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家族性房颤有个"捣蛋族长"
在有关家族性房颤的致病基因研究中,科研人员在华北找到了一个有16个房颤病人的四代大家系.通过对该家系的遗传性连锁分析,研究人员首先把致病基因定位在¨号染色体短臂末端.然后通过对该区域多个候选基因的仔细筛查,后在心肌钾离子通道基因KCNQ1中发现了"捣蛋鬼"--一个改变氨基酸编码的点突变.这个突变将KCNQ1基因的第418位腺嘌呤核苷酸变为鸟嘌呤核苷酸,编码的第140位氨基酸由丝氨酸变为甘氨酸.
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单增李斯特菌1/2c血清型菌株生物膜相关基因分析及耐药性研究
目的 了解单增李斯特菌1/2c血清型菌株与其他血清型菌株的生物膜相关基因和抗生素耐药性是否有差异.方法 采用聚合酶链反应技术对19个生物膜相关基因全长扩增测序分析,并与参考菌株EGD-e序列进行比对确定基因变异情况;根据K-B纸片法对选取的实验菌株进行药敏实验.结果 氨基酸序列比对发现1/2c血清型菌株的flaA基因编码的氨基酸在141位点发生突变,其他血清型菌株则没有,1/2c血清型菌株在prfA基因编码的89氨基酸位点、luxS基因编码的112和140氨基酸位点都不发生突变,其他血清型菌株则发生突变.78.43％的1/2c血清型菌株对头孢西丁中度敏感,对氨苄西林、米诺环素、利福平和呋喃妥因有不同程度的耐药.结论 不同血清型单增李斯特菌的flaA、luxS、prfA3个基因编码的氨基酸在某些位点突变有一定的规律性;1/2c血清型单增李斯特菌对某些抗生素呈现不同程度的耐药.
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1-08 反式BPDE诱发人支气管上皮细胞系P53基因突变
目的检测苯并(a)芘的代谢产物反式-BPDE诱发的人支气管上皮细胞系P53基因突变,探讨苯并(a)芘在人肺癌发生中的作用.方法用反式-BPDE处理人支气管上皮细胞系(16HBE),银染PCR-SSCP方法检测P53抑癌基因第5、6、7、8外显子的点突变情况.结果 20d后,经反式-BPDE处理的人支气管上皮细胞系与对照组相比,P53基因第8外显子出现异常泳动带.结论反式-BPDE可诱发人支气管上皮细胞系P53基因突变,可能是苯并(a)芘诱发肺癌的早期分子事件.
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84株广泛耐药结核分枝杆菌对新型氟喹诺酮类药物的耐药情况分析
目的 研究广泛耐药结核分枝杆菌临床分离株对新型氟喹诺酮类药物的耐药特征以及氟喹诺酮类药物耐药相关基因突变的特点. 方法 选取2012年4月至2014年4月在北京胸科医院住院治疗的84例广泛耐药结核病患者的临床分离菌株,应用微孔板阿尔玛蓝显色法(micro-plate alamar blue assay,MABA) 检测菌株对左氧氟沙星、莫西沙星和加替沙星的小抑菌浓度(minimum inhibitory concentration, MIC),所有菌株都进行了gyrA基因和gyrB基因的耐药决定区(QRDR)的序列测定. 结果 84株广泛耐药结核分枝杆菌临床分离株经MABA 检测,分别以1 μg/ml、2 μg/ml、1 μg/ml作为耐药判读标准,左氧氟沙星、莫西沙星、加替沙星3种氟喹诺酮类药物的耐药率分别是88.1%(74/84)、44.0%(37/84)、61.9%(52/84).89.3%(75/84)的临床分离株发生了gyrA 基因耐药决定区突变,其中以第94位点突变为常见,Asp94Gly突变菌株的MIC值较高,而所有菌株的gyrB基因均为野生型. 结论 广泛耐药结核分枝杆菌对新型氟喹诺酮类药物耐药形势严峻,耐药基因突变形式以gyrA基因突变为主,第94位点的Asp94Gly突变可能和高水平耐药有关.
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浙江省12个区(县)分枝杆菌菌种鉴定及耐药相关基因特征分析
目的 了解浙江省12个区(县)分枝杆菌菌种流行情况及结核分枝杆菌的INH、RFP耐药相关基因特征.方法 收集2012年1月至2016年6月浙江省12个区(县)初诊为菌阳肺结核患者的2803株临床分离菌株标本,运用基因芯片技术进行菌种鉴定和INH、RFP耐药检测.结果 2803份菌株中,NTM占7.3％ (205株),前6位菌种为:胞内分枝杆菌101株,堪萨斯分枝杆菌50株,龟-脓肿分枝杆菌24株,鸟分枝杆菌16株,偶然分枝杆菌4株,浅黄色分枝杆菌1株;2598株MTB中耐INH者占12.5％(326株),耐RFP者占9.8％(254株),MDR占6.7％(173株).425株MTB耐药突变位点结果中,katG 315位点占INH耐药突变的81.1％ (279/344),rpoB 531位点占RFP耐药突变的56.6％ (155/274).结论 通过涂片诊断肺结核患者中有13.5％ (378/2803)为NTM和MDR感染,INH耐药的主要突变位点是katG 315,RFP耐药的主要突变位点是rpoB 531,在基层医疗机构积极推行分枝杆菌菌种鉴定技术和耐药检测技术将有利于加快我国结核病疫情控制.
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家族性高胆固醇血症LDL-R基因点突变的初步研究
目的:建立一种快速、高效地检测LDL-R基因点突变的方法用于对家族性高胆固醇血症患者进行分析.方法:采用同一种程序和反应体系分别扩增家族性高胆固醇血症LDL-R基因包括18外显子和启动子在内的21个片段,琼脂糖电泳检测PCR产物,SSCP分析和PCR产物直接测序检测点突变.结果与结论:本方法可以快速、简便、有效地扩增LDL-R基因包括启动子在内的21个片段,PCR产物直接测序初步发现一家族性高胆固醇血症患者存在点突变.
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利用逆转录聚合酶链反应在瑞士进口的矿泉水和瓶装矿泉水中发现类诺沃克病毒(HIV)
Beuret C,Kohler D,Luthi T等人于2000年11月在《J Food Prot》杂志上发表文章，介绍了在瑞士进口矿泉水中发现类诺沃克病毒(NLV)的情况。NLV病毒是萼状病毒(小杯状体)属。由NLVs引起的大多数非细菌性肠炎是通过痰及浮尘传播的。在美国由已知的食源性病原体引起的疾病中估计有67%是由NLVs引起的，许多疾病的爆发与摄入首次污染与再次污染的食品有关。还没有由污染的矿泉水引起疾病的流行的报道。对进口瑞士或在瑞士装瓶的29个不同品牌的63个矿泉水样本进行了NLV序列检测。通过逆转录聚合酶链反应检出21个矿泉水样中存在NLV。在污染的试样中有2种NLV基因组(genogroups,gg)—基因组Ⅰ和Ⅱ。发现NLV序列与瓶子的特征或化学性质(矿化\,pH)或碳酸无关。12种NLV阳性试样的核苷酸序列抽样分析排序显示出几个点突变。所有gg Ⅰ型NLV菌株与一般的Desert Shield有70%～87%病毒(U04469)类似，gg Ⅱ型NLV菌株与Camberwell病毒(U46500)有89%～93%的相似点。文章还讨论了矿泉水中出现NLV病毒的几个可能原因。(刘瑕供稿 郑云雁校)
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浅谈细菌基因的水平转移
细菌--体积小、数量多、存活久的一种生物--以简单的无性二分裂方式繁殖.如果,细菌仅依靠亲代遗传的信息和点突变来适应环境,那么,细菌对抗生素产生抗性应该还是一个漫长的过程.然而,事实却是恰恰相反.
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幽门螺杆菌阿莫西林耐药株缺乏青霉素结合蛋白基因外突变特征
目的 研究实验室诱导的耐阿莫西林(AMO)幽门螺杆菌(H.pylori)的青霉素结合蛋白基因(pbp)突变情况,探讨pbp基因突变与耐药性形成的关系,比较AMO耐药菌株和敏感菌株的蛋白表达谱,为筛选与H.pylori耐药相关的蛋白提供线索.方法 体外诱导敏感菌株H.pylori 26695产生AMO耐药,测定耐药菌株5个PBP的全基因的点突变情况;同时运用蛋白质组学技术,比较AMO耐药菌株和敏感菌株的蛋白表达谱.结果 (1)体外诱导获得MIC为8 μg/ml的耐药菌1株(AMOr),其耐药表型经-80℃冻存或在不含AMO的培养基上多次传代后会丧失;(2)AMOr全部待测序列和出发菌株26695相应的靶序列完全相同,未检出基因点突变等结构变异;(3)对26695和AMOr的蛋白表达图谱进行比较发现:11个蛋白斑点在表达量上有显著变化.结论 H.pylori AMO耐药性的形成主要是一种不稳定的表型变化,可能不是由pbp基因结构变异所致.实验中耐药株和敏感株差异表达的蛋白在H.pylori的耐药形成过程中发挥着怎样的作用还有待进一步研究.
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2008年和2010年肠道病毒71型广州分离株全基因组序列分析
目的 研究2008年和2010年广州地区手足口病患者中肠道病毒71型(EV71)病毒全基因组序列的基因型与变异特点.方法 参照GenBank上EV71深圳株SHZH03(AY465356)基因组设计分段扩增引物,进行RT-PCR分段扩增EV71病毒基因组,PCR产物直接进行序列测定,用Clustal W/X、DNASTAR、MEGA4.1等软件分析基因组序列.结果 克隆9株广州株EV71,病毒全基因组全长序列均为7405 bp,提交到GenBank上的序列号为HQ456305、HQ456306、HQ456307、HQ456308、HQ456309、HQ456310、HQ456311、HQ456312、HQ456313.将9株广州株EV71与EV71的A、B3、B4、B5、C1、C2、C3、C4型及阜阳株全基因组核苷酸序列进行Clustal W比较,发现与C4a型阜阳株等同源性为98%～99%,与C4b同源性为91%～93%,与C1～C3同源性为82%～83%,与B3～B5同源性为81%～83%,与A型同源性为80%.将9株广州分离株EV71的VP1基因与EV71病毒A、B、C型进行Clustal W比较,同样是与C4a为98%～99%,与C4b同源性为92%～94%,与C1～C3的同源性为88%～89%,与B1～B5型同源性为83%～84%,与A型同源性为81%～82%.将9株广州株与EV71的A、B、C型VP1基因氨基酸序列进行Clustal W比对,发现VP1基因22位点的谷氨酰胺转变为组氨酸(Q→H),聚合蛋白中213位点(S→T)和1764位点(V→(Ⅰ)也发生了氨基酸的点突变,P的213位点属于VP2基因,1764位点属于3D基因.结论 2008年和2010年分离的9株广州株EV71属于C4a型,与阜阳株同源性为98%～99%,VP1基因22位点发生了点突变,聚合蛋白中213位点和1764位点也发生了氨基酸的点突变.
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乙型肝炎病毒前C区1896 G→A点突变对母乳喂养安全性的影响
目的 探讨乙型肝炎病毒(HBV)前C区1896 G→A点突变对母乳喂养安全性的影响.方法 收集62例本院妇产科HBeAg阴性的HBV感染产妇血标本,同时收集这些孕妇产后48 h内初乳.应用PCR固相杂交法检测孕妇血清中HBV DNA前C区1896 G→A突变,荧光定量PeR(FQ-PCR)检测孕妇血清和初乳中HBV DNA含量.分析HBV前c区1896 D→A点突变及孕妇血清HBVDNA含量与初乳中HBV DNA含量的对应关系.结果 62例孕妇血标本共检测到38例HBV前C区1896 G→A点突变(61.3%);突变组初乳HBV DNA阳性率为28.9%(11/38),未突变组初乳HBVDNA阳性率为29.2%(7/24),两组间差异无统计学意义(X2=0.0003,P0.05).孕妇血中HBVDNA高含量组(≥1×105拷贝/ml)初乳HBV DNA阳性率为56.0%(14/25),低含量组(
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焦磷酸测序技术在确认北京严重急性呼吸综合征(SARS)病毒株并检测基因突变中的应用
结合严重急性呼吸综合征(SARS)病毒株序列信息分析和高通量测序技术,建立一种快速、简单地确定SARS病毒株并筛查SARS病毒突变位点和突变频率的方法.从感染人SARS病毒的Vero-6细胞中提取病毒RNA,反转录为cDNA后,PCR扩增目的基因片段,采用焦磷酸测序技术(Pyrosequencing Technology,PSQ)进行第2 601、7 919、9 479、19 838多个碱基突变位点测序和突变频率分析.通过测序分析多个可能出现突变的位点,确定了该病毒为北京流行株,同时发现第7 919位碱基发生了A/G突变.PSQ技术对于高通量筛选研究病毒基因的突变和确定病毒株型别有着简单、快速、灵敏的特点.利用生物信息学分析核酸多态性,结合实验验证,可以确定SARS病毒流行株的特征,有利于对突发事件及早确定传染来源.
关键词： 焦磷酸测序技术 严重急性呼吸综合征(SARS) 核酸多态性 点突变 -
HIV-1膜抗原部分位点的改造对假病毒形成及感染能力的影响
研究HIV-1膜抗原部分位点的改造对假病毒形成及病毒感染能力的影响.本实验采用环形诱变和DpnI筛选的方法对env进行定点突变.用获得的克隆和骨架质粒pSG3△env共转染293FT细胞,收获假病毒后用TZM-b1细胞进行单周期感染试验,检测特定位点改造对功能性假病毒形成能力的影响.改造之前样品S12-42-1的免疫印记的实验结果显示弥散的条带,蛋白大小约160kD,但单周期感染试验中其S/CO(样品信号值与临界值的比值)小于1,即不能形成假病毒.将该样品第457位氨基酸由丙氨酸变成天冬氨酸后,用突变体S12-42M进行单周感染试验,其S/CO值为6.65,表示突变体能够形成假病毒.结果表明HIV-1膜抗原部分位点的改变影响假病毒的形成或假病毒感染细胞的能力.
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HBV前S基因突变与HBV感染者慢加急性肝衰竭的相关研究
目的 探讨HBV前S区位点变异与慢加急性肝衰竭(acute-on-chronic liver failure,ACLF)之间的关系.方法 共收集80例患者样本,其中40例HBV相关ACLF患者为研究组,40例慢性乙型肝炎(chronic hepatitis B,CHB)患者为对照组.采用聚合酶链反应及基因测序的方法对患者血清标本的HBV前S区基因位点突变进行检测,分析ACLF发生与HBV前S区位点突变的关系.结果 CHB患者病毒载量平均值为1.18×105 copies/mL,ACLF患者病毒载量平均值为1.03×107copies/mL;对照组中的CHB患者基因型均为C型.ACLF患者基因型分别为B型14例(14/40),C型26例(26/40).共有27个核苷酸位点在ACLF患者发生显著变异,其中I108F、I108M、C120M、A158V和A172V为ACLF常见突变位点.在40例ACLF患者中的突变发生率分别为62.5％(25/40)、55％(22/40)、65％ (26/40)、77.5％ (31/40)、67.5％ (27/40),显著高于CHB患者(P ＜0.05 F=31.6,P=0.0432);对HBV患者B、C基因型的突变分析发现,I108M、A158V这2个位点在B基因型ACLF组中突变显著高于CHB组;I108F、V154A和A172V这3个突变在C基因型ACLF组中显著高于CHB组.I108(M/F)、A158V这2个位点突变在B基因型显著高于C基因型CHB患者.ACLF组中的C2875、G3191、C105位点变异高于CHB组.HBV相关的ACLF患者与CHB患者在ALT水平升高方面无明显差异.总胆红素水平及凝血酶原活动度比值两者差异具有统计学意义(P ＜0.05F=24.31,P=0.046;P＜0.01 F=85.68,P=0.006).结论 HBV基因中I108(M/F)与A158V核苷酸突变与ACLF密切相关;HBV S区的突变对于ACLF发生起着重要作用,可为ACLF的发病提供重要的参考依据.
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1例罕见β地中海贫血基因突变及其家系分析
目的 鉴定1种罕见的β地中海贫血突变类型.方法 血液学分析采用血细胞分析仪及全自动快速电泳分析系统；α珠蛋白常规突变检测采用Gap-PCR；β珠蛋白常规突变检测采用反向点杂交法；样品的基因突变及基因型用β珠蛋白基因全长测序技术确定.结果 先证者具有典型的β地中海贫血临床特点和血液学特性,HbF为5.8％,其父母各项指标均正常.未发现先证者及其家庭成员有已知的α-/β-地中海贫血基因突变,测序发现先证者及其母亲均为CD2 (CAT-CAC)杂合子,父亲为CAC纯合子；先证者有β珠蛋白exon1 CD27 (GCC-GAC)突变,编码的氨基酸由丙氨酸变为天冬氨酸,未发现其父母有CD27突变.结论 CD27 (GCC-GAC)突变是罕见的β珠蛋白基因点突变,有助于指导人群筛查、遗传咨询和临床诊断.
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一个G/C多态性在磷酸核糖焦磷酸合成酶亚基1基因上游-774的鉴别
磷酸核糖焦磷酸(phosphoribosylpyrophosphate,PRPP)是嘌呤和嘧啶合成的关键性调节因子.磷酸核糖焦磷酸合成酶(phosphoribosylpyrophosphate synthetase,PRS)是PRPP合成的催化剂.PRS1是PRS复合物的一个催化亚单位,其编码基因PRPS1位于X染色体.目前已发现在一些X染色体相关的人类疾病中PRS活性增强,而PRS1亚单位的点突变或正常PRS1的转录增强均可导致遗传性的PRS活性增高.
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线粒体DNA相关疾病的分子遗传学研究
在儿童退行性疾病中,诸如发育延迟、感觉运动障碍、惊厥、糖尿病以及器官衰竭等,线粒体功能紊乱是一个相当常见的病因[1].近年来线粒体DNA(mtDNA)突变及其致病作用也是一些晚发性疾病如Alzheimer's病、肿瘤及Parkinson's病的研究热点.据Finland的一项研究表明mtDNA相关疾病的发病率≥16.3/10万.自从1963年发现mtDNA和1988年首次报道致病性mtDNA突变以来,迄今已发现至少97个点突变和很多的mtDNA重排(缺失、重复),mtDNA突变业已成为线粒体疾病的重要病因之一[1,2].
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垂体催乳素瘤的病因及发病机制的实验研究
应用在同一只雄性SD大鼠中,保留原位垂体并在肾囊内植入一异体垂体,同时背部埋植装有17-β-雌二醇(17-β-estradiol,E2)的药泵,经E2在体作用60～120天后,其原位垂体和异体移植入肾囊的垂体同时形成垂体催乳素(prolactin,PRL)瘤的动物模型,研究PRL瘤的发病机制.结果表明,E2长期作用可诱发原位垂体和远离下丘脑的移植垂体同时形成PRL瘤,并伴高PRL血症和PRL基因的高表达;体外和体内实验结果均显示,一些相关生长因子或细胞因子可能与PRL瘤的形成有关;分析正常垂体、原位和移植垂体瘤中PRL基因调控序列的结构,表明在原位垂体瘤中PRL基因近端启动子区发生点突变,突变启动子活性增高,而移植垂体瘤PRL基因相应序列无改变.上述结果提示:垂体PRL瘤可能原发于腺垂体水平,但未排除继发于下丘脑异常的另一可能性;雌激素诱发原位和移植垂体形成PRL瘤的发病机制可能不尽相同;体内神经-内分泌-免疫网络在原位垂体PRL瘤的发生过程可能起一定作用,但其确切证据尚待深入探讨.
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高分辨率熔解曲线分析技术检测苯丙酮尿症患者的苯丙氨酸羟化酶基因突变
目的 应用高分辨率熔解曲线(HRM)分析技术检测苯丙酮尿症患者苯丙氨酸羟化酶基因突变.方法 利用PCR扩增13例苯丙酮尿症(PKU)患者的苯丙氨酸羟化酶(PAH)基因第6、7、11及12外显子,然后对PCR产物进行HRM分析,通过DNA测序对HRM结果进行验证.结果 在13例PKU患者的26个PAH等位基因中共检测出5种不同突变基因,总检出率为38.5％.常见的突变类型是R243Q和A434D.检测出两种多态性位点为Q232Q和V245V.HRM分析结果与测序结果完全一致.结论 HRM技术具有简单、快速、易操作、准确等优点,可用于PKU患者PAH基因突变筛查.
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等位基因特异性PCR方法检测炭疽芽胞杆菌致死因子基因点突变的评价
目的 建立并评价等位基因特异性聚合酶链反应(PCR)在筛选炭疽芽胞杆菌致死基因点突变中的作用.方法 等位基因特异性PCR方法.结果 等位基因特异性PCR扩增的筛选方法假阳性率较高,其特异性与引物3'端的碱基类型关系不大,与退火温度、模板浓度等均有关系.高保真Taq DNA聚合酶不能改善这种假阳性.结论 等位基因特异性PCR筛选方法影响因素较多,假阳性率高,不适于直接作为点突变的筛选方法.
关键词： 等位基因特异性聚合酶链反应 点突变 炭疽芽胞杆菌
