色体进行原位抑制杂交.
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微阵列-比较基因组杂交技术及其在肿瘤学中的应用
人类肿瘤的发生和发展常与非随机性染色体异常(包括基因组缺失、获得、扩增和重排等)有关[1,2].比较基因组杂交(comparative genomic hybridization,CGH)技术可以快速全面地分析肿瘤组织DNA拷贝数的变化,并在中期染色体上定位,对于肿瘤研究具有重要意义.但是,CGH至今未应用于临床,一个主要的障碍是使用中期染色体铺片作为杂交靶,其局限性为:(1)CGH的分辨率低,不能发现小于2 Mb的DNA获得和缺失;(2)不能将DNA拷贝数变化与基因或基因标记物直接联系起来;(3)虽然可经计算机软件识别每条染色体,但仍需要经验丰富的人员进一步确定,这限制了CGH的自动化操作和高通量分析[3～5].为了克服CGH的局限性,人们发明了微阵列 - 比较基因组杂交(array-CGH,matrix-CGH)技术,将DNA克隆或cDNAs做成微阵列,代替中期染色体作为杂交靶,不仅使分辨率提高,甚至可以确定肿瘤相关基因并提供精确的定位[3,4,6～8].尽管array-CGH问世不久,但已广泛用于各种肿瘤的研究和诊断.笔者就array-CGH的原理、方法及其在肿瘤学中的应用和意义综述如下.
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乳腺肿瘤细胞对微环境成纤维细胞基因表达的影响
恶性肿瘤的发生不仅仅是肿瘤细胞自身的问题，而且与肿瘤微环境有密切关系。目前对乳腺癌的研究更多关注基质微环境在正常乳腺发育、原位癌发生、肿瘤生长和转移中的作用[1-2]。在本研究中，我们利用有限的细胞系观察乳腺肿瘤细胞如何改变成纤维细胞的基因表达谱和这种改变是否与他们的侵袭和转移能力相关。该研究将有助于理解乳腺肿瘤细胞侵袭和转移的机制和鉴定与他们密切相关的基因。
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微阵列技术在卵巢癌研究中的应用
由于卵巢癌缺乏早期症状,约有70%患者诊断时已属晚期.早期卵巢癌5年生存率可达90%,而晚期仅为20%～30%[1].所以,寻找有效的筛查及早期诊断的方法是1项非常重要和紧迫的工作.
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微阵列抗体捕获技术在脑脊液恶性肿瘤细胞中的应用
微阵列抗体捕获技术是以活细胞作为研究对象的一种生物芯片技术，它是适应后基因时代人类对生命科学探索的要求而产生的[1]。作为细胞研究领域的一种新技术，其既保持传统的细胞研究方法的优点，又满足了高通量获取活细胞信息等方面的要求[2]。为了更好地将科技应用于临床实践，我们在日常工作中设计了一种新型微阵列抗体捕获芯片，其原理是应用细胞膜表面的不同抗原物质与结合在玻片上的不同抗体发生特异性结合，通过自动捕获将所获目的细胞固定在特定区域，以此对脑脊液中恶性肿瘤细胞进行诊断和鉴别诊断。
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基因芯片技术应用和展望
基因芯片(Gene Chip)通常指DNA芯片,其基本原理是将指大量寡核苷酸分子固定于支持物上,然后与标记的样品进行杂交,通过检测杂交信号的强弱进而判断样品中靶分子的数量.基因芯片的概念现已泛化到生物芯片(biochip)、微阵列(MICroarray)、DNA芯片(DNA chip),甚至蛋白芯片.基因芯片集成了探针固相原位合成技术、照相平板印刷技术、高分子合成技术、精密控制技术和激光共聚焦显微技术,使得合成、固定高密度的数以万计的探针分子以及对杂交信号进行实时、灵敏、准确的检测分析变得切实可行.
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植入前遗传学诊断方法新进展
近年来,植入前遗传学诊断(PGD)中单细胞的诊断技术有了新的飞跃,如比较基因组杂交、微阵列技术、实时荧光定量PCR等技术.其在PGD的应用越来越广泛,主要有以下几个方面:非整倍体筛查、基因型测定、基因突变、基因表达研究等,有效地检测全基因组的显微突变和亚显微突变,较传统的细胞遗传学有更高的分辨率,且具有快速、准确、灵敏度高等特点.以下就相关新技术在PGD中的应用以及存在的一些问题做一综述.
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生物芯片技术在造血系统肿瘤研究中的应用
生物芯片是根据生物分子间特异相互作用的原理，将生化分析过程集成于固相载体表面，从而实现对DNA、RNA和蛋白质等生物成分的高通量快速检测。通过生物芯片分析基因表达谱在基因组DNA克隆的作图和测序、基因表达及调控研究、基因突变及多态性分析、药物敏感性研究等方面产生了巨大的推动力。本文介绍了生物芯片在血液系统肿瘤凋亡和分化研究、免疫表型分析、新的诊断标记寻找、疾病诊断分型和预后判断等方面应用的研究进展。
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激光捕获显微切割技术及其在肿瘤研究中的应用
激光捕获显微切割技术是近几年才发展起来的技术,国内尚无有关这方面完整的文献报道,本文简要综述其一般情况及在肿瘤学研究中的应用.
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肿瘤相关抗原微阵列检测在胃癌诊断中的应用
目的 评价肿瘤相关抗原(TAA)微阵列检测在胃癌诊断中的应用价值.方法 采用ELISA法检测58例胃癌患者(胃癌组)和60例健康志愿者(对照组)血清中的6种TAA水平,包括癌胚抗原(CEA)、糖蛋白抗原19-9(CA19-9)、糖蛋白抗原12-5(CA12-5)、糖蛋白抗原24-2(CA24-2)、糖蛋白抗原72-4(CA72-4)和血管内皮生长因子(VEGF),对单一和微阵列检测结果进行流行病学筛选试验进行评价,并确定佳微阵列组合.结果 胃癌组患者6种血清TAA水平高于对照组(P均＜0.05);单一TAA检测时,灵敏性在37.93％～ 56.90％,正确指数为0.313～0.436;多种TAA微阵列检测的灵敏性和正确指数高于单一抗体检测,其中6种TAA微阵列检测为佳组合,灵敏性为89.66％,特异性为81.67％,正确指数为0.713.结论 联合6种TAA微阵列检测对胃癌具有较高的诊断价值,可提高胃癌的检出率,有助于早期诊断.
