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开源基因组学:对抗新发和突发传染病的新策略
一、基因组学的发展及其在新发传染病中的应用随着20世纪70年代Sanger双脱氧链终止核酸测序方法的发明,DNA自动测序技术进入到生命科学领域,并成为不可或缺的技术之一,为生命科学的发展做出了突出贡献.进入21世纪以来,DNA测序技术突飞猛进,新的测序方法不断涌现,使得测序通量以超越摩尔定律的速度迅速提高,与之相伴的是测序成本的大大降低.这完全改变了传统生命科学的研究模式,并推动了很多新学科(如合成生物学、生物信息学、跨组学、系统生物学等)的发展与成熟.
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乙型肝炎病毒X基因PCR产物直接测序方法的建立和临床应用
乙型肝炎病毒各个区变异的研究是当前的研究热点.已经知道,HBV有S区、C区、P区和X区四个区.
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全自动荧光标记DNA测序法检测利福平耐药结核杆菌rpoB基因突变
为研究我国分离的结核杆菌临床分离株利福平(Rifampin,RFP)耐药表型与rpoB基因突变的关系,应用全自动荧光标记DNA测序方法对7株RFP耐药株及1株RFP敏感株的rpoB基因突变集中区域进行了序列分析,并与欧美日文献报道结果做了对比.
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超广谱β-内酰胺酶TEM和SHV型全长基因PCR直接测序
超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)TEM和SHV型是常见的基因型,并且呈全球性分布.TEM和SHV的衍生型不断出现.TEM和SHV型全长基因测序对亚型的区别、新亚型的确认和各衍生型的基因进化树分析以及分子流行病学研究具有重要意义.本文介绍TEM和SHV型全长基因PCR直接测序方法.
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胃黏膜标本中幽门螺杆菌克拉霉素常见耐药位点PCR直接检测分析
幽门螺杆菌( Helicobacter pylori, HP )是定植于人类胃部的螺杆状革兰氏阴性菌,人群感染率超过50%。 HP感染与胃炎、消化性溃疡及胃黏膜相关淋巴组织淋巴瘤等疾病密切相关。克拉霉素是根除HP应用广泛的抗生素之一,耐药率的不断增高严重影响着含克拉霉素 HP 根除治疗方案的成功率[1]。现已证实,23 S rRNA V 区的点突变( A2142 G/C, A2143 G)是引起HP产生克拉霉素耐药的主要因素[2]。本研究通过23 S rRNA V区PCR产物测序方法直接检测胃黏膜组织中HP相关基因特征从而快速获得克拉霉素耐药情况,并分析与相关菌株耐药表型测定( E-test 药敏方法)结果的一致性。
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大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌超广谱β内酰胺酶基因分型研究
产超广谱β内酰胺酶 (ESBLs)是临床肠杆菌科细菌对β内酰胺类抗生素耐药的重要机制.近年来国内外ESBLs在临床分离菌中的检出率快速上升,其种类也不断增多.国内报道以CTX-M和SHV型ESBLs为常见[1,2].为了较全面了解本院大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌临床分离株ESBLs的基因分型,经本研究应用聚合酶链反应(PCR)及DNA测序方法,对215株产ESBLs临床分离株的TEM、SHV和CTX-M基因进行分析.
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耐氟康唑白念珠菌ERG11基因突变的测序研究
白念珠菌仍是目前深部真菌病的主要病原体,随着氟康唑的广泛使用,白念珠菌对氟康唑的耐药率逐年上升[1].研究表明,白念珠菌耐氟康唑的特性与氟康唑作用靶酶的基因突变相关.本研究报告采用分段PCR产物直接测序方法对耐氟康唑白念珠菌ERG11进行测序研究的结果.
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YMDD变异阴性的拉米夫定表型耐药患者体内乙型肝炎病毒逆转录酶基因序列分析
目的:了解YMDD变异阴性的拉米夫定耐药患者体内HBV逆转录酶基因变异情况.方法:采用PCR产物直接测序方法对3例YMDD变异阴性的拉米夫定耐药患者体内HBV RT区基因序列进行分析.结果:3份标本核苷酸变异率为0.24-0.85%,氨基酸变异率均为0.73%,较既往GenBank中收录的HBV C型基因序列的变异率无明显差别.发现以往已发表序列中未出现的新型变异-rtQ125N变异.结论:部分拉米夫定表型耐药现象的出现可能与HBV RT区基因变异无关.
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C57BL/6小鼠幽门螺杆菌感染动物模型的建立
目的:建立幽门螺杆菌(Hpylori)小鼠感染模型.方法:以C57BL/6小鼠为实验动物,经口感染接种Hpylori悉尼株(SS1),置层流柜中饲养.用HE染色、石碳酸-碱性品红染色、免疫组织化学染色、尿素酶实验、细菌培养等方法检测接种小鼠,并用PCR、基因测序方法对胃组织细菌、胃组织分离培养细菌DNA进行分析.结果:小鼠胃组织分离培养的细菌与接种细菌形态及特性相同.胃窦隐窝可观察到细菌定植,胃黏膜下层可见炎症细胞浸润.胃组织DNA中成功扩增出H pylori 16SrRNA及cagA基因的目的片段,基因测序结果显示与接种菌株序列完全一致.结论:H pylori SS1经口接种C57BL/6小鼠2 mo后可成功在胃内定植并导致成慢性胃炎.
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β2受体遗传多态性与支气管哮喘患者肺功能关系研究
β2肾上腺素受体(β2AR)在哮喘患者中表现出遗传多态性.近年国外已对位点16及27进行了一些临床研究[1],但是所用基因分型方法不一,此外在中国人群这2个位点的多态性与哮喘的关系至今仅有个别报道,我们采用所有样本测序方法,就其多态性与肺功能的关系进行初步探讨.
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3例阿德福韦酯临床耐药患者血清乙型肝炎病毒逆转录酶基因序列分析
抗乙型肝炎病毒(HBV)新药-阿德福韦酯(adefovir dipivoxil,ADV)已于2005年经国家食品药品监督管理局(SFDA)批准在我国上市.临床研究表明,ADV能有效抑制HBV DNA复制,使HBV DNA滴度迅速降低[1-3].但随着ADV的长期应用,目前已发现该药亦存在耐药现象.为了解临床耐药患者血清中HBV逆转录酶(reverse transcriptase,RT)基因变异情况,本研究采用PCR产物直接测序方法对此类患者体内HBV RT区基因序列进行分析.
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载脂蛋白J基因多态性与妊娠高血压综合征相关性的研究
妊娠高血压综合征(妊高征)的病因仍不十分清楚,众多研究表明,妊高征有较高的遗传倾向,血管内皮细胞损伤、脂质代谢异常及补体异常活化在其发病中起重要的作用.载脂蛋白J具有结合和转运脂质、抑制补体活化及保护细胞膜等功能,因此可能与妊高征的发病有关联.本研究运用PCR-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)及测序方法检测载脂蛋白J基因全部9个外显子的多态性,探讨其多态性与妊高征及原发性高血压的关系.
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基因芯片技术与应用
随着人类基因组计划的逐步实施以及分子生物学相关学科的迅猛发展,越来越多的动植物、微生物基因组序列得以测定,基因序列数据正在以前所未有的速度迅速增长.然而,怎样去研究如此众多基因在生命过程中所担负的功能就成了全世界生命科学工作者共同的课题.为此,建立新型杂交和测序方法以对大量的遗传信息进行高效、快速的检测、分析就显得格外重要了.
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急性髓系白血病患者转录因子PU.1基因突变分析及其表达水平的检测
急性髓系白血病(AML)以细胞分化阻滞、骨髓或外周血中粒系或单核系祖细胞积聚为特点.除部分患者具有t(15;17)、t(8;21)、inv16等染色体异常外,其余AML患者发病原因仍不清楚.有研究表明转录因子PU.1可调节正常造血系统特别是单核-巨噬细胞系的分化,其功能的异常可能与AML的发生有关[1].我们采用单链构象多态性聚合酶链反应(PCR-SSCP)加直接测序方法对AML患者进行PU.1基因突变检测,并在此基础上进一步对其mRNA的表达进行了研究,探索该基因与AML发生的关系.
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散发性乳腺癌患者BRCA1基因突变的分析
乳腺癌是严重危害女性健康的恶性肿瘤之一,近年来,其发病率在我国逐渐上升并呈年轻化趋势.大量研究已经证实该疾病与雌激素、多种癌基因、抑癌基因相关.其中,5%~10%的乳腺癌和遗传易感性相关,乳腺癌易感基因[1](breast cancer susceptibility gene,BRCA)是近年来研究较热的抑癌基因之一,于1994年由Miki首先分离克隆出来,是早被发现的与家族性乳腺癌和卵巢癌相关的基因[2].研究显示BR-CA1基因突变是遗传性早发性乳腺癌的易感基因,80%的遗传性乳腺癌家族中发现有该基因突变[3],但在散发性乳腺癌中国汉族患者中,BRCA1基因突变较罕见.本研究选取BR-CA1基因外显子2、11、20各1对引物,应用聚合酶链反应(PCR)及直接测序方法检测43例经病理学确诊的散发性乳腺癌中国汉族患者的基因突变情况.报告如下.
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红色毛癣菌的研究进展
红色毛癣菌是常见的也是世界范围内传播广的一种皮肤癣菌,属毛癣菌属。本文简述了近几年在该菌的基因鉴定、基因分类、基因结构的分子生物学研究和免疫学研究方面的主要进展。在基因鉴定中发展了红色毛癣菌特异性探针TR20S和毛癣菌属特异性引物TR1、TR2和NS5、NS6;利用测序方法对毛癣菌属进行了重新分类,并且用探针、限制性片段多态性分析等方法对红色毛癣菌进行了种内分型研究。
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P基因区耐药变异检测在核苷类药物治疗乙型肝炎中的价值
为探讨慢性乙型肝炎患者应用核苷类药物与发生P基因区耐药变异的关系,本研究通过基因测序方法对206例患者进行P基因区耐药测定.
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沙眼衣原体泌尿生殖道慢性持续感染患者人白细胞抗原DQA1基因多态性研究
目的 探讨人白细胞抗原DQA1 (HLA-DQA1)等位基因多态性与沙眼衣原体泌尿生殖道慢性持续性感染的相关性.方法 PCR和基因测序方法,对80例沙眼衣原体泌尿生殖道慢性持续感染患者、80例沙眼衣原体泌尿生殖道一般感染患者及80例正常人的HLA-DQA1等位基因进行检测.结果 HLA-DQA1*0102和DQA1*0501在沙眼衣原体泌尿生殖道慢性持续感染患者中的基因频率分别为22.5%、5.0%,在一般感染组的基因频率分别为5%、20%,而在正常人对照组的基因频率分别为2.5%、17.5%.沙眼衣原体泌尿生殖道慢性持续感染患者的HLA-DQA1*0102等位基因较一般感染组及正常人对照组增高,差异有统计学意义(x2=14.6286,P<0.01);而HLA-DQA1 *0501等位基因在持续感染患者中下降,差异有统计学意义(x2=6.2598,P<0.05).结论 HLA-DQA1 *0102可能是沙眼衣原体泌尿生殖道慢性持续感染的易感基因或与易感基因相连锁.HLA-DQA1*0501等位基因可能具有阻止发生沙眼衣原体泌尿生殖道慢性持续感染的作用.
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家族性乳腺癌易感基因-1突变的研究
为搞清我国乳腺癌易感基因的突变状况,我们采用聚合酶链反应-单链构像多态性分析(PCR-SSCP)、正反双向测序方法对天津市肿瘤医院1997至2003年家族性乳腺癌家系进行了BRCA1基因检测,现将结果报道如下.
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广西地区大肠癌Ki-ras基因突变检测
我们应用PCR-SSCP、DNA测序方法检测48例广西地区大肠癌组织中ki-ras基因的突变情况,结果发现:广西人大肠癌ki-ras基因突变率为43.8%(21/48),其中12密码子占66.7%(14/21),突变类型有4种(GGT→GAT、GGT→TGT、GGT→AGT、GGT→GTT);13密码子占28.6%(6/21),突变类型为GGC→GAC;61密码子占4.76%(1/21),突变类型为CAA→CAT.