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人肺腺癌吉非替尼耐药细胞株中微小RNA的表达谱
目的:分析人肺腺癌吉非替尼耐药细胞株PC9/AB2与亲本细胞株PC9中微小RNA(microRNA,miRNA)表达谱的差异.方法:应用Agilent human miRNA芯片分别检测PC9/AB2细胞与PC9细胞miRNA的表达谱,随后采用Agilent Feature Extraction软件分析并筛选差异表达的miRNA,应用生物信息软件预测筛选出的差异表达miRNA的潜在靶基因.应用实时荧光定量-PCR(real-time fluorogenic quantitative-PCR,RFQ-PCR)验证芯片检测结果.结果:与PC9细胞比较,PC9/AB2细胞中有36个miRNA表达上调＞2倍,有24个miRNA表达下调＞2倍.RFQ-PCR验证了芯片的结果.软件预测发现,16个miRNA有潜在靶基因,其中11个miRNA的靶基因＞100个.结论:筛选获得的差异表达miRNA可能通过调控其靶基因而参与人肺腺癌细胞对吉非替尼的耐药.
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长链非编码RNA NR2F2-AS1在人上皮性卵巢癌中的表达
目的:分析长链非编码RNA (long non-coding RNA,lncRNA) NR2F2(chicken ovalbumin upstream promoter-transcription factor Ⅱ, 又称nuclear receptor subfamily 2 group F member 2)反义核糖核酸1(NR2F2-antisense RNA 1,NR2F2-AS1)在人上皮性卵巢癌中的表达.方法:利用Aligent Human lncRNA基因芯片检测3对卵巢癌组织及其对应癌旁组织中lncRNA和mRNA的表达,筛选出差异表达的lncRNA和mRNA.应用实时荧光定量PCR检测22例卵巢癌组织和10例良性卵巢囊肿组织中lncRNA NR2F2-AS1、核仁小RNA宿主基因4(small nucleolar RNA host gene 4,SNHG4)、LOC101927905和OVE5-21006的表达.将靶向NR2F2-AS1的siRNA转染卵巢癌SKOV3细胞后,应用实时荧光定量PCR检测NR2F2-AS1反义基因NR2F2的表达.结果:3对卵巢癌组织及其对应癌旁组织的基因芯片检测共筛选出33 403条差异表达的lncRNA和20 351条差异表达的mRNA.卵巢癌组织中NR2F2-AS1的表达水平明显低于良性卵巢囊肿组织(P=0.003 5).并且,Ⅰ～Ⅱ期卵巢癌组织中NR2F2-AS1的表达水平低于Ⅲ～Ⅳ期卵巢癌组织(P=0.042 2).靶向NR2F2-AS1的siRNA转染SKOV3细胞后,NR2F2mRNA的表达水平被明显下调(P=0.049 5).结论:上皮性卵巢癌组织中lncRNA表达谱与相应癌旁组织有较大差异.NR2F2-AS1在卵巢癌组织中表达下调,并且与卵巢癌患者的病理分期有关.抑制卵巢癌SKOV3细胞中NR2F2-AS1的表达后,其反义基因NR2F2的表达水平也下降.
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胃癌中PTEN和p-AKT蛋白的表达及其临床意义与预后分析
目的:探讨PTEN (phosphatase and tensin homologue deleted on chromosome ten)和磷酸化AKT(phosphorylated-AKT,p-AKT)蛋白在胃癌中的表达及其临床意义,评价其在胃癌预后方面的作用.方法:收集229例随访超过5年的胃癌患者肿瘤组织标本,制作成组织芯片,应用免疫组织化学的方法检测PTEN和p-AKT蛋白的表达,并将检测结果与患者的临床病理特征和生存期进行统计分析.结果:胃癌组织中PTEN和p-AKT蛋白的阳性表达率分别为45.9％和55.9％,均高于相应癌旁组织(P＜0.05).PTEN和p-AKT蛋白表达与肿瘤TNM分期、浸润深度和脉管浸润有关(P＜ 0.05); PTEN蛋白在肠型胃癌组织中的阳性表达率较弥漫型胃癌组织中高,差异有统计学意义(P＜0.05)；p -AKT蛋白表达与Lauren分型无关,但与淋巴结转移有关(P＜0.01).PTEN蛋白阳性表达和阴性表达患者的生存率无明显差异(P＞0.05),p-AKT蛋白阳性表达患者的生存率低于阴性表达者,差异有统计学意义(P＜0.05).结论:PTEN和p-AKT蛋白表达与胃癌的发生、发展、侵袭和转移有关.p-AKT蛋白表达是胃癌的预后因素.
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非小细胞肺癌中蛋白激酶C-α的表达及其意义
目的:探讨蛋白激酶C-α(protein kinase C-α,PKC-α)在非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)组织及细胞株中表达的意义.方法:应用免疫组织化学 SP 方法检测NSCLC组织芯片中PKC-α蛋白的表达,其中肿瘤组织160例,癌旁组织40例,Ⅰ期91例,Ⅱ～Ⅲ期69例;应用反转录聚合酶链式反应法(RT-PCR)检测NSCLC细胞株A 549、耐顺铂A 549(A 549-DDP)、H 460及H 1299等细胞株中PKC-α mRNA的表达;应用Western印迹法检测上述细胞株中PKC-α蛋白的表达.结果:PKC-α蛋白在 160 例NSCLC组织中的表达率为 53.1%(85/160),癌旁组织中的表达率为7.5%(3/40),差异有统计学意义(P＜0.01);PKC-α蛋白的表达在不同病理类型之间(腺癌、鳞癌及细支气管肺泡癌)的差异无统计学意义(P＞0.05);与患者的性别、年龄等因素亦无明显相关性;而与NSCLC,特别是腺癌的临床分期、淋巴结是否转移相关(P＜0.05);与腺癌的分化程度相关(P＜0.05),但与鳞癌的分化程度无明显相关性;在NSCLC细胞株A 549、A 549-DDP、H 460及H 1299中均存在PKC-α mRNA及蛋白的表达,其中以A 549-DDP细胞株的表达水平为高.结论:在 NSCLC 组织及细胞株中存在PKC-α的表达;PKC-α蛋白表达在 NSCLC 特别是腺癌的浸润、转移和发展中具有重要作用;在多种NSCLC细胞株中PKC-α的表达水平存在一定差别.
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人乳腺球蛋白、血管内皮生长因子-C和血管内皮生长因子受体-3在乳腺癌中的表达及其与预后的关系
目的 探讨人乳腺球蛋白(hMAM)、血管内皮生长因子-C(VEGF-C)及其受体-3(VEGFR-3)在乳腺癌组织中表达,分析其表达与乳腺癌生物学特性及预后的关系.方法 采用组织微阵列技术,通过免疫组化法检测116例乳腺癌组织、44例癌旁正常组织中hMAM、VEGF-C及VEGFR-3的表达.结果 (1)乳腺癌组织中hMAM、VEGF-C及VEGFR-3的表达率分别为59.48 ％(69/116),50.86％(59/116)及61.20％ (71/116),均高于癌旁正常组织中的表达率(分别为0.00％、9.09％及18.18％,P均＜0.01).(2)hMAM、VEGF-C及VEGFR-3的表达与腋淋巴结转移呈正相关(P均＜0.05),hMAM和VEGFR-3的表达与组织学分级呈正相关(P均＜0.05).(3)采用Spearman等级相关分析结果显示,hMAM、VEGF-C及VEGFR-3在乳腺癌中的表达两两之间均呈正相关,相关系数分别为0.278、0.280及0.244(P均＜0.01).(4)Kaplan-Meier生存分析结果表明:hMAM、VEGF-C及VEGFR-3阴性表达者无病生存率及5年总生存率均高于三者阳性表达(Log-rank,P均＜0.01).结论 hMAM、VEGF-C及VEGFR-3在乳腺癌组织中存在高表达,其高表达与乳腺癌的发生、侵袭转移和预后有关,且hMAM可能与乳腺癌微淋巴管生成有关.
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基因芯片结合生物信息学筛选辐射损伤恢复期造血相关的枢纽基因
目的 研究小鼠在接受亚致死剂量辐射刺激后,在损伤修复阶段小鼠骨髓全基因组表达的改变.方法 以4 Gy 60Co γ射线辐射刺激小鼠,取辐射刺激后0、3、7、11、21 d的小鼠骨髓细胞RNA样本进行基因芯片分析,通过聚类分析、功能分析和动态网络分析等生物信息学方法,全面挖掘在辐射损伤小鼠骨髓的修复阶段起关键作用的基因及其信号通路,并就筛选得到的关键基因的蛋白表达行进一步分析.结果 与未经辐照组相比,辐照损伤后的骨髓组织全基因表达谱显示出1 302个显著性差异基因.通过聚类及功能分析后发现免疫反应(主要是造血作用)的相关基因在辐照损伤修复阶段的机体功能恢复中发挥重要作用.基因芯片结合生物信息学分析构建了显著性差异基因的共表达网络,终筛选出25个枢纽基因,分别参与了免疫反应(包括造血作用)及转录调节/核小体组装两大生物学过程.重要节点CCL3在辐射后通过自发抑制及增加蛋白水解酶CtsG对其的降解而促进造血干细胞的增殖.结论 基因芯片结合生物信息学分析筛选得到的25个基因可能是辐射损伤反应相关的枢纽基因；重要节点CCL3在辐射后通过自发下调及增加蛋白水解以促进造血干细胞的增殖.
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NF-κB通过调控早期反应基因-2参与小鼠肝再生启动
目的 结合基因芯片技术、生物信息学分析和染色质免疫共沉淀技术分析小鼠肝再生启动阶段的差异表达基因,并探讨其调控方式.方法 采用小鼠全基因组基因表达谱芯片检测并验证肝再生启动阶段2组差异表达基因;应用基于TRANSFAC数据库的PAINT对差异表达基因进行转录调控分析;后运用染色质免疫共沉淀技术验证NF-κB的潜在靶基因.结果 肝切后4h小鼠差异表达基因共332个(上调127个,下调205个),其中早期反应基因-2(immediate earlyresponse 2,IER2)上调约5倍;对所有差异表达基因进行PAINT分析,预测到多个转录因子如Stat家族和NF-κB均参与差异表达基因调控网络;免疫共沉淀技术证实IER2受NF-κB调控.结论 NF-κB可能通过调控IER2参与肝再生启动.
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细胞因子信号转导抑制因子2在乳腺癌中的表达
目的:检测细胞因子信号转导抑制因子2(supressors of cytokine signaling 2,SOCS2)蛋白在乳腺组织中的表达,探讨SOCS2的表达与乳腺癌临床病理资料之间的关系.方法:构建乳腺癌、癌旁组织及良性病变组织微阵列(tissue microarray);用免疫组织化学S-P法检测171例乳腺癌、18例癌旁乳腺组织、20例乳腺良性病变SOCS2、ER、PR、cerbB2、p53 和 Ki-67的表达.结果:乳腺癌中SOCS2阳性率为57.89%(99/171),癌旁乳腺组织为94.44%(17/18),乳腺良性病变为75%(15/20);乳腺癌组织中SOCS2的表达在不同TNM分期、不同组织学分级、淋巴结有无转移和Ki-67阳性及阴性表达下有显著差异(P＜0.05).结论: SOCS2的表达降低可能与乳腺癌发生和预后不佳相关.
关键词： 细胞因子信号转导抑制因子类 乳腺肿瘤 微阵列分析 -
中国北方汉族人原发性胆汁性肝硬变与HLA-DRB基因相关性的初步研究
目的:初步探讨中国北方汉族人群原发性胆汁性肝硬变(PBC)患者与人类白细胞抗原(HLA)-DRB等位基因的相关性.方法:利用基因芯片技术对40例中国北方汉族PBC患者和67例健康对照人群进行了HLA-DRB等位基因的分型检测.两组年龄构成和男、女比例均无统计学差异.结果:本组PBC患者中HLA-DR7的出现频率为50%,远高于健康对照组的10.4%(χ2=20.77,P=0.000,RR=8.57),同时也高于文献报道的两组中国北方健康人群中的出现频率[分别为23.2%(N=342, P=0.000)和29%(N=255, P=0.008)].本组PBC患者中HLA-DR8的检出率为22.5%,明显高于健康对照组的7.5%(χ2=4.980,P=0.026,RR=3.60),同时也高于文献报道的两组中国北方健康人群中的出现频率[11.2%(N=342,P=0.038)和10.2%(N=255,P=0.025)].结论:HLA-DR7和DR8基因可能与中国北方人群的PBC发病有一定的相关性,其中DR7在国外文献中尚未见报道.
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应用基因芯片分析牛磺酸对肝星状细胞基因表达的调控
牛磺酸具有多种生物学功能,近来的研究热点集中于其对肝纤维防治~([1-2]).而肝星状细胞的活化是导致肝纤维化的重要原因.
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DHPG诱导的大鼠海马脑片癫(癎)样放电模型基因表达谱分析
目的 研究代谢型谷氨酸受体-Ⅰ(mGluR-Ⅰ)激动剂D-对羟基苯甘氨酸(DHPG)诱导的大鼠离体海马脑片癫(癎)样放电模型的基因表达谱.方法 以含50 μmol DHPG的人工脑脊液持续灌流大鼠离体海马脑片,诱导建立癫(癎)样放电模型(DHPG组,n=3).采用cDNA微阵列分析技术获得DHPG组的基因表达谱,与对照组(n=3)比较筛选出差异表达基因,并进行富集功能分类.结果 与对照组比较,DHPG组样本模型分别筛选出的上调基因206个,下调基因489个;其中差异表达达1.5倍的上调基因67个,下调基因86个;2.0倍以上的上调基因6个,0.5倍以下的下调基因25个.富集功能分类结果显示,差异表达基因功能涉及蛋白结合(19个)、分子功能、钙离子结合和核苷酸结合等多方面.结论 癫(癎)样放电及mGluR-Ⅰ激动剂的作用均涉及多种基因,是一复杂的调控过程.实验为进一步研究提供了依据.
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SNP array技术检测自闭症患儿的拷贝数变异
目的 探讨单核苷酸多态性基因芯片(SNP array)技术在自闭症患儿遗传学诊断中的临床应用价值.方法 用SNP ar-ray技术对45例核型分析未见异常的自闭症患儿进行遗传学检测.结果 良性基因组拷贝数变异(CNVs)的检出率为11.1％(5/45)、致病性CNVs的检出率为15.6％ (7/45),未检出临床意义不明的CNVs (VOUS).7个致病性CNVs包括4个微缺失(3p14.2p14.1、3p26.3、16p13.12p13.11、Xp22.2p22.33)和3个微重复(3p26.3、15q11.2q13.3、16p13.1 1p12.3).结论 SNParray技术可提高自闭症患儿致病性CNVs的检出率,在自闭症患儿的遗传学诊断中具有较高的临床应用价值.
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扩张型心肌病患者循环中miR-5196-5p、miR-652-5p表达的改变及其临床意义
目的:通过miRNA Array芯片技术,了解扩张型心肌病(dilated cardiomyopathy,DCM)患者血浆miRNA表达谱的差异,探索这种差异与左室舒张末内径(left ventricular end-diastolic dimension,LVEDd)、左室射血分数(left ventricular ejection fraction,LVEF)及N末端脑钠肽前体(N-terminal of the prohormone brain natriuretic peptide,NT-proBNP)等心衰指标的关系,并预测其作用靶基因.方法:入选南京胸科医院心脏科收住的8例明确诊断的DCM患者,抽提血浆总RNA,采用Agilent Human miRNAs Array(V 19.0)芯片技术,与4例健康对照进行表达谱的差异筛选,对改变明显的miRNA进行30例患者的进一步验证.检测两组受检者生化指标、NT-proBNP,测量LVEDd、LVEF,并进行变量间的相关分析.TargetScan和miRBD数据库预测靶基因.结果:与对照组相比,病例组中共发现36个有意义的miRNAs表达差异,其中25个上调的miRNA中,miR-5196-5p上调明显,下调的miRNA中,miR-652-5p下调明显.该结果在后续30例DCM患者的验证中也得到证实.Pearson线性相关分析显示,miR-5196-5p上调水平与LVEDd呈正相关,miR-652-5p水平与LVEDd、NT-proBNP呈负相关,与LVEF呈正相关.靶基因分别预测到DCM相关基因VCL、RBM20等.结论:DCM患者血浆中miR-5196-5p表达明显上调,miR-652-5p表达下调,并与左室功能、心室重构相关.进一步研究有可能揭示miR-5196-5p、miR-652-5p在心衰致病中的机制,并有可能成为评估疾病疗效及预后的新指标或潜在治疗靶点.
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子宫颈病变中p16INK4A的表达以及与HPV16感染关系的研究
目的 探讨p16INK4A在各类子宫颈病变中的表达以及与HPV16感染关系的研究,为临床子宫颈病变的筛查提供经济、有效、快速的筛查方法.方法 应用组织微阵列方法和免疫组化法对15例正常子宫颈、10例子宫颈尖锐湿疣、45例子宫颈上皮内瘤样病变、20例子宫颈浸润癌行p16INK4A测定,用组织微阵列方法及原位杂交法行HPV16cDNA测定.结果 S随子宫颈病变的进展HPV16cDNA的表达增加(P<0.001).p16INK4A在正常子宫颈中无表达,而随着子宫颈病变的进展,p16INK4A的表达率显著升高(P<0.001),且与HPV16有相关性.p16INK4A在子宫颈癌中的表达率为95.0%.结论 HTS组织微阵列技术适用于大样本量的检测,是一种高效、快速、可比性强的分子生物学研究方法.p16INK4A在一定程度上可反映HPV的感染程度,可作为子宫颈癌筛查的指标.p16INK4A在子宫颈癌的发生中可能起着重要作用.
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出生缺陷相关遗传病产前诊断技术新进展
出生缺陷由遗传因素、环境因素或两者共同作用所致.产前诊断或植入前诊断是预防遗传病发生、减少或杜绝遗传病患儿出生的主要手段.根据出生缺陷相关遗传病的不同遗传问题,除传统的染色体核型分析技术、荧光原位杂交技术用于染色体非整倍体检测外,以高通量为特点的染色体微阵列分析技术以及第二代测序技术可更好地针对基因组病、单基因遗传病进行检测,从而形成完整的出生缺陷相关遗传病检测技术体系.本文对目前出生缺陷相关遗传病的产前诊断技术新进展进行了综述.
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单核苷酸多态性微阵列芯片在早期自然流产绒毛组织遗传学分析中的应用
目的:探索单核苷酸多态性(SNP)微阵列技术在流产组织遗传学分析中的应用价值.方法:收集2013年10月至2016年6月浙江大学医学院附属妇产科医院不明原因早期自然流产的861例患者的绒毛组织,采用SNP芯片技术对流产绒毛组织的全基因组DNA拷贝数变异进行检测.结果:SNP芯片成功检测所有绒毛组织,成功率为100%.染色体异常检出率为51.10%(440/861),包括染色体非整倍体358份(41.58%),其分布于除1号染色体外所有染色体;三倍体21份(2.44%);单倍体1份(0.12%);单一位点缺失或重复37份(4.30%),其中25例缺失或重复片段小于10Mb,对其中6例致病性不明确的病例进行夫妇芯片验证,结果显示4份为新发突变,2份遗传自夫妇一方;同时具有两位点缺失或重复23份(2.67%),对其中17份结合夫妇芯片及染色体核型、荧光原位杂交验证,发现新发突变6份,夫妇存在小片段平衡结构异常11份.结论:SNP微阵列芯片可对流产绒毛组织进行相对全面的遗传学分析,发现引起流产的各种遗传因素.
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组织芯片技术及其应用研究进展
组织芯片又称组织微阵列(TMA),是将数十个、数百个乃至上千个小组织按预先设计的需求整齐地排列在一张载玻片上而制成的缩微组织切片[1].该技术利用并行化处理原则、微量化检测的优点,结合分子生物学和形态学原理,具有经济、简便快捷、信息量大的特点,能够在DNA、RNA和蛋白质水平检测基因表达.自Kononen等1998年首次报道并证实了其可靠性和实用价值以来[1],该技术备受关注,现已成为分子病理学家和解剖病理学家有前途的工具之一,并已被广泛应用于肿瘤研究的许多方面,也可用于病理学的其他领域[2].笔者就组织芯片的制备技术和应用进展作一综述.
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福建地区人乳头瘤病毒感染与口腔癌关系的病例对照研究
目的 研究人乳头瘤病毒(HPV)感染与口腔癌的关联. 方法 采用病例对照研究,病例为福建医科大学第一附属医院口腔颌面外科经病理确诊的新发病例75例,对照为按性别年龄频数匹配的社区人群75例.病例组采集新鲜癌组织,对照组采集口腔黏膜细胞,提取组织DNA,运用HPV基因微阵列分型方法检测21型HPV.采用非条件Logistic回归分析HPV感染与口腔癌发病风险的调整比值比(OR)及95％可信区间(95 ％CI).结果 HPV16/18感染增加了口腔癌的发病风险,其调整的OR为12.457 (95％CI:1.325～117.117).HPV感染与年龄、性别、文化程度、吸烟、饮酒有关(P＜0.05). 结论 HPV16/18感染可能是福建地区口腔癌的危险因素,HPV16/18感染与年龄、性别、文化程度、吸烟、饮酒有关.
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SNP array用于先天性心脏病胎儿的产前诊断
目的：探讨单核苷酸多态性基因芯片( SNP array)在先天性心脏病( CHD)胎儿产前诊断中的临床应用价值。方法：选取102例产前超声诊断为CHD而核型分析未见异常并排除22 q11.2微缺失综合征的胎儿,采用SNP array技术进行遗传学检测。将102例胎儿分为单纯CHD胎儿组(66例)和合并心外结构异常CHD胎儿组(36例),对两组胎儿检出的基因组拷贝数变异( CNⅤs)性质按致病性CNⅤs、临床意义不明确的拷贝数变异(ⅤOUS)及良性CNⅤs进行分类。结果：102例CHD 胎儿中,良性 CNⅤs 的检出率为21.6%(22/102)、ⅤOUS的检出率为2.9%(3/102)、致病性CNⅤs的检出率为9.8%(10/102)。单纯CHD胎儿组和合并心外结构异常CHD胎儿组的致病性CNⅤs检出率分别为12.1%(8/66)和5.6%(2/36)。结论：SNP array技术具有高分辨率、准确等优点,对染色体核型分析结果正常的CHD胎儿进行SNP array检测,能额外发现部分致病性CNⅤs,在先天性心脏病胎儿的产前诊断中具有较强的临床应用价值。
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基因芯片技术在乳腺癌化疗和预后中的应用
化疗是乳腺癌治疗的重要手段,不同个体疗效差异较大.基因芯片技术可用来分析化疗反应不同患者的肿瘤组织基因表达谱,筛选出敏感性、特异性俱佳的一组基因,可对初治患者的化疗敏感性进行预测,还可分析预后不同患者的基因表达,选择预后相关基因,有助于实现真正的个体化治疗.
