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海洋弧菌鉴定方法学评价
近年来,由海洋细菌导致的感染越来越常见,弧菌是海洋细菌中常见的类群之一,可引起人类腹泻、菌血症及外伤感染,严重时可导致死亡。目前,对海洋弧菌尚缺乏快速可靠的鉴定方法。16S rRNA 序列分析目前被公认为细菌鉴定的金标准。然而由于海洋细菌进化缓慢,且基因具有高同源性,16S rRNA 测序并不能对海洋弧菌进行可靠鉴定。编码 RNA 聚合酶β亚基的基因 rpoB 为序列较长的单拷贝基因,可以克服16S rRNA 的高度保守性。至今为止,许多研究已经证明 rpoB 基因可用于各种细菌的分类,包括芽孢杆菌、军团菌、分枝杆菌、葡萄球菌等[1]。基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱( matrix-assisted laser desorption / ionization time-of-flight mass spectrometry,MALDI-TOF/ TOF MS)技术是近年发展起来的一种全新的用于微生物快速鉴定的技术,具有快速、稳定、准确、重复性好的特点。为促进海洋弧菌的快速可靠鉴定,本研究利用16S rRNA 测序、rpoB 测序和MALDI- TOF/ TOF MS 3种技术对128株海洋弧菌同时进行鉴定,对比分析检测结果并进行方法学评估。
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随机扩增多态性DNA技术鉴别肠道杆菌
肠道杆菌是一大群生物学性状相似的革兰阴性菌,传统鉴别肠道杆菌的方法主要包括细菌培养、生化反应及血清学方法等,但这些传统方法较繁、耗时.随着分子生物学技术的发展,随机扩增多态性DNA(random amplified polymor-phic DNA,RAPD)技术作为一种快速鉴定物种种属的特异性方法被广泛应用.
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真菌性角膜炎的病原学分析及鉴定
目的 掌握真菌性角膜炎在吉林省的病原菌种类和流行病学特征,建立主要病原菌种的快速、特异性鉴定方法.方法 采集225例疑似真菌性角膜炎患者的角膜刮片,分离、鉴定病原真菌,进行流行病学分析;建立主要病原菌种茄病镰刀菌的复合PCR鉴定方法,用于角膜刮片的快速鉴定.结果 225例患者中有156例确诊为真菌感染角膜炎,检出率为69.3%.其中12例患者为两种真菌共感染,共分离获得168株病原真菌.以镰刀菌属、曲霉属及假丝酵母属较多见,其中,主要病原菌种为茄病镰刀菌(34.5%).建立的复合PCR方法可根据330 bp特异性片段鉴定茄病镰刀菌,并可直接检测液体培养后的角膜刮片.结论 真菌性角膜炎在吉林省的主要病原流行菌种为茄病镰刀菌.本文所建立的复合PCR方法适于角膜刮片标本的快速鉴定.
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43株副溶血性弧菌菌体脂肪酸的成分分析
脂肪酸是细菌细胞膜的主要组成成分,其含量和结构具有种属特征,组成相对稳定,不受生化反应变异及质粒丢失等因素的影响。因此,可将灵敏的气相色谱技术应用于微生物细胞膜上的磷脂脂肪酸组分的分析中,以实现微生物种属的快速鉴定。自Able等[1]首次将气相色谱技术应用于肠杆菌的菌体脂肪酸成分分析,该技术已被应用于多种细菌,特别是厌氧菌等生长缓慢细菌的鉴定及分型。但有报道称目前商品化的细菌脂肪酸分析系统Sherlock MIS存在脂肪酸数据库不完善,无法涵盖国内菌株等问题[2-3]。因此,本研究拟通过气相色谱-质谱法( gas chromatograph-mass spectrometer, GC-MS)对副溶血性弧菌的菌体脂肪酸组成进行分析,积累有关数据,总结出菌体脂肪酸组成的共同点,为该菌的脂肪酸鉴定工作提供有效的基础数据补充。
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飞行时间质谱在快速检测地震伤员产气荚膜梭菌感染中的应用
对细菌的正确和快速鉴定可以给患者的诊断和治疗提供有效的帮助.当前细菌的鉴定方法多种多样,有传统的手工经典方法,如API、RapID、微量生化管鉴定,有临床常规使用的全自动或者半自动细菌鉴定仪器,还可以用16 s rDNA和gyrB基因序列分析等分子生物学的方法对细菌进行鉴定[1-2].
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阳性血培养标本直接VITEK 2 Compact快速鉴定及药敏试验的评价
目的 评价利用梅里埃VITEK 2 Compact全自动微生物分析系统对阳性血培养标本进行快速鉴定及药敏试验结果的可靠性及临床应用价值.方法 收集2017年5月—8月福建中医药大学附属福鼎医院的124份BD Bactec 9120血培养仪报阳标本,其中革兰阳性(G+)球菌46株,革兰阴性(G-)杆菌78株.用分离胶管以3500 r/min离心10 min,弃去上清液,取中间白色菌膜层配置0.5麦氏浊度菌液.根据直接涂片结果,选择合适的鉴定药敏卡片,用VITEK 2 Compact进行快速鉴定和药敏试验,以常规鉴定和药敏方法作为参照标准.结果 与常规鉴定和药敏方法比较,以快速鉴定及药敏试验方法检测的G-杆菌结果完全符合率为98.7%(1140/1155),重大错误率为0.43%(5/1155);G+球菌完全符合率为98.4%(561/570),重大错误率为0.7%(4/570).结论 利用VITEK 2 Compact对血培养报阳标本进行快速鉴定及药敏试验的方法结果准确度较高,从血培养报阳到出具鉴定和药敏初步报告的时间约为8 h,大大缩短了用时,易于在临床上得到广泛使用.
关键词: 阳性血培养 VITEK 2 COMPACT 快速鉴定 药敏试验 -
高效液相色谱霉菌酸分析方法的建立
高效液相色谱 (HPLC) 分析霉菌酸(MA)快速鉴定分枝杆菌是一种有效的化学分析方法.MA化学结构复杂,目前已知3类.棒状杆菌MA;诺卡菌MA;由C60-C90组成的分枝杆菌MA[1].国外一些学者对MA进行了广泛研究[2],一致认为,HPLC MA分析能够快速、准确地鉴定医学上大部分重要的分枝杆菌.我们从2000年着手HLPC MA分析方法的研究.
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变色液体培养基系统快速鉴定结核分枝杆菌和耐药性测定
由于固体培养基鉴定结核分枝杆菌(结核菌)及药敏试验均需28 d,其制作过程需加热,且培养基中蛋白质对药物有吸附作用,故仅用于常规抗结核药敏试验,不适合用于分枝杆菌低抑菌浓度(MIC)测定.多耐药结核菌和非结核菌对常用抗结核药物耐药,因此急需一种快速测定分枝杆菌药敏的方法,筛选新的药物.尽管Bactec系统可用于分枝杆菌药敏试验和MIC测定[1],但试剂和仪器昂贵.因此,我们采用快速变色液体培养基系统鉴定结核与非结核分枝杆菌,并测定了结核菌常规药物的敏感性和非结核分枝杆菌对9种药物的MIC,结果如下.一、材料和方法1.标本来源:128株结核菌,34株非结核分枝杆菌(其中15株龟分枝杆菌脓肿亚种、4株龟分枝杆菌龟亚种、14株偶发分枝杆菌和1株胞内分枝杆菌).上述菌株为深圳地区和广州地区分离株.2.结核菌快速鉴定及药敏试剂、分枝杆菌MIC测定试剂和菌株鉴定试剂:对硝基苯甲酸(PNB)培养基、5%氯化钠耐受试验、芳香硫酸酯酶(3、14
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血浆凝固酶阴性葡萄球菌快速两步鉴定方法
近年来使用医疗器械导致的感染,尤其是免疫缺陷患者的血浆凝固酶阴性葡萄球菌(CNS)感染增多已引起重视,而常用鉴定法程序繁琐、费高耗材.我们参考Ieven等[1]建立的方法,仅用几种常用细菌生化试验与药敏试验组成的两步法,可将临床分离的86株CNS中的83株(96.5%)快速鉴定到种,报告如下.
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肽核酸荧光原位杂交技术在临床微生物快速鉴定中的应用进展
肽核酸(peptlde nucleic acid,PNA)探针荧光原位杂交技术是一种诊断新技术,既具有PNA探针杂交的高度专一性,又具备传统染色技术的简便性,可为传染性疾病提供准确的诊断信息.它适用于临床微生物实验室的常规检验,能在短时间内为临床医生提供抗生素使用依据,具有传统微生物检验技术无法比拟的优势.笔者就其在临床微生物快速鉴定领域应用作简要综述.
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两种快速鉴定B组链球菌方法的建立及评估
近年来,B组链球菌(group B streptococcus,GBS)逐渐成为新生儿发病率和死亡率的重要原因之一.为此,本研究建立了荧光原位杂交(FISH)法和聚合酶链反应(PCR)法鉴定GBS,并应用于孕妇生殖道GBS携带者的筛查,以评估两种方法鉴定GBS的可行性、特异性和敏感度.
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PCR-焦磷酸测序法快速检测和鉴定临床常见致病菌的研究
焦磷酸测序(Pyrosequecing)技术为近年新一代短片段DNA序列分析技术.国外主要用于分子流行病学的单个核苷酸多态性位点大容量快速检测[1]和临床微生物菌种鉴定与分型[2-3],但国内尚未开展.本研究用该技术对针对不同细菌的独特分子标志,设计基于PCR技术的快速菌种鉴定方法,以提供从分子水平快速鉴定菌种的新的可靠方法.
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PCR-焦磷酸测序法快速鉴定菌血症病原菌
世界范围内成人和儿童菌血症都是高发病率和高死亡率的疾病,每年世界范围内菌血症患者有2 000万例.因病原菌不能鉴定而应用广谱抗生素或不适当抗生素治疗所导致的死亡率非常高,但欧洲每年仍有135 000例患者死于菌血症,在美国更是高达215 000例[1].
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聚合酶链反应-反向线点杂交技术快速鉴定34种分枝杆菌
依靠传统方法鉴定分枝杆菌的生长特性、色素、生长速度、菌落形态及用生化试验鉴定分枝杆菌的方法费时、费力且没有标准化试剂,缺乏敏感性和特异性,导致很多结果不易判断.高效液相色谱测定分枝菌酸及气相色谱测定脂肪酸均存在菌种鉴定的局限性,受菌株的生长环境、营养状况的影响,并且需要特殊的仪器.PCR产物直接序列测定和限制性内切酶切图谱不适合检测混合性感染,而分枝杆菌的鉴定对结核病、非结核分枝杆菌感染和麻风病的诊断和治疗起着极为重要的作用.本课题旨在建立聚合酶链反应-反向线点杂交技术(PCR-RLB),快速鉴定结核分枝杆菌、非结核分枝杆菌和麻风分枝杆菌.
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耐药性结核分枝杆菌的分子生物学研究现状
我国的结核病疫情和耐药情况都相当严重,耐多药结核患者采用目前标准的化疗方案治疗无效,而传统的药敏试验需要1~2个月时间,使耐药菌在局部播散.因此,耐药结核分枝杆菌(MTB)的快速鉴定对结核病的早期诊断、有效化疗和控制传播都有极其重要的意义.
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广东地区环境水源和临床标本嗜肺军团菌培养与基因快速鉴定
目的建立嗜肺军团菌培养与基因快速鉴定方法,探讨广东地区环境水源和非典型肺炎患者嗜肺军团菌感染状况.方法对广东地区采集的57份中央空调冷凝塔水、30份湖泊水和53份临床标本,用本室改良BCYE-α培养基作培养和PCR试验.结果57份中央空调冷凝塔水培养检出嗜肺军团菌20株(35.1%),PCR检测LP-DNA阳性38份(66.7%);30份湖泊水细菌培养均阴性,PCR阳性4份(13.3%);53例非典型肺炎患者支气管洗液和痰液细菌培养均阴性,PCR阳性5例(9.4%);本实验设计的PCR扩增引物,只和标准嗜肺军团菌和本地分离株产生反应;不与其他病原菌扩增,而显示其良好特异性;本PCR敏感性可检出检体中0.6个细菌DNA含量.结论广东地区环境水源中普遍存在嗜肺军团菌,是引起非典型肺炎的重要病源之一.
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基质辅助激光解析电离飞行时间质谱技术在快速鉴定真菌中的临床应用研究
目的:总结基质辅助激光解析电离飞行时间质谱技术(MALDI‐TOF MS)应用于临床真菌鉴定的特点,为评估其在真菌快速鉴定方面的重要性及临床应用价值。方法采用VITEK MS鉴定仪对2013年1月-2014年9月临床检出真菌进行鉴定,获取真菌全细胞蛋白(主要是核糖体蛋白)质谱,通过与数据库中已知菌质谱进行比较、分析,获得鉴定结果并对数据进行统计分析。结果共鉴定出真菌1254株,质谱技术鉴定真菌共1198株,占95.53%,未鉴定出真菌占4.47%;应用质谱技术鉴定的真菌中以假丝酵母菌属为主,共1125株占93.91%。结论 MALDI‐TOF MS技术鉴定真菌种类多,操作流程简单、快速,而且还具有很好的可重复性和准确性,是传统真菌鉴定方法的有力补充,为真菌鉴定提供了新的选择。
关键词: 基质辅助激光解析电离飞行时间质谱 真菌 快速鉴定 -
基质辅助激光解析离子-飞行时间质谱仪在快速鉴定凝固酶阴性葡萄球菌中的应用
目的 评价基质辅助激光解析离子-飞行时间质谱仪(MALDI-TOF-MS,MS)在临床分离凝固酶阴性葡萄球菌(CNS)快速鉴定中的应用.方法 收集复旦大学附属中山医院2012年7月-2013年1月分离自血液的194株CNS;分别使用MS和全自动细菌鉴定系统(细菌鉴定仪)鉴定到种,当两种方法结果不一致时使用16S rRNA测序方法进行确认,比较两种鉴定方法的符合率及准确性,评价MS使用价值.结果 194株CNS中148株两种方法鉴定结果一致,符合率76.3%,以16S rRNA方法为金标准,MS和细菌鉴定仪与16S rRNA的结果假定符合率分别为98.9%和76.3%,两种方法准确性差异有统计学意义(P<0.001).结论 MS用于鉴定CNS比传统方法快速、准确和价廉.
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基于中药成分数据库的四物汤化学成分快速定性分析
为了全面快速地阐明四物汤中的化学成分,本文利用UPLC/Q-TOF-MSE技术以及中药数据库为基础的UNIFI天然产物解决方案对四物汤的乙醇提取液进行了快速分析和鉴定,经自动检出及人工核对,鉴定了其中113个化合物的结构.结果表明,本方法可以快速全面地对四物汤化学成分进行定性分析,为中药复杂成分的快速分析鉴定提供了新的解决方案.
关键词: 四物汤 UPLC/Q-TOF-MSE 快速鉴定 -
RP-HPLC检查中药保健品中的西药降糖成分
格列吡嗪、格列齐特、格列本脲、格列美脲、格列喹酮、盐酸二甲双胍、盐酸苯乙双胍是临床上应用广泛的降糖类药物,由于这些原料的成本相对偏低,且见效快,一些不法分子经常在降糖类保健品和中药中擅自加入某种西药成分用来治疗糖尿病,为了快速鉴定出药物中是否含有这几种降糖药,本实验建立了两种HPLC,分别用于测定格列类降糖药和双胍类降糖药.两种HPLC检测均能在30 min内完成,由于中药的成分较多,相对于薄层色谱,本方法有较好的专属性.