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16型人乳头瘤病毒(HPV16)中和表位及型内变异分析
世界范围内,宫颈癌是妇女第二位高发肿瘤.高危型人乳头瘤病毒(human papilloma-virus,HPV)持续感染是引发宫颈癌的主要原因,在所有高危型HPV中,HPV16流行广泛.HPV主要衣壳蛋白(major capsid protein,L1)可以自组装成病毒样颗粒(virus-like particles,VLPs),其形态及抗原性与天然病毒类似,可以刺激机体产生高效价保护性中和抗体.中和表位是HPV VLPs疫苗的结构基础,疫苗的效力主要取决于中和表位的完整性.目前基于中和单抗的HPV16表位研究取得了极大进展.随着免疫压力的增加,HPV16的型内变异株越来越多.1204条HPV16 L1氨基酸序列构建的进化树可以分为4个进化分支.同时,将其与114K参考序列相比,共挑选出8个"高频突变位点",6个"特有突变位点"和20个"表位相关位点".HPV诱导的中和抗体绝大多数都是型特异性的,但同一型别内的HPV所诱导的中和抗体对型别内的所有L1变异株是否都能保护尚无定论.剖析HPV16型的抗原表位及型内变异情况对设计高效价、高覆盖率的预防性疫苗至关重要.
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改良HBV全基因组PCR扩增方法的建立
乙型肝炎是一种严重威胁人体健康的疾病,尤其是在我国,人群中HBV感染率一直居高不下,约有1.3亿人为HBVDNA携带者.由于免疫和药物的双重压力,HBV感染人群存在一定比例的变异株的流行.因此,如何控制变异株的流行,制定新的免疫和检测策略,则需要了解其流行情况.此外,针对变异株感染的抗病毒治疗,也是临床有效治疗HBV感染者的重要一环.这些都需要对HBV的基因组序列进行分析.
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病毒基因分型方法的研究进展及应用
同一种病毒不同分离株(变异株)之间核苷酸序列及抗原性之间的差异造成了各分离株间血清学反应性、致病性、毒力、对治疗的应答、流行区域及分布等的不同.因此,进一步研究病毒分型对流行病学调查、病毒毒力强弱的研究、不同亚型病毒特异疫苗的研制、病毒感染的自然历程及其持续感染在发病过程中的作用、病毒的演变过程、病毒与宿主的相互作用及临床治疗效果等有着十分重要的意义.
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乙型肝炎病毒S基因变异研究的新进展
预防和控制HBV感染是全球性的、迫切需要解决的难题.由于多样性HBV变异株的存在大大增加了解决这一难题的复杂性.随着分子生物学技术的不断发展,人们对HBV变异多样性的认识逐步深入,尤其是S基因变异的研究倍受重视.本文就S基因变异及其医学意义的研究新进展作一简要综述.
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HBV YMDD变异相关因素的分析及防治对策
近年来,国内外专家对治疗慢性乙型肝炎(慢乙肝,CHB)已形成了共识[1-5],认为抗病毒是治疗CHB的重要关键环节.临床研究发现:HBV在人体存在的形式是野生株与各种变异株混合存在,HBV本身致病性有限,肝脏的病理改变主要是机体的免疫系统在清除病毒过程中引起的免疫损伤.
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干扰素联合泛昔洛韦治疗YMDD变异株慢性乙型肝炎
1临床资料1.1一般资料入选38例患者均为2002年1月-2004年2月我院住院的慢性乙型肝炎患者.诊断符合2000年9月中华医学会传染病与寄生虫病学分会、肝病学会联合修订的<病毒性肝炎防治方案>诊断标准[1].其中男23例,女15例,平均年龄34.3岁.入院前均经拉米夫定治疗6~24个月.HBVDNA、HBeAg阴转后又复阳,ALT升高正常上限2~12倍,胆红素升高30~145μmol/L,基因测序发生YMDD变异(以YVDD为主).所有病例随机分为2组.
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ntPCR-RFLP检测HBV阿德福韦耐药变异-rtN236T变异
目的:建立一种简便、快速、实用的乙型肝炎病毒(HBV)阿德福韦(ADV)耐药变异-rtN236T变异的快速检测方法.方法:根据GenBank收录的HBV基因全序设计巢式PCR引物,使野生株(rt236N)PCR产物中含有DraI酶切位点(5'TTTAAA3'),而变异株(rt236T)无此限制性酶切位点.同时PCR扩增2份已行HBVRT区基因测序证实未出现rtN236T变异的慢性乙型肝炎患者血清及自行构建的对照质粒,扩增产物经DraI酶切,30 g/L琼脂糖凝胶电泳后,进行限制性片段长度多态性(RFLP)分析.结果:所建立的ntPCR-RFLP方法灵敏度高,可以检测到106copies/L的HBV DNA;特异性强,其RFLP分析结果与DNA测序结果一致.结论:ntPCR-RFLP方法灵敏、特异、简便、实用,适用于ADV耐药变异的临床监测工作.
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基因芯片技术检测HBV HCV及HBV YMDD变异株
目的:探讨基因芯片技术在乙型肝炎病毒(HBV)、丙型肝炎病毒(HCV)及HBV YMDD变异株检测中的应用.方法:采用HBV、HCV联合基因芯片检测40份血清标本,并与HBV,HCV基因定量检测方法比较;采用HBVYMDD变异株芯片检测20份血清标本,并与错配PCR及DNA序列测定方法比较.结果:HBV,HCV联合基因芯片与HBV DNA定量检测的符合率为85%(34/40),HBV检出率为83%(19/23),假阳性率为12%(2/17);与HCV RNA定量检测的符合率为85%(34/40),HCV检出率为58%(7/12),假阳性率为4%(1/28).HBV YMDD变异株芯片与本室设计的错配PCR符合率为70%(14/20),5份芯片检测的标本与DNA序列测定结果一致,该芯片尚可检测出不同病毒体或变异体的混合感染.结论:HBV,HCV联合基因芯片对HBV的检测有较高的敏感性,但存在一定程度的非特异性;对HCV的检测敏感性偏低,但特异性较高.HBV YMDD变异株芯片敏感性和特异性均较高,同时能检测出病毒变异体的共生现象.
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乙、丙型肝炎病毒基因联合诊断芯片的研制及应用
目的:制备一款肝炎病毒检测芯片,能同时实现对乙型肝炎病毒(HBV)、丙型肝炎病毒(HCV)、HBV YMDD变异株及HCV基因型的检测,并与其他检测方法进行比较,以探讨基因芯片技术临床应用的可行性.方法:根据HBV、HCV的序列设计出探针,采用点样法制备芯片.收集HBV DNA阳性和HCV RNA阳性血清各20份,YMDD变异株阳性血清20份,HBV DNA阴性和HCVRNA阴性血清各10份,用基因诊断芯片检测,并与荧光定量法、错配PCR及测序法比较.结果:HBV DNA阳性标本和HCV RNA阳性标本用芯片检测均为阳性;芯片法检测HBV YMDD变异株和错配PCR法的符合率为75%,和测序法的符合率为95%;芯片法检测HCV基因型和测序法的符合率为75%.结论:基因诊断芯片的敏感性和特异性较高,且能检测出不同病毒株的共生状态,但在检测HCV基因型方面存在一定的假阴性和假阳性.
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乙型肝炎病毒核壳蛋白变异株在HepG2细胞的HLA-Ⅰ表达
目的:研究HBV adr亚型野生株和核壳蛋白变异株在HepG2细胞表面的HLA-Ⅰ/抗原肽复合物的表达.方法:通过定点突变技术将1.2拷贝HBV野生型质粒p3.8Ⅱ构建成核壳蛋白变异株V60和L97.经序列测定和生物学活性检测后,野生株和变异株重组质粒分别亚克隆入EB病毒表达载体EBO-plpp以稳定表达.重组载体EBO-野生株、EBO-V60和EBO-L97分别作内切酶双酶切和序列测定鉴定,再用脂质体介导转染HepG2细胞,ELISA(Abbott)试剂盒定量检测各株培养上清HBV抗原,转染细胞用FITC标记的鼠抗HLA-ABC单抗染色,流式细胞术分析细胞表面HLA-I表达.结果:3株重组载体经内切酶消化,电泳后显示2条区带,分别与1.2拷贝HBV基因组和EBO载体大小相同.测序结果证实EBO-V60和EBO-L97分别在nt2078 C→G和nt2189 A→C,保持原定点突变.EBO-野生株的培养上清HBeAg定量S/CO值明显高于变异株V60和L97,3株HBsAg定量S/N值接近,HBsAg表达相近表明实验的转染效率相当.EBO空载体转染的HepG2细胞HLA-I轻微表达,3株重组载体转染细胞HLA-I的荧光强度不同,野生株增强为18.2,L97明显升高至34.5,而V60降低至3.4.结论:HBV能增强HepG2细胞表面HLA-I/抗原肽复合物的表达,核壳蛋白热点变异V60和L97可使宿主细胞HLA-Ⅰ表达发生变化.
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我国乙肝病毒抗原存在变异株
据健康报 (记者钱海红)上海医科大学分子病毒学重点实验室主任闻玉梅教授在"肝炎病毒致病相关基因的研究"中,首次提出在我国的乙肝病毒抗原上存在L129变异株,回答了近年来一直困扰医学界的我国小儿接种乙肝疫苗后失保护的问题. 同时,通过对L129变异株的进一步研究,发现其具有抗原性和免疫原性"分离"的新的生物学特性. 该课题获1999年度卫生部医药卫生科技进步二等奖.
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乙型肝炎病毒核心启动子部分缺失真核表达载体的构建及对病毒抗原表达的影响
乙型肝炎病毒核心启动子(CP)部分缺失变异已证实在几种HBV感染的临床现象中存在[1-3].我们在一组14例血清抗-HBe阳性的无症状携带者中,发现有9例在nt1748(或nt1747)至nt1767间20(或21)个核苷酸的缺失,此9例中有5例合并有nt1896G→A点变异[4].本研究在此基础上,拟构建这种CP 20/21 bp缺失及合并存在A1896点变异的HBV全基因重组真核表达载体,并转染HepG2细胞,以研究此类变异株对病毒抗原表达的影响.
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南京地区腹泻婴幼儿新型诺如病毒G II .17变异株的检出及基因分析
目的:了解南京地区腹泻婴幼儿新型GII .17诺如病毒变异株的检出及其基因特征,为疾病预防控制及疫苗研制提供切实有力的科学依据。方法收集2015年1-6月南京市妇幼保健院疑似病毒性腹泻粪便标本178份,采用荧光定量PCR方法对标本进行诺如病毒检测并对阳性标本进行基因分析。结果178份粪便标本中,检出GII型诺如病毒27份,阳性率为15.2%,未检测出GI型诺如病毒,对该地区诺如病毒阳性标本进行衣壳蛋白区测序,发现27份GII标本中14株为新型GII .17变异株,8株为GII .3型,5株为GII .4-Sydney型;对其中5株GII .17变异株进行完整的衣壳蛋白VP1测序,发现其VP1区部分氨基酸已经出现了突变,而有些氨基酸位点的突变是与病毒抗原性及人群易感性密切相关。结论新型GII .17诺如病毒变异株在南京地区患病毒性腹泻的婴幼儿中检出,且检出率高于其他诺如病毒株,表明其可能已成为本地区新的诺如病毒流行变异株,考虑到其已在国内引起暴发流行,提示该毒株将会是本地区在今后重点预防控制监测的诺如病毒株。
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沙培林膀胱灌注预防浅表性膀胱癌术后复发近期疗效观察和经验总结
沙培林是由人源A组溶血性链球菌Su株(低毒变异株)经处理后获得的一种生物反应调节剂,具有明显的免疫学活性,能通过刺激机体的细胞免疫和体液免疫达到抗肿瘤的作用.我院自2002年1月至2003年12月对42例(36例原发和6例复发,均为处于Ta、T1或T2期的移行细胞癌)患者采用沙培林术后进行膀胱灌注,观察其临床疗效,现报告如下.
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恩格菲配合介入治疗原发性肝癌18例近期疗效观察
恩格菲(金葡液)是从低毒高效的金葡菌变异株的代谢产物中提炼出来的,具有超抗原特性的生物反应调节剂,临床研究表明其有较高的抗肿瘤活性.我们于1999年1月~2002年1月采用恩格菲配合肝动脉栓塞化疗(TACE)介入治疗原发性肝癌18例,效果满意,并同期设对照组18例,现报告如下.
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HIV-1基因分型及其研究意义
艾滋病病毒1型(HIV-1)属于单股正链核糖核酸(RNA)逆转录病毒科(Retroviridae)慢病毒亚科(Lentivirinae),其成熟病毒粒子含2个基因组,每个基因组全长约9.8kb,含3个结构基因、6个调节基因和两侧长末端重复序列.该病毒因具有高突变率、高重组率和高复制率等特点,故其基因组能快速变异,产生大量变异株,从而顺利逃脱宿主的免疫压力,致使HIV感染者/艾滋病(HIV/AIDS)患者总数日趋增多.至2003年底,全球HIV/AIDS患者总数已超过4 000万,每天仍有约1.4万人新感染HIV[1].通过对HIV-1基因片段或全长特异性扩增、测序及种系分析,可将其变异株做基因分型,这对于HIV-1监测、诊断、疫苗和药物治疗等发现具有重要的指导意义.
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空间飞行对红曲霉菌产量的影响
目的选育高产洛伐他汀的红曲霉菌菌株.方法利用"神舟3号"返回式飞船搭载了红曲霉菌.对搭载后的菌株进行复壮、分离和筛选,并进行固体发酵,检测发酵产物中洛伐他汀产量.结果从众多分离到的变异菌株中筛选到十几株高产洛伐他汀的菌株,一系列实验表明其高产性状是稳定的.结论航天搭载是选育优良菌株的有效手段.
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HEV变异株家庭内暴发流行三例报告
例1 男,46岁.因发热、恶心、尿黄5d,于2001年1月24日入院.查体:皮肤巩膜重度黄染,左下腹压痛(+),移动性浊音(+),神经系统无阳性体征.B超提示弥漫性肝病表现,少量腹水.实验室检查:WBC 11×1012/L,N 0.32,ALT2 699U/L,AST 2 141U/L,TBil 317.55μmol/L,DBil 242.65μmol/L,Alb 32.1g/L,GGT 82U/L,AKP 441U/L,CHO 2.49mmol/L,PTA 29.3%.诊断:病毒性肝炎,急性重型.
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一株引起手足口病重症感染的柯萨奇B3病毒变异株的生物学分析
目的 分析1株柯萨奇病毒B3型(CoxB3)新分离株FY-19的基因特性和生物性状,为进一步探讨其引起手足口病(HFMD)重症表现的机理提供线索.方法 采用Lim Benyesh-Melnick组合血清方案对1株分离自2008年中国阜阳地区重症HFMD男性患儿的FY-19病毒株进行血清学鉴定,以全基因序列测定分析该病毒株的遗传特征,结合病毒增殖动力学和噬斑形成实验分析FY-19病毒的生物学特性,通过乳鼠脑内病毒接种研究该毒株的致病性特征.结果 血清学鉴别确定FY-19毒株为CoxB3病毒;与标准株相比,FY-19株在3'、5'非编码区和编码区的差异分别为达到23.0%、16.5%和32.1%,与我国分离于非HFMD患者的毒株相比也存在较大差异(非编码区和编码区的差异分别为13.5%和25.0%);FY-19株能在14 h内达到增殖高峰,且其在小鼠体内引起心肌病变的致病性显示出明显的致死能力.结论 FY-19株的生物学特性与标准毒株之间存在较大的差异,对该变异株的进一步分析将为了解其在HFMD的特殊的致病机理提供帮助.
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TTV及其相关病毒
1997年末,Nishizawa等[1]应用RDA(representational difference analysis)技术从1例输血后非甲~庚型肝炎患者血清中克隆到一个500 bp长的DNA片段,命名为N22克隆,经检索发现其与GenBank中收录的人、动物、真菌、细菌等基因组均缺乏同源性,而类似于病毒的基因结构.因此,依照该病人姓氏缩写命名为TT病毒(TTV)[1].随后的研究表明TTV 为无包膜的单股环状负链DNA病毒[2,3].在TTV发现后的几年中,有关的研究取得了很大进展.除以原始株TA278为代表株的TTV第1基因群外,利用TTV基因序列衍生的引物扩增还发现一些新的变异株,如:SANBAN病毒、YONBON病毒、SEN病毒以及TTV-like mini virus(TLMV)等.本文对TTV及上述相关变异株的病毒学特点、基因分型与分类、检测方法、传播方式、流行病学特点等进行综述.