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肝细胞癌HCCS1基因突变和杂合缺失分析
[目的]进一步阐明HCCS1基因在肝细胞癌发病中的作用,研究肝细胞癌HCCS1基冈突变和杂合缺失状态.[方法]采用PCR-SSCP杂合缺失分析和测序技术对62例肝细胞癌HCCS1基因突变和杂合缺失进行了检测.[结果]在62例肝细胞癌中无一例体细胞突变,但发现9个单核苷酸多态性.在56例杂合子中,各位点杂合缺失率从32.3%到46.9%不等.[结论]未能在来自西南地区的中国肝细胞癌患者中发现HCCS1突变,HCCS1基因在肝细胞癌发生发展过程中的作用尚需进一步研究.
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散发性结直肠癌1号染色体1q31.1-32.1区域等位基因杂合缺失精细定位研究
目的 对染色体1q31.1-32.1区域进行杂合缺失(LOH)精细定位分析,探讨更为精确的高频LOH区域并筛选可能与结直肠癌相关的抑癌基因.方法 在1q31.1-32.1区域选择6对微卫星引物与83例结直肠癌的肿瘤和正常组织进行聚合酶链反应(PCR).产物在ABI Prism 377自动荧光测序仪进行电泳,以GeneScan 3.1和Genotyper 2.1软件进行扫描以及LOH分析.LOH结果与临床病理参数之间的关系比较采用χ2检验.结果 1q 31.1-32.1区域平均LOH率是22.98%.以D1S2622位点高,为36.73%(18/49),低是D1S412,为16.42%(11/67).结果 显示,更精确的缺失范围定位应该在D1S413和D1S2622之间(1q 31.3-32.1),约2 cM的遗传距离范围内.该区域各位点的LOH率与性别、年龄、肿瘤大小、生长方式以及肿瘤Dukes分期无明显相关.结论 将1q31.1-32.1区域高频等位基因缺失精细定位于D1S413和D1S2622位点之间,遗传学距离约2cM的区域内,提示在该区域存在与结直肠癌发生发展相关的抑癌基因.
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胃癌染色体1q43区域等位基因杂合缺失精细定位研究
目的 对胃癌1号染色体1q43区域的微卫星位点进行杂合缺失(LOH)研究,为筛选此区域内可能存在的胃癌相关抑癌基因提供依据.方法 4对荧光标记的微卫星引物(D1S1594、D1S2785、D1S304、D1S321)覆盖1q43区域与96例胃癌患者的肿瘤组织及正常组织进行多重聚合酶链反应(PCR).产物经毛细管电泳后进行LOH分析.结果 该区域所测位点平均杂合缺失率17.9%,其中D1S1594位点高,杂合缺失率为26.5%;D1S2785位点杂合缺失率低为7.7%.1q43区域各位点的杂合缺失率与性别、年龄、肿瘤大小及TNM分期无明显相关.结论 在1q43区域内发现一个高频LOH区域,即D1S1594及D1S2785位点之间约1 cm区域,提示该区域内存在与胃癌相关的抑癌基因.
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染色体异常合并先天性巨结肠回盲部狭窄1例
患儿,女,1个月,因出生后不能自行排大便1个月就诊.患儿出生后24h未排胎便,逐渐出现腹胀,需使用开塞露帮助排便,有反复呕吐、纳差、体重不增.查体:体重3.5kg,腹胀,可见肠型,腹部未扪及肿物,肠鸣音5～6次/分,肛门指诊有裹手感,拔出手指有较多气体排出.钡灌肠提示先天性巨结肠.外周血染色体检查(检查方法Ⅲumina Hnman 666W- QuadBeadchip芯片行全基因组拷贝数改变分析)提示:4q31.23 - 35.1重复,38 Mb,9q34.4缺失,1.3 Mb检测意见:4号染色体长臂部分三体,重复片段大小38 Mb,9号染色体长臂末端杂合缺失1.3 Mb.
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口腔鳞状细胞癌3p24等位基因杂合缺失的研究及序列测定
目的:探讨3号染色体短臂24区域EAβMD(3p24 EAβMD)位点等位基因杂合缺失与口腔鳞状细胞癌(口腔鳞癌)的关系.方法:采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性检测100例口腔鳞癌患者的口腔正常组织和肿瘤组织中的3p24 EAβMD位点杂合缺失情况,并对杂合缺失阳性配对标本的等位基因片段进行克隆及序列测定.结果:100对标本中,发现正常组织有信息个体44份,其相应肿瘤组织出现杂合缺失23份,杂合缺失率为52%.与正常组织限制性内切酶的MD位点的测序结果对照,杂合缺失的阳性克隆配对标本均发生点突变.结论:口腔鳞癌组织中3p24 EAβMD位点的杂合缺失率较高,常为点突变,提示该位点附近可能存在潜在的口腔鳞癌抑癌基因.
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肝细胞癌RUNX3基因甲基化与杂合缺失的分析及其意义
目的通过筛查肝细胞癌(HCC)RUNX3遗传学和表遗传学异常,拟明确RUNX3基因在HCC发病过程中的作用.方法采用聚合酶链反应(PCR)-单链构象多态性、杂合缺失(LOH)分析、测序以及DNA甲基化特异的PCR技术对90例HCC RUNX3基因突变、LOH及甲基化状态进行检测,对RUNX3基因缺失、甲基化结果与各临床病理参数的关系进行分析.结果未发现突变病例;但发现3个单核苷酸多态性分别存在于外显子1和4;LOH分析表明30.6%(11/36)的病例存在LOH;54.4%(49/90)的病例存在RUNX3基因高甲基化;RUNX3 LOH与HCC门静脉癌栓、肝内转移和微血管受侵差异有显著性(χ2值分别为4.729、4.581、4.581,P值均＜0.05).结论HCC RUNX3基因存在高频率的LOH和高甲基化;RUNX3基因的异常可能在HCC发病过程中起重要作用.
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食管癌APC/MCC基因杂合缺失的研究
目的研究APC/MCC基因杂合性缺失(LOH)与食管癌发生发展的关系.方法应用多聚酶链反应技术及限制性片段长度多态现象对46例食管癌APC和MCC基因的LOH进行了分析.结果食管癌APC和MCC基因LOH阳性表达分别为29.0%(9/31)和33.3%(8/24).结论 APC、MCC基因的LOH是食管癌的常见改变,可能参与了食管癌的发生.
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一例Vel血型基因杂合缺失个体的家系调查及基因分析
目的 鉴定1例Vel血型基因SMIM1的个体突变情况,并对其家系进行调查和基因分析,以期找到罕见的纯合缺失即V el阴性(Vel-)的突变个体.方法 根据Vel-产生的分子机制分别设计可特异扩增野生型和缺失突变SMIM1序列的引物,采用序列特异性引物PCR检测样本的基因型,通过DNA测序分析确证基因型,并开展家系调查和基因分析.结果 PCR-SSP和DNA测序结果显示,先证者Vel血型基因SMIM1 c.64_80连续17个核苷酸发生了杂合缺失突变.家系分析显示先证者的父亲与其基因型相同,为杂合缺失突变,母亲和姐姐SMIM1无缺失突变.在其家庭成员中未发现纯合缺失突变个体.结论 结合PCR-SSP和DNA测序分析,鉴定了1例SMIM1 c.64_80杂合缺失的个体.先证者的杂合缺失突变遗传自其父亲.
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一例线粒体复合物Ⅲ缺陷患儿的临床特点及UQCRB基因突变分析
目的 探讨1例线粒体复合物Ⅲ缺陷症患儿的临床、生化代谢及基因突变特点.方法 对患儿的临床表现及辅助检查结果进行分析,应用高通量平台进行线粒体基因组及相关核基因的二代测序,可疑位点经父母一代测序验证,杂合缺失经染色体芯片技术定位并由荧光定量PCR验证.结果 患儿表现为反复发作的呕吐、气促伴发热、代谢性酸中毒、高乳酸血症及低血糖,凝血功能及免疫功能低下,乳酸脱氢酶及肌酸激酶同工酶增高,急性发作期血中丙氨酸及多个酰基肉碱增高,酮性双羧酸尿;体格生长及智力发育落后,肌张力低下.测序结果显示患儿UQCRB基因存在复合杂合突变:一个等位基因缺失/一个等位基因小缺失致移码突变c.306_309delAAAA (p.Arg105Lysfs* 22)],其中移码突变已有文献报道,而缺失突变为首次报道.结论 明确了UQCRB基因突变引起的线粒体复合物Ⅲ缺陷症患儿的临床、生化代谢及基因突变特点.
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乳腺癌APC/β-catenin信号通路变化的研究
目的:研究乳腺癌发生、发展过程中APC/β-catenin信号通路的变化.方法:应用PCR-SSCP、微卫星标记、甲基化特异性PCR方法检测乳腺癌和癌旁正常乳腺组织中β-catenin基因外显子3和APC基因突变密集区突变、APC基因杂合缺失(LOH)和启动子1A区甲基化状态,用RT-PCR检测APC基因mRNA表达 ;并用免疫组织化学法检测APC和β-catenin蛋白表达.结果:乳腺癌中β-catenin异常表达率为53.9%,β-catenin异常表达与乳腺癌组织学分级、TNM分期及腋淋巴结转移呈正相关,未发现β-catenin基因突变.乳腺癌中APC蛋白表达阴性率为47.6%,APC蛋白表达阴性同TNM分期和β-catenin异常表达呈正相关,未发现APC基因突变.APC基因启动子1A区甲基化率为36.8%,甲基化与mRNA表达减少、蛋白表达缺失及TNM分期呈正相关.APC基因LOH发生率达32.6%,LOH和甲基化呈正相关.结论:在乳腺癌发生、发展过程中APC/β-catenin通路出现异常改变.β-catenin蛋白异常表达不是该基因突变所致,而是由于APC蛋白表达缺失导致破坏复合体功能障碍所致.乳腺癌中APC基因突变非常罕见,该基因LOH和启动子1A区甲基化是该基因失活的主要机制,是蛋白表达缺失的原因.
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食管癌患者3p25等位基因杂合缺失的初步研究
目的：检测35例食管瘸患者3p25D3S1038染色体位点的杂合缺失，为寻找此位点附近潜在的抑癌基因奠定基础。方法：微卫星DNA-PCR-银染法检测3p25D3S1038位点杂合缺失．结果：3p25D3S1038位点有11例存在杂合缺失(LOH)，LOH率为31．4％，此位点杂合缺失在各民族中均存在．结论：3p25D3S1038存在杂合缺失且有一定发生频率，可能与食管癌的发生有关，值得继续研究。
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食管癌3p24等位基因LOH及其扩增产物克隆的研究
目的：研究3p24EAβMD位点与仓管癌的关系，为寻找该位点附近可能存在的抑癌基因奠定基础．方法：采用PCR-RFLP法检测45例食管癌患者3p24位点杂合缺失情况，并对该片段进行克隆．结果：在22例食管癌信息个体中共检出9例杂合缺失，并通过序列分析可知变化为点突变。结论：3p24EAβMD较高的杂合缺失率显示该位点附近可能存在潜在的抑癌基因。
关键词： 食管癌 聚合酶链式反应-限制性长度片段多态性 克隆 3p24 杂合缺失 -
胃癌、癌旁组织中p73基因表达及杂合缺失研究
目的探讨p73基因转录表达及杂合缺失与胃癌发生、发展的关系.方法采用反转录多聚酶链反应技术(RT-PCR)及多聚酶链反应单链长度多态性分析法,检测45例胃癌、癌旁及正常组织中p73 mRNA的表达及杂合缺失.结果正常胃粘膜组织中未见p73 mRNA表达.癌旁肠化组织,异型增生及胃癌组织p73 mRNA高表达率分别为38.5%(10/26),20%(2/10),55.6%(20/36),杂合缺失率分别为14.8%(4/27),11.1%(2/18),26.7%(12/45).胃癌、癌旁肠化生组织中p73 mRNA表达显著高于正常组织(P＜0.05).而胃癌及癌旁肠化及异型增生间无显著差别.胃癌及癌旁组织中杂合缺失率无显著差别.p73 mRNA高表达及杂合缺失与肿瘤组织学类型、分化程度、大小、部位、年龄及性别无关(P＞0.05).p73基因高表达与杂合缺失无关.结论 p73基因高表达及杂合缺失可能参与了胃癌的发生发展过程,p73基因高表达及基因的杂合缺失可能是该基因的两种不同失活方式.
