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视黄酸致小鼠腭裂分子机制的研究
目的 探讨化学物致小鼠腭裂的分子机制.方法以视黄酸(RA)为受试物,采用抑制消减杂交技术(SSH)从全基因组水平上对RA致腭裂相关差异表达基因进行筛选.结果得到RA逆向差异表达片断14个,正向差异表达片断9个.经测序和GeneBank比对后得到已知基因7条,余者为未知功能基因或未知基因.结论 Gpc3和胰岛素诱导蛋白1可能通过调节腭发生过程中某些基因干扰间充质细胞正常增殖;Ptprs的表达抑制影响了某种腭突发生中细胞信号转导通路;腱生蛋白的抑制表达可能使细胞粘连力的去除失败或者由于基质中MMPs的表达降低而使腭中缝消除受阻.还可能影响细胞对营养物质的摄取而引起Rps25的上调诱发过度的细胞凋亡而在腭裂发生中发挥作用.
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采用人基因表达谱芯片筛选肺癌转移相关基因的初步研究
目的 应用基因芯片技术分析人高、低转移肺巨细胞癌细胞株的基因差异表达谱,筛选与肺癌转移相关基因.方法 提取人高转移肺巨细胞株95D和人低转移肺巨细胞株95C的mRNA,通过逆转录,制备分别用cy5-dUTP和cy3-dUTP进行标记的cDNA探针,并与芯片杂交.经过Scan Array 3000扫描仪扫描,获取图象及对杂交信号进行数据分析,筛选出95D和95C细胞表达差异的基因谱,并对其中部分基因进行RT-PCR分析、验证.结果 在所检测95C和95D细胞中,466条基因有表达差异,其中具有同一Genebank量的有108对,上调基因47对,下调基因61对.对其中KIAA1108、PGR1、JWA、S182、Jab1部分差异表达基因,经RT-PCR技术验证,结果与基因芯片基本符合.结论 肺癌转移过程与多种基因作用有关,基因芯片技术可为肺癌转移相关基因的筛选,提供有效方法.
关键词： 肺肿瘤 基因筛选 肿瘤转移 逆转录-聚合酶链反应 -
血管外科专家--王深明教授
王深明教授从事临床诊疗、教学和研究工作近30年，对血管外科的诊治积累了丰富的经验，每年完成和指导的手术达500多例。在国内首先主持引进和改进并率先开展股静脉瓣膜外修复成形术治疗下肢深静脉瓣膜功能不全，首先主持开展内镜筋膜下交通静脉结扎术治疗下肢静脉性溃疡，提出下肢静脉反流性疾病的综合性外科治疗概念，并总结和建立下肢静脉反流性疾病的综合性外科治疗体系，在国内外首先开展了深静脉瓣膜功能不全相关基因筛选与克隆研究，在主动脉夹层和夹层动脉瘤的血管腔内治疗方面取得显著成绩，特别是在巨大胸主动脉瘤的血管腔内治疗方面处于国内领先水平和国际先进水平。
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白细胞介素12融合基因联合白细胞介素2对肝癌的基因治疗
我们在肝癌基因治疗目的基因筛选的实验中发现,在大鼠肝癌模型中,IL-12的基因治疗作用为显著[1,2],若同时联合IL-2,有望进一步提高对肝癌的治疗效果.1.材料与方法:大鼠肝癌细胞株CBRH3由中科院细胞所谢弘教授惠赠.以质粒GCp35Ep40PN为模板,PCR分别扩增p35和p40亚基基因.以PCR产物为模板,用p40上游引物和p35下游引物再次进行PCR反应,构建mIL-12融合基因.mIL-12和hIL-2基因分别插入逆转录病毒载体GCXEXPN,命名为GCIL12EXPN和GCXEIL2PN、GCIL12E-IL2PN.按常规方法筛选逆转录病毒载体GCIL12EXPN、GCXEIL2PN、GCIL12E-IL2PN的PA317包装细胞株,测病毒滴度.用CBRH3建立大鼠接种肝癌模型,分为生理盐水、LacZ载体对照组和IL-2、IL-12、IL-12+IL-2治疗组,每组10只大鼠,将包装细胞株脾内注射进行治疗.方差分析结果.
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药用植物内生放线菌多样性及天然活性物质研究进展
药用植物是人类生存和发展的重要资源.内生放线菌广泛存在于药用植物组织中,具有丰富的物种多样性,是植物微生态系统的重要组成部分.一些内生放线菌可产生和宿主植物相同或相似的天然活性物质.因此,利用内生放线菌生产抗菌、抗肿瘤等天然活性物质,不仅为新药的研发提供了新的途径,还能有效保护珍稀、濒危药用植物资源,具有重要的生态学意义和经济价值.总结了近年来药用植物内生放线菌的多样性、天然活性物质生物合成相关基因和天然活性物质多样性等方面的研究进展,以期为药用植物内生放线菌的研究提供参考.
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一种新的哮喘易感基因--ADAM33基因
目前认为哮喘是一种多基因遗传病,在环境因素和基因的共同作用下导致了哮喘的发生.在过去的十几年中,全球范围内进行了11项大规模的全基因筛选工作,发现了哮喘的一些易感基因,如第11号染色体与特应症基因、11q13的IgE高亲和力受体β亚单位基因(FcεR1-β)、14q11.2-13的T细胞受体(TCR)基因、第5号染色体与细胞因子簇、5q31-q32上的β2受体基因等.这些研究由于人种差异、方法学的不同、样本量的差异以及一些假阳性,导致有些结果重复性不高[1].近研究发现了一种新的哮喘易感基因ADAM33基因,本文对ADAM33基因的发现、结构、功能及其与哮喘遗传易感性的关系作一综述.
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试管婴儿孕前基因筛选首次扩至癌症
我国生殖工程创始人之一、中南大学教授、中信湘雅生殖与遗传专科医院院长卢光琇宣布，她所在的研究团队运用新的胚胎植入前遗传学诊断（P G D）技术，对一个家族性致癌基因在后代中的传递进行了排除，随访显示通过该技术诞生的国内首例“无癌宝宝”身体指标一切正常。据悉，这是我国首次将试管婴儿的孕前基因筛选范围扩大至恶性肿瘤领域并取得成功，不仅意味着PGD技术的应用范围被拓宽，打开了癌症相关基因筛检的大门，也标志着我国在遗传性肿瘤基因检测及孕前诊断领域达到世界先进水平。
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基因表达数据的随机森林逐步判别分析方法
目的 给出一种新的随机森林算法,它能在建模过程中自动对变量进行筛选,建立"优"判断模型.方法 采用变量重要性评分和逐步迭代算法选择有作用的变量;通过实际基因表达数据考核其应用效果,并使用R语言编程做模拟试验验证其有效性.结果 三种疾病基因表达数据的判别模型,在包含很少量的基因情况下便获得了理想的分类效果;模拟试验则显示在类间区分度较大的情况下,随机森林逐步判别分析的效果明显,能有效地将有作用的变量保留在模型中,提高模型的判别效果;在类间区分度不够大的情况下分类效果提高不明显.结论 随机森林逐步判别分析可以有效地应用于基因表达数据的基因筛选和分类研究,但要特别注意由随机波动对分析结果造成的影响.
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几种差异基因分析方法及筛选效果的比较
目的 比较六种差异基因筛选方法的使用效果及适用性.方法 用Monte-Carlo方法产生不同类型的模拟数据,分别用不同的方法计算、评价其优劣.结果 多数情况下SAM法和稳健t检验表现出了优的筛选能力,SAM-ROC法则表现出更好的稳定性.结论 几种方法都能够有效地用于基因筛选,但各自的适应条件不同,综合看SAM法是基因筛选的首选方法,随机森林方法则具有较大的研究价值.
关键词： 微阵列数据 基因筛选 Monte-Carlo模拟 -
胃癌患者多种高通量谱表达数据联合分析对相关基因筛选的临床价值
胃癌为临床上一种常见的恶性肿瘤，占据所有的恶性肿瘤中较高的比例，为当前危害人类生命健康的主要疾病之一。现在，在临床上仍然没有明确的胃癌发病机制，很多学者认为，胃癌的产生为多基因参与并且是不断积累的过程，其中涉及到癌基因、生物因子的受体、微卫星的不稳定以及细胞周期的调控等诸多改变［1］。对胃癌发病机制的深入认识有助于提高胃癌的临床诊断率，为疾病的进一步治疗提供重要依据。本文主要以我院2010年1月至2013年12月50例胃癌患者的胃镜活检标本为研究对象，分析了采取多种高通量谱表达数据联合分析并筛选胃癌相关基因的临床应用价值。具体操作如下。
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基因芯片技术与缺血性脑损伤的基础研究
缺血性脑损伤通常导致神经元死亡或功能障碍,从而引发脑功能障碍.细胞死亡或功能障碍往往伴随或源自特定基因表达的变化.因此,确定参与缺血性脑损伤过程及损伤后细胞修复及塑型过程的基因,对损伤机制及基于该损伤机制而采取适当的治疗措施是至关重要的.基因芯片技术是20世纪90年代发展起来的一项前沿生物技术,它从根本上改变了生理学和生物技术的观念和效率[1].其应用高密度的显微阵列进行大批量的基因筛选,只有巨大的功能信息处理能力,近年来在缺血性脑损伤的研究中得以应用,为该领域研究提供了丰富信息.
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miRNAs与骨骼肌成肌干细胞
miRNA的研究起始于stRNA(small temporal RNA), 1993年Lee等[1]在秀丽隐杆线虫(C. elegan)中通过基因筛选和定位克隆的方法发现了lin-4.
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新生大鼠小脑内发育相关基因的筛选
为筛选脑发育相关的基因,应用新发展的抑制消减杂交技术,以新生大鼠小脑mRNA逆转录cDNA作为测试者(tester),成年大鼠小脑mRNA逆转录cDNA作为驱动者(driver),进行消减杂交,克隆制备成新生大鼠小脑高表达的cDNA文库.挑选出50个重组质粒,测序得到37个不同基因片段序列.再次用反Northern杂交确认有意义的差异表达基因.同时将测序结果与GenBank注册序列进行同源性比较,20个大鼠中首次测得的基因表达序列标签(EST)已被GenBank收录(BG695726-BG695745).
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C57BL/6J和DBA/2J小鼠可能与学习记忆相关基因的初步筛选
目的：初步筛选出C57BL/6J（B6）和DBA/2J（D2）小鼠海马中可能与学习记忆有关的新基因，为以后的学习记忆基因研究提供参考。方法：利用已完成基因组测序的B6、D2两个近交系小鼠的海马全基因（45101个）表达的数据，采用差异检验、功能分析方法进行筛选。结果：共筛选出5个可能与学习记忆有关的候选基因：cntnap2、pac－sin1、cntn1、lypd1、ndrg2。结论：候选基因可能与已知的学习记忆机制的组成部分有关，增强了筛选的预见性和科学性，并将进一步确认候选基因与学习记忆的关系。
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海洋放线菌NRPS基因的筛选
目的 建立快速、高效的NRPS基因筛选体系,从海洋微生物中筛选具有潜在合成多肽类次级代谢产物的活性菌株,为定向获得新的含氨基酸抗生素奠定基础.方法 采用选择性培养分离获得海洋放线菌,通过快速抗菌活性初筛,设计特异性引物利用PCR技术对初筛活性菌株进行NRPS基因筛选,进一步对阳性菌株进行16S rDNA排重.结果 利用建立的NRPS基因筛选体系对初筛具有抗菌活性的295株放线菌进行筛选,得到12株阳性菌株,分别属于小单孢菌属、链霉菌属和疣孢菌属.结论 利用PCR技术建立了快速、高效的NRPS基因筛选体系,为多肽类活性化合物的获得提供了基因学的依据.
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宏基因组学在海洋药物研究中的应用
目前,超过95%的海洋微生物不能够人工培养,这造成了资源获取上的瓶颈问题,进而限制了大量新海洋药物的开发和研究.宏基因组学是一种不依赖于人工培养,直接从海洋环境中提取DNA建立宏基因组文库的方法;如此建立的文库理论上可以覆盖环境中所有微生物的遗传信息,因此,宏基因组学的出现使获得大量生物资源成为可能.功能基因或者某一合成通路的基因簇可以用特定方法分析鉴定,进而异源表达获得异源活性物质.宏基因组学方法主要包括大片段DNA的分离、宏基因组文库的构建、基因筛选、基因簇的表达及阳性克隆的检测.本文综述了宏基因组学的研究方法及其在海洋药物开发中的地位和应用,并探讨了宏基因组学在海洋药物研究中的应用前景.
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骨肉瘤组织差异表达基因筛选及其与患者预后的关系
目的 采用生物信息学的方法筛选骨肉瘤组织差异表达基因,并探讨其与患者预后的关系.方法 收集骨肉瘤组织及其配对癌旁正常组织标本各4例份,采用转录组测序技术筛选两种组织中的差异表达基因,并进行基因本体(GO)功能显著性富集分析.在癌症和肿瘤基因图谱骨肉瘤数据库中选择258例份骨肉瘤组织标本,采用Kaplan-Meier曲线分析富集于生物学过程的差异表达基因对患者生存时间的影响.结果 骨肉瘤及其癌旁正常组织存在差异表达基因875个,其中表达上调的基因346个、表达下调的基因529个.GO功能显著性富集分析共识别出14个有意义的类型;在6个生物学过程类型中,差异表达基因主要富集于外源性代谢过程、细胞黏附、细胞外基质组成、类固醇代谢过程等;在8个细胞成分类型中,差异表达基因主要富集于细胞外体、细胞外空间、胶原三聚体、核小体等.258例份骨肉瘤组织中,还原酶1(NQO1)基因高表达233例份、低表达25例份,NQO1基因高表达、低表达患者生存时间分别为(2 763±15)、(1 568±13)d,二者比较P<0.01;醛脱氢酶3族A1(ALDH3A1)基因高表达233例份、低表达25例份,ALDH3A1基因高表达、低表达患者生存时间分别为(2 725±11)、(1 421±14)d,二者比较P<0.01;其余基因表达情况对患者的生存时间均无明显影响(P均>0.05).结论 采用生物信息学的方法筛选出骨肉瘤组织差异表达基因875个,主要富集于生物学过程和细胞成分类型;其中NQO1、ALDH3A1基因低表达提示患者预后不良.
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基因芯片技术在肿瘤相关基因筛选及肿瘤治疗中的应用
基因芯片技术是建立在基因探针和杂交测序技术上的一种高效快速的核酸序列分析手段，该技术相比其他分子生物学工具，具有分析速度快、所需样品量少、污染少等优点。由于肿瘤的发生、发展、治疗、预后均与基因密切相关，因此，作为一种新型的基因检测工具，基因芯片技术必将成为肿瘤相关基因研究及治疗的有效工具。
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1例先天性牙根发育不良患儿致病基因的筛选及突变分析
目的:收集及分析1例先天性牙根发育不良病例,探讨该疾病的实质病因.方法:采用临床、实验室检查和遗传学方法对患儿进行临床病理诊断及致病基因筛选,并通过基因测序方法探寻其突变位点.结果:该例牙根发育不良患儿诊断为伴发短根症的低碱性磷酸酯酶症,筛选致病候选基因为ALPL基因,基因突变型为583G＞A,R136H.结论:该例牙根发育不良病例初步认为是ALPL基因突变导致的遗传性疾病.
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RNA干扰技术在人体寄生虫研究中的应用进展
RNAi是Fire等[1]于1998年在研究秀丽新小杆线虫(Caenorhabditis elegans)基因组计划时,首次在线虫中阐述双链RNA(duuble stranded RNA,dsRNA)能特异性和选择性地明显抑制目的基因的表达而命名的新技术,随后此技术在全球得以广泛的开展和应用,并在其它动物如果蝇、锥虫、涡虫等中相继证实,已经成为研究基因功能、新基因筛选、基因治疗和寻找药物靶点的重要工具,成为分子生物学研究中为活跃的热点之一.现将该技术在人体寄生虫学研究中的应用进展综述如下.
