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去甲肾上腺素转运体基因启动子多态性及单倍体型与高血压病血瘀证的相关性研究
目的 探讨去甲肾上腺素转运体(SLC6A2)基因启动子2、3多态性及单倍体型与高血压病血瘀证的关系.方法 收集高血压痛血瘀证患者532例,高血压病非血瘀证患者298例,血压正常对照者512名,采外周静脉血提取DNA,采用PCR-RFLP法检测SLC6A2基因启动子2、3多态性,SHEsis软件构建单倍体数量.结果 χ2分割显示高血压病血瘀证组的启动子2-GG频率低于非血瘀证组和对照组(P=0.001),重度血瘀组的启动子3-GG/GA频率高于其余组别(P<0.001).Logistic回归分析显示,调整混杂因素后,启动子2-GC/CC型患高血压病血瘀证的相对危险度(OR)为1.535(95%CI:1.094～2.155,P=0.013);启动子3-AG/GG型患高血压病重度血瘀证的OR为1.925(95%CI:1.199～3.091,P=0.007);G-C单倍体(启动子3-2)患高血压病血瘀证的OR为2.127(95%CI:1.202～3.765,P=0.010),预测强度大.结论 携带SLC6A2基因启动子3-AG/GG型可能是高血压病重度血瘀证易患基因,启动子2-GC/GC、G-C单倍体可能是血瘀证易患因素之一.
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MBL基因不同单倍体型启动活性的差异研究
甘露糖结合凝集素(mannose-binding lectin,MBL)是Ca2+依赖型(C型)凝集素家族一员,是固有免疫系统的重要成员.血清MBL水平低下导致调理吞噬缺损,使机体易患感染性疾病,还可明显加重疾病的症状,影响病程和转归.
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冠心病患者血清apoA5水平的临床价值
载脂蛋白A5 (apolipoprotein A5,apoA5)是由两个独立的研究小组于2001年通过比较小鼠与人的基因组DNA同时发现的一种新的载脂蛋白[1,2].近年来国内外学者对人类apoA5基因的多态性进行了广泛的研究,相继报道了16个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)[3].Pennacchio等[4]又根据与甘油三酯(triglyceride,TG)代谢相关的5个SNP定义了3个单倍体型.
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异基因造血干细胞移植 ABO 转型特征与免疫相关性疾病的防治策略
造血干细胞移植（ HSCT ）是目前临床治愈血液系统恶性肿瘤、先天性遗传性疾病以及自身免疫性疾病的重要手段。 Buckner等［1］曾首次报道ABO血型不合对骨髓移植的影响，目前众多的研究证实，造血干细胞（ hematopoietic stem cell ， HSC ）并不表达ABH抗原，移植受者外周血循环中暂时存在的抗A、抗B凝集素对HSC不会产生损害作用，故ABO 血型不合并不影响HSC的植活，亦不增加移植物抗宿主病（ graft versus host disease ，GVHD）的发病率和严重性，因此，异基因造血干细胞移植（ allo-HSCT）在临床应用中不存在移植成功的障碍。基于这一理论的研究成果，allo-HSCT在临床上应用越来越广泛。 allo-HSCT包括骨髓HSC、外周血HSC和脐血HSC，在临床上allo-HSCT 约占造血干细胞移植总数的23％～30％［2］。移植中供受人类组织相容性抗原（ HLA）Ⅰ类和Ⅱ类位点全相合或单倍体型相合，但ABO红细胞血型不合。 ABO红细胞血型不合包括主侧血型不合、次侧血型不合和主次侧血型均不合，移植后受者ABO血型血清学表达与普通正常人存在较大的差异。
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LMP2/LMP7基因编码区多态性及单倍体型与胃癌易感无相关性
目的:探讨中国汉族人群中肿瘤抗原递呈的限速基因LMP2/LMP7单核苷酸多态性与胃癌的遗传易感性关联.方法:提取145例胃癌患者及152例健康献血员外周血基因组DNA,用PCR-RFLP方法检测两组人群中LMP2-codon60/LMP7-codon145两个多态性位点的基因型;并采用PHASE1.0软件构建这两个多态性位点的个体单倍体型,以非条件Logistic回归校正混杂因素,并进行多态性与胃癌患者风险关联的统计学分析.结果:PCR-RFLP检测结果显示:LMP2-codon60与LMP7-codon145处的多态性在中国人群中普遍存在,LMP2/LMP7多态性位点的各自的等位基因频率分布符合HardyWeinberg平衡定律;后的统计分析表明:在145例胃癌患者与152例健康对照人群中LMP2/LMP7两个多态性位点的基因型频率、以及所构建的4个单倍体型频率均没有统计学差异(P值均大于0.05).结论:在中国汉族人群中,LMP2/LMP7基因编码区两个位点的多态性以及单倍体型与胃癌易感无相关性.
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5-脂氧合酶激活蛋白(ALOX5AP)基因单倍体型与心肌梗死易感性相关:人类基因组流行病学研究的荟萃分析
目的 既往研究提示ALOX5AP基因变异与心肌梗死(Myocardial infarction,M1)相关,但这些研究大多样本较小,结论亦不一致.本文拟系统评价ALOX5AP基因变异与MI易感性的关系.对象与方法系统检索PubMed(1967.1～2009.5)、Embase(1967.1-2009.5)数据库及维普(1989-2009)、CNKI(1979-2009)中文期刊数据库,并通过阅读相关综述及文章的参考文献进一步获取信息.对目前已发表的评估ALOX5AP基因变异与MI关系的候选基因关联研究进行荟萃分析.应用固定效应模型(Fixed-effect models)计算比值比(Odds ratio,OR)及其95%可信限(CI),用以描述ALOX5AP基因变异与MI的关系.结果 共有5项探讨ALOXSAP基因HapA单倍体型(SG13S25G-SG13S114T-SG13S89G-SG13S32A)与MI关系的研究(合计MI病例2778人,对照2484人)及4项评估ALOX5AP基因HapB单倍体型(SG13S377A-SG13S114A-SG13S41A-SG13S35G)与MI关系的研究(合计MI病例1999人,对照1860人)纳入荟萃分析.5项关于HapA单倍体型的研究间无明显异质性(P=0.111,I2=46.8%).与非携带者相比,ALOX5AP基因HapA单倍体型携带者使MI的易感性增加24%(OR:1.24,95%可信限1.06-1.45,P=0.006).4项关于HapB的研究亦无明显异质性(P=0.148,I2=43.9%);与非携带者相比,ALOX5AP基因HapB单倍体型携带者使Ml的易感性增加31%(OR:1.31,95%可信限1.01-1.70,P=0.04).结论 本研究提示ALOXSAP基因HapA、HapB单倍体型与MI的易感性增加有关.
关键词： 荟萃分析 5-脂氧合酶激活蛋白 单倍体型 心肌梗死 -
白细胞介素-22基因启动子区单倍体型与肺结核易感性的关联分析
目的 探讨白细胞介素-22(IL-22)基因启动子区单倍体型与肺结核易感性的关系.方法 收集2009年1月至2010年12月深圳市第三人民医院479例肺结核住院患者的资料,并以358名同期体检人员作为健康对照组.应用MassARRAY时间飞行质谱生物芯片技术检测各组的IL-22基因单核苷酸多态性(SNPs)(rs2227472、rs2227473、rs2227478、rs2227483、rs2227485、rs2227486、rs2227487和rs2227513)基因型,计算各SNPs位点及各单倍体型的等位基因频率及比值比(OR),分析IL-22基因单倍体型与肺结核易感性的关系.结果 SNPs位点rs2227472、rs2227473、rs2227478、rs2227483、rs2227485与结核易感性相关(OR值分别为0.796、0.653、0.769、0.762和0.816,x2值分别为4.594、6.921、5.256、5.089和3.827,P＜0.05或P＜0.01).IL-22基因单倍体型CTTAA(病例组频率0.004,健康对照组0.032)、TATGG(病例组频率0.522,对照组0.460)在两组人群中的频率差异有统计学意义(OR值分别为0.04和1.49,x2值分别为384.623和6.690,P＜0.01).结论 SNPs位点rs2227472、rs2227473、rs2227478、rs2227483和rs2227485与肺结核易感性相关.IL-22基因单倍体型CTTAA、TATGG与肺结核易感性相关,其中CTTAA为保护性单倍体型,TATGG为易感单倍体型.
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线粒体基因组单倍体型与药物性聋相关突变
人类线粒体DNA(mitochonal DNA,mtDNA)是独立于细胞核染色体外的基因组,存在大量的多态性位点,位于mtDNA复制控制区的D-loop序列因不编码蛋白,进化过程中选择压力相对较小,因而具有较其他区域更高的变异,有利于对亲缘关系较近的群体进行研究.
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MHC单倍体型无特定病原体鸭的培育
目的 培育MHC单倍型无特定病原体单倍型鸭.方法 以国家禽类实验动物种子中心培育并保存的无特定病原体(SPF)麻鸭为基础,根据位于主要组织相容性复合体(MHC)核心区域的鸭抗原处理相关转运体分子(TAP)双拷贝基因(Tap1和Tap2)的多态性,分别利用Tap1基因组短串联重复序列(STR)、TAP2的肽结合区序列以及Tap2全基因组序列的基因型分型,连续选育主要组织相容性复合体(MHC)单倍型SPF鸭.结果 F0代和F1代鸭的STR结果完全一致;F2和F3代鸭的Tap1和Tap2基因组序列完全纯合.连续6个世代的Tap2基因组序列分析,B3群鸭有2个位点发生突变,B1、B2和B4遗传学稳定.结论 成功建立了4个MHC单倍体型SPF鸭群B1、B2、B3和B4,为深入开展鸭的免疫遗传学研究提供了实验动物支撑条件.
关键词： 鸭 主要组织相容性复合体 无特定病原体 单倍体型 抗原处理相关转运体 -
中国人群中XRCC1基因单倍体型与结肠癌风险的相关性研究
目的:研究DNA修复基因XRCC1(X-ray repair cross-complementing group 1)编码区Arg194Trp及Arg399Gln多态位点所构成的单倍体型在中国汉族人群中的分布,并探讨与结肠癌发生的易感风险相关性.方法所有外周血样本DNA提取后,采用PCR-RFLP(聚合酶链反应-限制性片段长度多态性)方法,检测207例中国汉族结肠癌患者与255例正常对照者XRCC1基因Arg194Trp及Arg399Gln的基因型,并利用PHASE1.0软件构建其单倍体型,以非条件Logistic回归校正混杂因素如性别、年龄、吸烟、饮酒等,进行单倍体型与结肠癌患者风险关联的统计学分析.结果 PCR-RFLP检测结果显示XRCC1基因Arg194Trp与Arg399Gln多态性在本研究人群462例样本中均存在,XRCC1多态性位点的各自的等位基因频率分布符合Hardy-Weinberg平衡定律;Trp-Gln单倍体型在本研究中结肠癌患者与健康正常人之间有显著的统计学差异:P<0.01;OR 7.23,95% CI 3.52～18.25.结论在中国汉族人群中,XRCC1基因Trp-Gln单倍体型与结肠癌的发生有着显著的易感关联.
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肝脂酶基因启动子多态性与连锁不平衡分析
目的:探讨肝脂酶(hepatic lipase,HL)基因启动子-250G/A、-514C/T、-710T/C和-763A/G 4个位点单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)的分布特征及连锁不平衡关系.方法:应用聚合酶链反应-限制性内切酶片段长度多态性技术,对112名三酰甘油(triglyceride,TG)正常者、103例高三酰甘油血症(hypertriglyceridemics,HTG)患者的HL基因型和等位基因的分布频率进行分析,运用群体数理遗传学方法分析HL启动子4个基因位点SNP的遗传平衡吻合度及相互间连锁不平衡关系.结果:在HTG组中,-250A和-514T的等位基因频率及基因型频率均显著大于TG正常组(P＜0.05);-710T/C位点仅有基因型频率在两组中有显著性差异(P＜0.05),而等位基因频率无显著性差异(P＞0.05);-763A/G位点的基因型频率及等位基因频率在两组中则均无差异(P＞0.05).4个SNP相互间均呈强连锁不平衡.对启动子区3个SNP位点两两组合的单倍体型频率分析表明,在HTG和TG正常者中也存在显著差异(P＜0.05).在单倍体型分析中,HTG者增加显著的是HL-250A/-514T/-710C单倍体型.结论:HL启动子的3个SNP及单倍体型与HTG间存在显著相关性,本研究提供了HL基因启动子多态性的群体遗传学资料.
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肿瘤坏死因子α的单核苷酸多态性与中国汉族人强直性脊柱炎的关联分析
目的:在中国汉族强直性脊柱炎(AS)患者中,检测TNF-α基因中的单核苷酸多态性(SNPs).方法:在107例AS患者和116名正常对照中,用直接测序法和实时动态荧光PCR结合等位基因特异扩增,对TNF-α基因中的3个启动子上的SNPs(-1 031T/C,-863C/A, -857C/T)和 2个内含子上的SNPs (内含子1的+123C/T和内含子3的+51A/G)进行基因分型,分析单个位点的等位基因和基因型频率是否与AS相关.用单倍型推测软件计算上述位点单倍体型频率的分布,分析这些单倍体型是否与AS的发病有关.结果:在AS患者中,TNF-α的-857T和-863A的等位基因频率及它们的基因型频率显著性地超过健康对照组,经Bonferroni校正后仍为阳性.对启动子上3个SNPs位点的两两和3个位点组合的单倍体型频率分析表明,其在AS 患者和对照组中也均存在极其显著的差异(P<0.01).在3个位点推测的单倍体型中,AS患者增加显著的是TNF-1 031T/-863C/-857T单倍体型.结论:TNF-α基因上2个SNPs及单倍体型与中国汉族AS之间存在显著的相关性.
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炎症性肠病IL-1β基因多态性及连锁不平衡研究
目的 了解炎症性肠病患者IL-1β基因多态性和等位基因频率的分布情况,探讨IL-1β基因多态性与炎症性肠病(IBD)的发病关系.方法 采用PCR-RFLP法,对IBD组(N=48)和正常对照组(N=137)IL-1β启动子区-31、-511位点进行基因分型,计算等位基因频率分布,并进行连锁不平衡分析及其单倍型与疾病的关联分析.结果 正常对照组IL-1β-31CC、CT、TT基因型分别为22.63%、56.93%、20.44%,IBD组为33.33%、39.58%、27.08%,两组比较无显著性差异(P＞0.05);两组的等位基因频率间也无显著性差异(P＞0.05).正常对照组IL-1β-511TT、TC、CC基因型分别为21.17%、52.55%、26.28%,IBD组为29.17%、43.75%、27.08%,两组比较无显著性差异(P＞0.05);两组的等位基因频率间也无显著性差异(P＞0.05).IL-1β-31C/T与-511T/C间存在强连锁不平衡(D'=0.915,r=0.735).IL-1β-31C/-511T单倍体型发生IBD的风险增加(OR=1.216,95% CI 0.763 ～ 1.937).结论 IL-1β-31、-511均以杂合子C/T、T/C基因型所占的百分比高,提示基因多态性可能与种族有关.IL-1β-31C/T与-511T/C之间存在强连锁不平衡,-31C/-511T单倍体型发生IBD的风险增加.
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贵州省遵义地区人体结膜吸吮线虫线粒体DNA分析
目的 通过线粒体DNA测序及亲缘关系分析初步确定贵州省遵义地区结膜吸吮线虫的来源.方法 采集2016年贵州省遵义地区7例人体结膜吸吮线虫病例患者中取出的虫体,提取DNA,PCR扩增结膜吸吮线虫线粒体DNA COX1序列,与已发表的结膜吸吮线虫线粒体DNA COX1序列进行比对和系统进化分析.结果 自结膜吸吮线虫患者所得虫体扩增的COX1基因存在差异,人体感染的虫株之间存在较低的遗传变异.结论 遵义地区是新的结膜吸吮线虫病流行区,其结膜吸吮线虫流行株包含了亚洲及欧洲两种来源,至少有4种单倍体型.
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广西地区壮族和汉族血小板捐献者HLA基因多态性的初步分析
目的:建立广西地区壮族和汉族血小板供者人类白细胞抗原(HLA)基因分型资料库,分析其HLA-A、B基因频率及单体型频率的分布,解决临床患者的血小板输注无效(PTR).方法:采用聚合酶链反应-序列特异寡核苷酸探针杂交技术(PCR-SSOP)对广西地区172名壮族和403名汉族的单采血小板捐献者进行HLA-A、B基因分型.结果:广西地区壮族血小板捐献者HLA-A和HLA-B位点的基因频率都符合Hardy-Weinberg遗传平衡(P>0.05),共检出11种HLA-A等位基因、24种HLA-B等位基因和58种单倍体型;广西地区汉族血小板捐献者HLA-A和HLA-B位点的基因频率都不符合Hardy-Weinberg遗传平衡(P<0.05),共检出14种HLA-A等位基因、30种HLA-B等位基因和100种单倍体型.结论:广西地区壮族和汉族血小板供者HLA基因特点比较接近中国南方人群,但也有广西地区特点,该结果可以为PTR患者迅速寻找到HLA相合血小板提供帮助.
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APOA5及FADS1基因多态性以及单倍体型与血脂水平的关系
目的 分析载脂蛋白5(APOA5)基因的rs662799和rs964184位点,脂肪酸去饱和酶1(FADS1)基因的rs174547和rs174537位点在中国汉族人群中的分布频率及其对血脂水平和血脂异常发病风险的影响,并分析该4个位点构成的单倍体型与血脂异常发病风险相关性.方法 收集汉族人群标本1 275人.采用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术(MALDI-TOF-MS)检测该4个位点基因型.采用单因素方差分析比较各位点不同基因型血脂指标差异,二分类Logistic回归比较各型血脂异常发病风险的大小.采用基于R软件运行的Haplo.stats 1.4.3.软件分析APOA5和FADS1基因单倍体型及其对血脂异常发病的相对危险度.结果 rs662799的AG和GG基因型与AA基因型相比,rs964184的CG和GG相对于CC基因型的HDL-C水平明显降低.rs174547 CC基因型相对于TC和TT基因型的HDL-C水平均明显降低,且rs174547 CC基因型与低HDL-C血症的发生存在统计关联.rs662799 GG基因型及rs964184 GG基因型与高TG血症、混合型高脂血症和低HDL-C血症发生存在统计关联;rs662799 AG基因型明显增加高TG血症的发生.与rs174547-rs174537-rs662799-rs964184位点TGAC单倍体型相比,TGGG单倍体型与高TG血症发生存在统计关联(OR=1.770,95％CI:1.033 ～3.035),CTGG单倍体型与混合型高脂血症(OR =2.239,95％CI:1.055～4.752)和低HDL血症(OR=1.823,95％ CI:1.058～3.142)发生存在统计关联,CGAC单倍体型与低HDL血症发生存在统计关联(OR=1.702,95％ CI:1.125～2.573).结论 FADS1基因的rs174547与APOA5基因的rs662799和rs964184以及这两个基因多态性的单倍体型对中国汉族人群血脂水平均有显著影响.
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LMP2/LMP7基因单倍型与肠道结核感染易感的相关性研究
目的 探讨中国汉族人群中抗原递呈基因LMP2/LMP7单倍体型与肠道结核感染的遗传易感性关联.方法 提取189例肠道结核感染患者及221例健康志愿者外周全血基因组DNA,采用PCR-RFLP的方法检测两组人群中LMP2-60/LMP7-145位于基因编码区的两个多态性位点基因型；利用PHASE1.0软件构建两个多态性位点的个体单倍体型,以非条件Logistic回归校正混杂因素,并进行单倍体型与肠道结核感染易感风险关联的统计学分析.结果 LMP2-60/LMP7-145多态性在中国人群中均存在,LMP2/LMP7多态性位点各自的等位基因频率分布符合Hardy-Weinberg平衡定律；肠道结核感染患者与健康对照人群中LMP2/LMP7两个多态性位点的基因型频率没有统计学差异(P＞0.05)；经校正混杂因素后,Logistic回归分析结果显示两个位点所构建的单倍体型LMP2(Cys)-LMP7 (Lys)在两组间具有统计学差异(P=0.001、OR=4.02、95％ CI 2.48 ～ 9.62).结论 在中国汉族人群中,LMP2/LMP7基因编码区两个多态位点的单倍体型与肠道结核的感染有着较强的遗传易感关联.
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山西骨髓分库4000例造血干细胞捐献志愿者HLA-A、B、DRB1基因多态性和单倍型研究
目的 分析中国造血干细胞捐献者资料库山西省分库(以下简称山西分库)人群中HLA-A、B、DRB1基因多态性和单倍型的分布特征.方法 采用PCR-SSO和SBT基因分型技术对山西分库4 000例无关志愿者做HLA-A、B、DRB1高分辨基因分型,以直接计数法计算等位基因频率,采用大数学预期值算法、应用Arlequin 3.01软件分析单倍型频率.结果 山西分库志愿者HLA抗原频率分布符合Hardy-Weinberg平衡,共检出HLA-A位点等位基因48个,B位点等位基因97个,DRB1位点等位基因52个;A位点频率高的是A*02∶01(17.8％),B位点频率高的是B*51∶01(8.3％),DRB1位点频率高的是DRB1*15∶01(12.6％);频率高的HLA-A、B、DRB1单倍型是A*30∶01-B* 13∶02-DRB1* 07∶01(3.1％).结论 分析山西分库志愿者人群HLA基因频率分布,有助于指导临床寻找HLA匹配的无关供者,为HLA与疾病相关研究和中国人群群体遗传学研究等提供了有意义的基础性资料.
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PRDM16基因rs2651899、rs2236518、rs2282198位点多态性与超重肥胖的关系
目的:研究PRDM16基因多态性及其单倍体型与超重肥胖发生风险的关系.方法:采用snapshot或连接酶检测技术检测275例超重肥胖者与253例正常体重者PRDM16基因rs2651899、rss2236518、rs2282198位点的基因型.利用SHEsis在线软件构建单倍体型,分析其与超重肥胖的关系.结果:PRDM16基因rs2651899位点等位基因A在超重肥胖组和正常体重组的分布差异有统计学意义[OR(95％ CI)=1.306(1.021 ～1.670),P=0.033].单倍体型AAT、GAC、GCT在超重肥胖组和正常体重组的分布差异有统计学意义[AAT:OR(95％ CI)=1.554(1.118～2.162),P=0.008;GAC:OR(95％ CI)=0.623(0.394～ 0.984),P=0.041;GCT:OR(95％ CI)=0.682(0.481～0.967),P=0.031].结论:PRDM16基因rs2651899位点的等位基因A以及单倍体型AAT可能是超重肥胖发生的危险因素,单倍体型GAC、GCT可能是超重肥胖发生的保护因素.
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汉族人群NOS2 C-1173T、G-954C单核苷酸多态性及其等位基因频率与组合分布特征研究
目的:分析中国汉族人群诱导型一氧化氮合酶(NOS2)基因启动子区C-1173T、G-954C单核苷酸多态性及其等位基因频率与组合分布特征.方法:获取选择自然人群个体565人(男314例,女251例)血白细胞基因组DNA,利用嵌套式等位基因特异性引物PCR技术检测NOS2 C-1173T、NOS2 G-954C SNP.结果:NOS2 C-1173T SNP基因型分布CC、CT、TT分别为66.73%、26.37%、6.90%,C、T等位基因频率分别为79.88%、20.12%.NOS2 G-954C SNP基因型分布GG、GC、CC分别为61.77%、37.88%、0.35%,G、C等位基因频率分别为80.71%、19.29%.研究发现了NOS2基因在2位点的SNP前5种组合基因型分布:NOS2 C-1173C+G-954G 233例(41.24%),NOS2 C-1173C+G-954C 143例(25.31%),NOS2 C-1173T+G-954G 89例(15.75%),NOS2 C-1173T+G-954C 59例(10.44%),NOS2 T-1173T+G-954G 27例(4.78%).结论:本研究揭示了中国汉族人群NOS2基因的2位点的SNP基因型及其组合分布特征,为研究该基因SNP与其生理功能和疾病的关系提供实验基础.
