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谷固醇血症三例的临床、基因分析及治疗效果
目的 研究谷固醇血症的临床、基因分析及治疗效果.方法 回顾性分析了2016年6月-2017年6月因皮肤黄瘤病就诊的3例患儿临床和实验室检查特点,通过全外显子测序对3例患儿致病基因进行分析,采用Sanger测序方法对所发现的ABCG5和ABCG8基因变异及父母来源进行验证,气相色谱质谱分析患儿植物固醇水平.结果 3例患儿男1例、女2例,于15月龄～6岁2月龄因关节附近的皮肤皱褶处多发线状或颗粒状黄瘤就诊,3例患儿血总胆固醇分别为14.45、15.47和15.85mmol/L(正常范围3.36～6.46),低密度脂蛋白胆固醇分别为9.02、13.54和12.47 mmol/L(正常范围＜3.36).全外显子测序发现2例携带ABCG5基因复合杂合变异,1例携带ABCG8基因复合杂合变异,共发现3种ABCG5基因变异,包含2种已报道变异(p.N437K,p.R446X)和1种新变异(p.Q251X)及2种ABCG8基因新变异(p.R263Q,c.1528_ 1530delATC).3例患儿的菜油固醇分别为111.35、102.86和58.91 μmol/L(正常范围0.01 ～ 10.00),豆固醇分别为14.97、29.43、17.79 μmol/L(正常范围0.10～8.50),β-谷固醇分别为231.20、177.66和114.20 μmol/L(正常范围1.00～ 15.00),确诊为谷固醇血症.采取限制植物固醇和动物固醇的饮食治疗后,3例患儿血脂基本恢复正常,其中2例患儿皮肤黄瘤变小甚至消失,另一例未见改变.结论 谷固醇血症患儿主要表现为关节附近的皮肤黄瘤,血总胆固醇、低密度脂蛋白胆固醇及植物固醇明显升高,发现1种ABCG5基因新变异(p.Q251X)及2种ABCG8基因新变异(p.R263Q,c.1528_1530delATC),对低植物固醇/动物固醇饮食治疗反应良好.
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二代测序在儿童线粒体病诊断中的应用
目的 探讨二代测序在儿童线粒体病诊断中的应用价值.方法 对2012年10月至2014年2月在首都医科大学附属北京儿童医院神经内科就诊患儿根据线粒体病标准进行评分,对70例(男38例、女32例,就诊年龄为3个月至14岁)疑似线粒体病的患儿,应用二代测序进行线粒体基因全测序和(或)与线粒体结构和功能相关的核基因测序,总结和分析基因确诊病例的临床资料.结果 70例疑似线粒体病患儿中,发现线粒体基因和核基因变异21例,其中10例为线粒体基因变异、11例为核基因变异.21例中1例为非线粒体病,由CHAT基因纯合突变(p.I187T)导致的先天性肌无力综合征伴发作性呼吸暂停(CMS-EA).20例为线粒体病,其中,Leigh综合征10例,线粒体脑肌病伴乳酸酸中毒和卒中样发作综合征4例,Leber遗传性视神经病(LHON)及LHON plus 3例,线粒体DNA耗竭综合征2例,不能分类1例.10例线粒体基因变异均为点突变,分别为A3243G、G3460A、G11778A、T14484C、T14502C、T14487C.10例核基因变异线粒体病患儿中发现5个基因变异,分别为SURF1、PDHA1、NDUFV1、SUCLA2、SUCLG1,共有14种变异类型,其中7种变异类型为未报道的新突变.结论 Leigh综合征是儿童线粒体病中常见的综合征,应用二代测序不仅能提高Leigh综合征的分子诊断水平,还可早期诊断表现不典型的线粒体综合征以及罕见的线粒体病.
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SLC16A2基因突变致Allan-Herndon-Dudley综合征一家系
目的 总结SLC16A2基因突变致Allan-Herndon-Dudley综合征一家系临床特征、基因突变特点、诊断、治疗及预后.方法 总结中南大学湘雅医院儿科2017年11月确诊的Allan-Herndon-Dudley综合征(AHDS)一家系的临床资料.以“艾伦-赫恩登-达得利综合征”“Allan-Herndon-Dudley syndrome”“AHDS”为关键词查阅在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)和PubMed数据库及中国知识基础设施工程(CNKI)数据库、万方数据库建库至2018年6月相关文献,并对2013年4月至2018年6月的病例报道文献进行总结.结果 先证者男,8月龄,临床表现为智力及运动发育迟滞、竖头欠稳、不能独坐、双上肢不能抓物、无语言,长脸、大耳、双眼稍内斜、脊柱侧弯、躯干肌张力低下、四肢肌张力增高、双下肢腱反射亢进;头颅磁共振成像(MRI)示脑外间隙增宽、髓鞘发育延迟;甲状腺功能:三碘甲状腺原氨酸(T3)增高、甲状腺素(T4)降低、促甲状腺激素(TSH)正常;家系全外显子测序发现患儿SLC16A2基因(NM_006517)c.431-1 (IVS1)G＞C半合子突变,父亲无基因突变,母亲和外祖母为携带者;先证者舅舅患有严重智力及运动发育迟滞、全身肌张力低下,1岁时不明原因死亡.检索相关文献97篇,终纳入病例报道文献19篇,共报道42例患者(包括8个家系22例患者及20例散发患者).已报道的42例患者(均为男性),中至重度认知功能障碍42例,抽搐15例;长期卧床36例,可独走4例;语言缺失31例,可说句子2例,说词语4例,呀呀学语1例;小头畸形16例,面容异常18例,双眼内斜6例,听力障碍2例,脊柱侧弯14例,关节挛缩11例,低体重或肌容量减少30例,全身或躯干肌张力低下37例,病程中出现痉挛性截瘫或肌张力增高32例;甲状腺功能异常33例,其中T3增高30例,T4降低25例,TSH增高3例;头颅MRI示22例髓鞘发育延迟,其中1例随年龄增长髓鞘发育至正常;基因结果:错义突变31例(散发14例),缺失突变5例(散发3例,有1例缺失突变后导致框移突变),插入突变5例(散发2例),重复突变1例(散发).该病预后不佳,患儿常因呼吸道反复感染而死亡.结论 Allan-Herndon-Dudley综合征的主要临床表现为严重发育迟缓,不能抬头、独坐、独站、独走,语言发育延迟至语言缺失,出生后全身肌张力低下、进行性痉挛性截瘫、血清甲状腺激素异常、头颅MRI示髓鞘发育延迟,SLC 16A2 c.431-1 (IVS1) G＞C突变是其致病原因.
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基于620份全外显子组数据的阿司匹林药物基因组学分析
目的 探讨阿司匹林药物相关位点在不同种族人群的等位基因频率差异.方法 利用复旦大学附属儿科医院2013至2016年因临床诊断不明而进行全外显子组检测的620份测序数据,针对已报道的阿司匹林药物相关位点,与千人基因组计划数据库中的欧洲人群和东亚人群进行等位基因频率的计算及比较,组间比较采用X2检验.结果 620份全外显子组检测数据共涉及38个阿司匹林药物相关的多态性位点,共33个基因.其中10个变异位点(26％)影响药物有效性;28个变异位点(74％)影响药物毒性和(或)不良反应.除去15个公共数据库中记录不全位点,23个阿司匹林药物相关位点中7个位点(rs1050891、rs6065、rs7862221、rs1065776、rs3818822、rs3775291、rs1126643)等位基因频率与千人基因组中的欧洲人群及东亚人群差异均无统计学意义(P均＞0.01);10个位点(rs2228079、rs1613662、rs4523、rs28360521、rs1131882、rs1047626、rs3856806、rs2768759、rs7572857、rs1126510)与东亚人群差异均无统计学意义(P均＞0.01),与欧洲人群差异均有统计学意义(P均＜0.01);1个位点(rs2075797)与东亚人群差异有统计学意义(P＜0.01),与欧洲人等位基因频率差异无统计学意义(P＞0.01);5个位点(rs10279545、rs730012、rs16851030、rs1353411、rs1800469)的等位基因频率(0.019、0.058、0.167、0.452、0.340)与东亚人群(0.100、0.151、0.396、0.568、0.453)和欧洲人群(0.531、0.312、0.037、0.179、0.688)差异均有统计学意义(东亚人群:X2=21.798、20.400、67.543、16.531、15.807,欧洲人群:X2=325.799、92.877、144.811、156.471、174.533,P均＜0.01).结论 阿司匹林已报道的药物相关位点中影响药物有效性和影响药物毒性或不良反应占绝大比例,其基因型直接影响临床用药的选择.阿司匹林药物相关位点在种族中存在明显差异性.
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二代测序技术在乳腺癌精准治疗中的应用
二代测序技术推动了乳腺癌精准医疗的发展.在乳腺癌基因组学方面,二代测序技术可以识别乳腺癌驱动基因,发现新的易感基因及突变类型,有助于乳腺癌发病风险评估和管理.在乳腺癌个体化治疗方面,二代测序技术可以检测和分析乳腺癌相关治疗靶点及信号通路,指导靶向药物和治疗方案的选择,实现精准用药.二代测序结合液体活组织检查技术,在乳腺癌动态监测方面也有着重要的临床意义.笔者总结了二代测序技术在乳腺癌精准治疗方面的研究进展,有助于更全面深入地探究乳腺癌的本质,终实现精准医疗.
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Xia-Gibbs综合征一家系临床与遗传学分析
目的 报道一个Xia-Gibbs综合征病例的临床特点,检测并分析其致病基因突变情况,探讨Xia-Gibbs综合征的临床和遗传特点.方法 对2017年10月本院康复科就诊的四肢肌无力、不明原因全面发育迟缓1例患儿及家系进行临床与遗传学检查.结果 先证者,男性,2岁1个月,现不会走路、不会说话,左眼睑下垂,四肢肌张力低,智力低下,头颅MRI显示脑白质发育不良,临床诊断为不明原因全面发育迟缓,家系无相关病史.测序发现患儿AHDC1基因(NM_001029882.3)具有一个突变:c.1073dupC(p.L359Tfs*19),为新发突变.结论 我们报道国内第一例AHDC1基因突变导致Xia-Gibbs综合征的病例,对研究基因型-表型相关性有着重要的意义.
关键词： Xia-Gibbs综合征 AHDC1基因 高通量核苷酸测序 -
帕金森病患者肠道菌群变化的研究
目的 探究帕金森病患者肠道菌群的状况.方法 选择2015年来北京医院就诊的帕金森病患者24例作为帕金森病组,同时选择14名年龄、性别匹配的健康居民作为健康对照组.采集受试者一般临床资料,采用帕金森病相关量表对所有受试者进行评估,采集粪便后提取DNA并进行细菌16S rRNA高通量测序,对两组之间菌群状况进行分析.结果 在门水平上,放线菌门在帕金森病组相对丰度明显高于健康对照组[分别为0.76%(0.13%,1.85%)、0.14%(0.07%,0.30%),Z＝2.784,P＜0.01],而在拟杆菌门中帕金森病组的菌群相对丰度却显著降低[分别为 57.28%(48.75%,64.95%)、63.78%(56.72%,68.21%),Z＝－4.963,P＜0.01].在纲水平上,芽孢杆菌纲[分别为0.52%(0.11%,2.10%)、0.13%(0.05%,0.16%),Z＝2.693,P＜0.01]、革兰阴性菌纲[分别为5.04%(2.93%,14.02%)、2.87%(1.46%,4.43%),Z＝2.360,P＝0.018]、放线菌纲[分别为0.60%(0.10%,1.59%)、0.12%(0.04%,0.20%),Z＝2.512,P＝0.011]、γ－变形菌纲[分别为1.72%(0.58%,5.46%)、0.43%(0.24%,2.19%),Z＝2.179,P＝0.029]在帕金森病组的相对丰度明显高于健康对照组.在科水平上,韦荣球菌科[分别为3.78%(0.53%,13.82%)、0.49%(0.08%, 3.14%),Z＝2.754,P＜0.01]、链球菌科[分别为0.33%(0.09%,0.69%)、0.19%(0.14%,0.24%), Z＝1.770,P＝0.004]、肠杆菌科[分别为1.04%(0.40%,4.95%)、0.20%(0.10%,0.45%),Z＝2.784,P＜0.01]、乳杆菌科[分别为0.079%(0.014%, 0.575%)、0.003%(0.002%,0.028%),Z＝3.119,P＜0.01]、双歧杆菌科[分别为0.60%(0.09%,1.57%)、0.11%(0.03%,0.19%),Z＝2.481, P＝0.012]在帕金森病组的相对丰度均有明显增高;而巴斯德杆菌科[分别为0.009%(0.002%, 0.047%)、0.110%(0.022%,0.898%),Z＝－2.545,P＝0.010]在帕金森病组中相对丰度却明显低于健康对照组.结论 帕金森病组和健康对照组中菌群结构在门、纲、科水平上均有明显的差异.这些变化可能与帕金森病的发生发展有关.
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基因芯片捕获及高通量测序在迪谢内型肌营养不良基因诊断中的初步研究
目的 初步建立基于基因芯片捕获和高通量测序技术的迪谢内型肌营养不良(DMD)微小突变的临床检测新平台,验证该方法的敏感度和特异度,并分析中国人群微小突变特点.方法 对41例符合临床诊断标准的连续门诊就诊的DMD和贝克型肌营养不良(BMD)患者(非大片段缺失或重复者),提取基因组DNA后,依次进行DNA建库、芯片捕获、高通量测序和测序数据分析,检测DMD基因微小突变.发现致病突变后,进行Sanger测序验证.未发现致病突变的患者,行肌肉活体组织检查免疫组织化学染色,明确是否为抗肌萎缩蛋白病.结果 共38例患者检测出致病突变,经Sanger法验证全部正确.新报道突变21种,微小突变类型分布与国外人群相似.3例未发现微小突变的患者经肌肉病理检查,1例确诊为DMD,2例排除DMD.本方法检测敏感度97.4％,特异度100％.结论 基因芯片捕获及高通量测序技术用于检测DMD微小突变,结果准确,方法便捷,具有很高的临床应用价值.
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体外培养耳蜗毛细胞氧化应激损伤的微小RNA调控网络分析
目的 通过体外培养耳蜗毛细胞氧化应激损伤的差异性微小RNA(microRNA,miRNA)构建的基因调控网络,分析耳蜗毛细胞氧化应激损伤的重要基因及功能,探讨以氧化损伤为基础的多种感音性聋的分子机制.方法 以200 μmol/L叔丁基双氧气水(tert butyl hydrogen peroxide,t-BHP)染毒培养的小鼠HEI-OC1细胞系构建氧化应激损伤耳蜗毛细胞模型,高通量sRNA测序筛选差异性miRNA,以6个差异性表达显著的miRNA进行调控网络构建,分析miRNA调控网络互作关系里面的重要基因,并通过Gene Cards数据库对重要基因进行功能注释.结果 高通量sRNA测序发现氧化应激损伤毛细胞出现24个差异性miRNA,其中mir-1934(logFC=2.367 947,P=2.35×10-7)、mir-411(logFC=2.093 687,P=3.13×10-6)、mir-717(logFC=1.927 67,P=3.24×10-5)、mir-503 (logFC=-2.021 45,P =3.07×10-6)、mir-467e(logFC=-1.953 28,P =0.000 137)、mir-699o(logFC=-1.950 06,P=0.000517)差异显著;构建的miRNA调控网络中相连基因个数超过50节点的重要基因共有11个:Akt1、Src、Ctnnb1、Creb1、Ccnd1、Egfr、Gsk3b、Pten、Cdh1、Fras1、Ccnd2,其主要功能体现在参与多种细胞内信号传导通路调控细胞的凋亡和增殖.结论 氧化应激损伤毛细胞有多种信号传导通路(PI3 K-AKT/PKB通路、AKT/PKB通路、Wnt通路、ERK通路、Ras通路)参与调控细胞增殖和凋亡过程,这些信号通路互相交联形成网络调控,其中PI3K-AKT/PKB信号通路为重要.
关键词： 氧化性应激 毛细胞 听觉 高通量核苷酸测序 MicroRNA调控网络 -
应用外显子结合目标区域捕获测序芯片检测视网膜色素变性的致病基因
目的：探讨外显子结合目标区域捕获测序芯片检测视网膜色素变性（ RP）家系的致病基因的可行性。方法家系调查研究。选择2010年10月至2012年12月在宁夏眼科医院就诊的10个RP家系作为研究对象。收集所有患者及其家庭成员临床资料，完善眼科检查，抽取患者、家系成员及其正常对照者外周静脉血，提取DNA，运用外显子结合目标区域捕获测序芯片进行检测，对检测结果进行分析后得到候选致病性突变位点。运用PCR和直接测序进行验证，确定致病性突变位点。结果10个家系中共收集患者17例，健康家庭成员23名。10个家系中常染色显性遗传家系1个，其余9个为常染色隐性遗传。5个家系终检测到7个突变位点，涉及5个基因。2号家系检测到BBS7基因的1个移码突变，该家系患者同时合并向心性肥胖、多指畸形和智力缺陷，终确定为Bardet-Biedl综合征。7号和10号两个隐性遗传家系分别检测到1个USH2A基因的错义突变，患者同时合并耳聋，诊断为Usher综合征，其中7号家系还检测到年龄相关性黄斑变性（ AMD）相关基因C3的1个错义突变位点。1号家系在CRB1基因上检测到1个无义突变和1个错义突变，5号家系在PROM1基因上检测到1个剪切突变。结论外显子结合目标区域捕获测序芯片可以对RP进行快速、有效的基因诊断，结合临床特征分析有助于提高RP的临床诊断水平。（中华眼科杂志，2014，50：434-439）
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遗传性视网膜疾病的分子诊断进展和重要性
遗传性视网膜疾病(HRD)是一组临床常见的原发性视网膜退行性疾病,可严重影响视功能甚至致盲.探索HRD分子遗传学病因,开发先进可行的HRD分子诊断技术是降低HRD群体发病率并寻找治疗手段的必要前提.HRD具有显著的临床和遗传异质性,大量的致病基因和传统技术的局限性严重阻碍了对HRD分子遗传学病因的深入研究.目标序列捕获测序是将目标序列捕获芯片和高通量二代测序技术相结合,对海量基因片段进行平行测序,从而完成对目标基因序列的测序,有传统技术无法比拟的优势.基于目标序列捕获测序所开发的HRD分子诊断平台将大大提高我国HRD患者致病基因的检出率,深入探索HRD的分子遗传学病因,了解其发病机制,辅助临床诊断、产前诊断,推动我国分子诊断体系的快速发展,并为转基因治疗提供重要依据.
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根管治疗后伴或不伴根尖周炎患牙根管内微生物群落的比较分析
目的 采用高通量焦磷酸测序技术比较根管治疗后伴或不伴根尖周炎患牙根管内微生物群落的构成差异,寻找与持续性根尖周感染相关的根管内可疑微生物.方法 临床采集根管治疗后伴根尖周炎患牙(伴根尖周炎组,10颗)和无根尖周炎患牙(无根尖周炎组,10颗)根管内微生物群落样本.提取样本中细菌的总DNA,PCR扩增其对应于16S rRNA片段上的V1～ V3高变区基因片段以构建宏基因组文库.经焦磷酸测序后进行种系发育分析、多样性分析和主成分分析(PcoA分析).结果 共检出132种细菌,分属于21个菌门和96个菌属.在门水平,伴根尖周炎组群落的主要菌门为厚壁菌门[32％(18 534/58 688)]、变形菌门[27％(15 626/58 688)]、放线菌门[15％(8 685/58 688)]、拟杆菌门[11％(6 163/58 688)]、梭杆菌门[8％(4 761/58 688)]和螺旋体门[3％(1 785/58 688)].无根尖周炎组群落的主要菌门为厚壁菌门[31％(16 941/55 480)]、变形菌门[27％(14 748/55 480)]、拟杆菌门[18％(9 948/55 480)]、梭杆菌门[10％(5 307/55 480)]、放线菌门[9％(4 761/55 480)]和绿弯菌门[3％(1 785/55 480)].在丰度方面,伴根尖周炎组群落中的放线菌门显著高于无根尖周炎组(P＜0.01).在检出率方面,放线菌在伴根尖周炎组和无根尖周炎组中分别是100％和50％.主成分分析结果表明各样本间的差异较大,但样本有根据病变状况(伴根尖周炎或无根尖周炎)聚类的趋势.结论 根管治疗后伴根尖周炎患牙的根管内微生物群落构成多样性较高,与无根尖周炎患牙在根管内微生物群落构成上有一定差异.可能存在某种根管内群落构成模式与持续性根尖周感染具有一定的相关性.放线菌与根管治疗后持续性根尖周感染可能具有一定的相关性.
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32例婴儿胆汁淤积症的临床分析
目的 分析婴儿胆汁淤积症的肝病理表现及基因检测结果.方法 选取2014年1月至2016年12月于首都儿科研究所附属儿童医院住院的32例婴儿胆汁淤积症患儿,完善常规检查、遗传代谢病筛查并在全麻下行腹腔镜探查+胆道造影+肝活检术,术中取肝组织HE染色后光镜观察并拍照.对怀疑遗传、代谢性疾病的患儿进行目标基因捕获结合二代基因测序.结果 32例婴儿胆汁淤积症患者肝病理检查显示,30例出现肝细胞内和肝窦内炎性细胞浸润、中-重度肝细胞及毛细胆管淤胆,多核巨细胞形成.13例出现胆管闭锁、消失,21例出现纤维组织增生或肝纤维化.其中肝组织光镜结果结合临床诊断9例遗传、代谢性疾病.结论 婴儿胆汁淤积症的病因复杂多样,进行肝活检能够协助确立诊断.遗传、代谢性疾病在婴儿胆汁淤积症患者中占有相当大的比例,基因检测结合病理检查能够互为补充,为确定诊断提供帮助.
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小动脉闭塞性卒中患者血浆微小RNA表达谱
目的 探讨小动脉闭塞性卒中(small artery occlusion,SAO)患者与同期健康体检者血浆微小RNA(microRNAs,miRNAs)表达谱差异.方法 选取TOAST分型为小动脉闭塞性卒中患者8例,以8例同期健康体检者作为对照组,应用高通量测序技术检测血浆miRNAs表达谱,筛选出差异表达的miRNAs,采用实时荧光定量聚合酶链反应验证结果,并进行靶基因预测和生物信息学分析.结果 miRNAs差异化分析显示,SAO组miRNA-127、miRNA-99b-5p和miRNA-320等19个miRNAs 较对照组表达显著性上调(P均＜0.01),而miRNA-451a等5个miRNAs较对照组表达显著性下调(P均＜0.01).实时荧光定量聚合酶链反应对其中miRNA-127、miRNA-99b-5p、miRNA-320和miRNA-451a的验证结果与高通量测序结果一致.生物信息学分析显示,差异化表达的miRNAs调控的靶基因主要与细胞增殖、黏附、系统发育、高分子代谢等生物学功能相关.结论 SAO患者与健康体检者血浆miRNAs表达谱存在显著性差异,提示miRNAs可能通过靶基因在SAO的发病过程中发挥调节作用.
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神经母细胞瘤候选致病基因的研究进展
本综述阐述了神经母细胞瘤候选致病基因的研究进展,并对这些基因的功能进行归类总结.同时也回顾了目前用于寻找该病致病或易感基因的各种方法,分析了其优缺点,并创新性地提出靶向捕获的二代测序技术是寻找神经母细胞瘤潜在致病突变基因的关键方法,或许可以为治疗干预措施提供潜在的新靶点.
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肺癌全基因组测序
肺癌是全球肿瘤发病率和病死率的主因，且预后很差。加强对肿瘤生物学的认识对肺癌研究至关重要。被誉为“下一代测序技术”的NGS技术（next-generation sequencing）是一种针对全基因组鉴定的有力工具，可以对致癌体细胞突变进行全面检测。大多数的NGS技术是基于平台特异性DNA文库进行多重聚合酶链反应（polymerase chain reaction，PCR），从而对目的基因扩增后测序。这种技术适用于高通量测序，可以检测出肿瘤中出现的全部基因组变异。缺点是这种技术需要在时间、实验设备、计算机数据分析、生物信息技术等各方面的大量投入。NGS技术已广泛应用于全基因组、外显子组、转录组和表观基因组的研究中，为肺癌研究和医疗模式带来改变。这项新技术的开展将转变当前对致癌信号通路的认识，可为癌症诊疗提供新的分子靶点。肺癌体细胞突变已有NGS技术的分析报道，但大规模基因组研究仍在进行中。个体化治疗策略将改善那些潜在获益患者的治疗方式，避免“无辜”患者受无效治疗带来的高额费用和不良反应。NGS的组织化、计算机化和生物信息化技术推动了科技的进步，同时，患者知情权和数据发布的相关伦理问题也浮现出来。信号通路中，驱动基因（driver gene）突变和传递基因（passenger gene）突变的区别，需要对测序结果进行细致解读。解读准确与否取决于DNA提取的样本类型、样本处理技术和样本含量。肿瘤异质性也会降低肿瘤基因突变的检测效能。NGS技术将推动对肿瘤基因突变的基础和临床研究，而且，也可应用于单细胞和游离的循环DNA，未来还将用于从体液和肿瘤亚群中获取的DNA样本。如果能进一步降低费用、提高检验速度和精度，NGS技术无疑将会成为肺癌研究的绝佳选择。
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靶向基因测序技术在产前诊断先天性心脏病的应用价值
胎儿先天性心脏病(简称先心病)是严重影响围生儿结局的重要原因之一.近年来,随着分子遗传学技术的开展,胎儿先心病的产前诊断已取得了突破性进展,对先心病胎儿进行靶向基因测序能显著提高染色体拷贝数变异的检出率,有利于产前临床咨询中正确评估胎儿的预后,为孕妇是否继续妊娠提供更客观的依据.
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KCNJ11基因突变致先天性高胰岛素血症1例报告
目的:探讨先天性高胰岛素血症(CHI)的基因水平诊断及遗传学机制.方法:通过对1例诊断为ATP敏感性钾离子通道型先天性高胰岛素血症(KATp-HI)患儿进行临床分析及KCNJll基因突变检测,用Sanger测序对筛查出的可疑致病突变点进行验证,并分析家系成员相应位点的基因型.结果:患儿KCNJ 11基因存在c.100C＞T和c.277 279del复合杂合突变.Sanger验证结果表明,患儿c.277_279del突变序列来源于父亲,c.100C＞T突变序列来源于母亲.经SIFT、Mutation Taster及PolyPhen-2蛋白质功能预测软件提示,变异c.277_279del和变异c.100C＞T均为错义突变.上述变异均有可能导致蛋白质功能受损,为致病性突变的可能性大.结论:c.277_279del突变是新的致病性突变位点.KCNJ 11基因c.100C＞T及c.277_279del复合杂合突变可能导致患儿发KATp-HI,但其导致KATP-HI发生的机制尚不明确,有待今后开展功能学研究来证实.
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单细胞测序技术在血液系统恶性疾病克隆演变方面的研究进展
由于血液系统恶性疾病具有高度异质性,传统批量测序技术难以识别异质性细胞群体,可能丢失在疾病克隆演变中起重要作用的信息.单细胞测序技术的迅速发展,使其可在单个细胞水平进行全基因组、转录组及表观遗传组学分析,有利于揭示肿瘤异质性,追踪细胞谱系,理解肿瘤克隆演变的复杂机制,从而为肿瘤的早期识别、治疗指导、预后评估与复发监测成为可能.笔者拟就单细胞测序技术的原理、检测流程、存在的挑战及未来发展方向进行综述,并且探讨其在血液系统恶性疾病克隆演变方面的研究进展及应用价值.
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急性肝损伤小鼠口腔菌群的变化
目的:研究急性肝损伤时小鼠口腔菌群的变化.方法:将健康BALB/c小鼠随机分为正常对照组(K组)和肝损伤模型组(M组),M组以腹腔注射3.0 g/kg D-氨基半乳糖建立急性肝损伤模型,K组在相同时间点腹腔注射无菌生理盐水2 mL,后继续正常饲喂24 h,禁食12h;无菌条件下取两组小鼠眼球血血清检测丙氨酸氨基转移酶(ALT)、天冬氨酸氨基转移酶(AST)和血清白蛋白(ALB)等肝功能指标,取肝脏右叶做病理HE染色,通过Chao1、香农指数分析小鼠口腔盥洗液中菌群丰度及多样性检测,LDA Effect Size(LEfSe)分析和聚类树寻找差异菌群.结果:与K组相比,M组小鼠血清ALT、AST升高,ALB降低(P＜0.05),小鼠肝脏HE染色示M组有部分肝细胞发生轻至中度病变,可见细胞坏死和炎症浸润,提示小鼠急性肝损伤模型复制成功;与K组相比,M组小鼠口腔菌群Chao1、香农指数降低,差异具有统计学意义(P＜0.05);K、M两组小鼠的口腔内相对含量＞1％的共同优势菌群有拟杆菌门、厚壁菌门、变形菌门、蓝藻菌门和放线菌门,M组小鼠口腔TM7的相对丰度明显高于K组(P＜0.05);由聚类树和LDA分布柱状图可知,两组小鼠的口腔微生物具有明显差异的菌群聚类为厚壁菌门的芽孢杆菌纲的乳杆菌目.结论:急性肝损伤时小鼠口腔菌群会发生改变.
