一例艾滋病痴呆综合征病人HIV-1 gp120基因多样性及生物学活性位点分析

为探讨人类免疫缺陷病毒1型HIV-1 gp120基因多样性和生物学活性位点与艾滋病痴呆综合征之间的关系,从一例艾滋病痴呆综合征病例尸检标本的淋巴结和中枢神经组织(大脑5个部位:颞叶灰/白质连接处、脑室周围组织、脉络丛、枕叶白质及枕叶灰/白质连接处)提取不同组织来源的基因组DNA,经PCR法扩增HIV-1 gp120基因,经克隆后挑选阳性克隆菌株,对插入片段进行测序.用生物学软件处理并绘制系统发生树,分析糖基化位点,计算ds/dn值,分析V3顶端四肽及关键位点的氨基酸.结果显示,该病人感染的病毒是HIV-1B亚型;分离自不同组织的HIV-1 gp120基因存在差异;与标准序列相比,分离自该病人的HIV-1 gP120基因的部分生物学活性位点存在改变,且源自外周淋巴组织与中枢神经组织的HIV-1 gp120基因中部分生物学活性位点也存在差异.结果表明,HIV-1 gp120基因多样性及与脑组织相关的某些生物学活性位点的改变可能与艾滋病痴呆综合征的发病机制存在一定关系.

中国河北省卢龙地区猪札如病毒的基因多样性

札如病毒(Sapoviruses),先前称札幌样病毒(Sapporo-like viruses),属于杯状病毒科札如病毒属,是引起人、猪及水貂腹泻的重要肠道病原[1-3].札如病毒的原型株札幌病毒(Sapporovirus)是在1977年在日本札幌地区一次有婴儿的家庭中发生的胃肠炎暴发中被检测到[4].

阿富汗和巴基斯坦2006年1月～2007年2月消灭脊髓灰质炎的进展

现在世界上仍有4个国家未阻断脊髓灰质炎(脊灰)野病毒(WPV)的传播,其中阿富汗和巴基斯坦在世界卫生组织(WHO)东地中海区.尽管2006年这2个国家报告的WPV感染病例都有增加,但传播地区局限,且病毒基因多样性有所降低.

江苏口岸褐家鼠线粒体DNA细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因的遗传多态性研究

目的 研究褐家鼠线粒体DNA细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因的遗传多态性特征,为国境口岸鼠形动物的鉴定和溯源提供技术支持.方法 通过对江苏口岸本底及输入性褐家鼠CO Ⅰ基因的扩增、测序和比对,结合GenBank的褐家鼠信息,对褐家鼠进行遗传多态性分析和系统发育树研究.结果 获得48个国内外褐家鼠CO Ⅰ基因序列,测出的605个序列位点中保守位点587个,可变异位点18个,核苷酸平均差异数为(2.510 000±0.000 640);江苏口岸本底褐家鼠仅为1个单倍型,非江苏口岸褐家鼠多态性丰富.结论 不同地区的褐家鼠具有一定的种内差异,该差异与地理位置分布有一定的关系.

病理学与基因

当前病理学工作者们正不断将现代科学研究的新进展和新技术应用于病理学领域,以探寻疾病发生的分子机制,建立诊断方法和技术,为防治疾病提供科学的理论基础与实用工具.解剖学、组织学以及免疫学等并行学科的发展也促进了病理学的发展.在现代细胞和分子生物学高速发展的今天,以基因为研究对象,以规模化生物技术为支撑的生命科学新学科——基因组学也必将丰富病理学的研究内容和手段,为病理学带来革命性的改变.基因组学对病理学发展的贡献主要体现在两个基本方向:首先是人类基因组学,它研究人类自身的基因与基因多样性;其次是病原生物(包括病原生物和它们的载体生物)的基因组学和病原生物的群体遗传学.

艾滋病痴呆综合征患者HIV-1 nef基因多样性分析

目的 研究艾滋病痴呆综合征(ADC)患者体内HIV-1 nef基因变异规律,为ADC发病机制的研究提供依据.方法 提取1例ADC病例尸检标本的外周(脾)和中枢神经系统(基底核、额叶灰质、脑膜、颞叶)共5个部位组织中的基因组DNA,PCR扩增HIV-1 nef基因,与pMD19-T克隆载体连接后,蓝白斑筛选挑取阳性菌落测序,序列经BLAST分析后,每个部位取5个序列,利用Bioedit、MEGA4等生物学软件进行基因距离、系统进化树以及同义/非同义替换值(ds/dn)等分析.结果 该ADC患者感染的是HIV-1 B亚型,与标准序列HXB2比较,该病例的HIV-1 nef基因存在变异,且外周组织与中枢神经系统各组织间以及中枢神经组织不同部位的基因变异不同,相同组织来源的nef序列基因距离较小,外周和中枢的nef基因距离差异较大,该病例H IV-1 nef基因在外周和中枢神经系统变异时均受到负向选择压力.结论 ADC患者体内HIV-1 nef基因存在多样性,且不同组织部位的基因变异不同,其导致的Nef蛋白某些氨基酸位点的改变对其生物学活性的影响有待进一步研究.

白念珠菌ITS基因多样性与人胃黏膜病理损伤的关系

现有研究认为幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,Hp)等微生物感染与胃黏膜炎症损伤关系密切,且胃溃疡合并真菌感染者溃疡口愈合进程明显延长,溃疡面积明显大于单纯性溃疡,应用抗真菌治疗后,溃疡面积显著减小,症状减轻,其中白念珠菌为常见的真菌感染菌种~([1]).不同基因型的白念珠菌菌株与胃黏膜损伤程度的关系,尚缺乏研究.本实验通过检测胃黏膜白念珠菌的ITS(internal transcribedspacer region)序列基因多样性,分析真菌菌株进化方向与胃黏膜病损的关系,初步探寻胃黏膜损害密切相关白念珠菌菌株.

成人低分级胶质瘤治疗的NCCN指南解析

美国国立综合癌症网络（National Comprehensive Cancer Network，NCCN）每年发布的各种恶性肿瘤临床实践指南，得到了全球临床医师的认可和遵循，神经系统肿瘤每年更新4次，我们在此介绍2013年新一期的内容[1]，作为我们神经外科临床实践的参考。在美国，2012年约有22910例原发脑和其他神经系统的肿瘤新病例[2]，并造成约13700人死亡。过去30年来，原发恶性脑肿瘤发病率一直在上升，尤其是老年人[3]，低分级的肿瘤也不例外。由于胶质瘤的基因多样性，每一个患者的治疗方案原则上都应该根据个体的肿瘤特点和身体情况仔细分析后决定；另外，中枢神经系统肿瘤会造成水肿、癫痫、内分泌失调、乏力、心理疾患和静脉血栓等并发症，会严重地影响生存质量[4]。所以，理想的治疗方案除治疗肿瘤外，应从是否能同时提高生活质量等方面来权衡。NCCN的专家推荐多学科的医疗团队的参与，至少包括神经外科、放射治疗、肿瘤科、神经内科或神经放射医生，并认为这样的团队才是选择适合患者的治疗方案的关键因素。

HCV基因6型流行病学研究进展

HCV是慢性肝病和肝癌的主要原因之一。目前全球约有1.7亿人感染HCV病毒。HCV基因多样性程度高，分为至少6种基因型和至少83种基因亚型，这是HCV感染慢性化的一个重要因素。了解HCV各基因型的流行病学特点将有助于临床诊断、治疗和疾病预防。HCV基因6型有多种亚型，同时特殊的传播途径又加快了这种基因型病毒的传播速度，因此了解HCV基因6型的流行病学特点显得越来越重要。现将相关研究进展总结如下。

中国耐力运动员线粒体DNA高变区I多样性及其与其他人群的比较研究

为了探讨人类运动能力的相关基因标记与分子遗传学机制,选取汉族耐力运动员61人,相应汉人对照63人,对其线粒体基因高变区I(mtDNA HVRⅠ)特异性片段进行扩增、测序,评估其单倍型、多样性及偶合概率,并与其他人群进行比较研究.结果显示:中国汉族耐力运动员中有60个单倍型,汉人对照有61个单倍型.中国汉族耐力运动员mtDNA多样性高达99.95%,汉人对照mtDNA基因多样性也达99.90%,二组无关个体间偶合概率均很小,经卡方检验上述各参数与频率在汉族耐力运动员和汉人对照两组间的分布无显著性差异(P>0.05).与西班牙人、中国台湾人及俄罗斯人等不同人群比较发现,mtDNA多样性的差异存在于群体内个体间,而群体间的差异较小.结果提示,汉族耐力运动员mtDNA HVRⅠ多样性非常高,且每个个体间mtDNA单倍型差异很大;不同人群mtDNA多样性的差异存在于群体内个体间,而群体间的差异较小.

什么是药物代谢性相互作用

　　药物代谢性相互作用是指发生在代谢阶段的相互作用，主要发生在肝脏，其次是肠壁。其代谢媒体重要的是细胞色素P450混合功能氧化酶系统，简称药酶或P450酶，在体内受基因多样性控制，称为P450基因超家族，目前已知有12个亚族，命名法为凡P450基因表达P450酶系氨基酸同源性大于40%的视为同一家族，以CYP(Cytochrome P450之缩写)后标一阿拉伯数字表示，如CYP2。氨基酸同源性大于55%者为一同亚族，在家族后面加一大写英文字母，如CYP2D。每一亚族中的单个P450酶，则是在表达式后再加一个阿拉伯数字，如CYP2D6。涉及大多数药物代谢的酶系主要有CYP1，CYP2，CYP3三大家族。具体药酶是CYP1A2，CYP2C8，CYP2D6，CYP3A4等。

6种委陵菜属药用植物的ISSR分析

目的 研究委陵菜属PotentillaL.药用植物的亲缘关系.方法 对6份供试材料进行ISSR分析.利用POPGENE软件分析遗传相似系数,UPGMA方法聚类,构建亲缘关系系统图.结果 11条引物共得到105条扩增条带,其中有89条呈现多态性,占84.76％.遗传相似系数变化范围0.447 6～0.790 5.结论 聚类结果显示,来源于同一地区的委陵菜属药用植物种质聚在一起,呈现出一定的地域性分布规律.从分子水平对委陵菜属药用植物的鉴定和开发提供遗传基础,更好地指导种质资源的收集、评价.

组织芯片技术及其在肺癌研究中的应用进展

随着人类基因组计划(human genome project,HGP)的完成,人类基因组研究的重心逐渐进入后基因组时代(postgenome Era),即向基因的功能及基因多样性倾斜.基因芯片(gene microarray)、蛋白质芯片(protein microarray)的广泛应用,发现了大量新的功能基因和蛋白质,但对其功能的进一步确定,须回到组织学的水平,与形态学结构联系起来,需要经过组织形态的研究予以确认和支持[1],在这样的背景下一种新的生物芯片--组织芯片(tissue microarray,TMA)应运而生.TMA又称组织微阵列,是将数十个、数百个乃至上千个小的组织标本按研究需要整齐地排列在某一载体上(通常是载玻片)所形成的微缩组织切片[2].组织芯片与基因芯片、蛋白质芯片一起构成了生物芯片系列,被誉为医学、生物学领域的一次革命.

菌群失调腹泻造模及七味白术散治疗对小鼠乳糖酶基因13910多态性的影响

目的 探讨抗生素及七味白术散对菌群失调腹泻小鼠乳糖酶基因13910位点多态性的影响.方法 将36只SPF级小鼠随机分为正常组(12只)、模型组(12只)、七味白术散组(6只)和乳糖酶组(6只),除正常组外的其余小鼠采用混合抗生素造成菌群失调腹泻模型,然后分别灌胃七味白术散和乳糖酶治疗.造模成功和治疗后分别提取小鼠肠道内容物和肠道黏膜宏基因组,对包括小鼠乳糖酶基因13910位点在内的1 036 bp长度的DNA片段进行单核苷酸多态性(SNP)测序分析.结果 造模和治疗后,小鼠乳糖酶基因13910位点没有发生碱基的变异,均为A/A型,13910位点在内的1 036 bp范围内也没有新的SNP位点出现.结论 菌群失调腹泻造模与七味白术散治疗对小鼠乳糖酶活性的干预均与小鼠乳糖酶基因13910位点多态性没有相关性,可能存在其他多态性位点或其他方面的调控机制.

大连地区食源性腹泻病例中诺如病毒基因特征分析

目的 了解大连地区食源性腹泻病例中诺如病毒的基因特征.方法 采用荧光定量RT-PCR对2016年大连市食源性疾病监测哨点医院采集的1 900份粪便标本进行诺如病毒核酸检测,用逆转录PCR对阳性毒株的ORF1-ORF2连接区扩增并测序,分析其基因亚型和同源性.结果 1 900份标本中,检出诺如病毒核酸阳性25份,阳性率1.32％,其中GⅠ型阳性3份,GⅡ型阳性19份,GⅠ型和GⅡ型均阳性3份.26株病毒基因序列比对,发现3株为GⅠ.3,2株为GⅠ.6,9株为GⅡ.17,5株为GⅡ.4,2株为GⅡ.2,GⅡ.3、GⅡ.6、GⅡ.13、GⅡ.14、GⅡ.15各1株.结论 大连地区食源性腹泻病例中诺如病毒呈基因多样性,2016年流行优势株为GⅡ.17.GⅡ.2、GⅡ.3、GⅡ.6、GⅡ.13、GⅡ.14、GⅡ.15在大连地区首次检出.

曲马多代谢相关基因多态性研究进展

盐酸曲马多是临床中常用的弱阿片类药物,用于治疗中度疼痛,其镇痛效果介于弱罂粟碱和吗啡之间,临床中用于术后疼痛、牙痛、和其他疼痛,镇痛效果明显,安全性好.但是由于曲马多各基因型对其药物代谢行为的影响,在临床使用中,曲马多的镇痛效果和不良反应个体差异大.为了研究对比不同种族之间曲马多代谢等位基因的分布情况,作者通过检索,对不同的人种CYP2D6的不同活性,不同人种决定该酶活性的等位基因频率,不同基因型对曲马多代谢行为的影响进行综述.

人类KIR基因PCR-SSP分型及家系研究

杀伤细胞免疫球蛋白样受体(KIR)是NK细胞和某些T细胞表面表达的一组特异识别人类主要组织相容性抗原MHC I类分子的受体,对NK细胞效应功能的发挥起重要免疫调节作用.KIR由一组位于人类19q13.4染色体上的多态性丰富的多基因家族所编码,其结构和功能具有多样性.每一个体含有不同种类和数目的KIR基因,而同一位点的等位基因又具有丰富的多态性,目前在低分辨率水平上,可检测到包括两个假基因在内的18个所有已知基因.文章介绍我室建立的在KIR多基因家族多样性研究中所采用的PCR-SSP基因分型方法以及单倍型的家系分析.

159巴西双脐螺的基因多样性及分子鉴定

江苏口岸小家鼠细胞色素氧化酶亚基COⅠ基因的多态性研究

目的 研究小家鼠细胞色素氧化酶亚基COⅠ基因的多态性特征,为国境口岸鼠类的鉴定和溯源提供技术支持.方法 通过对江苏口岸本底及输入性小家鼠COⅠ基因的扩增、测序和比对,结合GenBank的小家鼠信息,对小家鼠进行遗传多态性分析和分子系统树研究.结果 获得81个国内外小家鼠COⅠ基因序列,测出的590个序列位点中保守位点555个,可变异位点35个,核苷酸平均差异数为7.931.建立这些小家鼠COⅠ序列的分子系统树,该分子系统树共分为两支,其中一个分支多以江苏本底的小家鼠为主,另一分支构成复杂.结论 不同地区的小家鼠之间具有一定的种内差异,小家鼠种内亚种的划分与地理位置有一定的联系.

树鼩遗传多样性的研究进展

树鼩是一种新型且富有前景的实验动物，近年来对于树鼩遗传多样性分析方法的研究逐渐增多，遗传多样性的研究主要包括表型、染色体、蛋白质、DNA水平等方面的内容。树鼩表型多态性可以简便、易行、快速地区别种属甚至亚种，但表型特征差异不一定都是遗传变异的真实反映。染色体作为遗传物质载体与基因携带者，其变异可引起遗传变异。蛋白质多态性主要是集中在对其血液成分和同工酶等方面的研究，不同生产地的树鼩乳酸脱氢酶同功酶酶谱表现出一定的差异。基因多态性研究主要为核DNA多态性和线粒体DNA多态性研究，体现的是染色体DNA中核苷酸的排列顺序变化。