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房间隔缺损患者外周血细胞因子基因表达的研究
目的 利用基因芯片技术,比较房间隔缺损(ASD)患者和健康人外周血单个核细胞的细胞因子基因表达的差异,从整体上认识房间隔缺损患者的细胞因子表达状况.方法 通过检测57例ASD外周血常规,并从中选择4例血小板平均体积不同数值的房间隔缺损的患者和5例健康人,应用Trizol法分别提取他们的外周血总RNA,逆转录合成cDNA,用Cy5、Cy3分别标记患者、健康人的cDNA,混合后在细胞因子基因谱芯片上杂交,经对原始数据的标准化和SAM芯片数据软件的应用,获得表达有显著性差异的细胞因子基因.结果 在57例ASD患者中,47例血小板平均体积低于正常值,占82.46%,4例血小板平均体积不同数值的患者均表现为细胞因子基因表达下调,并都显示组织相容性复合物Ⅰ (MHCⅠ)、?胸腺素-4和祖血小板碱性蛋白3种基因表达下调,我们对各自基因的作用进行分析,了解可能的分子机制.结论 分析房间隔缺损外周血细胞因子的基因表达图谱,?胸腺素-4可能在心房发育中起重要作用;祖血小板碱性蛋白基因表达的下调与血小板平均体积相关,可能对患者的免疫状态起一定的作用.
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人退变椎间盘组织细胞凋亡相关基因表达的初步研究
目的探讨细胞凋亡与腰椎间盘退变的发生机制.方法一步法抽提6例退变及6例正常椎间盘组织的总RNA,分别用cy3,cy5荧光标记,获得两组椎间盘cDNA的探针,与cDNA表达谱芯片杂交,扫描芯片荧光信号图像,对所获得的凋亡相关基因进行生物信息学分析.采用原位末端标记法(TUNEL)和免疫组化方法,检测12例人退变椎间盘及10例正常椎间盘组织的细胞凋亡状态及凋亡相关基因Bcl-2、Bax蛋白的表达.结果在4096条基因中,与细胞凋亡相关类蛋白为10条,其中Bax蛋白相关基因表达增高,Bcl-2蛋白相关基因表达降低.正常组TUNEL检测凋亡指数(AI)为(24.897±3.620),Bcl-2阳性细胞百分率为(31.440±4.150)%,Bax阳性细胞百分率为(29.372±2.588)%,阳性颗粒平均光密度值分别为(0.183±0.010)、(0.203±0.012)和(0.169±0.005);退变组AI为(49.232±3.440), Bcl-2阳性细胞百分率为(18.239±2.470)%,Bax阳性细胞百分率为(52.349±3.764)%,阳性颗粒平均光密度值分别为(0.152±0.003)、(0.310±0.008)和(0.262±0.014),两组间的AI均值、Bcl-2、Bax蛋白表达均有显著性差异( P《0.05).结论细胞凋亡在椎间盘退变的进程中发挥重要作用,凋亡相关基因Bcl-2和Bax参与了髓核细胞凋亡的发生和发展过程.
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低压缺氧对大鼠脑皮质基因表达谱及其TAC1和MT1A变化的影响
目的:研究低压缺氧对大鼠脑皮质基因表达谱及其TAC1和MT1A变化的影响.方法:将24只Wistar大鼠随机分为对照组、3000m缺氧组和7000m缺氧组,每组8只.采用低压缺氧舱建立急性高原缺氧模型,应用基因芯片检测缺氧24h大鼠脑皮质差异表达基因,应用qRT-PCR定量检测TAC1和MT1A基因表达水平.结果:3000m缺氧组共有已知差异表达基因215个,其中29个上调,186个下调.上调基因主要有TAC1、Rgs9、Serpinb6a、Adora2a、Penk1,下调基因主要有Siah1a、Acvr1、Btbd1、Cir、Abi1,差异表达明显的基因是TAC1.7000m缺氧组共有已知差异表达基因205个,其中21个上调,184个下调.上调基因主要有MT1A、Cml3、Wfdc1、Tfpi、Vwf,下调基因主要有Zfp238、Atad1、Leprotl1、Tpm4、Fxr1,差异表达明显的基因是MT1A.两组差异表达基因中共表达基因有120个,其中7个上调,113个下调.上调基因主要有TAC1、Serpinb6a、Ephx1、Cml3、Olr606,下调基因主要有Acvr1、Btbd1、Leprotl1、Unc119、Canx.qRT-PCR实验证实低压缺氧脑皮质TAC1和MT1A上调.结论:低压缺氧程度不同,脑皮质基因表达谱亦不同.TAC1对缺氧较为敏感,轻、重度高原缺氧表达均上调；MT1A对缺氧反应较为迟钝,轻度缺氧下MT1A基因表达水平不变甚至下降,而重度缺氧时MT1A基因显著上调.
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基于ART2神经网络的基因表达数据分析
随着分子生物技术研究的进展,大量新基因的发现导致传统对基因表达数据分析的技术与手段已经不能满足现实的需要,如何选择有效的工具对基因表达数据进行正确有效地分析,并使分析的结果符合数据所反映的生物特性与规律,是基因表达数据分析领域所面临的一个重要问题.
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缺氧/复氧后鼠脑星形胶质细胞基因表达谱的初步分析
目的该实验利用基因芯片技术研究缺氧/复氧处理后鼠脑星形胶质细胞基因表达谱的变化,以深入认识星形胶质细胞在缺氧/复氧处理后基因表达变化规律,为进一步全面认识神经胶质细胞在缺氧和缺血再灌注等情况下基因变化规律以及神经胶质细胞与神经元在损伤条件下相互依存关系提供实验依据和理论基础.方法取人鼠脑星形胶质细胞作传代培养,传至第四代分组作缺氧/复氧处理;用TRIzol试剂经过多个步骤提取制备好的星形胶质细胞样本总RNA;利用基因芯片技术获取缺氧/复氧处理后鼠脑星形胶质细胞的基因表达谱;利用Gene Ontology Consortium分析系统、OeneCards数据库和Pubmed检索系统对基因表达谱进行初步分析.结果①基因表达谱:在基因芯片测定了4 096个点,共有差异表达基因187个,其中,差异表达基因187个,己知差异表达基因46个,未知差异表达基因141个(EST片段).②已知差异表达基因:在46个已知差异表达基因中,表达下调的基因有41个,表达上调的基因有5个,未见报道的与缺氧/复氧处理相关基因23个,已报道的有18个.③已知差异表达基因功能聚类:共10类,其中代谢23个、信号传导9个、细胞生长3个、结构蛋白2个、免疫应答4个、运输1个、细胞周期1个、细胞增殖1个、凋亡1个、分子伴.侣1个.结论该实验获得鼠脑星形胶质细胞缺氧/复氧处理后的基因表达谱.首次发现28个与缺氧/复氧相关的未见报道基因.初步明确已知差异表达基因在缺氧/复氧处理后的基本变化规律.
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基因表达谱监测心脏移植排斥反应
IntroductionDespite improved immunosuppression, rejection still accounts for significant morbidity and mortality after heart transplantation[1].Any method that improves early detection and hence treatment of rejection is likely to lead to improved long-term survival.Serial surveillance endomyocardial biopsies (EMB) following cardiac transplantation have become an integral component of post-transplant management.However, EMB is invasive, expensive, variable[2] and causes low but definitemorbidity[3].
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G蛋白偶联受体34转录变异体在结肠癌中的表达及其潜在意义
目的明确G蛋白偶联受体34（G-protein coupled receptor 34，GPR34）转录变异体在结肠正常以及癌细胞和组织中的表达模式，探讨其在结肠癌中的潜在作用。方法（1）通过检索NCBI有关GPR34的基因信息和设计特异性引物，利用PCR技术确定结肠中表达的GPR34转录变异体；（2）通过染料法Real-time PCR明确GPR34各转录变异体在结肠正常和肿瘤细胞以及临床组织标本中的定量表达谱；（3）分析GPR34转录变异体表达与结肠癌临床病理特征的相关性。结果（1）结合GPR34基因相关信息分析，通过PCR技术确定了在结肠正常细胞中仅表达序列号为AF039686.1和AK122945.1的转录变异体；（2）与正常的结肠细胞相比，本研究所使用的所有结肠癌细胞中总的GPR34转录变异体和AK122945.1均表达上调；对30例结肠癌临床组织标本的分析表明，结肠癌组织中GPR34总的转录变异体表达上调的有18例，转录变体AK122945.1表达上调的有19例；（3）Fisher精确检验和Spearman相关性统计分析结果显示，GPR34总转录变异体和AK122945.1的表达上调与结肠癌的临床分期呈显著正相关性（ P＜0.05），而与性别、年龄、病理分级和浸润程度无相关性（ P＞0.05）。此外，二者表达上调的患者虽然淋巴结转移的发生趋于增多，但是统计学无差异（ P＞0.05）。结论 GPR34总转录变异体和AK122945.1表达上调涉及结肠癌的发生和发展，其中后者是GPR34总转录变异体表达上调的主要原因，推测其可能具有潜在的促癌作用。
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FIZZ1/RELMα对大鼠主动脉内皮细胞血管新生的影响及其机制探讨
目的 探讨FIZZ1/RELMα对大鼠动脉内皮细胞(SVARECs)的血管新生能力的影响及其机制.方法 用贴壁法培养大鼠主动脉内皮细胞,采用Matrigel小管形成实验来评价不同浓度(10-8、2×10-8 mol/L)的FIZZ1对大鼠主动脉内皮细胞血管新生的作用;采用全基因表达谱检测FIZZ1对主动脉内皮细胞信号通路活性的影响,筛选出显著性差异表达的基因.结果 用1×10-8 mol/L、2×10-8 mol/L的FIZZ1刺激大鼠主动脉内皮细胞后,发现处理组SVARECs的体外血管新生数目均明显高于正常对照组,且呈剂量依赖[分别为(26.5±4.33)个/HP和(34.7±5.24)个/HP vs.(19.2±3.65)个/HP,P均<0.01].用FIZZ1刺激大鼠主动脉内皮细胞后,全基因表达谱检测提示有937条显著性差异表达基因,其中上调基因440条;下调基因497条.结论 FIZZ1可促进大鼠主动脉内皮细胞血管新生,其机制信号通路Gng8、Atg9a、Gdf6等基因显著性表达有着密不可分的关系.
关键词： 主动脉 内皮细胞 基因表达谱 FIZZ1/RELMα 血管新生 -
VE-statin/Egfl7基因沉默对恶性胶质瘤细胞U251基因表达谱的影响
目的 探讨VE-statin/Egfl7基因在恶性胶质瘤中表达的分子调控机制.方法 用小RNA干扰技术沉默VE-statin/Egfl7基因在人恶性胶质瘤U251细胞中的表达,然后用基因表达谱芯片研究VE-statin/Egfl7基因沉默前后该细胞基因表达谱的变化,进行生物信息学分析.并选取两条差异表达基因用实时荧光定量PCR进行验证.结果 通过RNA干扰技术明显抑制了VE-statin/Egfl7基因在U251细胞中的表达.基因表达芯片检测结果发现与对照组相比,实验组下调基因有141条,包括未知功能基因7条,已知功能基因134条;上调的基因有130条,包括未知功能基因3条,已知功能基因127条.通过生物信息学分析发现这些基因主要与细胞增殖分化、凋亡及细胞外基质黏附等生物学功能密切相关,涉及的主要信号通路包括表皮生长因子受体ERBB家族信号、细胞存活信号及整合素αvβ3信号.结论 VE-statin/Egfl7在恶性胶质瘤中的分子调控机制可能通过PBK/Akt和Ras/MAPK两条信号转导通路实现,为进一步研究VE-statin/Egfl7的功能和分子机制提供了新的线索.
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基因表达谱分析平台的建立及在癫痫中的应用
癫痫是一种多基因遗传的复杂性疾病,癫痫的表型特征涉及多个基因序列和表达的改变以及多种因素对基因的修饰和调控作用.随着后基因组学(功能基因组)时代的来临,分子生物技术得到革新,基因表达谱分析技术迅猛发展,该技术逐步实现微电子学、生物学、物理学、化学、计算机科学等多学科交叉,为深入研究癫痫复杂的基因系统及基因调控网络提供了很好的方法及手段,对癫痫的基础研究具有重大的价值.
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基于Oncomine和GEPIA数据库分析NFE2L3基因在结直肠癌中的表达及其临床意义
目的 通过挖掘Oncomine和GEPIA数据库中的相关数据,分析NFE2L3基因在结直肠癌中的表达及临床意义.方法 检索Oncomine和GEPIA数据库中有关结直肠癌的数据并结合文献资料进行二次综合分析.癌与正常组织之间基因表达差异采用t检验,采用单因素方差分析比较不同临床分期之间基因表达的差异,采用Pearson相关分析进行相关性研究,采用Kaplan-Meier方法进行生存分析.结果 Oncomine数据库中共收集了334项关于NFE2L3基因在不同类型癌与正常组织中表达的比较的研究结果,表达差异有统计学意义的研究结果有55个.其中共有21项研究涉及NFE2L3基因在结直肠癌组织和正常结直肠组织中的表达,共包括1000个样本.与对照组相比结直肠癌组织中NFE2L3 mRNA表达显著高于结直肠正常组织(P<0.05).GEPIA数据库中分析发现NFE2L3基因的表达与错配修复基因MLH1、MSH2、MSH6和PMS2的表达均呈显著相关性(P<0.05);NFE2L3基因与结直肠癌的临床分期与预后生存(总生存率和无病生存率)均不具有相关性(P>0.05).结论NFE2L3 mRNA在结直肠癌组织中呈高表达,并与影响结肠癌发生的错配修复基因的表达关系密切.
关键词： 人核因子红细胞2相关因子3 结直肠癌 Oncomine 基因表达谱 交互分析 -
甲状腺结节组织和血浆miRNAs的差异表达及相关性分析
目的：研究甲状腺结节组织、血浆中miRNA表达谱的差异变化，分析甲状腺结节组织、血浆中miRNA表达的相关性，探讨血浆miRNA作为甲状腺结节标志物的潜在价值。方法病例对照研究。选择2015年5至7月在北京中医药大学东直门医院进行甲状腺结节手术女性患者5例；同期来院体检的女性，B超诊断为甲状腺结节的患者16例，无甲状腺结节的正常健康女性15名。采用miRNA芯片技术，对正常甲状腺组织（ n＝5）及甲状腺结节组织（ n＝5）中miRNA的表达谱进行比较，筛选甲状腺结节组织中差异性表达的miRNA。利用qRT－PCR的方法，在甲状腺结节患者（ n＝16）及无结节的健康人（ n＝15）的血浆中验证差异表达的miRNA。两组均数比较采用t检验；相关分析采用Pearson相关分析法。结果与正常甲状腺组织相比，在甲状腺结节组织中有57个miRNAs发生了差异性表达（ t＝3．637，3．821，4．907，3．383，－5．516，4．332，－4．993，3．980，5．208，－2．981，2．840，4．945，4．945，－2．927，－3．561，－4．665，3．161，3．363，4．846，3．834，2．826，－3．868，3．816，2．802，5．511，3．772，－4．424，3．420，3．199，4．320，4．053，4．997，－3．292，5．304，－3．281，－3．262，－4．128，－2．963，4．228，2．949，4．436，2．796，3．199，－4．636，4．091，3．633，3．481，－5．344，4．753，－3．766，－5．340，4．888，－4．631，5．511，2．921，－3．042，－4．935， P＜0．05），34个miRNA表达上调，23个miRNA表达下调。其中表达上调＞1．5倍的有：miR－30d， miR－141， miR－196a， miR－181b， miR－126－5p， miR－494， miR－29b， miR－155， miR－106a*， miR－181a，miR－20a，miR －10a和miR－106a－5p；表达下调＜0．6倍的 miRNA有2个： miR－199a－5p和miR－31。甲状腺结节患者血浆中具有同样差异表达的miRNA有miR－181b，miR－494及miR－106a*。经Pearson相关性分析，miR－181b， miR－494及miR－106a*在组织及血浆中的表达有相关性，r值分别为0．713、0．878和0．751，且差异有统计学意义（ P＜0．05）。结论甲状腺结节组织与正常甲状腺组织的miRNA的表达谱具有明显差异；miR－181b、miR－494及 miR－106a*在甲状腺结节患者血浆中miRNA变化与甲状腺结节组织miRNA变化具有高度一致性，提示这3个miRNA可能具有作为甲状腺结节早期诊断标志物的潜在价值。（中华检验医学杂志，2016，39：837－842）
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微小RNA在肺癌诊断和靶向治疗及预后判断中的作用
肺癌是常见恶性肿瘤之一,其为全球癌症死亡的首位[1].近年来,分子靶向治疗广泛应用于非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)治疗中,并显示出良好前景.分子靶向治疗以利用cDNA生物芯片技术,从基因表达谱中寻找个体对药物敏感或耐药决定因子,从而达到特异高效地杀伤肿瘤细胞,减少正常组织损伤的目的[2].随着对肿瘤发生机制研究的深入,研究人员发现,通过检测基因表达谱和微小RNA( microRNA,miRNA)表达谱的差异,可在分子水平上对肿瘤进行精确的分类和分级.而且miRNA表达谱作为分子标志用于指导肺癌等肿瘤的诊断和治疗也同样显示了重要的临床应用前景.
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肿瘤个体化诊疗时代的检验医学发展与应对策略
个体化诊疗医学是近年卫生保健领域发展广泛、快速的学科,涵盖遗传学、临床医学、检验医学、病理学、人类基因组学、药物基因组学和环境因素等各个领域.随着人类基因组计划、单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)计划和国际人类基因组单体型图(Haplotype Map,HapMap)计划的完成,科学家已基本了解了人类基因组的基因图谱、一级序列、SNPs与其单倍型谱,以及基因表达谱和组学图谱,所有这些图谱都具有明显的个体遗传特征,其中一些则与疾病特定临床表型紧密相连,这为重大慢性疾病的分子分型和个体化诊疗提供了科学基础,也为科研成果快速向临床应用转换提供了可能[1].而以药物基因组学为基础的检测手段将使真正意义的个体化治疗得以实现和推广,由患者主动参与( Participatory)、早期预警(Predictive)、预防(Preventive)和个体化(Personalized)为特征的P4医学时代,即个体化医学时代即将来临[2-3].
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如何利用geNorm软件筛选基因表达测定的内参基因?
答:随着实时荧光定量PCR成为检测基因表达谱的高通量、高精度的方法,基因表达分析在生物学研究中得到广泛应用.采用稳定的内参基因对反应进行标准化可以增加该方法的敏感度、重复性和动态范围,理想的内参基因在所研究的组织、细胞和实验条件下均恒定表达.管家基因是维持细胞低限度功能不可少的基因,在所有类型细胞中都表达,是广泛应用的内参基因.但是,很多研究表明管家基因在不同组织、细胞以及不同条件下表达量并非永远恒定,甚至差别很大,至今尚未发现在所有条件下均恒定表达的管家基因.因此,对特定基因表达研究中候选管家基因的表达稳定性进行评价,筛选出为稳定的管家基因作为内参基因,对保证研究结果的真实、可靠至关重要.
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白藜芦醇对肿瘤坏死因子α诱导内皮细胞白细胞介素6及基因表达谱的影响
目的 观察白藜芦醇对肿瘤坏死因子α(TNF-α)诱导的人脐静脉内皮细胞(HUVEC)炎症因子的影响,并借助基因芯片技术及富集方法分析基因差异性表达情况,探讨白藜芦醇保护内皮功能的可能分子机制.方法 应用体外HUVEC原代培养细胞,分别用10 μg/L的TNF-α及加入不同浓度白藜芦醇刺激HUVEC后,用酶联免疫吸附试验(ELISA)法检测细胞上清液的炎症因子白细胞介素6(IL-6)和趋化因子单核细胞趋化蛋白1(MCP-1)的水平,改良Boyden室模型评估单核细胞迁移.采用全基因组表达谱芯片筛选白藜芦醇干预HUVEC后的差异表达基因,同时用富集分析方法进行基因本体(GO)、京都基因和基因组学百科全书(KEGG)通路分析可能的分子功能.结果 未加任何药物处理的HUVEC产生的IL-6浓度为(165.1±151.4) ng/L,MCP-1浓度为(65.44±12.14)ng/L;10 μg/L的TNF-α刺激HUVEC后IL-6浓度为(346.8±86.0) ng/L,MCP-1浓度为(98.82±26.83) ng/L;10 μmol/L白藜芦醇干预细胞后IL-6浓度为(183.8±146.7)ng/L,MCP-1浓度为(62.57±19.51)ng/L;20 μmol/L白藜芦醇干预后IL-6浓度为(117.0±83.1)ng/L,MCP-1浓度为(55.73±23.34) ng/L;提示白藜芦醇呈浓度依赖性抑制TNF-α刺激HUVEC后的IL-6和MCP-1的水平(P＜0.05),同时白藜芦醇可明显减少单核细胞向内皮细胞的迁移(10 μmol/L白藜芦醇降低了30％,20 μmol/L白藜芦醇降低了80％,P＜0.01).与单用TNF-α刺激HUVEC相比,白藜芦醇预处理后有1604个基因表达上调,2157个基因下调.GO功能分析提示差异表达基因主要富集在化学物质应激反应、细胞外基质组织、结构组织、心血管系统发育、炎症反应等生物学过程.KEGG通路分析显示磷脂酰肌醇3激酶(PI3K)/蛋白激酶B(Akt),血小板活化信号通路受到影响.结论 白藜芦醇可抑制内皮细胞的炎症反应,可能通过多条信号机制影响炎症因子和保护心血管系统.
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原发性高血压合并心力衰竭患者血浆microRNA表达谱的改变
目的 应用微小RNA(miRNA)基因表达谱芯片技术筛查miRNA在原发性高血压(EH)合并心力衰竭患者血浆中的差异表达,旨在进一步探索EH合并心力衰竭发生发展的分子机制.方法 收集50例来自医院心血管内科住院部的EH合并心力衰竭急性发作期患者作为实验组.随机选取50例EH不合并心力衰竭患者做为对照组.测定受试者血脂、血压、体质量指数(BMI)、氨基末端脑钠尿肽前体(NT-proBNP)水平,评估临床症状和超声心动图心功能情况,常规抽提总RNA,应用CapitalBio公司miRNA芯片检测miRNA表达谱,并对差异表达的miRNA进行实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)验证,观察相应差异表达的miRNA与NT-proBNP的相关性.结果 与对照组比较,实验组血脂、血压、BMI差异无统计学意义(均P＞0.05).实验组患者血浆miRNA表达谱中明显差异表达的miRNA共有19个,其中有12个miRNA上调(miR-142-3p、miR-196、miR-28、miR-208等),7个miRNA下调(miR-542、miR-199a、miR-21、miR-195等),与qRT-PCR结果基本相符.miR-142-3p、miR-196与NT-proBNP呈明显正相关.与对照组比较,心功能Ⅱ级患者血浆miR-142-3p和miR-196表达水平分别升高(4.44±0.21)倍和(3.78±0.20)倍(均P＜0.05),在心功能Ⅲ级患者分别升高(10.09±0.19)倍和(9.88±0.25)倍(均P＜0.05),在心功能Ⅳ级患者分别升高(15.34±0.18)倍和(13.83±0.22)倍(均P＜0.05);miR-542、miR-199a与NT-proBNP 呈明显负相关.与对照组比较,心功能Ⅱ级患者血浆miR-542和miR-199a表达水平分别降低(91±11)％和(85±10)％(均P＜0.05),在心功能Ⅲ级患者分别降低(55±9)％和(51±15)％(均P＜0.05),在心功能Ⅳ级患者分别降低(24±8)％和(22±7)％(均P＜0.05).结论 EH合并心力衰竭患者血浆中miRNA的表达有明显改变,并随着心力衰竭严重程度的增加而相应改变,与NT-proBNP明显相关,提示部分血浆miRNA可作为预测EH合并心力衰竭患者疾病进展的新型生物学标志物.
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肝癌发生过程中的差异基因表达
目的:应用寡核苷酸芯片研究正常肝脏、慢性乙型肝炎、肝硬化及肝癌的基因表达谱,筛选肝癌相关基因.方法:分别对正常肝组织及肝炎、肝硬化和肝癌组织进行总RNA抽提并纯化,反转录得到cDNA,生物素标记cRNA探针,分别与含有19378个已知基因的寡核苷酸芯片进行杂交,Gene Scanner 3000激光系统扫描,GenePix Pro3.0分析软件读取处理杂交信号.结果:在慢性乙型肝炎、肝硬化及肝癌组织中,筛选出共同差异表达基因81个,其中持续上调表达基因53个,持续下调表达基因数28个.结论:寡核苷酸基因表达谱芯片能够快速筛选出肝癌相关基因,有多种基因共同参与肝癌发生的整个过程.
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胃癌弱差异基因表达谱建立的生物学意义
目的:明确用基因表达水平的贝叶斯分析(Bayesian analysis of gene expression levels,BAGEL)所建立的胃癌弱差异基因表达谱(fold change＜1.5)的特异性及生物学意义.方法:Cluster3.0聚类分析基因DNA甲基转移酶3A[DNA(cytosine-5-)-methyltransferase 3 alpha,DNMT3A]、发育分化增强因子2(development and differentiation-enhancing factor 2,DDEF2)、分化群59(cluster of differentiation 59,CD59)的表达；机器学习和模式识别技术对弱差异基因表达谱(fold change＜1.5,P＜0.001)进行特征提取;GoMiner 软件分析弱差异表达基因DNM T3A、DDEF2、CD59的生物学功能;RT-PCR在实验室验证弱差异表达基因DNMT3A、DDEF2、CD59在胃癌及癌旁配对组织中mRNA的表达水平.结果:从弱差异基因表达谱中得到能够识别样本类别的62个分类特征基因和4个分类能力较强的基因；GoMiner分析表明这组基因参与细胞黏附、细胞吞噬、免疫调节、基因甲基化、转录调控等重要生物学作用;RT-PCR确定基因表达变化与芯片中基因表达谱的数据一致,证实了弱差异基因表达谱的可靠性和灵敏性.结论:通过BAGEL分析得到的fold change＜1.5的弱差异基因表达谱灵敏可靠,在肿瘤发生发展中关系密切.
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应用基因芯片技术筛选肝硬化相关基因
目的:探讨基因表达谱芯片技术在筛查肝硬化相关基因群表达中的作用.方法:按TRIzol法抽提肝硬化及正常肝脏组织总RNA,分离纯化两种组织的mRNA.经逆转录合成掺入生物素标记的cDNA合成探针,与基因芯片(涵盖18 400个转录本,代表14 500个明晰的基因)杂交,扫描芯片荧光信号图像,计算机分析,比较二种组织基因表达谱差异.结果:2例肝硬化组织与正常肝脏组织相比,有1424条基因(9.82%)共同表达差异,其中共同上调基因980条和共同下调基因444条.对1424条共同差异表达基因作了初步功能分类,这些基因与肝硬化的发病机制存在相关性.结论:基因表达谱芯片技术可以筛选出肝硬化表达异常的相关基因群,对其进一步研究有助于认识肝硬化的发病机制.
