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接种腮腺炎疫苗后再感染流行性腮腺炎的探讨
目的探讨接种腮腺炎疫苗后再感染流行性腮腺炎的原因. 方法对115例接种腮腺炎疫苗后再发生流行性腮腺炎的患儿血清,用单链构象多态性分析(PCR-SSCP)法分离得到流行株与疫苗株的核苷酸序列,分析其分子生物学特点. 结果流行株与疫苗株的核苷酸序列相差8个核苷酸,流行株之间有1～2个核苷酸差异. 结论接种腮腺炎疫苗后再发生感染的原因可能是流行株与疫苗株核苷酸序列相差太大,从而导致疫苗保护力不足,引起再次发病.
关键词： 流行性腮腺炎/预防和控制 腮腺炎病毒 腮腺炎疫苗 碱基序列 -
应用慢性HBV感染者家系探索HBV基因变异率差异的影响因素
目的 探讨不同患者乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)基因变异率情况及影响因素.方法 选取4组慢性HBV感染者家系共6对母子为研究对象,PCR扩增HBV全长序列,分析其基因变异率并探讨其与疾病进程的相关性.结果 6对母子均为B基因型HBV感染,不同患者间HBV核苷酸变异率分别为6.67×10-5、2.83×10-5、2.33×10-5、1.48×10-4、1.83×10-4、1.24×10-4个变异/位点/年,差异可高达7.85倍,其中家系内HBV变异率差异分别为2.36和6.35倍.免疫耐受期HBV基因变异率2.83×10-5和1.24×10-4个变异/位点/年,非免疫耐受期HBV基因变异率2.33×10-5～ 1.83×10-4个变异/位点/年.各编码区变异率亦有所差异,但差异均无统计学意义(x核苷酸2=2.812,P=0.422;x氨基酸2=2.344,P=0.504).结论 不同患者HBV基因变异率有较大差异,且可能与患者所处HBV感染自然病程有关.
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2009-2012年安徽省人肠道病毒71型的分子流行病学特征
目的 探讨安徽省手足口病患儿中肠道病毒71型(human enterovirus 71,HEV71)的分子流行病学特征.方法 对2009-2012年HEV71所致手足口病患儿的19份咽拭子标本进行HEV71病毒VP1区全基因核苷酸序列测定,其中1份标本来自河南信阳患儿,其余均来自安徽省辖区患儿.所得序列与国内外HEV71毒株的核苷酸序列做比对分析,构建进化树.结果 19株病毒核酸VP1区全基因均为891个核苷酸,编码297个氨基酸.所得序列与A、B、C基因型的核苷酸同源性分别为82.6％～83.6％、83.3％～85.5％、86.7％ ～ 98.9％;氨基酸同源性分别为96.0％ ～97.0％、96.0％ ～97.7％、97.0％ ～ 100.0％.结论 六安市2009-2012年HEV71流行株在种系进化上与我国大陆近几年分离的毒株具有较高的同源性(94.6％～98.9％),同属于C4a基因亚型,与中国大陆前几年分离株C4b基因亚型较近.
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2011年陕西省流行性腮腺炎病毒株基因型别分析
目的 了解陕西省流行性腮腺炎病毒株(mumps virus,MuV)的基因型别.方法 采集腮腺炎病人咽拭子标本分离病毒,对分离到的MuV小疏水蛋白(small hydrophobic protein,SH)基因316个核苷酸片段进行逆转录-聚合酶链反应(reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR)扩增,,对扩增产物进行序列测定和基因分型.结果 从47份腮腺炎病人咽拭子标本中分离出腮腺炎病毒10株,分离率为21.3％,其中5株为F基因型,5株为G基因型.结论 F基因型、G基因型两种腮腺炎病毒在陕西省流行.
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2007年浙江丽水地区汉坦病毒的分离与型别鉴定
目的 对2007年从浙江省丽水地区肾综合征出血热(hemorrhagic fever with renal syndrome,HFRS)疫区鼠肺分离的汉坦病毒进行型别鉴定和分子生物学特性研究.方法 将汉坦病毒抗原阳性的鼠肺标本接种Vero-E6细胞,分离汉坦病毒.提取病毒总RNA,应用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒S基因全片段,克隆入质粒载体,进行核苷酸序列测定及分析,应用DNA STAR软件分析比较,确定病毒型别.结果 从疫区7份阳性鼠肺中分离到2株汉坦病毒,经汉坦病毒单克隆直接荧光血清检查和基因序列测定,结果为汉滩型(HTN)病毒,2株病毒与国际标准株76-118(HTN型)和80-39(SEO型)S片段核苷酸的同源性分别为84.7%、84.6%和64.2%、64.0%.结论 浙江省丽水地区可能存在以HTN型病毒为主的肾综合征出血热自然疫源地.
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脂代谢紊乱与基因多态性研究进展
人类进化过程中受环境、种族、性别等外部条件的影响,基因(或DNA分子)的碱基序列可发生突变,存在基因多态性,所表达产物结构功能和数量改变将影响相关物质的代谢.由于脂类代谢过程需多种蛋白质共同参与,协同作用.
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生物芯片技术的原理
1 分类生物芯片根据点在芯片上的探针的不同分为基因芯片、蛋白质芯片、糖芯片及芯片实验室.1.1 基因芯片(Genechip) 又称DNA芯片,是在基因探针的基础上研制而成.所谓基因探针只是一段人工合成的碱基序列,在探针上连接一些可检测的物质,根据碱基互补的原理,利用基因探针在基因混合物中识别特定基因.其将大量探针分子固定于支持物上与标记的样品进行杂交,通过检测杂交信号的强度及分布来进行分析.
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乙型肝炎病毒RT区原发性耐药变异的研究
目的 探讨核苷(酸)类似物(NA)治疗前乙型肝炎病毒(HBV)RT区原发性耐药变异的发生情况.方法 采用PCR产物直接测序技术对61例未接受NA治疗的慢性HBV感染者进行HBV RT区序列测定,分析NA治疗前HBV RT区原发性耐药变异的发生率.结果 通过HBV 基因扩增、PCR产物直接测序后,共获得61个HBV RT区基因序列,采用HBV RT区基因进化树基因分型共分出B型42例(42/61,68.85%),C型19例(19/61,31.15%),未检出其他基因型.通过核苷酸序列及氨基酸序列分析,对NA常见的10个耐药变异位点(rtI169T、rtV173L、rtL180M、rtA181V/T、rtT184G/S/A/I、rtA194T、rtS202I/G、rtM204I/V、rtN236T、rtM250V)进行比对后,61例患者中共检出HBV RT区变异3例(rtM204I 2例,rtM204I+L180M 1例),自然耐药变异的检出率为4.92%.结论 慢性HBV感染者存在少量RT区原发性耐药变异位点,与原发性无应答有关.
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腺病毒六邻体蛋白的基因测序在流行性角膜结膜炎病原检测中的应用
背景 流行性角膜结膜炎是常见的眼部传染性疾病,腺病毒为常见病原体之一.六邻体蛋白是构建病毒衣壳的重要蛋白,也是病毒与抗体结合的主要靶点.应用针对六邻体蛋白编码区的测序方法可对腺病毒进行快速分型,对于流行性角膜结膜炎的早期诊断、病情监测和预后判断具有重要意义. 目的 通过针对腺病毒六邻体蛋白编码区的测序,完成上海地区腺病毒与流行性角膜结膜炎相关的分子流行病学调查.方法 在受检者知情同意的情况下,收集2010年1月至2012年12月在上海市眼病防治中心和上海市急性出血性结膜炎防控办公室下属红眼病监测站点就诊的214例可疑流行性角膜结膜炎患者结膜囊的结膜拭子样本214份.对结膜囊标本提取DNA后,通过PCR法扩增病原体六邻体蛋白编码区内140 bp的保守序列,对于腺病毒阳性的标本,通过对六邻体蛋白保守区域内956 bp的序列进一步测序以确定其病毒分型. 结果 在214例患者中,109例在通用PCR中显示腺病毒阳性,占50.93％.其中通过基因测序确定AdV1者4例,AdV2者33例,AdV3者15例,AdV4者12例,AdV8者19例,AdV19者15例,AdV37者8例.属于D组腺病毒的AdV8、AdV19和AdV37检出阳性患者更容易出现角膜炎症反应、伪膜性结膜炎和耳前淋巴结肿大等,而B组腺病毒检出阳性者易伴发上呼吸道感染,但角膜受累者较少.结论 针对六邻体蛋白编码区内保守区域的测序是腺病毒分型的重要方法之一,可快速确定流行性角膜结膜炎是否系腺病毒感染引起,并确定腺病毒分型.
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中国一先天性无虹膜家系PAX6基因新致病突变位点的筛查及验证
背景 先天性无虹膜是临床上罕见的先天性遗传性眼病.研究显示,配对盒转录因子6基因(PAX6)与先天性无虹膜症密切相关,但不同患者中PAX6基因的突变位点不同. 目的 对中国一常染色体显性遗传先天性无虹膜家系进行PAX6基因突变位点分析. 方法 于2014年8月在郑州大学第一附属医院收集一汉族先天性无虹膜家系,采集该家系9名成员及同期100名健康体检者的外周静脉血10 ml,采用标准酚-氯仿提取法提取基因组DNA,对PCR扩增产物进行测序、对比及突变分析.采用实时荧光定量PCR法验证和比较该家系中患病者与该家系表型正常者和健康对照者淋巴细胞中PAX6 mRNA的相对含量. 结果 该家系共3代9名成员,遗传方式符合常染色体显性遗传.家系中共5例患病者,成年患病者均表现为虹膜缺失和白内障,儿童患病者表现为无虹膜;其他4名家系成员表型正常.测序结果显示,家系患病者均存在11号染色体PAX6基因10号外显子的移码突变,第796位核糖核苷酸G缺失(c.796 del G),产生提前终止密码子,而家系正常成员及100名对照者均无此突变.实时荧光定量PCR结果显示,家系中患病者淋巴细胞中PAX6 mRNA表达水平比家系中正常成员约低50％,差异有统计学意义(Z=-2.449,P=0.016). 结论 PAX6基因c.796 del G为此先天性无虹膜家系的致病突变位点,扩增了PAX6基因突变谱.
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眼皮肤白化病患者TYR基因突变筛查及临床分型
背景 眼皮肤白化病(OCA)是由于先天性黑色素缺乏导致的眼、皮肤、毛发部分或全部色素缺失的一组遗传性疾病,可分为OCA1～7型,其中TYR基因(TYR)突变可引起OCA1型.OCA具有明显的遗传和表型异质性,突变基因的分子诊断有助于对OCA患者进行分型并进行分子发病机制研究. 目的 对OCA患者进行TYR基因突变筛查,分析基因突变类型与临床表型之间的关联性. 方法 于2011年1月至2014年12月在天津市眼科医院纳入10例OCA患者,观察并记录患者的临床表现.采集所有患者及1例患者直系亲属的外周静脉血各3 ml,提取基因组DNA,采用PCR法进行扩增,然后行TYR全基因序列分析,包括TYR基因的全部5个外显子编码序列及外显子5'端和3'端与内含子拼接部非编码区序列.结果 10例OCA患者的毛发呈白色或红棕色,皮肤呈白色,虹膜不同程度的色素缺少.患者佳矫正视力为0.05～0.2,部分患者合并眼球震颤.直接检眼镜下眼底呈晚霞样改变,黄斑结构缺失.全TYR基因测序发现,例1患者携带复合性杂合突变体c.832C＞T(p.R278X)和c.1217C＞T(p.P406L),其父母分别为第4外显子P406L杂合突变和第2外显子R278X杂合突变,患者为OCA1A亚型,其表型为白发和白色虹膜;例3患者携带c.1265G＞A(p.R422Q)和c.1217C＞T(p.P406L)复合杂合性突变,表现为OCA1B亚型,表型为头发红棕色,虹膜为灰黄色.其他8例患者未携带TYR基因突变体. 结论 TYR基因突变是导致OCA1型的主要诱因,OCA1A亚型表型的患者毛发和眼部全部色素丧失,OCA1B亚型为部分色素缺失.OCA的突变基因不同,可能是遗传和表型异质性的原因.
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中国原发性开角型青光眼一家系MYOC基因的突变分析
背景 原发性开角型青光眼(POAG)是青光眼的常见类型之一,研究发现遗传因素参与了POAG的发病过程,但MYOC基因的Ser341 Pro突变与POAG发病的关系报道很少. 目的 描述中国洛阳原发性开角型青光眼一家系的临床及遗传学特征,从分子生物学及生物信息学角度进一步分析MYOC基因的Ser341 Pro位点突变与POAG发病的关系.方法 本研究经河南科技大学第一附属医院伦理委员会批准并严格遵守赫尔辛基宣言,对中国洛阳地区一POAG家系的成员进行临床检查及5年的随访,在受试对象知情同意情况下采集该家系12名受检者及100名健康对照者静脉血各5 ml,提取基因组DNA.依照系谱分析确定该家系POAG的遗传方式,对MYOC基因及第3外显子及其内含子进行PCR扩增并测序,并对其进行限制性片段长度多态性(RFLP)分析;用Garnier-Osguthorpe-Robson(GOR)法对突变蛋白进行蛋白质二级结构分析;用美国生物技术信息中心(NCBI)的Blast软件进行蛋白质的同源性分析.结果 该POAG家系共5代29名成员,其中11人患病情况不详,3例确诊为POAG,1例诊为高眼压病,2例为基因携带者,遗传方式符合常染色体显性遗传.6例患者中在MYOC基因第3外显子的1021位点发现一个碱基由T突变为C,第341位的氨基酸由丝氨酸变为脯氨酸(p.S341P),为杂合性基因突变,酶切分析显示,该错义突变使POAG患者丢失一个CviKI-1酶切位点,p.S341P二级结构出现一个错误折叠;同源性分析发现第341位氨基酸是保守的丝氨酸. 结论 在该POAG家系中发现了一个新的MYOC基因的Ser341 Pro突变,丰富了MYOC基因的突变谱,为青光眼患者的诊断和治疗提供了新的靶点,该突变的临床及遗传学特征需进一步调查研究.
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异源双链泳动分析法对流行性角膜结膜炎致病腺病毒分型的研究
背景 目前对流行性角膜结膜炎致病腺病毒的分型多采用直接DNA测序法,而异源双链泳动分析(HMA)法可对腺病毒进行基因分型,且更符合成本-效益原则,HMA法对流行性角膜结膜炎致病腺病毒分型的应用尚少有研究.目的 将流行性角膜结膜炎致病腺病毒六邻体蛋白编码区内保守区的测序结果与HMA的结果进行对照,评价HMA法在流行性角膜结膜炎病原体检查中的有效性和可行性.方法 在知情同意的情况下收集2010年1月至2012年12月在上海市眼病防治中心和上海市急性出血性结膜炎防控办公室下属红眼病监测站点就诊的可疑流行性角膜结膜炎患者214例,取患者结膜囊的结膜拭子标本214份.使用QIA-amp minikit提取结膜拭子标本中的病毒DNA,然后通过PCR法扩增病毒DNA六邻体蛋白编码区内366 bp的保守序列,并对该片段进行基因测序,确定是否为腺病毒及其分型.采用HMA法同时对PCR扩增产物进行分析,将HMA结果与基因测序法进行比较.结果 使用QIA-amp minikit提取的病毒基因组DNA经质量分数1％琼脂糖凝胶电泳可见边界清楚的长约35 kb的金黄色荧光条带,无拖尾现象,DNA吸光度比值(A260/A280)约为1.7.214例患者中,经PCR检测确定为腺病毒感染者109例,经基因测序确定为腺病毒l型(AdVl)者4例,AdV2者33例,AdV3者15例,AdV4者12例,AdV8者19例,AdV19者15例,AdV37者8例.HMA法可以鉴别AdV1、AdV2、AdV3、AdV8、AdV19和AdV37,其结果与基因测序结果一致.AdV4的DNA突变点为59.6％,超过10％,不适合HMA法.结论 针对六邻体蛋白编码区内保守区域的基因测序是腺病毒分型的重要方法之一,可以快速确定流行性角膜结膜炎是否系腺病毒感染引起,并可以确定腺病毒分型.HMA的结果与基因测序相一致,可作为大规模分子流行病学调查的检测工具.
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氮乙酰化转移酶1基因多态性和Hp感染与胃腺癌关联
幽门螺杆菌(Hp)感染与胃癌发生的关系目前仍有争议.N-乙酰基转移酶1(NAT1)是I相毒物代谢酶的重要成员,广泛存在于肝、肺、消化道等组织的细胞液中,含NAT1等位基因4、3、10和11四种基因型.其中NAT1等位基因10(NAT1*10)为唯一的快代谢基因型,其碱基序列中1 088位碱基T→A突变后,含6个A重复序列,基因结构改变,酶活性升高[1],对进入机体的多种致癌物的降解能力发生变化,与多个部位肿瘤的易感性有关[2-4].本研究探讨NAT110和Hp感染与胃腺癌(GAC)易感性的相关性.
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汉坦病毒HTN261株S基因片段的核苷酸序列测定及分析
黑龙江省是肾综合征出血热(HFRS)的重疫区。近年来HFRS年的发病人数曾超过万人。流行病学和血清学研究表明黑龙江省HFRS疫区主要是姬鼠型，但目前尚缺乏病毒的分子生物学资料。我们对从疫区捕获的宿主动物-黑线姬鼠肺中分离的汉坦病毒HTN261株的S基因片段的全基因序列进行了测定和初步分析。结果如下，HTN261株的S基因片段的全序列长为1697nt。只有一个主要的编码N蛋白的ORF，起始位置为第37nt，终止于1326nt，编码的蛋白长为429aa。没有发现存在ORF2。HTN261株的S基因片段核苷酸序列与HTN型中的病毒株的同源性很高，而与汉坦病毒其他型的同源性较差。从种系发生树分析来看，HTN261株归结于汉坦病毒的HTN型。在HTN型之内，HTN261株和HTN76-118株在一个分枝内。就其核苷酸和蛋白的同源性来说，HTN261株和HTN76-118株的同源性分别是89%(全S基因)和98%(蛋白)。而与中国境内发现的其他汉坦病毒株Z10，HU，Chen4，NC167等基因和蛋白的同源性相对较差。汉坦病毒除具有其宿主的依赖性外，还具有其地理的簇集性。HTN261株和HTN76-118株之间S基因和N蛋白序列的变异性的差异分别为11%和2%，表明HTN261株和HTN76-118株还有不同，可能是不同的亚型。不过，尚有待于进一步研究证明。
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基因原位修复的研究进展
基因原位修复是一种新的基因治疗策略.用三链形成寡核苷酸(TFO)、RNA/DNA嵌合体(RDO)和单链脱氧寡核苷酸(ODN)可以对质粒和基因组DNA的特定位点进行修复,它可能通过细胞自身修复系统起作用.该治疗策略有望在基因治疗及功能基因组学研究中发挥重要作用.
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湖南衡阳地区TTV的检测及序列分析
目的了解湖南衡阳地区肝炎患者TTV的感染情况及TTV ORF1部分基因序列.方法在TTV ORF1设计引物,采用巢式PCR(RT-PCR)法检测湖南衡阳地区62份肝炎患者血清中TT V DNA,对PCR产物进行分子克隆和测序分析.结果 62份标本中17例TTV DNA阳性(29.3% ),对其中2例ORF1部分基因克隆、测序,并与日本Okamoto等报道的一株(N22)相比较 . 结论本研究结果显示湖南衡阳地区肝炎患者存在TTV感染,与日本发现的TTV DNA序列同源性高于97%.
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单碱基多态性与单碱基多态性分析
在同一物种的不同个体中,等位基因基本上具有相同的碱基序列.碱基序列在等位基因中的差异称之为基因多态性.根据碱基序列改变的多少及其对相关检测方法的影响,基因多态性可分为多种类型,其中,常见的多态性为单个碱基变异所造成的单碱基多态性(single nucleotide polymorphism,SNP),如我国自己克隆的第一个疾病基因--神经性耳聋相关基因GJB3,其致病机理为相关家系该等位基因中分别存在538C→T,547G→A的单碱基变化[1].在四种主要的SNP中, 上述C→T(G→A)占6/9, 其余的C→A,C→G,和T→A各占1/9.在构成人类基因组的大约30亿碱基中,已有超过100万的单碱基多态性位点得到确认,并由此建立了单碱基多态性数据库[2,3].
关键词： 碱基序列 基因多态性(SNP) 单碱基 -
副溶血弧菌不耐热溶血毒素tlh基因的序列分析
目的利用PCR技术扩增副溶血弧菌不耐热溶血毒素tlh基因,对tlh基因进行生物信息学分析.方法利用PCR技术扩增tlh基因,克隆至载体pET32a+并测序.将测序结果提交国际互联网上有关生物信息网站进行生物信息学分析.结果和结论测序结果tlh14-90被GenBank收录,登录号为AY289609.t1h14-90全长1 257bp,与国际标准株WP1的同源性为99%,含有启动子和密码子,预测其编码一个含418个氨基酸的蛋白质(TLH14-90),分子式为C2131H3184N548O649S16,相对分子质量47 392.9,理论等电点pI为4.92,丙氨酸、亮氨酸和天冬酰氨的含量分别为11.0%、7.4%和7.2%,含有4个半胱氨酸(Cys),κ-D法推算的疏水性参数为-34.预测其二级折叠结构为α/□蛋白,三级结构未给出.
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表观遗传修饰甲基化改变在糖尿病发病中的作用
糖尿病（diabetes， DM）是一种以代谢紊乱为特征的慢性消耗性疾病，其具体的发病机制涉及多种基因参与，迄今为止仍不明了。传统的DM机制认为，遗传和基因突变导致了DM的发生。但是近年来众多的研究证实，基因与环境之间的相互作用（即表观遗传学）在DM 的发病过程中扮演着极其重要的角色。表观遗传学属于遗传学的重要领域，指在不改变DNA遗传物质碱基序列的前提下，以细胞分裂的方式实现代间遗传的现象。甲基化是其中为重要的一种修饰方式，在基因型与表型之间起联接作用。大量研究结果显示，甲基化修饰改变能够影响胰腺β细胞的发育、胰岛素的敏感性及分泌量，因而被认为是DM 发病的可能机制之一。本文拟对DM中可能的表观遗传修饰甲基化机制做一总结。
