耐多药结核分枝杆菌异烟肼耐药相关基因katG突变分析

异烟肼(isoniazid,INH)是一种重要的抗结核药物,其在细菌体内被过氧化氢酶-过氧化物酶KatG氧化为乙酰异烟肼自由基和活性氧自由基等活性物质,进而攻击结核分枝杆菌多个靶位点来发挥杀菌作用[1].Zhang等[1]通过Southern印迹杂交(Southern blot)发现结核分枝杆菌katG 基因缺失和异烟肼耐药相关.研究表明,异烟肼耐药与许多基因相关,发生频率高的为katG编码区和inhA启动子区的突变[2-3],katG315位突变常见,有30％～94％的耐药株发生该突变[2,4],但国内对于该基因其他位点的突变研究较少.本研究通过对河南省耐多药(multidrug resistant,MDR)结核分枝杆菌katG编码区全长突变进行分析,进一步分析异烟肼的耐药机制.

非吸烟肺腺癌患者肺癌组织中MGMT基因启动子区超甲基化水平高于吸烟的肺腺癌患者

MDM2基因启动子区309位点的多态性可抑制p53抑癌通路和加速肿瘤形成

卵巢癌ES-2、SK-OV3和JHOS-3细胞系TSLC1基因启动子区甲基化状态与表达

TSLC1(tumor suppressor in lung cancer 1,TSLC1)属肿瘤抑制基因,研究发现,恶性肿瘤中存在TSLC1基因表达降低或缺失,并且与肿瘤侵袭转移密切相关[1];并且TSLC1基因表达缺失多与启动子甲基化状态相关[2].卵巢癌是女性常见生殖系统肿瘤,较早发生侵袭和转移,严重威胁妇女的健康.本研究旨在探讨TSLC1基因在卵巢癌细胞系中CPG位点的甲基化状态及该基因的表达情况,为寻找卵巢癌基因治疗的靶点提供理论依据.

急性白血病死亡相关蛋白激酶基因表达及启动子区甲基化状态研究

本研究通过对急性白血病病人及体外肿瘤细胞株的DNA甲基化及基因表达的实验,探讨死亡相关蛋白激酶(death-associated protein kinase,DAPK)基因在急性白血病中的表达情况及其启动子区域甲基化的状态,并分析两者之间的相关程度.应用RT-PCR检测DAPK基因在白血病细胞及正常骨髓细胞中的表达;用巢式甲基化特异性PCR(n-MSP)法检测急性白血病患者及细胞株DAPK基因启动子甲基化状况;从第二轮巢式MSP扩增出的随机产物中挑选2个随机引物,交予专业机构克隆后进行序列分析.结果表明:DAPK基因在10例正常对照者骨髓标本中均有表达,DAPKmRNA在急性白血病病人骨髓标本中表达平均值为0.61 ±0.40,低于正常对照者,差异有显著性(P＜0.05),其中52.94％(9/17例)的急性淋巴细胞白血病病人骨髓标本DAPKmRNA表达降低或缺失,急性髓系白血病病人数据为41.18％ (42/102);细胞株U-937显示基因表达正常,HL-60表达缺失;102例急性髓系白血病病人骨髓标本中33例存在DAPK启动子区甲基化,甲基化率为32.4％(33/102);17例急性淋巴细胞白血病病人骨髓标本中8例存在DAPK启动子区甲基化,甲基化率为47％ (8/17);7例正常人骨髓标本DAPK启动子区均为非甲基化;细胞株U-937 DAPK启动子区非甲基化,HL-60 DAPK启动子区甲基化.ALL组与AML组患者骨髓细胞DAPKmRNA表达与其启动子甲基化均呈显著负相关(ALL组r=-0.855,P＜0.05;AML组r=-0.343,P＜0.05),提示两者有密切的关联.结论:急性白血病患者中DAPK基因启动区甲基化与其mRNA的异常表达或失表达有关.

门冬酰胺合成酶启动子区单核苷酸多态性与基因表达量的相关性研究

细胞内门冬酰胺合成酶(asparagines synthetase,AS)的表达水平与白血病细胞对左旋门冬酰胺酶(L-asp)耐药有关.本研究旨在通过筛查发现AS启动子区的单核苷酸多态性(SNP)位点,研究它们对AS基因表达量的影响及寻找对L-asp治疗反应具有影响的个体遗传因素.对82份白血病标本和45份非白血病标本直接测序,筛查AS启动子区的SNP;用实时定量PCR法测定相应标本中的AS mRNA水平.通过对被筛SNP位点不同基因型个体的AS表达水平的统计分析,判断被筛SNP是否对基因表达产生影响.结果发现:被测AS启动子片段内共发现3个SNP位点.分别是-239C/T,-92G/A和-62A/T.其中-92A等位基因在白血病患儿中的发生频率高于非白血病(P＜0.05).AS表达在该SNP的各种基因型个体间存在差异,基因表达水平由高到底依次为GA杂合子型＞AA纯合子型＞GG纯合子型(P＜0.01).结论:-92A等位基因变异可能与白血病的某些特征相关,并且这个等位基因变异的存在与AS基因的高表达相关.

弥漫性大B细胞淋巴瘤中Y-盒结合蛋白-1核定位与P-糖蛋白表达的相关性及临床意义

Y-盒结合蛋白-1(Y-box binding protein-1,YB-1)是冷休克蛋白家族成员之一,与多种基因启动子区的CCAAT盒相结合,调节基因的转录与转译,参与多种生物过程.YB-1的表达及其意义在造血系统肿瘤中的研究鲜有报道.我们以弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)为研究对象,检测YB-1与P-糖蛋白(P-gp)的表达,并与细胞增殖核抗原(PCNA)进行相关分析,探讨其与肿瘤特性的关系.

乳腺癌发生模型MCF10 抑癌基因NOEY2启动子区甲基化及mRNA表达

DNA甲基化是常见的表观遗传学变化[1].越来越多的证据表明,抑癌基因启动子区CpG岛甲基化可使其转录沉默,从而解除其抑癌作用,导致肿瘤的发生和发展.NOEY2是近年来发现的抑癌基因,表达于正常乳腺导管上皮细胞和卵巢生发上皮细胞,但在乳腺癌和卵巢癌细胞中表达显著减少或不表达[2, 3].在本实验中检测乳腺癌发生模型MCF10[4]中不同阶段的细胞系NOEY2基因启动子区CpG岛Ⅰ甲基化状态,并与mRNA表达水平进行比较,以研究乳腺癌的发生机制和早期诊断.

中国佤族人群MBL基因SNP及其单倍型与基因型的研究

甘露聚糖结合凝集素(mannan-binding lectin, MBL)通过激活补体凝集素途径和调理吞噬作用清除病原体及受感染细胞,在机体天然免疫中起关键作用[1].已发现MBL基因上存在至少20个单核苷酸多态性(SNP)位点,仅其中6个SNP位点对MBL血清水平有较大的影响,他们分别是启动子区-550(G/C)、-221(C/G)、+4(C/T)3个位点(分别称H/L、X/Y和P/Q等位基因)和结构基因第一外显子CGT52TGT、GGC54GAC、GGA57GAA 3个密码子点突变(分别称为D、B、C等位基因,即A野生型).按照排列组合的规律这6个SNP可随机组合成26种单倍型,但由于结构基因3个SNP位点与不同的启动子单倍型连锁不平衡,至今只检测到7种常见的单倍型.

甘磷酸胆碱对霍乱弧菌转录调控因子 AphB 活性的影响

霍乱(Cholera)是一种急性、烈性的腹泻性疾病,霍乱弧菌(Vibrio cholerae)为该病的病原体。霍乱弧菌对毒力基因进行调控依赖于复杂的调控系统[1],ToxR 是该系统中重要的调控因子,系统中还需要重要的膜蛋白 TcpP 的参与。研究表明,tcpP 的表达受 AphB 蛋白的影响[2],该蛋白也可结合ToxR 的启动子区[3],进而调控毒力基因的表达。 AphB 同时作用于多个关键因子[4],可见其在调控系统中发挥着重要作用。 AphB 属于 LysR 家族转录调控因子,该家族蛋白与辅助诱导物结合后构象发生变化,变化后的蛋白调控能力更强。有研究者推测[5],AphB 的调控作用可能需要与辅助诱导物结合,但目前为止还没有关于上述辅助诱导物的相关报道。本研究拟用化合物甘磷酸胆碱(L-A-glycerophosphorylcholine, GPC)来研究其对转录调控因子 AphB 活性的影响。

重型乙型肝炎患者血清HBV前S2基因变异的观察

重型肝炎的发病机理至今不清,可能与HBV病毒变异有关.在HBV DNA前S2区、前C区及C启动子区,均有报道存在变异,但到目前为止,尚未发现特异位点的变异.本研究通过检测20例重型乙型肝炎和14例慢性乙型肝炎患者血清HBV DNA前S2区变异,观察HBV前S2区变异在重型肝炎中分布的情况.

湖北省汉族人群甘露糖结合凝集素基因启动子区多态性与SLE关联性的研究

甘露糖结合凝集素(mannose-binding lectin, MBL)是一种由肝脏合成和分泌的急性期蛋白,可激活补体,溶解病原菌[1],并具有调理吞噬作用.是参与非特异性免疫防御的重要分子.

IL-1B-31及-511基因多态性与结核易感性的相关性研究

目前,IL-1B基因启动子区-31位点SNP与结核易感性研究国内外尚未见报道,我们对此进行了研究,结果报告如下.

胰癌组织p15、p16抑癌基因CpG岛甲基化

目的:检测胰腺癌中p15、p16基因CpG岛的异常甲基化情况,分析其与胰腺癌发生、发展的关系;探索其在临床早期基因诊断和治疗中的意义以及与胰腺癌病理生理特征的相关性.方法:运用甲基化特异性PCR(methylation-specific PCR,MSP),对29例胰腺癌和3例慢性胰腺炎的石蜡组织、2例正常肝组织、以及12例正常成人外周血白细胞DNA的p15、p16抑癌基因启动子区CpG岛甲基化状态进行了检测.结果:对照组p16、p15基因CpG岛甲基化扩增均呈阴性,非甲基化扩增均阳性.胰腺癌中p16、p15基因CpG岛甲基化阳性率分别为37.9%和27.5%,p16、p15基因CpG岛甲基化总检出阳性率为:44.8%.癌组织中同时存在p16、p15基因CpG岛异常甲基化为6例.结论:胰腺癌p15、p16基因CpG岛甲基化是早期事件,可试作为早期基因诊断的分子标志,有可能尝试进行基因治疗.p16、p15基因CpG岛异常甲基化,同患者的病理特征无明显的相关关系.

错配修复基因甲基化紊乱与消化系肿瘤

肿瘤的发生过程中,表型遗传修饰对肿瘤相关基因的表达起调控作用,主要有总基因组甲基化水平降低,癌基因的低甲基化和抑癌基因的高甲基化及抑癌基因的低乙酰化.其中,DNA错配修复基因的失活与基因的甲基化紊乱密切相关.hMLHl(human Mut L homologue 1)和hMSH2(humanMut S homologue 2)是DNA错配修复的主要控制基因,其表达的失活与该启动子区高甲基化有关.本文就消化系肿瘤发生中错配修复与甲基化紊乱关系作一综述.

hMSH2在胃癌组织中的表达及其与DNA甲基化之间的关系

目的:分析胃癌组织中DNA甲基化酶Dnmtl和hMSH2表达情况的相关性及与肿瘤生物学行为之间的关系.方法:以real-time RT PCR法检测28例胃癌组织中Dnmtl和hMSH2 mRNA的表达,亚硫酸氢钠变性后测序分析hMSH2启动子区甲基化状态.结果:在28例胃癌组织中有9例(32%)DNMT1 mRNA的高表达,10例hMSH2(35.7%)的低表达,在hMSH2低表达的胃癌组织中有2例存在DNA启动子区的高甲基化.两个基因mRNA的表达与胃癌生物学行为包括肿瘤大小、淋巴结转移、组织学类型均无明显相关性.结论:胃癌组织中存在Dnmtl的高表达,DNA甲基化在一定程度上参与了hMSH2基因表达的缺失.

汉族人IL-12b和IL-10启动子区基因多态性与HBV感染的相关性

目的:我国是一个乙型肝炎大国,乙型肝炎感染及其转归显然有人种、人群差异.本研究对我国汉族人群中乙型肝炎病毒(hepatitis virus B,HBV)感染和发病与白介素-12 p40(interleukin-12 p40,IL-12b)、白介素-10(interleukin-10,IL-10)启动子区基因多态性之间的关系进行了探讨.方法:利用聚合酶链反应-限制性内切酶片段长度多态性分析(restricted enzyme-fragmentlength polymorphisms,PCR-RFLP)的方法对非相关人群的健康人群与HBV感染患者(轻、中度慢性肝炎、重度慢性肝炎)和HBV感染家系中的HBV携带者、既往HBV感染者、健康人群的IL-12b,IL-10启动子区-540C、-592A(IL10-5'A,IL12-5'C)单碱基多态性(SNP)进行了分析,并且对两个突变位点进行了基因测序.使用SAS统计软件进行统计分析.结果:IL10-5'A、IL12-5'C在非相关人群中的分布技符合Hardy-Weinberg平衡.非相关人群IL10-5'A、IL12-5'C突变等位基因在HBV患者中的频率近似于健康人群(IL10-5'A,HBV患者42.08%,健康人41.9%,P＞0.05;IL12-5'C,HBV患者55.8%,健J康人64.6%,P＞0.05).IL10-5'A与IL12-5'C基因分布在慢性肝炎(轻中)和慢性肝炎(重)两组无显著性差异(P＞0.05).提示IL10-5'A,IL12-5'C单碱基多态性(SNP)对乙型肝炎病情轻中无影响;HBV感染家系中IL10-5'A,IL12-5'C单碱基多态性在携带者、健康人群以及既往感染者三组间均匀分布,IL12-5'C突变频率与非相关人群相似(非相关人群-540T 55.3%,相关人群-540T 55.9%);IL10-5'A突变频率与非相关人群有显著性差异(非相关人群-592C42.0%,相关人群-592C 19.5%,P＜0.01).结论:IL10-5'A突变比IL12-5'C突变在HBV感染家系中可能起到更重要的作用,或影响相关人群对HBV的易感性.

大肠癌组织微卫星不稳与hMLH1和hMSH2基因启动子区甲基化状态

目的:探讨大肠癌组织微卫星DNA不稳与hMLH1和hMSH2基因启动子区甲基化状态的关系.方法:采用PCR为基础的方法检测微卫星DNA不稳;采用甲基化特异性PCR方法检测hMLH1和hMSH2基因启动子区的甲基化状态.结果:正常大肠黏膜未见hMLH1和hMSH2基因启动子区的高甲基化.76例大肠癌中检出hMLH1高甲基化8例,占10.5%,而且均为去甲基化和高甲基化并存,未见有hMSH2高甲基化者.检出MSI 20例,检出率为26.3%.将MSI分为高频率MSI(MSI-H,≥2个位点)10例、低频率MSI(MSI-L),仅为1个位点10例和MSI阴性(MSS)56例三组,结果右侧大肠癌hMLH1高甲基化检出率(23.1%)显著高于左侧大肠癌(4.0%,P＜0.05).MSI-H组hMLH1高甲基化的检出率(8/10)显著高于MSI-L(2/10)和MSS组(6/56,P＜0.01-0.001).结论:hMLH1高甲基化与右侧大肠癌的发生有关,可能参与了MSI病理途径,而hMSH2甲基化状态可能与MSI途径无关.

胰腺癌组织和胰液中p16基因启动子区5'CpG岛甲基化及其表达

目的探讨胰腺癌组织中p16基因启动子区5'CpG岛甲基化情况及其与p16蛋白表达的关系,并检测胰液中p16基因甲基化改变情况,为胰腺癌的诊断和鉴别诊断提供一个新的分子标志物.

基因CpG岛甲基化异常在胰腺癌诊断中的研究进展

基因诊断是胰腺癌早期诊断的重要手段.近年的大量研究表明[1-2],遗传学中基因启动子区甲基化程度对疾病的发生发展起重要作用,抑癌基因启动子区CpG岛甲基化使抑癌基因静默失活,从而促进肿瘤的发生发展.有些基因的甲基化改变发生在肿瘤早期组织形态学改变之前.因而有可能成为早期癌变的检测指标.本文就近年来在胰腺肿瘤研究中发现的甲基化异常基因做一综述.