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线粒体DNA突变与乳腺癌相关性的研究进展
乳腺癌体细胞线粒体DNA (mtDNA)编码区和调控区会发生多种突变,大量研究提示mtDNA突变积累可能是引起线粒体功能持久缺陷的关键因子,进而导致乳腺癌的发生与进展.本综述归纳了乳腺癌mtDNA点突变、缺失及其拷贝数改变在乳腺癌发生发展、病理生理过程中的作用,讨论了“线粒体——细胞核逆行响应”信号通路及mtDNA作为新的肿瘤标志物和治疗靶标的潜在临床价值.
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人类基因组拷贝数变异与疾病的关系及检测方法
随着分子生物学技术的发展,近年来发现人类基因组中亚显微结构变异的大量存在,其中基因组拷贝数变异(CNVs)是亚微观结构变异的一种重要形式.CNVs在人类基因组中广泛分布,覆盖超过10%的人类基因组,包括数百万的功能基因及其调控序列,从而影响基因的表达,造成人群对疾病的易感性、药物的反应性及个体表型的差异.目前,检测CNVs的方法 分为全基因组范围的检测和目的 区域的检测两种类型.此文就CNVs与疾病的关系及CNVs检测方法 两方面的研究进行综述.
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HBV DNA拷贝数与Pre-S1、HBeAg、HBsAg定量检测相关性分析
乙型肝炎病毒的复制与乙型肝炎的发展、治疗、预后和转归关系密切.临床上常通过检测乙型肝炎标志物、乙型肝炎病毒DNA(HBV DNA)及Pre-S1等来判断病毒的复制情况,HBV DNA被多数学者认为是HBV复制和传染性的直接的指标[1].我们采用高灵敏度的荧光PCR、电化学发光等技术检测125例慢性乙型肝炎患者血清HBV DNA、HBeAg、HBsAg、Pre-S1等,并从定性及定量探讨其相互关系及在诊断治疗中的价值,现报道如下.
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拷贝数变异与肿瘤预后研究进展
尽管近些年来肿瘤医学有了迅猛发展,但肿瘤患者特别是中晚期患者的预后在整体上并未获得根本性改观.由于肿瘤的高度异质特性,准确判断肿瘤的复发转移潜能并对高潜能患者进行有效医学干预是改善肿瘤患者预后的关键之一.目前临床上主要依靠的TNM分期预后评估体系主要反映的是肿瘤进展的程期,而非肿瘤的内在恶性程度,因而存在明显局限性.因此,阐明影响肿瘤预后的特殊分子基础并筛选肿瘤预后分子标志具有十分重要的临床现实意义.
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体重指数增高对恩替卡韦治疗乙型肝炎疗效影响的回顾性研究
乙肝病毒引起的病毒性肝炎是世界范围内对人类健康的一个主要威胁[1]。目前抗病毒治疗乙肝仍是重要的一环[2]。同时,超重和肥胖已成为全球公共卫生问题之一[3]。国内有研究显示抗病毒药物(拉米夫定)效果和体重指数(body mass index, BMI)之间存有联系[4]。而关于其他药物(如恩替卡韦)治疗乙肝效果和体重指数之间的联系报道较少。基于以往文献的报道,推测恩替卡韦也可能和体重指数之间有负相关性。故本次研究对应用恩替卡韦治疗的两组BMI不同的慢性乙型肝炎患者进行临床回顾性研究,并测定血清丙氨酸转氨酶(alanine amino transferase,ALT)、HBV-DNA拷贝数、ALT正常比例、HBV-DNA转阴占比等指标来进行评价研究。现报道如下。
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慢性乙型肝炎患者感染血清中HBeAg、HBeAb滴度与HBV DNA拷贝数的相关性
目前,乙型肝炎病毒(HBV)标志物的检测多采用酶联免疫吸附法(ELISA),该方法快速简便,试剂稳定期长,测试成本低,但只能定性检测,不能反映抗原抗体含量的变化,且灵敏度有限,存在一定的阳性漏检[1].近年来出现的时间分辨荧光免疫分析(TRFIA)是以镧系元素铕(Eu)等作为荧光标记物,具有测量灵敏度高,示踪物稳定,定量分析量程宽,无放射污染和应用范围广等优点,其作为定量测定方法优于放射免疫法[2].本文利用TRFIA对慢性乙型肝炎患者血清中乙肝标志物进行定量检测,同时用荧光定量PCR(FQ-PCR)检测HBV DNA拷贝数,探讨HBeAg、HBeAb滴度与HBV DNA拷贝数的相关性.
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荧光定量PCR检测HBV-DNA在慢性乙型肝炎的临床意义
慢性乙型肝炎(CHB)病程迁延,病毒在体内持续复制,监测病毒量在病程中的变化规律,对深入研究慢性乙型肝炎的临床过程和指导治疗具有重要意义.我们应用实时荧光定量PC技术动态观察了89例慢性乙型肝炎患者自然病程中血清HBV-DNA拷贝数与肝功能、临床类型及在重叠感染时的关系.
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ABI-7000荧光定量PCR检测HBV-DNA影响因素的探讨
荧光定量聚合酶链反应(FQ-PCR)检测HBV-DNA具有适时,闭管,全自动,防污染的优点,我们就溶血、脂血标本,枸橼酸钠、肝素抗凝标本;用浓缩裂解法和直接裂解法两种核酸提取方法,对HBV-DNA含量(拷贝数),用ABI-7000PCR检测HBV-DNA结果影响做一些探讨.
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线粒体DNA拷贝数在结直肠癌术后复发病例中变化的意义
目的:探讨结直肠癌(CRC)术后复发患者的线粒体DNA(mtDNA)拷贝数异常与临床病理指标的关系.方法:选取50例术后复发CRC患者及50例初发CRC患者肿瘤、癌旁组织及外周血标本,分别提取基因组DNA,进而计算出mtDNA拷贝数;然后与临床及病理指标相比较分析.结果:无论是复发CRC患者还是初发CRC患者,肿瘤组织内mtDNA拷贝数均明显低于癌旁组织(P<0.05),同时其外周血中mtDNA拷贝数明显低于正常健康人(P<0.05);mtDNA拷贝数高低与复发CRC患者肿瘤的分化程度及淋巴结转移率密切相关(P<0.05),而与性别、年龄、肿瘤浸润深度及远处转移无相关性(P>0.05).结论:线粒体DNA拷贝数的降低与复发CRC发生、发展和复发密切相关.
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拉米夫定致横纹肌溶解症1例
患者男,36岁,汉族.2006年患乙型病毒性肝炎(乙肝),2008年开始服用拉米夫定抗病毒治疗,2010年因ALT、AST高,乙肝DNA拷贝数增高,加服阿德福韦酯后,转氨酶接近正常,后一直服用此两种抗病毒药物.2011年10月29日患者因四肢肌肉酸痛伴乏力2a,加重2个月余,收住南昌大学医学院第二附属医院神经内科.患者于2 a前开始出现双下肢酸痛不适,以腓肠肌、股二头肌、臀大肌等后侧肌群为主,在休息后开始活动时酸痛明显,活动后稍有好转,上下楼稍费力,可蹲起,可穿脱衣服.当时患者未予重视及治疗.
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利用TaqMan定量PCR技术不依赖参比内源基因测定转基因植物外源基因拷贝数
目的:建立一种利用TaqMan荧光PCR定量技术不依赖参比内源基因测定转基因植物外源基因拷贝数的分析方法.方法:以转基因大豆RRS和转基因玉米Bt176为材料,通过转基因植物外源基因与品系特异序列拷贝数的比较测定外源基因整合拷贝数.结果:3次测得的Bt176玉米中Cry1A(b)基因的整合拷贝数分别为2.69,3.43和2.83,平均为2.98.标准偏差(SD)为0.40,相对标准偏差(RSD)为13.28%,即CrylA(b)基因在Bt176玉米中的整合拷贝数为3;3次测得的RRS大豆中EPSPS基因拷贝数分别为1.08,1.01,0.96,平均为1.01,SD为0.06,RSD为6.06%,即RRS大豆中EPSPS基因拷贝数的测定结果是单拷贝.结论:本研究建立的转基因植物外源基因拷贝数测定方法可准确测定转基因植物外源基因的拷贝数.与现有的通过外源基因与参比内源基因拷贝数比较测定转基因植物外源基因拷贝数的方法相比.不但避免了选择物种特异性的看家基因及测定看家基因拷贝数等大量工作,而且应用范围更广泛.
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大鼠骨髓间充质干细胞Pdx-1基因表达水平的调控及意义
目的:将含有胰腺十二指肠同源盒-1(pancreatic duodenal homeobox-1,Pdx-1)的真核表达载体转染大鼠骨髓间充质干细胞(mesenchymal stem cells,MSCs),并测定转染MSCs中Pdx-1基因的拷贝数.方法:将本实验室构建的含Pdx-1的真核表达载体pcDNA3.1-Pdx-1,转染MSCs,RT-PCR检测MSCs中Pdx-1的表达,实时荧光定量PCR检测Pdx-1基因的拷贝数.结果:构建的含Pdx-1的真核表达载体能有效的转染MSCs,并检测到该基因mRNA的表达.筛选并检测2株稳定转染细胞株Pdx-1基因的拷贝数分别为3.73、1.23.结论:成功将含有Pdx-1基因真核表达载体转染MSCs.
关键词: 胰腺十二指肠同源盒-1 骨髓间充质干细胞 转染 真核表达 拷贝数 -
外源基因在转基因小鼠中整合状况的分析
目的 研究外源基因在转基因小鼠及其家系中的整合状况.方法 采用PCR、定量PCR和荧光原位杂交(FISH)的方法对原代转基因小鼠中外源人凝血因子Ⅸ(HfⅨ)基因的整合和嵌合情况进行分析.使用PCR、直接测序法鉴定整合的外源基因多拷贝的连接方向和连接方式.结果 7个家系中F0-8、F0-10和F0-11的后代中阳性个体比例明显低于50%,3个原代小鼠DNA中HfⅨ基因拷贝数分别只有子代中的66.2%、18.8%和28.3%.F0-11小鼠各脏器中嵌合比差异极大,且未见胚系特异性分布.不同个体间整合拷贝数差异极大,少的F0-69为单拷贝,多的F0-10有43个拷贝.而整合位点分析发现外源基因在随机分布中仍呈现一定的趋向性.PCR和测序结果证明所有小鼠中外源基因多拷贝均为头尾连接,连接的机制以粘性末端介导的连接为主,F0-13中还存在同源序列配对、断裂、修复介导的头尾连接.结论 在整合有HfⅨ基因的转基因小鼠中多拷贝外源基因多以粘性末端介导的头尾连接方式整合在染色体的某些特定区域.
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线粒体DNA的改变与结直肠癌相关性的研究进展
结直肠癌(colorectal cancer,CRC)是常见的胃肠道肿瘤之一,发病率与死亡率一直居高不下,因此其发病相关的分子机制的研究具有重要的临床意义。研究发现线粒体DNA(mitochondrial DNA, mtDNA)作为核外基因也参与肿瘤的生物学过程,为结直肠癌的发生发展机制的研究提供了新的思路。本文就线粒体DNA的改变在结直肠癌的新研究进展进行概述。
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染色体异常合并先天性巨结肠回盲部狭窄1例
患儿,女,1个月,因出生后不能自行排大便1个月就诊.患儿出生后24h未排胎便,逐渐出现腹胀,需使用开塞露帮助排便,有反复呕吐、纳差、体重不增.查体:体重3.5kg,腹胀,可见肠型,腹部未扪及肿物,肠鸣音5~6次/分,肛门指诊有裹手感,拔出手指有较多气体排出.钡灌肠提示先天性巨结肠.外周血染色体检查(检查方法Ⅲumina Hnman 666W- QuadBeadchip芯片行全基因组拷贝数改变分析)提示:4q31.23 - 35.1重复,38 Mb,9q34.4缺失,1.3 Mb检测意见:4号染色体长臂部分三体,重复片段大小38 Mb,9号染色体长臂末端杂合缺失1.3 Mb.
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脊髓性肌萎缩症患儿SMN1和SMN2基因拷贝数与临床表型的相关性分析
目的 对脊髓性肌萎缩症(SMA)患儿的运动神经元存活基因1(SMN1)和SMN2拷贝数与临床表型之间的关系进行分析,提高对SMA患儿的早期诊断和临床干预水平.方法 选取45例SMA患儿,应用多重连接依赖性探针扩增技术对SMN1和SMN2基因拷贝数进行检测,分析SMN基因拷贝数同临床表型之间的关系.结果 45例SMA患儿中,SMN1第7和8外显子纯合缺失者为42例,占93%(42/45);仅有第7外显子缺失者为3例,占7%(3/45).SMA不同临床分型和SMN1基因第7、8外显子缺失类型间无相关性(P>0.05);SMA患儿和健康儿童的SMN2基因拷贝数分布差异有统计学意义(P<0.05),前者以2和3拷贝者居多,后者以1和2拷贝者居多;不同SMA临床分型间SMN2拷贝数分布差异有统计学意义(P<0.05),SMN2基因为2拷贝者发病年龄明显小于3和4拷贝者.Ⅰ型SMA患儿中SMN2拷贝数以2或3拷贝者居多,Ⅱ型以3拷贝者居多,Ⅲ型以3或4拷贝者居多.随着SMN2拷贝数增加,患儿发病年龄越大,保有的运动功能和临床结局越好,SMN2基因拷贝数同临床结局间的关系存在显著性差异(P<0.05).结论 SMN2基因通过剂量补偿效应减轻SMA疾病严重程度,SMN2拷贝数同SMA临床表型具有相关性,可将其作为预测疾病严重程度的依据之一.
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鼻咽癌患者组织样本中EB病毒DNA拷贝数与患者预后的相关性研究
目的 探讨EB病毒DNA拷贝数与鼻咽癌患者预后的关系.方法 应用实时定量PCR的方法检测EB病毒编码BALF5基因在382例鼻咽癌患者组织中的载量,并以EB病毒阳性的鼻咽癌细胞系C666?1作为对照,根据Livak(2?ΔΔCt)计算方法评估鼻咽癌组织中EB病毒DNA的拷贝数;其中拷贝数倍数值≥1.64为高拷贝数组,反之为低拷贝数组.结果 EB病毒DNA拷贝数范围为0~34.78,平均值为1.64.单因素分析结果显示,高拷贝数的患者发生疾病进展的风险(HR=2.06,95%CI:1.01~4.24)和远处转移的风险(HR=3.06,95%CI:1.11~8.46)高于低拷贝数组,差异有统计学意义(P<0.5).而多因素结果表明EB病毒高拷贝数是鼻咽癌患者疾病进展和远处转移独立的预后因素.结论 EB病毒拷贝数在鼻咽癌患者的肿瘤进展与转移过程中明显增加,因而,通过检测鼻咽癌组织中的EB病毒DNA拷贝数以监测鼻咽癌患者的疾病进展以及肿瘤转移具有重要意义.
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CTRP3经AMPK/PGC-1α通路促进心肌细胞线粒体生物生成
目的:C1q/肿瘤坏死因子相关蛋白-3(CTRP3)是一种脂肪细胞因子,它与多种代谢性及心血管疾病密切相关,但CTRP3对线粒体生物生成的影响尚不清楚。本研究主要探讨CTRP3对心肌细胞线粒体生物生成的影响及相关机制。方法:原代培养乳大鼠心肌细胞并给予CTRP3处理。使用PCR、Western blot和免疫共沉淀等方法分别检测线粒体生物生成相关蛋白、线粒体DNA拷贝数、ATP含量和sirtuin 1( SIRT1)活性的变化。结果:CTRP3显著增加过氧化物酶体增殖激活受体共激活因子1α( PGC-1α)、核呼吸因子1( NRF-1)、线粒体转录因子A( TFAM)、线粒体氧化磷酸化复合物III和V的表达。 CTRP3显著升高心肌线粒体DNA拷贝数和ATP含量,而在心肌细胞中敲低PGC-1α可使上述效应减弱。预孵育腺苷酸活化蛋白激酶( AMPK)的抑制剂AraA可以逆转由CTRP3引起的NRF-1、TFAM和复合物III、V的表达升高。 CTRP3可上调SIRT1的表达和活性,SIRT1抑制剂EX-527可阻断CTRP3对PGC-1α的去乙酰化调节作用。此外,CTRP3对SIRT1表达和活性的促进作用也可被AraA所阻断。结论:CTRP3通过AMPK/PGC-1α通路促进心肌细胞线粒体生物生成。
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基于数学模型的高危HPV E6/E7 mRNA定量分析在宫颈病变筛查中的作用
目的:研究高危人乳头瘤病毒(HPV)E6/E7 mRNA定量分析在宫颈病变筛查中的作用.方法:采用原位杂交技术对440例不同宫颈病变[炎症、低级别上皮内瘤变(CIN)、高级别CIN、浸润性鳞癌]患者行高危HPV E6/E7 mRNA拷贝数进行定量检测,建立数学模型对检测结果进行分析.结果:4组之间HPV E6/E7 mRNA阳性率不全相等,具有统计学差异(P<0.005 0);炎症组与其他3组宫颈病变之间高危HPV E6/E7 mRNA阳性率均有统计学差异(P<0.008 3).拷贝数大小与病变程度呈正相关,可知当mRNA小于500时,炎症的可能性比较高;500~10 000时,很可能是CIN(包括低级别和高级别);大于10 000时,很可能是高级别CIN和癌症.结论:高危HPV E6/E7 mRNA拷贝数大小与宫颈病变程度正相关,其定量检测可作为宫颈病变联合筛查的一种有效补充工具.
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肿瘤循环线粒体DNA研究现状
近年来日益增多的研究表明,肿瘤在生长过程中会持续释放肿瘤细胞DNA进入外周血液.释放的DNA根据核基因和核外基因分为循环核DNA (nuclear acid,nDNA)和循环线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA).目前,几乎所有研究都集中于循环nDNA,循环mtDNA鲜有关注.为此,我们从定性和定量两个方面,对国际上已报道的关于循环mtDNA方面的研究进行归类综述,初步探讨循环mtDNA在肿瘤发生发展中的生物学意义进行,阐明循环mtDNA在肿瘤诊断以及疗效监测中潜在的临床应用价值.