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全球西尼罗病毒毒株基因组种系发生分析
目的 分析世界各地西尼罗病毒(WNV)的基因组特征,探索该病毒在不同地域及宿主间的传播规律.方法 根据目前所有WNV全长基因组编码序列,利用BioEdit和MEGA软件,分析不同来源毒株之间的遗传联系.结果 根据种系发生分析结果,全球WNV共存在4种谱系流行.其中主要的谱系1毒株在6大洲广泛流行,并按地域划分为不同的分支或簇.而谱系2-4毒株较少,主要在非洲和东欧流行.以部分分类明确的毒株为参考,进一步对不同地域、宿主的WNV毒株进行分析,证明部分WNV毒株分布具有一定地方性.结论 从基因组水平证明全球WNV毒株具有明显的遗传多样性,对病毒基因组分析有助于追溯其它地区新发和再发WNV病毒的进化以及传播路径.
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2012年1株南美洲输入登革1型病毒的基因组特征
目的 分析2012年1株从南美洲输入登革1型病毒的基因组特征,探索登革病毒的传播规律.方法 测定DF1203毒株的全长基因组序列,分析该毒株与97株南美洲登革1型毒株的遗传联系,同时比较该毒株与全球相似毒株的遗传联系.结果 DF1203毒株的基因组全长10 735个核苷酸,编码区全长10 179个核苷酸.种系发生分析显示,该毒株与南美洲登革1型毒株存在一定差异,BLAST分析表明DF1203与东南亚毒株存在密切遗传联系,尤其与近年柬埔寨毒株在种系发生树上处于同一分支.结论 虽然DF1203的患者来自南美洲苏里南,毒株遗传背景分析却显示与东南亚毒株存在亲密遗传关系.由此表明连续有效的登革病毒监测,尤其是检测分离株的部分或全部基因组序列,对于研究登革病毒传播路径、遗传进化,具有重要意义.
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两种甲病毒基因组序列的一步RT-PCR检测
目的通过对不同扩增条件的优化,建立两种马脑炎病毒的快速RT-PCR检测方法.方法根据东部马脑炎病毒和西部马脑炎病毒基因组相应序列设计引物,然后采用两步法及两种一步法分别对其基因组序列进行RT-PCR扩增,并用琼脂糖凝胶电泳进行观察.结果与结论三种方法均可从两种马脑炎病毒感染的乳鼠脑和细胞上清中扩增出单一的DNA片段,其大小与预期的相一致.与其他两种方法相比,本研究所建立的一步法更为简便快速、价格低廉,为进一步组装这些病毒的检测试剂盒奠定了基础.
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新兴学科人体基因组学介绍
2001年2月,人体基因组序列草图正式发表,标志1990年启动的人类基因组计划(Human Genome Project,HGP)基本完成.而这项跨国科学工程的完成,为今后医学科学的发展提供了新的平台,标志医学科学进入了一个新的发展阶段.
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基因芯片技术研究状况及展望
1985年,美国科学家率先提出人类基因组计划,由此揭开人类生命科学史上的伟大工程,在人类基因组计划实施过程中,大量的动植物、微生物基因组序列得以测定,基因序列数据正以前所未有的速度增加,怎样去面对如此众多的基因并探讨其在生命活动中担负的功能就成了生命科学者们共同的任务,基因芯片技术就是顺应这一要求于20世纪90年代初发展起来的.
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幽门螺杆菌可塑区的结构及功能研究进展
比较菌株H. pylori J99和26695的基因组序列时发现,约占3~4%基因组的基因片段G+C含量为34~35%,低于H. pylori整体G+C含量(39%),被命名为可塑区。可塑区具有明显的菌株特异性,推测与其致病性关的新基因可能位于该区[5-7]。研究表明可塑区中部分基因已经被确认为H. pylori新的致病标志,流行病学调查发现他们与cagPAl有显著的相关性,并且与临床上的胃溃疡和胃癌的发生及发展有关[8-9]。
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载脂蛋白A5基因多态性与甘油三酯代谢及冠心病关系的研究进展
近年通过比较小鼠和人的基因组序列发现的载脂蛋白A5(Apolioprotein A5,ApoA5)是第一个过度表达引起血浆甘油三酯(TG)下降的载脂蛋白.除LDL颗粒外, CM、VLDL和HDL颗粒均含有ApoA5.ApoA5在血浆中含量甚微,其浓度仅为ApoA1的0.1%.小鼠基因敲除和基因导入实验表明ApoA5在调节血浆TG代谢方面起至关重要的作用,二者之间呈负相关[1,2].现对其分子结构、生物学功能、基因表达及调控作简要介绍,并着重讨论其基因多态性与血脂代谢和冠心病之间的关系.
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黄地老虎颗粒体病毒cDNA文库的构建
以感染黄地老虎颗粒体病毒(Agrotis segetum ganulosis virus,AsGV)的黄地老虎幼虫为材料提取总RNA、分离mRNA,并反转录合成cDNA,构建了包括黄地老虎(Agrotis segetura,As)幼虫和黄地老虎颗粒体病毒的cDNA文库.用EcoR Ⅰ和HindⅢ限制性内切酶酶切AsGV基因组DNA,制备地高辛探针,与上述总RNA、mR-NA、cDNA杂交,从文库中筛选出AsGV的阳性克隆1081个,经cDNA测序,cDNA编码序列与基因组编码序列相符.并根据基因组阅读框序列合成引物,PCR扩增出59个阅读框的编码基因,也完全与基因组序列相符.
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DNA芯片-技术
按人类基因组计划在2003年以前破译出全部人类遗传信息,为了如此大量序列信息在医学上有可能应用,以及整理出尚未明确功能的基因,要求迅速而且可靠的分析个体基因组序列和细胞以及组织特异性基因表达模式的方法.从这一点看来,DNA芯片(chip)技术与DNA序列分析和聚合酶链反应相比较是一个进展,这进展使生物医学研究发生了根本性改变.
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寄生虫基因组:现状及未来展望
1 测序计划的现状不同于几年前的情况,许多寄生虫基因组研究工作正在进行中并且大量资料已被收集.获得的序列资料可分为3种基本类型:完成或接近完成的基因组序列,通常被称为‘contigs'重叠序列;基因组序列扫描(GSS)标签,由漂浮基因组序列产生(或随机克隆或人工细菌染色体末端序列);以及表达序列标签(ESTs),由来自寄生虫生活史的一个或多个阶段的mRNAs表达产生.至2001年3月30日,在基因库中共有136214寄生虫ESTs及177172寄生虫GSSs的描述.请注意,这些数字是被低估的,因为在序列产生、登上局域网以及在基因库被正式注册之间有一相当长的滞后期.
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用药也需"因人而异"
这是一个追寻个性的时代.医学发展至今,科学家们已经发现了完整的人类基因组序列,再加上新技术的不断推动,新兴的基因科学把人们也带入了个性化的药物治疗时代.
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SARS研究近况
严重急性呼吸综合征(SARS)传染性强且病死率高,对社会生活及经济影响巨大,引起了世界各国的高度重视,全球病例8 422,死亡率10.8%,医务人员感染占21%.一种新型的冠状病毒(coronavirus)满足了从患病的宿主体内能分离到病毒;宿主细胞能够培养该病毒,病毒能够通过滤菌器;培养的病毒能够使相同的或相近的宿主产生类似的症状;能够从实验感染的宿主体内重新分离到病毒;能检测到针对病毒发生的特异性免疫反应,即科霍法则(Koch's postulates),明确为SARS的病原体.2003年4月12日,加拿大科学家首次公布了SARS病毒Tor2的基因组序列.4月16日,世界卫生组织(WHO)正式确认SARS相关冠状病毒(SARS-CoV)是SARS的病原体.目前对SARS仍没有特效的治疗方法,现就SARS病原学、病理改变与发病机制、流行病学研究进展做一综述.
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基因经济呼之欲出
2000年6月26日,美、英、德、日、法、中六国科学家同时向全世界公布,人类基因组工作草图绘制完毕,草图覆盖了基因组97%的空间,85%的基因组序列已被组装起来,50%以上的序列接近完成图标准,20%的序列已经达到完成图标准,已有数千个基因被确定,数十个致病基因被定位.这意味着生命科学的研究实现了历史性的“阿波罗登月”,是达尔文时代以来生物学领域重大、杰出的突破.它给人类带来吉祥的福音,也拉动了以基因为载体的新型经济.一周内,我国沪深股市异动,一批与“基因”或多或少沾边的股票都有不俗的涨幅.有专家断言:基因经济蓄势待发,将会成为世纪新宠,前景看好.
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卡介苗接种存在的问题和解决办法
结核病是世界范围内严重的传染性疾病之一,在发展中国家一直是一个未能解决的社会和健康问题,每年有200万以上的人群死于结核病.近年来发达国家的结核病发病率也有所增高,使之再次成为被关注的公共卫生问题.人类免疫缺陷病毒(HIV)感染常合并结核病,并成为其致死的重要因素;越来越多的结核杆菌出现多药耐药现象,使得结核病的治疗受到极大地挑战.自世界卫生组织于1993年提出"不要忽视结核病"的宣言以来,结核病免疫学和疫苗学的研究和明确结核杆菌基因组序列均取得了醒目的进展.
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基因功能研究的方法
1985年在加利福尼亚大学Santa Cruz分校举行的一次会议上,有人第一次提出了共同努力测出人类基因组序列的可能性,虽然这个主意引起了许多人的兴趣,但几乎没有强的支持者[1].
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蛋白质组学实验技术研究进展
人类基因组计划已取得了巨大的成就,几个物种(包括人类)的基因组序列已经或即将完成,生命科学已实质性地跨入了后基因组时代,研究重心已开始从揭示生命的所有遗传信息转移到在分子水平对功能的研究上.这种转向的第一个标志是产生了功能基因组学(functional genomics)这一新学科,即从基因组整体水平上对基因的活动规律进行阐述.而第二个标志则是蛋白质组学的兴起[1].
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关于我国人类基因组研究发展战略的思考
人类基因组计划(Human Genome Project,HGP)正式启动于1990年,它的初衷是用15年时间,于2005年完成人类基因组全长约30亿个核苷酸的全部序列测定.十年来,工作已取得了令人振奋的突破性进展,人的22与21号染色体的全序列测定已经相继完成.2000年6月26日,参加人类基因组国际合作项目的各国于同一个时间正式宣布人类基因组序列工作框架图的完成,测序工作进入绘制完整序列图阶段,其测序的精确度要求达到99.99%.人们预期,全序列的测定工作将在2001年6月基本完成.
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蛋白质组学在肺癌研究中的应用
人类基因组计划全基因组测序已完成,绘制了基因框架图,掌握了大量的基因组序列的信息并全面了解了基因组和基因表达变化的方法.由于基因的功能除了由排序决定外,还受多种因素的影响,而蛋白质代表了基因的信息,其功能一旦出现异常即可直接引发疾病,因而研究蛋白质的改变对全面了解肿瘤的发生发展有重要意义[1].
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“纳米细菌”及其研究进展
异位钙化现象存在于人类多种系统性疾病之中,它与疾病的发病率、死亡率密切相关。“纳米细菌”,一种直径约20 nm~500 nm ,具有自我复制能力、能产生坚硬生物矿化外壳、参与病理性钙化形成,且具有细胞毒性的超微结构新型细菌,“纳米细菌”为病理性钙化病因的揭示提供了新的切入点。但是由于缺乏可信的基因组序列,“纳米细菌”是否能界定为生物体受到争议。随着研究的深入,蛋白矿物质复合物学说及各种机制的提出使“纳米细菌”及其生物学特性受到更强烈的质疑。然而,无论是“纳米细菌”或是蛋白矿物复合物,都为病理性钙化的研究提供了新的思路。
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HUGO伦理委员会关于人类基因组数据库的声明
承认:*由遗传学研究产生的潜在的全球利益;*基因组数据库科学和临床的使用;*在对研究进展至关重要的信息自由流动与从研究费用支出中获得回报的合法权利之间产生冲突的潜能;*滥用遗传数据的潜在风险;*将主要基因组序列迅速置于公共领域的需要.