首页 > 文献资料
-
155例汉族男性人群5-羟色胺受体1B基因单核苷酸多态性的特征分析
目的：探讨中国汉族男性人群中5-羟色胺受体1B基因(HTR1B)单核苷酸多态性(SNP)的遗传特征。方法：通过基因再测序筛查155例汉族男性人群HTR1B基因多态性位点，采用HaploView软件分析筛查到的多态性位点的遗传学特征、连锁不平衡(LD)、标签SNP和单体型(域)分布。结果：155例汉族男性人群中，HTR1B基因SNP位点包含5′-侧翼区的rs17273700(-860A>G)、rs1228814(-700G>T)、rs11568817(-262 A>C)、rs130058(-161T>A)，编码区的rs6298(+129A>G)、rs6296(+861G>C)和3′-侧翼区的rs6297(+1180T>C)；各多态性位点基因型频率均符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)；rs17273700与rs11568817位点之间(|D′|=1.0，2r=0.94)和rs6296与rs6298位点之间(|D′|=0.946，r=0.849)呈强LD关联；该人群主要存在8种单体型，占94.2%，其中主要为野生单体型H1(46.0%)；筛选出-860A>G、-700G>T、-161T>A、+129A>G、+1180T>C共5个标签SNP和两个单体型域，-860A>G和+129A>G分别为其代表性单体型标签SNP(htSNP)。结论：本研究首次筛查出HTR1B基因在中国汉族男性人群中的合适的标签SNP和htSNP，减少了后续研究的SNP位点数目，为探讨其与疾病的关系奠定了基础。
-
广东人群8q24rs1530300单核苷酸多态性与非综合征性唇腭裂的相关性研究
目的：探讨8q24 rs1530300单核苷酸多态性(SNP)与广东籍汉族人群非综合征性唇腭裂(NSCL/P)的相关性。方法：收集广东籍NSCL/P患儿168名及健康对照者127名的外周血，提取基因组DNA，应用高分辨率熔解曲线(HRM)技术检测rs1530300位点基因多态性，采用卡方检验进行病例组及其父母与正常对照组基因型、等位基因频率的比较分析和传递不平衡(TDT)分析。结果：成功建立8q24 rs1530300位点基因多态性检测方法。病例组及正常对照组8q24 rs1530300位点基因型频率分布均符合Hardy-Weinberg平衡。病例组及其父母的rs1530300位点基因型和等位基因的分布频率与正常对照组比较差异均无统计学意义(P均>0.05)，等位基因也不存在传递不平衡(P>0.05)。结论：8q24 rs1530300位点多态性与中国广东人群NSCL/P无明显相关性。
-
线粒体SNP分型用于法医DNA检验1例
某地发生一起命案，为了核实死者身份，需要对一块高度降解的人体骨头和疑似死者母亲的血样进行DNA检验，判断他们是否存在血缘关系。
-
基于SNP位点的身高预测模型的评估
目的 根据报道的547个欧洲人群身高相关SNP位点构建中国汉族男性身高预测模型,评估此模型预测身高的准确性.方法 采用Affymetrix SNP Array 6.0芯片和HiSeq 4000测序平台对59例山东汉族男性样本进行DNA分型检测,并将这547个身高相关SNP位点作为预测因子,采用加权等位基因求和(weight allele sums,WAS)的计算方法建立预测模型.通过受试者工作特征曲线及曲线下面积(area under curve,AUC)对身高预测模型的准确性进行分析.结果 样本全基因组关联分析未发现身高显著相关SNP位点.本研究用WAS法构建身高预测模型,获得的AUC值为0.67(95％置信区间为0.53～0.90).结论 用547个SNP位点的WAS模型预测山东汉族男性群体身高具有参考价值,但预测模型准确度的进一步提升需要通过筛选更多具有人群特异性的身高相关SNP位点来实现.
-
43个SNP遗传标记复合检验体系的建立及其法医学应用
目的 对43个SNP遗传标记的复合检验体系进行法医学应用评估.方法 采用MALDI-TOF-MS技术检验华东地区123名汉族无关个体在43个SNP位点的分型,并根据43个SNP复合检验体系的群体遗传学参数评估其应用价值.结果 123名个体在43个SNP位点上均符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05).除rs1355366、rs2270529、rs10776839和rs938283外,其余39个位点的小等位基因频率(minor allele frequency,MAF)均大于0.25,其中,24个位点的MAF值在0.4～0.5,3个位点的MAF值接近0.4.43个SNP位点的DP为0.2901～0.6544,CDP为1-9.8×10-11,PIC为0.1708～0.5000,Ho为0.1557～0.5935,PEtrio为0.0854～0.2500,PEduo为0.0146～0.1250,CPEtrio为0.999986,CPEduo为0.9924361.结论 本研究的43个SNP复合检验体系具有较高的遗传多态性,既可以作为传统STR遗传标记的有效补充和验证,也可以与其他商品化试剂盒配合使用,用于法医遗传学亲权鉴定及个体识别.
-
MALDI-TOF-MS对Y染色体上66个二等位基因的检测
目的 分析华东地区汉族人群Y染色体上66个二等位基因遗传标记的多态性,并评价其法医学应用价值.方法 采用多重PCR联合基质辅助激光解吸/电离-飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry,MALDI-TOF-MS)技术对华东地区205名汉族男性无关个体Y染色体上66个二等位基因遗传标记进行分型研究,使用直接计数法统计待测位点的等位基因频率,用公式计算基因多样性和单倍型多样性,用Arlequin v3.5.2.2软件检测该体系的单倍型并且进行群体遗传学比较.结果 其中60个二等位基因遗传标记在华东地区汉族男性人群中呈多态性分布,基因多样性为0.0385~0.5019,共检测到85种单倍型,单倍型多样性为0.9703.部分SNP位点的等位基因分布在华东地区汉族人群和新疆汉族人群、广东汉族人群差异具有统计学意义.结论 60个二等位基因遗传标记及其检测体系在亲权鉴定和个体识别中可补充提供遗传信息,MALDI-TOF-MS技术可以进行二等位基因遗传标记的分型检测.
-
窖蛋白基因变异及多态性与不明原因猝死的相关性
目的 寻求窖蛋白(caveolin,CAV)基因变异位点,探讨其与不明原因猝死(sudden unexplained death,SUD)的相关性.方法 收集SUD组(71例)、冠状动脉疾病(coronary artery disease,CAD)组(62例)和对照组(60例)血样,分别提取基因组DNA,采用PCR方法扩增CAV1与CAV3基因编码区及外显子-内含子拼接区,进行直接测序,以明确CAV基因的遗传变异类型,并进行统计学分析.结果 在SUD组中共检测到4个可能有意义的变异位点,其中2个为新发现的突变位点,分别为CAV1:c.45C>T(T15T)和CAV1:c.512G>A(R171H);2个为SNP位点,分别为CAV1:c.246C>T(rs35242077)和CAV3:c.99C>T(rs1008642),且这两个SNP位点的基因型频率和等位基因频率在SUD组与对照组中差异具有统计学意义(P<0.05),在CAD组中均未发现上述变异位点.结论 部分SUD可能与CAV1和CAV3基因变异存在一定相关性.
-
采用STR和SNP遗传标记鉴定全同胞姐妹关系
目的 通过对常染色体和X染色体遗传标记的检测,探讨全同胞姐妹关系的鉴定策略.方法 提取姐妹个体的DNA,采用SinofileTM试剂盒检验常染色体上的15个STR基因座、采用Mentype(R) Argus X-8试剂盒和多重X染色体STR检测试剂盒检验X染色体上的17个STR基因座,同时采用TaqMan技术对11个X-SNP位点进行分型检测.结果 依据常染色体STR基因座的检测结果计算全同胞指数,不排除被检个体的同胞姐妹关系:X染色体上各个STR基因座和SNP位点均检见1～2个相同的等位基因,进一步支持被检个体的同胞姐妹关系.结论 对于全同胞姐妹关系的鉴定案例,除了检测常染色体STR基因座外,还可以从X染色体上选择多态性遗传标记进行检测,获得更多的遗传信息.
-
基于等位基因特异性PCR原理建立的SNP分型新方法
目的 建立一种新方法,对多个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点进行分型.方法 基于等位基因特异性PCR原理,采用荧光标记复合扩增和毛细管电泳技术,根据PCR片段长度差异进行分型.选择SNP位点共11个,每个SNP位点设计两条长度不同、3' 末端分别与SNP两个等位基因碱基配对的上游引物,同时为了增加特异性,在两条等位基因上游引物的3' 末端第3或第4位碱基人为引入错配.在距离上游引物100～300bp范围内的合适位置,设计下游共用引物,并进行荧光标记.所有位点经过复合扩增后.PCR产物经ABI PrismTM310型遗传分析仪电泳分离,确定每个SNP的基因型.结果 每个SNP位点纯合子为单一产物峰.杂合子则为长度不同的两个产物峰.不同的SNP位点扩增产物长度不同.根据产物长度和产物峰的数量进行SNP分型,一次完成11个SNP位点分型,其结果与直接测序完全一致.结论 荧光标记复合扩增片段长度差异等位基因特异性PCR法是一种简单快速而有效的SNP分型新方法.
关键词： 法医生物学 单核苷酸多态性 等位基因特异性PCR 复合扩增 -
线粒体DNA编码区的多态性
目的研究线粒体DNA(mtDNA)编码区单核苷酸多态性,建立mtDNA编码区多态性在法庭科学中应用的理论基础.方法针对mtDNA编码区nt8162-8483以及nt13070-13299两段序列设计引物,应用直接测序技术研究其多态性.结果两对引物扩增片段长分别为322bp和230bp,共检测到21种变异,24种单倍型,基因多样性为0.7511,两个无关个体的偶合概率为0.2564.结论线粒体DNA编码区多态性位点作为线粒体DNA控制区多态性位点的补充,联合应用可以提高线粒体DNA在法医学应用中的个体识别能力.
-
片段长度差异等位基因特异性PCR-一种改良的SNP分型新方法
目的建立一种基于等位基因特异性PCR原理的改良SNP分型新方法:片段长度差异等位基因特异性PCR,并考察特异性引物的3'端第3位、第4位碱基错配对特异性延伸的影响.方法以SNP位点rs759117和rs760887为例,设计两条长度不同、3'末端分别与SNP两个等位基因碱基配对的上游引物,同时在两个等位基因特异性引物3'端第3或第4位碱基引入错配以增加特异性,下游为公用引物.PCR产物经聚丙烯酰胺凝胶电泳、银染显带后确定样本的基因型.结果不同SNP纯合子为长度不同的单一谱带,杂合子则为两条带,其结果与直接测序完全一致.两条特异性上游引物3'端第3或第4位碱基引入错配后非特异性延伸显著减少,且对PCR反应条件的严格性要求明显降低.结论片段长度差异等位基因特异性PCR是一种简单快速而有效的SNP分型新方法;两条特异性引物3'端第3、第4位碱基引入错配可使特异性显著增加.
关键词： 单核苷酸多态性 片段长度差异等位基因特异性PCR 碱基错配 -
单核苷酸多态性与法医学DNA分型技术
单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)分型技术越来越成为法医学领域关注的热点.它在研究Y染色体或线粒体单倍型以及DNA表型的分析中具有重要应用价值.本文着重比较分析了SNP技术与片段长度多态性技术之间的优劣,同时就当前STR位点识别概率与所需选择的SNP位点数进行探讨.此外.本文还就各类SNP分型方法的优缺点及其法医学应用进行了论述.
-
DNA芯片分析单核苷酸多态性及其法医学应用
DNA芯片技术作为一门新兴的高科技生物技术,显示了它旺盛的生命力和迅猛的发展势头.单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphisms,SNPs)是常见的人类基因组变异类型.它作为一种有效的人类遗传标记,在疾病相关性研究、药物基因组学、法医学、人类进化和迁移等研究中发挥了重要作用.它同DNA芯片技术结合运用也将在法医检验,尤其是亲子鉴定和个人识别中发挥重要作用.本文主要讨论了DNA芯片和SNPs的特点,以及二者联合运用于法医学的价值.
-
X染色体遗传标记研究进展
随着人类基因组计划的进展,全面深入地了解个体和群体间基因组的变异或多态性已成为可能,并日益显示其重要性.X染色体遗传标记的遗传多态性较多地表现在短串联重复序列和单核苷酸的多态性.这类多态性有助于解释个体的表型差异、不同群体和个体对疾病,特别是对复杂疾病的易感性、以及对各种药物的耐受性和对环境因子的反应,因此受到临床及法医工作者的重视.本文收集了国内外X染色体遗传标记在临床疾病诊断及法医DNA工作者实践中的研究和应用资料,汇总报道了X染色体遗传标记的研究进展.
-
Y-染色体SNPs及其在法医学中的应用价值
随着人类基因组计划的迅猛发展,已有越来越多的Y染色体SNP位点被发现,在个人识别、家系谱的建立、疾病的预测与诊断方面,Y染色体单核苷酸多态性提供了非常有价值的遗传标记.同样在法医学中也有广阔的应用前景.本文综合介绍了SNP和Y-SNP的一般特性及在法医学中的应用价值.
-
单核苷酸多态性及其在法医学中的应用前景
单核苷酸多态性是人类基因组中常见、分布广泛的 DNA多态性类型 . 随着人类基因组计划的迅猛发展 , 已有越来越多的单核苷酸多态性位点被发现 , 使其可以广泛应用于人类遗传性和遗传相关性疾病的诊断、群体遗传学的研究、药物的开发及应用等方面 ,同样在法医学也具有广阔的应用前景 . 本文综合介绍了单核苷酸多态性的一般特性及法医学应用前景 , 包括其应用的可行性、存在的问题及高通量自动化的检测方法 .
-
D18S51及其侧翼区3个SNP组成的SNP-STR在亲子鉴定中的应用
目的 将一个单倍型区块内的遗传标记单核苷酸多态性(SNP)和短串联重复序列(STR)组成SNP-STR单倍型,调查其在成都汉族人群中的分布,并探讨其在特殊亲子鉴定案例中的应用价值.方法 选取DNA联合索引系统(combined DNA index system,CODIS)中突变率较高的基因座D18S51,与其侧翼区的3个SNP位点(rs8089331、rs8094489、rs7236090)组成SNP-STR,通过巢式等位基因特异性PCR的方法获得SNP-STR单倍型,调查该单倍型在75名成都汉族人群中的分布,并应用于两例D18S51基因座不符合遗传规律的二联体亲子鉴定案件.结果 成功建立SNP-STR分型方法,在成都汉族人群中共发现43种单倍型,多态性为0.9486,并成功解决了两例二联体亲子鉴定案件.结论 SNP-STR具有良好的多态性,有望应用于特殊的亲缘关系鉴定.
-
中国北方汉族群体TPH基因座-T457C位点遗传多态性
目的 研究色氨酸羟化酶(tryptophan hydroxylase,TPH)基因座-T457C位点在中国北方汉族群体中的遗传多态性及其法医学应用价值.方法 应用PCR-RFLP、聚丙烯酰胺凝胶电泳及银染技术,检测180例北方汉族无关个体pH基因座-T457C位点的遗传多态性.结果 pH基因座-T457C位点在中国北方汉族群体中,其个体识别能力(DP)为0.624,非父排除率(PE)为0.187,与法国人群基因频率比较差异显著(P《0.05).结论 pH基因座-T457C位点在法医学中有重要应用价值,其遗传多态性可能存在民族或地域差异.
-
应用于精准医学研究的转录组可变剪接分析
精准医学是针对患者的基因组（转录组、表观组等）和个体特点进行防治的未来医学模式。随着人类基因组计划的完成，针对复杂疾病的第三次医药卫生革命—“精准医学”拉开了序幕。近15年来，通过对组学数据与各种临床表型相关性的不断深入解析，人类已经对复杂疾病有了相当深入的认识；同时，千美元基因组测序的实现，使得规模化开展精准医学研究成为可能。RNA-Seq是一种研究转录组的强大工具，在精准医学的研究中有重要作用。它使用第二代测序技术，能够快速获得某个物种或组织在特定条件下所表达的全部转录本序列，相当于一种对RNA的存在和数量的快照技术［1］，可用于研究未知基因、剪接异构体等微阵列技术所无法研究的内容。通过将具有足够深度的RNA-Seq数据与整个基因组或转录组进行比对，笔者可以更为精确地从整体水平研究基因功能及基因结构、分析基因的表达水平、鉴定新的转录本、检测融合基因或单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms, SNPs），以及识别可变剪接等［2］。随着第二代测序技术的广泛应用，得到的测序数据正以惊人的速度扩增，现在每次测序已经可以产生150bp或更长的读段（reads），而且每次运行的通量已达到TB级。高通量测序技术的发展为精准医学的研究带来了前所未有的机遇，但数据的爆发式增长也为后续的分析带来了巨大的挑战。现简要介绍从RNA-Seq数据中鉴定可变剪接，以及后续的差异比较等方面的精准医学领域研究进展。
-
单核苷酸多态性的研究意义
单核苷酸多态性(SNP)作为第3代遗传标记,具有量大、高频率、低突变率等优点.广泛应用于基因组分析、生物信息自动化检测、简单和复杂疾病的遗传研究及全球种族遗传学研究等.本文就SNP的遗传特性、检测、应用及存在问题作了综合性介绍.
